Ruby Em Drive

Вводный материал для новичков

Кушелев: Лет 20 тому назад я тоже занимался магнитами, надеялся с помощью постоянных магнитов извлечь энергию эфира, оттолкнуться от него, но после очередной неудачи понял, что статические поля аналогичны скрюченной рыбе, которая плыть не может. Чтобы плыть, ей необходимо не давить с постоянной силой (это может и лежачий камень), а постоянно работать хвостом. Механические системы с постоянными магнитами теоретически могут добывать энергию эфира, но их эффективность зависит от соотношения скоростей магнитов и света. Поэтому от постоянных магнитов я перешёл к электромагнитам, а потом понял, что частота переменного поля электромагнитов должна быть такой, чтобы запаздывание было соизмеримо со скоростью света. Это возможно в том случае, если в катушках электромагнитов число витков не превышает ... 1. В таком случае катушка превращается в элемент резонаторного блока магнетрона, точнее супермагнетрона. 

Но делать такую штуку из проводника, например, меди с микронной погрешностью в домашних условиях проблематично, поэтому я переключился на диэлектрические резонансные системы.  Но их ещё включить надо, чем я, собственно и занимаюсь до сих пор

РЕКОРДЫ РУБИНОВОЙ ЭНЕРГЕТИКИ

РАССЫЛКА ЛАБОРАТОРИИ НАНОМИР ВЫПУСК 560

2016.10.04 16:15:26

Кушелев: В связи с отсутствие государственного финансирования и тем, что частные инвесторы не могут пока обеспечить нормальное финансирование лаборатории Наномир, принято решение открыть тему "Платные новости".

Понятно, что любые новости станут бесплатными, но, скажем, через год. А те, кто не хочет, как NASA отстать от лаборатории Наномир на 22 года, и даже на 1 год, смогут быть в курсе самых свежих новостей из лаборатории Наномир за умеренную плату.

Сегодня, например, в лаборатории Наномир планируется новый измерительный эксперимент, о результатах которого можно узнать уже сегодня или бесплатно через год. Через несколько дней может состояться эксперимент по включению рубинового источника энергии. Он тоже сначала будет доступен только инвесторами и остальным читателям форума и рассылки платно. А через год уже бесплатно. Это не только поможет ускорить создание рубиновой энергетики, но и поможет узнать, сколько читателей реально интересуются темами лаборатории Наномир, а сколько "праздно шатающихся" 

Как получить самые свежие платные новости?

Нужно оставить заявку в этой теме. Как только наберётся 10 заявок, платные новости будут разосланы заявителям по электронной почте. Если 10 заявок не наберётся, тогда эти новости будут доступны только инвесторам, которые профинансировали лабораторию Наномир не меньше, чем на 1000 евро.

Цена сегодняшних вечерних новостей 500 рублей.

Подписка.

Один выпуск новостей 500 рублей
Подписка на неделю 2000 рублей
Подписка на месяц 4000 рублей
Квартальная подписка 8000 рублей
Полугодовая подписка 12 000 рублей
Годовая подписка 20 000 рублей

Размеры рубиновой части резонансной системы: 85*57*57 мм. Внутренняя полость имеет размер 85*17*17 мм

2016.10.05 13:56:00

Новости для инвесторов и платные новости для читателей форума

Кушелев: Высокодобротные колебательные моды в резонансной системе с размерами рубиновой части: 85*57*57 мм обнаружены экспериментально. Подробности в платной части.

Новости для инвесторов и платные новости для читателей форума

В эксперименте от 2016-10-05 менялись формы рубиновой части резонатора.

При изменении формы составного рубинового резонатора существенно (в разы) менялась и добротность.

Изменение числа "этажей" позволяет ступенчато менять резонансные частоты

При этом добротность может оставаться высокой

Способ укладки рубиновых блоков очень важен...

От этого зависит, какая добротность будет у резонансной системы.

Конкретные параметры и самые интересные нюансы можно будет узнать в платной части новостей.

2016.10.06 01:21:25

Формы, механизмы, энергия наномира

Schivan пишет:

наукой я как раз интересуюсь, у меня просто денег на инвистиции нет. мне нравились трансляции когда вы в лаборатории работали и по скайпу с людьми темы обсуждали, атмосферные были видосы. и послушать было интересно и по дому что то сделать было можно. НО главное что бы у вас получилось с этим рубином, так что желаю удачи и научных открытий.

Кушелев: Благодарю за моральную поддержку. Понятно, что трансляции из лаборатории Наномир многим понравились. Но меня хватило лишь на 1 месяц. Ведь расплачиваться мне приходилось здоровьем, а оно у меня не бесконечное. Работники телевидения, которые работают в таком режиме, получают адекватную зарплату, поэтому могут и здоровье сохранить. А если бежать стометровку без дыхания, то сами понимаете, какой будет результат. Поэтому я решил сконцентрировать усилия на самом процессе создания рубиновой энергетики и транспорта, внедрении пикотехнологии и возвращении молодости (ну и пр. по мелочам). А прямые трансляции организует по случаю Ярослав Старухин. Иногда не совсем прямые, но вполне адекватные:

https://www.youtube.com/watch?v=GEUXIPs1lJE

https://www.youtube.com/watch?v=dcCTtEkCHuE

2016.10.14 11:04:52

Частота резонатора в центральном положении:

Нижнее медное зеркало и составной диэлектрический резонатор, состоящий из цилиндра (ИАГ-Cr) и цилиндрической линзы (Al2O3-сапфир).

Будем уменьшать размер (высоту) цилиндра из ИАГ-Cr, чтобы увеличить частоту от 2.289 до 2.45 ГГц, после чего можно пробовать включить от магнетрона микроволновки.

2016.10.14 12:20:13

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Кушелев: Составной резонатор "медь-ИАГ-сапфир" удалось настроить на частоту микроволновки

(видео): https://yadi.sk/i/yZZJoe4ywpadS

Заготовка сапфировой цилиндрической линзы до шлифовки плоской грани

Гибридный резонатор с составной диэлектрической частью настроен на частоту микроволновки!

2016.10.14 21:04:05

Новости для инвесторов и платные новости для читателей форума

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Эксперимент в микроволновой печи (2016-10-14) видеокадры:

2016.10.11 16:54:59

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Кушелев: Всем привет! Удалось выйти в инет из автомобиля нового инвестора 

Удалось получить режим, в котором слышен звук поверхностного разряда и такое свечение

Подробности смогу выложить на форум, когда будет оплачен интернет. Пока могу выходить лишь по случаю...

2016.09.28 16:33:29

Кто бы мог подумать, что можно делать крупные рубиновые резонаторы из блоков, как при сборке мегалитов? А оказалось, что параметры таких резонаторов практически совпадают с параметрами монокристаллических резонаторов...

2016.09.30 14:11:21

Формы, механизмы, энергия наномира

DSProLab пишет:

Kushelev пишет:

Если у Вас есть стержень диаметром 51 мм и длиной 90 мм, то нет проблем.

Я знаю,что у Вас там пылится стержень ИАГ, хоть и меньшего диаметра, зато по длине вполне подходит для подгонки под моды типа 1-1-n, где n - количество пучностей стоячей волны между зеркалами

Кушелев: Не факт, что эта мода подходит для извлечения внутренней энергии эфира. Нужно, чтобы между пучностями было, например, 2 пути с разностью фаз 90 градусов. Как в эллипсоиде. Напрямую между фокусами эллипса - пол волны, а через отражение от границы раздела сред - на четверть волны больше. Тогда будет выполняться условие преобразования внутренней энергии эфира в колебательную форму.

Подробнее: http://subscribe.ru/archive/science.new … 80622.html

Зеркала нужны лишь для того, чтобы снизить потери в эллипсоидальном резонаторе. Поле внутри параллелепипеда практически той же формы, что и внутри эллипсоида:

2016.09.29 00:19:41

Из 7Gb видео, отснятых сегодня, интерес представляет несколько десятков кадров последнего фрагмента, где сразу после включения магнетрона неожиданно расплавились нити в верхнем и нижнем ярусах резонатора.

На видеозаписи слышен звук поверхностного разряда. Чтобы получить свечение резонатора, нужно на порядок увеличить напряженность поля.

Это можно сделать либо увеличив добротность на порядок, либо мощность. Мощность мы увеличить не можем, значит придётся увеличивать добротность. В нашем случае добротность была в интервале 3000...10 000. Её можно увеличить на порядок, если выполнить следующие действия:

1. Склеить по 3 блока.
2. Отшлифовать параллельные грани максимальной площади.
3. Склеить по 3 слоя, состоящих каждый из 3 блоков.
4. Отшлифовать все грани сборок по 9 блоков.
5. Настроить резонатор на частоту 2.45 ГГц, проложив между сборками по 9 блоков, например, 2 слоя "кирпичиков", как это было в сегодняшнем эксперименте.
6. Склеить кирпичики в сборку-слой N3. Эта сборка будет размещёна между двумя сборками по 9 блоков.
7. Отшлифовать большие грани сборки N3.
8. Склеить все три сборки.
9. Настроить шлифовкой сборный резонатор на частоту 2.45 ГГц.

2016.09.30 15:03:06

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

МАУС пишет:

Или вам магнетрон переделать и всю схему собрать?

Кушелев: Импульсный магнетрон уже есть

Он в 1000 раз лучше магнетрона в микроволновке, т.к. при длине волны 5 мм для включения рубинового источника энергии нужно в десятки раз меньше мощность, чем при длине волны 13 см. И диапазон более удобный. Под него подходят 5-мм шарики по 0.4 USD 

Но главная трудность - не магнетрон, а модулятор, который должен сформировать импульс, у которого "полочка" выдержана с погрешностью не более 0.01% по напряжению. У Вас есть схема такого модулятора?

Пикотехнология белков

http://nanoworld88.narod.ru/data/227.htm

Видео

Пикотехнологическая модель псевдоуридиновой петли тРНК показывает, что расположенный на краю петли цитозин обладает подвижностью, является резонансной системой, которая обладает свойствами детектора акустических колебаний, источником которых является рибосома. Одна из двух (псевдоуридиновая или дигидроуридиновая) петель, которая находится ближе к источнику гиперзвука, возбуждается сильнее, среднее положение цитозина смещается, увеличивая длину петли. В результате, петля начинает двигаться медленнее, и тРНК заворачивает на источник гиперзвука, т.е. к рибосоме.

Схематическое изображение тРНК. На краях псевдоурациловой и дигидроурациловой петель изображены азотистые основания (цитозины) в невозбуждённом состоянии. В отсутствии акустического сигнала рибосомы тРНК движется по прямой, вращаясь вокруг большой оси.

Если же появляется акустический сигнал рибосомы, то цитозины начинают колебаться, причём амплитуда колебаний возрастает, если цитозин приближается к рибосоме. При этом ближний к рибосоме цитозин сильнее тормозит, в результате чего тРНК заворачивает к источнику акустического синала, т.е. к рибосоме.

Приблизительно так работает навигационная система тРНК

Упрощённая модель тРНК, визуализирующая механизм навигации тРНК.
Крайние цитозины псевдоурациловой и дигидроурациловой петель тРНК подвижны и являются элементами резонансного рулевого управления тРНК. Амплитуда асимметричных колебаний цитозинов тем выше, чем ближе они к источнику гиперзвука, которым является активный центр рибосомы. Таким образом, тРНК плывут на зов рибосомы.

Скрипт для 3DS Max:

b1 = box length:1 width:1 height:1 pos:[-3,0, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b2 = box length:1 width:1 height:1 pos:[-2,0, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b3 = box length:1 width:1 height:1 pos:[-1,0, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b4 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,0, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b5 = box length:1 width:1 height:1 pos:[1,0, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b6 = box length:1 width:1 height:1 pos:[2,0, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b7 = box length:1 width:1 height:1 pos:[3,0, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b8 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,1, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b9 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,2, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b10 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,3, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b11 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-1, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b12 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-2, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b13 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-3, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b14 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-4, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b15 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-5, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
g1 = group #(b1,b2,b3,b4,b5,b6,b7,b8,b9,b10,b11,b12,b13,b14,b15)
c1 = box length:1 width:0.2 height:1 pos:[-3.65,-0.55, -0.5] wirecolor: [255,255,0]
c2 = box length:1 width:0.2 height:1 pos:[3.65,-0.55, -0.5] wirecolor: [255,255,0]
c1.pivot = [-3.6,-0,-0,5]
rotate c1 -90 [0,0,1]
c2.pivot = [3.6,0,-0,5]
rotate c1 90 [0,0,1]

На современном компьютере можно будет создать компьютерную графику с менее упрощённой моделью тРНК...

Материал с форума лаборатории Наномир:

Пространственная структура биомолекул

Victoria: Крайние цитозины псевдоуридиловой и дигидроуридиловой петель формируют канонические комплементарные пары с гуанинами даже во вторичной структуре клеверного листа.

Кушелев: Нет, на схеме показано, что они не образуют комплементарных пар:

Крайние гуанин и цитозин соединены только через фосфатные группы.

Victoria: Такие пары G-C расположены в начале каждой из трёх петель тРНК (а также входят в состав всех стеблей тРНК). Поэтому "крайние" цитозины быть "ластами" тРНК при её движении на зов рибосомы НЕ МОГУТ.

Кушелев: В начале петель действительно расположены комплементарные пары G-C, но на краю петель расположены одиночные нуклеотиды G и C, которые не образуют между собой водородных связей.

Victoria: Понятно, Вы имели в виду цитозин на другом краю псевдоуридиловой петли.Но в дигидроуридиловой петле цитозина то НЕТ. Что мы будем с этим делать. Кто будет ластами махать вместо цитозина?

Кушелев: А если внимательнее посмотреть?

Виктория Соколик: На этой схеме ошибка. Я специально сверялась с данными тРНК-банка: цитозина в дигидроуридиловой петле нет. Обе петли (дигидроуридиловая и псевдоурациловая) состоят из 7 нуклеотидов каждая. Посмотрите сообщение №39 этой темы.

Кушелев: Если не CG, то UG. Резонансные частоты могут совпадать. Кстати, в таблице есть очень полезная информация. Особенно по вариабельным петлям... Кстати, нет ли у Вас таблицы, где вместо кодонов типа XYA находятся 64 кодона в явном виде?

Виктория Соколик: Если Вы спрашиваете о таблице с первичной структурой петель изоакцепторных тРНК, то я её составляла сама по данным из тРНК банка. В последнем приведена информация не для всех разновидностей изоакцепторных тРНК для каждой аминокислоты. В моей таблице представлена информация по тем аминокислотам, для которых информация наиболее полная. Что же до дуплета первых двух нуклеотидов кодона, то что Вам мешает подставить туда соответствующие буквы (G, C, U или А) вместо X и Y.

***

Кушелев: Модельный эксперимент поможет выяснить, какова степень балансировки тРНК. Если разбалансировка на уровне одного нуклеотида, то моя гипотеза подтвердится. Но это не будет означать, что Ваша гипотеза будет опровергнута. Ведь органические молекулы, в частности, тРНК многофункциональны...

***

Кушелев: L-образная форма тРНК - гипотеза, которая фактически уже опровергнута моим модельным экспериментом. Хотя любая тРНК может "склеить ласты", и стать L-образной.

Виктория Соколик: L-образная форма тРНК -- это экспериментальный факт, который Вы "опровергли" модельным экспериментом только для себя.

Кушелев: А с чего Вы взяли, что это вообще факт, а не гипотеза? И даже если в каком-то эксперименте закристаллизовали "стаю" тРНК, и эти тРНК в процессе кристаллизации "склеили ласты", то отсюда не следует, что до кристаллизации тРНК были L-образными. Согласны?

***

Виктория Соколик: ... рассчитайте резонансную частоту для тРНК по формуле Томсона, а потом в эксперименте с флюоресцентно-меченными тРНК продемонстрируйте их "столпотворение" на зов синтезатора. Это будет отличным Вашим собственным неопровержимым результатом к пикотехнологическому конгрессу.

Кушелев: Частоту колебаний цитозинового "руля" можно оценить по формуле Томсона для пружинного и математического маятников. Длина маятника порядка нанометра. Масса маятника на порядок превышает массу атома углерода, т.е. составляет ~120 углеродных единиц. С коэффициентом упругости, конечно, сложнее, но можно схитрить. Можно оценить верхнее значение линейной скорости колебаний азотистого основания. Она должна быть того же порядка, что средняя скорость теплового движения молекул воды, т.е. ~10^3 м/с или меньше. Если скорость 10^3 м/с, то нанометр с этой скоростью можно пройти за 10^-9 / 10^3 = 10^-12 сек, т.е. за пикосекунду. Таким образом, верхняя оценка частоты собственных колебаний цитозинового "руля" составляет 1THz. Таким образом, можно начать с терагерца и постепенно понижать частоту синтезатора. Как только частота совпадёт с собственной частотой цитозиновых "рулей", тРНК поплывут к источнику гиперзвука, и это можно будет увидеть в оптический микроскоп.

 Разгадана технология трансляции!

Два изомера метилинозина. Слева изомер Александра Кушелева, справа - Виктории Соколик.

 Начинаем сборку антикодоновой петли тРНК

Пикотехнологическая модель комплекса, состоящего из антикодоновой петли тРНК и триплета иРНК была создана в лаборатории Наномир 2011-03-15. Вверху расположена комплементарная пара G-C (гуанин-цитозин).
К гуанину через продольную диэфирную связь присоединён псевдоурацил, который образует комплементарную пару с инозином антипараллельной цепи тРНК. К инозину через продольную диэфирную связь присоединён урацил, к нему ещё один урацил, а затем цитозин, с которого мы начали моделирование антикодоновой петли тРНК. Фрагмент петли: -G-Psi...I-U-U-C- замкнулся. Этот фрагмент отдельно показан на видео: http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/18/

Пикотехнологическая модель метилинозина m1I. Правильность этой модели подтвердилась при сборке пикотехнологической модели антикодоновой петли тРНК.

Виктория Соколик: Вы в моей модели метилинозина выпятили метильную группу и оголили торцы блока. Не красивый у Вас "правильный" метилинозин вышел и скорее всего малоустойчив, поскольку открытая и неравновесная структура. Вы уж простите меня на добром слове, Ваша новая модель метилинозина еще хуже предыдущей.

Теперь продолжим моделирование петли, присоединяя к псевдоурацилу метилинозин, затем цитозин и гуанин, который в свою очередь присоединяется к инозину. Цитозин и гуанин - два нуклеотида антикодона. Они располагаются так же, как в линейной одноцепочечной РНК. Метилинозин расположен под прямым углом к оси антикодона. Чтобы разобраться, какую функцию он выполняет, достроим модель триплетом иРНК.

Первый и второй нуклеотиды триплета иРНК образовали комплементарные пары со вторым и третьим нуклеотидами антикодона тРНК. Третий нуклеотид не образует комлементарной пары ни с инозином, т.к. инозин уже образовал комплементарную пару с пседоурацилом, ни с метилинозином, который, как показывает пикотехнологический модельный эксперимент, срезает продольную диэфирную связь, т.е. отрезает третий нуклеотид иРНК от иРНК. Что же происходит дальше?

Напомню, что тРНК движется не только поступательно, но и вращается вокруг большой оси, соединяющей антикодоновую петлю с АСС-концом.

Естественно, что она продолжает вращаться и после образования комплекса с триплетом иРНК, т.к. в процессе образования комплекса срабатывает "Бритва Кушелева", т.е. метилинозин отрезает триплет иРНК, который начинает вращаться вместе с тРНК. тРНК вращается в рибосоме до тех пор, пока третий нуклеотид иРНК не образует комплементарную пару с одним из нуклеотидов рибосомы. Три нуклеотида должны быть расположены приблизительно через 120 градусов, но должен быть и четвёртый нуклеотид рибосомы, расположенный рядом с одним из трёх. Два соседних нуклеотида рибосомы позволяют делать выбор между альфа-спиралью и 310-спиралью.

Виктория Соколик: Всё это занимательно, но слишком сложно. Природа выбирает изящные и лаконичные решения. Я не разделяю Ваших представлений и не буду даже аргументировано опровергать, потому что ВСЁ не так.

Пикотезнология белков

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201201/22182353.html?fromissue=1

Благодаря поддержке инвесторов (приобретен мощный компьютер), в лаборатории Наномир появилась возможность полноценно моделировать крупные белки, в частности, коллаген. Слева упрощённая модель одной молекулы коллагена, а справа - полновесная (кольцегранная + шар-труба), построенная с помощью скрипта Савина-Кушелева.

Полновесный скрипт Савина-Кушелева сохраняет файлы в стандарте PDB (Protein Data Base), которые фактически являются коммерческим продуктом лаборатории Наномир, т.к. имеют более высокую точность, чем файлы, полученные с помощью РСА (рентгеноструктурного анализа).

Файл с координатами атомов коллагена

Напомню, что цена модели зависит от точности ~квадратично. Точность пикотехнологической модели выше, чем точность РСА в ~1000 раз. Следовательно её цена в ~1 000 000 раз выше. А для тех белков, которые не кристаллизуются, РСА вообще непригоден. Тем не менее РСА не потеряет актуальность, т.к. позволяет исследовать модифицированные структуры белков, что недоступно первой коммерческой версии программы Пикотех, в которой учтена только модель рибосомы.

Файл в стандарте PDB позволяет смотреть структуру белка стандартными браузерами, а так же использовать программы, которые учитывают физико-химические взаимодействия на уровне нанотехнологии.

Например, Swiss viewer умеет рассчитывать поверхность молекулы (на уровне нанотех, естественно)

А те, кто желает изучить пикотехнологическую модель "по полной программе", могут установить на свой компьютер 3DS Max и открыть файл (150Mb) со структурой спирали коллагена (полтора витка, образованные 16-ю молекулами коллагена

В этом файле кроме 16 моделей молекулы коллагена содержится ещё одна упрощённая модель коллагена. Из неё можно построить спираль раз в 40 длиннее, чем из полновесной (кольцегранной) при том же числе треугольных граней.

Отдельные кадры (3200x2400)

Если у Вас есть желание сделать профессиональную компьютерную графику на основе пикотехнологических моделей, могу дать все необходимые данные ...

 Анимацию спирали коллагена можно просматривать по кадрам (3200х2400 пикселей, 140  кадров) в архиве.

 Кадры записаны в стандарте jpg, что позволяет просматривать анимацию по кадрам в обычном браузере картинок.

Эта анимация сделана из 3 кадров, уменьшенных до размера 1450x1088. Модель для 3DS Max.

 Нобелевский глюк рибосомы ...

2012-01-17

[8:10:10] L: Поправленный перевод: The business offer for a owners of your company. In the near future auction of high technologies of laboratory the Nanoworld can take place. We offer the new standard of structure of peptide (protein) PIKO. This standard now is discussed at forums. At schools of Russia since 2005 study pikotechnological models of atoms, molecules and crystals. Precision pikotechnological models ~1000 times higher than precision of nano-models. Your firm could become the leader of sales pikotech-models... I invite you to auction of high technologies of laboratory the Nanoworld

[8:49:32] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю! 

