2017.04.23 17:53:22
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/74 … SDMTTNU015
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/743960172
>ENA|BAQ14176|complement 2013 nucleotides
Фрагмент:
Изменение бета- и пи- композиционных углов существенно изменило форму модели фрагмента белка.
2017.04.23 17:54:58
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … SDMTTNU015
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1145424954
>ENA|SJN11245|4035 nucleotides
Фрагмент:
Изменение углов бета- и пи-спиралей превратило явно неправильную форму модели в более осмысленную. К сожалению точная настройка углов - дело кропотливое даже с использованием интерактивной версии Пикотех. Так что придётся подождать до её создания...
2017.04.23 08:32:27
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/292397674
Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/232875/ … 6_orig.png
Напомню, что наиболее точно показаны углы афльа- и 310-спиралей. Погрешность углов бета- и пи-спиралей может достигать 30 градусов.
2017.04.23 09:47:21
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/292397674
Любопытно, что весь геном не содержит ни одного стоп-кодона, т.е. по геному можно собрать один гигантский белок.
https://img-fotki.yandex.ru/get/218038/ … b_orig.png
2017.04.23 12:28:32
Продолжаем исследовать геном: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/292397674
Следующий фрагмент:
Следующий фрагмент:
"Строчка Кушелева" или "вперёд иголочкой 3D" 
Кстати, при дальнейшем уточнении композиционных углов может оказаться, что это своеобразная белковая структура "вязание" или "вязь".
Мы уже встречались с белковой "вязью"
Кстати, при уточнении композиционных углов эта "вязь" может изменить топологию, т.е. петли могут захватывать не одну, а две "нити".
2017.04.23 12:57:33
Открыта музыка белка с размером 7/8 (Lymantria_genom)
Размер 7/8 интересен тем, что в земной музыке не используется (пока)
Под музыку с музыкальным размером 7/8 строится переходная (спираль-вязь) белковая структура:
Это ещё спираль, но она уже близка к структуре "псевдовязь".
Это уже "псевдовязь"
А это уже "вязь".
2017.04.22 12:45:27
Ищем PGAPGAPGAPGAPGAPGAPGAPGAPGAPGAPGA
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … NZ5DF0H014
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1101224483
OIP72816
http://molbiol.ru/scripts/01_12.html
>ENA|OIP72816|complement 228 nucleotides
atgggtaatagaaacagtttaccttgcctgcctcccggtgctcccggtgctcccggtgct
cccggtgctcccggtgctcccggtgctcccggtgctcccggtgctcccggtgctcccggc
gctcccggtgcctcctggtgcccaatcttcccgattccccctcaaatcctttgtaggatc
ttgttaatcctagaccagtgttggcaaattttctccacttgtttataa
Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/ … 0_orig.png
Кушелев:
Похоже, что минимальная погрешность у модели со значением угла -30 градусов. Однако нужно учесть, что каждый композитный угол в программе реализован через три ортогональных угла. Из 6 композиционных кодов пока реализовано лишь 4. Не учитываются свойства пролина. А главное, что это геометрический алгоритм, т.е. физико-химические взаимодействия тоже не учитываются.
Так что пока надёжным результатом программы Пикотех является только вторичная структура белка. Над третичной придётся ещё поработать. Создать интерактивную версию, настроить все композиционные углы, а в следующей версии учесть физико-химические взаимодействия. Тогда пикотехнологические 3D модел белков будут реалистичными. Пока это можно назвать условными 3D-схемами, где отчётливо видны регулярные структуры, но композиционные углы показаны приближённо. Наиболее точно настроен угол альфа-спирали. Углы бета- и пи-спирали настроены с погрешностью до 30 градусов.
Вчера 10:33:58
Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы
Неточный композиционный угол пи-спирали приводит к "слипанию" витков программной спирали.
Варьированием композиционного угла (в скрипте приходится менять три угла, соответствующих одному композиционному коду) можно добиться правильных параметров пи-спирали и программных спиралей, содержащих композиционный код "3".
Более точную настройку композиционных углов можно будет осуществить в интерактивной 3D-версии Пикотех, которую планируется создать.
