2017.04.23   17:53:22

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/74 … SDMTTNU015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/743960172

>ENA|BAQ14176|complement 2013 nucleotides

Фрагмент:

Изменение бета- и пи- композиционных углов существенно изменило форму модели фрагмента белка.

2017.04.23   17:54:58

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … SDMTTNU015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1145424954

>ENA|SJN11245|4035 nucleotides

Фрагмент:

Изменение углов бета- и пи-спиралей превратило явно неправильную форму модели в более осмысленную. К сожалению точная настройка углов - дело кропотливое даже с использованием интерактивной версии Пикотех. Так что придётся подождать до её создания...

2017.04.23     08:32:27

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/292397674

Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/232875/ … 6_orig.png

Напомню, что наиболее точно показаны углы афльа- и 310-спиралей. Погрешность углов бета- и пи-спиралей может достигать 30 градусов.

2017.04.23      09:47:21

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/292397674

Любопытно, что весь геном не содержит ни одного стоп-кодона, т.е. по геному можно собрать один гигантский белок.

https://img-fotki.yandex.ru/get/218038/ … b_orig.png

2017.04.23   12:28:32

Продолжаем исследовать геном: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/292397674

Следующий фрагмент:

Следующий фрагмент:

"Строчка Кушелева" или "вперёд иголочкой 3D"

Кстати, при дальнейшем уточнении композиционных углов может оказаться, что это своеобразная белковая структура "вязание" или "вязь".

Мы уже встречались с белковой "вязью"

Кстати, при уточнении композиционных углов эта "вязь" может изменить топологию, т.е. петли могут захватывать не одну, а две "нити".

2017.04.23     12:57:33

Открыта музыка белка с размером 7/8 (Lymantria_genom)

Размер 7/8 интересен тем, что в земной музыке не используется (пока) 

Под музыку с музыкальным размером 7/8 строится переходная (спираль-вязь) белковая структура:

Это ещё спираль, но она уже близка к структуре "псевдовязь".

Это уже "псевдовязь"

А это уже "вязь".

2017.04.22 12:45:27

Ищем PGAPGAPGAPGAPGAPGAPGAPGAPGAPGAPGA

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … NZ5DF0H014

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1101224483

OIP72816

http://molbiol.ru/scripts/01_12.html

>ENA|OIP72816|complement 228 nucleotides
atgggtaatagaaacagtttaccttgcctgcctcccggtgctcccggtgctcccggtgct
cccggtgctcccggtgctcccggtgctcccggtgctcccggtgctcccggtgctcccggc
gctcccggtgcctcctggtgcccaatcttcccgattccccctcaaatcctttgtaggatc
ttgttaatcctagaccagtgttggcaaattttctccacttgtttataa

Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/ … 0_orig.png

Кушелев:

Похоже, что минимальная погрешность у модели со значением угла -30 градусов. Однако нужно учесть, что каждый композитный угол в программе реализован через три ортогональных угла. Из 6 композиционных кодов пока реализовано лишь 4. Не учитываются свойства пролина. А главное, что это геометрический алгоритм, т.е. физико-химические взаимодействия тоже не учитываются.

Так что пока надёжным результатом программы Пикотех является только вторичная структура белка. Над третичной придётся ещё поработать. Создать интерактивную версию, настроить все композиционные углы, а в следующей версии учесть физико-химические взаимодействия. Тогда пикотехнологические 3D модел белков будут реалистичными. Пока это можно назвать условными 3D-схемами, где отчётливо видны регулярные структуры, но композиционные углы показаны приближённо. Наиболее точно настроен угол альфа-спирали. Углы бета- и пи-спирали настроены с погрешностью до 30 градусов. 

Вчера 10:33:58

Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

Неточный композиционный угол пи-спирали приводит к "слипанию" витков программной спирали.

Варьированием композиционного угла (в скрипте приходится менять три угла, соответствующих одному композиционному коду) можно добиться правильных параметров пи-спирали и программных спиралей, содержащих композиционный код "3".

Более точную настройку композиционных углов можно будет осуществить в интерактивной 3D-версии Пикотех, которую планируется создать.

