Моя компания

Уважаемые читатели! Предлагаю Вашему вниманию научную статью Виктории Соколик, содержащую очень важное научное открытие, которое помогла сделать программа "Пикотех". Речь идёт о механизме возникновения обширной группы наследственных болезней, с которыми можно справиться благодаря пикотехнологии. В связи с важностью научного открытия привожу статью полностью.

Украiнський вiсник психоневрологii – 2009. – Т.46, вип.8.- С. 116—121.

Научные работы Виктории Соколик

Обсуждение на форуме лаборатории Наномир.

Виктория Соколик в лаборатории Наномир

16 апреля 2010 года Виктория Соколик приехала в г. Дмитров

Ещё на железнодорожном вокзале началась научная дискуссия на тему "Пикотехнологические модели ДНК"...

Богиня биологии перевернула пакет, и из него, как из Рога изобилия посыпались пикотехнологические модели белковых молекул и молекул РНК/ДНК...

Ярослав Старухин: "Разрешите заснять Ваши пикотехнологические модели на видео!"

Александр Кушелев: "Пока Ярослав записывает Ваши замечательные модели на видео, позвольте полюбопытствовать, как Вам удалось сделать модели такими яркими, цветными?"

Виктория Соколик: "Вообще-то это - Ноу-Хау, но Вам я по секрету скажу. Я покрасила кольца лаком для ногтей разных цветов"

Кушелев: Я бы до этого гениального решения ни за что бы не додумался!

В качестве лирического отступления предлагаю посмотреть 45-секундную ТВ-передачу из лаборатории Наномир, где речь идёт о пикотехнологической модели молекулы тимогена.

Это - материал из видеоархива лаборатории Наномир. Первая часть видеоархива. Там Вы сможете посмотреть самые первые видеозаписи из лаборатории Наномир, сделанные в 1992-1993 годах.

Кушелев: Ого! Они у Вас ещё и поворачиваются на шарнирах?!

Виктория: А Вы как думали? Эта модель показывает переход ротамеров, кодируемых композиционным генетическим кодом. В первом приближении наши модели совпадают, но есть, как видите, и отличия. Например, радикал аминокислот в моей модели соединён с другой гранью атома углерода.

Виктория: Эта модель помогла мне сделать научное открытие, о котором я рассказываю в научной статье. Эту статью Вы можете опубликовать на форуме вместе со ссылкой на публикацию в академическом журнале.

Кушелев: Я правильно понял, что серебристым цветом в этой модели показаны CH3-группы, т.е. радикалы аланина?

Виктория: Совершенно верно! А эта модель показывает переход ротамеров. Следующий остаток в этой модели может поворачиваться вокруг оси и фиксироваться в положениях 0, +120 и -120 градусов.

Вот я поворачиваю следующий остаток относительно предыдущего и получается другой ротамер, который, естественно, кодируется другим триплетом ДНК.

Кушелев: Вижу. Это третий вариант композиции, т.е. третий ротамер по Вашей терминологии.

Виктория: А это - пикотехнологическая модель амфипатического участка спирали белка. Каждый четвёртый радикал несёт электрический заряд, с помощью которого происходит слипание амфипатических участков спиралей...

Кушелев: Амфи... что?

Виктория: Амфипатического участка.

Кушелев: Надо запомнить ...

А модель впечатляет. Надо будет почитать Вашу научную статью...

Ярослав: А что за научное открытие позволила сделать эта пикотехнологическая модель?

Виктория: Мне удалось найти правильное расположение амфипатических участков, которые раньше были определены неправильно.

Сейчас я покажу Вам статью и схему этого белка на компьютере...

Кушелев: Отлично. А я пока запишу на видео, как работает Ваша модель ротамеров...

Виктория: А в правой руке у Вас - модель иминокислоты пролина.

Кушелев: Да, модели шикарные. А NH2-группа в пролине у Вас расположена иначе, чем в аминокислотах?

Виктория: Да.

Кушелев: У меня тоже сначала была модель, где группа NH2 пролина была расположена иначе, чем в аминокислотах, но позднее я пришёл к выводу, что она находится там же, только вместо жёсткой связи соединена с группой COOH гибкой связью, что позволяет в этом месте организовать сустав между участками альфа-спиралей или других вторичных структур.

Поэтому пролин ставится в растущую белковую цепь так же, как и аминокислоты.

Кушелев: Все отличия между нашими пикотехнологическими моделями можно обсудить позже на форуме. Там же мы можем разобраться, какая из моделей ближе к истине. Мне без разницы, моя или Ваша. Главное - выяснить, какая конкретно.

Кушелев: В чём отличие между нашими моделями мне понятно. Дальше эти отличия можно обсуждать на форуме, а теперь хотелось бы посмотреть Ваши научные статьи на компьютере...

Самые интересные фрагменты научной дискуссии удалось записать на видео благодаря Анатолию Шестопалову. Благодарим Вас, Анатолий!

Люба тоже принимала активное участие в дискуссии и в конце-концов разобрала модель ротамеров, но смогла потом снова собрать.