2017.04.18 13:49:00
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/64 … CUUFV1Y013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791
>ENA|CDO63795|14214 nucleotides
Фрагмент:
Вчера 11:44:58
Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы
Татьяна Рясина пишет:
Алексанрд Юрьвич, Вам зачот по телепатии
Хотела спросить, для чего вы удлиняете спирали )))))).
Может быть Вы, ищете управляющие коды следующего уровня через принципы симметрии, что-то вроде языка программирования, который читается через нуклеотидную последовательность. Слава Богу, всё яснее и проще - сложно это не хорошо )))))).
Кушелев:
Я сам не знал, что программные спирали помогут уточнить композиционные углы. Но так получилось...
Вчера 21:05:35
Посмотрим, как будет выглядеть модель программной 35-спирали (Q-спирали) при разных значениях одного из трёх компонент композиционного угла пи-спирали.
Первая составляющая композиционного угла = -30 градусов.
-20 градусов
-10 градусов
-5 градусов
-30
-30
-20
-20
-10
-10
-5
-5
-5
Осталось выбрать наиболее правильную модель. Для этого нужно узнать экспериментальные значения числа аминокислотных остатков на виток Q-спирали, радиус и шаг спирали. Возможно, что эти данные уже имеются в Protein Data Base...
2017.04.21 10:06:29
Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы
Продолжаем уточнять композиционные углы...
http://subscribe.ru/archive/science.new … 2016.html/
Кушелев: Здесь видно, что изменение одной из составляющих угла пи-спирали с -30 до -5 градусов меняет правую 35-спираль (Q-спираль) на левую. А это значит, что можно провести сравнительно дешёвый эксперимент с измерением вращения поляризации света в растворе, содержащим Q-спираль белка. Эксперимент поможет выяснить, является ли Q-спираль правой или левой. А вместе с этим определится и композиционный угол пи-спирали. Хотя модельный эксперимент может оказаться ещё проще и дешевле.
2017.04.20 12:20:07
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/59 … GY7BKE3014
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/597863140
EYC12612
http://molbiol.ru/scripts/01_12.html
>ENA|EYC12612|complement 978 nucleotides
atggcgcataagaactacacaatatactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactaa
Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/57797/1 … 8_orig.png
Это достаточно длинный (более 300 аминокислотных остатков), но не рекордный прямой участок альфа-спирали белка, состоящий только из Tyr (остатков тирозина)
Напомню, что рекорд для прямого участка альфа-спирали 502 аминокислотных остатка: http://subscribe.ru/archive/science.new … 0048.html/
2017.04.18 13:49:00
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/64 … CUUFV1Y013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791
>ENA|CDO63795|14214 nucleotides
Удлиним фрагмент:
Эта программная 52332233-спираль вдоль оси симметрии выглядит, как "цветик-семицветик"
Рассмотрим второй подфрагмент и удлиним.
И ещё один фрагмент:
В белковых спиралях ось симметрии обычно бывает дробного, иррационального, действительного порядка. При этом водородные связи могут образоваться с каждым вторым, третьим, четвертым... аминокислотным остатком.
017.04.19 17:16:30
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791
Удлиним...
Ещё удлиним...
