Моя компания

ДИСКУССИИ И ДЕТАЛИ

Структура белка 1VOL. Совмещение с ДНК в Пикософте и PDB

24 декабря 2016, 21:28

Пикотехнология белков

Начало работы. Пикотехнологические модели двух частей комплекса 1VOL

https://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/326755

2016.12.16 16:28:47

Кушелев: В комплексе 1VOL не две одноцепочечные РНК, а двойная спираль из 16 ступеней:

http://www.rcsb.org/pdb/pv/pv.do?pdbid= … ionumber=1

2016.12.16 18:25:26

Так выглядят две субъединицы ДНК из комплекса 1VOL

Можно более или менее красиво изобразить пикотехнологическую модель ДНК изолированными атомами.

Так в программе Hyperchem изображаются атомы азотистого основания гуанина. В принципе сносно.

Осталось добавить координаты атомов рибозы и фосфатной группы. А дальше дублировать нуклеотид, поворачивать и смещать на вектор, который можно взять из скрипта-конструктора ДНК.

2016.12.16 20:43:58

Удалось вписать в PDB файл координаты атомов азотистого основания (гуанина) и рибозы.

Программа Hyperchem показывает атомы углерода светло-голубыми кружочками, атомы азота - синими, а атомы кислорода - красными. Верхний атом кислорода находится ближе к нам, чем плоскость азотистого основания, а два других - дальше. Все остальные атомы лежат в плоскости азотистого основания.

Осталось добавить атом фосфора и три атома кислорода, чтобы завершить модель нуклеотида.
После этого можно будет его дублировать, поворачивать и смещать на вектор, который можно позаимствовать из скрипта "Конструктор ДНК/РНК"

Координаты атомов для файла PDB были взяты по этой разметке:

Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/176331/ … 8_orig.jpg

2016.12.16 22:18:14

Координаты для PDB-файла определены.

Модель нуклеотида (гуанинмонофосфата) готова.

Теперь осталось построить 16 звеньев одноцепочечной РНК, дублируя, поворачивая и сдвигая на известный вектор модель одного нуклеотида.

Осталось найти программу, в которой удобно ввести PDB-файл с моделью нуклеотида, скопировать, сдвинуть и повернуть. Кстати, этот вектор нужно умножить на согласующий коэффициент, т.к. модель нуклеотида собрана в другом масштабе...

В скрипте "ДНК-конструктор" радиус кольца-электрона задавался равным 4.8, а в PDB радиус равен 0.7. Соответственно вектор и точка привязки должны быть умножены на коэффициент 0.7/4.8=0,1458333

В программе PyMol вроде можно было задать вращение и перемещение численно. А если не получится, то записать в виде скрипта для 3DS Max, построить модель ДНК и вывести в виде файла координат. После чего добавить координаты в PDB-файл.

Кстати, классная плоская модель нуклеотида получится. Всего 23 вершины тонкой фигуры. Надо посмотреть, как будет выглядеть. Очень компактное графическое представление...

2016.12.17 01:57:

Плоская модель нуклеотида, где вершинами являются выступающие ядра атомов, смотрится очень необычно...

Анимация: https://cloud.mail.ru/public/JXhm/Qz6NrbsRq

Построить на базе этой модели нуклеотида структуру одноцепочечной РНК - не проблема. Завтра мы с этого и начнём...

Плоские модели нуклеотидов могут очень пригодиться для моделирования гигантских РНК типа рибосомальной. Это очень компактное представление, в котором все ядра атомов могут быть установлены идеально.

2016.12.17 13:41:1

Модель одноцепочечной РНК, состоящей из 16 нуклеотидов: https://cloud.mail.ru/public/69Aq/DxC1qoVho

На этой модели заметно, что на один оборот спирали приходится не 10, а 6 оснований ДНК. При шаге спирали 34 ангстрема на каждую ступень приходится 34/6 =5.67 ангстрема. По общепринятой версии на каждую ступень приходится 34/10=3.4 ангстрема. Это связано с неправильной настройкой угла между нуклеотидами.

Позднее в процессе настройки я получил параметры, которые соответствуют данным РСА, т.е. 10 нуклеотидов на виток ДНК.

Так что углы поворота придётся подправить...

2016.12.17 14:25:55

анимация: https://cloud.mail.ru/public/2dCq/DYkHq7aJt

Теперь оформим эти координаты в виде PDB-файла.

