http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201201/22182353.html?fromissue=1
Благодаря поддержке инвесторов (приобретен мощный компьютер), в лаборатории Наномир появилась возможность полноценно моделировать крупные белки, в частности, коллаген. Слева упрощённая модель одной молекулы коллагена, а справа - полновесная (кольцегранная + шар-труба), построенная с помощью скрипта Савина-Кушелева.
Полновесный скрипт Савина-Кушелева сохраняет файлы в стандарте PDB (Protein Data Base), которые фактически являются коммерческим продуктом лаборатории Наномир, т.к. имеют более высокую точность, чем файлы, полученные с помощью РСА (рентгеноструктурного анализа).
Файл с координатами атомов коллагена
Напомню, что цена модели зависит от точности ~квадратично. Точность пикотехнологической модели выше, чем точность РСА в ~1000 раз. Следовательно её цена в ~1 000 000 раз выше. А для тех белков, которые не кристаллизуются, РСА вообще непригоден. Тем не менее РСА не потеряет актуальность, т.к. позволяет исследовать модифицированные структуры белков, что недоступно первой коммерческой версии программы Пикотех, в которой учтена только модель рибосомы.
Файл в стандарте PDB позволяет смотреть структуру белка стандартными браузерами, а так же использовать программы, которые учитывают физико-химические взаимодействия на уровне нанотехнологии.
Например, Swiss viewer умеет рассчитывать поверхность молекулы (на уровне нанотех, естественно)
А те, кто желает изучить пикотехнологическую модель "по полной программе", могут установить на свой компьютер 3DS Max и открыть файл (150Mb) со структурой спирали коллагена (полтора витка, образованные 16-ю молекулами коллагена
В этом файле кроме 16 моделей молекулы коллагена содержится ещё одна упрощённая модель коллагена. Из неё можно построить спираль раз в 40 длиннее, чем из полновесной (кольцегранной) при том же числе треугольных граней.
Отдельные кадры (3200x2400)
Если у Вас есть желание сделать профессиональную компьютерную графику на основе пикотехнологических моделей, могу дать все необходимые данные ...
Анимацию спирали коллагена можно просматривать по кадрам (3200х2400 пикселей, 140 кадров) в архиве.
Кадры записаны в стандарте jpg, что позволяет просматривать анимацию по кадрам в обычном браузере картинок.
Эта анимация сделана из 3 кадров, уменьшенных до размера 1450x1088. Модель для 3DS Max.
Нобелевский глюк рибосомы ...
2012-01-17
[8:10:10] L: Поправленный перевод: The business offer for a owners of your company. In the near future auction of high technologies of laboratory the Nanoworld can take place. We offer the new standard of structure of peptide (protein) PIKO. This standard now is discussed at forums. At schools of Russia since 2005 study pikotechnological models of atoms, molecules and crystals. Precision pikotechnological models ~1000 times higher than precision of nano-models. Your firm could become the leader of sales pikotech-models... I invite you to auction of high technologies of laboratory the Nanoworld
[8:49:32] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю!
Зелёным цветом показана информационная РНК, которая якобы проходит сквозь рибосому. В действительности, существует разрыв иРНК длиной ~30 нуклеотидов. Откуда он берётся? тРНК приплывает с очередной аминокислотой, врезается во входящий в рибосому конец иРНК и откусывает от неё триплет. Далее поворачивается по инерции до терминирующего поворот рибосомального нуклеотида. После этого другой (АСС) конец тРНК вставляет аминокислоту в растущую белковую молекулу. Затем тРНК (вместе с триплетом иРНК!) поворачивается вокруг аминокислотного остатка на тупой угол. При этом триплет иРНК уходит на расстояние около 3 витков спирали РНК от первоначального положения. Далее тРНК снова поворачивается, отсоединяясь от растущей белковой молекулы, но после того, как к ней присоединён следующий аминокислотный остаток. Вращается она до тех пор, пока не присоединит триплет иРНК к выходящему концу. Таким образом, создаётся иллюзия, что иРНК проходит сквозь рибосому без изменений. На самом деле на входе в рибосому иРНК дробится на триплеты, а на выходе из рибосомы снова собирается в спираль РНК.
Этот процесс оказался незамеченным для исследователей структуры рибосомы, которые получили за эту структуру нобелевскую премию в 2009-ом году. При этом заявленная точность структуры рибосомы ~2 ангстрема, а реальная ошибка превосходит в полтора раза габариты тРНК, т.е. достигает ~3 витков РНК (~30 нуклеотидов). Таким образом, реальная ошибка модели рибосомы порядка 240 ангстрем (24 нанометров, 24 000 пикометров).
Рибосомы эукариот: 80S, размер - 22x32 нм. Они крупнее прокариотических.
Шаг спирали ДНК/РНК гораздо длиннее!
По вертикальным ступеням ходить горизонтально?
Пикотехнологическая модель показывает, что длина витка спирали не 3.4, а 8 нм!
Величина 3.4 нм гипотетическая... Пикотехнологический модельный эксперимент опровергает эту гипотезу
Модельный эксперимент показывает, что при образовании ступени ДНК параллельно с водородными связями образуются поперечные фосфодиэфирные связи: