Перевести страницу

ЖУРНАЛ ЛАБОРАТОРИИ НАНОМИР

Волновая физика радиоэфира Фарадея-Максвелла

Рубиновая энергетика и эфироопорные двигатели

Пикотехнология белков 

Генная инженерия вечной молодости

Исследования мегалитов

Реинжиниринг инопланетных технологий




Музыка молекул


2017.04/08     11:25:28


Музыка добелкового мира.      50 000 000 000 000 лет назад

50 триллионов лет назад по биологическим часам...

Музыка ДНК ещё не определена, а кто-то уже продаёт "ДНК-шкатулки": https://www.youtube.com/watch?v=8PmimfEYz3g

А что на самом деле представляет собой музыка ДНК/РНК?

Понятно, что при сборке белковых молекул отзванивают радикалы аминокислот. Но при добавлении нуклеотидов тоже звучит музыка в том же гиперзвуковом диапазоне. Давайте попробуем рассчитать частоты собственных колебаний нуклеотидов по той же формуле Томсона, по которой в 1993-ем году мне удалось рассчитать относительные частоты аминокислотных радикалов.

Формула: Частота равна обратной величине квадратного корня
из суммы произведений массы каждого атома на его расстояние
до точки закрепления.

Здесь данные и расчет резонансных частот аминокислот

Давайте по той же методике рассчитаем частоты для нуклеотидов ДНК/РНК

ACGT - 4 нуклеотида ДНК и столько же нуклеотидов РНК. Массы нуклеотидов ДНК и РНК разные, следовательно нот может получиться 8. Но это только основных нот. Ведь в ДНК/РНК встречаются и другие нуклеотиды:


http://nanoworld88.narod.ru/data/228_files/0_4854b_e7cfcf19_XL.png

Для начала сделаем упрощённый расчёт. Дело в том, что нуклеотиды состоят из одного атома фосфора, большого количество атомов углерода и небольшого количества атомов азота.
Атомная масса
H 1
C 12
N 14
P 31

Атом фосфора фактически является точкой стыковки нуклеода, поэтому его масса мало влияет на частоту собственных колебаний. Больше всего влияет масса азотистого основания. Именно азотистыми основаниями главным образом и отличаются нуклеотиды друг от друга. Дополнительная OH-группа в РНК понижает частоту. Интересно, на сколько? С этого момента интересно начать оценку относительных частот нуклеотидов.

Для ДНК масса А складывается из 17 углеродоподобных атомов, а для РНК - из 18. 18/17=1.06 (округлённо). До 3 знака это отношение совпадает с музыкальным полутоном! А это значит, что нуклеотиды РНК "звучат" но пол тона ниже, чем нуклеотиды ДНК.

Теперь давайте разберёмся с относительными частотами ACGT.


https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3f3/0_17794d_a495889f_orig.gif


Для ДНК:

10 атомов аденина + 7 атомов дезоксирибозы = 17
8 атомов цитозина + 7 атомов дезоксирибозы = 15
11 атомов гуанина + 7 атомов дезоксирибозы = 18
8 атомов тимидина + 7 атомов дезоксирибозы = 15

Для РНК:

10 атомов аденина + 8 атомов рибозы = 18
8 атомов цитозина + 8 атомов рибозы = 16
11 атомов гуанина + 8 атомов рибозы = 19
8 атомов урацила + 8 атомов рибозы = 16

Музыкальный ряд получается из 5 нот:

15
16
17
18
19

Эти ноты лежат на шкале частот примерно на октаву ниже, чем ноты аминокислот. Более точное взаимное отношение нот белкового и добелкового миров ещё предстоит рассчитать...


https://img-fotki.yandex.ru/get/97884/158289418.3f3/0_17794e_1abda50b_orig.png
Так может звучать типовой процесс сборки фрагмента ДНК. Процесс транскрипции звучит на полтона ниже.


ФУНДАМЕНТАЛЬНАЯ ПРОБЛЕМА ДОБЕЛКОВОГО МИРА

Алгоритм композиционного кодирования осуществляет рибосома. По этому алгоритму, в основе которого лежит таблица композиционного кода, строятся белки.

А как существовал добелковый мир, когда рибосомы ещё не было?

Моделирование ДНК/РНК показало, что их структуры тоже можно было бы собирать по таблице композиционных углов, но в добелковом мире существовали лишь частные технологии сборки конкретных классов структур с помощью РНК-ферментов.

Отсутствие композиционного кода в добелковом мире - фундаментальная проблема, которая была решена созданием рибосомы.

Возможно ли существование проторибосомы, которая может собирать тРНК по композиционному коду? Конечно, универсальной проторибосомы не существует, иначе её давно открыли бы молекулярные биологи. Но может существовать добелковый прототип рибосомы, который по существу является наиболее продвинутым ферментом, формирующим третичную структуру РНК.

http://www.nanonewsnet.ru/articles/2010/chto-obshchego-u-cheloveka-s-drozhzhami


http://www.nanonewsnet.ru/files/users/u3/strf-ris1_-_rnapol-600.jpg




2017. 04 13    21:01:26

По нотам 40-ой симфонии Моцарта нашлась ... треугольная спираль!


https://img-fotki.yandex.ru/get/108697/158289418.3f9/0_177f3f_687e9332_L.png


IN(L,D)NINNINNV

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

http://molbiol.ru/scripts/01_12.html

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … ZFCTC45013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1103666979


CRG93487

>ENA|CRG93487|complement23940 nucleotides

https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/158289418.3fa/0_178038_98f318c7_orig.png


Музыка сборки этого фрагмента (10 нот) совпадают с началом 40-ой симфонии Моцарта.


https://img-fotki.yandex.ru/get/246155/158289418.3fa/0_1780c7_b14477fe_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/217607/158289418.3fa/0_1780c8_313af073_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/198786/158289418.3fa/0_1780c9_539ecb2e_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/26144/158289418.3fb/0_17810c_70babda3_orig.png




2017.-4.14      22:12:01

Треугольная спираль строится под другую музыку

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/14 … ZJ2D64R013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/146261281

>ENA|ABQ14899|6861 nucleotides

https://img-fotki.yandex.ru/get/231372/158289418.3fc/0_1781c9_1cb07951_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/31027/158289418.3fc/0_1781cd_4c29a8a1_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/61266/158289418.3fc/0_1781ce_6c861911_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/61266/158289418.3fc/0_1781d2_adb0aa34_orig.png



2017.04.11 09:16:03

diprospan пишет:

для начала нужен опрос тех кто профессионально работает с протеинами,
что именно может там им дать для работы такая примочка как мелодии.
они ведь специалисты не в музыке, и наверное вообще в ней не понимают,
точно как и музыканты ничего не соображают в протеиновых структурах. )
поэтому скорее всего такое скрещивание жанров избыточно и искусственно.
умножение сущностей без необходимости.

Кушелев: Прослушивание музыки сборки белков помогает на слух определить расположение активных центров. Понятно, что это нужно не всем, но тем, кто исследует активные центры белковых молекул это пригодится. И для этого не нужно быть музыкантом. Кстати, даже если Вы не можете на слух отличить гармоничные сочетания нот от дисгармоничных, то всегда же можно обратиться к специалистам smile




2017.03.21  19:15:52


Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Таблица композиционного и музыкального генетического кода.

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3e0/0_176362_76801e69_orig.png


Так выглядит тест программы Picotech:


https://img-fotki.yandex.ru/get/196365/158289418.3e1/0_176443_ec9f3989_orig.png


По существу это - таблица композиционного и музыкального генетического кода.


https://img-fotki.yandex.ru/get/28874/158289418.3e1/0_176445_c32b34bd_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/55918/158289418.3e1/0_176446_dec68aaa_XL.png

Комплект файлов: https://cloud.mail.ru/public/43ZC/w3cRWxiV7




2017.04.08     21:19:37


Complement-reverse-midi-converter

Кушелев: Пока программа Complement-reverse-midi-converter ещё не написана, я решил вручную записать комплементарные ноты для простых музыкальных произведений.

Первое произведение предложил музыкант-профессионал. Оно называется "В лесу родилась ёлочка".


https://img-fotki.yandex.ru/get/196486/158289418.3f3/0_1779b5_649f73a8_L.jpg


Комплементарные ноты, которые получены из первой фразы этого произведения.

Исполняет профессионал

Видео: https://cloud.mail.ru/public/6hh1/cdKKPBPgi


https://img-fotki.yandex.ru/get/468374/158289418.3f3/0_1779b6_2b120cd6_M.jpg


Копия на фейсбуке: https://www.facebook.com/10000455610133 … 252110972/

https://img-fotki.yandex.ru/get/235925/158289418.3f3/0_1779b7_efb7b2e9_orig.png


2017.04.08   21:50:54

Комплементарное преобразование нот может сделать ... зеркало!

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f3/0_1779b8_1df7624_L.jpg
Видео: https://cloud.mail.ru/public/Lz51/j4dYcZPHW




2017.30 03  15:11:08

22 ноты Лунной Сонаты звучат больше миллиарда лет!

https://img-fotki.yandex.ru/get/150569/158289418.3e6/0_176ed3_4604e462_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/117896/158289418.3e6/0_176ed5_59cf72b9_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/169608/158289418.3e6/0_176ed4_634e7cb3_XL.png


22 ноты Лунной сонаты (отмечены красным) звучат в гиперзвуковом диапазоне в процессе сборки белковой молекулы EIK81335 более 1 000 000 000 лет!


https://img-fotki.yandex.ru/get/56406/158289418.3e8/0_176fe1_cbd6cd0e_orig.png


Схема вторичной структуры в новом стандарте.

https://img-fotki.yandex.ru/get/195559/158289418.3e7/0_176fdd_d3e8ba22_orig.png


Как выяснилось, под музыку Лунной сонаты строится программная 123-спираль Кушелева.

Полностью схема вторичной структуры: https://img-fotki.yandex.ru/get/195648/ … d_orig.png


https://img-fotki.yandex.ru/get/198303/158289418.3e7/0_176fde_bfd9c3b7_XL.png


Этот фрагмент белка


https://img-fotki.yandex.ru/get/61411/158289418.3e7/0_176fdf_c7b3aae_XL.png


Строится под музыку из Лунной сонаты.


https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3e7/0_176fdb_f6c1aa1_XL.png


Найдите 123-спираль в более крупном фрагменте белка.

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3e7/0_176fdc_ebf80b2a_orig.gif
123-спираль Кушелева, которая строится под музыку Лунной сонаты.

Полный комплект файлов: https://cloud.mail.ru/public/8Hi6/FXQ3LoZtT



2017.03 21  03:20:17

Кушелев: Обнаружена корреляция между первичной, вторичной и музыкальной структурами белка коллагена.


https://img-fotki.yandex.ru/get/218038/158289418.3e0/0_1763fa_ab3b35c1_orig.png


Первичная структура: Каждый третий - Gly
Вторичная структура: Каждый третий -"5", два других "3"
Музыкальная структура: Каждый третий - сильная доля.

Обратите внимание, что вторичная структура сдвинута относительно первичной на один аминокислотный остаток. Интересно, какой в этом смысл?




2017.03 20       21:46:05


Кушелев: Обнаружена сверхдлинная бета-спираль белка. Структура известная, но я раньше не встречал длиннее 6 аминокислотных остатков. А здесь мы видим бета-спираль длиной 52-6+1=47 аминокислотных остатков.


https://img-fotki.yandex.ru/get/105284/158289418.3e0/0_176320_37f62064_orig.png


https://img-fotki.yandex.ru/get/53145/158289418.3e0/0_17632a_231b13db_orig.gif
Анимация в стандарте avi: https://cloud.mail.ru/public/8A3H/3ZM6uVRpo
Музыка сборки в стандарте MIDI: https://cloud.mail.ru/public/7gDK/HNwLQhbhq
3D модель в стандарте PDB: https://cloud.mail.ru/public/7cPd/hqtWw1wj9
3D модель в стандарте 3DS Max: https://cloud.mail.ru/public/6ppT/Xw4eutP2h
Нуклеотидная кодирующая последовательность (DNE): https://cloud.mail.ru/public/9f9B/Lo7dmVcXx
Нуклеотидная кодирующая последовательность (fasta): https://cloud.mail.ru/public/5sR5/uwn8PhMTx
Все файлы в одной папке: https://cloud.mail.ru/public/FEhS/N5F3AfPL5




2017.03.20      20:56:49


Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток


Кушелев: Посмотрим, как будет выглядеть 3D модель белковой молекулы с Q-спиралью длиной 100 аминокислотных остатков (c 14 по 114).

