Перевести страницу

Классическая волновая физика радиоэфира Фарадея-Максвелла

Рубиновая энергетика и эфироопорные двигатели

Пикотехнология белков

Биотехнология вечной молодости

Исследования мегалитов

Инопланетная инженерия




Кодируется ли тип спиралей белков композиционным генетическим кодом? Точность и стоимость РСА. Самоповерка пикотехнологии.

Kushelev пишет:Victoriy пишет:

третий нуклеотид кодонов детерминирует лишь один из трех разновидностей вторичных структур в белке: спираль, бета-тяж или поворот. За разновидности спиралей отвечает специфика хвостов аминокислотных остатков в них входящих. А это уже не к коду, а к фолдингу.

Кушелев: Тут интересно было бы разобраться подробнее. Вот типовой участок 310-спирали:

http://nanoworld88.narod.ru/data/209_files/0_48027_3b50efe_orig.gif
Мы видим коды 310-спирали (N4) по моей таблице композиционного генетического кода: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm

Вы не могли бы с помощью своего алгоритма построить участок структуры белка по входным данным:

FT   CDS 1..48
gctctgctgc tgctggcgtc ggcgctgctc gtgtcgctga cgcacaca
//

Очень интересно посмотреть, получится ли по Вашему алгоритму 310-спираль этого белка (гонадотропина)?

Я предполагаю, что Ваш алгоритм выдаст вместо 310-спирали альфа-спираль...

Милейший Александр Юрьевич, мы так долго и упорно это обсуждали в своё время, что остались каждый при своём мнении, своей таблице и своей программе моделирования структуры белков. Не втягивайте меня в обсуждение снова. Если этот вопрос Вас не отпускает можно вернуться в архив форума и всё пересмотреть и даже пережить снова.


Victoriy пишет:

мы так долго и упорно это обсуждали в своё время, что остались каждый при своём мнении

Кушелев: Уважаемая Виктория! Я что-то не припомню, чтобы Вы строили модель и получали PDB-файл по этим данным:

FT   CDS 1..48
gctctgctgc tgctggcgtc ggcgctgctc gtgtcgctga cgcacaca

Не дадите ссылку?


Дело в том, что Андрей интересовался, в чём отличие наших с Вами алгоритмов. Я думаю, что на этом примере будет хорошо видно это отличие. Нужно только получить PDB-файл по этим данным с помощью Вашей программы. А я могу получить PDB-файл по этим же данным с помощью программы Пикотех.

***
Пример PDB-файла (фрагмент гонадотропина), полученного с помощью программы Пикотех:


http://img-fotki.yandex.ru/get/6300/126580004.51/0_bc7ac_b07933_L.gif


Цитата:

α-спираль, или спираль 413

310-спираль — очень «тугая» спираль, в сечении имеет форму треугольника, в белках встречается в основном её правая форма, и то только в виде 1-2 витков


Victoriy пишет:

А.Ю., Андрею ни холодно, ни жарко от нюансов отличий между нашими программами, а с Вами я не хочу повторно это обсуждать. Почитайте мою монографию, там всё очень подробно написано.

Кушелев: К сожалению, в книге нет модели 310-спирали, например, модели фрагмента гонадотропина, построенной с помощью Вашего алгоритма. Вот мне и хотелось бы увидеть, что же реально будет построено по Вашему алгоритму, если дать ему входные данные фрагмента гонадотропина:

FT   CDS 1..48
gctctgctgc tgctggcgtc ggcgctgctc gtgtcgctga cgcacaca
//

Давайте вместе посмотрим на результат работы Вашего алгоритма. А Вы его прокомментируете. Мне очень интересно узнать Ваши комментарии.

А у Андрея интерес не праздный. Его тоже спросят, почему два варианта PDB-файлов? В чём различие? Вот я и предлагаю наглядно показать различие на примере фрагмента гонадотропина. Ведь его структура надёжно установлена, т.к. длина 310-спирали существенно отличается от длины альфа-спирали. Это даже РСА "видит" smile



Kushelev пишет:

Цитата:

α-спираль, или спираль 413

310-спираль — очень «тугая» спираль, в сечении имеет форму треугольника, в белках встречается в основном её правая форма, и то только в виде 1-2 витков

Цитата-2: π-спираль, или спираль 516, — спираль с широкими витками, в результате в центре спирали остаётся пустое пространство. В белках встречается редко, обычно не более одного витка.

http://img-fotki.yandex.ru/get/6302/126580004.52/0_bcc2f_a96d98c5_M.gif
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/301/

Кушелев: Согласно моей таблице композиционного генетического кода пи-спираль (спираль 516) кодируется периодическим кодом 3333333333333

