2016.12.26 13:02:34
[10:43:03] Andrei: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0 … 0%BD%D0%B3
[11:42:24] Andrei: есть одна докторша которой я написал, она исследует механическое влияние клетки на разные вещества
[11:42:35] Andrei: можно ли это тут использовать?
[11:42:56] Andrei: как клетка реагирует на протеины?
[11:43:14] Andrei: которые снаружи
[11:43:49] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно. Правильная структура и прозрачный механизм протеинов ей помогут
[11:43:52] Andrei: эту идею не публиковать, может это нобелевская премия 
[11:44:19] Кушелев Александр Юрьевич: Да у меня этих идей на нобелевские премии уже под тысячу...
[11:44:39] Andrei: ну мне и одной хватит
[11:45:36] Andrei: просто надо практичней быть, а не черепками забавляться
[11:47:08] Andrei: а что клетка механически может реагировать на протеины разные?
[11:47:12] Andrei: как так?
[11:47:46] Кушелев Александр Юрьевич: Любые взаимодействия можно свести к механике
[11:48:09] Andrei: то есть будет либо сжиматься или разжиматься?
[11:48:47] Andrei: как-то каждый раз по особому на каждый протеин?
[11:50:26] Кушелев Александр Юрьевич: Что будет, если наступить на червяка или жука? Примерно то же происходит, когда одноклеточный организм заползает на макромолекулу
[11:51:01] Andrei: хорошо
[11:52:01] Andrei: Еще двум профессорам написал из других областей
[11:52:09] Andrei: даже больше чем двум
[11:52:42] Andrei: один делает нансенсоры на базе микросхем
[11:53:15] Andrei: можно ведь это как-то использовать чтобы о протеине что-то узнать?
[11:53:56] Andrei: там облучать можно по всякому полями
[11:54:01] Andrei: в тонких областях?
[11:54:34] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[11:54:45] Andrei: ?
[11:56:01] Кушелев Александр Юрьевич: Понятно, что структуры белков (правильные) им нужны
[11:56:49] Andrei: они по части биосенсоров
[11:57:36] Andrei: все кто по теме белков выходит отпадают, они будут рогом упираться до последнего
[11:57:43] Andrei: дураков там нет
[11:58:00] Andrei: РСА это их золотая жила
[11:58:14] Кушелев Александр Юрьевич: Всем нужна точная структура белка. А рогом упираться будут бараны
[11:58:47] Кушелев Александр Юрьевич: РСА - это статья расходов, которую можно сократить в несколько раз
[11:59:05] Andrei: дык они же этим и занимаются
[12:00:41] Кушелев Александр Юрьевич: Они могут продолжать этим заниматься, только в 1000 раз эффективнее, имея дополнительные пикотехнологически возможности
[12:01:03] Andrei: они больше ни в чем не понимают
[12:01:21] Andrei: надо будет переучиваться
[12:02:14] Кушелев Александр Юрьевич: Доучить немного геометрии не помешает
[12:02:58] Andrei: такой вопрос, читаю одну диссертацию для ликбеза... в ДНК есть множество генов которые потом выходят как РНК?
[12:03:45] Andrei: пишут что некоторые гены якобы нельзя еще выловить как они проявятся когда вылезут из ДНК?
[12:04:44] Кушелев Александр Юрьевич: Зачем Вам эта головная боль?
[12:04:56] Andrei: чтобы делать умный вид
[12:06:07] Кушелев Александр Юрьевич: Запутаетесь и будет конфуз
[12:06:57] Andrei: мне можно я не специалист
[12:07:47] Andrei: щас еще в несколько мест разошлю и хватит
[12:08:34] Andrei: мне профессор один посоветовал двух ведущих специалистов по белкам в америке
[12:08:40] Andrei: вот думаю писать или нет
[12:09:20] Andrei: у одного фамилия Синицын
[12:09:39] Andrei: это не публиковать
[12:10:07] Кушелев Александр Юрьевич: Пишите. Попытка не пытка
[12:12:05] Andrei: Другой професор в России какого назвал сильного
[12:12:14] Andrei: но надо на записи слушать
[12:12:36] Andrei: говорит в России есть очень хорошие специалисты
[12:13:29] Кушелев Александр Юрьевич: Но денег нет...
[12:13:42] Andrei: для чего?
[12:14:08] Кушелев Александр Юрьевич: В России я делал только бесплатные заказы
[12:14:27] Andrei: У вас и не закажут за деньги как у не специалиста
[12:14:59] Кушелев Александр Юрьевич: Если бесплатный заказ понравится, то закажут
[12:15:10] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя некоторые без лицензии боятся
[12:15:17] Andrei: это тоже самое что подрабатывать бесплатно адвокатом
[12:16:40] Кушелев Александр Юрьевич: Если круче других адвокатов, то может прокатить, можно раскрутиться...
[12:16:49] Andrei: шанс =0
[12:17:11] Andrei: это по закону запрещено
[12:17:21] Andrei: адвокаты не дураки
[12:17:49] Кушелев Александр Юрьевич: Вот и белки без лицензии официально не закажут
[12:18:38] Andrei: на белки тоже нужна лицензия?