Это её 2D-структура и ноты сборки:


https://img-fotki.yandex.ru/get/103091/158289418.3e0/0_17631d_20bef567_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/158289418.3e0/0_176329_6d9df850_L.gif
Анимация в формате avi: https://cloud.mail.ru/public/N5bF/bUViNuwqo
Музыка сборки в стандарте MIDI: https://cloud.mail.ru/public/9bkb/CtgJt9pYx
3D структура в стандарте PDB: https://cloud.mail.ru/public/GEj7/CAdbKGnWe
3D структура с электронными оболочками в стандарте 3DS Max: https://cloud.mail.ru/public/9wTk/Ltcwy4i6h
Кодирующая нуклеотидная последовательность DNE: https://cloud.mail.ru/public/7uZS/32J8iXqns
Кодирующая нуклеотидная последовательность fasta: https://cloud.mail.ru/public/BPWe/zUX3XVsxy
Все эти файлы можно посмотреть в папке: https://cloud.mail.ru/public/3urL/EnXBJyzct



2017.03.20     12:16:43


В базе данных обнаружен музыкальный белок!

Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток

Кушелев: Я вспомнил, где я слышал эту "трель" музыкального белка QHQHQHQHQHQ!

Это древний африканский танец, изображающий инопланетного геодезиста.

https://img-fotki.yandex.ru/get/98619/158289418.3e0/0_1762e1_c218d99d_XL.png
https://www.youtube.com/watch?v=vE5Y0n2FFfg

Вот он, этот танец "шамана дождя". Только музыка с "трелью" QHQHQHQHQ

https://www.youtube.com/watch?v=WX0H85tj1yU
A dancing man on a stick - amazing african tribal dance - Zaouli Dance
Нашлась и более сложная мелодия: https://www.youtube.com/watch?v=p6OKy9u5_V8

Давайте попробуем разобраться, зачем нужен сигнал типа QHQHQHQHQ ?

https://img-fotki.yandex.ru/get/9803/158289418.3df/0_1762c8_bab6bf02_XL.png


Сигнал QHQHQHQHQ записан в середине музыки сборки белка: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EKT5 … splay=text

Музыка QHQHQHQHQ звучит во время сборки Q-спирали:



https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3df/0_1760dd_d85de618_orig.png


C 15 по 46 строку.

При вращении Q-спирали белка соседние аминокислотные остатки будут звучать "трелью", т.е. как в процессе сборки, т.е. "по нотам". Правда, скорость проигрывания будет зависеть от угловой скорости вращения белковой молекулы. Гиперзвук с переходом на полутон туда и обратно может вызывать периодическое изменения вектора силы гиперзвукового давления на объект воздействия, т.е. на другое химическое соединение. Если этот объект обладает резонансными свойствами, то он будет раскачиваться. Через несколько периодов колебаний объект может раскачаться до пороговой амплитуды, после чего он может передать энергию, например, для химической реакции превращения АДФ (ADP) в АТФ (ATP). Это позволяет субклеточному организму питаться тепловой энергией. Конечно, фотосинтез даёт больше энергии, но не помогает выжить в темноте...

А зачем такой сигнал ("трель" на двух соседних нотах) могла понадобиться инопланетянам, которых копируют африканские шаманы дождя?

Вероятно, речь идёт об аналогичном воздействии на резонансную систему или о сигнале, который управляет электромагнитным двигателем, раскачивающим некий объект в резонанс.



В базе данных обнаружен музыкальный белок!

http://www.uniprot.org/uniprot/K8WKA3

MLVFYTALFF ISNQHQHQHQ HQHQHQHQHQ HQHQHQHQHQ HQHQHQHQHQ
HQHQHQHQHQ HQHQHQHQHQ HQHQHLSIFI KNIKTNSKPY


http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EKT5 … splay=text

FT   CDS 1..273
     gtgcttgtat tctatacagc actgtttttt atatctaatc aacaccaaca ccaacaccaa        60
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa       120
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa       180
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacacctctc tatatttata       240
     aaaaatatta aaaccaattc aaaaccatat tga                                    273

//


https://img-fotki.yandex.ru/get/9803/158289418.3df/0_1762c8_bab6bf02_XL.png
K8WKA3

***

http://www.uniprot.org/uniprot/A0A0M3DL93

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/KKY0 … splay=text

FT   CDS 1..252
SQ   Sequence 252 BP; 114 A; 52 C; 78 G; 8 T; 0 other;
     gtgcagcatc agcatcagca tcagcatcag catcagcatc agcagcagaa gcagaagcag        60
     cagaagcagc agaagcagca gaagcagaag cagcagcaga agaagcagaa gaagaagcag       120
     aagcagcaga agcagcagaa aaagcagaag cagaagcagc agaagcagca gaagcagcag       180
     aagcagaagc agaagcagca gaagcagaag cagaagcaga agcagcagaa gcagaagcag       240
     aagcagaagt ag                                                           252
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/220200/158289418.3df/0_1762c1_aec5b1_XL.png
A0A0M3DL93

