Перевести страницу

Классическая волновая физика радиоэфира Фарадея-Максвелла

Рубиновая энергетика и эфироопорные двигатели

Пикотехнология белков

Биотехнология вечной молодости

Исследования мегалитов

Инопланетная инженерия




Ключи от генома найдены

Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 937

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Ключи от генома найдены!

Кушелев: Мне удалось найти несколько экзотических белков в геноме Symbiodinium microadriaticum: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129213514

Здесь можно посмотреть эти структуры: http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/90/

Вот одна из них:

https://img-fotki.yandex.ru/get/30536/158289418.3f0/0_177790_20c09ef8_orig.png

После того, как я обнаружил сразу несколько экзотических белков, у меня появилась идея загрузить в программу определения вторичной структуры весь геном: https://cloud.mail.ru/public/LmFt/zSUrH964q

Вы видите два html-файла. Один из них - результат обработки прямой последовательности:

https://cloud.mail.ru/public/5tS7/qkejbF2XG

Второй - результат обработки комплементарной последовательности:

https://cloud.mail.ru/public/4Vf8/Mh8y7bPTg

Что же мы видим?

https://img-fotki.yandex.ru/get/201221/158289418.3f1/0_1777b5_ba8928e9_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/113457/158289418.3f1/0_1777b6_caceab61_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f1/0_1777b7_7b2f037a_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/55918/158289418.3f1/0_1777b8_e2f152f3_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/158289418.3f1/0_1777b9_edc186f0_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/228174/158289418.3f1/0_1777ba_17a510d_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3f1/0_1777bb_66098eea_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/196631/158289418.3f1/0_1777bc_eb32eacb_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/198361/158289418.3f1/0_1777c3_1cd181cf_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f1/0_1777bd_75e5357a_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/197807/158289418.3f1/0_1777be_7202389c_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3f1/0_1777bf_f8286553_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/61411/158289418.3f1/0_1777c4_b1dd324f_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/236311/158289418.3f1/0_1777c0_2732c8ce_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/194492/158289418.3f1/0_1777c1_48d29c04_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3f1/0_1777c2_3a7d34d7_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.3f1/0_1777c5_97754561_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/5412/158289418.3f1/0_1777c6_d0f2bf2f_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/235015/158289418.3f1/0_1777c7_142e5726_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/96803/158289418.3f1/0_1777c8_73208e4c_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3f1/0_1777c9_81be2d72_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/54787/158289418.3f1/0_1777ca_196a6962_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/214545/158289418.3f1/0_1777cb_fd98b5d_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3f1/0_1777cc_58fbb819_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/158289418.3f1/0_1777cd_2bca80b0_orig.png

Комплементарная последовательность:

https://img-fotki.yandex.ru/get/479589/158289418.3f1/0_1777fc_e0ee7e43_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.3f1/0_1777fd_f83e12d8_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f1/0_1777fe_7c5120e6_orig.png
Черные поля - стоп-кодоны. Это значит, что эту часть кода нужно читать либо со сдвигом рамки считывания, либо в виде комплементарной последовательности. И ещё не нужно забывать про сплайсинг...

https://img-fotki.yandex.ru/get/243077/158289418.3f1/0_1777ff_f80e8309_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/197102/158289418.3f1/0_177800_8ea562c3_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/195431/158289418.3f1/0_177801_e6c83c66_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/51236/158289418.3f1/0_177802_ced64441_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/196245/158289418.3f1/0_177803_12da7027_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/198303/158289418.3f1/0_177804_da838184_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/96803/158289418.3f1/0_177805_29749c85_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/231315/158289418.3f1/0_177806_29c6de39_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.3f1/0_177807_17bdd93c_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/93451/158289418.3f1/0_177808_8ed7da0e_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/219501/158289418.3f1/0_177809_688a7dba_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/219501/158289418.3f1/0_17780a_1b5a2e6e_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.3f1/0_17780b_1c502951_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/237726/158289418.3f1/0_17780c_2798ae89_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/109793/158289418.3f1/0_17780d_10308a79_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/249782/158289418.3f1/0_17780e_5802a23e_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/61897/158289418.3f2/0_17780f_ffdb4900_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/467152/158289418.3f2/0_177810_8eac53a9_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/118932/158289418.3f2/0_177811_95fe0b94_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/197923/158289418.3f2/0_177812_a77f631_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/244154/158289418.3f2/0_177813_c0aeb5e4_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/479589/158289418.3f2/0_177814_e03a79eb_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.3f2/0_177815_89b79ce7_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/106693/158289418.3f2/0_177816_a85c2282_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/93500/158289418.3f2/0_177817_9439787f_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/108697/158289418.3f2/0_177818_cd7acc05_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/93500/158289418.3f2/0_177819_4a7b55c9_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3f2/0_17781a_a3a926bd_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/60881/158289418.3f2/0_17781b_cc5cb77d_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/94893/158289418.3f2/0_17781c_65b122b0_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/51057/158289418.3f2/0_17781d_fa7b562b_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/195771/158289418.3f2/0_17781e_fbbd9a88_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.3f2/0_17781f_d7dabbbd_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3f2/0_177820_ea28f706_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.3f2/0_177821_308c1e49_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/25921/158289418.3f2/0_177822_4f6a4aeb_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/158289418.3f2/0_177823_4848bef2_orig.png

Это и есть ключи от генома!

