Январь 2017. Кушелевские структемы генетического кода белкового мира и мультикомпозиционный код

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Кушелевские группы квазисимметрии структем

Про фёдоровские группы симметрии кристаллов знают многие, а что такое кушелевские группы квазисимметрии структем?

Конструкционный элемент белковых молекул, пептидная группа NCCO представляет собой сустав с треугольником входа и треугольником выхода:

Составляя структемы из этих элементов можно проложить путь белковой "цепи" под любыми углами в естественной системе отсчёта. Более того, можно использовать дополительный сустав, Pro, чтобы получить гибкость структуры по второй степени свободы.

Теперь рассмотрим сами группы квазисимметрии.

Базовой группой является группа вращения вокруг связи N-C. Свободное вращение вокруг этой связи возможно лишь до установки аминокислоты в растущую белковую цепь. Вариант установки кодируется композиционным кодом. Начатом отсчёта угла является угол альфа-спирали. Ближайший кодируемый угол - это угол 310-спирали. Следующий - угол пи-спирали и четвёртый кодируемый угол - это угол бета-спирали.

Чередование вариантов композиций 1,2,3,4 приводят к резкому повороту белковой "цепи", т.е. на углы типа 120 градусов. Более плавный изгиб спирали реализован чередованием кодов альфа- и 310-спирали. Дополнительные возможности дают специфические аминокислотные остатки (Met и Pro). Все эти возможности даёт генетический ассемблер, т.е. композиционный генетический код.

В процессе эволюции появляются программные спирали, перевертыши и другие структемы генетических языков высокого уровня. Это означает, что на каждом уровне существуют свои группы квазисимметрии. Чем выше уровень генетического языка, тем обширнее группы квазисимметрии структем. Пока мы рассмотрели лишь группы на уровне генетического ассемблера. Систематизировать группы более высокого уровня вручную затруднительно, поэтому эта систематизация будет осуществляться с помощью специализированных программ.

2017.01.09 18:30:08

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Типовые структемы генетического кода белкового мира