Зелёным цветом показана информационная РНК, которая якобы проходит сквозь рибосому. В действительности, существует разрыв иРНК длиной ~30 нуклеотидов. Откуда он берётся? тРНК приплывает с очередной аминокислотой, врезается во входящий в рибосому конец иРНК и откусывает от неё триплет. Далее поворачивается по инерции до терминирующего поворот рибосомального нуклеотида. После этого другой (АСС) конец тРНК вставляет аминокислоту в растущую белковую молекулу. Затем тРНК (вместе с триплетом иРНК!) поворачивается вокруг аминокислотного остатка на тупой угол. При этом триплет иРНК уходит на расстояние около 3 витков спирали РНК от первоначального положения. Далее тРНК снова поворачивается, отсоединяясь от растущей белковой молекулы, но после того, как к ней присоединён следующий аминокислотный остаток. Вращается она до тех пор, пока не присоединит триплет иРНК к выходящему концу. Таким образом, создаётся иллюзия, что иРНК проходит сквозь рибосому без изменений. На самом деле на входе в рибосому иРНК дробится на триплеты, а на выходе из рибосомы снова собирается в спираль РНК.

Этот процесс оказался незамеченным для исследователей структуры рибосомы, которые получили за эту структуру нобелевскую премию в 2009-ом году. При этом заявленная точность структуры рибосомы ~2 ангстрема, а реальная ошибка превосходит в полтора раза габариты тРНК, т.е. достигает ~3 витков РНК (~30 нуклеотидов). Таким образом, реальная ошибка модели рибосомы порядка 240 ангстрем (24 нанометров, 24 000 пикометров).

Рибосомы эукариот: 80S, размер - 22x32 нм. Они крупнее прокариотических.

Шаг спирали ДНК/РНК гораздо длиннее!

По вертикальным ступеням ходить горизонтально? 

 Пикотехнологическая модель показывает, что длина витка спирали не 3.4, а 8 нм!

Величина 3.4 нм гипотетическая... Пикотехнологический модельный эксперимент опровергает эту гипотезу 

Модельный эксперимент показывает, что при образовании ступени ДНК параллельно с водородными связями образуются поперечные фосфодиэфирные связи:

Пикотехнология белков

Научные работы Виктории Соколик

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201004/19221806.html

Уважаемые читатели! Предлагаю Вашему вниманию научную статью Виктории Соколик, содержащую очень важное научное открытие, которое помогла сделать программа "Пикотех". Речь идёт о механизме возникновения обширной группы наследственных болезней, с которыми можно справиться благодаря пикотехнологии. В связи с важностью научного открытия привожу статью полностью.

Украiнський вiсник психоневрологii – 2009. – Т.46, вип.8.- С. 116—121.

Научные работы Виктории Соколик

Обсуждение на форуме лаборатории Наномир.

Виктория Соколик в лаборатории Наномир

16 апреля 2010 года Виктория Соколик приехала в г. Дмитров

Ещё на железнодорожном вокзале началась научная дискуссия на тему "Пикотехнологические модели ДНК"...

Богиня биологии перевернула пакет, и из него, как из Рога изобилия посыпались пикотехнологические модели белковых молекул и молекул РНК/ДНК...

Ярослав Старухин: "Разрешите заснять Ваши пикотехнологические модели на видео!"

Александр Кушелев: "Пока Ярослав записывает Ваши замечательные модели на видео, позвольте полюбопытствовать, как Вам удалось сделать модели такими яркими, цветными?"

Виктория Соколик: "Вообще-то это - Ноу-Хау, но Вам я по секрету скажу. Я покрасила кольца лаком для ногтей разных цветов"

Кушелев: Я бы до этого гениального решения ни за что бы не додумался!

В качестве лирического отступления предлагаю посмотреть 45-секундную ТВ-передачу из лаборатории Наномир, где речь идёт о пикотехнологической модели молекулы тимогена.

Это - материал из видеоархива лаборатории Наномир. Первая часть видеоархива. Там Вы сможете посмотреть самые первые видеозаписи из лаборатории Наномир, сделанные в 1992-1993 годах.

Кушелев: Ого! Они у Вас ещё и поворачиваются на шарнирах?!

Виктория: А Вы как думали? Эта модель показывает переход ротамеров, кодируемых композиционным генетическим кодом. В первом приближении наши модели совпадают, но есть, как видите, и отличия. Например, радикал аминокислот в моей модели соединён с другой гранью атома углерода.

Виктория: Эта модель помогла мне сделать научное открытие, о котором я рассказываю в научной статье. Эту статью Вы можете опубликовать на форуме вместе со ссылкой на публикацию в академическом журнале.

Кушелев: Я правильно понял, что серебристым цветом в этой модели показаны CH3-группы, т.е. радикалы аланина?

Виктория: Совершенно верно! А эта модель показывает переход ротамеров. Следующий остаток в этой модели может поворачиваться вокруг оси и фиксироваться в положениях 0, +120 и -120 градусов.

Вот я поворачиваю следующий остаток относительно предыдущего и получается другой ротамер, который, естественно, кодируется другим триплетом ДНК.

Кушелев: Вижу. Это третий вариант композиции, т.е. третий ротамер по Вашей терминологии.

Виктория: А это - пикотехнологическая модель амфипатического участка спирали белка. Каждый четвёртый радикал несёт электрический заряд, с помощью которого происходит слипание амфипатических участков спиралей...

Кушелев: Амфи... что?

Виктория: Амфипатического участка.

Кушелев: Надо запомнить ... 

А модель впечатляет. Надо будет почитать Вашу научную статью...

Ярослав: А что за научное открытие позволила сделать эта пикотехнологическая модель?

Виктория: Мне удалось найти правильное расположение амфипатических участков, которые раньше были определены неправильно.

Сейчас я покажу Вам статью и схему этого белка на компьютере...

Кушелев: Отлично. А я пока запишу на видео, как работает Ваша модель ротамеров...

Виктория: А в правой руке у Вас - модель иминокислоты пролина.

Кушелев: Да, модели шикарные. А NH2-группа в пролине у Вас расположена иначе, чем в аминокислотах?

Виктория: Да.

Кушелев: У меня тоже сначала была модель, где группа NH2 пролина была расположена иначе, чем в аминокислотах, но позднее я пришёл к выводу, что она находится там же, только вместо жёсткой связи соединена с группой COOH гибкой связью, что позволяет в этом месте организовать сустав между участками альфа-спиралей или других вторичных структур.

Поэтому пролин ставится в растущую белковую цепь так же, как и аминокислоты.

Кушелев: Все отличия между нашими пикотехнологическими моделями можно обсудить позже на форуме. Там же мы можем разобраться, какая из моделей ближе к истине. Мне без разницы, моя или Ваша. Главное - выяснить, какая конкретно.

Кушелев: В чём отличие между нашими моделями мне понятно. Дальше эти отличия можно обсуждать на форуме, а теперь хотелось бы посмотреть Ваши научные статьи на компьютере...

Самые интересные фрагменты научной дискуссии удалось записать на видео благодаря Анатолию Шестопалову. Благодарим Вас, Анатолий!

Люба тоже принимала активное участие в дискуссии и в конце-концов разобрала модель ротамеров, но смогла потом снова собрать. 

Кушелев: Модель АСС-конца транспортной РНК помогает понять, под каким углом расположены следующий и предыдущий аминокислотные остатки в момент выдавливания группы OH предыдущего остатка группой NH3 следующего остатка.

Виктория: А давайте сделаем модель транспортной РНК целиком.

Кушелев: Так там 90 ступеней ДНК...

Виктория: Ну и что? Не так уж много. Можно на компьютере попробовать.

Кушелев: Лучше изготовить модель из колец. На компьютере будет проще потом сделать.

Вероятно, установка следующего аминокислотного остатка осуществляется под таким углом. Иначе OH-группа не сможет выйти в раствор...

Виктория: Вращение ротамеров у нас происходит вокруг этой оси.

Кушелев: А вращение аминокислоты с t-RNA может происходить вокруг другой оси, которая наклонена, например, под тетраэдрическим углом. Кстати, это позволяет уменьшить число ошибок в работе рибосомы...

Именно модельный эксперимент позволяет понять, как же работает рибосома...

Справа мы видим фрагмент транспортной РНК (АСС-конец с закреплённой на нём аминокислотой). Группа NH2 должна выдавливать группу OH из предыдущего аминокислотного остатка.

Слева мы видим ротамерную модель Виктории Соколик, которая помогает понять, под каким углом должна двигаться группа NH2, чтобы группа OH смогла выйти в раствор, не разрушив предыдущий аминокислотный остаток.

Различий между пикотехнологическими моделями Виктории Соколик и моими мало. Они заключаются в расположении радикала. Виктория расположила радикал так же, как и Дмитрий Кожевников.

Виктория Соколик: Значит, в Вашей модели аминокислота удерживается АСС-концом т-РНК с помощью 4 нехимических связей?

Кушелев: Да, четырьмя вандерваальсовыми связями.

И этого достаточно, чтобы удержать аминокислоту?

Кушелев: А почему бы и нет?

Виктория Соколик: Видите, какой получился симметричный граф композиций аминокислот?

Кушелев: Это, конечно, здОрово, но нужно разобраться, симметричен он только в теории или в реальности? Может быть в реальности граф композиций не так уж и симметричен? 

Виктория: Такая симметрия соответствует другой таблице композиционного генетического кода.

Кушелев: А на сколько она отличается от моей?

Виктория: 4 варианта композиции из 64 другие.

Кушелев: -Это мелочи.

Виктория: В науке мелочей не бывает.

Кушелев: Да я шучу. Кстати, даже если все варианты были бы неправильными, то по сравнению с самим фактом существования композиционного генетического кода - это мелочь. Но таблицу, конечно же нужно проверить. Может быть там содержатся ошибки, причём даже такие, о которых мы ещё не знаем...

Виктория: А вот и амфипатические участки, которые удалось открыть с помощью программы "Пикотех". Они оказались совсем не там, где считалось ранее.

Кушелев: Я уже давно заметил, что рентгеноструктурный анализ не позволяет выявлять некоторые структурные особенности белков. Программа "Пикотех" позволяет многое уточнить в базах данных по структурам белка.

А тематика конференции в Сыктывкаре очень даже связана с эликсиром "вечной молодости"... 

Виктория убеждена, что старость не запрограммирована. Тем не менее она уже помогла мне уточнить методику создания эликсира "вечной молодости".

Виктория оставила электронные копии своих научных работ, в т.ч. связанных с пикотехнологией.

Сегодня я постараюсь опубликовать эти работы на форуме лаборатории Наномир.

Люба: Уважаемые участники конференции, не пора ли перекусить?

Можно начать здесь, а продолжить на кухне...

Кушелев: В чём отличие между нашими таблицами композиционного генетического кода мне понятно. Обсудить это можно на форуме, а сейчас предлагаю сделать антракт и переместиться на кухню 

Научные работы Виктории Соколик

Доклад Виктории Соколик на III Международной конференции «Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины».

Тезисы докладов (1-4 октября 2009 г.), Ростов-на-Дону. – С. 54.

Научные работы Виктории Соколик

Материал с форума лаборатории Наномир.

Кушелев: Обратите внимание на структуру с чередованием кодов альфа-спирали и 3/10-спирали. Могла бы быть такая последовательность кодов, если в таблице не было бы разницы между кодом альфа-спирали и 3/10-спирали?

Виктория: А почему нет?

Кушелев: Трудно поверить, что "гребёнка" 141414141414, где 1 - код альфа-спирали, а 4 - код 3/10-спирали, возникла случайно.

Давайте найдём такие структуры, которые покажут, какая из таблиц правильная.

Начать можно с того, что моя таблица была построена по конкретным экспериментальным данным.

Давайте посмотрим, какие структуры моделей для этих белков получатся при замене моей таблицы на Вашу?

Если структуры изменятся несущественно, значит между нашими таблицами нет принципиальной разницы. Если же изменения будут принципиальными, значит разница есть и с помощью экспериментальных данных можно будет сделать выбор между таблицами.

Пикотехнологические модели Виктории Соколик.

На дмитровском валу...

Татьяна Кушелева и Виктория Соколик заинтересовались мегалитическим объектом дмитровский вал.

Татьяна Кушелева и Александр Кушелев на мегалитическом объекте, дмитровском валу.

16 апреля 2010 года.

Фото Виктории Соколик.

Историческая встреча в г.Дмитрове.
Александр Кушелев, Виктория Соколик.

16 апреля 2010 года.

Фото Татьяны Кушелевой.

Знакомьтесь, богиня биологии, Виктория Соколик. Дмитровский вал, 16 апреля, 2010г.

Виктория Соколик и Татьяна Кушелева спускаются с дмитровского вала.

Виктория сказала, что г.Дмитров ей понравился.

Пикотехнология белков

Композиционный генетический код в действии

Пикотехнологические модели четвертичной структуры гистонов.

Семиричная симметрия шаперонов.

https://www.nulled.cc/threads/239379/

Александр Кушелев: Ко мне сегодня зашел инвестор, дал 1000 долларов и сказал: Если через неделю сможешь из 1000 долларов сделать 10 000, то я тебе дам миллион. А если не сможешь, то больше не дам ничего. Я его спрашиваю, а если 1000 долларов пропадёт, возвращать надо? Он сказал, что не надо. Я так думаю, что 10 000 долларов из 1000 за неделю сделать нереально, поэтому лучше организовать лотерею. Я отдам эти 1000 долларов случайному человеку сделавшему репост этого сообщения. И не потому что мне не нужны деньги. Просто 1000 долларов для меня погоды не сделает, а ваши репосты дадут мне ... нет, не 10 000 долларов за неделю. Это нереально. Зато позже ваши репосты дадут мне доход от 10 000 долл. в день. Я не боюсь рассказать, как это получится. Дело в том, что это может получиться только у меня. В 1992-ом году я сделал научное открытие, открыл композиционный генетический код. Он отличается от обычного тем, что кодирует не только аминокислоты, но и углы поворота между ними. Казалось бы мелочь, но это позволяет по коду мгновенно определить структуру белка. А пока на определение одной структуры белка уходит до 3 месяцев работы лаборатории рентгеноструктурного анализа. Причём точность новой технологии в ~1000 раз выше. Рентгеном можно определять структуру только кристаллов, а ~97% белков не кристаллизуются. Т.е. моё открытие в 30 раз превосходит рентген! Все лаборатории планеты за один день могут определить 20-30 структур. Моё научное открытие позволяет мне одному определять до 100 структур в день. Это значит, что я могу ежедневно выполнять заказы на миллион евро. Тысячи репостов моего сообщения помогут найти менеджеров, которые будут находить заказы на структуры белка. Мне не жаль отдать им 60% с каждого заказа, например, 6000 евро из 10 000. На таких условиях будут работать тысячи менеджеров, т.к. обычно менеджерам выплачивают несколько процентов от стоимости крупных заказов. Мне выгодно отдать менеджерам больше половины, т.к. я могу делать до 100 заказов в день, поэтому всё-равно заработаю больше. Менеджеров-то много, а я один Осталось придумать правила лотереи, чтобы всё было законно. Я не хочу иметь неприятности. Кроме того, я не люблю обычные лотереи, в которых один выигрывает, а остальные огорчаются. Ведь в этом случае получается, что лотерея даёт радость одному и горе тысячам. И я придумал, как это исправить. Лотерея будет считаться завершенной, если я получу первый коммерческий заказ на структуру белка. Кому логично отдать 1000 долларов? Самому достойному участнику лотереи. Как его определить? Это уже решать вам. Свои 4000 долларов за первую структуру белка я отдам ещё 4 участникам лотереи. Как их определить? Очень просто. В порядке очереди. Кто первый сделал репост, тот первым и получит 1000 долл. Вместе с ним получат ещё 3 участника согласно очереди. Со последующих заказов структур белка я отдаю на выигрыши половину своей доли, т.е. 6000 - менеджеру, 2000 - мне и 2000 - участникам лотереи. С выполнением каждого заказа свои выигрышы будут получать двое из участников в порядке очереди. Если всего участников будет 1000, то после выполнения 500-го заказа каждый из 1000 участников получит по 1000 долл. Как Вам такая лотерея? Верить на слово мне не обязательно. Можно оформить юридически. А чтобы упростить работу менеджеров я готов первые 100 заказов сделать за свой счет. Для меня это - один день работы


Clyde Bardett: I have got the same !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

Александр Кушелев: Autotranslation: To me today went investor, gave $ 1000 and said: If in a week can from $ 1000 to do 10 000, then I'll give you a million. And if you can't, then don't give anything. I asked him, and if $ 1000 to fail, the return must be? He said he did not have. I think that 10 000 dollars from 1000 per week impossible to do, so it's better to organize a lottery. I will give these a $ 1,000 casual man made репост of this message. And it's not because I don't need money. Just $ 1000 for me, the weather does not do, and your репосты will give me ... no, not 10 000 USD for the week. It is unreal. But later your репосты will give me an income of $ 10,000 a day. I'm not afraid to tell the story of how this will work out. The fact that it can happen only to me. In 1992 I made a scientific discovery, opened composite genetic code. It differs from a standard that encodes not only amino acids, but and angles between them. It would seem a trifle, but it allows the code instantly determine the structure of the protein. Meanwhile, the definition of one of protein structure takes up to 3 months the work of the laboratory of x-ray analysis. The accuracy of new technologies in about 1000 times higher. X-ray you can define the structure of only the crystals, and AC 97% of proteins do not crystallize. I.e. my discovery in 30 times greater than the x-ray! All laboratories of the planet in one day can determine 20-30 structures. My scientific discovery allows me to one define up to 100 structures in the day. This means, that I may daily perform orders for one million euros. Thousands of репостов of my posts will help you to find managers who will find orders for protein structure. I'm not sorry to give them 60% with each order, for example, 6,000 euros from 10 000. In such conditions they will work thousands of managers, because it usually managers pay a few percent of the value of major orders. Is it profitable for me to give managers more than half, because I can make up to 100 orders a day, so all the same to earn more. Managers much, and I'm one Remains think of the rules of the lottery, so that everything was legal. I don't want to have troubles. In addition, I do not like conventional lottery, in which one wins, and the rest of the people will be annoyed. In fact, in this case it turns out that the lottery gives joy to one and mount the thousands. And I figured out how to fix it. The draw will be considered completed, if I get the first commercial order for the structure of protein. To whom it is logical to give $ 1000? Most worthy participant of the lottery. How to define it? It is already up to you. Its $ 4000 for the first structure of protein I will give another 4 participants of the lottery. How to define them? Very simply. In turn. Who first made репост, the first and will receive $ 1,000. Together with him will receive 3 more of the participant according to the queue. With subsequent orders structures of protein I give the winnings half of its shares, i.e. 6000 - Manager of the 2 - me and 2 - participants of the lottery. With the execution of each order your prize will receive two of the participants in the line. If all of the participants will be 1000, after the 500-th order each of the 1000 participants will receive $ 1,000. As You are such a lottery? Believe the word I don't have to. Can be issued legally. And in order to simplify the work of the managers I am ready to the first 100 orders to do at his own expense. For me it's one day of work.

2012.04.07 13:44:30

Пикотехнология - новый подход в моделировании пространственной структуры белка. Кушелев А.Ю. Соколик В.В.

Текстовый вариант статьи:

ПИКОТЕХНОЛОГИЯ – НОВЫЙ ПОДХОД В МОДЕЛИРОВАНИИ
ПРОСТРАНСТВЕННОЙ СТРУКТУРЫ БЕЛКА

Кушелев А.Ю., Соколик В.В.

Научно-исследовательская лаборатория "Наномир", Дмитров
ГУ «Институт неврологии, психиатрии и наркологии АМНУ», Харьков

В настоящее время наибольшей популярностью пользуются научные исследования с приставкой «нано»: речь идёт об объектах, размер которых лежит в диапазоне 1-100 нанометров [3, с. 28; 16, c. 6]. Однако при моделировании атомов в составе биомолекул возникла необходимость оперировать конфигурацией электронов, формирующих внешний валентный уровень, который и определяет объем, занимаемый тем или иным атомом в пространстве, а это уже размерность пикометров (10-12 м). Пикотехнология, методический подход для моделирования пространственной структуры белка, опирается на следующие представления о микромире:
· кольцегранная структура электронных орбиталей (электронов) в атоме, которая детерминирует в первом приближении форму атома в виде усечённого октаэдра (рис. 1), грани которого – электроны валентного энергетического уровня [17, c. 49; 4, с. 46; 1, с. 73];
· геометрический алгоритм объединения атомов в молекулах определяет не только межатомные расстояния (длины связей), но прежде всего углы поворота по этим связям, кратные 120о в трёхмерном пространстве [2, c. 237; 5, с. 137];
· ротамерный вариант пептидной связи, которая объединяет аминокислотные остатки в полипептид, детерминирован третьим нуклеотидом кодона [2, c. 237; 18, c. 347] и реализуется в ходе матричного синтеза структурного шаблона белка на рибосоме пулом изоакцепторных тРНК [6, c. 13].

А Б

Рис. 1. Кольцегранная модель валентной электронной оболочки атома из 8 электронов (А) и её аппроксимация усеченным октаэдром (Б) в моделях белков.

Десять лет назад А.Ю. Кушелевым была сформулирована идея композиционного генетического кода [2, c. 237], которая была расширена представлениями о кодировании ротамерии пептидной связи и структурного шаблона белка [18, c. 348; 19, с. 275; 20, c. 118]. В таблице композиционного генетического кода каждому варианту композиционного кода, в зависимости от кодона, соответствовало определённое значение композиционного угла, под которым в ходе матричного синтеза происходит присоединение очередного аминокислотного остатка к растущей полипептидной цепи. Данная таблица легла в основу алгоритма первого варианта компьютерной программы «Пикотехнология» для моделирования пространственной структуры белка по детерминирующей его нуклеотидной последовательности. Дальнейшая разработка данной проблемы привела к уточнению не только самой таблицы, но и к введению таких понятий, как ротамерия пептидной связи и структурный шаблон белка. Было установлено, что в геноме третьим нуклеотидом кодона детерминирован один из трёх ротамерных вариантов пептидной связи, которым аминокислотный остаток (закодированный дуплетом первых двух нуклеотидом кодона) присоединяется к растущей полипептидной цепи (табл. 1).

Таблица 1. Генетический код структурного шаблона белка

XYZ – первый, второй и третий нуклеотиды в кодоне; R, 0, L – ротамерные варианты пептидной связи (РВПС); uaa, uag, uga – Stop-кодоны.

Ротамерные варианты пептидной связи различаются между собой углом поворота по оси пептидной связи ?, кратным 120о. Крайне важно понимать, что ротамерный вариант пептидной связи реализуется в процессе синтеза белка в рибосоме и дальнейшее вращение по уже образовавшейся полуторной пептидной связи становиться невозможным. Поэтому с рибосомы сходит совершенно индивидуальный структурный шаблон белка из последовательности ротамерных вариантов пептидной связи, в соответствие с информацией, содержащейся в его гене. Именно этим обстоятельством мы объясняем невозможность синтезировать нематричным способом функционально активные большие молекулы белковых ферментов или рецепторов. Твердофазный синтез реализован только для небольших неструктурированных пептидов, которые характеризуются избыточной конформационной подвижностью, в силу чего их функциональные конформации определяются взаимодействием с белками-партнёрами в составе гетерокомплексов, а не индивидуальным структурным шаблоном [13, с. 38].
Для конформеров вторичной структуры белка характерна периодичность, поэтому, правая спираль в структурном шаблоне белка кодируется последовательностью кодонов с С/G в третьей позиции, ?-тяж – повторением кодонов с А, а левая спираль – последовательностью кодонов с Т в третьем положении (табл. 2). Неструктурированные фрагменты кодируются чередованием кодонов с С/G, А и Т в третьей позиции.

Таблица 2. Кодирование конформеров вторичной структуры белка

У R, 0 и L-ротамеров все атомы пептидной группы (C? (i), C (i), O (i), N (i+1) H (i+1)) компланарны, кроме C? (i+1). C? (i+1) атом каждого аминокислотного остатка не принадлежит плоскости пептидной группы, благодаря чему происходит сворачивание полипептидной цепи в конформеры вторичной структуры белка (правая ?-спираль, ?-тяж, левая 3/10-спираль) ещё в рибосоме (рис. 2), а не после синтеза полипептидной цепи из практически единственного транс-изомера (цис-изомер только у пролина) в виде плоской ленты, сворачивание которой достигается поворотами на углы ? и ? по связям СО—C? и NH—C?, как предполагали ранее [9, с. 134]. Пластичность структурного шаблона в ходе посттрансляционного фолдинга и конформационная подвижность белка при взаимодействии с лигандами достигаются единственно возможным поворотом по оси связи NH—C? на приращение угла ?, кратное 120о [5, с. 139].

Рис. 2. Схема образования правого (R), нулевого (0) и левого (L) ротамерных вариантов пептидной связи.

Данный механизм трансляции генетической информации является эволюционно новым. Его формирование у эукариот было обусловлено необходимостью синтеза больших и сложных белков в виде структурного шаблона, максимально приближенного к функциональной конформации этих белков, чтобы их фолдинг имел наибольшие скорость и КПД. У прокариот и органелл эукариот (митохондрии, хлоропласты) третий нуклеотид кодонов в генах небольших полипептидов ещё не является информационным, поэтому на нём и наблюдается воблирование по описанному Ф. Криком механизму [12, с. 368]. Это обусловлено отсутствием пула изоакцепторных тРНК с модифицированными нуклеотидами в первом положении антикодона [6, с. 11] и нередко отсутствием филогенетически более молодых областей в структуре тРНК [15, с. 6730], т.е. недоразвитием звена, реализующего информацию третьего нуклеотида.
Выше изложенные положения легли в основу алгоритма компьютерных программ Secondary Structure Protein (SSP) и Three-dimension Structure Protein (TSP), которые по нуклеотидной последовательности мРНК позволяют смоделировать схему вторичной структуры и визуализировать индивидуальный структурный шаблон любого белка. Эту первичную информацию о белке можно использовать в дальнейшем моделировании фолдинга функциональной конформации белка с учетом физ-химии его микроокружения, посттрансляционных модификаций, взаимодействия с лигандами методами молекулярной динамики наравне с информацией о наиболее стабильном конформере, которую извлекают из рентгенограмм кристаллов белков. Преимущество данного подхода состоит в возможности быстрого моделирования индивидуальной пространственной структуры отдельной молекулы любого белка (даже если он не кристаллизуется, и никогда не сворачивается, как, например, регулятор клеточного деления Sic1 [11, с. 152]) с точностью до электрона (пикотехнология), опираясь лишь на информацию о нём в геноме. То есть, мы in silico воспроизводим трансляцию генетической информации в индивидуальный структурный шаблон белка, а не занимаемся поиском самой стабильной или «быстро достигаемой» устойчивой его конформации из 10100 возможных [14, с. 44], как это происходит при конформационном анализе поверхности потенциальной энергии молекулы белка громоздкими методами систематического поиска, Монте-Карло или молекулярной динамики с целым рядом ограничений и приближений [10, с. 41]. Не исключено, что большинство белков именно из конформации своего структурного шаблона максимально быстро, а главное однозначно, фолдируют в нативную конформацию с минимумом свободной энергии, формируя, таким образом, «устойчивое большинство» конформационно лабильного белкового пула.

Рис. 3. Пикотехнологические модели структурных шаблонов некоторых белков и их комплексов.
В последнее время А.С. Спирин, отклоняясь от постулата о матричном синтезе белка в виде развёрнутой полипептидной цепочки [7, с. 5], предположил, что в самой рибосоме полипептид синтезируется сразу в виде ?-спирали и по желобу выталкивается наружу по мере трансляции мРНК [8, с. 437]. Этой прогрессивной гипотезе, которая основывается на подавляющем (74%) большинстве «спиральных» кодонов в генах эукариот, остался один шаг до представления о трансляции структурного шаблона белка не только в виде ?-спирали.
С помощью пикотехнологии были декодированы и смоделированы структурные шаблоны более 100 белков (рис. 3), сопоставительный анализ которых с экспериментальными данными Protein Data Bank (PDB) позволил подтвердить предположение о генетически закодированных размерах и местоположении конформеров вторичной структуры в нативной конформации этих белков [18, c. 348].
Итак, пикотехнология – это современный, точный и удобный методологический подход в арсенале молекулярной биологии для моделирования пространственной структуры белков, исходя из той информации генома о них, которой располагает сама клетка.

Список литературы

1. Кушелев А., Полищук С., Писаржевский С. Формы, механизмы, энергия наномира: Доступна ли энергия эфира для космических полётов? // Электроника: Наука, Технология, Бизнес. – 2002. – № 6. – С.72–76.
2. Кушелев А.Ю., Полищук С.Е., Неделько Е.В. и др. Построение масштабной модели структуры белка // Актуальные проблемы современной науки. – 2002. – № 2. – С. 236–243.
3. Нанонаука и нанотехнологии: энциклопедия систем жизнеобеспечения / Моск. гос. техн. ун-т им. Н. Э. Баумана; ред. О. О. Аваделькарим; гл. ред.: Чуньли Бай, С. П. Капица. — М.: Магистр-Пресс : Изд-во ЮНЕСКО : EOLSS, 2009. — 991 с.
4. Огжевальский З.И. 1972. Пространственные модели атомов, молекул и кристаллов. Москва, 1972. – 118 c.
5. Соколик В.В. Карта Рамачандрана: ротамерия пептидной связи и фолдинг белка // VII Международная научно-техническая конференция «Актуальный вопросы биологической физики и химии». БФФХ-2011, Севастополь. – 2011. – С.137–139.
6. Соколик В.В. Загадка изоакцепторных тРНК // II Всероссийская Интернет-Конференция «Актуальные проблемы биохимии и бионанотехнологии», Казань. – 2011. – С. 11-15.
7. Спирин А.С. Биосинтез белка: элонгация полипептида и терминация трансляции // Соросовский образовательный журнал. – 1999. – № 6. – С. 2–7.
8. Спирин А.С. Молекулярная биология: рибосомы и синтез белка. – М: «Академия», 2011. – 496 с.
9. Финкельштейн А.В., Птицын О.Б. Физика белка. - М.: Книжный дом «Университет», 2002. – 298 с.
10. Хёльтье Х.-Д., Зиппль В., Роньян Д., Фолькерс Г. Молекулярное моделирование. М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2010. – 320 с.
11. Chouard T. Structural biology: Breaking the protein rules // Nature. – 2011. – V. 471, № 7337. – P. 151–153.
12. Crick F.H.C. The Origin of the Genetic Code // J. Mol. Biol. – 1968. – V. 38. – P. 367–379.
13. Fink A.L. Natively unfolded proteins // Curr. Opin. Struct. Biol. – 2005. – V.14, № 1. – P. 35-41.
14. Levinthal C. Are there pathways for protein folding // J. Chim. Phys. – 1968. – V. 65. – P. 44–45.
15. Maizels N., Weiner A.M. Phylogeny from function: Evidence from the molecular fossil record that tRNA originated in replication, not translation. // Proc.Nat.Acad.Sci.USA. – 1994. – V. 91, № 15. – P. 6729–6734.
16. Ratner M., Ratner D. Nanotechnology: a gentle introduction to the next big idea, 2003. – 195 p.
17. Snelson K. A design for the atom // Industrial design. – 1963. – № 1. – P. 48–57.
18. Sokolik V.V. Protein is coded in genome and synthesized in ribosomes as a structural template of a rotameric version sequence of peptide bound configuration // The International Moscow Conference on Computational Molecular Biology, МССМВ-11, Moscow. – 2011. – P. 347–348.
19. Sokolik V.V. Modeling of the individual structural template of protein on determining it nucleotide sequences // VII Международная конференция по биоинформатике, регуляции и структуры геномов и системной биологии. BGRS\SB-2010, Новосибирск. – 2010. – С. 275.
20. Sokolik V.V. Algorithm of protein structural template decoding according to its determined nucleotide sequence // Fist International Conference “Fundamental medicine: From scalpel toward Genome, Proteome and Lipidome”, Pax Grid Virtual Conferences, Kazan. – 2011. – P. 117–119.

Подписи под иллюстрациями.

Рис. 3: Гистоновый комплекс 5 H2A + Н2В_DROME (P84051, P02283)
Шаперон A0KFQ4_AERHH (A0KFQ4)
Суперспираль коллагена CO2A1_HUMAN (Р02458)
Белковый комплекс ?-протеина с ?-тубулином TAU_HUMAN + TBA1A_HUMAN
Инсулин INS_HUMAN (Р01308)
Лизоцим LYSC_CHICK (P00698)
Рибонуклеаза Н1 RNH_ECOLI (P0A7Y4)
Аполипопротеин Е APOE_HUMAN (P02649)
Гемоглобин (А-цепь) HBA_HUMAN (P69905)

Аукцион идей и разработок лаборатории Наномир.

СУПЕР ОТРАЖАТЕЛИ И НЕ ТОЛЬКО

2014.03.08 10:51:46

Катафот Йака. Состоит из двух ярусов.

Внешняя поверхность является полупрозрачной, нижняя отражающей.

А если использовать 2 или больше ярусов катафота, то коэффициент отражения в рабочем диапазоне углов может приблизиться к 100%.

Предварительные эксперименты с разными типами катафотов показали, что они отражают существенно лучше классического. Это видно даже невооруженным взглядом. 
А количественные результаты будут скоро опубликованы в рассылке.

Резонансные свойства катафота Йака-Кушелева

Техника инопланетян многофункциональна. Катафот может выполнять функции источника энергии и двигателя.

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201502/22195321.html 

Подробности см. по оглавлению: http://nanoworld88.narod.ru/data/index.htm 

Начиная с выпуска 163 и далее.

dverovoz: Параметры отражателей даже иноземных нечего сравнивать, от них требуется послать лазер туда, откуда он пришел. Сейчас используются стеклянные призмы или пленочные отражатели. 

Кушелев:

Сравнить всегда полезно.

Если классический катафот отражает в обратном направлении только 25% в среднем в рабочем диапазоне углов падения 0-40 градусов, то катафот Куберы 33%,

тайский-китайский - 50%,

а Йака - 95%.

Если использовать катафот, который в обратном направлении отражает в 4 раза больше света, то дальность работы с этим катафотом увеличивается более, чем в два раза.

Есть и более продвинутые системы (активные), но о них пока не будем...

Кроме того, сегодня на нашей планете используются одноцветные лазеры. Инопланетяне используют два-три и более цветов одновременно. Это тоже повышает точность, дальность, надёжность, скорость и др. параметры.

СУПЕР ДВИГАТЕЛИ

2014.03.08 11:20:33

07.03.2014, 09:15, Е:
Здравствуйте!
Меня зовут Е. Я инженер, интересуюсь новой энергетикой и возможностями постройки летательного аппарата на новых принципах полёта. Я случайно нашёл вашу статью в интернете по новым источникам энергии и двигателям:

Меня она заинтересовала. Скажите пожалуйста, а есть ли у Вас сейчас уже какие-то наработки по такому двигателю? Очень хотелось бы посмотреть на это. Можем ли мы посотрудничать с Вами?

7 марта 2014 г., 10:25 Александр Кушелев:
Здравствуйте, Е!
Да, свежие материалы можно посмотреть здесь
Главная страница
Первая научная статья про двигатель
Вторая научная статья
В 2012 году создан более сильный двигатель (сила тяги 72 грамма)
Форум
Копия архива рассылки: http://nanoworld88.narod.ru/data/index.htm

В ближайшее время планируется включение рубинового источника энергии и летательных браслетов из 3-мм рубиновых шариков, заказанных в Китае

07.03.2014, 10:31,

Е:
Эххх, слабоват движок. А помощнее нет возможности сделать?

Я сам работаю в авиакомпании *****. Авиакомпания занимается грузоперевозками уникальных грузов, на самолётах *****.
У нас есть конструкторский отдел и отдел занимающийся НИОКРом. Сейчас у нас есть уникальная задача, сделать беспилотный транспортный аппарат *****.
Ну и вообще мне интересна альтернативная энергетика. Я нашёл интересный двигатель НТЦ "Имплаз"  http://www.implas.ru/dvigatel-implas.html, но этого проекта, как и НТЦ уже нет.
Вот поэтому я ищу другие варианты реализации такого движителя. Даже платформу Гребенникова В.С. рассматривал, но понял, что это просто ионолёт и ничего он поднять не сможет. 

В общем, нужен более тяговитый двигатель, чтобы человека хотя бы поднял в воздух. 

7 марта 2014 г., 20:02 Александр Кушелев:
У меня есть вариант на 3.5 тонны, но он ещё не включен

07.03.2014, 21:19, Е:
ООО, это то что надо! Я сейчас как раз начинаю разработку модульной, транспортной платформы. Выбор двигателя очень важный момент.
Если у вас есть, что то, что можно показать, сообщите мне пожалуйста! У нас как раз сейчас в компании идёт активный поиск творческих и креативных людей, с новыми идеями и разработками. Мы, так сказать ищем таланты. Нам нужно что-то кардинально новое!

Кушелев:

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/369.htm

УСИЛИТЕЛЬ СОЛНЕЧНОГО СВЕТА

2014.04.21 17:44:29

Аукцион идей и разработок лаборатории Наномир.

Кушелев:  Сегодня заказчик сообщил, что не может выкупить разработку усилителя солнечного света. Поэтому я выставляю её на аукцион.

Продажа будет осуществляться по частям.

На первом этапе заинтересованные участники аукциона покупают идею усиления солнечного света без дополнительных источников энергии. На втором этапе - разработку (схема и описание опытного образца).

На третьем этапе - опытный образец.

Начальная цена идеи, которая легла в основу усилителя солнечного света $3000

Начальная цена разработки (схема и описание опытного образца) $15 000

Начальная цена опытного образца  (без схемы и описания) $5000

Технические характеристики:

1. Коэффициент усиления регулируется от 1 до 10
2. Мощность светового потока до 10 кВт
3. Источник энергии отсутствует
4. Разработан для систем солнечного освещения всех типов

2014.03.18 11:23:18

Идея стоит 10 000 евро?

[13.03.2014 18:30:41] Кушелев Александр Юрьевич: Привет!
Я собираюсь выкладывать на аукцион идею и устройство увеличения яркости солнечного света в 10 раз без дополнительного источника энергии. Не знаю, какую стартовую цену указать...
Это позволит в разы удешевить системы солнечного освещения помещений уже сегодня
[13.03.2014 19:38:39] Кушелев Александр Юрьевич: Трансляция 2014-03-13. Делаю рубиновые шарики для эксперимента МИ-88 
[13.03.2014 21:30:56] Инвестор-Т: Мне бы прочитать более подробно про это устройство и идею
[13.03.2014 21:46:33] Кушелев Александр Юрьевич: Идея простая. На выходе в 10 раз ярче, чем на входе
[13.03.2014 21:46:46] Инвестор-Т: и это не линза?
[13.03.2014 21:47:12] Кушелев Александр Юрьевич: Нет. Освещение 10 комнат вместо одной
[13.03.2014 21:48:01] Инвестор-Т: Можно ли говорить о свете от энергосберегающей лампы+идея = экономия электроэнергии в 10 раз?
[13.03.2014 21:48:12] Инвестор-Т: в ночное время суток, имеется ввиду
[13.03.2014 21:48:17] Кушелев Александр Юрьевич: Нет
[13.03.2014 21:48:20] Кушелев Александр Юрьевич: Только солнечный
[13.03.2014 23:28:45] Инвестор-Т: так как же хоть выглядит этот усилитель света?
[13.03.2014 23:28:57] Кушелев Александр Юрьевич: Двухлитровая банка
[13.03.2014 23:29:09] Кушелев Александр Юрьевич: На выходе в 10 раз ярче, чем на входе
[13.03.2014 23:29:21] Кушелев Александр Юрьевич: А что внутри - ноу-хау 
[13.03.2014 23:30:12] Кушелев Александр Юрьевич: Есть такие системы освещения:
[13.03.2014 23:30:22] Кушелев Александр Юрьевич: На крыше стоит зеркальная тарелка
[13.03.2014 23:30:29] Кушелев Александр Юрьевич: От неё идёт оптический кабель в комнату
[13.03.2014 23:30:45] Кушелев Александр Юрьевич: Если добавить мой усилитель, то от одной тарелки можно в 10 раз больше комнат осветить
[13.03.2014 23:30:52] Кушелев Александр Юрьевич: Тарелка стоит 300 дол.
[13.03.2014 23:30:58] Кушелев Александр Юрьевич: Усилитель будет стоить столько же
[13.03.2014 23:31:03] Кушелев Александр Юрьевич: И сэкономит 9 тарелок из 10
[13.03.2014 23:51:59] Инвестор-Т: и без доп источников энергии?
[13.03.2014 23:52:10] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[13.03.2014 23:52:25] Кушелев Александр Юрьевич: И рынок там конкретный
[13.03.2014 23:52:28] Инвестор-Т: просто банка с содержимым. Срок эксплуатации?
[13.03.2014 23:52:37] Кушелев Александр Юрьевич: Срок неограничен
[13.03.2014 23:52:44] Инвестор-Т: безопасность?
[13.03.2014 23:52:58] Кушелев Александр Юрьевич: Но через несколько месяцев это всё обесценится, т.к. я включу рубиновый источник энергии
[13.03.2014 23:53:10] Кушелев Александр Юрьевич: Безопасность идеальная
[13.03.2014 23:53:24] Инвестор-Т: ну это понятно, но доп финансирование никму не вредило
[13.03.2014 23:53:30] Кушелев Александр Юрьевич: Ну да
[13.03.2014 23:53:46] Кушелев Александр Юрьевич: Если продавать, то это надо сделать раньше, чем обесценится
[13.03.2014 23:54:07] Инвестор-Т: так, а оптный образец, видео с демонстрации это проблемно сделать?
[13.03.2014 23:54:23] Инвестор-Т: правда солнечные дни нужны
[13.03.2014 23:54:50] Кушелев Александр Юрьевич: Демонстрация - это подарить идею и технологию
[13.03.2014 23:54:56] Инвестор-Т: логично
[13.03.2014 23:55:18] Кушелев Александр Юрьевич: А показывать банку, где на выходе в 10 раз больше, чем на входе - никто не поверит
[13.03.2014 23:56:05] Кушелев Александр Юрьевич: Можно продавать по этапам. Сначала идею, потом разработку
[13.03.2014 23:56:19] Кушелев Александр Юрьевич: Сколько могут заплатить за идею?
[13.03.2014 23:56:26] Кушелев Александр Юрьевич: Заказчик отдал 1000 долл.
[13.03.2014 23:56:33] Кушелев Александр Юрьевич: Но за разработку заплатить не может
[14.03.2014 0:13:36] Инвестор-Т: так, ночью нельзя использвоать, днем свет никто собственно и не включает?
[14.03.2014 0:13:51] Инвестор-Т: Нужна область применения, конкретная
[14.03.2014 0:14:17] Инвестор-Т: складские помещения, может быть
[14.03.2014 0:14:50] Кушелев Александр Юрьевич: Нажми на эту картинку здесь
[14.03.2014 0:14:54] Кушелев Александр Юрьевич: Там всё написано
[14.03.2014 0:15:56] Инвестор-Т: теплицы закрытого типа?
[14.03.2014 0:16:20] Кушелев Александр Юрьевич: Там же написано, многоэтажные офисные помещения и т.д.
[14.03.2014 0:16:46] Инвестор-Т: ну да
[14.03.2014 0:17:14] Инвестор-Т: а как насчет теплиц тогда?
[14.03.2014 0:17:27] Инвестор-Т: это возможно?
[14.03.2014 0:18:02] Кушелев Александр Юрьевич: Я не в курсе. Если отдать разработку за бесценок, ну и ладно. Если никто не возьмёт, ну и хрен с ней. Всё равно через несколько месяцев обесценится
[14.03.2014 0:22:44] Инвестор-Т: идея нормальная
[14.03.2014 0:23:24] Инвестор-Т: думаю 10 000 евро, за идею
[14.03.2014 0:23:32] Инвестор-Т: ну это мне так кажется
[14.03.2014 0:23:45] Кушелев Александр Юрьевич: За идею я 1000 долл. получил, но не давал эксклюзивного права, т.е. могу ещё продавать
[14.03.2014 0:24:06] Кушелев Александр Юрьевич: А за разработку мне было обещано 5000 долл., но у человека денег не оказалось, а разработка уже сделана.
[14.03.2014 0:24:22] Кушелев Александр Юрьевич: Вот я и думаю, можно её кому-то продать, пока не обесценилась 
[14.03.2014 0:24:27] Кушелев Александр Юрьевич: Деньги-то нужны...
[14.03.2014 0:25:07] Инвестор-Т: думаю, что можно попробывать продавать идею, все-же.
[14.03.2014 0:26:08] Кушелев Александр Юрьевич: Давай, только либо быстро, либо обесценится
[14.03.2014 0:26:25] Кушелев Александр Юрьевич: Так у меня и разработка же есть.
[14.03.2014 0:26:41] Кушелев Александр Юрьевич: Конструкция уже разработана
[14.03.2014 0:26:49] Инвестор-Т: а, ну можно 1 разработку и неограниченное кол-во копий идей
[14.03.2014 0:26:56] Кушелев Александр Юрьевич: Ничего нового в ней не используется
[14.03.2014 0:27:15] Кушелев Александр Юрьевич: Могу и железяку через пару недель сделать
[14.03.2014 0:27:25] Кушелев Александр Юрьевич: Просто неохота время терять, если никто не купит
[14.03.2014 0:29:26] Инвестор-Т: по идеи нужно 1-стрничный сайт. И купить рекламы.
[14.03.2014 0:29:58] Кушелев Александр Юрьевич: Это долго?
[14.03.2014 0:30:02] Инвестор-Т: все, что нужно сделать. Единственное, что на рекламу нужны деньги.
[14.03.2014 0:30:20] Кушелев Александр Юрьевич: У меня денег нет вообще
[14.03.2014 0:30:24] Инвестор-Т: сайт - нет. А с рекламой можно пролететь.
[14.03.2014 0:30:42] Кушелев Александр Юрьевич: А разработка, которую я сделал, сколько может стоить?
[14.03.2014 0:30:59] Кушелев Александр Юрьевич: Идею не так просто реализовать...
[14.03.2014 0:31:29] Инвестор-Т: а что для ее реализации нужно, я имею ввиду совсем сложно?
[14.03.2014 0:31:48] Инвестор-Т: Или все есть в магазинах?
[14.03.2014 0:33:41] Кушелев Александр Юрьевич: Я уже сделал разработку
[14.03.2014 0:33:46] Кушелев Александр Юрьевич: Собрать - пара недель
[14.03.2014 0:33:48] Инвестор-Т: Нужно подумать, как можно эту разработку еще применить, помимо этих светопоглащателей. Чтобы было просто. Тогда шансы возрастают же.
[14.03.2014 0:34:30] Кушелев Александр Юрьевич: Да не нужно ничего. Есть стандартная система. Для неё есть усилитель. За сколько можно продать идею, разработку и железяку. Вот что мне нужно понять.
[14.03.2014 0:34:50] Кушелев Александр Юрьевич: Идею ты оценил.
[14.03.2014 0:34:59] Кушелев Александр Юрьевич: Можешь оценить разработку и опытный образец?
[14.03.2014 0:39:34] Инвестор-Т: Разработка это по сути техническая документация по сборке. Думаю, что разработку + опытный образец 1 000 000 руб.
[14.03.2014 0:39:56] Инвестор-Т: т.е. мне кажется это неделимые вещи
[14.03.2014 0:40:03] Кушелев Александр Юрьевич: А без документации, т.е. просто рабочий образец?
[14.03.2014 0:40:14] Инвестор-Т: [14 марта 2014 г. 0:40] Инвестор-Т:

<<< разработку + опытный образец
[14.03.2014 0:40:28] Кушелев Александр Юрьевич: Документацию по рабочему образцу любой инженер сделает
[14.03.2014 0:40:57] Инвестор-Т: ну да, по сути важен опытный образец
[14.03.2014 0:41:20] Инвестор-Т: поэтому вот он и стоит в 2 раза больше, чем идея
[14.03.2014 0:43:20] Кушелев Александр Юрьевич: Только в 2? 
[14.03.2014 0:44:23] Инвестор-Т: 
[14.03.2014 0:45:24] Инвестор-Т: если у кого то есть 1 000 000 на опытный образец, то и 2 000 000 найдется
[14.03.2014 0:46:30] Кушелев Александр Юрьевич: Понятно 
[14.03.2014 0:47:25] Инвестор-Т: т.е смело можно 3 000 000
[14.03.2014 0:47:39] Инвестор-Т: шучу
[14.03.2014 0:48:18] Инвестор-Т: а насчет тарелок, это ты мне очень неплохую идею подал... интересное решение
[14.03.2014 0:49:46] Инвестор-Т: по-сути задача сводится к концентрации света в луч и направление его в оптический кабель?
[14.03.2014 0:50:47] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Там ещё позиционер ставится, чтобы тарелка за Солнцем поворачивалась
[14.03.2014 0:50:58] Инвестор-Т: а ну это вобще не проблема
[14.03.2014 0:51:32] Инвестор-Т: круто, обязательно попробую.
[14.03.2014 0:51:57] Кушелев Александр Юрьевич: Что попробуешь?
[14.03.2014 0:52:05] Инвестор-Т: сделать тарелку эту
[14.03.2014 0:52:25] Инвестор-Т: дома
[14.03.2014 0:52:48] Кушелев Александр Юрьевич: Это - высокая технология
[14.03.2014 0:52:55] Кушелев Александр Юрьевич: Там высокая точность зеркала нужна
[14.03.2014 0:53:03] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому тарелка стоит 300 долл
[14.03.2014 0:53:07] Кушелев Александр Юрьевич: Это не спутниковая антенна
[14.03.2014 0:56:40] Инвестор-Т: ну это наверно нужно для клиентов, для качества. Мне же пойдет и вариант из битого зеркала с настройкой каждого кусочка стекла. Конечно их там много будет, но я думаю, что в солнечную погоду или лазерной указкой можно все достаточно точно настроить. Ну естественно в моем понимании "точности" )
[14.03.2014 0:58:29] Кушелев Александр Юрьевич: Можно, конечно. Только такая "тарелка" будет стоить уже не 300 баксов, а раз в 10 дороже 
[14.03.2014 0:58:51] Инвестор-Т: из-за ручной работы?
[14.03.2014 0:59:29] Инвестор-Т: или из-за битого стекла?)
[14.03.2014 0:59:50] Кушелев Александр Юрьевич: Работа
[14.03.2014 1:00:32] Инвестор-Т: ну это да
[14.03.2014 1:03:25] Инвестор-Т: кстати, я собрал Бедини зарядку. Не так , конечно, как нужно, но тем не менее все работает. Понял принцип действия. Если будет интересно могу рассказать потом.
[14.03.2014 1:04:19] Инвестор-Т: На сколько я понял, далеко не все понимают, что на самом деле является важным)
[14.03.2014 1:04:26] Кушелев Александр Юрьевич: Угу. Знаем мы про эту сульфатацию
[14.03.2014 1:05:33] Инвестор-Т: Но вы еще знаете про потерю емкости.
[14.03.2014 1:06:24] Инвестор-Т: Но не суть, дело не в том, что оно заряжает или не заряжает, а в том, как оно работает и что там нахрен не нужны магниты
[14.03.2014 1:06:52] Кушелев Александр Юрьевич: Там вообще ничего не нужно
[14.03.2014 1:06:54] Инвестор-Т: [14 марта 2014 г. 1:06] Инвестор-Т:
<<< Но вы еще знаете про потерю емкости.а я вот пока не могу это наблюдать
[14.03.2014 1:07:05] Инвестор-Т: [14 марта 2014 г. 1:07] Кушелев Александр Юрьевич:
<<< Там вообще ничего не нужно)))
[14.03.2014 1:08:53] Инвестор-Т: ну да ладно тебе, хороший опыт преобретают люди. Мотанием катушек
[14.03.2014 13:52:45] Инвестор-Т: Саш, твой усилитель ставится на оптоволоконный кабель после тарелки?
[14.03.2014 17:30:26] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[14.03.2014 17:30:29] Кушелев Александр Юрьевич: Привет!
[14.03.2014 17:30:38] Кушелев Александр Юрьевич: Можешь помочь настроить роутер?
[14.03.2014 17:30:45] Инвестор-Т: могу
[14.03.2014 17:30:53] Инвестор-Т: какой роутер и что сделать
[14.03.2014 17:30:53] Кушелев Александр Юрьевич: Можно тебе позвонить с видео?
[14.03.2014 17:31:04] Инвестор-Т: мин, настрою все
[14.03.2014 17:31:07] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[14.03.2014 17:32:28] Инвестор-Т: все, готов
[14.03.2014 17:33:03] Кушелев Александр Юрьевич: airPort time capsule
[14.03.2014 17:33:14] *** Звонок Инвестор-Т, продолжительность 26:46. ***
[14.03.2014 18:09:58] Инвестор-Т: ну как?
[14.03.2014 18:15:40] Кушелев Александр Юрьевич: Не подключилось. Я и с компа потом не мог долго подключиться. Что-то сглючило конкретно...
[14.03.2014 18:15:56] Кушелев Александр Юрьевич: Могу позвонить?
[14.03.2014 18:15:59] Инвестор-Т: да
[14.03.2014 18:16:09] *** Звонок Инвестор-Т, продолжительность 03:00. ***
[14.03.2014 18:21:52] *** Звонит Инвестор-Т ***
[14.03.2014 18:37:01] Кушелев Александр Юрьевич: Сработала хреновина!
[14.03.2014 18:37:06] *** Звонок завершен. Продолжительность: 15:14 ***
[14.03.2014 18:37:07] Кушелев Александр Юрьевич: Спасибо тебе огромное!
[14.03.2014 18:37:09] Инвестор-Т: вай))
[14.03.2014 18:37:14] Инвестор-Т: (y)
[14.03.2014 18:37:26] Инвестор-Т: а, погоди
[14.03.2014 18:37:46] Инвестор-Т: там еще теперь нужно подключить тот компьютер, с которого выдран шнур интернета
[14.03.2014 19:02:25] Инвестор-Т: ты мне сейчас америку открыл, спс огромное
[14.03.2014 19:02:54] Инвестор-Т: есть оказывается доступ к видеопроцессору через  HTML5 , а не только flash
[14.03.2014 19:04:35] Кушелев Александр Юрьевич: Прикольно
[14.03.2014 19:04:55] Инвестор-Т: это видимо больше полигонов
[14.03.2014 19:05:07] Кушелев Александр Юрьевич: ЗдОрово!
[14.03.2014 19:05:22] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория Соколик пишет книгу "Пикотехнология белков"
[14.03.2014 19:06:27] Кушелев Александр Юрьевич: Она собрала 100 кодов, которые лень вручную обрабатывать программой скриптом. Если бы скрипт доделать, чтобы он открыл всё 100 файлов в одной папке и сохранил туда же 100 файлов PDB, то было бы здОрово. Ты умеешь такие штуки делать?
[14.03.2014 19:07:12] Инвестор-Т: а ты у меня уже спрашивал, вроде
[14.03.2014 19:07:52] Инвестор-Т: или речь идет не про max script
[14.03.2014 19:07:55] Инвестор-Т: ?
[14.03.2014 19:08:00] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[14.03.2014 19:08:29] Кушелев Александр Юрьевич: Два программиста бились, бились, так и не сделали
[14.03.2014 19:08:51] Кушелев Александр Юрьевич: Надо автоматически файлы открывать и сохранять в папку
[14.03.2014 19:09:28] Кушелев Александр Юрьевич: Вручную 100 файлов открыть и 100 файлов сохранить - не весело. И это только начало. Потом 1000 пойдут...
[14.03.2014 19:09:40] Инвестор-Т: ну да
[14.03.2014 19:09:58] Инвестор-Т: мне время нужно
[14.03.2014 19:10:06] Кушелев Александр Юрьевич: Много?
[14.03.2014 19:10:41] Инвестор-Т: свободное
[14.03.2014 19:10:48] Кушелев Александр Юрьевич: Сколько?
[14.03.2014 19:11:06] Инвестор-Т: 2 суток свободного времени, думаю, я бы справился
[14.03.2014 19:11:20] Кушелев Александр Юрьевич: Это реально?
[14.03.2014 19:12:13] Инвестор-Т: да реально, просто свободного времени ноль целых
[14.03.2014 19:12:38] Кушелев Александр Юрьевич: Может на форуме по 3DS Max спросить? Может они образец дадут?
[14.03.2014 19:22:02] Инвестор-Т: погоди
[14.03.2014 19:22:26] Инвестор-Т: pdb в этом формате сохраняет max?
[14.03.2014 19:22:56] Инвестор-Т: т.е. нужно просто открыть файл, и сохранить как файл pdb
[14.03.2014 19:23:24] Инвестор-Т: ты можешь на примере мне показать, что нужно сделать . Прямо из интерфейса 3dmax
[14.03.2014 19:23:25] Инвестор-Т: ?
[14.03.2014 19:29:41] Кушелев Александр Юрьевич: Скрипт при запуске предлагает открыть dne-файл. После этого предлагает сохранить PDB. А нужно, чтобе не предлагал, а сам открыл по очереди все DNE-файлы и сам сохранил по очереди все PDB файлы
[14.03.2014 19:29:56] Кушелев Александр Юрьевич: Я тебе могу скрипт прислать
[14.03.2014 19:30:12] Кушелев Александр Юрьевич: Но позже. Самую свежую версию. После трансляции
[14.03.2014 19:30:26] Кушелев Александр Юрьевич: У меня уже началась трансляция
[14.03.2014 19:30:32] Инвестор-Т: ок
[14.03.2014 19:32:03] Кушелев Александр Юрьевич: Трансляция из лаб. Наномир 2014-03-14 Делаем уменьшенную копию истукана: 

2014.04.21 23:57:44 

Об усилителе солнечного света в отдельной теме:

СУПЕР ПРОТИВОГАЗ

2014.05.11 13:45:03

Кушелев 2007.04.05: 41-ый (секретный) проект лаборатории Наномир.

Противогаз пришельцев.

Почему секретный? От отравляющих веществ (ОВ) и бактериологического оружия мечтает защититься "весь свет". Так почему бы не поведать "по секрету всему свету"? Подмигивание

Принцип действия.

Химикам давно известно, что все (ну почти все) химические элементы окисляются отдельно, даже если горит очень сложное химическое соединение. А что это значит? Достаточно сжечь цианистый калий или любое другое растворенное в воде (или в воздухе) ОВ, и оно превратится из смертельного яда в безобидный набор оксидов...

На этом принципе можно сделать противогаз, прообраз которого можно видеть в виде длинной курительной трубки у туземцев.

Конструкция.

Конструкция противогаза окислительного действия очень проста. Отравленный воздух нужно пропустить через систему раскалённых катализаторов, например, через несколько слоёв тонкой платиновой сетки, после чего охладить до нормальной температуры. И смертельно отравленный воздух станет почти лечебным Улыбка

Пришельцы используют для нагрева микроволновые источники энергии, поэтому у них противогазы очень компактные, т.е. их габариты не превышают габаритов курительных трубок индейцев. Правда некоторые пришельцы почему-то используют противогазы более сложной конструкции, внешне напоминающие кальян.

Компактный (микроволновый) противогаз окислительного действия можно будет в ближайшее время приобрести в магазине. А пока в продаже нет компактных противогазов, желающие могут изготовить более громоздкий (типа кальяна), зато доступный для применения уже сегодня.

Изюминка энергосберегающего противогаза окислительного действия заключается в том, что в нём используется принцип встречного движения потоков воздуха, что позволяет "перекипятить воду при средней температуре, близкой к нормальным условиям".

Кто не знает решения этой физической задачки? Напомню, что организуется встречное движение потока воды/воздуха в длинном теплообменнике, при котором теплообмен между входящим (холодным) и выходящим (горячим) веществом происходит практически изотермически, т.е. движущийся к зоне нагрева поток постепенно нагревается встречно движущимся (постепенно охлаждающимся) потоком. В результате экономия энергии может достигать 90% и более. В качестве источника энергии для противогаза может быть всё, что угодно, например газ из баллончика. Такой противогаз может работать достаточно долго, а если есть возможность подключиться к дополнительному источнику (розетка, солнечная батарея ...), то и вообще неограниченное время.

Для военных целей могут использоваться и специальные источники энергии, например, ядерная батарейка.

Вот, собственно, и весь "секретный" проект N41 лаборатории Наномир.

Создан он сегодня и немедленно опубликован для всего человечества. Естественно, кроме глобально-патриотических целей, преследуется и рекламная цель. Ведь скоро такие противогазы будут работать от микроволновых источников энергии... Улыбка

Проект приобретает новый смысл. Оказывается страдающим аллергией достаточно дышать через фильтр, напоминающий кальян, и воздух отмывается от аллергенов...

СУПЕР ЛАЗЕР

2014.08.17 20:33:13

Мощный компактный монокристаллический лазер непрерывного действия

Идея МКМКЛНД заключается в объединении рубинового источника энергии накачки миллиметрового диапазона, шарового слоя с прецизионной многозаходной резьбой, и лазера на модах "шепчущей галереи", гладкого шарового слоя в монокристаллический лазер.

2014.08.18 10:16:56

Модификация МКМКЛНД с резонатором Фабри-Перро.

ЭЛЕКСИР БЕССМЕРТИЯ

2014.08.31 11:01:36

http://www.sciteclibrary.ru/cgi-bin/yab … 25/300#337

Sakura пишет:

Не знаю, у всех ли включается феноптоз в 40, но моя прабабушка умирала в возрасте за 80, наверно, 82, и у неё не было ни одного седого волоса! Не могу сказать, что у неё не было стрессов, ведь она жила в период второй мировой, ещё и мужа там потеряла. Он умер от гангрены, так и не увидев мою бабушку. Прабабушка осталась одна с 2 детьми, сама построила хату и вела хозяйство. Но она была очень верующим человеком, пешком ходила в Киев молиться, а это было 3 дня пути. Всегда ходила в платке. После смерти вскрытие показало ишемическую болезнь сердца, но она не пила ни одной таблетки.

Кушелев: В ~40 лет включается мягкий феноптоз. В ~80 лет - жесткий, в ~120 лет фатальный. У разных людей могут быть разные диагнозы, но финал один. Старше 121 года на Земле сегодня нет ни одного человека.

В 2014-ом году американские геронтологи реализовали мою схему 2012 года, которую я описал в статье "Прожиточный минимум вампира": http://nanoworld88.narod.ru/data/281.htm

В 2014-ом году, в  нашем эксперименте в Киеве, лабораторная мышь, которой делают инъекции крови беременных лабораторных мышей, живёт уже в полтора раза больше максимальной продолжительности жизни для этой чистой линии. Так что время закупать праймеры. Идентификация сигналов, отключающих феноптоз поможет омолодить всю планету в ближайшие годы...

Подробности о праймерах: http://subscribe.ru/archive/science.new … 15120.html

САМЫЕ ТОЧНЫЕ И ПРОСТЫЕ В ИСПОЛЬЗОВАНИИ ГЕОДЕЗИЧЕСКИЕ ИНТСРУМЕНТЫ

2014.12.01 13:29:43

Измерительные инструменты (проект для Бумстартера)

Trilobit пишет:Kushelev пишет:

Таким образом можно изготовить точную рулетку любой длины. Хоть 100 метров.

А ну-ка, сбацай срулетку 100 метров из бисера. 8-)

Или просто сбрехнул? 

Кушелев: Понятно, что после метровой рулетки Ханумана Вам хочется поскорее увидеть 100-метровую рулетку Ханумана. Но Вы же знаете, что "нет предела совершенству", поэтому, чтобы не томить Вас в ожидании 100-метровой, а потом километровой и т.д. рулеток Ханумана, я решил показать Вам (не подумайте, что я решил подделать! Ведь нельзя же подделать то, чего не существует) бесконечную рулетку Ханумана:

2015.02.08 09:41:07

KillerOKPlanet пишет:

Рулетка со шкалой нониуса - гениально просто. Аплодирую вам сидя за компьютером. Система проста (такую все видели на штангенциркулях (ну все кто видел их))
P.S. Как раз вы упомянули об этом.

Кушелев: Я же говорил, что на ютубе много умных людей, которые задают очень умные вопросы и пишут умные комментарии.

2015.02.08   09:43:22

Vit Science пишет:

Цветовая рулетка с цветной шкалой нониуса здорово!, киношники могут перенять.

Кушелев: И строители, и геодезисты и т.д.

2015.02.08 11:58:02

http://www.youtube.com/watch?v=AW3i1rxqEZs

KillerOKPlanet пишет:

На рулетке нет подписей (10 см, 11 см) , - это единственный недостаток?

P.S. Ответ про сканер штрих-кодов удовлетворил

Кушелев: Нет подписей - это достоинство, которое позволяет снимать показания в разных масштабах с использованием цветного кода. На близком расстоянии можно считать отдельные бусины, т.е. показания в миллиметрах, на более дальнем расстоянии, когда бусины сливаются в полосы, можно снимать показания в сантиметрах. Ещё дальше, когда сантиметровые полосы сливаются между собой, можно снимать показания в полудециметрах, которые будут видны как зеленоватые и розоватые пятна.

А с обычной рулетки, где стоят цифры, можно снять показания только на самом близком расстоянии, когда деления не сливаются в сплошную полосу.

2015.02.13 23:12:55

Письмо в РОСТЕСТ

Кушелев: Здравствуйте, уважаемые коллеги!
Мне удалось обнаружить новую геодезическую шкалу, которую обсудили на профессиональном форуме геодезистов, Geodesist.ru

Подробнее: http://subscribe.ru/archive/science.new … 95321.html

Геодезисты сообщили мне, что существует патент фирмы Лейко, где предложен цветной штрих-код, который можно рассматривать как прототип шкалы Ханумана.

Геодезисты предложили сравнить на геодезическом компараторе шкалу Ханумана со стандартной геодезической шкалой.

На первом этапе речь идёт о пассивном режиме, т.е. сравнение при дневном освещении. На втором этапе предлагается сравнить эффективность стандартной геодезической системы с системой RGBYW, в которой используется 4 импульсных лазера (красный, синий, зеленый и жёлтый) и широкополосная (белая) подсветка (дневной свет или "белый лазер".

Геодезисты обратили внимание на возможность использования шкалы Ханумана в качестве масштабной линейки и масштабной рулетки, что расширяет возможности геодезических, криминалистических и телеметрических систем в случае изогнутых поверхностей. Использование при фотографировании объектов масштабных рулеток позволит увеличить точность 3D-моделей, получаемых с помощью программы типа 3DSee от единиц миллиметров до десятков микрон.

Возвращаясь к первому этапу (геодезическому компаратору), предоставляю для сравнения со стандартной геодезической шкалой новую шкалу (Ханумана):

Если первый этап окажется успешным, т.е. шкала Ханумана покажет себя лучше стандартной шкалы, то можно будет создать систему RGBYW, которая должна иметь на несколько порядков большую эффективность, чем использование шкалы Ханумана в пассивном режиме.

С уважением,
Александр Кушелев,
руководитель лаборатории Наномир

2016.07.02 12:09:21

Универсальная рулетка для измерения линейных и угловых величин

Кушелев: Эталонные элементы, размещённые по кругу, позволяют достичь угловой погрешности в тысячные доли угловой секунды! При этом погрешность самих элементов при диаметре около 2 мм может достигать десятой доли микрона.

2016.07.22 20:24:37

Кстати, целочисленные углы - это не только удобство измерения бисерными лимбами/рулетками. В резонаторах "шепчущей галереи" по кругу расположено целое число полуволн. А это означает, что угловая разметка резонансных систем должна быть целочисленной. В этом случае они будут иметь предельную добротность.