[12:19:46] Кушелев Александр Юрьевич: Чтобы официально ссылаться на исполнителя
[12:20:08] Кушелев Александр Юрьевич: Знаете, почему в белковых молекулах встречаются архитекурные перевертыши?
[12:21:51] Andrei: мне один профессор говорит что надо поосторожней заявлять про решение проблемы структур а то у народа ученого пар из ушей валит от таких заявлений.
[12:22:39] Кушелев Александр Юрьевич: Так и от открытия обычного генетического кода у ученого народа пар из ушей валил долго
[12:25:53] Кушелев Александр Юрьевич: Подбавьте пару профессорам. Расскажите о программируемых белковых спиралях и перевертышах
[12:26:51] Кушелев Александр Юрьевич: А начать можете с фрагмента лизоцима, который замыкается через дисульфидный мостик на 22-ом аминокислотном остатке. Спросите, верят ли они в случайность с вероятностью 1/30 000 000 000 ?
[12:27:05] Andrei: я такое не осилю
[12:27:13] Andrei: так что с докингом?
[12:27:22] Andrei: лучше делом займитесь полезным
[12:27:24] Кушелев Александр Юрьевич: Лизоцим проще доккинга
[12:27:42] Andrei: там можно бесплатно сделать несколько проб
[12:27:45] Кушелев Александр Юрьевич: А чтобы послать белки на доккинг, нужно ошибку в программе исправить
[12:32:16] Andrei: А если профессор захочет пообщатся, есть кто на английском сможет поговорить?
[12:32:41] Andrei: например можно конференцию сделать
[12:34:21] Кушелев Александр Юрьевич: Ищите переводчика. Я английского не знаю
[12:34:44] Andrei: В Москве все вымерли ?
[12:35:22] Кушелев Александр Юрьевич: Бесплатно переводчики не хотят...
[12:36:26] Andrei: http://www.ipd.uw.edu/people/ipd-facult … vid-baker/
[12:36:37] Andrei: вот один эксперт
[12:36:44] Кушелев Александр Юрьевич: Я по английски не понимаю
[12:36:49] Andrei: можете по тексту что-то сказать?
[12:36:56] Andrei: гугл вам в помощь
[12:37:03] Andrei: там слова все технические
[12:37:31] Кушелев Александр Юрьевич: Гугл не может технические переводить
[12:37:57] Andrei: технические термины сами переводите
[12:38:10] Кушелев Александр Юрьевич: Я не могу
[12:38:27] Andrei: Что совсем атрофия мозга?
[12:38:44] Andrei: надо пробовать а не жаловаться
[12:39:03] Andrei: там английский для 5 класса школьного
[12:39:13] Кушелев Александр Юрьевич: Пробуйте. Я своим делом занимаюсь
[12:39:34] Andrei: это технический текст
[12:41:09] Кушелев Александр Юрьевич: А я только что научное открытие сделал.
[12:41:20] Andrei: какое?
[12:44:08] Andrei: там что угодно может померещится
[12:44:23] Andrei: а даже фига
[12:44:32] Andrei: вот это было бы открытие
[12:45:52] Кушелев Александр Юрьевич: Вы просто не в курсе, что такое архитектурный перевёртыш
[12:46:00] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому не можете оценить научное открытие.
[12:46:19] Кушелев Александр Юрьевич: Я только что открыл новый тип белковой структуры.
[12:46:27] Кушелев Александр Юрьевич: Пересеченные архитектурные перевертыши
[12:46:49] Кушелев Александр Юрьевич: Чтобы понять, что это такое, нужно посмотреть на "волшебную цепочку":
[12:47:02] Andrei: на практике это что дает?
[12:47:13] Andrei: или бесполезное?
[12:48:23] Кушелев Александр Юрьевич: Применительно к белкам - это структуры с повышенной устойчивостью
[12:48:38] Кушелев Александр Юрьевич: Бывают альфа-спирали. У них устойчивость очень высокая
[12:48:59] Andrei: устойчивость к чему
[12:49:38] Кушелев Александр Юрьевич: А бывают архитектурные перевёртыши. У них устойчивость того же уровня, как у альфа-спирали, но произвольная форма, что имеет востребованность в белках
[12:50:19] Кушелев Александр Юрьевич: А пересеченные перевертыши - это суперструктура, т.е. мало того, что произвольная, точнее специальная форма, но ещё и более высокая устойчивость, чем у альфа-спирали
[12:50:30] Кушелев Александр Юрьевич: Это специфика коллагенов
[12:50:46] Кушелев Александр Юрьевич: Коллагены обладают более высокой устойчивостью, чем альфа-спирали
[12:51:46] Кушелев Александр Юрьевич: Но это достигается только за счёт "невероятных структур". Вот мне и удалось сегодня раскрыть секрет устойчивости "невероятных структур". До этого никто не знал, в чём, собственно секрет...