***

http://www.uniprot.org/uniprot/L1IC08

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EKX3 … splay=text

/translation="MALGFESSGRMRQGASKQHKHKHKHKHKHKHKHKHKHQQHQHQHQ
FT                   HQHQHQHQHHQHQHHQHQHHQHQQHQHQHQHHQHHHQHHQHQSLTSFSPPSTPKESVQS
FT                   LVIAGIIDG"
FT   CDS 1..342
     atggcgctgg gatttgagag ttcaggcagg atgagacagg gtgcaagcaa gcagcacaag        60
     cacaagcaca agcacaagca caagcacaag cacaagcaca agcacaagca ccagcagcac       120
     cagcaccagc accagcacca gcaccagcac cagcaccagc accaccagca ccagcaccac       180
     cagcaccagc accaccagca ccagcagcac cagcaccagc accagcacca ccagcaccac       240
     caccagcacc accagcacca gtctctcaca agtttctcgc caccttcaac ccccaaggaa       300
     tctgtccaat cgcttgtcat cgcaggcatc atagacggct ag                          342
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/103213/158289418.3df/0_1762ca_61c507ec_XL.png
L1IC08

***

http://www.uniprot.org/uniprot/M0MBB4

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EMA4 … splay=text

https://img-fotki.yandex.ru/get/101435/158289418.3df/0_1762cb_adf3641e_XL.png

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/KZT5 … splay=text

https://img-fotki.yandex.ru/get/94596/158289418.3df/0_1762c9_5dd1f656_XL.png
KZT59633

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EFE5 … splay=text

FT                   /translation="MLVFYTALFFISGQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQH
FT                   QHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQ
FT                   HQHQHQHQHQYISKLLM"
FT   CDS  1..366
     gtgcttgtat tttatacagc actgtttttt atttctggtc aacaccaaca ccaacaccaa        60
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa       120
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa       180
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa       240
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa       300
     caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aatatatttc taaactctta       360
     atgtaa                                                                  366
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/118528/158289418.3df/0_1762c6_8a103afe_XL.png
EFE54881

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/JAB8 … splay=text

FT                   /translation="AASTLLGVSETAITNTTTSSTGRTFITPADIPPPPPHPPNTIGRK
FT                   RFLGTSKSVEERTTRDGGSGGGGGGRCQCEHPIEFVGQQHQHQHQHQHQHQQPLTQPSQ
FT                   SSLQQAHQSYGSHHSVYLPTQSSLQQQQQ"
FT   CDS 1..399
     gcagcatcta cgctgcttgg tgtcagtgaa accgccatta ccaacacaac cacctccagc        60
     accggtcgca ccttcatcac gcccgctgac ataccaccgc caccaccaca tccgcccaac       120
     accatcggac gcaaacgctt tctgggcacc agcaagagtg tggaagagcg tacgacgcgt       180
     gatggtggca gtggcggtgg cggtggcgga cgttgtcagt gtgaacatcc gattgagttt       240
     gtgggccaac aacaccaaca ccagcaccag caccaacatc aacatcaaca gccgttaaca       300
     cagccgtctc agtccagttt gcagcaggca catcagtcat atggtagtca tcacagtgtt       360
     tacctaccaa cacaatcgtc actgcaacaa caacagcag                              399
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/52085/158289418.3e0/0_1762c7_42b3f39d_XL.png
JAB88352

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EER3 … splay=text

FT                   /translation="MSSSSSSNSGSSRFRSDAASFSPGQYPNYIPQQFPPHQYMPPMHP
FT                   QQPIYYQYPNYPIMVNQIYGGVYTHGYMQENFFPPQQQQQQQQQHFMIPQHQQPYMTNN
FT                   YQHQHQHQHQHQHQHQHHPPKSLKIANHQK"
FT   CDS 1..405
     atgtcatcgt catcttcttc aaattcagga tctctgcgct ttcgtagtga cgcagccagt        60
     ttctcaccgg gtcagtatcc caattacatc ccacaacaat ttcctcctca tcaatacatg       120
     ccaccaatgc atccgcaaca accaatatat tatcaatacc caaattaccc tattatggtg       180
     aatcagatct atggtggagt gtatacacat ggatacatgc aagaaaactt ttttcctcca       240
     caacaacaac agcagcaaca acaacaacat tttatgattc cacaacatca acaaccatat       300
     atgactaata attaccaaca ccagcaccag caccaacatc agcatcagca tcagcatcag       360
     caccatcctc caaaaagttt aaaaatagca aaccaccaaa agtag                       405
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/158289418.3df/0_1762c5_18c55db8_XL.png
EER34206