2016.07.03 10:40:56

Универсальная рулетка для измерения линейных и угловых величин

2016-07-03:

[10:36:29] Кушелев Александр Юрьевич: Мне удалось разобраться в измерительных инструментах нового типа, где линейная или угловая величина измеряется с погрешностью, которая на несколько порядков меньше погрешности элементов, из которых сделан измерительный прибор. Сегодня на Земле используются приборы, где погрешность прибора больше, чем погрешность его элементов.
[10:36:36] Кушелев Александр Юрьевич
[10:37:47] Кушелев Александр Юрьевич: Мой знакомый метролог любил говорить: "Сделать можно то, что можно измерить". Если можешь измерить с микронной точностью, сможешь сделать с такой точностью. Если сможешь измерить с атомной точностью, сможешь сделать с атомной.
[10:39:27] Кушелев Александр Юрьевич: Точность гониометра ГС-5 - 5 угловых секунд. Стоимость на заводе-изготовителе 10 000 USD. А точность универсальной рулетки из шариков с субмикронной погрешностью в сотни раз выше. Это многого стоит...

2016.07.18 14:28:38

Демонстрируется преимущество фрактальных эталонов, погрешность которых может быть на много порядков меньше погрешности элементов.

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201502/22195321.html 

Кушелев: Достаточно на стройплощадку положить несколько рулеток и сфоткать в нескольких ракурсах. Остальное компьютер сделает сам, т.е. построит 3D-модель с микронной точностью.

Вот какая для этого программа уже есть.  Называется 3DSee

Так что тахеометры и нивелиры могут скоро кануть в лету... Их может заменить мобильник с хорошей фотокамерой и программой типа 3DSee и несколько полосатых рулеток  

ЛЕТАТЕЛЬНЫЙ ПОЯС 

2014.12.02 13:23:06

Летательный пояс

Модель летательного / такелажного пояса инопланетной разработки:

РУБИНОВАЯ ЛАМПОЧКА

2014.12.05 12:20:15

Герметичный вариант рубиновой лампочки

Номинальный ряд шариков от 2 до 9.5 мм позволит создать номинальный ряд рубиновых лампочек с максимальной мощностью от киловатта до 20 киловатт. В случае заполнения колбы парами серы, лампа сможет светить солнечным светом, т.е. спектр будет практически совпадать с солнечным.

Себестоимость рубиновой лампы с парами серы будет складываться из себестоимости рубиновых шариков, стеклянной колбы и паров серы. Дороже всего - рубиновые шарики, которые при диаметре 2 мм будут стоить

по 7 центов без отверстий. Отверстия обойдутся приблизительно в 30 центов, значит себестоимость лампы с тремя рубиновыми шариками составит около 1.5 долл.

Продаваться рубиновые лампы с парами серы будут, вероятно, по той же цене, что и светодиодные. Отличие в том, что они мощнее и не требуют подключения к розетке. Их можно будет вешать на деревья в лесу, как ёлочные игрушки.

ОКОННЫЕ ОБОГРЕВАТЕЛИ

2015.02.10 12:29:03

[12:18:32] Партнёр В: Сейчас у нас задача стоит придумать как заменить резинки-уплотнители, поворотные механизмы и т.д. без замены всего оконного блока на окнах. Это в разы выгоднее людям, чем полностью менять окна. И это позволит заработать денег здесь и сейчас. Которые потом можно будет инвестировать куда хотите.
[12:27:05] Кушелев Александр Юрьевич: Вставить между рам рубиновые источники энергии, и в дом с улицы будет идти тёплый воздух вместо холодного. Цена такого кондиционера при массовом производстве будет стоить несколько долларов.

Примеры публиаций. Скопируйте и разместите на своих ресурсах!

Дайджест Лаборатории Наномир

Классическая волновая физика эфира Фарадея Максвелла
Рубиновая энергетика и эфироопорные двигатели
Пикотехнология белка
Биотехнология вечной молодости

500 научных открытий за 25 лет

Три научных направления Лабораории Наномир подтверждены в США, Германии и Израиле

Пикотехнология белков

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201402/16194748.html

Организаторы CASP 2014 рассекретили списки участников!

Их оказалось в 10 раз меньше заявленного количества...

Пример белка из CASP8. Целевая структура показана цветом в ленточной модели. Показано наложение 354 предсказанных структур (серый цвет, визуализация остова). CASP (англ.Critical Assessment of protein Structure Prediction, критическая оценка предсказания белковых структур) — масштабный эксперимент попредсказанию белковых структур. Проходит с 1994 года с периодичностью каждые два года.[1] CASP объективно тестирует методы предсказания белковых структур и предоставляет независимую оценку структурного моделирования. Основная цель CASP — помощь в улучшении методов определения трехмерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Более 100 исследовательских групп принимают участие в проекте на постоянной основе. CASP считается всемирным соревнованием в науке структурного моделирования. Википедия

CASP 2012

http://nanoworld88.narod.ru/data/279.htm

diprospan: Почему один и тот же пост в среду 11 янв 2012 в 12:02 выглядит в оригинале eng и после перевода rus по разному ?

Kushelev: Это ещё мелочи. Почему утром в теме было 4 страницы, а вечером осталась одна? Похоже, что в конкурсе CASP нас будут ждать если не тройные стандарты, то двойные стандарты точно ...

Напомню, что в конкурсе CASP3 перед розыгрышем призов из списка участников неожиданно исчезло 5 лабораторий, в т.ч. и лаборатория Наномир: http://nanoworld88.narod.ru/forum/casp/cafasp.htm

Руководитель конкурса сообщил, что данные, накопленные на сервере CAFASP за полтора месяца, были удалены "по техническим причинам".

Вероятно, по тем же причинам в начале февраля исчезли все мои сообщения на форуме FORCASP в теме, которую я открыл 11 декабря 2011 года. Но, рукописи не горят, поэтому желающие могут прочесть копию уничтоженной темы: http://nanoworld88.narod.ru/forum/casp/index.htm

2012.03.15 19:23:02

Victoria пишет:Kushelev пишет:

Кушелев: Уважаемая Виктория!
А может быть Вы съездите на этот митинг CASP, где соберутся участники конкурса? Это же не через океан лететь... 
Там можно познакомиться с заказчиками белковых структур лично ...

А что, кто-то приглашал? 
Если серьёзно, то зарубежные поездки за свой счёт мне не по карману.
В остальном, я не против. А Вы почему не рассматриваете возможность собственной поездки?

Кушелев: Если организаторы CASP огласят список всех участников на митинге, а мы с Вами как бы участвуем в конкурсе, то получается, что нас как бы приглашают на митинг. Иначе как мы узнаем список участников?

Что касается "за свой счёт", то я имел в виду, что соинвесторы лаборатории Наномир заинтересованы вывести товар на международный рынок. PDB-файлы - товар наукоёмкий и дорогой. Поэтому на Вашу поездку деньги найдутся. Если моё присутствие на митинге CASP целесообразно, то я тоже могу поехать. Это - Европа, можно добраться поездом. Думаю, что и Ярославу Петровичу будет полезно присутствовать на этом митинге.

А то, что Вы не против, это очень хорошо. От Вашего присутствия на этом митинге, вероятно, зависит успех нашего выхода на международный рынок PDB-файлов. А по-большому счёту речь идёт о создании нового рынка - рынка пикотехнологий. Мы со дня на день ждём на форуме первого заказчика PDB-файлов, который уже зарегистрирован на форуме лаборатории Наномир.

Подробнее см. в 297-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир"

Виктория Соколик вынуждена портить модель, подстраивая реальность под устаревшие официальные взгляды...

О пригодности CASP для пикотехнологов можно прочесть в 284-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир"

Пикотехнологические модели на конкурс CASP10 можно посмотреть в 310-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир"

Попытки связи с организаторами конкурса CASP похожи на общение с радиоточкой...

Кстати, никаких данных, по которым можно было бы понять, что за группа Victoria принимает участие в конкурсе CASP, я не обнаружил. Это значит, что на конкурсе CASP скрыты данные, указанные при регистрации группы, например, сайт группы.

Научное открытие на конкурсе CASP прошло незамеченным...

Ни организаторы CASP, ни его участники, ни потенциальные заказчики белковых структур не заметили научное открытие, сделанное мною на конкурсе CASP в 2012 году. Ни у кого даже вопросов не возникло по структуре интерлейкина-34...

Пикотехнологическая модель интерлейкина-34

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201402/16194748.html

Кушелев: Глазам своим не верю! Неужто на сайте можно найти данные из лаборатории Наномир?!

Наша группа выступает под номером 469, но на самом деле в конкурсе принимают участие 44 участника

Виктория Соколик: Я Вам больше скажу, если Вы кликните на оранжевый график например R0001, то у Вас на экране появится окошко с его большим изображением и активными окнами в заголовке: http://predictioncenter.org/casprol/gdtplot.cgi?target=R0001&group=5&models=first Смело нажимайте Tables и получите данные по первой задаче для всех участников CASP, а заодно и искомый список участников. В других опциях заголовка можно ознакомиться с оценочными данными и критериями для представленных моделей всех участников. Удачи в анализе материала. Надеюсь, что данная информация положит конец Вашим эскападам в адрес организаторов этого конкурса. Все результаты на виду, нужно было только разобраться вместо того, чтобы сыпать беспочвенными обвинениями и подозрениями.

Кушелев: Я с самого начала считал организаторов порядочными людьми, пока они не исключили из списка участников 5 лабораторий, включая лабораторию Наномир

А в 2012-ом году списки участников были засекречены вообще. И всех, кто интересовался этими списками на форуме ForCASP забанили, а дискуссию, в которой принимало участие более 10 человек из разных стран, уничтожили. Копию этой дискуссии я скоро снова выложу на сервер. Начало дискуссии на форуме ForCASP опубликовано в 300-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир"

Но времена меняются, и теперь списки участников CASP 2012 года стали доступны. Это радует. Давайте посмотрим данные группы Victoria.

В конкурсе CASP3 лаборатория Наномир числилась среди участников на последнем, 33-ем месте. В конкурсе CASP10 (2012г.) наша группа Victoria числится тоже на последнем, 44-ом месте. Как видим в конкурсе реально участвуют 44 группы.

Кушелев: В конкурсе CASP по прежнему в качестве входных данных предлагается аминокислотная последовательность, которая не содержит информации о вторичной структуре белка...

Пространственную модель и PDB-файл конкурсного белка на конкурс CASP не принимают, т.к. официально считается, что расстояния между атомами не могут быть меньше некоторой величины, которая не соответствует реальности.

2012.02.15 13:00:19

Уважаемая Виктория!

А что нам пишут организаторы CASP?

Dear member of CASP community,

Silvia Crivelli (LBNL, UC Davis, and a member of this community since 1998) is organizing a collaborative group to participate in CASP10 and possibly in CASP ROLL if time permits. This collaborative experiment will let different groups or individuals work on different components of the protein structure prediction pipeline (like alignment, loop modeling, scoring, etc) thus making it possible to leverage expertise at a large scale. The initial goal is to focus on ab initio targets. Certain groups may want to participate in the collaborative effort for all the ab initio targets while others may want to do just a few of them.

If you would like to learn more about this effort please visit wefold.wordpress.com or contact Silvia directly at SNCrivelli@lbl.gov.

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:

Они пишут, что
Silvia Crivelli (LBNL, UC Davis, член CASP с 1998) организует совместную группу, чтобы участвовать в CASP10 и возможно в CASP ROLL, если успеет. Этот совместный эксперимент позволит различным группам или индивидуумам работать над различными компонентами предсказания структуры белка (такими как выравнивание, моделирование петли, выигрыш, и т.д.) таким образом позволяя усилить экспертизу в большем масштабе. Начальная цель состоит в том, чтобы сосредоточиться на задачах. Определенные группы могут участвовать в совместном решении всех задач с самого начала, в то время как другие могут сделать только несколько из них.

Если Вы хотели бы узнать больше об этом намерении, пожалуйста, посетите wefold.wordpress.com или свяжитесь с Сильвией непосредственно в SNCrivelli@lbl.gov.

Дама стратегически мыслит, сколачивая большую группу с разделением труда для участия в конкурсе CASP ROLL .

Victoria пишет:

Дама стратегически мыслит, сколачивая большую группу с разделением труда для участия в конкурсе CASP ROLL .

Кушелев: Может быть напишем ей, расскажем о пикотехнологии? Нам любые зацепки могут помочь выйти на рынок белковых структур. Если предложит объединить усилия, то почему бы и нет? Главное условие, чтобы наше участие было задокументировано. Всё остальное - мелочи 

2012.02.15 20:38:00

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:

Я не представляю, что мы сможем сделать для Silvia Crivelli и её группы поскольку предполагается, что она разбивает каждую задачу на подзадачи и раздаёт участникам для выполнения громоздким трудо- и время-затратным методом моделирования по гомологии, в котором надо в PDB банке спецпрограммами отыскать подобные заданным куски аминокислотных последовательностей с известной структурой и рассчитывать/надеяться  на то, что они будут иметь искомую структуру одной из задач CASP.
Мы же с Вами моделируем совсем по другому, буквально сразу получая готовый PDB файл с координатами атомов белка. Ну предложим мы группе Silvia Crivelli уже решенные нами модели, которые загружены на сайте конкурса CASP от имени нашей группы, и ЧТО?
Если бы они в рамках конформационного анализа хоть молекулярную динамику запускали, то можно было бы проверить на наших уже готовых файлах PDB, не сбивается ли пептид в кучу в гидрофобном или гидрофильном микроокружении, может он имеет возможность как-нибудь ещё удачнее сфолдировать свою конформацию из синтезированного структурного шаблона, который мы собственно и моделируем.
Но судя по тексту Silvia Crivelli о таких возможностях в её группе речь не идёт.
А.Ю., я думаю не нужно суетиться и во что бы то не стало стремиться нас засветить. Закончиться конкурс, посмотрим, как наши таланты оценят профессионалы и организуем собственный сервер предсказания/моделирования структур белка. А время и качество наших моделей помогут нас отобрать в естественном отборе лучших из уже существующих как минимум 25 серверов .

Кушелев: Какое совпадение! Я тоже так думал в 1998-ом году, особенно, когда организатор конкурса CASP3 прислал мне лично 43 dne-файла всех конкурсных белков. Но когда все данные, которые ставились на сервер в течение полутора месяцев неожиданно исчезли (и так у 5 разных групп из 33), я понял, что "не всё так просто". Поэтому практически не сомневаюсь, что нас с Вами ждёт та же участь и в этом году, если мы не сможем объединить усилия, например, с Silvia Crivelli.

Мы ей однозначно нужны, т.к. можем дать структуры всех белков даже точнее, чем это может РСА и др. экспериментальные методы. Когда она это увидит, то вряд ли откажется от сотрудничества. А её выкинуть с конкурса вряд ли получится. Поэтому у нас есть очень высокие шансы победить вместе с Silvia Crivelli и практически нулевые шансы дойти до финиша без сотрудничества. Нас выкинут, и никто об этом не узнает. Ведь списка участников нет и скорее всего не будет. Поэтому я бы связался с Сильвией и предложил ей выгодное сотрудничество. У нас будет беспроигрышный вариант в том случае, если Сильвия сможет задокументировать наше участие в CASP10. Речь не идёт о призовых местах, хотя и это исключать нельзя. Но пока мы там никто. Нас просто нет по документам. То, что Вам показывают, никто не видит. И если нас выкинут с конкурса, никто об этом не узнает.

В 1998-ом году результаты лаборатории Наномир видели все участники и гости конкурса на протяжении полутора месяцев. И то наше исчезновение из списка участников никто не заметил. А в этом году нас вообще нет в списке. Наши данные, конечно получат и проанализируют, только потенциальные клиенты об этом ничего не узнают. В таком случае у нас нет смысла участвовать в конкурсе вообще. А Сильвия нам может пом

2012.02.15 21:20:22

Victoria пишет:

Ну, во-первых никто не видит не только группу Victoria, но и группу Silvia Crivelli, а также все остальные. Открыт только список автоматических серверов. А во-вторых, почему Вы решили, что вместе с ней надёжнее? Вы нашли её группу в списке участников предыдущих конкурсов CASP? Если Вы уверены, что так надежнее, то, как говориться, Вам и карты в руки: лично записывайтесь в группу Silvia Crivelli и отправляйте ей готовые файлы PDB для R0001, R0005, R0006 и т.д. Я ни за эту тётю, ни за другого дядю работать не хочу и не буду.

Уважаемая Виктория! Я Вас прекрасно понимаю. Я же сам так же думал. Но давайте рассуждать. Письмо от Сильвии мы с Вами получили. Похоже, что то же письмо получили и остальные участники CASP10. Верно? Значит о существовании Сильвии знаю все участники CASP10. Мы с Вами можем послать письма всем участникам CASP10? Не можем. Значит Сильвия сумела договориться с организаторами CASP10. А это значит, что с её помощью о нас тоже узнают все участники конкурса.

Конечно, можно пойти и другим путём. Попытаться через организаторов CASP10 разослать аналогичные письма с предложением о сотрудничестве со всеми участниками CASP10. Ну, а если не получится, то остаётся вариант сотрудничества с Сильвией. Иначе у нас шансов (нет, не выиграть конкурс!) просто остаться участниками "ноль целых, ноль десятых". Никто из участников CASP10 просто не узнает, что мы участвовали в этом конкурсе.

Теперь о надёжности. Я не утверждал, что вместе с Сильвией надёжнее. Я писал, что если она сможет задокументировать наше участие в CASP, а она похоже сможет, то наши шансы возрастут немерено. Я имею в виду шансы на то, что нас не выкинут из участников конкурса. А в случае победы группы Сильвии победим и мы.  Вы же понимаете, что клиенты объединённой группы на самом деле наши клиенты  Они придут к Сильвии, а без нас она не сможет им дать структуры белков...

Теперь по поводу "Я ни за эту тётю, ни за другого дядю работать не хочу и не буду".

Если будет задокументировано наше участие и то, что мы делаем, то Вам не придётся ни за кого работать. У Вас не смогут отнять то, что Вам принадлежит. Все делают свою работу, а в результате в группу придут клиенты. И без нас этим клиентам структуры белков дать не смогут. Мы же не предлагаем пользоваться нашей программой. Мы всего лишь даём попробовать на вкус результаты работы наших программ, алгоритмов, Ноу-Хау...

Вас же никто не уговаривает рассказывать секреты, которые позволяют Вам определять структуры конкурсных и вообще любых белков 

Так что с Сильвией договариваться нужно именно Вам, тем более, что Вы знаете английский и сможете понять, что она напишет и написать, чтобы она поняла.

Я бы в первом же письме показал ей и модель интерлейкина-34 (димера), и модель гексамера инсулина, и спираль коллагена. Если она увидит пикотехнологические модели, то скорее всего заинтересуется. А в этом случае начнётся взаимовыгодное сотрудничество. Даже если с CASP она нам не сможет помочь, то через неё мы можем выйти на клиентов, которым нужны структуры белков.

Мы сейчас работаем не на кого-то, а на собственную перспективу. Достаточно найти клиентов на структуры белка, и нам больше не придётся считать копейки 

Кстати, может быть Сильвии удастся уговорить организаторов раздобыть все нуклеотидные последовательности конкурсных белков...

2012.02.15 21:29:11

http://molbiol.ru/forums/index.php?show … amp;st=200

http://img-fotki.yandex.ru/get/5506/126 … b_orig.gif

2012.02.15 23:44:22

Victoria пишет:Kushelev пишет:

Письмо от Сильвии мы с Вами получили. Похоже, что то же письмо получили и остальные участники CASP10. Верно? Значит о существовании Сильвии знаю все участники CASP10. Мы с Вами можем послать письма всем участникам CASP10? Не можем. Значит Сильвия сумела договориться с организаторами CASP10. А это значит, что с её помощью о нас тоже узнают все участники конкурса..

Не верно. Письмо от Сильвии получили только Вы. Я полагаю потому, что Вы зарегистрировались на сайте CASP, но не выступили на CASP ROLL. Мне или кому-либо ещё, кто зарегистрировался и там, и там Сильвия писем не шлёт. Она просто не подозревает, что Вы в группе Victoria, вот и пытается собрать группу из волонтёров-одиночек, которые не вступили в игру.

Kushelev пишет:

Конечно, можно пойти и другим путём. Попытаться через организаторов CASP10 разослать аналогичные письма с предложением о сотрудничестве со всеми участниками CASP10. Ну, а если не получится, то остаётся вариант сотрудничества с Сильвией. Иначе у нас шансов (нет, не выиграть конкурс!) просто остаться участниками "ноль целых, ноль десятых". Никто из участников CASP10 просто не узнает, что мы участвовали в этом конкурсе.

Это против правил. Где взяла Сильвия Ваш электронный адрес ей виднее, может случайно набрела на форум Наномир по ключевому слову CASP ROLL. Мне трудно представить, что на правах завсегдатая конкурса она соревнуется по принципу "все средства хороши". Хотя везде только лишь люди...

Kushelev пишет:

Теперь о надёжности. Я не утверждал, что вместе с Сильвией надёжнее. Я писал, что если она сможет задокументировать наше участие в CASP, а она похоже сможет, то наши шансы возрастут немерено. Я имею в виду шансы на то, что нас не выкинут из участников конкурса. А в случае победы группы Сильвии победим и мы.  Вы же понимаете, что клиенты объединённой группы на самом деле наши клиенты  Они придут к Сильвии, а без нас она не сможет им дать структуры белков...

По Станиславскому "...НЕ ВЕРЮ"

Kushelev пишет:

Так что с Сильвией договариваться нужно именно Вам, тем более, что Вы знаете английский и сможете понять, что она напишет и написать, чтобы она поняла.
Я бы в первом же письме показал ей и модель интерлейкина-34 (димера), и модель гексамера инсулина, и спираль коллагена. Если она увидит пикотехнологические модели, то скорее всего заинтересуется. А в этом случае начнётся взаимовыгодное сотрудничество. Даже если с CASP она нам не сможет помочь, то через неё мы можем выйти на клиентов, которым нужны структуры белков.
Кстати, может быть Сильвии удастся уговорить организаторов раздобыть все нуклеотидные последовательности конкурсных белков...

А.Ю., постарайтесь на меня не обижаться, но я не буду вступать в переписку с Сильвией ни от своего, ни от Вашего имени. Вы ведь тоже не делаете того, что Вам не интересно.

2012.02.15 23:44:42

Victoria пишет:

Не верно. Письмо от Сильвии получили только Вы. Я полагаю потому, что Вы зарегистрировались на сайте CASP, но не выступили на CASP ROLL. Мне или кому-либо ещё, кто зарегистрировался и там, и там Сильвия писем не шлёт. Она просто не подозревает, что Вы в группе Victoria, вот и пытается собрать группу из волонтёров-одиночек, которые не вступили в игру.