[12:52:09] Кушелев Александр Юрьевич: А оказалось - в пересечении перевертышей
[12:52:27] Кушелев Александр Юрьевич: Дополнительные связи - дополнительная устойчивость
[12:52:47] Кушелев Александр Юрьевич: Такие вещи РСА не показывает, поэтому ...
[12:53:14] Andrei: там на ссылке профессор доказывает что его расчет совпал с РСА
[12:53:26] Andrei: можете на своем калькуляторе проверить?
[12:53:30] Andrei: там все файлы есть
[12:53:53] Andrei: тогда и написать ему можно потом
[12:54:21] Кушелев Александр Юрьевич: Если смогу понять, то обязательно всё проверим.
[12:54:32] Andrei: пишите что непонятно
[12:54:48] Andrei: там английский для любого школьника понятный
[12:55:01] Andrei: только термины непонятны
[12:55:18] Кушелев Александр Юрьевич: Я мало терминов по-английски знаю
[12:55:38] Andrei: википедия вам в помощь
[12:56:25] Andrei: ну в общем как будет ответ то могу написать ему
[12:56:57] Andrei: и по картинке видно что хорошо совпало
[12:57:01] Andrei: с РСА
[12:57:24] Andrei: значит никто не поверит что РСА плох
[12:59:03] Andrei: x-ray structure (yellow)
[12:59:16] Andrei: желтым РСА
[13:04:58] Кушелев Александр Юрьевич: РСА с РСА не совпадает
2016.12.26 13:31:14
Пересеченные перевертыши - научное открытие онлайн
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5CTD
http://www.uniprot.org/uniprot/P08123
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAB59374
https://img-fotki.yandex.ru/get/195694/ … e_orig.gif
>ENA|AAB59374|AAB59374.1 Homo sapiens (human) hypothetical protein
ATGCTCAGCTTTGTGGATACGCGGACTTTGTTGCTGCTTGCAGTAACCTTATGCCTAGCA
ACATGCCAATCTTTACAAGAGGAAACTGTAAGAAAGGGCCCAGCCGGAGATAGAGGACCA
CGTGGAGAAAGGGGTCCACCAGGCCCCCCAGGCAGAGATGGTGAAGATGGTCCCACAGGC
CCTCCTGGTCCACCTGGTCCTCCTGGCCCCCCTGGTCTCGGTGGGAACTTTGCTGCTCAG
TATGATGGAAAAGGAGTTGGACTTGGCCCTGGACCAATGGGCTTAATGGGACCTAGAGGC
CCACCTGGTGCAGCTGGAGCCCCAGGCCCTCAAGGTTTCCAAGGACCTGCTGGTGAGCCT
GGTGAACCTGGTCAAACTGGTCCTGCAGGTGCTCGTGGTCCAGCTGGCCCTCCTGGCAAG
GCTGGTGAAGATGGTCACCCTGGAAAACCCGGACGACCTGGTGAGAGAGGAGTTGTTGGA
CCACAGGGTGCTCGTGGTTTCCCTGGAACTCCTGGACTTCCTGGCTTCAAAGGCATTAGG
GGACACAATGGTCTGGATGGATTGAAGGGACAGCCCGGTGCTCCTGGTGTGAAGGGTGAA
CCTGGTGCCCCTGGTGAAAATGGAACTCCAGGTCAAACAGGAGCCCGTGGTCTTCCTGGT
GAGAGAGGACGTGTTGGTGCCCCTGGTCCAGCTGGTGCCCGTGGAAGTGATGGAAGTGTG
GGTCCCGTAGGTCCTGCTGGTCCTAATGGGTCTGCTGGCCCTCCAGGTTTCCCAGGTGCC
CCTGGTCCCAAGGGTGAAATTGGAGCTGTTGGTAACGCTGGTCCTACTGGACCCGCCGGT
CCCCGTGGTGAAGTGGGTCTTCCAGGCCTCTCCGGCCCCGTTGGACCTCCTGGTAATCCT
GGAGCAAACGGCCTTACTGGTGCCAAGGGTGCTGCTGGCCTTCCCGGCGTTGCTGGGGCT
CCCGGCCTCCCTGGACCCCGCGGTATTCCTGGCCCTCCTGGTGCTGCCGGTACTACTGGT
GCCAGAGGACTTGTTGGTGAGCCTGGTCCAGCTGGCTCCAAAGGAGAGAGCGGTAACAAG
GGTGAGCCCGGCTCCGCTGGTCCCCAAGGTCCTCCTGGTCCCAGTGGTGAAGAAGGAAAG
AGAGGCCCTAATGGGGAAGCTGGATCTGCCGGCCCTCCAGGACCTCCTGGGCTGAGAGGT
AGTCCTGGTTCTCGTGGTCTTCCTGGAGCTGATGGCAGAGCTGGCGTCATGGGCCCTCCT
GGTAGTCGTGGTGCAAGTGGCCCTGCTGGAGTCCGAGGACCTAATGGAGATGCTGGTCGC
CCTGGGGAGCCTGGTCTCATGGGACCCAGAGGTCTTCCTGGTTCCCCTGGAAATATCGGC
CCCGCTGGAAAAGAAGGTCCTGTCGGCCTCCCTGGCATCGACGGCAGGCCTGGCCCAATT
GGCCCCGTTGGAGCAAGAGGAGAGCCTGGCAACATTGGATTCCCTGGACCCAAAGGCCCC
ACTGGTGACCCTGGCAAAAACGGTGATAAAGGTCATGCTGGTCTTGCTGGTGCTCGGGGT