Кушелев: Модель АСС-конца транспортной РНК помогает понять, под каким углом расположены следующий и предыдущий аминокислотные остатки в момент выдавливания группы OH предыдущего остатка группой NH3 следующего остатка.

Виктория: А давайте сделаем модель транспортной РНК целиком.

Кушелев: Так там 90 ступеней ДНК...

Виктория: Ну и что? Не так уж много. Можно на компьютере попробовать.

Кушелев: Лучше изготовить модель из колец. На компьютере будет проще потом сделать.

Вероятно, установка следующего аминокислотного остатка осуществляется под таким углом. Иначе OH-группа не сможет выйти в раствор...

Виктория: Вращение ротамеров у нас происходит вокруг этой оси.

Кушелев: А вращение аминокислоты с t-RNA может происходить вокруг другой оси, которая наклонена, например, под тетраэдрическим углом. Кстати, это позволяет уменьшить число ошибок в работе рибосомы...

Именно модельный эксперимент позволяет понять, как же работает рибосома...

Справа мы видим фрагмент транспортной РНК (АСС-конец с закреплённой на нём аминокислотой). Группа NH2 должна выдавливать группу OH из предыдущего аминокислотного остатка.

Слева мы видим ротамерную модель Виктории Соколик, которая помогает понять, под каким углом должна двигаться группа NH2, чтобы группа OH смогла выйти в раствор, не разрушив предыдущий аминокислотный остаток.

Различий между пикотехнологическими моделями Виктории Соколик и моими мало. Они заключаются в расположении радикала. Виктория расположила радикал так же, как и Дмитрий Кожевников.

Виктория Соколик: Значит, в Вашей модели аминокислота удерживается АСС-концом т-РНК с помощью 4 нехимических связей?

Кушелев: Да, четырьмя вандерваальсовыми связями.

И этого достаточно, чтобы удержать аминокислоту?

Кушелев: А почему бы и нет?

Виктория Соколик: Видите, какой получился симметричный граф композиций аминокислот?

Кушелев: Это, конечно, здОрово, но нужно разобраться, симметричен он только в теории или в реальности? Может быть в реальности граф композиций не так уж и симметричен?

Виктория: Такая симметрия соответствует другой таблице композиционного генетического кода.

Кушелев: А на сколько она отличается от моей?

Виктория: 4 варианта композиции из 64 другие.

Кушелев: -Это мелочи.

Виктория: В науке мелочей не бывает.

Кушелев: Да я шучу. Кстати, даже если все варианты были бы неправильными, то по сравнению с самим фактом существования композиционного генетического кода - это мелочь. Но таблицу, конечно же нужно проверить. Может быть там содержатся ошибки, причём даже такие, о которых мы ещё не знаем...

Виктория: А вот и амфипатические участки, которые удалось открыть с помощью программы "Пикотех". Они оказались совсем не там, где считалось ранее.

Кушелев: Я уже давно заметил, что рентгеноструктурный анализ не позволяет выявлять некоторые структурные особенности белков. Программа "Пикотех" позволяет многое уточнить в базах данных по структурам белка.

А тематика конференции в Сыктывкаре очень даже связана с эликсиром "вечной молодости"...

Виктория убеждена, что старость не запрограммирована. Тем не менее она уже помогла мне уточнить методику создания эликсира "вечной молодости".

Виктория оставила электронные копии своих научных работ, в т.ч. связанных с пикотехнологией.

Сегодня я постараюсь опубликовать эти работы на форуме лаборатории Наномир.

Люба: Уважаемые участники конференции, не пора ли перекусить?

Можно начать здесь, а продолжить на кухне...

Кушелев: В чём отличие между нашими таблицами композиционного генетического кода мне понятно. Обсудить это можно на форуме, а сейчас предлагаю сделать антракт и переместиться на кухню

Научные работы Виктории Соколик

Доклад Виктории Соколик на III Международной конференции «Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины».

Тезисы докладов (1-4 октября 2009 г.), Ростов-на-Дону. – С. 54.

Научные работы Виктории Соколик

Материал с форума лаборатории Наномир.

Кушелев: Обратите внимание на структуру с чередованием кодов альфа-спирали и 3/10-спирали. Могла бы быть такая последовательность кодов, если в таблице не было бы разницы между кодом альфа-спирали и 3/10-спирали?

Виктория: А почему нет?

Кушелев: Трудно поверить, что "гребёнка" 141414141414, где 1 - код альфа-спирали, а 4 - код 3/10-спирали, возникла случайно.

Давайте найдём такие структуры, которые покажут, какая из таблиц правильная.

Начать можно с того, что моя таблица была построена по конкретным экспериментальным данным.

Давайте посмотрим, какие структуры моделей для этих белков получатся при замене моей таблицы на Вашу?

Если структуры изменятся несущественно, значит между нашими таблицами нет принципиальной разницы. Если же изменения будут принципиальными, значит разница есть и с помощью экспериментальных данных можно будет сделать выбор между таблицами.