Достаточно набрать поиск по характерной последовательности, и команда "найти" в браузере покажет Вам CDS с интересующим Вас кодом белка. Конечно, не все ключи соответствуют белкам, но существенная часть соответствует. Это видно невооружённым взглядом smile

Более того, если Вы не нашли по ключу белок в данном геноме, то у Вас есть много шансов найти его в базе данных EMBL, например, с помощью системы BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov


https://img-fotki.yandex.ru/get/117474/158289418.3f0/0_17778e_4dbd3238_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/244154/ … a_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/366459/158289418.3f0/0_17778c_e35d62d4_orig.gif


Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 952

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Обнаружены белки-изоморфы!

https://img-fotki.yandex.ru/get/198303/158289418.3f2/0_177913_c1ba6822_orig.png

Кушелев: Сдвиг рамки считывания не влияет на структуру этого белка! Белок сохраняет как первичную аминокислотную последовательность, так и вторичную структуру. Но кое-что всё-таки меняется. Сдвигаются варианты композиции относительно аминокислотной последовательности.
Нет, не сдвигаются! Вот это - номер...

https://img-fotki.yandex.ru/get/164839/158289418.3f2/0_177915_5c268ea7_orig.png
Структура белка, построенного по комплементарной последовательности, обладает тем же свойством!



Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 963

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Разгадана тайна невероятной информационной ёмкости генома

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129213514#

Кушелев: Участок генома Symbiodinium microadriaticum, соответствующий бета-спирали длиной 200 аминокислотных остатков.

>ENA|genom_green|
GCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGCAGCA
GCAGCAGCAGCGGCAGCAAAAGCAGTAGCATTAGCAGTAGCAGTAGCAGTAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGTAGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCA
GCACAGCAGGAGAAGTAG

https://img-fotki.yandex.ru/get/25921/158289418.3f3/0_17791c_b2750c19_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194492/158289418.3f3/0_17791b_84ee62e2_orig.png

Если сдвинуть рамку считывания

на 1 позицию . . . на 2 позиции . . . на 1(complement) . . . на 2(complement)

https://img-fotki.yandex.ru/get/226827/158289418.3f3/0_17791e_ef1babb5_XL.png . https://img-fotki.yandex.ru/get/194869/158289418.3f3/0_17791f_c6be9238_XL.pnghttps://img-fotki.yandex.ru/get/98619/158289418.3f3/0_177920_8d5cc2f0_XL.png . . https://img-fotki.yandex.ru/get/196365/158289418.3f3/0_177921_6a9325b2_XL.png

Сдвиг рамки считывания приводит к длинным альфа-спиралям, пи-спирали и 14-спирали.

Кстати, в данном геноме эта часть последовательности используется для формирования длинной альфа-спирали EQEQEQ: https://img-fotki.yandex.ru/get/226827/ … 5_orig.png

Достаточно иметь в геноме один такой участок, чтобы строить альфа-, пи- и бета-спирали длиной от 1 до 200 аминокислотных остатков. Ведь достаточно задать лишь начальное положение рамки считывания, а стоп-кодоны остановят создание спирали нужной длины. Вот где находится разгадка тайны невероятной информационной ёмкости генома!



Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 936

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/90/
https://img-fotki.yandex.ru/get/231315/158289418.3f0/0_1776ae_c82bd0eb_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/94893/1 … b_orig.png

Альфа-спираль длиной 737-322+1=416 аминокислотных остатков

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f1/0_1777a1_8b0680a7_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/95629/1 … a_orig.png

310-спираль длиной 308-46+1=263 аминокислотных остатка

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/85/
https://img-fotki.yandex.ru/get/152444/158289418.3e9/0_177249_643719e9_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/93500/1 … 5_orig.png

Пи-спираль длиной 206-140+1=67 аминокислотных остатков

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/79/
https://img-fotki.yandex.ru/get/244791/ … 6_orig.png

Бета-спираль длиной  аминокислотных остатка 132-89+1=44 аминокислотных остатка

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/84/
https://img-fotki.yandex.ru/get/166616/158289418.3e9/0_1771f4_f4ffddbe_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/196245/ … d_orig.png

323322-спираль длиной 1000-927+1=74 аминокислотных остатка

https://img-fotki.yandex.ru/get/94189/1 … 7_orig.png

123-спираль длиной 1570-1540+1=31 аминокислотных остатков

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/81/
https://img-fotki.yandex.ru/get/243369/158289418.3e6/0_176ebf_4ec313ac_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/169608/ … 6_orig.png

114-спираль длиной 92-21+1=72 аминокислотных остатка

https://img-fotki.yandex.ru/get/117896/158289418.3e6/0_176ec1_caf790d3_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/243369/ … c_orig.png

144-спираль длиной 73-2+1=72  аминокислотных остатка

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/79/
https://img-fotki.yandex.ru/get/94189/1 … d_orig.png

12-спираль длиной 47-8+1=40 аминокислотных остатков

https://img-fotki.yandex.ru/get/243369/ … c_orig.png

23-спираль длиной 53-25+1=29 аминокислотных остатков

http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/79/
https://img-fotki.yandex.ru/get/112407/ … 8_orig.png

35-спираль длиной 230-52+1=179 аминокислотных остатков

http://nanoworld.org.ru/topic/1610/page/94/
https://img-fotki.yandex.ru/get/111359/158289418.3f0/0_177797_8ee1686a_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/46400/1 … 8_orig.png

1444-спираль длиной 239-65+1=175 аминокислотных остатков

http://nanoworld.org.ru/post/82802/#p82802
https://img-fotki.yandex.ru/get/196070/ … 5_orig.png

Метиониновая спираль длиной 183-154+1=31 аминокислотных остатков