GCTCCAGGTCCTGATGGAAACAATGGTGCTCAGGGACCTCCTGGACCACAGGGTGTTCAA
GGTGGAAAAGGTGAACAGGGTCCCGCTGGTCCTCCAGGCTTCCAGGGTCTGCCTGGCCCC
TCAGGTCCCGCTGGTGAAGTTGGCAAACCAGGAGAAAGGGGTCTCCATGGTGAGTTTGGT
CTCCCTGGTCCTGCTGGTCCAAGAGGGGAACGCGGTCCCCCAGGTGAGAGTGGTGCTGCC
GGTCCTACTGGTCCTATTGGAAGCCGAGGTCCTTCTGGACCCCCAGGGCCTGATGGAAAC
AAGGGTGAACCTGGTGTGGTTGGTGCTGTGGGCACTGCTGGTCCATCTGGTCCTAGTGGA
CTCCCAGGAGAGAGGGGTGCTGCTGGCATACCTGGAGGCAAGGGAGAAAAGGGTGAACCT
GGTCTCAGAGGTGAAATTGGTAACCCTGGCAGAGATGGTGCTCGTGGTGCTCATGGTGCT
GTAGGTGCCCCTGGTCCTGCTGGAGCCACAGGTGACCGGGGCGAAGCTGGGGCTGCTGGT
CCTGCTGGTCCTGCTGGTCCTCGGGGAAGCCCTGGTGAACGTGGCGAGGTCGGTCCTGCT
GGCCCCAACGGATTTGCTGGTCCGGCTGGTGCTGCTGGTCAACCGGGTGCTAAAGGAGAA
AGAGGAGGCAAAGGGCCTAAGGGTGAAAACGGTGTTGTTGGTCCCACAGGCCCCGTTGGA
GCTGCTGGCCCAGCTGGTCCAAATGGTCCCCCCGGTCCTGCTGGAAGTCGTGGTGATGGA
GGCCCCCCTGGTATGACTGGTTTCCCTGGTGCTGCTGGACGGACTGGTCCCCCAGGACCC
TCTGGTATTTCTGGCCCTCCTGGTCCCCCTGGTCCTGCTGGGAAAGAAGGGCTTCGTGGT
CCTCGTGGTGACCAAGGTCCAGTTGGCCGAACTGGAGAAGTAGGTGCAGTTGGTCCCCCT
GGCTTCGCTGGTGAGAAGGGTCCCTCTGGAGAGGCTGGTACTGCTGGACCTCCTGGCACT
CCAGGTCCTCAGGGTCTTCTTGGTGCTCCTGGTATTCTGGGTCTCCCTGGCTCGAGAGGT
GAACGTGGTCTACCTGGTGTTGCTGGTGCTGTGGGTGAACCTGGTCCTCTTGGCATTGCC
GGCCCTCCTGGGGCCCGTGGTCCTCCTGGTGCTGTGGGTAGTCCTGGAGTCAACGGTGCT
CCTGGTGAAGCTGGTCGTGATGGCAACCCTGGGAACGATGGTCCCCCAGGTCGCGATGGT
CAACCCGGACACAAGGGAGAGCGCGGTTACCCTGGCAATATTGGTCCCGTTGGTGCTGCA
GGTGCACCTGGTCCTCATGGCCCCGTGGGTCCTGCTGGCAAACATGGAAACCGTGGTGAA
ACTGGTCCTTCTGGTCCTGTTGGTCCTGCTGGTGCTGTTGGCCCAAGAGGTCCTAGTGGC
CCACAAGGCATTCGTGGCGATAAGGGAGAGCCCGGTGAAAAGGGGCCCAGAGGTCTTCCT
GGCTTCAAGGGACACAATGGATTGCAAGGTCTGCCTGGTATCGCTGGTCACCATGGTGAT
CAAGGTGCTCCTGGCTCCGTGGGTCCTGCTGGTCCTAGGGGCCCTGCTGGTCCTTCTGGC
CCTGCTGGAAAAGATGGTCGCACTGGACATCCTGGTACGGTTGGACCTGCTGGCATTCGA
GGCCCTCAGGGTCACCAAGGCCCTGCTGGCCCCCCTGGTCCCCCTGGCCCTCCTGGACCT
CCAGGTGTAAGCGGTGGTGGTTATGACTTTGGTTACGATGGAGACTTCTACAGGGCTGAC
CAGCCTCGCTCAGCACCTTCTCTCAGACCCAAGGACTATGAAGTTGATGCTACTCTGAAG
TCTCTCAACAACCAGATTGAGACCCTTCTTACTCCTGAAGGCTCTAGAAAGAACCCAGCT
CGCACATGCCGTGACTTGAGACTCAGCCACCCAGAGTGGAGCAGCGGTTACTACTGGATT
GACCCCAACCAAGGATGCACTATGGAAGCCATCAAAGTATACTGTGATTTCCCTACCGGC
GAAACCTGTATCCGGGCCCAACCTGAAAACATCCCAGCCAAGAACTGGTATAGGAGCTCC
AAGGACAAGAAACACGTCTGGCTAGGAGAAACTATCAATGCTGGCAGCCAGTTTGAATAT
AATGTTGAAGGAGTGACTTCCAAGGAAATGGCTACCCAACTTGCCTTCATGCGCCTGCTG
GCCAACTATGCCTCTCAGAACATCACCTACCACTGCAAGAACAGCATTGCATACATGGAT
GAGGAGACTGGCAACCTGAAAAAGGCTGTCATTCTACAGGGCTCTAATGATGTTGAACTT
GTTGCTGAGGGCAACAGCAGGTTCACTTACACTGTTCTTGTAGATGGCTGCTCTAAAAAG
ACAAATGAATGGGGAAAGACAATCATTGAATACAAAACAAATAAGCCATCACGCCTGCCC
TTCCTTGATATTGCACCTTTGGACATCGGTGGTGCTGACCATGAATTCTTTGTGGACATT
GGCCCAGTCTGTTTCAAATAA
Пересеченные перевертыши - научное открытие онлайн
Перевертыш 226-234 пересекается с перевертышем 232-241
Архитектурный перевертыш
Архитектурный перевертыш
Архитектурный перевертыш
Программная спираль
Архитектурный перевертыш
В состав этого архитектурного перевертыша входит рекордно длинная пи-спираль (16 кодов подряд)
Архитектурный перевертыш
Архитектурный перевертыш
Архитектурный перевертыш
Архитектурный перевертыш
2016.12.26 14:00:58
[12:41:09] Кушелев Александр Юрьевич: А я только что научное открытие сделал.
[12:41:20] Andrei: какое?