Один фрагмент белковой молекулы сложнее, чем "календарь" Майя
2017.04.18 13:49:08
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/70 … CUUFV1Y013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/700200443
>ENA|KGN58390|complement 3366 nucleotides
Фрагмент:
Вторичная структура полностью: https://img-fotki.yandex.ru/get/170815/ … 0_orig.gif
2017.04.19 10:33:56
Кушелев: Регулярные белковые молекулы (программные спирали) помогают сравнить разные алгоритмы определения вторичной структуры:
Вторичная структура полностью: https://img-fotki.yandex.ru/get/170815/ … 0_orig.gif
2017.04.19 11:49:20
Рассмотрим ещё один фрагмент этого белка: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791
Фрагмент:
Эта структура тоже помогает сравнить разные алгоритмы:
201.04.22 13:05:35
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/92 … NZ5DF0H014
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/921130435
>ENA|XP_013439753|1851 nucleotides
atgagagcagcagcagcagcaaaggcagcaaacctggcgggcgacagggccgcgtggggc
ccccccgcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcgcctgctgcgccgccagcagca
gcaggaggcgaagtgctgcagcagctgctgtcggcggcgctgagccgcttcgagggcctc
gccctcgagcgcatgcaaagctatgtgcagcaggagtggggcccccggcagcagcagctg
cagcaggaagcaaataaagcagcagacttgaacttggccttattggaggccctggacttg
gacaaactcagcacagaagacctgcaggcagttctttctttgtccgaagacatccagcgc
caggggcccccctccgaggcagcagcagcggcccggggggccccccggggcccccggggc
ccccgggggggggcccccacagcccgcagcagcagcagcgggggccccccagtctttgcc
cagtcctgctgcggccggcccggccgcccgcagggcccagagggggcccccagcggcctg
gcctcgccggggctgctggggggcccccaggggggccccctggggggcccccaggggagc
ccgctggggggcccccaggggggccccctggggggccccctgggggcccccaacgaggaa
ctggctggggcccccacggacttcgttgtgaccccccggggctccattagagaagcttct
gctgccttgaggcactggagagacttgctggactatatggatgaaagagatggctttttg
gacatgttgcggggcagcgaaagtggcagagacgtggggtgtacgtacaccccaggcggg
cggcgggcccaggggcggcgcgcggctgcaaagggcaaagaaagaactgctgcagacaag
gcagcgagcccccccacggggtccgcagcagcagcagcagcagcagctgctgcagcagca
gcagcagcaggggaggcagcagcagcagaagccggcgcggggggccccacgggcgcctcc
gcgctggctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctggcctcatcgactgcagcaac
ggcaaagccagcccctcggctctcagcagcagggcctcccgccggcggtctcgccaagtg
ctgcagaagaaagcaggaggttcgaaggacttctcgggggcccccctcgagggggtcgag
tggcccgagggggcccccggaaagaggcactgcccggggtctccctgcagccgcttctcc
gcattatgcgaggcttgcgagggcctcgcaagtcccccggggttggctgtggggtctgct
gctgctgctgctgctgctgctgctgcggatgccgcgtacctgtggccgcaggggcccgag
cgcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcggggcggccggcgcagcgcag
gagggggggcccccgcccccactcgcccgcggcagcttcgcgggcaagaagggcccccgg
ggggcccccgcgagcagcagacaaaggtgtttgtcccccttgtgtctcgacgacatgctc
aaaatcgtctggggggcccccagggaggccgcagcccttattctcaacgacgcgcagcca
ggggccccaggggccccaggggccccaggggccccaggggccccgggggccccgggggcc
ccgggggccccgggggccccgggggccccgggggcttcaggggcttcaggggccccgggg
gccccgggggcttcaggggcccctggggcccccaaagaggccctttgtgttggccggaaa
gcggcagcgccttttggaaatgagcagtgctgctccgttaaggaggagtag
Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/167717/ … d_orig.png
Фрагмент:
Этот фрагмент собирается в темпе вальса. В смысле в темпе коллагена
См. полный комплект файлов: https://cloud.mail.ru/public/5S1m/okiNUfhhx
Точнее всего скорее модель с величиной угла 30 градусов.
2017.04.22 13:08:29
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … NZ5DF0H014
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1127494923
>ENA|OLL84536|complement 408 nucleotides
gtgccacccgtccagccacccgggttcagcgagttggtgcacgccccgacccggctgtcg
ctgctgtcgctgctctcggccaccgaccggatcgagttcgggctgcttcgcgacggcctg
gcgctgtcggactcggccttgtccaagcagctgggcatcctggaggaggccgggctggtg
gcgttggagcgcgacggtgtggggcgcgggaagcgggtgcgtgtgcgcatgaccgacagt
ggtcggcggaccttcgacgaccacgtcgccgcgctgcaggtcatcgtgcgccgcggcgcc
cccggcgcccccggcgcccccggcgcccccggcgcccccggcgcccccggcgcccccggc
gcccccggcgcccccggcgctccctcgcagtccacgtccgcgagctga
Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/118251/ … 3_orig.png
Точнее, вероятно, с углом 30, но нужно уточнять дальше, причём все композиционные углы.