Ключи от генома найдены

2017.04.06 20:27:34

Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

Ключи от генома найдены!

Кушелев: Мне удалось найти несколько экзотических белков в геноме Symbiodinium microadriaticum: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129213514

Можно посмотреть эти структуры

Вот одна из них:

После того, как я обнаружил сразу несколько экзотических белков, у меня появилась идея загрузить в программу определения вторичной структуры весь геном: https://cloud.mail.ru/public/LmFt/zSUrH964q

Вы видите два html-файла. Один из них - результат обработки прямой последовательности:

https://cloud.mail.ru/public/5tS7/qkejbF2XG

Второй - результат обработки комплементарной последовательности:

https://cloud.mail.ru/public/4Vf8/Mh8y7bPTg

Что же мы видим?

************

Комплементарная последовательность:

************

Черные поля - стоп-кодоны. Это значит, что эту часть кода нужно читать либо со сдвигом рамки считывания, либо в виде комплементарной последовательности. И ещё не нужно забывать про сплайсинг...

************

Это и есть ключи от генома!

Достаточно набрать поиск по характерной последовательности, и команда "найти" в браузере покажет Вам CDS с интересующим Вас кодом белка. Конечно, не все ключи соответствуют белкам, но существенная часть соответствует. Это видно невооружённым взглядом

Более того, если Вы не нашли по ключу белок в данном геноме, то у Вас есть много шансов найти его в базе данных EMBL, например, с помощью системы BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

2017.04.06 01:23:02

https://img-fotki.yandex.ru/get/244154/ … a_orig.png

Обнаружены белки-изоморфы!

Кушелев: Сдвиг рамки считывания не влияет на структуру этого белка! Белок сохраняет как первичную аминокислотную последовательность, так и вторичную структуру. Но кое-что всё-таки меняется. Сдвигаются варианты композиции относительно аминокислотной последовательности.
Нет, не сдвигаются! Вот это - номер...

Структура белка, построенного по комплементарной последовательности, обладает тем же свойством!

2017.04. 08 02:04:11

Разгадана тайна невероятной информационной ёмкости генома

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129213514#

Кушелев: Участок генома Symbiodinium microadriaticum, соответствующий бета-спирали длиной 200 аминокислотных остатков.

>ENA|genom_green|
GCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGCAGCA
GCAGCAGCAGCGGCAGCAAAAGCAGTAGCATTAGCAGTAGCAGTAGCAGTAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGTAGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCA
GCACAGCAGGAGAAGTAG

Если сдвинуть рамку считывания

на 1 позицию . . . на 2 позиции . . . на 1(complement) . . . на 2(complement)

. . . .

Сдвиг рамки считывания приводит к длинным альфа-спиралям, пи-спирали и 14-спирали.

Кстати, в данном геноме эта часть последовательности используется для формирования длинной альфа-спирали EQEQEQ: https://img-fotki.yandex.ru/get/226827/ … 5_orig.png

Достаточно иметь в геноме один такой участок, чтобы строить альфа-, пи- и бета-спирали длиной от 1 до 200 аминокислотных остатков. Ведь достаточно задать лишь начальное положение рамки считывания, а стоп-кодоны остановят создание спирали нужной длины. Вот где находится разгадка тайны невероятной информационной ёмкости генома!

2017.04.06 12:47:53

https://img-fotki.yandex.ru/get/94893/1 … b_orig.png