Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
Skype, 2017-01-05:
[11:12:02] Andrei: Как продвигаются новые менеджеры по белкам?
[11:12:47] Andrei: На форуме ничего не нашел про это
[11:15:20] Andrei: Есть одна идея с этим, если захотите попробовать
[11:16:11] Кушелев Александр Юрьевич: Пока никак. Давайте пробовать.
[11:17:00] Andrei: Американка намекала раньше что хочет попользоваться этой программкой
[11:17:39] Кушелев Александр Юрьевич: Для начала предлагаю дать ей 2D-версию, которая надёжна на все 100%
[11:18:16] Andrei: цель не в этом
[11:18:21] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.narod.ru/Pikotech2D_3.6.zip
[11:19:24] Кушелев Александр Юрьевич: А 3D-версия во-первых не отлажена, т.е. не все ошибки исправлены, а во-вторых не подлежит передаче третьим лицам.
[11:19:46] Andrei: А почему не подлежит?
[11:20:03] Кушелев Александр Юрьевич: Потому что это - рабочий инструмент разработчика.
[11:20:14] Andrei: И что?
[11:20:39] Кушелев Александр Юрьевич: Это всё равно, что дать поюзать кусок коры головного мозга 
[11:21:13] Andrei: У нее своя кора есть, ей чужие не нужны
[11:21:25] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть книгу "Пикотехнология белков" почитает.
[11:22:05] Andrei: Так вы поняли идею о чем я говорю?
[11:22:41] Кушелев Александр Юрьевич: Вы ей отправляли эту ссылку?
http://nanoworld.org.ru/topic/1150/
[11:22:56] Кушелев Александр Юрьевич: Вашу идею я пока не понял. Если можно, напишите доступно.
[11:23:16] Andrei: Тогда послушайте а не пихайте всякие ссылки
[11:24:18] Andrei: Идея дать полнофункциональную программу для некоммерческого использования взамен дачи отзыва
[11:25:00] Кушелев Александр Юрьевич: Давайте начнём с 2D-версии. Это полнофункциональная, простая в использовании программа.
[11:25:08] Кушелев Александр Юрьевич: Без ошибок
[11:25:32] Кушелев Александр Юрьевич: На ней можно набирать статистику
[11:25:43] Кушелев Александр Юрьевич: Видеть высокую корреляцию
[11:26:11] Andrei: 2Д это только список аминокислот?
[11:26:19] Andrei: кодонов
[11:27:06] Кушелев Александр Юрьевич: Нет. Это вторичная структура:
[11:27:50] Кушелев Александр Юрьевич:
[11:28:25] Andrei: Ну так это список кодонов?
[11:28:31] Andrei: последовательность?
[11:30:30] Кушелев Александр Юрьевич: Нет. Последовательность аминокислотных остатков - это первичная структура
[11:30:39] Кушелев Александр Юрьевич: А вторичная - это спираль, не спираль
[11:31:42] Кушелев Александр Юрьевич: Наша программа показывает 5 фундаментальных вторичных структур (альфа-спираль, 310-спираль, бета-спираль, пи-спираль и новую метиониновую спираль).
[11:32:06] Кушелев Александр Юрьевич: Кроме того программа показывает большое разнообразие программных спиралей
[11:32:31] Кушелев Александр Юрьевич: Всё это недоступно для РСА и других современных методов, т.к. базируется на научном открытии композиционного генетического кода.
[11:33:23] Кушелев Александр Юрьевич: Недавно мне удалось открыть ещё один композиционный генетический код. Митохондриальный. Виктория Соколик считала, что у митохондрий нет композиционного кодирования, но оказалось, что есть...
[11:33:52] Andrei: Она признала что ошибалась?
[11:34:01] Andrei: Подтверждает это?
[11:35:07] Andrei: Она ведь эксперт, не забывайте
[11:37:38] Andrei: Если ни один эксперт еще не подтвердил, то для корректности нужно добавлять слово "возможно", то есть возможно, что открыли.
[11:38:34] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория написала, что метионин не может образовать альфа-спираль, т.к. в пробирке полиметионин в спираль не сворачивается.