2016.12.17 20:02:53

Но лучше сделать PDB-файл сразу для двухцепочечной РНК. Ведь удалить одну цепочку легко.

Анимация: https://cloud.mail.ru/public/3HLS/tEqiBm5wW

Понятно, что для 16 ступеней двухцепочечной ДНК PDB файл желательно сформировать с помощью скрипта для 3DS Max.

2016.12.17 20:28:56

Skype, 2016-12-17:

[20:19:39] Кушелев Александр Юрьевич: Привет, Валентин!
[20:19:54] Кушелев Александр Юрьевич: Может сохранить из скрипта PDB-файл?
[20:20:26] Кушелев Александр Юрьевич: Есть образец для 1 из 32 кусков, сделанный вручную
[20:22:20] Кушелев Александр Юрьевич: Правда, по образцу можно сделать 16 кусков PDB-файла, а другие 16 кусков на пару атомов меньше, поэтому я сделаю для них второй образец.
[20:25:56] Кушелев Александр Юрьевич: Второй образец отличается тем, что там отсутствует 14-й и 16- атомы из первого образца.
[20:28:25] Кушелев Александр Юрьевич: PDB-файл, который ты выведешь из скрипта, можно послать американскому заказчику, чтобы он вставил модель РНК в белковый комплекс. Если вставится, то это - победа пикотехнологии.
[20:29:16] Кушелев Александр Юрьевич: А если мы сами присобачим модель РНК к моделям белков, то можно будет опубликовать научную статью и подать на нобелевскую

2016.12.18 12:33:20 ПИКОМЕХАНИКА тРНК

2016.12.18 13:04:32 МОДЕЛЬ ФРАГМЕНТА ЛИЗОЦИМА

2016.12.18 13:42:11 МОДЕЛЬ ГИСТОННОГО КОМПЛЕКСА

2016.12.18 14:41:58 КОМПОЗИЦИОННЫЙ КОД

2016.12.18 15:28:05

Skype, 2016-12-18:

[15:26:25] Кушелев Александр Юрьевич: Образец PDB-файла для одной ступени РНК/ДНК
[15:27:46] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно по этому шаблону сделать файл для 16 ступеней по этим координатам
[15:28:50] Кушелев Александр Юрьевич: Это можно было бы сделать вручую в программе типа "Волков командер", где можно стоблцами оперировать. Но у меня эта программа не установлена...
[15:42:05] Va12220(valqwa): Саша, привет!
попробую. сегодня до вечера
[15:43:05] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю!
[15:51:14] Кушелев Александр Юрьевич: Интересно сделать вывод файла именно из скрипта, чтобы в будущем выводить такие файлы для РНК/ДНК и комплексов "белок-РНК/ДНК"

2016.12.18 18:56:57

Victoriy

А.Ю., ещё раз сделала модели нуклеотидов и модель двух комплементарных пар А=Т и G=С

Кушелев: Класс! Благодарю!

Что касается комплекса 1VOL, то там двухцепочечная ДНК, а я делаю модели РНК, т.к. из них ДНК получаются исключением OH групп.

2016.12.19 00:32:46

[0:19:33] Va12220(valqwa): все. спать? )

[0:19:57] Кушелев Александр Юрьевич: Класс!

[0:20:29] Va12220(valqwa): долго ли умеючи, ну смотри. делай выводы и поправки. пиши мне их.
[0:20:32] Кушелев Александр Юрьевич: А как ты оцениваешь сложность задачи показать все возможные точки роста молекулы белка?
[0:20:55] Кушелев Александр Юрьевич: На первом шаге 3 точки, на втором 9 и т.д.
[0:21:09] Va12220(valqwa): если ты дашь определение "точек роста молекулы белка" - то как обычную задачу
[0:21:42] Кушелев Александр Юрьевич: Ну помнишь задачу, где треугольник перемещался по трём вариантам?
[0:21:55] Кушелев Александр Юрьевич: Центр треугольника нужно изобразить точкой
[0:22:04] Кушелев Александр Юрьевич: От неё три точки
[0:22:09] Va12220(valqwa): скорее не помню. записи остались. по ним вспомню. когда найду )
[0:22:13] Кушелев Александр Юрьевич: От каждой следующей опять три точки
[0:22:48] Кушелев Александр Юрьевич: Вот алгоритм: .............