[12:44:08] Andrei: там что угодно может померещится
[12:44:23] Andrei: а даже фига
[12:44:32] Andrei: вот это было бы открытие
[12:45:52] Кушелев Александр Юрьевич: Вы просто не в курсе, что такое архитектурный перевёртыш
[12:46:00] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому не можете оценить научное открытие.
[12:46:19] Кушелев Александр Юрьевич: Я только что открыл новый тип белковой структуры.
[12:46:27] Кушелев Александр Юрьевич: Пересеченные архитектурные перевертыши
[12:46:49] Кушелев Александр Юрьевич: Чтобы понять, что это такое, нужно посмотреть на "волшебную цепочку":
[12:47:02] Andrei: на практике это что дает?
[12:47:13] Andrei: или бесполезное?
[12:47:34] Кушелев Александр Юрьевич:
Книга Кеннета Снельсона "Силы становятся видимыми" https://fotki.yandex.ru/users/nanoworld/album/102488/
Переписка Кушелев-Снельсон
Самосборка классической науки http://www.pereplet.ru/Discussion/index.html?p=134&book=sci
Кушелев: -А если бы открытие Кеннета Снельсона не проигнорировали Фейнман, Вигнер, Паули и др.(Richard Feynman, Eugene Wigner, Linus Pauling and many others.), то мы бы жили не в каменных многоэтажных пещерах, а как "зелёные люди", т.е. в "своих тарелках", доделывая "скатерти-самобранки".
Кушелев: А открытие кольцегранного микромира свершилось дважды. Первый раз в Манхеттене в 1960-ом году, а второй раз - в Москве в 1988-ом. И все именитые физики проигнорировали этот факт. Алфёрову я лично вручил энциклопедию Наномир на CD пару лет назад. Гинзбург присутствовал при награждении моего ученика, Сергея Полищука премией РАН. И другие физики знают, но молчат. Помните, как Гинзбург сказал: "Чтобы получить Нобелевскую, нужно жить долго..." А сам не приложил усилий, чтобы ускорить этот процесс для молодых. Слышали про дедовщину в армии? Нобелевские премии - аналог дедовщины, но уже в науке. Более престижной будет скоро не Нобелевская, а ... блокировка на форумах типа Physics.nad.ru
https://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1040802
Текст книги М.М.Протодьяконова 1975, тираж который был уничтожен по приказу президента академии наук СССР
[12:48:23] Кушелев Александр Юрьевич: Применительно к белкам - это структуры с повышенной устойчивостью
[12:48:38] Кушелев Александр Юрьевич: Бывают альфа-спирали. У них устойчивость очень высокая
[12:48:59] Andrei: устойчивость к чему
[12:49:38] Кушелев Александр Юрьевич: А бывают архитектурные перевёртыши. У них устойчивость того же уровня, как у альфа-спирали, но произвольная форма, что имеет востребованность в белках
[12:50:19] Кушелев Александр Юрьевич: А пересеченные перевертыши - это суперструктура, т.е. мало того, что произвольная, точнее специальная форма, но ещё и более высокая устойчивость, чем у альфа-спирали
[12:50:30] Кушелев Александр Юрьевич: Это специфика коллагенов
[12:50:46] Кушелев Александр Юрьевич: Коллагены обладают более высокой устойчивостью, чем альфа-спирали
[12:51:46] Кушелев Александр Юрьевич: Но это достигается только за счёт "невероятных структур". Вот мне и удалось сегодня раскрыть секрет устойчивости "невероятных структур". До этого никто не знал, в чём, собственно секрет...
[12:52:09] Кушелев Александр Юрьевич: А оказалось - в пересечении перевертышей
[12:52:27] Кушелев Александр Юрьевич: Дополнительные связи - дополнительная устойчивость
[12:52:47] Кушелев Александр Юрьевич: Такие вещи РСА не показывает, поэтому ...
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CAA38276
>ENA|CAA38276|CAA38276.1 Homo sapiens (human) hypothetical protein
ATGAAGACCTGCTGGAAAATTCCAGTTTTCTTCTTTGTGTGCAGTTTCCTGGAACCCTGG
GCATCTGCAGCTGTCAAGCGTCGCCCCAGATTCCCTGTCAATTCCAATTCTAATGGTGGA
AATGAACTCTGTCCAAAGATCAGGATTGGCCAAGATGACTTACCAGGGTTTGATCTGATC
TCTCAGTTCCAGGTAGATAAAGCAGCATCTAGAAGAGCTATCCAGAGAGTAGTGGGATCA
GCTACATTGCAGGTGGCTTACAAGTTGGGAAATAATGTAGACTTCAGGATTCCAACTAGG
AATTTATATCCCAGTGGACTGCCTGAAGAATACTCCTTCTTGACGACGTTTCGAATGACT
GGAAGCACTCTCAAAAAGAACTGGAACATTTGGCAGATTCAGGATTCCTCTGGGAAGGAG
CAAGTTGGCATAAAGATTAATGGCCAAACACAATCTGTTGTATTTTCATACAAGGGACTG
GATGGAAGTCTCCAAACAGCAGCCTTTTCGAATTTGTCCTCCTTGTTTGATTCCCAGTGG
CATAAGATCATGATTGGCGTGGAGAGGAGTAGTGCTACTCTTTTTGTTGACTGCAACAGG
ATTGAATCTTTACCTATAAAGCCAAGAGGCCCAATTGACATTGATGGCTTTGCTGTGCTG
GGAAAACTTGCAGATAATCCTCAAGTTTCTGTTCCATTTGAACTTCAATGGATGCTGATC
CATTGTGACCCCCTGCGGCCCAGGAGAGAAACTTGCCATGAGCTGCCAGCCAGAATAACG
CCCAGCCAGACCACCGACGAGAGAGGTCCCCCGGGTGAGCAGGGTCCTCCCGGGGCCTCC
GGCCCCCCTGGAGTTCCAGGCATCGATGGCATCGACGGTGACCGAGGTCCTAAGGGCCCC
CCGGGCCCCCCGGGTCCTGCAGGTGAACCGGGAAAGCCAGGAGCTCCAGGCAAGCCTGGC
ACACCTGGCGCTGATGGATTAACAGGACCTGATGGATCCCCTGGCTCCATTGGGTCAAAG
GGACAAAAAGGAGAACCTGGTGTGCCTGGATCGCGTGGATTTCCAGGCCGTGGTATTCCT
GGACCCCCTGGTCCTCCTGGGACAGCAGGACTCCCTGGAGAGCTTGGCCGTGTAGGACCT
GTTGGTGACCCTGGGAGAAGAGGACCACCTGGCCCCCCTGGCCCCCCAGGACCCAGAGGA
ACAATTGGCTTTCATGATGGAGATCCATTGTGTCCCAATGCCTGTCCACCAGGTCGCTCA
GGATATCCAGGCCTACCAGGCATGAGGGGTCATAAAGGGGCTAAAGGAGAAATTGGTGAA
CCAGGAAGACAAGGACACAAGGGTGAAGAAGGTGACCAGGGAGAACTCGGAGAAGTTGGA
GCTCAAGGACCTCCAGGAGCCCAGGGTTTGCGAGGCATCACCGGCTTAGTTGGGGACAAA
GGGGAAAAAGGTGCTCGGGGCTTAGATGGTGAACCTGGGCCTCAGGGTCTTCCTGGTGCA
CCTGGTGATCAAGGACAGCGAGGACCTCCAGGAGAAGCAGGTCCCAAAGGAGATAGAGGG
GCTGAAGGTGCTAGAGGAATTCCTGGTCTCCCTGGGCCCAAAGGAGACACGGGTTTGCCA
GGTGTGGATGGCCGTGATGGGATCCCTGGAATGCCTGGAACAAAGGGTGAACCAGGAAAA
CCTGGGCCTCCTGGTGATGCAGGATTGCAGGGGTTACCAGGTGTACCTGGAATTCCTGGT
GCAAAGGGTGTTGCTGGTGAAAAGGGTAGCACAGGTGCTCCAGGGAAGCCTGGTCAGATG
GGAAATTCAGGCAAACCGGGCCAACAGGGGCCTCCAGGAGAGGTGGGACCCCGAGGACCC
CAGGGGCTTCCTGGCAGTAGAGGAGAATTAGGACCAGTGGGATCCCCAGGCCTACCAGGT
AAACTGGGTTCTCTGGGTAGCCCTGGCCTCCCTGGCTTGCCTGGGCCCCCTGGACTTCCT
GGAATGAAAGGTGACAGGGGTGTAGTCGGTGAACCGGGTCCAAAGGGTGAACAGGGTGCC
TCTGGTGAAGAAGGTGAAGCAGGAGAAAGGGGGGAACTTGGAGATATAGGATTACCTGGC
CCAAAGGGATCTGCAGGTAATCCTGGGGAACCTGGCTTGAGAGGGCCTGAGGGAAGTCGG
GGGCTTCCTGGAGTGGAAGGACCAAGAGGACCACCTGGACCCCGGGGTGTGCAGGGAGAA
CAGGGTGCCACCGGCCTGCCTGGTGTCCAGGGCCCTCCGGGTAGAGCACCGACAGATCAG