Такой код как раз встречается во входных данных белков TFIIB:

https://img-fotki.yandex.ru/get/117578/158289418.3a4/0_16bc45_ac39775f_XL.png

и TBP1:

https://img-fotki.yandex.ru/get/196161/158289418.3a4/0_16cb20_65b2de08_XL.png

Если в PDB-файле вместо пи-спирали у Вас что-то другое, то что? А если пи-спираль, то по какому алгоритму она получена, если не по моей таблице композиционного кода? smile


Участок белка TFIIB с 270 по 284 выделен зелёным цветом. На него указывают зелёные стрелки.

https://img-fotki.yandex.ru/get/194503/158289418.3a4/0_16cb4b_aa29efdf_XL.jpg

Мы видим, что по алгоритму Виктории Соколик тут получилась такая же 310-спираль в том числе и на участке, где по программе 2D нет никакой спирали. Вот мне и интересно, как же получена в 3D-алгоритме 310-спираль, если не по моей таблице композиционного генетического кода?


Skype, 2016-12-13:

[19:40:44] Andrei: интересно а как вообще фирмы для себя белок выбирают
[19:40:53] Andrei: например медицинские
[19:41:17] Andrei: сидят и гадают какой белок взять?
[19:42:09] Кушелев Александр Юрьевич: Там много всяких способов. Фармацевты иногда всё подряд проверяют. Генные инженеры комбинируют гены, биотехнологи модифицируют гены...
[19:42:36] Andrei: а как все подряд?
[19:42:41] Andrei: откуда берут белки?
[19:43:27] Andrei: надо же как-то синтезировать из кусков
[19:43:37] Andrei: кодировать
[19:43:56] Andrei: надо погуглить
[19:47:37] Кушелев Александр Юрьевич: В человеческом организме около 5 000 000 разных видов белков. А есть ещё в других организмах животных и растений. Вот все подряд и пробуют smile
[19:48:33] Andrei: а почему нельзя конструктор сделать из всех кодонов?
[19:48:38] Andrei: их же 20 всего
[19:49:40] Кушелев Александр Юрьевич: Можно. Я даже вручную делал: https://www.youtube.com/watch?v=nVYnVZv6Qr8
[19:49:58] Кушелев Александр Юрьевич: Эти модели были сделаны в 1992...1994 годах
[19:50:11] Andrei: я про настоящие smile
[19:50:24] Кушелев Александр Юрьевич: На них я как раз и составил таблицу композиционного генетического кода.
[19:51:00] Кушелев Александр Юрьевич: А из настоящих аминокислот белки собирает органелла клетки рибосома. По генетическому коду
[19:51:25] Andrei: ну вот, генетический код каждый раз новый подсовывать
[19:51:44] Кушелев Александр Юрьевич: Генные инженеры этим и занимаются
[19:52:14] Кушелев Александр Юрьевич: Но лучше сначала на компьютере через секунду результат увидеть, а если подходит, тогда уже синтезировать из настоящих
[19:52:28] Andrei: так а что там смотреть?
[19:52:38] Andrei: одни загуговины smile
[19:52:48] Кушелев Александр Юрьевич: Структуру. По ней можно догадаться, подойдёт нам этот белок или ну его...
[19:53:17] Andrei: как?
[19:53:20] Кушелев Александр Юрьевич: Для неспециалиста внешний вид экскаватора ничего не даёт. На крайний случай назовут камнеедом, если увидят в работе
[19:53:41] Кушелев Александр Юрьевич: А если на стоянке, то могут вообще не догадаться, что за хрень
[19:53:52] Andrei: на мохнатость структуры смотрят?
[19:54:16] Кушелев Александр Юрьевич: Там на всё смотрят. А я даже по звуку могу определить, где активные центры белка находятся
[19:54:27] Andrei: звуку чего?
[19:54:34] Кушелев Александр Юрьевич: По звуку сборки белка
[19:55:22] Andrei: откуда звук?
[19:55:36] Кушелев Александр Юрьевич: Аминокислоты при установке в белковую цепь отзванивают на своих частотах. Можете послушать звучание сборки активного центра белка коллагена: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/sounds/c01.mp3
[19:56:18] Andrei: а на бояне кто там играет?
[19:56:23] Andrei: тоже белок?
[19:56:46] Кушелев Александр Юрьевич: Это моя аранжировка
[19:57:02] Andrei: так и не понял откуда частота взялась
[19:57:13] Кушелев Александр Юрьевич: Программа Пикотех выдаёт музыку в стандарте MIDI
[19:57:19] Andrei: аа
[19:57:50] Кушелев Александр Юрьевич: Частота рассчитывается по формуле Томсона для математического и пружинного маятников. По длине радикалов аминокислотных остатков
[19:57:58] Andrei: интересно
[19:58:08] Andrei: вот это может сработать
[19:58:24] Кушелев Александр Юрьевич: На эту тему была снята ТВ-передача "Музыка молекул" в 1992-ом году
[19:58:39] Кушелев Александр Юрьевич: Там ного чего уже сработало
[19:59:44] Кушелев Александр Юрьевич: Например, в 2015-ом году вышла статья физиков из Германии, где они "нащупали" с помощью АСМ (атомного силового микроскопа) кольцевые грани атомов: http://nanoworld88.narod.ru/data/493.htm
[20:00:15] Кушелев Александр Юрьевич: Это - экспериментальное подтверждение результатов моих модельных экспериментов.
[20:01:12] Кушелев Александр Юрьевич: Ну и не забывайте, что учебные пособия с пикотехнологическими моделями молекул и кристаллов уже изучают в школах России с 2004 года: http://nanoworld88.narod.ru/data/250.htm



[20:02:37] Andrei: о как
[20:02:41] Andrei: интересно
[20:02:56] Andrei: жаль пока приспособить некуда
[20:04:22] Andrei: так написано что Снельсон это изобрел
[20:06:50] Кушелев Александр Юрьевич: Снельсон открыл кольцегранный микромир уже в 1960-ом году. В 1963-ем вышла его первая статья с моделями атомов. Но ... до белков он не добрался.
[20:07:20] Кушелев Александр Юрьевич: А Збигнев Огжевальский доложил о кольцегранных моделях атомов, молекул и кристаллов ещё в 1957-ом.
[20:07:34] Кушелев Александр Юрьевич: Про Снельсона я узнал в 2003-ем, а про Огжевальского в 2007-ом.
[20:09:10] Кушелев Александр Юрьевич: Пикотехнология белков базируется на моём научном открытии композиционного генетического кода. Если найдёте ещё одного открывателя, который опубликовал таблицу композиционного генетического кода раньше меня, т.е. до 1992 года, то будет очень интересно smile
[20:10:18] Кушелев Александр Юрьевич: Таблица композиционного кода выделена голубым цветом. Публикация 1993 года:

http://nanoworld88.narod.ru/data/230_files/0_4a672_1493e464_XL.jpg



[20:12:40] Andrei: в чем открытие?
[20:12:49] Andrei: комбинация кодонов?
[20:17:14] Кушелев Александр Юрьевич: Открытие заключается в том, что три буквы кодируют не только аминокислоту, но и угол поворота этой аминокислоты относительно предыдущей:

http://nanoworld88.narod.ru/data/216_files/bio.gif

[20:17:59] Кушелев Александр Юрьевич: Этот угол (и формы аминокислот) как раз и открывают возможность определять структуры белков по таблице
[20:18:08] Andrei: а что не знали что углы есть?
[20:18:17] Кушелев Александр Юрьевич: Знали
[20:18:23] Кушелев Александр Юрьевич: Но не знали, что эти углы кодируются


[20:18:52] Andrei: то есть закручиваться по разному может спираль?
[20:19:55] Кушелев Александр Юрьевич: Куда аминокислоту повернули, туда и пойдёт расти белковая "цепь"
[20:20:13] Кушелев Александр Юрьевич: А там три крупных варианта поворота, т.е. через 120 градусов
[20:20:28] Кушелев Александр Юрьевич: Но есть нюансы, с которыми не соглашается Виктория Соколик.
[20:20:54] Andrei: почему только 3 угла?
[20:21:01] Andrei: кодонов ведь больше
[20:21:30] Кушелев Александр Юрьевич: Например, один из вариантов расщепляется ещё на три. Одиночный альфа-вариант, альфа-вариант в структуре альфа-спирали и альфа-вариант в структуре 310-спирали. Есть и другие нюансы, но не буду Вас перегружать smile
[20:21:41] Кушелев Александр Юрьевич: Кодонов 64
[20:22:06] Кушелев Александр Юрьевич: Они кодируют 23 аминокислоты, если считать изомеры
[20:22:17] Andrei: так на каждый кодон свой угол?
[20:22:20] Кушелев Александр Юрьевич: Но для этого достаточно всего двух букв
[20:22:27] Кушелев Александр Юрьевич: Почти на каждый
[20:22:59] Кушелев Александр Юрьевич: Есть кодон-терминатор, который означает конец строительства белковой молекулы. Таких даже два разных.
[20:23:23] Andrei: на что влияет угол?
[20:24:20] Кушелев Александр Юрьевич: В таблице моё открытие выделено зеленым цветом:

http://nanoworld88.narod.ru/data/302_files/0_bcbf2_14392c02_orig.png

[20:24:33] Кушелев Александр Юрьевич: Угол влияет на направления роста структуры белка
[20:24:43] Andrei: всего 4 угла?
[20:26:08] Кушелев Александр Юрьевич: Их гораздо больше, но у Виктории в таблице 3 варианта, у меня 4, а в алгоритме Пикотехнология в данный момент 5.
[20:26:46] Кушелев Александр Юрьевич: Более того, некоторые из углов, например, в иминокислоте пролин могут сильно меняться, т.е. на десятки градусов.
[20:28:32] Кушелев Александр Юрьевич: Но пока я работаю по упрощённому алгоритму, т.е. без учёта физико-химических взаимодействий. Но даже на этом уровне результаты очень близки к реальности. А связано это с тем, что композиционный генетический код в процессе эволюции стал дублировать физико-химические взаимодействия на подавляющем большинстве участков белка.
[20:29:35] Andrei: должно быть какое-то практическое применение кроме красивости
[20:30:10] Andrei: чтобы можно было как-то свойства прогнозировать
[20:32:36] Кушелев Александр Юрьевич: Так практическое применение и заключается в том, что по старой технологии нужно заплатить 10 000 евро и ждать месяцы или годы, чтобы увидеть 3D-структуру белка, входящего в 3%, которые кристаллизуются.
[20:33:25] Кушелев Александр Юрьевич: А по новой технологии даёте нуклеотидную последовательность, и через секунду смотрите структуру любого, т.е. 3%+97% белка, причём в 1000 раз точнее.


Татьяна Рясина пишет:

Значит Пикософт видит участки, которые не видит и не показывает РСА?
Т.е. Пикософт показывает "белые пятна"или "пустые зоны" РСА?

Кушелев: Начну с того, что РСА применим только к кристаллам, т.е. 97% белков РСА вообще "не видит" smile

Из структур 3% белков, которые кристаллизуются, начальные и конечные участки до 50 аминокислотных остатков (до 1000 атомов) РСА тоже "не видит".

На примере ряда белковых структур мы видим, что РСА часто(!) не позволяет определить даже тип белка, т.е. может показать много альфа-спиралей, где их нет вообще или не показать там, где их много.

Реальная погрешность РСА - это габарит белковой молекулы. Чем крупнее молекула, тем больше возможная погрешность РСА. Но бывают и "счастливые случаи", когда по ряду дополнительных данных удаётся однозначно определить структуру белковой молекулы. Например, установлено, что инсулин состоит из двух гнутых участков спирали. Пикотех это подтверждает на все 100%


http://img-fotki.yandex.ru/get/5414/126580004.3d/0_b0f20_2c87f90a_orig.gif  

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/199/page/43/ , http://nanoworld88.narod.ru/data/276.htm
Эти два участка спиралей соединяются ещё на стадии проинсулина.



РСА (ЧЕРЕЗ ПОИСК ФОРУМА ЛАБОРАТОРИИ НАНОМИР)

http://nanoworld.org.ru/search/1376839994/ 

Рентгенограммы РСА 

Результаты анализа рентгенограмм РСА 

97% белков не кристаллизуеся. Системные ошибки РСА 

РСА может показать чего нет и не показать что есть  

РСА цены   ,   , 

Точность РСА   ,   ,   ,     ,  

Корреляция данных РСА с Пикотех  

РСА стремится к Пикотех 

Лауэграммы и ренгенограммы  ,  

Молекула лизоцима 




http://www.vokrugsveta.ru/telegraph/theory/1071/

https://img-fotki.yandex.ru/get/194492/158289418.3a7/0_16df1f_9732efdb_XL.jpg
Цитата: Фотоотчет о выращивании белковых кристаллов на МКС во время 12-й экспедиции с 1 октября 2005 по 8 апреля 2006 года. Рост одного кристалла занимал 25 дней. Фото: NASA


Skype, 2016-12-21:

[20:05:27] Кушелев Александр Юрьевич: 500 000 / 120 = 4167 USD за один кристалл белка. Добавьте сюда сопутствующие работы, например, собственно РСА и анализ данных.
[21:04:47] Кушелев Александр Юрьевич: Вам эти фразы должны понравиться:

https://img-fotki.yandex.ru/get/61266/158289418.3a7/0_16df20_8cf98a5a_XL.jpg
"из невразумительных точек и кругов с помощью специальных математических преобразований получают информацию о расположении атомов. Для неспециалистов выглядят как шарлатанство. Даже если решетка несложной формы, эта задача непростая, но все честно." Подробнее: http://www.vokrugsveta.ru/telegraph/theory/1071/
[21:09:54] Кушелев Александр Юрьевич: При большом везении при переборе 600 условий кристаллизации найдется 1–2 раствора, в которых появятся кристаллы. Как правило, на первом этапе они небольшие, непрозрачные и совершенно неправильной формы, то есть не подходящие для рентгеноструктурного анализа.
[21:15:41] Кушелев Александр Юрьевич: Вот ещё цитата о цене белкового кристалла:  На получение одного кристалла белка ученые могут потратить десятки тысяч евро, а фармацевтические компании готовы заплатить еще большие деньги за подробную информацию о структуре какого-нибудь важного для медицины белка — «замка», к которому можно подбирать «отмычку» — лекарство.


Skype, 2016-12-21:

[19:54:52] Кушелев Александр Юрьевич: Например, узнайте цену структуры белка, кристалл которого нужно выращивать 2 года smile
[19:55:12] Andrei: речь не обо мне а о вас, знаете ли вы цену или просто придумываете smile
[19:59:00] Кушелев Александр Юрьевич: Мне сказали цену специалисты из лаборатории РСА
[19:59:15] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, почитайте ещё раз, как проводится анализ: http://bio.1september.ru/view_article.php?ID=200900401
[20:00:25] Andrei: Сказать это одно, а заказать другое:)
[20:01:35] Кушелев Александр Юрьевич: Вот сюда позвоните и спросите, сколько будет стоить кристаллизация белка (минимум и максимум): http://www.piboc.dvo.ru/structure/ext_l … ristal.php
[20:03:14] Andrei: Ладно, это мелочь
[20:03:31] Andrei: Надо искать кому это нужно и зачем
[20:03:46] Кушелев Александр Юрьевич: Вот Вам конкретные данные:  "со ста двадцатью образцами работа еще даже не начиналась. На их восстановление потребуется не меньше полумиллиона долларов и от нескольких недель до нескольких месяцев работы." Подробнее: http://www.vokrugsveta.ru/telegraph/theory/1071/
[20:04:08] Кушелев Александр Юрьевич: 120 кристаллов белка - 500 000 долл.
[20:05:27] Кушелев Александр Юрьевич: 500 000 / 120 = 4167 USD за один кристалл белка. Добавьте сюда сопутствующие работы, например, собственно РСА и анализ данных.

https://img-fotki.yandex.ru/get/55431/158289418.3a7/0_16df1e_482d1979_XL.jpg



Татьяна Рясина пишет:

Прямые белки бывают или они обязаны быть спиральными?

Структура белковых молекул программируется:

http://img-fotki.yandex.ru/get/9229/158289418.af/0_ae26a_4c84e562_S.gif
Белок собирается из таких "кирпичиков"-аминокислот.

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/301/

Если они складываются в регулярную структуру, то получается альфа-, бета-, пи-, 310-спираль, которые кодируются соответственно композиционными кодами: 11111, 22222, 33333, 44444

Если же композиционные коды идут "в разнобой", то формируется произвольная "ломаная". Эта "ломаная" может, например, замкнуться в цикл с помощью дисульфидного мостика

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/025.htm



Victoriy пишет:

Чтобы вторичная структура белка в виде 3/10 спирали была стабильна, и вообще сформировалась кодоны 4 должны идти хотя бы тройками подряд, чего вообще не наблюдается.

Кушелев: Вовсе нет. Чередование композиционных кодов "1" и "4" приводит лишь к изгибам спирали. Ведь она стабилизирована водородными связями. При этом стабильны и прямые спирали (альфа- и 310-), и изогнутые участки с любой комбинацией кодов "1" и "4". Я же Вам показал, как выглядят комбинированные, т.е. гнутые спирали:

Kushelev пишет:

Есть прямые альфа-спирали, где все композиционные коды 11111111111111111

Есть прямые 310-спирали, где все коды 4444444444444444

А большинство спиральный участков гнутые. Там коды 1 и 4 чередуются. При этом структура часто бывает периодической типа 114114114114 или 144144144144 или 111411141114

Я показывал в рассылке типовые гнутые спирали с периодическими кодами:

http://nanoworld88.narod.ru/data/298_files/0_7d8ff_4b6b2520_orig.gif

http://nanoworld88.narod.ru/data/298_files/0_7d948_be62fe10_M.jpg
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/298.htm

http://nanoworld88.narod.ru/data/310_files/0_7da25_d7edb744_L.jpg
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/310.htm

http://nanoworld88.narod.ru/data/209_files/0_47daa_bdcbb03_L.gif
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/209.htm

