3D структуры март-апрель 2017. Структуры белков по нуклеотидной последовательности

Геометрия живого Наномира

Кодируется ли тип спиралей белков композиционным генетическим кодом?

Точность и стоимость РСА (рентгено-структурного анализа).

Самоповерка пикотехнологии.

2017.03.23 19:04:59

[22.03.2017 18:49:44] Кушелев Александр Юрьевич: А список меню постепенно растёт...
1. 2D-структура в новом формате.
2. Файл в стандарте MIDI
3. Компактный файл fasta (с отработанными Join и Complement)
4. Компактный файл dne/embl (только идентификатор белка и входной код. С простым CDS 1..n)
5. 2D-структура в старом формате (как сейчас) с разбивкой по 1000 строк.
6. Композиционный код-6
7. Композиционный код-4

2017.04.07 15:05:13 Также в меню добавляется компактная запись вторичной структуры белка

Раскрашивание триплетов по алгоритму вторичной структуры экономит время.

2017.04.13 14:18:40

Код-6 получается из кода 4 по дополнительному простому алгоритму. Но проблема заключается в том, что в программе-скрипте, которую написал Денис Савин, зарезервировано меньше вариантов композиций, чем нужно для реализации кода-6

А доделывать эту Версию Валентин считает неправильным. Он хочет сделать правильную версию на другом языке. Ждём-С

2017.04.05 09:13:19

Татьяна Рясина пишет:

Как кратко пояснить, зачем нужен сайт с готовыми моделями? Люди вообще слышат и видят в первый раз в жизни.

Кушелев:

Ежедневно на нашей планете кто-то оплачивает не менее 30 заказов по структурам белковых молекул. Это видно по увеличению количества белков в Protein Data Base (PDB). За каждую структуру платят в среднем 10 000 евро и ждут от нескольких недель до нескольких лет.

Структуры нужны фармацевтам, биотехнологам, генным инженерам. Потенциальных заказчиков можно найти по ключевым словам protein, nanotech

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/205820/ … a_orig.png

2017.04.11 15:16:45

Открыта программная трехлопастная 323321321-белковая спираль

Кушелев: А теперь давайте посмотрим, не найдутся ли комплементарные ноты Лунной сонаты?

Вместо n(QNT) нужно найти n(TNQ)

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

Итак, ищем TNQTNQTNQTNQTNQTNQTNQTNQTNQTNQTNQTNQTNQ

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/56 … TJUM2XZ016

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/564280748

Вообще-то это не комплементарное преобразование, а фрактальный реверс, но ... тоже интересно!

Разметка триплетов

Вид вдоль оси симметрии. Примерно 8.5 аминокислотных остатков на виток.

Так выглядит 233-спираль (7 витков, 60 аминокислотных остатков)

Это, как и 35-спираль (Q-спираль) может быть пикотехнологическим реактором. Только меньшего диаметра (раза в полтора) и соответственно большего давления (раза в два).

Программная 233-спираль переходит в очень необычную трёхлопостную программную спираль.

Циклическое повторение 30 аминокислотных остатков соответствует такой структуре.

"Красота форм в природе" Атомы изображены шариками

Межатомные связи изображены трубками. Электронные оболочки изображены точками

Такая необычная трехлопастная программная спираль встречается в белковых молекулах...

2017.04 13 21:01:26

IN(L,D)NINNINNV

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

http://molbiol.ru/scripts/01_12.html

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … ZFCTC45013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1103666979

CRG93487

По нотам 40-ой симфонии Моцарта нашлась ... треугольная спираль!

Однако музыку Моцарта, которая звучит при сборке этого белка мы пока не услышим. Белок слишком крупный для того, чтобы программа могла обработать его целиком. Нужно найти этот фрагмент.

Музыка сборки этого фрагмента (10 нот) совпадают с началом 40-ой симфонии Моцарта.

Вчера 21:34:31

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/12 … TJUM2XZ016

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/124805469

>ENA|XP_001350449| 3270 nucleotides

Похоже, что дисульфидный мостик Cys17-Cys28 должен замкнуться.

Напластование "восьмёрок", как в белке EWC87459, и цикл, который через них замыкается.