[11:39:18] Кушелев Александр Юрьевич: Но в пробирке ни один полимер из любой аминокислоты в альфа-спираль не сворачивается, так что аргумент Виктории не просто слабый, а никакой
[11:40:26] Andrei: Ну а я тем более не понимаю в этих аргументах, поэтому для надежности употребляйте более подходящее ситуации определение
[11:40:45] Кушелев Александр Юрьевич:
[11:41:06] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее, как было сделано открытие метиониновой спирали: http://subscribe.ru/archive/science.new … 2836.html/
[11:41:17] Andrei: возможно открытие
[11:41:33] Andrei: это разные вещи
[11:41:42] Andrei: не подменяйте понятия
[11:41:51] Кушелев Александр Юрьевич:
[11:42:06] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://subscribe.ru/archive/science.new … 5906.html/
[11:42:15] Кушелев Александр Юрьевич: Возможно, возможно...
[11:42:46] Andrei: Поймите Вы хоть миллион ссылок дайте, это не сравнится с одним экспертным мнением
[11:43:22] Кушелев Александр Юрьевич: Вот Вы и покажите эти материалы американскому заказчику. Инетесно же узнать её мнение
[11:43:45] Andrei: которое кстати еще и ошибочным может быть, поэтому нужно скромнее себя вести
[11:44:02] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть она скажет про метионин в альфа-спиралях и о метиониновых спиралях
[11:44:18] Andrei: у нас есть только один выстрел
[11:44:40] Andrei: то есть заинтересовать полной версией
[11:45:14] Andrei: подумайте
[11:45:52] Andrei: если еще не готово, то подождем
[11:46:14] Кушелев Александр Юрьевич: 2D-версия готова. Ей и надо заинтересовать.
[11:46:48] Кушелев Александр Юрьевич: А 3D-версия может готовиться ещё долго и вызывать больше спорных вопросов. Да и давать её я никому не планирую
[11:47:21] Кушелев Александр Юрьевич: Другое дело - результаты её работы
[11:47:33] Andrei: Ну так и останетесь сидеть на ней как кощей на яйце
[11:48:04] Кушелев Александр Юрьевич: Результаты тоже могут заинтересовать
[11:48:10] Кушелев Александр Юрьевич: потенциальных заказчиков
[11:48:36] Andrei: Так и не нужно давать исходники, а только результаты
[11:48:43] Andrei: ехе файл
[11:48:58] Кушелев Александр Юрьевич: Это не результат. Результат - PDB-файл
[11:49:30] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, 2D-версия уже более информативна, чем РСА
[11:49:37] Andrei: нужно чтобы она сама могла это сгнерировать независимо
[11:49:49] Кушелев Александр Юрьевич: Не проблема
[11:50:04] Кушелев Александр Юрьевич: РСА часто не позволяет определить даже тип белка
[11:50:24] Кушелев Александр Юрьевич: А программа 2D работает безошибочно. На все 100%
[11:50:45] Andrei: вы опять забыли добавить слово "возможно"
[11:51:10] Кушелев Александр Юрьевич: А здесь это уже не нужно. РСА сам себе противоречит. Особенно, если это РСА разных лет
[11:51:31] Andrei: доказать это можете документально?
[11:51:41] Кушелев Александр Юрьевич: По старым РСА данным все спирали белка были прямыми. По новым уже гнутые
[11:52:27] Кушелев Александр Юрьевич: На форуме выложены данные по гнутым спиралям, которые ещё несколько лет считали бы ошибочными принципиально.
[11:53:04] Andrei: на форуме у вас что угодно можно выложить, это необъективный источник
[11:53:17] Кушелев Александр Юрьевич: Там ссылки есть на PDB
[11:53:46] Andrei: вот сейчас можете дать ссылку на разные версии одного и того же белка?
[11:53:57] Andrei: чтобы каждый мог убедиться?
[11:54:00] Кушелев Александр Юрьевич: Там старые версии удаляют
[11:54:09] Andrei: Ну вот видите
[11:54:44] Andrei: так какое решение вы предлагаете?
[11:55:04] Кушелев Александр Юрьевич:
[11:55:07] Andrei: чтобы результаты она могла получить?
[11:55:11] Кушелев Александр Юрьевич: Эта картинка из PDB
[11:55:33] Кушелев Александр Юрьевич: Такие гнутые спирали несколько лет назад в PDB были просто запрещены
[11:55:46] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1544/page/28/
[11:55:54] Andrei: ссылки с вашего форума ничего не доказывают, я уже объяснил
[11:56:01] Кушелев Александр Юрьевич: Предлагаю переслать ей программу 2D
[11:56:15] Кушелев Александр Юрьевич: Я Вам дал материал из PDB
[11:56:18] Andrei: мы про 3Д говорим
[11:56:28] Кушелев Александр Юрьевич: 3D не готова и не подлежит
[11:56:57] Andrei: собираетесь сидеть на ней как кощей?
[11:57:06] Кушелев Александр Юрьевич: Не на чем ещё сидеть
[11:57:10] Andrei: в чем логика?
[11:57:28] Кушелев Александр Юрьевич: Нет ещё отлаженной 3D
[11:57:36] Andrei: это не важно
[11:57:42] Andrei: я про суть
[11:57:55] Кушелев Александр Юрьевич: И программу я не собираюсь никому давать. Только результаты её работы. PDB-файлы
[11:58:33] Кушелев Александр Юрьевич: Вы видели 6 фрагментов разных белков, которые замкнулись через дисульфидные мостики?
[11:58:40] Andrei: так ей и нужны эти файлы но чтобы было видно что это файл генерирует
[11:58:52] Andrei: то есть нужно дать генератор
[11:59:32] Andrei: можете ограничение внести туда например
[11:59:44] Andrei: на количество генераций
[12:00:11] Andrei: иначе никак, останетесь как кощей на яйце
[12:01:03] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/post/82560/#p82560
[12:01:41] Кушелев Александр Юрьевич: Здесь показаны коды 6 фрагментов белков, замкнутых через дисульфидные мостики
[12:02:01] Кушелев Александр Юрьевич: А как Вы их вручную сделаете?
[12:02:01] Andrei: не переводите тему
[12:02:14] Кушелев Александр Юрьевич: Вручную это сделать невозможно
[12:02:23] Andrei: давайте закончим с одним вопросом
[12:02:29] Кушелев Александр Юрьевич: Жизни не хватит
[12:02:30] Andrei: потом на другие
[12:02:42] Andrei: вы поняли мой вопрос?
[12:02:56] Кушелев Александр Юрьевич: Для проверки программа не нужна.
[12:03:27] Кушелев Александр Юрьевич: Там же коды есть. Композиционные варианты можно проверить вручную выборочно по таблице композиционного кода за несколько минут
[12:03:58] Кушелев Александр Юрьевич:
[12:04:01] Andrei: это вы про что сейчас?
[12:04:16] Кушелев Александр Юрьевич: Про провекру Вашим экспертом моих данных
[12:04:35] Кушелев Александр Юрьевич: Она может все 6 фрагментов проверить по таблице вручную за несколько минут
[12:04:48] Кушелев Александр Юрьевич: Для этого программа не нужна
[12:05:36] Кушелев Александр Юрьевич:
[12:05:47] Andrei: как проверять это ее дело
[12:05:51] Кушелев Александр Юрьевич: Там есть коды
[12:05:55] Andrei: она эксперт
[12:06:13] Кушелев Александр Юрьевич: Вот и дайте ей ссылку на 6 фрагментов белка
[12:06:17] Andrei: вопрос про 3Д вы поняли?
[12:07:22] Кушелев Александр Юрьевич: Так 3D строится по схеме композиционных углов, которые выводятся в 2D тоже
[12:07:41] Andrei: вопрос понятен мой или нет?
[12:07:51] Кушелев Александр Юрьевич: Не очень
[12:08:05] Кушелев Александр Юрьевич: Программа для проверки не нужна. Это Вы понимаете?
[12:08:23] Andrei: я задал другой вопрос
[12:08:28] Кушелев Александр Юрьевич: Какой?
[12:08:55] Andrei: ну так сосредоточьтесь и прекратите ссылки давать не по теме обсуждения
[12:09:32] Andrei: у нас есть только один выстрел
то есть заинтересовать полной версией
подумайте
если еще не готово, то подождем
[12:11:26] Кушелев Александр Юрьевич: Чем Вас не устраивает полная 2D-версия и результаты для 6 фрагментов, полученных недоделанной 3D-версией?
[12:11:42] Кушелев Александр Юрьевич: 3D-версию я по любому никому давать не планирую
[12:12:18] Andrei: не планируете значит собираетесь сидеть на ней как кощей на яйце.