Цитата: Как видите, плавные изгибы спирали белка можно направлять в любую сторону.


http://nanoworld.org.ru/post/80866/#p80866
diprospan:
ангиотензин
http://www.chem.msu.ru/rus/theses/2015/ … lltext.pdf
Кушелев:
Нужно будет сделать модели белков из этой диссертации

там рассматриваются вполне конкретные прикладные вещи и задачи.
прежде всего, важность АПФ (АНГИОТЕНЗИН-ПРЕВРАЩАЮЩЕГО ФЕРМЕНТА) и его критическая роль в
ренин-ангиотензин-альдостероновой системе и регуляции сердечно-сосудистой физиологии и
заболеваний, лекарства, блокирующие различные компоненты этой системы, эффективны при лечении
гипертензии, сердечной недостаточности и предупреждении сердечно-сосудистых событий, вызванных
атеросклерозом (в основном инфаркта и инсульта), а также способные замедлять болезнь почек,
вызванную гипертензией и диабетом.

Группа ингибиторов АПФ представлена широким спектром препаратов, наиболее важное значение для
клинической практики сохраняют ингибиторы - каптоприл, эналаприл и лизиноприл, как наиболее
изученные в многочисленных экспериментальных и клинических исследованиях.
а поиск и исследование более совершенных природных и синтетических ингибиторов АПФ на данный
момент является весьма актуальной задачей.

Анализ аминокислот, участвующих в процессе «открывания» и «закрывания» активного центра АПФ
авторами был осуществлён с использованием программы DynDom, доступной по адресу:
http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/main.jsp
http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/dyndomMain.do
Структура С-домена АПФ содержит 27 спиралей: 20 α-спиралей и 7 310-спиралей.
N-домен АПФ состоит из 18 α-спиралей, пяти 310-спиралей.
есть гипотеза что именно 310-спирали "акцепторны" к воздействию ингибиторов типа каптоприла и т.п.

http://s1.bild.me/bilder/240416/1256582imgs2.jpg http://s1.bild.me/bilder/240416/2351109imgs1.jpg

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=1O8A

http://www.uniprot.org/uniprot/P12821

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA5 … play=fasta

Благодаря Diprospan, который сделал очень удачный подарок к Новому Году, мы с вами наблюдаем 310-спираль рекордной длины (17 аминокислотных остатков!), т.е. почти 6 полных витков 310-спирали.

"Такого я не видела..."


Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 83 417

Victoriy пишет:

Похоже я открыла ящик Пандоры, научив А.Ю. пользоваться PDB smile.
Уважаемый Александр Юрьевич, давайте вместе проанализируем Ваш материал по кодированию различных видов спиралей на основе экспериментально показанных спиральных участков в белках 1TAG; 3SDH; 1GPB; 1PZ4; 1OBO; 1GS6; 1H1N; 1LRV и АПФ от Дипроспана. Структура последнего энзима мне лично не безразлично, т.к. его активность в сыворотке крови пациентов с лакунарными инсультами я определяла в этом году в одной из текущих НИР.
Предлагаю в скайпе голосом, а потом Вы выложите свой материал на форуме.

На форум интересно текст выложить, а не голос smile Давайте сначала разберёмся с самоповеркой пикотехнологии: http://nanoworld.org.ru/topic/1533/

Согласитесь, что таких случайностей просто не бывает smile

Кстати, эта тема имеет продолжение: http://nanoworld.org.ru/topic/1535/

Итак, вопрос для богини пикотехнологии, Виктории Соколик:

"Вы согласны, что структуры альфа-спирали, 310-спирали, фрагмента лизоцима из этой темы: http://nanoworld.org.ru/topic/1533/ однозначно подтверждают:

1. Кодирование прямой альфа-спирали кодами -1111111111111111111111-
2. Кодирование прямой 310-спирали кодами -444444444444-
3. Программирование цикла из 22 аминокислотных остатков лизоцима" ?

Если есть возражения, то жду Ваших аргументов. Пока мы не придём к консенсусу по данному вопросу, более сложные вопросы, как то нюансы статистики, я обсуждать не готов.



Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 83 442

Victoriy пишет:

А.Ю., ну и чем я заслужила такую напраслину:
Виктория спорит с азами теории вероятностей;

Кушелев: Почему напраслина?

https://img-fotki.yandex.ru/get/176331/158289418.3a9/0_16e469_468e8c12_L.png

Вы же утверждаете, что альфа-спираль может кодироваться и "1" и "4", но в таком случае последовательность кодов 1111111111111111111111 не имеет смысла, случайна, по той причине, что замена "1" на "4" не должно испортить прямую альфа-спираль. Но вероятность случайного возникновения последовательности из 22 единиц такая же, как монетка 44 раза упадёт на "орла". Если для Вас это - "пустой звук", значит Вы не понимаете азов теории вероятностей. Если не согласны, кидайте монетку, пока не упадёт 44 раза подряд на "орла" smile


Skype, 2016-12-25:

[22:01:39] Andrei: так никому ничего не доказать
[22:02:23] Кушелев Александр Юрьевич: Есть люди, которым не только не докажешь, но даже не покажешь wink
[22:02:28] Andrei: даже Виктория не убеждена не говоря уже о других
[22:02:35] Andrei: неубедительно
[22:05:35] Andrei: никто в такие рассказики не уверует
[22:06:03] Кушелев Александр Юрьевич: Слышали анекдот про блондинку? Её спросили: "Какова вероятность встретить на улице динозавра?"
-"Фифти-фифти". Либо встречу, либо нет smile



Victoriy пишет:

У Виктории размеры электронов/граней отличаются на порядок больше, т.е. ошибочно.

Кушелев: Сначала я определил радиусы кольцевых электронов из рефрактометрических радиусов ионов кислорода, хлора и фтора (Работа Гольдшмидта 1923г). Для ионов кислорода, хлора и фтора отличие радиусов электронов не превышало 1%. Позднее радиусы электронов удалось уточнить масштабированием белковых молекул. Ведь макромолекулы белка могут иметь гигантские размеры в масштабах микромира. Я подобрал размер кольцевого электрона таким образом, чтобы размеры белковых молекул, определённых экспериментально совпали с кольцегранными моделями в программе PiMol и HyperChem.
Совпадение размеров макромолекул получилось при диаметре кольца-электрона 1.7А.



Эволюция фрактального самопрограммирования

В процессе эволюции добелкового мира возник белковый мир, основой которого стал генетический код. В процессе эволюции появился композиционный генетический код, управляющий рибосомой эукариот.

Структуры белков чем-то напоминают ячейки Бенара, т.е. однотипные элементы.

В процессе эволюции фрактального самопрограммирования возникают маловероятные, но функциональные структуры.

https://img-fotki.yandex.ru/get/195771/158289418.3a9/0_16e45e_5079e0c_orig.png
Протяженные прямые 310-спирали (показаны красной полосой),

https://img-fotki.yandex.ru/get/176331/158289418.3a9/0_16e469_468e8c12_orig.png
Протяжённые альфа-спирали (показаны широкой красной полосой),

http://nanoworld88.narod.ru/data/288_files/0_85d09_8d7f6a3d_orig.gif
менее протяженные пи-спирали (показаны синим),

http://img-fotki.yandex.ru/get/6301/126580004.53/0_bcc39_20b9a5c1_orig.gif
и бета-спирали (показаны зеленым).

https://img-fotki.yandex.ru/get/3505/158289418.3a9/0_16e46d_b82fdb29_orig.png


http://nanoworld88.narod.ru/data/210_files/0_480da_7089f224_orig.gif
А так же их периодические комбинации.

Фрактальная архитектура белков имеет ярко выраженную аналогию с фрактальной архитектурой мегалитов.

http://nanoworld88.narod.ru/data/236_files/0_5123a_2284861d_orig.png
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/236.htm

В структуре крупных белков прослеживается тот же фрактальный принцип.

https://img-fotki.yandex.ru/get/197102/158289418.3a8/0_16e35d_1aff86e7_XL.gif
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/197102/ … 7_orig.gif
В середине структуры мы видим крупные спиральные блоки, а к обоим концам всё более мелкие.

http://nanoworld88.narod.ru/data/210_files/0_480e8_46d28a30_orig.gifhttp://nanoworld88.narod.ru/data/210_files/0_480df_c1431c83_orig.gif
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/210.htm
Отдельной темой идут архитектурные и музыкальные перевертыши.

http://nanoworld88.narod.ru/data/025_files/1.gif
Шедеврами фрактальной белковой архитектуры являются многофункциональные квазиперевертыши, которые оптимально выполняют архитектурные, музыкальные и другие функции.

Именно невероятные комбинации кодов позволяют получить рекордные параметры. Вероятность случайного повторения 22 кодов прямой альфа-спирали не превышает 5.8*10^-14
Ничтожно мала вероятность случайного замыкания фрагмента лизоцима, состоящего из 22 аминокислотных остатков. Ничтожна вероятность образования 310-спирали, кодируемой 17-ю одинаковыми кодами. Ничтожна вероятность возникновения периодической структуры с циклическим повторением комбинации композиционных кодов.