2017.04.12 12:01:12

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/25 … TJUM2XZ016

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/258596982

>ENA|XP_001347352|1152 nucleotides

Конец белковой молекулы соединяется с началом фрагмента через дисульфидный мостик.

Конечно, за 7 десятков композиций накапливается ошибка, ведь алгоритм не учитывает физико-химические взаимодействия. Тем не менее очевидно, что речь идёт о циклическом фрагменте из 72 (семидесяти двух!) аминокислотных остатков.

Этот фрагмент состоит из элементов программной трёхлопастной спирали.

2017.04.14 13:25:48

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/64 … ZFCTC45013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641579244

>ENA|CDO66378|11550 nucleotides

Музыка сборки этого фрагмента белковой молекулы

2017.04.11 13:36:22

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/59 … PG4YMDD013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/597849141

Кушелев: Забавная программная 34443555-спираль. Интересно будет посмотреть 3D модель...

К сожалению, код "5" в существующей 3D-версии Пикотех ещё отрабатывается не корректно. Поэтому мы пока не узнаем реальную форму программной 34443555-спирали. Фактически мы видим форму 3111-спирали. Она имеет ось симметрии 7-го порядка.

Корректная отработка кода "5" должна привести к деформации 34443555-спирали. Но это мы сможем увидеть в будущем, когда будет доделана следующая версия программы Пикотех-3D.

2017.04.12 15:24:54

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/91 … TJUM2XZ016

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/226466085

Понятно, что треугольник из пи-спиралей должен замкнуться.

В модели он почти замкнут. Это понятно, ведь алгоритм чисто геометрический. Не учитывает физико-химические взаимодействия.

Углы пи-спирали, вероятно, настроены неточно.

Как уже было замечено ранее, самое сложное в моделировании - переходы с одного типа спирали на другую.

Именно в области перехода с одной спирали на другую погрешности углов сказываются сильнее всего. Тем не менее, накопившаяся за 70 аминокислотных остатков ошибка порядка 10 диаметров атома углерода. Это значит, что в пересчёте на один аминокислотный остаток погрешность не превышает 10/70=13% от размера атома.

2017.04.12 15:48:40

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/58 … TJUM2XZ016

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/508695481

Сегодня 18:52:02

Белковая спираль Моцарта-Кушелева

IDDIDDIDDV

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/25 … ZJ2D64R013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/255722494

Спираль Моцарта-Кушелева (533-спираль) интересна тем, что на один виток приходится почти 14 аминокислотных остатков. При этом спираль имеет ось симметрии ~5 порядка.

Любопытно и то, что композиционный код сдвинут относительно музыкального (и первичной последовательности), т.е. разным нотам соответствует одинаковая композиция соседних аминокислотных остатков и в то же время разные углы поворота соответствуют одинаковым нотам. Более того, третья нота, как и в 40-ой симфонии Моцарта звучит вдвое дольше второй!

Это связано с тем, что вторая нота соответствует коду альфа-спирали, когда нет вращения транспортной РНК, а третья нота соответствует коду пи-спирали, когда тратится время на дополнительное вращение тРНК.

2017.04.03 11:55:24

Кушелев: Здравствуйте, уважаемые коллеги!
Предлагаю расширить Ваш сервис, дополнив его демонстрацией вторичной структуры белка по нуклеотидной последовательности и другими .

С уважением,
Руководитель лаборатории Наномир,
Александр Кушелев

2017.04.02 22:06:01

2017.04.01 23:16:50

2017.04.01 14:13:34

Пикотехнологические реакторы с внутренними и внешними конвейерами

2017.04.06 16:30:09

2017.04.03 16:12:53

2017.04.05 11:20:43

Структура белка определена правильно

Равнобедренный пятиугольник!

2017.04.05 16:25:51

2017.04.06 23:08:12

Длина прямого альфа-спирального участка достигает 737-322+1=416 аминокислотных остатков. Вероятность случайного кода = 4^-415=10^-250

2017.04.06 20:49:42

2017.03.29 20:40:47

Каждая "загогулина" NQQFQV является мета-элементом пико-конструктора.

В отличие от аминокислот мета-элементы складываются в параллелепипеды, т.е. программирование идёт как бы на уровне кубиков с прямыми углами. Хотя ... может показалось, что углы прямые.