[12:12:34] Andrei: это ваше право
[12:13:48] Кушелев Александр Юрьевич: Не сидеть, а зарабатывать с помощью 3D-версии. Что в этом плохого?
[12:14:02] Кушелев Александр Юрьевич: А анализировать результаты эксперты могут уже сегодня
[12:15:13] Andrei: с вашим мышлением сложно верится что можно на этом заработать хоть копейку, при условии отсутствия экспертного заключения даже самого захудалого.
[12:16:17] Andrei: версия с кощеем на яйце выглядит более правдоподобно, а не заработок.
[12:16:40] Andrei: но я могу ошибаться, поспрашивайте других людей
[12:17:01] Andrei: есть хоть один кто верит в ваш прогноз?
[12:17:39] Кушелев Александр Юрьевич: Вы читали рецензии на книгу "Пикотехнология белков"?
[12:17:58] Andrei: ну так вопрос мой исчерпан?
[12:18:09] Кушелев Александр Юрьевич: Если не читали, то почитайте
[12:18:37] Andrei: а это повлияет на кощея быть не кощеем?
[12:19:08] Кушелев Александр Юрьевич: Это ответ на Ваш вопрос по поводу наличия экспертных оценок: http://nanoworld.org.ru/topic/1150/
[12:19:45] Andrei: речь идет не о книге а программе
[12:19:57] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы приложения к книге видели?
[12:20:05] Andrei: вы же ее результаты хотите продавать а не книги
[12:20:26] Кушелев Александр Юрьевич:
[12:20:40] Кушелев Александр Юрьевич: Я для книги определил 100 белковых структур
[12:20:45] Andrei: в книге есть 3Д структура белка?
[12:20:57] Andrei: или только о 2Д речь?
[12:21:04] Кушелев Александр Юрьевич: Приложение 8 100 структур в формате PDB, PNG ... https://yadi.sk/d/nWEkBJRdhpP4D
[12:22:26] Кушелев Александр Юрьевич: Но выяснилось, что в программе есть несколько ошибок, поэтому в структурах белков тоже есть ошибки, что само по себе нормально. С каждой новой версией программы число ошибок и их величина будут уменьшаться.
[12:22:44] Andrei: ну так дайте ту что есть
[12:24:14] Кушелев Александр Юрьевич: Зачем?
[12:24:35] Andrei: Чтобы было видно что направление правильное например
[12:24:46] Кушелев Александр Юрьевич: Это можно вручную проверить
[12:24:56] Andrei: вручную никому не интересно
[12:25:25] Кушелев Александр Юрьевич: Коды на входе и на выходе известны. Они выводятся в 2D-версии
[12:25:33] Кушелев Александр Юрьевич: Таблица тоже опубликована
[12:25:50] Кушелев Александр Юрьевич: На любом шаге можно сделать выборочную проверку, которая займёт минуты
[12:25:58] Кушелев Александр Юрьевич: Если это неинтересно, значит неинтересно
[12:26:14] Andrei: ну тогда тем более непонятно чего бояться
[12:26:32] Andrei: если желания нет то и смысла нет
[12:26:48] Кушелев Александр Юрьевич: Я и не боюсь
[12:27:08] Andrei: надеюсь вопрос вам понятен?
[12:27:18] Кушелев Александр Юрьевич: Нет
[12:28:26] Кушелев Александр Юрьевич: Существующая версия 3D работает с ошибками, но для некоторых белков и их фрагментов без ошибок. Именно эти фрагменты я и предлагаю для эксперта. С каждой новой версией ошибок будет меньше и безошибочных моделей больше.
[12:28:55] Andrei: я не спрашивал про это
[12:29:02] Andrei: вопрос не об этом
[12:29:43] Кушелев Александр Юрьевич: Для экспертизы достаточно 6 примеров, которые я Вам дал
[12:29:55] Andrei: не хотите отвечать на вопрос так и скажите
[12:30:11] Кушелев Александр Юрьевич: И 2D-программы, которую я Вам тоже дал.
[12:30:23] Кушелев Александр Юрьевич: А вопрос Ваш мне непонятен
[12:31:04] Andrei: я понял, вопрос сложный и поэтому занимает время чтобы он дошел.
[12:31:37] Кушелев Александр Юрьевич: Угу
[12:31:43] Andrei: ок