***

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CDJ3 … splay=text

FT                   /translation="MIENWTAAAAAPAPAAAPAAPAPAAAAPAPAAPAPAPAPAAPAAA
FT                   AAAAAAAAQHQQQQQQQQLQQQPHHHHQQQHQHHHHQQQQQQHQHQQHQHQHQQQQHQH
FT                   QHQHQHQHQQHQQQHQHQQQQQQQQQQQQQQQQQQYTY"
FT   CDS 1..429
     atgatagaga attggacagc agcagcagca gcaccagcac cagcagcagc accagcagca        60
     ccagcaccag cagcagcagc accagcacca gcagcaccag caccagcacc agcaccagca       120
     gcaccagcag cagcagcagc agcagcagca gcagcagctc agcatcagca gcagcagcag       180
     cagcagcaac tgcagcagca gccgcatcat catcatcagc agcagcatca gcatcatcat       240
     catcagcagc agcaacagca gcaccagcac cagcagcacc agcaccagca ccagcagcaa       300
     cagcaccaac accagcacca gcaccagcac cagcaccagc agcaccagca gcagcaccag       360
     caccagcagc agcagcagca gcagcaacag cagcagcagc agcagcagca gcagcagtat       420
     acatactag                                                               429
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/57551/158289418.3df/0_1762c3_ce00e51e_XL.png
CDJ31753

***

http://www.uniprot.org/uniprot/E9DFU9

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EFW1 … splay=text

FT                   /translation="MNQPPIPYPQPFPQQLPAASNPPGYHPIHLQHQHQHHQQHQHQQH
FT                   QQPQQHQQHQQHQQPQHIAPQPVQSMSFYPNPNLYAQETLPPQIHQQHQPQQQHQHQHQ
FT                   HQHQHQQPPQPQPQQPQQQQHPFPHVVGAVPPHAGVGGAMMMSPAPLPHHASAN"
FT   CDS 1..474
     atgaaccaac caccgatccc ctacccacag cccttccccc agcagttgcc cgccgcttca        60
     aatcctcccg gctatcatcc cattcacctc caacaccagc atcagcacca ccagcagcac       120
     cagcatcagc agcatcaaca gcctcaacag catcaacagc atcaacagca tcaacagcct       180
     cagcacatcg ccccgcagcc tgttcagtcg atgtccttct acccgaaccc caacctgtac       240
     gcccaggaga ccctcccgcc ccagatccac cagcagcacc agccgcaaca acagcaccag       300
     caccagcacc agcaccagca ccagcaccag caaccacctc aaccgcaacc tcagcagcct       360
     cagcagcagc aacatccctt cccgcatgtc gtcggtgctg ttccaccaca tgccggcgtg       420
     ggtggagcca tgatgatgtc cccggcgccg ctaccccatc atgcgtctgc taat             474
//

https://img-fotki.yandex.ru/get/105284/158289418.3e0/0_1762c4_a3100cd2_XL.png
E9DFU9

***

http://www.uniprot.org/uniprot/C6SW03

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ACU1 … splay=text


https://img-fotki.yandex.ru/get/198786/158289418.3df/0_1762c2_3dd0a140_XL.png
C6SW03



2017.03.19 19:11:29

Готовится 596-ой выпуск рассылки "Новости лаборатории Наномир"

http://subscribe.ru/catalog/science.news.nanoworldnews

Дайджест:

596 Научная сенсация в молекулярной билологии: Открыта новая вторичная структура белка!
Каменные супермагнетроны богов
Петиция о господдержке лаборатории Наномир набирает силу...


https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3df/0_1760dd_d85de618_orig.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3df/0_17616e_d721a65c_XL.png
https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3df/0_176179_4a1b382f_XL.gif