2017.04.18      13:49:00

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/64 … CUUFV1Y013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791

>ENA|CDO63795|14214 nucleotides

Фрагмент:

Вчера 11:44:58

Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

Татьяна Рясина пишет:

Алексанрд Юрьвич, Вам зачот по телепатии
Хотела спросить, для чего вы удлиняете спирали )))))).
Может быть Вы, ищете управляющие коды следующего уровня  через принципы  симметрии, что-то вроде языка программирования, который читается через нуклеотидную последовательность.  Слава Богу, всё яснее и проще - сложно это не хорошо )))))).

Кушелев:

Я сам не знал, что программные спирали помогут уточнить композиционные углы. Но так получилось...

Вчера 21:05:35

Посмотрим, как будет выглядеть модель программной 35-спирали (Q-спирали) при разных значениях одного из трёх компонент композиционного угла пи-спирали.

Первая составляющая композиционного угла = -30 градусов.

-20 градусов

-10 градусов

-5 градусов

-30

-30

-20

-20

-10

-10

-5

-5

-5

Осталось выбрать наиболее правильную модель. Для этого нужно узнать экспериментальные значения числа аминокислотных остатков на виток Q-спирали, радиус и шаг спирали. Возможно, что эти данные уже имеются в Protein Data Base...

2017.04.21   10:06:29

Программные белковые спирали помогают уточнить композиционные углы

Продолжаем уточнять композиционные углы...

http://subscribe.ru/archive/science.new … 2016.html/

Кушелев: Здесь видно, что изменение одной из составляющих угла пи-спирали с -30 до -5 градусов меняет правую 35-спираль (Q-спираль) на левую. А это значит, что можно провести сравнительно дешёвый эксперимент с измерением вращения поляризации света в растворе, содержащим Q-спираль белка. Эксперимент поможет выяснить, является ли Q-спираль правой или левой. А вместе с этим определится и композиционный угол пи-спирали. Хотя модельный эксперимент может оказаться ещё проще и дешевле.

2017.04.20 12:20:07

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/59 … GY7BKE3014

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/597863140

EYC12612

http://molbiol.ru/scripts/01_12.html

>ENA|EYC12612|complement 978 nucleotides
atggcgcataagaactacacaatatactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactactactactactactactactactactactactactactactac
tactactactactactaa

Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/57797/1 … 8_orig.png

Это достаточно длинный (более 300 аминокислотных остатков), но не рекордный прямой участок альфа-спирали белка, состоящий только из Tyr (остатков тирозина)

Напомню, что рекорд для прямого участка альфа-спирали 502 аминокислотных остатка: http://subscribe.ru/archive/science.new … 0048.html/

2017.04.18 13:49:00

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/64 … CUUFV1Y013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791

>ENA|CDO63795|14214 nucleotides

Удлиним фрагмент:

Эта программная 52332233-спираль вдоль оси симметрии выглядит, как "цветик-семицветик"

Рассмотрим второй подфрагмент и удлиним.

И ещё один фрагмент:

В белковых спиралях ось симметрии обычно бывает дробного, иррационального, действительного порядка. При этом водородные связи могут образоваться с каждым вторым, третьим, четвертым... аминокислотным остатком.

017.04.19 17:16:30

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791

Удлиним...

Ещё удлиним...

Один фрагмент белковой молекулы сложнее, чем "календарь" Майя

2017.04.18      13:49:08

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/70 … CUUFV1Y013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/700200443

>ENA|KGN58390|complement 3366 nucleotides

Фрагмент:

Вторичная структура полностью: https://img-fotki.yandex.ru/get/170815/ … 0_orig.gif

 2017.04.19           10:33:56

Кушелев: Регулярные белковые молекулы (программные спирали) помогают сравнить разные алгоритмы определения вторичной структуры:

Вторичная структура полностью: https://img-fotki.yandex.ru/get/170815/ … 0_orig.gif

2017.04.19     11:49:20

Рассмотрим ещё один фрагмент этого белка: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/641581791

Фрагмент:

Эта структура тоже помогает сравнить разные алгоритмы:

201.04.22       13:05:35

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/92 … NZ5DF0H014

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/921130435

>ENA|XP_013439753|1851 nucleotides
atgagagcagcagcagcagcaaaggcagcaaacctggcgggcgacagggccgcgtggggc
ccccccgcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcgcctgctgcgccgccagcagca
gcaggaggcgaagtgctgcagcagctgctgtcggcggcgctgagccgcttcgagggcctc
gccctcgagcgcatgcaaagctatgtgcagcaggagtggggcccccggcagcagcagctg
cagcaggaagcaaataaagcagcagacttgaacttggccttattggaggccctggacttg
gacaaactcagcacagaagacctgcaggcagttctttctttgtccgaagacatccagcgc
caggggcccccctccgaggcagcagcagcggcccggggggccccccggggcccccggggc
ccccgggggggggcccccacagcccgcagcagcagcagcgggggccccccagtctttgcc
cagtcctgctgcggccggcccggccgcccgcagggcccagagggggcccccagcggcctg
gcctcgccggggctgctggggggcccccaggggggccccctggggggcccccaggggagc
ccgctggggggcccccaggggggccccctggggggccccctgggggcccccaacgaggaa
ctggctggggcccccacggacttcgttgtgaccccccggggctccattagagaagcttct
gctgccttgaggcactggagagacttgctggactatatggatgaaagagatggctttttg
gacatgttgcggggcagcgaaagtggcagagacgtggggtgtacgtacaccccaggcggg
cggcgggcccaggggcggcgcgcggctgcaaagggcaaagaaagaactgctgcagacaag
gcagcgagcccccccacggggtccgcagcagcagcagcagcagcagctgctgcagcagca
gcagcagcaggggaggcagcagcagcagaagccggcgcggggggccccacgggcgcctcc
gcgctggctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctggcctcatcgactgcagcaac
ggcaaagccagcccctcggctctcagcagcagggcctcccgccggcggtctcgccaagtg
ctgcagaagaaagcaggaggttcgaaggacttctcgggggcccccctcgagggggtcgag
tggcccgagggggcccccggaaagaggcactgcccggggtctccctgcagccgcttctcc
gcattatgcgaggcttgcgagggcctcgcaagtcccccggggttggctgtggggtctgct
gctgctgctgctgctgctgctgctgcggatgccgcgtacctgtggccgcaggggcccgag
cgcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcggggcggccggcgcagcgcag
gagggggggcccccgcccccactcgcccgcggcagcttcgcgggcaagaagggcccccgg
ggggcccccgcgagcagcagacaaaggtgtttgtcccccttgtgtctcgacgacatgctc
aaaatcgtctggggggcccccagggaggccgcagcccttattctcaacgacgcgcagcca
ggggccccaggggccccaggggccccaggggccccaggggccccgggggccccgggggcc
ccgggggccccgggggccccgggggccccgggggcttcaggggcttcaggggccccgggg
gccccgggggcttcaggggcccctggggcccccaaagaggccctttgtgttggccggaaa
gcggcagcgccttttggaaatgagcagtgctgctccgttaaggaggagtag

Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/167717/ … d_orig.png

Фрагмент:

Этот фрагмент собирается в темпе вальса. В смысле в темпе коллагена
См. полный комплект файлов: https://cloud.mail.ru/public/5S1m/okiNUfhhx

Точнее всего скорее модель с величиной угла 30 градусов.

2017.04.22     13:08:29

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … NZ5DF0H014

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1127494923

>ENA|OLL84536|complement 408 nucleotides
gtgccacccgtccagccacccgggttcagcgagttggtgcacgccccgacccggctgtcg
ctgctgtcgctgctctcggccaccgaccggatcgagttcgggctgcttcgcgacggcctg
gcgctgtcggactcggccttgtccaagcagctgggcatcctggaggaggccgggctggtg
gcgttggagcgcgacggtgtggggcgcgggaagcgggtgcgtgtgcgcatgaccgacagt
ggtcggcggaccttcgacgaccacgtcgccgcgctgcaggtcatcgtgcgccgcggcgcc
cccggcgcccccggcgcccccggcgcccccggcgcccccggcgcccccggcgcccccggc
gcccccggcgcccccggcgctccctcgcagtccacgtccgcgagctga

Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/118251/ … 3_orig.png

Точнее, вероятно, с углом 30, но нужно уточнять дальше, причём все композиционные углы.