А... Очень интересно. А как она смогла узнать о моём существовании? Почему я не могу узнать о её существовании, о Вашем (через CASP) и о существовании других участников CASP10 ?

2012.02.15 23:51:16

Victoria пишет:

Это против правил. Где взяла Сильвия Ваш электронный адрес ей виднее, может случайно набрела на форум Наномир по ключевому слову CASP ROLL. Мне трудно представить, что на правах завсегдатая конкурса она соревнуется по принципу "все средства хороши". Хотя везде только лишь люди...

Вообще-то я не вижу нарушений правил. Ведь в условиях CASP не сказано, сколько может быть участников в группе и т.д. Так что предложение Сильвии вроде как в рамках правил CASP. Что касается "всех средств", то пока я заметил только предложение по кооперации. Не вижу в этом ничего плохого. Наоборот, если у нас есть наиболее точные координаты атомов, а у Сильвии есть другие возможности, которых нет у нас, то объединение усилий - это шанс на победу по многим параметрам. Ведь CASP - это всего лишь тактика, а выход на клиентов - часть стратегии...

2012.02.15 23:53:04

Victoria пишет:

По Станиславскому "...НЕ ВЕРЮ"

А зачем тут верить, когда без Вас Сильвия просто не сможет дать клиенту pdb-файл

2012.02.15 23:58:30

Victoria пишет:

А.Ю., постарайтесь на меня не обижаться, но я не буду вступать в переписку с Сильвией ни от своего, ни от Вашего имени. Вы ведь тоже не делаете того, что Вам не интересно.

Кушелев: Уважаемая Виктория! Понятие "обида" для меня не существует. Что касается "неинтересно", то это может означать "непонятно". И мне нетрудно объяснить, почему Вам на самом деле интересно. Сильвия нам может помочь однозначно. Например, оповестив всех участников и гостей конкурса CASP о нашем существовании. При этом Вы ей ничего не должны

Кушелев: Администрация CASP удалила 4 сообщения из 5.

Вот, что осталось:http://predictioncenter.org/forcasp/vie … bf7044752b

При этом ответа так и не последовало. Список участников международного конкурса CASP10 организаторы держат в строгом секрете...

Зачем это нужно? Чтобы можно было незаметно избавиться от любого участника. Мой личный опыт показывает, что перед подведением итогов организаторы конкурса CASP избавляются даже от тех участников, которые есть в официальном списке.

В1998-ом году из списка участников исчезло 5 из 33

А которые не числятся в списке, о тех вообще речи нет. "Нет человека, и нет проблем" 

2012.06.11 10:48:57

3212-спираль напоминает бета-спираль, только имеет пятиричную симметрию (как и семеричная спираль, квазисимметрию, естественно).

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6311/158 … 4_orig.jpg

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … 2_orig.gif

Сбоку видны характерные ~прямые углы, как и в бета-спирали.

2012.06.11 12:27:46

Kushelev пишет:

13323133231

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6112/158 … 7_orig.jpg

Эта конструкция напоминает складчатый бета-слой...

Анимированную картинку 1.7 Мб на Яндекс-фотки через Скай-линк загрузить не удаётся. Через GPRS тем более...

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6213/158 … 1_orig.gif

Не, всё-таки с 5-ого раза загрузилась 

2012.06.11 13:37:09

Kushelev пишет:

Любопытный повтор: 23323323 ... Интересно посмотреть на него в 3D...

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … 5_orig.jpg

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … 4_orig.gif

Поворот до совмещения с соседним аминокислотным остатком происходит на 45 градусов, значит спираль имеет 8-ричную квазисимметрию.

2012.06.11 21:19:42

Kushelev пишет:

Интересные повторы 131313131313 и 31131131131. Напомню код спирали с семеричной симметрией: 331331331

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6312/158 … d_orig.jpg

311311311

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … e_orig.gif

А эту конструкцию вы уже видели в рассылке "Новости лаборатории Наномир":http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6312/158 … 7_orig.gif

313131

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … f_orig.jpg

2012.06.11 22:51:33

Biolmol () - 06.05.2012 18:09
Re: CASP10 - международный конкурс предсказания белковых структур ...
В ответ на письмо:

Регистрация на CASP10 начнется в последнюю неделю марта 2012 года. Испытания подключение к серверу ("сухого хода" для сервера предикторов) будет проводиться начиная с 16 апреля 2012 года. Первое предсказание цели будет выпущен не ранее чем через 1 мая; последнее предсказание цели будет выпущен не позднее июля 17; прогноз сезон завершится не позднее 31 июля. Уточнение эксперимент закончится не позднее 17 августа. Тезисы описания методов испытания в CASP10 будут собраны в сентябре. В то же время мы откроем регистрацию на встречу. В программе встречи будут доступны в ноябре. Встреча состоится 9-12 декабря, и примерно за месяц до этой группы с наиболее точные прогнозы и интересные методы получать приглашения дать переговорам.
Постарайтесь не попасть в неудобную ситуацию, как один из участников тут
***

pasha A - 06.05.2012 18:11
Re: CASP10 - международный конкурс предсказания белковых структур ...
› › › в ответ на: Re: CASP10 - международный конкурс предсказания белковых структур ... – Biolmol
Снес пост Кушелева в связи с нарушениями правил форума. Ваш коммент вынес в отдельную ветку в связи с прикольностью указанной Вами ссылки.

Кушелев: А вот и "снесённый" администратором Scientific.ru мой пост:

Molbiol () - 04.05.2012 18:52
CASP10 - международный конкурс предсказания белковых структур ...

: Стартовал CASP10.
: Участники соревнуются в точности определения структуры белка.
:
: Типовая структура (interleukin-34):

:
: Этот белок состоит из двух почти одинаковых субъединиц.
:
: Гексамер инсулина ПОДРОБНО
:
: Этот белок состоит из 6 одинаковых субъединиц. Анимация показывает динамику. Гексамер регулирует концентрацию глюкозы.
:
: А так выглядит таблица для каждого участника конкурса:
:
: В течение ближайших дней можно принять участие в конкурсе: http://predictioncenter.org/
:
: Обсудить текущие вопросы можно на форуме FORCASP:
:
: http://predictioncenter.org/forcasp/vie … 6834ef1697
:
: В частности, предложен новый стандарт для конкурса: http://nanoworld88.narod.ru/forum/casp/004.htm

"Как Кушелев ставил свои условия организаторам конкурса CASP и CAFASP"

2012.06.11 23:10:20

Вот текст, на который дал "прикольную" ссылку Trilobit, что так понравилось админу Scientific.ru: http://sandywest.narod.ru/pikoteh2.html

Кушелев: Битые ссылки я подправил...

Цитата:

Как Кушелев ставил свои условия организаторам конкурса CASP и CAFASP.

Кушелев:

Я принимал участие в разных конкурсах. Некоторые были честными, некоторые - надуваловка. Это относится не только к России.

Надуть Вас могут и на международном конкурсе. Вот конкретный пример. Международный конкурс CASP и CAFASP. На этом конкурсе нужно определить структуры приблизительно 40 белковых молекул по аминокислотной последовательности.

Я сообщил руководству этого конкурса, что информация о структуре белка содержится не в аминокислотной последовательности самого белка, а в нуклеотидной последовательности кодирующий белок информационной РНК.

Кому интересно узнать структуру белка по коду, а вручную считать утомительно, предлагаем воспользоваться нашей компьютерной программой. Программа написана на стандартном Паскале и позволяет преобразовать генетический код белка в композиционный код его структуры, согласно нашей таблице.

То есть Кушелев попросил, чтобы условия конкурса изменили на более для него удобные.

Кушелев:

После этого руководитель конкурса прислал мне 40 нуклеотидных последовательностей белков, структуру которых выставили на конкурс. Конкурс длился ~2 месяца. Каждые два-три дня приходили новые коды, а решения из лаборатории Наномир выставлялись на сервер CASP. Вот копия базы данных, в которой наша лаборатория числилась под номером 33

Трагическая ошибка Кушелева. Даже по окончанию ссылки видно, что это база данных CAFASP а вовсе не CASP!

Всё было хорошо до начала подведения итогов конкурса. В день подведения итогов из 33 участников неожиданно исчезло 5, в т.ч. лаборатория Наномир. Как будто мы и не участвовали в конкурсе.

А ведь так и есть! Кушелев хотел участвовать в конкурсе с другими условиями, но коварные организаторы не подчинились Кушелеву!
Если прогноз не будет принят CASP, а сервер разработчик не сможет исправить файл, затем этот прогноз будет удалён из CAFASP.

Кушелев:

Когда я поинтересовался, в чём дело, организатор сообщил, что по техническим причинам не может поставить данные, полученные от лаборатории Наномир на сервер.

Заметим, что по условиям конкурса организаторы и не должны были этого делать! Программа-участник должна была САМА отправить результат на сервер организаторов в требуемом формате.

Кушелев:- Но они же там уже были! - возразил я. На это мне уже ничего не ответили... Вот копия этой переписки:

Переписка на английском
Это прямая ложъ.
Кушелеву сообщили, что необходимо ознакомиться с условиями конкурса, где недвусмысленно напечатано:
Если прогноз не будет принят CASP, а сервер разработчик не сможет исправить файл, затем этот прогноз будет удалена из CAFASP.
Организатор конкурса Leszek просто из сил выбивался, чтобы помочь Кушелеву.
Leszek: У вас есть проблема в том, что есть некоторые технические требования к участию.
Мы не можем запустить все методы сами (я хочу найти время, чтобы сделать это).
Вот почему CAFASP будет сосредоточено только на серверах, которые дадут ответ на автоматизированный запрос посланный нами. Мы хотели бы отправить только аминокислотную последовательность, потому что мы считаем, что структура зависит от этого, а не только на основной последовательности ДНК, но мы могли бы попытаться сделать исключение (не обещаю). Но для этого нужно сервер, чтобы отправить нам ответ в автоматическом режиме.
Проверьте объявление CAFASP и оценка правил (http://www.cs.bgu.ac.il/ ~ dfischer/CAFASP2/evalr.html)
Пожалуйста, прочтите инструкции (!!!): http://www.cs.bgu.ac.il/ ~ dfischer/CAFASP2 / announce3.html (прилагается), формат CASP описано в: http://predictioncenter.llnl. gov/casp4/doc / casp4-format.html (прилагается).
CAFASP это особая дисциплина для серверов. Подводя итоги: вы можете настроить сервер для метода? С наилучшими пожеланиями,Leszek
Но Кушелев решил бороться до конца с правилами конкурса и с его организаторами:

Кушелев: -Мы готовы разместить сервер в вашем распоряжении, но ДНК-последовательность является необходимой в качестве вклада. Не будете ли Вы столь любезны дать нам образец входные данные с ДНК-последовательности, и мы подготовим программу в соответствии с ним на сервере. С наилучшими пожеланиями А. Кушелев.

-Я хотел бы использовать только формат PDB.

-Я считаю, что стандартные вторичные структуры это неправильно, так Я и послал вам только PDB.

-Мы не сделали сервер по техническим причинам, поэтому мы можем принять участие в CAFASP только через электронную почту.

Leszek: Но Вы, наверное, хотите, чтобы ваши предсказания были оценены как-то?
Но ваши результаты не будут оценены, если вы не представите CASP формат прогнозов.

Кушелев : Уважаемый сэр, я не нашел CASP Идентификационный номер нашего сервера. Так что я не знаю, если наши результаты были приняты во внимание. Не будете ли вы так добры, сообщите мне, что этим вопросом. С наилучшими пожеланиями А. Кушелев.

Leszek:Я не смог найти любую CASP отформатированные файлы с вашего сервера. С наилучшими пожеланиями.

Кушелев : Уважаемый сэр, мы направили наши результаты в формате CASP но они были отклонены. Таким образом, мы направили наши результаты только вам. Мы поняли вас, что вы включите наши результаты в базу данных под номером 33 (они находятся в базе данных CAFASP). Буду весьма признателен, если вы проясните ситуацию.

Ничего себе, несчастный Leszek оказывается должен переформатировать результаты Кушелева в нужный формат и разместить врукопашную на сервере!!!
Вообще-то это обязанность конкурсантов!

Кушелев: Уважаемый сэр, мы предсказывали 3D структуру объектов в формат PDB. Как я понял, вы лично вложили результаты в базе CAFASP данные под номером 33.
Я высоко ценю вашу волю, чтобы помочь нам.

Это Кушелев так издевается над одним из организаторов конкурса!

Это для нас очень важно знать, как работает наша программа. С наилучшими пожеланиями А. Кушелев

Напомним, оценке подвергалась вторичная структура!!! И наконец контрольный выстрел в голову Leszek.

Leszek: Вы думаете, 3D структуры или вторичная структура?

Кушелев: 3D-структуры только!

Было бы занятно посмотреть, каково было выражение лица Leszek, когда он прочитал это сообщение. И какие слова он произнёс.

Кушелев: На следующий год в лабораторию Наномир снова пришло приглашение участвовать в конкурсе CASP. Я ответил, что мы будем участвовать при условии, что будут опубликованы наши результаты предыдущего конкурса, где эксперты объяснят, куда делись наши данные. После этого организаторы CASP больше не беспокоят лабораторию Наномир.
И правильно.
А то придётся ещё программу за Кушелева доделывать и на первое место продвигать! А уж объяснить Кушелеву в чём его ошибки может и жизни не хватить.

© 2009 "Офигеология без границ"

Конец цитаты.

Кушелев: Переписка с организатором CASP

Подведём итог. Организаторы CASP за 14 лет не обратили внимание на открытие композиционного кода. Все эти годы десятки конкурсантов "бились саблями", когда рядом "лежал пулемёт" 

Они и сегодня уничтожают любую информацию о пикотехнологии на форуме ForCASP 

Какова же их цель? Зачем десятилетиями биться (и бить десятки исследовательских групп!) головой об стену, когда проблема давно решена?

2012.06.12 01:21:04

А.Ю., зачем сотрясать зря воздух? Принимая участие в конкурсе нужно делать всё самостоятельно: находить нуклеотидные последовательности для задач конкурса (что совсем не сложно), убирать клеш из декодированных структурных шаблонов белков (минимизировать их по энергии системы), загружать pdb. файлы белков на сайте конкурса и др.
Например, Вы с клешем справились? Если да, то Ваши модели я загружу на конкурс. Если нет, то изучайте матчасть .

2012.06.12 10:08:05

Victoria пишет:

А.Ю., зачем сотрясать зря воздух? Принимая участие в конкурсе нужно делать всё самостоятельно: находить нуклеотидные последовательности для задач конкурса (что совсем не сложно), убирать клеш из декодированных структурных шаблонов белков (минимизировать их по энергии системы), загружать pdb. файлы белков на сайте конкурса и др.
Например, Вы с клешем справились? Если да, то Ваши модели я загружу на конкурс. Если нет, то изучайте матчасть .

Кушелев: При чём тут вообще конкурс? Десятки исследовательских групп десятками лет толкут воду в ступе, когда у них под носом развивается пикотехнология. Это значит, что к науке деятельность всех этих "учёных" не имеет отношения.

Что касается подготовки данных на конкурс, то я этим занимаюсь по мере возможности. Сегодня начинаю делать PDB-файлы белков от 691. Что касается клиринга, то попробуем. Хотя по большому счёту это - пустая трата времени.

Оценивать точность пикотехнологических моделей будут (если вообще будут) по ошибочным гипотезам, поэтому призовое место займёт не тот, кто даст более точные к реальности данные, а тот, кто даст данные, максимально близкие к ошибочным, но официальным представлениям. Победа в таком конкурсе - позор для исследователя 

2012.06.12 12:31:55

Пикотехнологические модели конкурсных белков с 691 по 708 (по два вида)

(смотреть через зеркало)

Пикотехнология белков

ПРОДУКТ

Kushelev пишет:

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5907/126 … 2_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5908/126 … 2_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6205/126 … a_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6104/126 … d_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6204/126 … 3_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6104/126 … 4_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6205/126 … 9_orig.png

Кушелев: Концовка хорошая: ... пикотехнология – это современный, точный и удобный методологический подход в арсенале молекулярной биологии для моделирования пространственной структуры белков, исходя из той информации генома о них, которой располагает сама

ПРОДВИЖЕНИЕ

2012.04.03 23:41:25

Как стать лидером РСА, ЯМР, нейтронной дифракции ...