А.Ю., Вы же знаете мою точку зрения по кодированию специфики спиралей: ОНА НЕ КОДИРУЕТСЯ. Вопрос не случайности в данном случае вообще голословен без статистики. Это мне напоминает перл из новогоднего старого фильма: "Есть ли жизнь на Марсе, нет ли жизни на Марсе...."
Не бойтесь, в статистике нет нюансов, там все прозрачно и математически. Я помогу в скайпе.


Kushelev пишет:

Уважаемая Виктория!
Как Вы относитесь к самоповерке пикотехнологии?

Victoriy Перестаньте увиливать от поверки с экспериментом smile.


Victoriy пишет:

А.Ю., Вы же знаете мою точку зрения по кодированию специфики спиралей: ОНА НЕ КОДИРУЕТСЯ.

Кушелев: Тогда расскажите, как Вы получаете PDB-файл 310-спирали (по моей таблице последовательность кодов 44444444444444), альфа-спирали (по моей таблице 11111111111111), пи-спирали (33333333333333333), бета-спирали (2222222222222) ?

Какие из типов вторичных структур может строить Ваша программа?

1. Альфа-спираль
2. Бета-спираль
3. Пи-спираль
4. 310-спираль

Поставьте галочки, а то я до сих пор понять не могу...


Сходство и различие генетического кода с языком

В генетическом коде любая комбинация букв ACGT является осмысленной и соответствует конкретной структуре белковой молекулы. Те же последовательности могут использоваться для кодирования сигналов и других семантических объектов.

В языке осмысленные комбинации букв (слова) представляют малое подмножество всех комбинаций.

Например, случайное следование трёх одинаковых букв в слове "длинношеее" казалось бы имеет малую вероятность. (1/32)^3=0,00003 - три стотысячных. Это соизмеримо с величиной, обратной количеству осмысленных слов языка (0.00001). Однако есть слова, например, "обороноспособность", состоящие из 18 букв. Случайная комбинация имеет вероятность 8*10^-28. Таким образом множество осмысленных слов (10^5) меньше множества всех комбинаций 18-буквенных слов (10^28) на 28-5=23 порядка. Напомню, что число Авогадро = 6*10^23, т.е. величина того же порядка. Другими словами, размер множества осмысленных слов языка подобен атому в моле (множестве случайных комбинаций букв).

Я подвожу читателей к осмыслению того факта, что в процессе эволюции на каждом следующем её уровне достигаются всё менее вероятные комбинации элементов для достижения всё более экзотических параметров системы.

Степень экзотики - мера волшебства (С) А.Кушелев


https://img-fotki.yandex.ru/get/173476/158289418.3a9/0_16e47b_387b69ea_orig.jpg



Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 83 457

Skype, 2016-12-26:

[8:48:39] Andrei: Один профессор, которому я написал, ответил что:
[8:48:46] Andrei: "Unfortunately, my specific expertise is not in protein folding but in docking."
[8:49:36] Andrei: Может ли быть от программы "Пикотехнология" польза для доккинга?
[8:54:38] Andrei: вот например что я нашел про доккинг
[8:54:40] Andrei: http://www.dockingserver.com/web

[8:55:05] Andrei: можно ли такое сделать на базе этой программы и как?
[9:03:46] Andrei: там и бесплатно можно расчет получить для сравнения
[10:38:48] Кушелев Александр Юрьевич: Польза для доккинга конечно. Ведь правильной формы молекулы легко состыкуются smile
[10:39:46] Andrei: ну так этим можно проверить программу?
[10:39:59] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно.
[10:40:06] Andrei: как именно
[10:40:21] Кушелев Александр Юрьевич: Если автоматически состыкуются белки, значит правильно сделаны
[10:40:34] Andrei: доккинг это состыковка белков?
[10:42:58] Andrei: ага
[10:43:03] Andrei: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0 … 0%BD%D0%B3



Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 83 484

Самоповерка пикотехнологии

Денис пишет:

Если вероятность одного из 4 кодов одинакова, то вероятность комбинации 1111111111111111111111 такая же как 1212121212121212121212, 2212331223213113113233, 3444134142143324442111 или любой другой комбинации с одинаковым количеством вариантов.

Кушелев: Совершенно верно! И одна из 2^44 комбинаций будет 1111111111111111111111

Но если Вы внимательно посмотрите на композиционные коды белков, то комбинация 1111111111111111111111 встретилась уже дважды, хотя я проверил всего несколько десятков белков. А это значит, что среди 2^44 белков попадётся не менее(!) 2^41 структур с последовательностью 1111111111111111111111

Как видите реальная частота выше случайной в 2^41 раз smile