Файл с опцией "complement" программа Евгения Неделько отрабатывает правильно, судя по сохранённому файлу MIDI, ноты из которого мы видим здесь:

https://img-fotki.yandex.ru/get/195990/158289418.3df/0_176165_c07ff88a_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195990/158289418.3df/0_176166_31567257_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/55828/158289418.3df/0_176167_2a6d6021_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/95629/158289418.3df/0_176168_cc920569_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/55828/158289418.3df/0_176169_95f0cfb5_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/104403/158289418.3df/0_17616a_35ac45e9_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.3df/0_17616b_28ca9883_XL.png

2017.03.19 13:52:53

Дело в том, что стоп-кодоны в программе Евгения Неделько преобразуются в ноты под номером 115, которые в программе MuseScore отображаются красным цветом (за пределом диапазона). Если таких нот мы не видим, значит стоп-кодонов во входной нуклеотидной последовательности не встречается.

Однако этот файл соответствует белку, содержащему QHDQHDQHDQHD-участки (трезвучия "соль-ля-си-"), а не Q-спираль (QHQHQHQ-трель из 2 нот).




2017.03.19 14:21:01

А программа HyperChem строит по ENT (PDB) такую модель:

https://img-fotki.yandex.ru/get/197807/158289418.3df/0_176170_159afa93_XL.png

Музыкальный файл в стандарте МИДИ / MIDI: https://cloud.mail.ru/public/De6u/NSAaxnEDF


https://img-fotki.yandex.ru/get/51393/158289418.3df/0_1760d8_3ca27717_XL.png




2017.03.07 16:54:34


В темпе коллагена

Ноты, которым больше миллиарда лет!

Музыка сборки коллагена P20908

https://img-fotki.yandex.ru/get/104083/158289418.3da/0_17537c_1641812b_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/97201/158289418.3da/0_17537d_219b5269_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195132/158289418.3da/0_17537e_1e85c882_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195132/158289418.3da/0_17537f_2f56e630_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/62989/158289418.3da/0_175380_24f7a9b5_XL.png

2017.03.06 23:30:24

Готовится 593-ий выпуск рассылки "Новости лаборатории Наномир"

http://subscribe.ru/catalog/science.news.nanoworldnews

Дайджест:

593 
Я угадаю "плагиат" Шуберта с 7 нот!
Ищем гены по ... нотам!
Виртуальные "кирпичи" для музыкального плагина программы "Пикотех"
В темпе коллагена


https://img-fotki.yandex.ru/get/226123/158289418.3d9/0_174fae_eedae1b8_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3d9/0_174fb2_5166df44_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/48069/158289418.3d9/0_174fad_2d5877ba_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/198569/158289418.3da/0_1751a9_f3690c58_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/96770/158289418.3da/0_1751d1_4446d0d1_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/103091/158289418.3da/0_1751d4_f693d64e_orig.png



2017.03.04 08:22:14

https://img-fotki.yandex.ru/get/48627/158289418.3d9/0_1750a3_14217f5b_XL.jpg


Музыку сборки активного центра белка коллагена можно сыграть, например, нажимая последовательно ноты соль (красный) и дважды ми (зеленый). Вместе с ми одновременно могут звучать до и соль, т.е. трезвучие, образуя типичный аккомпанемент в темпе коллагена (вальса).


https://img-fotki.yandex.ru/get/54787/158289418.3d9/0_1750a4_84ecfc7e_XL.jpg

В большинстве вальсов нижняя нота чередуется, т.е. после двойного нажатия аккрода нажимается, например, соль, а в следующий раз до.




2017.03.05 22:16:42


В темпе коллагена

https://img-fotki.yandex.ru/get/28561/158289418.3da/0_1751b5_21a94fc0_XL.jpg


Кушелев: Профессионал сразу нашёл ноты, которые ни я, ни участники форума лаборатории Наномир найти не смогли.


https://img-fotki.yandex.ru/get/94596/158289418.3da/0_1751b6_92a72168_XL.jpg


Вот они, ноты из "Сказок Венского леса" Штрауса!

Но и ему не удалось найти эти ноты здесь: http://www.notarhiv.ru/zarubkomp/shtrau … 20(47).pdf

Кушелев: В чём же дело?

Михаил: А их там просто нет.

Кушелев: Как же так? Это же ноты тех же самых "Сказок Венского леса"!

Михаил: "Федот, да не тот"

Кушелев: А что, бывают разные "Сказки Венского леса"?

Михаил: Бывают разные ноты. В интернете ты нашёл упрощённый вариант.

Кушелев: Понятно. А я уже подумал, что ничего не понимаю в нотах и музыке...

Михаил: Ты просто нашёл упрощённый вариант произведения Штрауса, где этих нот просто нет.


https://img-fotki.yandex.ru/get/95629/158289418.3da/0_1751b7_49bb2ec7_XL.jpg


Кушелев: Да, здесь нижняя нота повторяется, как в собачьем вальсе. Это - в чистом виде музыка сборки активного центра коллагена!

Михаил: Вариант аккомпанемента без чередования практически не используется даже у классиков. Это примитивный, устаревший вариант.

Кушелев: Это и понятно. Ведь коллагену больше миллиарда лет!

Михаил: Скока скока?

Кушелев: Больше миллиарда.

Михаил: Тогда понятно, почем нет чередования.

Кушелев: Да, в новом миллиардлетии вместо одной нижней ноты положено играть две. Например, ми-ля-ми-ля.


https://img-fotki.yandex.ru/get/56796/158289418.3da/0_1751b8_77fa8be5_XL.jpg


Здесь, кстати, два раза подряд повторяется музыка сборки активного центра белка коллагена.


https://img-fotki.yandex.ru/get/3902/158289418.3da/0_1751b9_b4be4304_XL.jpg


Михаил: Кстати, это не "Сказки Венского леса" Штрауса, а "Щелкунчик" Чайковского.


https://img-fotki.yandex.ru/get/53680/158289418.3da/0_1751bc_c8361df1_XL.jpg


Вальс цветов.

Кушелев: -А где "Сказки Венского леса"?


https://img-fotki.yandex.ru/get/196365/158289418.3da/0_1751ba_f87aedde_XL.jpg


Михаил: Вот они. Здесь тоже нет чередования. Правда музыка сборки активного центра белка коллагена не повторяется дважды, как у Чайковского.


https://img-fotki.yandex.ru/get/195431/158289418.3da/0_1751bd_b99e3af_XL.jpg


Кушелев: Это понятно. Чайковский же позже Штрауса писал, вот и удвоил 


https://img-fotki.yandex.ru/get/109111/158289418.3da/0_1751bb_7dff7cb3_XL.jpg


А почему в Internet этих нот нет?

Михаил: Потому что в инет выложили упрощённые ноты Штрауса. Сократили раза в полтора...



2017.03.07 16:53:04


В темпе коллагена

Ноты, которым больше миллиарда лет!

Музыка сборки коллагена P20908


https://img-fotki.yandex.ru/get/104083/158289418.3da/0_17537c_1641812b_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/97201/158289418.3da/0_17537d_219b5269_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195132/158289418.3da/0_17537e_1e85c882_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195132/158289418.3da/0_17537f_2f56e630_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/62989/158289418.3da/0_175380_24f7a9b5_XL.png


2017.03.03 20:29:44

Мишка Коробков пишет:

меня просто в очередной раз возмутила гиперболизированная фантазия мало относящаяся к практической реальности

Кушелев: А Вы в курсе, что на ДНК уже записали первые музыкальные произведения? Но записали не в натуральном виде, а в виде искусственного кода.

А в лаборатории Наномир создан конвертер "Генетический код - музыка в стандарте MIDI". Кстати, очень практичная система для обнаружения активных центров белковых молекул. Аминокислотные остатки в зонах активных центров образуют гармоничные сочетания, которые легко заметить, прослушивая музыку белковых молекул. Программу-конвертер можно скачать бесплатно из энциклопедии



2017.03.03 20:45:32

Мишка Коробков пишет:

как вы переводите код белка в нотную запись - какой алгоритм

Кушелев: У аминокислот разные радикалы. Я рассчитал их относительные собственные частоты колебаний по формуле, объединяющей формулу математического и пружинного маятников. Данные расчёта размещены в таблице:



Алгоритм формирует файл в стандарте MIDI по табличной функции



2017.03.03 20:49:39

Мишка Коробков пишет:

откуда вы взяли именно такую длительность коллагеновых 6 нот? и почему там нет пауз?

Кушелев: Рибосома работает на тактовой частоте, поэтому я формирую одинаковые длительности для всех нот и пауз (отсутствующий радикал глицина не звучит). Но в свете новой информации о быстрых и медленных кодонах, а так же в связи с новой гипотезой о полифонических радикалах, нужно будет пересмотреть и уточнить как таблицу, так и длительности.