[03.04.2012 10:57:55] Кушелев Александр Юрьевич: Я могу ежедневно делать по 10 PDB-файлов с координатами атомов белка. Такие файлы кто-то покупает более 1000 штук в год по средней цене 10 000 евро. Но выйти на этот рынок пока не удаётся...
[03.04.2012 10:58:34] Кушелев Александр Юрьевич: Советуют выходит через лаборатории РСА, ЯМР и нейтронной дифракции. "Лидером становится тот, кто предлагает максимально широкий спектр услуг"
[03.04.2012 10:58:57] Кушелев Александр Юрьевич: Если удастся заинтересовать лаборатории, то через них можно попасть на этот рынок
[03.04.2012 10:59:08] Кушелев Александр Юрьевич: Тоже своеобразная интернет-реклама нужна...
[03.04.2012 11:16:57] Кушелев Александр Юрьевич: Интересно, может ли сработать интернет-реклама в случае специфического товара (pdb-файлов) ?
[03.04.2012 11:18:13] Кушелев Александр Юрьевич: Мне советовали сделать прямые рассылки по лабораториями, которые продают свои pdb-файлы и предложить им бесплатно (на первых порах) добавлять к своим ещё и мои pdb-файлы, которые являются дополнительной услугой (бесплатной!)
[03.04.2012 11:18:41] Кушелев Александр Юрьевич: Клиенты через некторое время могут оценить мои pdb-файлы, которые по многим показателям превосходят стандартные
[03.04.2012 11:18:55] Кушелев Александр Юрьевич: После этого может появиться спрос
[03.04.2012 11:20:40] Кушелев Александр Юрьевич: Как реагирует первый клиент, можно посмотреть на форуме лаборатории Наномир
[03.04.2012 11:20:48] Кушелев Александр Юрьевич: Irinaval2012
[03.04.2012 11:28:38] T: pdb - это трехмерные?
[03.04.2012 11:30:01] Кушелев Александр Юрьевич: Это координаты атомов, по которым стандартные браузеры показывают трёхмерные модели молекул
[03.04.2012 11:32:01] T: так, а Вы мне скажите вот что, если я обычный пользователь интернета, но мне нужен белок, как я его буду искать в интернете. Т.е. какие примерные поисковые запросы, чтобы я мог оценить эффективность и востребовыемость
[03.04.2012 11:32:08] T: ?
[03.04.2012 11:46:26] T: просто примерно. А там я уже ма подберу. У меня есть статистика запросов. оценим.
[03.04.2012 11:48:57] Кушелев Александр Юрьевич: Обычному пользователю вряд ли нужны структуры белков. Это нужно фармацевтическим компаниям, биотехнологическим фирмам, генным инженерам, нанотехнологам...
[03.04.2012 11:49:17] Кушелев Александр Юрьевич: Обычные люди не заморачиваются строением белков в частности и структурой материи вообще
[03.04.2012 11:49:35] Кушелев Александр Юрьевич: А для любопытных я сделал это
[03.04.2012 11:50:08] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее:http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm
[03.04.2012 11:51:21] T: Ок, компания , которая ищет лабораторию , которая в свлою очередь делает то, что делаете Вы. Как это компания будет искать информацию?
[03.04.2012 11:52:07] T: Для примера:
Мне нужен фильм?
"скачать фильм"
Нужны окна:
"Пластиковые окна в Москве"
[03.04.2012 11:52:53] T: Сколько наименований у различных белков?
[03.04.2012 11:54:18] Кушелев Александр Юрьевич: Лаборатория РСА (по-английски X-ray)
[03.04.2012 11:54:33] Кушелев Александр Юрьевич: Лаборатория ЯМР (ядерного магнитного резонанса)
[03.04.2012 11:54:44] Кушелев Александр Юрьевич: Лаборатория нейтронной дифракции
[03.04.2012 11:54:59] Кушелев Александр Юрьевич: Вот по этим словам выходят на лаборатории, которые продают файлы PDB
[03.04.2012 11:55:10] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя может и не через интернет...
[03.04.2012 11:55:22] T: А эти лаборатории только PDB занимаются?
[03.04.2012 11:56:03] T: А формат PDB используется только для построений атомов белков или еще для чего?
[03.04.2012 11:56:12] Кушелев Александр Юрьевич: Они берут у заказчика кристаллы белка (нужно месяца 2-3 выращивать кристалл из исследуемого белка), делают рентгенограмму и анализируют
[03.04.2012 11:56:47] Кушелев Александр Юрьевич: По результатам анализа создают pdb-файл, который имеет реальную точность от 5 до 500 ангстрем
[03.04.2012 11:57:15] Кушелев Александр Юрьевич: Мой файл имеет точность в ~1000 раз выше, но не для всех белков
[03.04.2012 11:57:39] Кушелев Александр Юрьевич: Форма PDB для белков используется точно, а для чего ещё, я не в курсе
[03.04.2012 11:58:50] T: Просто , если для только для белков, то употребление "PDB" в любом поисковом запросе будет означать, что это потенциальный клиент
[03.04.2012 12:00:12] T: Ну не однозначно, конечно. Может человек ищет компанию с таким названием
[03.04.2012 12:00:13] Кушелев Александр Юрьевич: Понятно
[03.04.2012 12:01:47] T: А что за программа генерирует этот PDB файл?
[03.04.2012 12:02:04] Кушелев Александр Юрьевич: Я делаю с помощью программы pdb-файлы, которые точнее стандартных, но стандартные всё же дополняют мои, т.к. я моделирую только рибосому, а рентген просвечивает белки, которые могут модифицироваться после сборки рибосомой. Поэтому хотя у них и хуже качество, зато есть дополнительная информация о постобработке.
[03.04.2012 12:02:15 | Изменены 12:02:21] Кушелев Александр Юрьевич: Моя программа "Пикотехнология"
[03.04.2012 12:02:49] Кушелев Александр Юрьевич: Сделано несколько версий, и будет сделано ещё, т.к. "нет предела совершенству"
[03.04.2012 12:03:46] T: ну как я и предполагал - не однозначно.
"pdb *.PalmDOC (он же — PDB и AportisDoc). Еще один популярный Palm-формат. Его нормально воспринимает большинство программ для чтения электронных книг. Но при этом степень сжатия гораздо ниже, чем у iSilo.PDB, а графика не поддерживается вовсе. "
[03.04.2012 12:04:48] Кушелев Александр Юрьевич: Это другой формат
[03.04.2012 12:04:54] Кушелев Александр Юрьевич: Название совпало
[03.04.2012 12:05:03] Кушелев Александр Юрьевич: Вот биологический:
[03.04.2012 12:05:08] T: Назовите любой белок, хотя я не понимаю о чем говорю. Белок - это часть элемента. Т.е. есть например белок сульфадонатрихлора.
[03.04.2012 12:06:12] Кушелев Александр Юрьевич: Его можно смотреть в текстовом формате
[03.04.2012 12:06:18] Кушелев Александр Юрьевич: редакторе
[03.04.2012 12:06:55] Кушелев Александр Юрьевич: А этот файл сделан моей программой
[03.04.2012 12:07:45] T: так, значит вот название "Bacteroides thetaiotaomicron"?
[03.04.2012 12:08:29] Кушелев Александр Юрьевич: Это название белка, а расширение файла pdb
[03.04.2012 12:09:12] Кушелев Александр Юрьевич: В банке белковых структур, Protein Data Base (PDB) находятся ~80 000 файлов PDB с координатами атомов белковых молекул
[03.04.2012 12:09:26] Кушелев Александр Юрьевич: Но это уже "б/у" файлы
[03.04.2012 12:09:35] Кушелев Александр Юрьевич: За них уже уплачено в среднем по 10 000 евро
[03.04.2012 12:09:53] Кушелев Александр Юрьевич: А каждый год заказчики платят за несколько тысяч новых таких файлов
[03.04.2012 12:10:03] T: да, я понял. А сколько существует известных названий белков, в мире
[03.04.2012 12:10:15] T: ой
[03.04.2012 12:10:21] Кушелев Александр Юрьевич: В человеке по современным оценкам около 5 000 000 разных белков
[03.04.2012 12:10:22] T: вы же написали уже
[03.04.2012 12:10:36] Кушелев Александр Юрьевич: И моя программа практически все их может показать за неделю
[03.04.2012 12:10:51] T: Хм, это очень интересно
[03.04.2012 12:10:55] Кушелев Александр Юрьевич: А рентген может показать только 3%, т.к. остальные 97 не кристаллизуются
[03.04.2012 12:11:16] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому моя программа может как бы в 30 раз больше рентгеновской лаборатории
[03.04.2012 12:11:21] Кушелев Александр Юрьевич: по количеству белков
[03.04.2012 12:11:31] Кушелев Александр Юрьевич: И в ~1000 раз лучше по точности
[03.04.2012 12:11:42] Кушелев Александр Юрьевич: Но только те белки, которые не дорабатываются после сборки
[03.04.2012 12:11:50] Кушелев Александр Юрьевич: Доработку я пока смоделировать не могу
[03.04.2012 12:12:05] Кушелев Александр Юрьевич: Но вручную некоторые доработки можно смоделировать
[03.04.2012 12:12:09] T: ок, а будут вопросы по качеству, т.е. они наверно не поймут почему вы сможете делать с помощью программы то, что делаю на данный момент рентгеном?
[03.04.2012 12:12:22] Кушелев Александр Юрьевич: Это я сейчас и предлагаю первому заказчику Irinaval2012
[03.04.2012 12:13:02] Кушелев Александр Юрьевич: Я несколько лет назад встречался с руководителями трёх лабораторий РСА (рентгено-структурного анализа)
[03.04.2012 12:13:13] Кушелев Александр Юрьевич: Сначала на меня смотрели дикими глазами и говорили:
[03.04.2012 12:13:52] Кушелев Александр Юрьевич: Как же так? У Вас программа показывает спиральные участки с ошибкой до 5 аминокислотных остатков! Рентген не может ошибиться даже на 1
[03.04.2012 12:14:19] Кушелев Александр Юрьевич: Я им объясняю, что ошибка на 1 атом (типовая для рентгена) может означать, что мы перескочили на соседний атом
[03.04.2012 12:14:22] Кушелев Александр Юрьевич: -Ну да...
[03.04.2012 12:14:35] Кушелев Александр Юрьевич: А соседний атом может принадлежать соседнему аминокислотному остатку
[03.04.2012 12:14:36] Кушелев Александр Юрьевич: -Да
[03.04.2012 12:14:48] Кушелев Александр Юрьевич: А соседний остаток может принадлежать соседнему витку альфа-спирали
[03.04.2012 12:14:50] Кушелев Александр Юрьевич: -Верно
[03.04.2012 12:15:08] Кушелев Александр Юрьевич: Вот Вам и ошибка на 5 остатков (если спираль развернуть в цепочку)
[03.04.2012 12:15:11] Кушелев Александр Юрьевич: -Ну надо же...
[03.04.2012 12:15:19] Кушелев Александр Юрьевич: И так реагировали во всех трёх лабораториях
[03.04.2012 12:15:31] T: Тогда все понятно
[03.04.2012 12:15:34] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда у меня ещё не было настроенной программы
[03.04.2012 12:15:41] Кушелев Александр Юрьевич: А сейчас ситуация изменилась
[03.04.2012 12:15:47] Кушелев Александр Юрьевич: Я могу делать pdb-файлы
[03.04.2012 12:16:11] Кушелев Александр Юрьевич: Вот и надо бы их предложить лабораториям, чтобы они могли своим клиентам дать более широкий спектр услуг
[03.04.2012 12:16:17] Кушелев Александр Юрьевич: Наши файлы дополняют друг друга
[03.04.2012 12:16:45] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть мои файлы "весят" 90%, а их 10%, но на первых порах я готов их делать бесплатно
[03.04.2012 12:16:55] T: т.е. потенциальные коиенты - лабратории, а не прямые заказчики.
[03.04.2012 12:17:09] Кушелев Александр Юрьевич: А когда клиенты разберутся, "кто есть Who", тогда можно и рыночные цены установить
[03.04.2012 12:17:27] Кушелев Александр Юрьевич: Клиенты - заказчики, но на них быстрее выйти через лаборатории
[03.04.2012 12:17:38] Кушелев Александр Юрьевич: Ведь связи с лабораториями у них уже установлены
[03.04.2012 12:17:45] Кушелев Александр Юрьевич: Лабораторий гораздо меньше, чем клиентов
[03.04.2012 12:17:55] Кушелев Александр Юрьевич: Их легче "обойти и убедить"
[03.04.2012 12:18:24] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть лаборатории выступят "менеджерами" со своими клиентскими базами
[03.04.2012 12:18:44] Кушелев Александр Юрьевич: Клиентские базы собираются десятилетиями
[03.04.2012 12:19:48] T: ну не скажите. Лабратории это Ваши прямые конкуренты. Они же понимают по сути, что Вы их вытесните
[03.04.2012 12:20:00] T: А это их "бизнес".
[03.04.2012 12:21:14] Кушелев Александр Юрьевич: Вряд ли они так решат. Дело в том, что мы друг друга дополняем, поэтому с одной стороны я их не вытесню до конца, а главное, что та лаборатория, которая будет предлагать расширенный спектр услуг, обойдёт своих конкурентов и сможет делить гораздо бОльшую прибыль со мной
[03.04.2012 12:21:22] Кушелев Александр Юрьевич: Я же не жадный 
[03.04.2012 12:21:48] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому те, кто согласятся со мной сотрудничать вырвутся в лидеры и умножат свои доходы однозначно
[03.04.2012 12:21:58] Кушелев Александр Юрьевич: А недоверчивые могут закрепить свои права нотариально
[03.04.2012 12:22:44] T: Это все так, но Вы не учитываете, что "лень" о которой Мы ранее говорили и здесь присутствует - никто ничего не хочет менять, только, если на этом можно заработать
[03.04.2012 12:23:22] Кушелев Александр Юрьевич: Так объяснить, что они смогут работать меньше (лень же!), а получать в десятки раз больше
[03.04.2012 12:23:37] T: Конечно, можно предложить им сотрудничество, но Вы это уже делали же
[03.04.2012 12:23:52] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно, откликнутся из 100 лабораторий 1...5, но этого будет вполне достаточно для выхода на рынок
[03.04.2012 12:24:14] Кушелев Александр Юрьевич: Я этого ещё не делал, т.к. не было программы, которая делает pdb-файлы
[03.04.2012 12:24:47] Кушелев Александр Юрьевич: Они тогда (несколько лет назад) поняли, но продавать было нечего. А теперь тех людей уже нет. Кто на пенсию ушёл, кто уволился, нужно с нуля начинать
[03.04.2012 12:27:42] T: Вот всегда настаиваю на самостоятельном видЕнии бизнеса. Т.е. я за открыть лабораторию и искать прямых клиентов. И пусть уже "перекупщики", а именно так их и следует называть - будут прикреплять свои 10% к Вашим 90% и это будет справедливо.
[03.04.2012 12:27:49] Кушелев Александр Юрьевич: И может быть интернет поможет это сделать быстрее и лучше
[03.04.2012 12:27:57] T: Конечно же деньги...
[03.04.2012 12:28:39] Кушелев Александр Юрьевич: Делать свою лабораторию - можно время упустить
[03.04.2012 12:28:53] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть они начнут, а как деньги пойдут, так и сделать лабораторию и т.д.
[03.04.2012 12:29:16] T: А могут идею украсть?
[03.04.2012 12:29:19] Кушелев Александр Юрьевич: Они-то сегодня продают. Я сегодня могу 10 файлов по 10 000 евро делать
[03.04.2012 12:29:31] Кушелев Александр Юрьевич: Эту идею украсть очнь сложно
[03.04.2012 12:29:41] T: А патентовать?
[03.04.2012 12:29:44] Кушелев Александр Юрьевич: Дело в том, что я каждый месяц могу модифицировать программу
[03.04.2012 12:29:57] Кушелев Александр Юрьевич: Она будет выдавать всё более качественные файлы
[03.04.2012 12:30:33] Кушелев Александр Юрьевич: Может получиться как с аудио-форматами: Вы купили CD? Теперь купите то же самое на DVD
[03.04.2012 12:30:47] Кушелев Александр Юрьевич: Одни и те же белки можно будет каждый месяц делать всё точнее
[03.04.2012 12:30:52] Кушелев Александр Юрьевич: А их 5 000 000
[03.04.2012 12:31:02] Кушелев Александр Юрьевич: А сегодня сделано только 80 000
[03.04.2012 12:31:30] Кушелев Александр Юрьевич: Вот покупает клиент стандантный PDB-файл
[03.04.2012 12:31:36] Кушелев Александр Юрьевич: А к нему приложен мой
[03.04.2012 12:31:37] T: Так ок, объясните, кто заказывает в лобраториях эти белки?
[03.04.2012 12:31:55] T: для чего
[03.04.2012 12:32:09] Кушелев Александр Юрьевич: Белки заказываю фармацевтические компании, биотехнологические, нанотехнологические, генно-инженерные
[03.04.2012 12:32:26] Кушелев Александр Юрьевич: Для создания новых лекарств, продуктов питания (в т.ч. ГМО), и т.д.
[03.04.2012 12:32:36] T: понятно
[03.04.2012 12:32:49] Кушелев Александр Юрьевич: Клиент видит, что мой PDB-файл - это 90%
[03.04.2012 12:32:54] Кушелев Александр Юрьевич: Это уже хорошо
[03.04.2012 12:33:13] T: ну при условии, что там будут ваши контактные данные
[03.04.2012 12:33:29] Кушелев Александр Юрьевич: Потом он читает, что его белки, которые не может определить лаборатория РСА, могу определить я, т.е. 97% заказов могу выполнить только я
[03.04.2012 12:33:49] Кушелев Александр Юрьевич: Контактные данные можно замаскировать
[03.04.2012 12:33:59] T: каким образом?
[03.04.2012 12:34:18] Кушелев Александр Юрьевич: Достаточно написать такие слова, как пикотехнология, пикотехнологическая модель, и Яндекс сразу выведет на мой сайт
[03.04.2012 12:34:26] Кушелев Александр Юрьевич: Попробуйте набрать "Пикотехнология"
[03.04.2012 12:34:54] Кушелев Александр Юрьевич: А это слово можно использовать в описании файла
[03.04.2012 12:35:02] T: ну да, как бренд
[03.04.2012 12:35:03] Кушелев Александр Юрьевич: Внутри PDB-ФАЙЛА
[03.04.2012 12:35:07] T: угу
[03.04.2012 12:35:24] T: пикотехнологическая модель
[03.04.2012 12:35:48] Кушелев Александр Юрьевич: Заказчики могут и сегодня знать про меня, но не решаться
[03.04.2012 12:36:08] Кушелев Александр Юрьевич: А если им мои файлы предложат в лаборатории РСА, то это будет совсем другой "компот"
[03.04.2012 12:36:43] T: так, ок. Как я понял - задача найти все вышеописанные лаборатории.
[03.04.2012 12:36:56] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, у меня уже несколько недель висит на форуме тема
[03.04.2012 12:37:16] Кушелев Александр Юрьевич: Но форум-то потенциальные заказчики не находят...
[03.04.2012 12:37:17] T: И донести до них посредством интернета о пикотехнологии
[03.04.2012 12:37:28] Кушелев Александр Юрьевич: Вам виднее, как это сделать
[03.04.2012 12:37:32] Кушелев Александр Юрьевич: У меня не получается...
[03.04.2012 12:37:50] T: так, а что Вы уже пробывали?
[03.04.2012 12:38:10] Кушелев Александр Юрьевич: Мне говорили, что если письмо приходит не с университетского (американского!) сервера, то его сразу в мусорку кидают
[03.04.2012 12:38:32] Кушелев Александр Юрьевич: Я делал попытки рассылать письма, но ответов нет вообще
[03.04.2012 12:38:37] Кушелев Александр Юрьевич: Как в мусорку...
[03.04.2012 12:38:48] Кушелев Александр Юрьевич: Не с того сервера...
[03.04.2012 12:39:05] Кушелев Александр Юрьевич: Сказали, что нужно через университетский американский сервер
[03.04.2012 12:39:12] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда письма прочтут
[03.04.2012 12:39:23] Кушелев Александр Юрьевич: И может быть несколько процентов лабораторий отреагируют
[03.04.2012 12:39:39] T: А где он такой есть, и кто имеет доступ в него?
[03.04.2012 12:39:49] T: Или просто можно американский сервер
[03.04.2012 12:39:53] Кушелев Александр Юрьевич: Тут, как разжигание костра. Достаточно, чтобы одна веточка из 100 загорелась
[03.04.2012 12:40:07] Кушелев Александр Юрьевич: Не просто американский, а университетский!
[03.04.2012 12:40:15] Кушелев Александр Юрьевич: Надо там знакомых иметь
[03.04.2012 12:40:27] Кушелев Александр Юрьевич: У меня есть знакомый, но у него так руки и не дошли
[03.04.2012 12:40:34] T: так, Университет в Америке - любой?
[03.04.2012 12:40:44] T: или конкретный
[03.04.2012 12:40:56] Кушелев Александр Юрьевич: Где занимаются нанотехнологией и структурами белков
[03.04.2012 12:41:04] Кушелев Александр Юрьевич: Иначе лажа выйдет
[03.04.2012 12:41:30] T: так, если вариант не со знакомыми
[03.04.2012 12:41:42] Кушелев Александр Юрьевич: Я не представляю...
[03.04.2012 12:42:04] T: Нет, ну я представляю, только вот нельзя так
[03.04.2012 12:42:17] Кушелев Александр Юрьевич: Системные программисты могут просто подставить обратный адрес нужного университета
[03.04.2012 12:42:19] Кушелев Александр Юрьевич: Я так не умею
[03.04.2012 12:42:34] T: ну это понятно
[03.04.2012 12:42:38] Кушелев Александр Юрьевич: Почему нельзя?
[03.04.2012 12:42:49] T: мы именами светим
[03.04.2012 12:43:07] T: представляете приходит письмо от того, кто это письмо не отправлял
[03.04.2012 12:43:16] Кушелев Александр Юрьевич: Надо чтобы по обратному адресу письмо к нам пришло, а не куда-то
[03.04.2012 12:43:18] T: и подпись "наномир"
[03.04.2012 12:43:41] Кушелев Александр Юрьевич: Это - не проблема
[03.04.2012 12:44:31] Кушелев Александр Юрьевич: Можно в письме в конце объяснить, что мы послали письмо из университета, будучи там проездом, а обратное письмо отправляйте нам в лабораторию
[03.04.2012 12:44:59] Кушелев Александр Юрьевич: Университетский адрес - формальность, чтобы письмо начали читать
[03.04.2012 12:45:07] T: думаю, что можно так. Зарегестрировать доменное имя в зоне com. Сделать грамотную сайт-визитку на англ языке.
[03.04.2012 12:45:30] Кушелев Александр Юрьевич: А если уже начнут читать, то кто-то поймёт, что ему предлагают дело, и начнётся деловая переписка
[03.04.2012 12:46:19] Кушелев Александр Юрьевич: Мне объяснили, что существуют фильтры, которые пропускают письма только с униветситетских серверов или адресов.
[03.04.2012 12:46:35] Кушелев Александр Юрьевич: Нам не с людьми нужно бороться, а с фильтрами
[03.04.2012 12:46:45] Кушелев Александр Юрьевич: Если люди письмо прочтут, то дело будет сделано
[03.04.2012 12:46:56] T: Ну так фильтры обойти можно
[03.04.2012 12:47:02] Кушелев Александр Юрьевич: Главное, чтобы письма дошли до человеческих глаз
[03.04.2012 12:47:07] Кушелев Александр Юрьевич: Я об этом и говорю
[03.04.2012 12:47:25] Кушелев Александр Юрьевич: Но я не знаю, как эти фильтры работают
[03.04.2012 12:47:29] T: дойдут. А на анг языке нужно письмо?
[03.04.2012 12:47:36] Кушелев Александр Юрьевич: Может быть там IP имеет значение
[03.04.2012 12:47:43] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно на английском
[03.04.2012 12:47:50] T: может и так, но на это тоже есть решение
[03.04.2012 12:47:56] Кушелев Александр Юрьевич: Англичане и американцы по русски не читают
[03.04.2012 12:48:19] Кушелев Александр Юрьевич: А русские за pdb-файлы не платят 
[03.04.2012 12:48:34] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя может и платят...
[03.04.2012 12:48:37] T: вот до меня сейчас только дошло, что лаборатории все заграничные.
[03.04.2012 12:48:56] Кушелев Александр Юрьевич: Там уровень цен другой
[03.04.2012 12:49:08] Кушелев Александр Юрьевич: А в России всё в застое...
[03.04.2012 12:49:18] T: Письмо отправим
[03.04.2012 12:49:25] T: нужен текст, и грамотно перевести
[03.04.2012 12:49:33] Кушелев Александр Юрьевич: Зато российские заказчики могут по-русски писать и создавать рекламу
[03.04.2012 12:49:51] Кушелев Александр Юрьевич: Текст лучше напишет Виктория Соколик
[03.04.2012 12:49:57] Кушелев Александр Юрьевич: У неё больше 100 научных трудов
[03.04.2012 12:50:13] Кушелев Александр Юрьевич: Она уже писала коротенький. Сейчас попробую найти
[03.04.2012 12:51:08] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.

Первые 10 заказов -- бесплатно . Цена следующих заказов -- договорная.
[03.04.2012 12:51:22] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее:http://nanoworld88.narod.ru/data/288.htm
[03.04.2012 12:51:24] T: с обоснованием реальности метода
[03.04.2012 12:51:37] Кушелев Александр Юрьевич: В этом выпуске рассылки наша свежая статья с Викторией
[03.04.2012 12:52:17] Кушелев Александр Юрьевич: Обоснование тут непростое.. Заказчики сами должны "пощупать", сравнить и понять
[03.04.2012 12:52:29] Кушелев Александр Юрьевич: Для этого предлагается сделать пробные бесплатные заказы
[03.04.2012 12:52:44] Кушелев Александр Юрьевич: Очень быстро распробуют и начнут заказывать массово
[03.04.2012 12:52:47] Кушелев Александр Юрьевич: Главное - начать
[03.04.2012 12:53:29] T: ок, на какие адреса отправлять надо письмо
[03.04.2012 12:53:43] Кушелев Александр Юрьевич: Если бы я знал...
[03.04.2012 12:54:51] Кушелев Александр Юрьевич: Мне советовали в первую очередь выходить на коммерческие структуры, т.к. университеты заказывают файлы только у госбюджетных лабораторий и не идут на контакты с коммерческими структурами
[03.04.2012 12:55:08] Кушелев Александр Юрьевич: Мы для них - коммерческая структура
[03.04.2012 12:55:49] Кушелев Александр Юрьевич: А войти в государственную программу - уйдёт много лет
[03.04.2012 12:56:56] T: сложно
[03.04.2012 12:57:10] T: надо поразмыслить
[03.04.2012 12:57:40] Кушелев Александр Юрьевич: Да...

http://nanoworld88.narod.ru/data/280.htm

Участвуем в международном конкурсе определения структуры белка CASP10

Напомню, что в 1998-ом году я предложил организаторам конкурса CASP новый стандарт представления белковых структур, т.к. старый стандарт позволяет лишь различать "спираль"/"не спираль". Это слишком грубо, не позволяет даже теоретически отличать структуры, которые не являются прямой альфа-спиралью. Организаторы CASP отклонили моё предложение в 1998-ом году. В 2011 году я открыл тему "New CASP standard" на форуме FORCASP

В обсуждении приняло участие 5 специалистов, но администрация CASP через месяц приняла решение уничтожить тему, т.е. сообщения всех участников из разных стран, поэтому нам придется участвовать в конкурсе в рамках устаревшего стандарта, что дает дополнительные возможности для злоупотреблений руководству CASP. Напомню, что в 1998-ом году накануне подведения итогов конкурса 5 лабораторий из 33 неожиданно исчезли из списка участников вместе с их данными, которые накапливались на сервере около полутора месяцев. Вот копия оригинальной таблицы участников 1998 года

Сегодня на сайте CASP можно видеть другую таблицу: http://predictioncenter.org/casp3/stats/statistics.html

В ней Вы не найдёте ни данных, полученных организаторами CASP от лаборатории Наномир, ни даже упоминания об участии лаборатории Наномир в CASP3. Поэтому мы должны быть готовы к "двойным стандартам" и в 2012-ом году. На этот раз на сайте CASP не показан даже список участников конкурса, что открывает полный простор для злоупотреблений.

Victoria: Я нашла только список серверов с таблицей результатов:

Каждый участник конкурса может видеть только собственные данные:

Если Вы участвуете в конкурсе CASP10, то о Вас никто из участников не знает. И Вы знаете только число участников, но не знаете, кто же участвует в конкурсе вместе с Вами? При такой организации можно любому участнику сказать всё, что угодно, например, "Очень жаль, но Вам не повезло... Снимите с него шкуру!" (из мультфильма "Алёша Попович и Тугарин Змей")

Участники могут видеть таблицу входных данных для моделирования. Это - конкурсные аминокислотные последовательности фрагментов белков. Для защиты от произвола организаторов CASP мы решили публиковать наши данные, а именно конкурсные pdb-файлы.