CACATTAAGCAGGTTTGCATGAGAGTCATACAAGAACATTTTGCTGAGATGGCTGCCAGT
CTTAAGCGTCCAGACTCAGGTGCCACTGGGCTTCCTGGAAGGCCTGGCCCTCCTGGTCCC
CCCGGCCCTCCTGGAGAGAATGGTTTCCCAGGCCAGATGGGAATTCGTGGCCTTCCGGGC
ATTAAGGGTCCCCCTGGTGCTCTTGGTTTGAGGGGACCTAAAGGTGACTTGGGAGAAAAG
GGGGAGCGTGGCCCTCCAGGAAGAGGTCCCAACGGTTTGCCAGGAGCTATAGGTCTCCCA
GGTGACCCAGGCCCTGCCAGCTATGGGAAAAATGGCCGAGACGGTGAGCGAGGCCCCCCA
GGGCTGGCAGGAATTCCTGGAGTGCCTGGACCCCCGGGACCTCCTGGGCTTCCCGGTTTC
TGTGAGCCAGCCTCCTGCACCATGCAGCTGGTCAGCGAGCATTTAACAAAGGGCCTGACC
CTTGAAAGGCTTACTGCTGCATGGCTGTCTGCATGA
https://img-fotki.yandex.ru/get/199051/ … 8_orig.gif
В этом белке обнаружилась целая коллекция архитектурных перевертышей и программных спиралей:
Перевертыш
Перевертыш
Программная спираль
Программная спираль
Перевертыш
Перевертыш
Программная спираль
Перевертыш
2016.12.26 14:41:14
http://www.uniprot.org/uniprot/Q14055
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAC33512
https://img-fotki.yandex.ru/get/145691/ … 2_orig.gif
>ENA|AAC33512|AAC33512.1 Homo sapiens (human) collagen type IX alpha 2 chain
ATGGCCGCCGCTACGGCCTCCCCCCGCAGCCTCCTTGTTCTCCTCCAGGTGGTAGTGCTC
GCTCTGGCGCAGATTAGAGGTCCACCGGGAGAGCGGGGCCCCCCGGGTCCCCCGGGACCG
CCGGGAGTGCCTGGATCCGACGGCATCGACGGTGACAATGGGCCCCCTGGAAAAGCTGGC
CCTCCGGGACCCAAGGGCGAGCCTGGCAAAGCTGGGCCAGATGGGCCAGACGGGAAGCCC
GGGATTGATGGTTTAACTGGAGCCAAGGGGGAGCCTGGCCCCATGGGGATCCCTGGAGTC
AAGGGCCAGCCCGGGCTTCCTGGTCCTCCTGGCCTTCCGGGCCCTGGTTTTGCTGGACCT
CCTGGGCCTCCTGGACCTGTTGGCCTCCCTGGTGAGATTGGAATCCGAGGCCCCAAGGGG
GACCCTGGACCAGATGGACCATCGGGGCCCCCAGGACCCCCTGGGAAACCTGGTCGCCCG
GGAACCATCCAGGGTCTGGAAGGCAGTGCGGATTTCCTGTGTCCAACCAACTGTCCACCC
GGAATGAAAGGTCCCCCAGGGCTGCAGGGAGTGAAGGGGCATGCGGGCAAACGCGGGATT
CTGGGTGATCCTGGCCACCAGGGGAAGCCGGGTCCCAAGGGAGATGTGGGTGCCTCTGGA
GAGCAAGGCATCCCTGGACCACCGGGTCCCCAGGGCATCAGGGGCTACCCAGGCATGGCA
GGGCCCAAGGGAGAGACGGGCCCTCATGGATATAAAGGCATGGTGGGCGCTATCGGTGCC
ACTGGGCCACCGGGTGAGGAAGGTCCTAGGGGACCGCCAGGCCGAGCTGGGGAGAAGGGT
GACGAGGGCAGCCCAGGTATTCGTGGACCCCAGGGGATCACAGGCCCGAAAGGAGCAACG
GGCCCCCCAGGCATCAACGGCAAGGATGGGACCCCAGGCACGCCTGGCATGAAGGGCAGT
GCAGGACAGGCGGGACAGCCCGGAAGTCCAGGCCACCAGGGCCTAGCGGGTGTGCCAGGC
CAGCCTGGGACAAAAGGAGGCCCTGGAGACCAGGGTGAGCCGGGCCCGCAGGGCCTTCCT
GGATTCTCTGGTCCCCCTGGGAAAGAGGGAGAGCCAGGGCCTCGAGGAGAAATTGGTCCC
CAGGGCATCATGGGACAGAAGGGTGACCAAGGCGAGAGGGGTCCAGTGGGGCAACCAGGC
CCTCAGGGAAGGCAGGGCCCTAAGGGGGAGCAGGGCCCCCCCGGAATTCCAGGGCCCCAA
GGCTTGCCAGGCGTCAAAGGAGACAAGGGCTCCCCAGGGAAGACCGGGCCCCGCGGCAAA
GTGGGTGACCCAGGGGTGGCCGGCCTCCCCGGAGAGAAAGGCGAGAAGGGCGAGTCCGGC
GAGCCGGGGCCCAAGGGACAGCAAGGAGTACGTGGAGAACCCGGCTACCCTGGCCCCAGC
GGGGATGCGGGCGCCCCAGGGGTTCAGGGCTACCCTGGTCCCCCCGGCCCTCGAGGACTG
GCCGGGAACCGAGGCGTGCCAGGACAGCCCGGGAGACAGGGCGTGGAGGGCCGGGATGCC
ACTGACCAGCACATCGTGGATGTGGCGCTGAAGATGCTGCAAGAGCAACTGGCAGAGGTC