[0:23:13] Кушелев Александр Юрьевич: Но здесь по композиционному коду строится конкретная модель белка
[0:23:29] Кушелев Александр Юрьевич: Каждый аминокислотный остаток изображается многогранником
[0:23:39] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/263.htm
[0:23:43] Кушелев Александр Юрьевич: А нам нужно точкой
[0:24:16] Кушелев Александр Юрьевич: И чтобы на каждом шаге было показано не одна точка, а три, т.е. показаны все варианты композиции
[0:24:31] Кушелев Александр Юрьевич: На каждом шаге должно быть "дробление на три"
[0:24:50] Кушелев Александр Юрьевич: Точки должны утраиваться на каждом шаге алгоритма
[0:25:22] Кушелев Александр Юрьевич: Мы должны увидеть все варианты роста белка сразу
[0:25:34] Кушелев Александр Юрьевич: На первом шаге 3 варианта в виде 3 точек
[0:25:45] Va12220(valqwa): да можно все сделать. вот только уже не сейчас. сейчас - спать )

2016.12.19 00:56:40

Татьяна Рясина пишет:

А чем вообще сегодня с учётом современных возможностей можно как следует до атома увидеть молекулы белков? Чтобы таки сопоставить 3D визуализацию по методу Пикотеха и данные экспериментов? Что вообще может прийти на смену РСА?

Кушелев: Кольцевые грани атомов удалось увидеть с помощью АСМ в 2014-ом году: http://nanoworld88.narod.ru/data/493.htm

Однако прощупывать молекулы белков таким способом очень трудоёмко. Я предполагаю, что раньше смогут определить формы некоторых молекул, например, азотистых оснований. Когда увидят, что атомы в азотистых основаниях расположены в шахматном порядке, ситуация снова резко изменится. Ведь во всех базах типа PDB сегодня формы молекул неправильные даже на уровне топологии, не говоря о форме.

После подтверждения формы ступени ДНК с помощью АСМ пикотехнологию будут воспринимать серьёзно.

2016.12.19 02:16:17

[18.12.2016 22:00:47] Andrei: пришел ответ от доктора
[18.12.2016 22:01:31] Andrei: у Соколик лучше результат
[18.12.2016 22:01:37] Andrei: ближе к РСА
[18.12.2016 22:03:33] Кушелев Александр Юрьевич: Она к этому и стремилась.
[18.12.2016 22:04:04] Кушелев Александр Юрьевич: А можно посмотреть на этот ответ целиком?
[18.12.2016 22:04:38] Andrei: I used the models of PDB files to align with the experimental structure in the PDB.
For Kushelev model and 1volA the RMSD was 18 Angstrom (please see figure attached)

For Sokolik TFIIB_204 model and 1volA the RMSD was 16.5 Angstrom
Finally for the alignment of of TFIIB and TFIIB_204 the RMSD was 18 Angstrom.
I used the Pymol software to calculate the alignments.
I wonder whether there is explanation to those results or I miss something.
In addition the sequence of TFIIB 1volA is attached in FASTA file just to make sure the the structural models are based on this specific sequence.

[18.12.2016 22:08:42] Кушелев Александр Юрьевич: Нужна последовательность FASTA и рисунки, вложенные в письмо
[18.12.2016 22:08:42] Andrei: еще есть файлы
[18.12.2016 22:08:49] Кушелев Александр Юрьевич: Давайте их посмотрим
[18.12.2016 22:09:13] Кушелев Александр Юрьевич: 18 анстрем - неплохо для РСА
[18.12.2016 22:09:56] Andrei: так 2А пишут в базе
[18.12.2016 22:10:07] Andrei: технология улучшилась
[18.12.2016 22:10:14] Кушелев Александр Юрьевич: Там можно и 0.002А написать. Вы тоже поверите?
[18.12.2016 22:10:45] Andrei: это официальная база, если обманут то это уголовное дело
[18.12.2016 22:10:55] Andrei: никто с этим не будет связываться
[18.12.2016 22:11:06] Andrei: там и репутация автора
[18.12.2016 22:11:31] Andrei: это не совок что кто что хочет то и пишет так как ответственности нет
[18.12.2016 22:11:55] Andrei: послал
[18.12.2016 22:11:59] Кушелев Александр Юрьевич: Вы же видели, что в 2012-ом году "обман" уменьшился на 3% по сравнению с 2010-ым годом
[18.12.2016 22:13:11] Кушелев Александр Юрьевич: Давайте лучше файлы посмотрим.
[18.12.2016 22:13:17] Andrei: послал говорю
[18.12.2016 22:13:26] Кушелев Александр Юрьевич: По почте?
[18.12.2016 22:13:30] Andrei: да