FT CDS 1..549

gggcatgttc ttcaattaga gtccgcatcc gacaaggcgc actatattct atctaaagat ggtaacagga ataactggta cattggtaga gggtcagata acaacaatga ctgtaccttc cactcctatg tacatggtac gaccttaaca ctcaagcagg actatgcagt agttaacaaa cacttccacg taggtcaggc cgttgtggcc actgatggta atattcaagg tactaagtgg ggaggtaaat ggctggatgc ttacctacgt gacagcttcg ttgcgaagtc caaggcgtgg actcaggtgt ggtctggtag tgctggcggt ggggtaagtg tgactgtttc acaggatctc cgcttccgca atatctggat taagtgtgcc aacaactctt ggaacttctt ccgtactggc cccgatggaa tctacttcat agcctctgat ggtggatggt tacgattcca aatacactcc aacggtctcg gattcaagaa tattgcagac agtcgttcag tacctaatgc aatcatggtg gagaacgag

//

R 0001: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/R0001.pdb

pdb-файл целого белка

Следующее конкурсное задание, R 0005:

Пикотехнологическая модель

Два кадра анимации высокого качества (4000х3000)

Конкурсный фрагмент белка R 0005 (PyMOL, mesh)

R 0005 (pdb-файл целого белка)

Victoria: Так моя программа TSP показывает R0005

R 0005 в программе RasTop

Подробнее см. на форуме лаборатории Наномир.

Victoria: Мне удалось найти нуклеотидную последовательность для R0006:

FT CDS 1..588

ATGTTAAAAC AACTACTGAC CGTCGTACTG CTGGCAATCT GCCTCATTAA CGTACAGGCG CAGCAACTGA CTCCTCCCGC CGGAACTTTC CGTCTGGGTA TATCGAAAGG AACCGACAGT CATTGGCTGG CTCCTCAGGA AAAAGTGAAA GGAATCGCTT TCCGGTGGAA AGCCCTGCCG GATACCCGCG GCTTTATTCT CGAAGTAGCG GTCACCTCCT TGCAGCAGGC CGATACCTTA TTCTGGAGCT TCGGAAACTG TCAGCCGGAC ATGGATATAA ACGTGTTCAG TGTAGAAGGG CAAGCCTTCA CCTGTTATTA TGGTGAAAGT ATGAAACTCC GCACCTTGCA GGCGGTCACT CCCACTGACG ATATCCGTTT GAGTAACGGC CGTCAGGACA AGACTCCCCT CTTGCTTTAT GAATCGGGGA AACGAACAGA CCGTCCTGTC CTCGCAGGGC GCTGCCCGCT CGCAGCAAAC AGTAAACTTT ATTTCTGTTT CTACGAGCAA AATGCACGAG CAGATTATAA TTATTTTATG TTGCCGGATC TTTTTGCAAA GATTGATGAA TCTAAACATA GTAAAAAA

//

R 0006 (пикотехнологическая модель, 3DS Max)

R0006 (PyMOL, mesh)

Victoria: Программа TSP о белке R0006

R 0006 в программе RasTop

Два кадра анимации высокого качества (4000х3000)

pdb-файл для R 0006

Victoria: R0007 не простой объект ещё и тем, что это изоформа 2 IL-34, а в PDB вся информация только для изоформы 1 этого пептида. Они различаются между собой только единственной аминокислотой (Q), которой нет в 81 позиции в изоформе 1, а значит нет и её кодона в нуклеотидной последовательности. Можно конечно самим вставить любой из двух кодонов глутамина (CAA или CAG), но я переспрошу у организаторов конкурса.

Kushelev: Кушелев: Благодарю! Может быть сразу попросить у них нуклеотидные последовательности всех остальных конкурсных белков? Объяснить, как в прошлый раз, что для нашей программы аминокислотная последовательность - ничто.

Victoria: Вариант1 (САА) нуклеотидной последовательности для R0007:

FT CDS 1..483

AATGAGGAGT GCACTGTCAC GGGTTTTCTG CGGGACAAGC TGCAGTACAG GAGCCGACTT CAGTACATGA AACACTACTT CCCCATCAAC TACAAGATCA GTGTGCCTTA CGAGGGGGTG TTCAGAATCG CCAACGTCAC CAGGCTGCAA AGGGCCCAGG TGAGCGAGCG GGAGCTGCGG TATCTGTGGG TCTTGGTGAG CCTCAGTGCC ACTGAGTCGG TGCAGGACGT GCTGCTCGAG GGCCACCCAT CCTGGAAGTA CCTGCAGGAG GTGCAGACGC TGCTGCTGAA TGTCCAGCAG GGCCTCACGG ATGTGGAGGT CAGCCCCAAG GTGGAATCCG TGTTGTCCCT CTTGAATGCC CCAGGGCCAA ACCTGAAGCT GGTGCGGCCC AAAGCCCTGC TGGACAACTG CTTCCGGGTC ATGGAGCTGC TGTACTGCTC CTGCTGTAAA CAAAGCTCCG TCCTAAACTG GCAGGACTGT GAG

//

Вариант 2 (САG) нуклеотидной последовательности для R0007:

FT CDS 1..483

AATGAGGAGT GCACTGTCAC GGGTTTTCTG CGGGACAAGC TGCAGTACAG GAGCCGACTT CAGTACATGA AACACTACTT CCCCATCAAC TACAAGATCA GTGTGCCTTA CGAGGGGGTG TTCAGAATCG CCAACGTCAC CAGGCTGCAG AGGGCCCAGG TGAGCGAGCG GGAGCTGCGG TATCTGTGGG TCTTGGTGAG CCTCAGTGCC ACTGAGTCGG TGCAGGACGT GCTGCTCGAG GGCCACCCAT CCTGGAAGTA CCTGCAGGAG GTGCAGACGC TGCTGCTGAA TGTCCAGCAG GGCCTCACGG ATGTGGAGGT CAGCCCCAAG GTGGAATCCG TGTTGTCCCT CTTGAATGCC CCAGGGCCAA ACCTGAAGCT GGTGCGGCCC AAAGCCCTGC TGGACAACTG CTTCCGGGTC ATGGAGCTGC TGTACTGCTC CTGCTGTAAA CAAAGCTCCG TCCTAAACTG GCAGGACTGT GAG

//

У нас есть ещё время (почти месяц), чтобы найти в инете или уточнить у организаторов каким из кодонов кодируется этот злополучный глутамин во второй изоформе интерлейкина 34 и выбрать нужный вариант для R0007.

В самом крайнем случае есть возможность представить несколько моделей в виде нескольких вариантов файлов PDB, поэтому отправим оба варианта для R0007.

Kushelev: OK! Кстати, вероятно, можно будет по форме модели догадаться, какой из 2 вариантов правильный

Victoria: Загрузила на сайте CASP PDB файл для R0006.

Кушелев: Благодарю!

Сохраняйте, пожалуйста, копии странички после каждой загрузки нового файла. Если у нас будут "все ходы записаны", то в случае, если нас выкинут из списка участников, об этом будем знать не только мы с Вами

Первый вариант (слева) и второй вариант (справа) R0007.

Kushelev: Очевидно, что правильным является первый вариант.

Два кадра анимации высокого качества (4000х3000)

Координаты для pdb-файла R 0007

За развитием событий следите на форуме лаборатории Наномир...

http://nanoworld88.narod.ru/data/282.htm

Продолжаем участвовать в международном конкурсе CASP10

R0008 (PyMOL, mesh)

Victoria: Я ещё раз попросила у CASP нуклеотидные последовательности для их Target:

Ask to send, please, experimenters for me sequences of the nucleotide coding their peptides (R000n).

Our program works by analogy to a ribosome, because it predicts structure only such proteins that are synthesized by a matrix way at determining of its nucleotide sequences. For R0001, R0005, R0006 and R0007 we found this information in GenBank. Nucleotide sequences have not detected at all. Our method it isn’t applicable for the artificial peptides, synthesized by not a matrix way.

To me not to do without nucleotide sequences in yours CASP experiments anyway.

Help, please .

Ждём ответ .

R0008 (384 аминокислотных остатка) (PyMOL, mesh)

Почему нужно ввести новый стандарт представления белковых структур?

Каждые 2 года проводится конкурс определения белковых структур, CASP. В 2012-ом году стартовал

CASP10:http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi

Так выглядит таблица, в которой появляются задания, аминокислотные последовательности белков, структуру которых предстоит определить участникам конкурса. Через некоторое время структура будет определена одним из экспериментальных методов, и можно будет узнать, кто же точнее смог "предсказать" эту структуру?

Результаты работы участников конкурса можно видеть в этой сводной таблице. К сожалению, не все участники отображаются здесь. Те, кто присылает результаты по почте или ставит на сервер CASP в режиме online, в настоящее время не отображаются. На форуме FORCASP несколько участников интересуется, можно ли увидеть общий список участников

Самое точное "предсказание" - это эксперимент. В данном случае модельный эксперимент, который удалось автоматизировать в виде программы "Пикотех". В данном случае Вы видите результат моделирования динамики димера интерлейкина-34 / interleukin-34. На конкурсе CASP10 требуется определить лишь фрагмент структуры мономера.

Автоматизация модельных пикотехнологических экспериментов открывает золотой век пикотехнологии.

Достаточно открыть в программе файл с генетическим кодом белка, и через несколько минут или даже секунд Вы уже видите его структуру на экране Вашего компьютера.

В программе Пикотех можно регулировать уровень детализации модели белка. Например, эта гиперспираль коллагена построена из 14-гранников, символизирующих аминокислотные остатки.

Та же модель коллагеновой спирали, детализированная до уровня электронов.

Программа Пикотех с легкостью определяет структуры шаперонов

гистонных комплексов

и начинает определять структуры ДНК и РНК...

При желании можно детализировать структуру до "путешествия к центру атома"

и даже увидеть тонкую структуру нуклонов! Но это уже не пико-, а фемтотехнология, которая биологам пока не нужна.

Лаборатория Наномир уже не первый раз принимает участие в международном конкурсе CASP. В прошлый раз организаторы конкурса поступили некорректно. Участники конкурса полтора месяца определяли и присылали результаты на конкурс. На сервере были накоплены результаты от 33 участников по 43 структуры

Накануне подведения итогов конкурса данные не сервере внезапно изменились. Число участников неожиданно уменьшилось с 33 до 28. Организаторы объяснили это "техническими причинами", но нетрудно догадаться, что они просто избавились от лишних участников, уничтожив их данные, которые накапливались полтора месяца на сервере международного конкурса.

В 2012-ом году организаторы поступили ещё хитрее. Они вообще скрывают список участников конкурса, чтобы можно было незаметно избавиться от любых участников. Но в век Internet сделать это становится практически невозможно, т.к. каждый участник может опубликовать в Internet свои результаты независимо от желания организаторов конкурса...

Но это лишь "надводная часть айсберга" ...

Ещё в 1998-ом году я предложил организаторам CASP ввести новые стандарты для представления вторичной и третичной структур белка. Дело в том, что используемый стандарт позволят отличать лишь спиральные участки белка от всего остального. Это слишком грубо. Ведь уже известно существование не только альфа-спирали, но и 310-спирали, пи-спирали, бета-спирали и множество специфических участков белка, которые не отражены в стандарте представления данных на конкурсе CASP.

В 1998-ом году организаторы конкурса написали, что рассмотрят моё предложение, но прошло 14 лет, "а воз и ныне там"

Тем не менее лаборатория Наномир снова участвует в конкурсе CASP и публикует собственные данные по мере их поступления. Поэтому все желающие могут следить за развитием событий.

Кстати, а Вы не желаете принять участие в международном конкурсе CASP10 ?

Материал с форума лаборатории Наномир:

Victoria: Silvia Crivelli (LBNL, UC Davis, член CASP с 1998) организует совместную группу, чтобы участвовать в CASP10 и возможно в CASP ROLL, если успеет. Этот совместный эксперимент позволит различным группам или индивидуумам работать над различными компонентами предсказания структуры белка (такими как выравнивание, моделирование петли, выигрыш, и т.д.) таким образом позволяя усилить экспертизу в большем масштабе. Начальная цель состоит в том, чтобы сосредоточиться на задачах. Определенные группы могут участвовать в совместном решении всех задач с самого начала, в то время как другие могут сделать только несколько из них.

Если Вы хотели бы узнать больше об этом намерении, пожалуйста, посетите wefold.wordpress.com или свяжитесь с Сильвией непосредственно в SNCrivelli@lbl.gov.

Дама стратегически мыслит, сколачивая большую группу с разделением труда для участия в конкурсе CASP ROLL .

Kushelev: Может быть напишем ей, расскажем о пикотехнологии? Нам любые зацепки могут помочь выйти на рынок белковых структур. Если предложит объединить усилия, то почему бы и нет? Главное условие, чтобы наше участие было задокументировано. Всё остальное - мелочи. ... если у нас есть наиболее точные координаты атомов, а у Сильвии есть другие возможности, которых нет у нас, то объединение усилий - это шанс на победу по многим параметрам. Ведь CASP - это всего лишь тактика, а выход на клиентов - часть стратегии...

http://nanoworld88.narod.ru/data/282.htm

Гиперспираль белка M81

Phytophthora infestans (potato late blight agent)

Схема вторичной структуры белка M81 показывает повторяющиеся участки:

"Распущенная" гиперспираль

3,1,1,2,1,2,1,1,1,1,3,2,2,4,1,4,4,1,4,1,4,3,1,1,1,4,4,4,1,1,

Повторяющийся участок композиционного кода.

Разомкнутый виток гиперспирали.

Виток разделён на три гнутых участка альфа-спирали, разделённых гибкими пролинами. В составе альфа- и 310-спиралей пролин менее гибкий, т.к. стабилизирован водородными связями. таким образом мы приходим к выводу, что гиперспираль этого белка близка в сечении к криволинейному треугольнику.

Атом, принадлежащий пролину (Pro22), помечен зелёным цветом. Именно в этом месте нужно согнуть модель белка

Попробуем собрать виток гиперспирали белка в виртуальном пространстве 3DS Max...

Согнём виток гиперспирали белка на пролине 12 и на пролине 22. В результате получается виток вовсе не треугольного, а вполне круглого сечения!

Так выглядит один виток этой необычной гиперспирали белка.

Видео

Модель гиперспирали. Конечно, эта модель имеет разную точность в разных участках, но даёт представление о гиперспирали белка. Более точную модель можно будет построить позже, когда появятся технические возможности...

Эндолизин, да не тот...

Кушелев: Нашёл нуклеотидную последовательность эндолизина, но другого:

FT CDS <8..305

ACTTTGAAGGAAAATATATTACGCAGCAAACTCGCTGCTACTATATCGTACATATCTAGA

CCAGCTCCAACGTACCATTGAAGTTCTTGATTCGCTCATCGAGGATAATGGAGCTCAGAA

CCCAATCACCATCCCGAGACAACTCGCCCTCGAGCCTTTGACCTCCATCAACAAGACGCA

CATTTCGCGCCGAGTTTCCGAATCCACCACCACCTTGGCTACCACCGCCAGGGACCTGGA

GGGTCTGTCCAGGGTAAATCAGGTCAGGGTTGCTAATGTTGTTCTGCCGAGCAATCTCTT

CGAATGAAGTGTTGAATCGGGCAGCAATGCTTCGGAGAGTGTCTCCGTGCTGGACTGTGA

CCTGGGAAGAACCACCGTGATGGCCGCCAGCAGACCAACGGAAGCTTCCTCTATCATTCT

CCAGTAGCTTGTTGAGGGAGATGGATGTGTGCTGGTAGTCG

//

Эндолизин (PuMOL, mesh)

Уважаемая Виктория! Давайте пошлём этот pdb-файл на конкурс с оговоркой, что это - структура другого эндолизима, нуклеотидную кодирующую последовательность которого нам удалось найти в генбанке. Если организаторы найдут нуклеотидную последовательность конкурсного эндолизина, то они смогут получить и его структуру. А если не смогут, значит "не судьба"...

Администрация форума Molbiol.ru считает международный конкурс CASP темой, недостойной для обсуждения...

2012.08.18 17:42:05

Sandy-Trilobit пишет:Кушелев пишет:

"Кто идею толкает, тот её и реализует" 

Реализуем.
Причём сразу, а не "в ближайшее время".
Гравитационные линзы существуют даже в мире Ньютоновской механики: фотон — частица, движущаяся в поле тяготения тела массы М со скоростью света, отклоняется на угол = 2MG/rc2, где G — гравитационная постоянная, r — прицельное расстояние. В Общей теории относительности (если ограничиваться малыми углами) угол отклонения ровно в два раза больше.

Эту удвоенную величину отклонения света звезд у диска Солнца обнаружил Артур Эддингтон в 1919 г., во время полного затмения Солнца. Фриц Цвики в 1937 г. предсказал, что галактики могут давать вполне наблюдаемый эффект гравитационного линзирования, и в 1979 г. таковое было обнаружено: нашли «двойной» квазар, оказавшийся раздвоенным изображением одного квазара. Но во всей красе мы увидели гравитационные линзы лишь с запуском «Хаббла».
Классический случай линзирования, «кольцо Эйнштейна», возникает, когда объект находится точно на луче зрения позади галактики-линзы. Тогда изображение объекта (галактики на заднем плане) растягивается в кольцо. Примеры таких более-менее правильных колец даны на первых четырех снимках. Линза существенно увеличивает яркость изображения (иногда в десятки раз).

Другой классический пример — Крест Эйнштейна: четыре симметричных изображения одного квазара. В центре должно быть пятое, но то, что мы видим в центре, — это галактика-линза. Пятое, более слабое, теряется на ее фоне. В данном случае вместо кольца получается четыре изображения потому, что галактика-линза не сферически симметрична. Квазар находится на расстоянии 8 миллиардов световых лет, галактика — в 20 раз ближе.

Как видим Кушелев как всегда, на основе своего дремучего невежества, сел в лужу. 8-)

Кушелев: Да, что-то я лоханулся... Лучи-то притягиваются, а изображения звёзд действительно удаляются от центра. Это же и в обычной линзе происходит. Изображение увеличивается, следовательно видимое положение объектов смещается от центра.

Но эта моя ошибка не влияет на проверку теории Кушелева. Ведь в теории утверждается, что "в свете нейтрино" эффект будет обратный, т.е. если в обычном свете линза собирающая, то "в свете нейтрино" - рассеивающая, т.е. изображение звёзд "в свете нейтрино" будет смещаться в противоположную сторону.

А за исправление ошибки благодарю! Ещё раз убедился, что ошибиться можно и в очевидном и элементарном. Главное - своевременно исправлять свои ошибки 

2011.10.05 09:47:08

http://www.sciteclibrary.ru/cgi-bin/yab … 0578/90#98

Кушелев: Возвращаясь к теме научной дискуссии...

Кто предложит способ обнаружения отклонения изображений звёзд в гравитационном поле "в свете нейтрино"?

На что способны современные нейтринные телескопы?

2011.10.05 19:17:34

http://www.sciteclibrary.ru/cgi-bin/yab … 78/100#109

Кушелев пишет:

Кто предложит способ обнаружения отклонения изображений звёзд в гравитационном поле "в свете нейтрино"?

"Деформационные (нелинейные) изменения в гексагональной упаковке нейтрино, в окружающем массивное тело пространстве, определяют напряжённость гравитационного поля, а также искривление проходящего луча света. Отклонение луча света в гравитационном поле, можно однозначно интерпретировать как поворот фронта его волны, что означает замедлении точек фронта в области пространства, (как следствие движения в оптически анизотропной среде) находящихся ближе к массивному телу."

Кушешелв: Механизм гравитации почти правильный. Более точно он сформулирован у Владимира Подвысоцкого и у меня (наши модели в первом приближении совпадают).

Только упакованы не нейтрино, а элементы эфира Фарадея-Максвелла, они же планкионы, они же "шестерёнки Максвелла".

2011.10.05 19:29:52

http://www.sciteclibrary.ru/cgi-bin/yab … 78/110#111

Кушелев пишет:

Возвращаясь к теме научной дискуссии...

Кто предложит способ обнаружения отклонения изображений звёзд в гравитационном поле "в свете нейтрино"?

На что способны современные нейтринные телескопы?

Да нет проблем. Для этого надо использовать два орбитальных нейтринных телескопа, ориенированные на взаимообратных сторонах орбиты, что бы в момент фиксации между ними было максимальное расстояние. Выбрать удобную звезду и ждать пока одна из планет системы начнет ее затенять своим телом. В этот момент телескопы должны быть соориентированы так чтобы получался треугольник, где на одной вершине наблюдаемая звезда, а на двух остальных телескопы. Если отклонения есть, то вы непременно зафиксируете. Но от себя скажу, что они на столько малозначимые, что небходима чрезвычайная точность измерений. Световая волна отклоняется несравнимо сильней.
Можно было бы и одним телескопом, но отклонения на столько малы, что погрешность будет превышать.

А почему Вы решили, что отклонение положения звезды в гравитационном поле Солнца "в свете нейтрино" будет меньше, чем обычном свете? По теории Кушелева (моей в смысле) отклонение будет таким же (в первом приближении), но в противоположную сторону.

Нейтринное изображение звезды разойдётся с оптическим.

Конечно, нейтринные телескопы имеют меньшую разрешающую способность, чем оптические. Но можно подобрать условия, когда отклонение пучка нейтрино будет всё-таки заметно.

Допустим, тот же БАК сформировал тот же пучок нейтрино, который можно направить по касательной к поверхности Солнца. А с другой стороны Солнца принять.

На первый взгляд кажется, что это нереально. Ведь приёмник нейтрино имеет огромные размеры. Но "наука не стоит на месте"

Если мы в этом году включим рубиновый генератор в Дубне, то через неделю мы уже сможем летать на браслетах, через месяц испытывать первые "летающие тарелки", а через два-три месяца сможем поднять на Солнечную орбиту хоть весь БАК 

2011.10.05 19:44:06

Кушелев пишет:

... упакованы не нейтрино, а элементы эфира Фарадея-Максвелла, они же планкионы, они же "шестерёнки Максвелла".

Правильно только потому, что ваши модели совпадают, или у вас есть еще доводы?

Мы с Валентином Подвысоцким независимо друг от друга построили модель механизма гравитации, проведя аналогичные рассуждения. С ними можно ознакомиться в энциклопедии Наномир

Буду признателен за конструктивную критику механизма гравитации и закона гравитационного дрейфа.

2011.10.05 19:47:43

Как Кушелев представляет себе нейтринный телескоп?

"Кушелев представляет себе нейтринный телескоп", изготовленный из нейтринных линз. В качестве нейтринной линзы может выступать, например, Солнце. А чувствительной матрицей может быть та же лаборатория, где измеряли скорость нейтрино. Её, вероятно, поднять на солнечную орбиту будет проще, чем БАК