Перевести страницу

Классическая волновая физика радиоэфира Фарадея-Максвелла

Рубиновая энергетика и эфироопорные двигатели

Пикотехнология белков

Биотехнология вечной молодости

Исследования мегалитов

Инопланетная инженерия




Говорит и показывает Пикотех - апрель 2017. Текущая погрешность модели. Уточнение композиционных углов. Сравнение алгоритмов Кушелева и Соколик.



Проект Пикотехнология Белков Оналйн


                                                                                                                                              

Пикотехнология белков, ДНК, РНК. Часть 1

Пикотехнология белков, ДНК, РНК. Часть 2   

Пикотехнология белков, ДНК, РНК. Часть  3



https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/74 … SDMTTNU015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/743960172

>ENA|BAQ14176|complement 2013 nucleotides

Фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/235015/158289418.408/0_1789ec_3ca8357b_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/198613/158289418.408/0_1789ed_bab1c6f4_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/114207/158289418.408/0_1789ee_7b85f5c2_orig.png

Изменение бета- и пи- композиционных углов существенно изменило форму модели фрагмента белка.



https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … SDMTTNU015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1145424954

>ENA|SJN11245|4035 nucleotides

Фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/218038/158289418.408/0_1789f2_e257495e_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/102548/158289418.408/0_1789f3_66042d1b_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/102548/158289418.408/0_1789f4_bb72d67a_orig.png

Изменение углов бета- и пи-спиралей превратило явно неправильную форму модели в более осмысленную. К сожалению точная настройка углов - дело кропотливое даже с использованием интерактивной версии Пикотех. Так что придётся подождать до её создания...



https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/292397674

https://img-fotki.yandex.ru/get/216915/158289418.407/0_178961_995b7be0_orig.png

Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/232875/ … 6_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/102548/158289418.407/0_178962_b6f571b3_orig.png
Напомню, что наиболее точно показаны углы афльа- и 310-спиралей. Погрешность углов бета- и пи-спиралей может достигать 30 градусов.



https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/292397674

Любопытно, что весь геном не содержит ни одного стоп-кодона, т.е. по геному можно собрать один гигантский белок.

https://img-fotki.yandex.ru/get/218038/ … b_orig.png







Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 307

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Продолжаем исследовать геном: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/292397674

https://img-fotki.yandex.ru/get/215803/158289418.408/0_1789bc_b6f420d1_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/41743/158289418.408/0_1789bb_d84905cd_L.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/215803/158289418.408/0_1789bd_349ec7fc_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/94596/158289418.408/0_1789be_b099026e_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195431/158289418.408/0_1789bf_768bc4e9_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194492/158289418.408/0_1789c0_b5d5cb01_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/246155/158289418.408/0_1789c1_64997b56_orig.png

Следующий фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/230858/158289418.408/0_1789c3_7130a3ff_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/215803/158289418.408/0_1789c2_4b5cf374_L.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/246155/158289418.408/0_1789c4_9a3df7fe_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/25921/158289418.408/0_1789c5_ce0e1d1f_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/104083/158289418.408/0_1789c6_30753229_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/109878/158289418.408/0_1789c7_5ccff731_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/172017/158289418.408/0_1789c8_6ee7e54_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/172017/158289418.408/0_1789c9_7a5c3941_orig.png

Следующий фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/54522/158289418.408/0_1789cb_be5f53fb_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.408/0_1789ca_26e315bb_L.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194492/158289418.408/0_1789cc_f32b8a9d_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195990/158289418.408/0_1789cd_c36786fc_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/96803/158289418.408/0_1789ce_cd5b13ea_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/230858/158289418.408/0_1789cf_696dea71_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/215803/158289418.408/0_1789d0_9cad4d65_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/176331/158289418.408/0_1789d1_26f8d604_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/215803/158289418.408/0_1789d2_5cce9287_orig.png

"Строчка Кушелева" или "вперёд иголочкой 3D" smile

Кстати, при дальнейшем уточнении композиционных углов может оказаться, что это своеобразная белковая структура "вязание" или "вязь".

Мы уже встречались с белковой "вязью": http://nanoworld.org.ru/topic/1670/page/3/

https://img-fotki.yandex.ru/get/177849/158289418.405/0_17875b_f1ed5bdb_XL.gif
Кстати, при уточнении композиционных углов эта "вязь" может изменить топологию, т.е. петли могут захватывать не одну, а две "нити".



Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 309

Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Открыта музыка белка с размером 7/8 (Lymantria_genom)

Размер 7/8 интересен тем, что в земной музыке не используется (пока) wink

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.408/0_1789ca_26e315bb_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.408/0_1789d6_dcf8ef5e_orig.png
Под музыку с музыкальным размером 7/8 строится переходная (спираль-вязь) белковая структура:

https://img-fotki.yandex.ru/get/195990/158289418.408/0_1789cd_c36786fc_orig.png
Это ещё спираль, но она уже близка к структуре "псевдовязь".

https://img-fotki.yandex.ru/get/215803/158289418.408/0_1789d2_5cce9287_orig.png
Это уже "псевдовязь"

https://img-fotki.yandex.ru/get/177849/158289418.405/0_17875b_f1ed5bdb_XL.gif
А это уже "вязь".



Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 254

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Ищем PGAPGAPGAPGAPGAPGAPGAPGAPGAPGAPGA

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … NZ5DF0H014

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1101224483

OIP72816

http://molbiol.ru/scripts/01_12.html

>ENA|OIP72816|complement 228 nucleotides
atgggtaatagaaacagtttaccttgcctgcctcccggtgctcccggtgctcccggtgct
cccggtgctcccggtgctcccggtgctcccggtgctcccggtgctcccggtgctcccggc
gctcccggtgcctcctggtgcccaatcttcccgattccccctcaaatcctttgtaggatc
ttgttaatcctagaccagtgttggcaaattttctccacttgtttataa

https://img-fotki.yandex.ru/get/223280/158289418.406/0_178861_4ee3666e_orig.png

Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/ … 0_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/50936/158289418.406/0_17885c_9729af4b_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/97884/158289418.406/0_17885d_9ea5051e_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/50936/158289418.406/0_17885e_e5d06b40_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/243492/158289418.406/0_17885f_539c791e_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/226827/158289418.406/0_178860_659cff44_orig.png


Кушелев:

Похоже, что минимальная погрешность у модели со значением угла -30 градусов. Однако нужно учесть, что каждый композитный угол в программе реализован через три ортогональных угла. Из 6 композиционных кодов пока реализовано лишь 4. Не учитываются свойства пролина. А главное, что это геометрический алгоритм, т.е. физико-химические взаимодействия тоже не учитываются.

Так что пока надёжным результатом программы Пикотех является только вторичная структура белка. Над третичной придётся ещё поработать. Создать интерактивную версию, настроить все композиционные углы, а в следующей версии учесть физико-химические взаимодействия. Тогда пикотехнологические 3D модел белков будут реалистичными. Пока это можно назвать условными 3D-схемами, где отчётливо видны регулярные структуры, но композиционные углы показаны приближённо. Наиболее точно настроен угол альфа-спирали. Углы бета- и пи-спирали настроены с погрешностью до 30 градусов. smile



Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 229

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

https://img-fotki.yandex.ru/get/241199/158289418.405/0_17875d_f2a6832c_orig.png
Неточный композиционный угол пи-спирали приводит к "слипанию" витков программной спирали.

https://img-fotki.yandex.ru/get/42618/158289418.405/0_17875e_fb9092e0_orig.png
Варьированием композиционного угла (в скрипте приходится менять три угла, соответствующих одному композиционному коду) можно добиться правильных параметров пи-спирали и программных спиралей, содержащих композиционный код "3".

https://img-fotki.yandex.ru/get/105284/158289418.405/0_17875c_e1e3ebe9_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/177849/158289418.405/0_17875b_f1ed5bdb_XL.gif

Более точную настройку композиционных углов можно будет осуществить в интерактивной 3D-версии Пикотех, которую планируется создать.



Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 173

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/64 … CUUFV1Y013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791

>ENA|CDO63795|14214 nucleotides

Фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/217607/158289418.400/0_178553_39d36750_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/48807/158289418.400/0_178555_68349cf2_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/217607/158289418.400/0_178552_b3ebb67c_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/201221/158289418.400/0_178554_22ab089d_orig.png



Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

Татьяна Рясина пишет:

Алексанрд Юрьвич, Вам зачот по телепатии
Хотела спросить, для чего вы удлиняете спирали )))))).
Может быть Вы, ищете управляющие коды следующего уровня  через принципы  симметрии, что-то вроде языка программирования, который читается через нуклеотидную последовательность.  Слава Богу, всё яснее и проще - сложно это не хорошо )))))).

Кушелев:

Я сам не знал, что программные спирали помогут уточнить композиционные углы. Но так получилось...



Посмотрим, как будет выглядеть модель программной 35-спирали (Q-спирали) при разных значениях одного из трёх компонент композиционного угла пи-спирали.

https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/158289418.405/0_1787f7_5b22868e_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.405/0_1787fb_da7c81c1_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/158289418.405/0_1787f6_3a7a775c_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.405/0_1787f8_ea83628b_orig.png
Первая составляющая композиционного угла = -30 градусов.

https://img-fotki.yandex.ru/get/102548/158289418.405/0_1787fa_6059c2bc_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.405/0_1787f9_bdf8bbc_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/202427/158289418.405/0_1787fc_65fe6898_orig.png
-20 градусов

https://img-fotki.yandex.ru/get/50936/158289418.405/0_1787fd_3f3ef421_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/158289418.405/0_1787ff_ec74f186_orig.png
-10 градусов

https://img-fotki.yandex.ru/get/104700/158289418.405/0_178800_6eedd5a0_orig.png
-5 градусов

https://img-fotki.yandex.ru/get/194858/158289418.405/0_178801_89256618_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.405/0_17880a_761f2886_orig.png
-30

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.405/0_178802_acc3b5d7_orig.png
-30

https://img-fotki.yandex.ru/get/249782/158289418.405/0_178809_945f4a83_orig.png
-20

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.405/0_178803_7b9385e2_orig.png
-20

https://img-fotki.yandex.ru/get/108697/158289418.405/0_178808_b13d30dc_orig.png
-10

https://img-fotki.yandex.ru/get/216915/158289418.405/0_178804_9a2ba4c7_orig.png
-10

https://img-fotki.yandex.ru/get/143523/158289418.405/0_178807_ab063ec1_orig.png
-5

https://img-fotki.yandex.ru/get/244791/158289418.405/0_178806_931bf82d_orig.png
-5

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.405/0_178805_e2aa47d8_orig.png
-5

Осталось выбрать наиболее правильную модель. Для этого нужно узнать экспериментальные значения числа аминокислотных остатков на виток Q-спирали, радиус и шаг спирали. Возможно, что эти данные уже имеются в Protein Data Base...



Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 250

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

Продолжаем уточнять композиционные углы...

http://subscribe.ru/archive/science.new … 2016.html/

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.405/0_178802_acc3b5d7_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.405/0_178805_e2aa47d8_orig.png

Кушелев: Здесь видно, что изменение одной из составляющих угла пи-спирали с -30 до -5 градусов меняет правую 35-спираль (Q-спираль) на левую. А это значит, что можно провести сравнительно дешёвый эксперимент с измерением вращения поляризации света в растворе, содержащим Q-спираль белка. Эксперимент поможет выяснить, является ли Q-спираль правой или левой. А вместе с этим определится и композиционный угол пи-спирали. Хотя модельный эксперимент может оказаться ещё проще и дешевле.

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/avi/bio.gif




Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/59 … GY7BKE3014

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/597863140

EYC12612

http://molbiol.ru/scripts/01_12.html

>ENA|EYC12612|complement 978 nucleotides
atggcgcataagaactacacaatatactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactaa

https://img-fotki.yandex.ru/get/194549/158289418.405/0_1786df_87810cd1_orig.png

Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/57797/1 … 8_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/25921/158289418.405/0_1786e0_966a7f3_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/470815/158289418.405/0_1786e1_1d124a65_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196631/158289418.405/0_1786e2_df2cfdc9_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/402270/158289418.405/0_1786e3_6321e951_orig.png

Это достаточно длинный (более 300 аминокислотных остатков), но не рекордный прямой участок альфа-спирали белка, состоящий только из Tyr (остатков тирозина)

Напомню, что рекорд для прямого участка альфа-спирали 502 аминокислотных остатка: http://subscribe.ru/archive/science.new … 0048.html/

https://img-fotki.yandex.ru/get/196365/158289418.3ff/0_1784e9_d77a01c0_orig.png



Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 173

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/64 … CUUFV1Y013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791

>ENA|CDO63795|14214 nucleotides

Удлиним фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/228104/158289418.400/0_178557_3b1bfac4_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/52461/158289418.400/0_17855b_d5df9b2d_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196258/158289418.400/0_178556_64e20c4e_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194858/158289418.400/0_178558_4cfb6d65_orig.png

Эта программная 52332233-спираль вдоль оси симметрии выглядит, как "цветик-семицветик" smile

https://img-fotki.yandex.ru/get/52461/158289418.400/0_17855e_5a0316e1_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/218038/158289418.400/0_17855a_c0e8de1d_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196258/158289418.401/0_178564_9003769e_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/104403/158289418.401/0_178565_fb4b46d1_orig.png

Рассмотрим второй подфрагмент и удлиним.

https://img-fotki.yandex.ru/get/195990/158289418.401/0_178568_b38ec28b_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/48807/158289418.401/0_17856c_85398970_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194503/158289418.401/0_178569_1d5d111a_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195990/158289418.401/0_178570_3158aa34_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/366459/158289418.401/0_178571_ba2c38c4_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/105020/158289418.401/0_17857c_e4d780df_orig.gif

И ещё один фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/94596/158289418.401/0_178573_1ace1da6_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/170749/158289418.401/0_178577_49931586_orig.png


https://img-fotki.yandex.ru/get/231315/158289418.401/0_178574_49adec25_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/114207/158289418.401/0_178576_6473b15d_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/99813/158289418.401/0_178578_9474ae93_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/170749/158289418.401/0_178579_ec130458_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/226123/158289418.401/0_17857a_b0d3e989_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/96803/158289418.401/0_17857b_f9093be0_orig.png

В белковых спиралях ось симметрии обычно бывает дробного, иррационального, действительного порядка. При этом водородные связи могут образоваться с каждым вторым, третьим, четвертым... аминокислотным остатком.



Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 183

Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791


Удлиним...

https://img-fotki.yandex.ru/get/53993/158289418.401/0_1785d8_b5d96945_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/108697/158289418.402/0_1785db_90802362_orig.png


https://img-fotki.yandex.ru/get/55231/158289418.402/0_1785da_aefd87c7_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/105020/158289418.402/0_1785d9_8168b4b_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/25921/158289418.402/0_1785d6_e8bedd97_orig.gif


Ещё удлиним...