GCCGTGAGTGCCAAGCGGGAAGCCCTGGGTGCGGTGGGCATGATGGGTCCTCCAGGACCT
CCTGGGCCCCCTGGGTACCCAGGCAAGCAGGGCCCCCATGGGCACCCTGGCCCTCGGGGC
GTTCCTGGCATCGTGGGAGCCGTGGGTCAGATCGGCAACACGGGGCCCAAGGGAAAACGT
GGAGAGAAGGGTGATCCAGGAGAAGTGGGACGGGGGCACCCCGGGATGCCTGGGCCCCCA
GGGATCCCAGGACTCCCTGGCCGGCCTGGCCAGGCAATCAACGGCAAGGATGGAGATCGA
GGGTCCCCAGGGGCTCCAGGAGAGGCAGGTCGACCTGGCCTGCCAGGCCCCGTGGGGCTG
CCGGGCTTCTGTGAACCTGCCGCCTGCCTTGGAGCTTCGGCCTATGCCTCTGCCCGCCTT
ACAGAGCCTGGATCCATCAAGGGGCCTTGA
Архитектурный перевертыш
Спирали являются подмножеством перевертышей. Здесь мы видим переход перевертыша в квазиперевертыш без пересечения. В квазиперевертыши соседние композиции могут быть переставлены без нарушения антипараллельной пространственной структуры.
Структура перевертыша с кодами 44 в центре говорит о том, что эти аминокислотные остатки образуют водородные связи с другими остатками. Иначе не было бы смысла кодировать их именно этими кодами, а не 14,41,11
2016.12.28 01:28:50
Формы, механизмы, энергия наномира
Пикотехнология белков, ДНК, РНК
Какова 3D структура нео-перевертыша?
Обычный архитектурный перевёртыш - это два антипараллельных, точнее эквидистантных участка белковой молекулы. Например, впердё идёт участок крупной правой спирали, потом поворачивает на 180 градусов и возвращается по той же правой спирали, образуя водородные связи вдоль всего антипараллельного участка.
3D структура нео-перевертыша может напоминать структуру нуклона или мезона, состоящего из кварков. "Туда идёт, например, несколько витков правой спирали, а обратно возвращается столько же витков левой. Водородные (или другие) связи соединяют их между собой на каждом витке. Учитывая, что витки могут быть не круглые, а, например, треугольного или другого сечения, связи на каждом витке могут быть множественными.
Увидеть, как оно на самом деле, поможет 3D-модель нео-перевертыша. Пока идёт работа над исправлением ошибки в программе Дениса Савина, 3D-модель нео-перевертыша можно построить с помощью программы Евгения Неделько, которая свободна от этой ошибки.
2016.12.28 17:04:05
Кушелев: Уважаемая Виктория!
Появилась возможность сравнить наши таблицы композиционного генетического кода.
Я нашёл участок белковой молекулы, который по моей таблице является непрерывной спиралью из 76 аминокислотных остатков:
Вы писали, что в Вашей таблице без разницы, код "1" или код "4". В таком случае что же за структура получится по Вашему алгоритму? Прямая альфа-спираль длиной 76 аминокислотных остатков или ?
Продолжение обновляемого списка примеров белковых молекул, изучение закономерноестей их спиральной архитектуры смотрите с этой страницы Форума Лаборатории Наномир, а также в тематической ветке Форума.