https://img-fotki.yandex.ru/get/46400/158289418.402/0_1785e1_b3714b2c_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/53078/158289418.402/0_1785de_ea5af989_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/108697/158289418.402/0_1785df_7a71cb36_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/105020/158289418.402/0_1785e0_722837dd_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/225029/158289418.402/0_1785e2_2f67004f_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/105020/158289418.402/0_1785e3_2247a57d_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/225029/158289418.402/0_1785e4_cf77b2dd_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/225029/158289418.402/0_1785e5_35c2f872_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196161/158289418.402/0_1785e6_657310bf_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196161/158289418.402/0_1785e7_90f8bdec_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/53145/158289418.402/0_1785e8_1bd0e109_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196161/158289418.402/0_1785e9_f8bf81e0_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/96803/158289418.402/0_1785ea_20449840_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/105020/158289418.402/0_1785eb_d93fb41c_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/228104/158289418.402/0_1785ec_16e6f898_orig.png
Один фрагмент белковой молекулы сложнее, чем "календарь" Майя smile




Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/70 … CUUFV1Y013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/700200443

>ENA|KGN58390|complement 3366 nucleotides

https://img-fotki.yandex.ru/get/105020/158289418.401/0_178592_1df41495_orig.png


https://img-fotki.yandex.ru/get/111568/158289418.401/0_178595_b21ee814_orig.png


https://img-fotki.yandex.ru/get/232875/158289418.401/0_178593_9513dcee_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/212758/158289418.401/0_178594_25ef477a_orig.png

Фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/141254/158289418.401/0_178584_f27fcbd_orig.gif

Вторичная структура полностью: https://img-fotki.yandex.ru/get/170815/ … 0_orig.gif



Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

Кушелев: Регулярные белковые молекулы (программные спирали) помогают сравнить разные алгоритмы определения вторичной структуры:

https://img-fotki.yandex.ru/get/61897/158289418.401/0_17857d_3145a1c1_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/105020/158289418.401/0_17857c_e4d780df_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/219501/158289418.401/0_17857e_ac49feb3_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/198998/158289418.401/0_178566_e89d1890_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/141254/158289418.401/0_178584_f27fcbd_orig.gif
Вторичная структура полностью: https://img-fotki.yandex.ru/get/170815/ … 0_orig.gif


Рассмотрим ещё один фрагмент этого белка: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791

https://img-fotki.yandex.ru/get/198569/158289418.400/0_178551_85a4502d_orig.png

Фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/195431/158289418.401/0_17858d_ef73e04c_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/158289418.401/0_178588_29e022_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/366459/158289418.401/0_178589_8de3c4f7_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/56406/158289418.401/0_17858a_2281070b_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/104595/158289418.401/0_17858b_7ebf07b5_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/249782/158289418.401/0_17858c_6baa98e5_orig.png

Эта структура тоже помогает сравнить разные алгоритмы:

https://img-fotki.yandex.ru/get/198613/158289418.401/0_17858f_4805b4d6_orig.png



https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/92 … NZ5DF0H014

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/921130435

>ENA|XP_013439753|1851 nucleotides
atgagagcagcagcagcagcaaaggcagcaaacctggcgggcgacagggccgcgtggggc
ccccccgcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcgcctgctgcgccgccagcagca
gcaggaggcgaagtgctgcagcagctgctgtcggcggcgctgagccgcttcgagggcctc
gccctcgagcgcatgcaaagctatgtgcagcaggagtggggcccccggcagcagcagctg
cagcaggaagcaaataaagcagcagacttgaacttggccttattggaggccctggacttg
gacaaactcagcacagaagacctgcaggcagttctttctttgtccgaagacatccagcgc
caggggcccccctccgaggcagcagcagcggcccggggggccccccggggcccccggggc
ccccgggggggggcccccacagcccgcagcagcagcagcgggggccccccagtctttgcc
cagtcctgctgcggccggcccggccgcccgcagggcccagagggggcccccagcggcctg
gcctcgccggggctgctggggggcccccaggggggccccctggggggcccccaggggagc
ccgctggggggcccccaggggggccccctggggggccccctgggggcccccaacgaggaa
ctggctggggcccccacggacttcgttgtgaccccccggggctccattagagaagcttct
gctgccttgaggcactggagagacttgctggactatatggatgaaagagatggctttttg
gacatgttgcggggcagcgaaagtggcagagacgtggggtgtacgtacaccccaggcggg
cggcgggcccaggggcggcgcgcggctgcaaagggcaaagaaagaactgctgcagacaag
gcagcgagcccccccacggggtccgcagcagcagcagcagcagcagctgctgcagcagca
gcagcagcaggggaggcagcagcagcagaagccggcgcggggggccccacgggcgcctcc
gcgctggctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctggcctcatcgactgcagcaac
ggcaaagccagcccctcggctctcagcagcagggcctcccgccggcggtctcgccaagtg
ctgcagaagaaagcaggaggttcgaaggacttctcgggggcccccctcgagggggtcgag
tggcccgagggggcccccggaaagaggcactgcccggggtctccctgcagccgcttctcc
gcattatgcgaggcttgcgagggcctcgcaagtcccccggggttggctgtggggtctgct
gctgctgctgctgctgctgctgctgcggatgccgcgtacctgtggccgcaggggcccgag
cgcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcggggcggccggcgcagcgcag
gagggggggcccccgcccccactcgcccgcggcagcttcgcgggcaagaagggcccccgg
ggggcccccgcgagcagcagacaaaggtgtttgtcccccttgtgtctcgacgacatgctc
aaaatcgtctggggggcccccagggaggccgcagcccttattctcaacgacgcgcagcca
ggggccccaggggccccaggggccccaggggccccaggggccccgggggccccgggggcc
ccgggggccccgggggccccgggggccccgggggcttcaggggcttcaggggccccgggg
gccccgggggcttcaggggcccctggggcccccaaagaggccctttgtgttggccggaaa
gcggcagcgccttttggaaatgagcagtgctgctccgttaaggaggagtag

https://img-fotki.yandex.ru/get/165720/158289418.406/0_178867_d1ff26b5_orig.png

Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/167717/ … d_orig.png

Фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/249078/158289418.406/0_178868_6ae8c6fc_orig.png
Этот фрагмент собирается в темпе вальса. В смысле в темпе коллагена smile
См. полный комплект файлов: https://cloud.mail.ru/public/5S1m/okiNUfhhx

https://img-fotki.yandex.ru/get/229553/158289418.406/0_178869_786c1239_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/225029/158289418.406/0_17886a_82ea4a62_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/59977/158289418.406/0_17886b_cf6e7d5b_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/230858/158289418.406/0_17886c_a323f9d6_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/230858/158289418.406/0_17886d_749c7d93_orig.png

Точнее всего скорее модель с величиной угла 30 градусов.




https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … NZ5DF0H014

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1127494923

>ENA|OLL84536|complement 408 nucleotides
gtgccacccgtccagccacccgggttcagcgagttggtgcacgccccgacccggctgtcg
ctgctgtcgctgctctcggccaccgaccggatcgagttcgggctgcttcgcgacggcctg
gcgctgtcggactcggccttgtccaagcagctgggcatcctggaggaggccgggctggtg
gcgttggagcgcgacggtgtggggcgcgggaagcgggtgcgtgtgcgcatgaccgacagt
ggtcggcggaccttcgacgaccacgtcgccgcgctgcaggtcatcgtgcgccgcggcgcc
cccggcgcccccggcgcccccggcgcccccggcgcccccggcgcccccggcgcccccggc
gcccccggcgcccccggcgctccctcgcagtccacgtccgcgagctga

https://img-fotki.yandex.ru/get/218038/158289418.406/0_17886f_b26ad3cc_orig.png

Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/118251/ … 3_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/218038/158289418.406/0_178870_cb6be9a0_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/28561/158289418.406/0_178871_e451602c_orig.png

Точнее, вероятно, с углом 30, но нужно уточнять дальше, причём все композиционные углы.