>1VOL:A PDBID CHAIN SEQUENCE
AMMNAFKEITTMADRINLPRNKVDRTNNLFRQAYEQKSLKGRANDAIASACLYIACRQEGVPRTFKEI
CAVSRISKKEIGRCFKLILKALETSVDLITTGDFMSRFCSNLCLPKQVQMAATHIARKAVELDLVPGRS
PISVAAAAIYMASQASAEKRTQKEIGDIAGVADVTIRQSYRLIYPRAPDLFPTDFKFDTPVDKLPQL

[18.12.2016 22:14:15] Andrei: забыл тот ответ - так почему днк должно войти в белок?
[18.12.2016 22:20:35] Кушелев Александр Юрьевич: Комплекс 1VOL - это две белковые молекулы, которые читают ДНК, поэтому структура белковых молекул должна быть согласована со структурой ДНК.
[18.12.2016 22:21:08] Кушелев Александр Юрьевич: РСА показывает, что ДНК проходит внутри белковых молекул. Но деталей не показывает.
[18.12.2016 22:21:35] Кушелев Александр Юрьевич: Если мы сделаем правильные пикотехнологические модели белков и ДНК, то увидим, как они сопрягаются на уровне пикометров.
[18.12.2016 22:22:00] Кушелев Александр Юрьевич: А реальная точность моделей, построенных по данным РСА - десятки-сотни ангстрем.
[18.12.2016 22:22:04] Andrei: когда это будет готово?
[18.12.2016 22:22:55] Кушелев Александр Юрьевич: Если сегодня Валентин сможет вывести PDB-файл молекулы ДНК, то сегодня же можно и попробовать совместить модель ДНК с моделями белков
[18.12.2016 22:23:53] Andrei: щас тогда напишу ей интересно ли ей это направление
[18.12.2016 22:24:46] Andrei: или лучше подождать?
[18.12.2016 22:24:53] Andrei: а то вдруг не сойдется
[18.12.2016 22:24:56] Кушелев Александр Юрьевич: Вы можете написать, что нам интересно построить полную модель комплекса, т.е. proteins + DNA
[18.12.2016 22:25:24] Кушелев Александр Юрьевич: Лучше немного подождать. Нужно проанализировать то, что она написала.
[18.12.2016 22:25:28] Andrei: ага

2016.12.19 09:12:30

Skype, 2016-12-19:

[2:47:17] Кушелев Александр Юрьевич: PDB-файл ДНК готов
[8:52:08] Andrei: нужно к нему описание
[8:52:35] Andrei: что сделано и что хотим показать этим
[9:13:14] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно сделать модель всего комплекса. Вот тогда будет что показать на Нобелевскую

2016.12.19 12:03:48

Кушелев: Я так понял, что это сопоставление моей модели TFIIB с моделью из PDB

Модель комплекса из PDB

2016.12.19 15:18:09 ПИКОСОФТ СТАТЬИ, ПЕРЕПИСКА С CASP

2016.12.19 15:36:07

[15:39:17] Кушелев Александр Юрьевич: Несколько кадров из анимации комплекса TBP1+DNA (электронный слой):

[15:44:34] Кушелев Александр Юрьевич: Тут ещё есть любопытный момент. В банке PDB в комплексе 1VOL показана общепризнанная, но неправильная модель ДНК. Там показаны 16 ступеней ДНК. В пикотехнологической модели комплекса TBP1+DNA (электронный слой) видно, что в белок входит фактически 2 (максимум 3) ступени ДНК. Таким образом можно констатировать факт, что по данным РСА размер ДНК определён с погрешностью типа 400%. Абсолютная ошибка превышает 10 ангстрем в длину участка ДНК.

2016.12.19 17:58:26

Victoriy

Ещё один момент: АЮ не торопитесь с обнародыванием своей модели ДНК, Вы точно отпугнёте заказчицу. Если с белками как говориться бабушка на двое сказала: у каждого своя конформация, которая ещё может и видоизменяться в процессе функционирования. То в структуре ДНК не сомневается ни один биолог и Вам на слово никто не поверит. Кстати с Вашей "новой" моделью ДНК я тоже не могу согласиться.
Не надо загружать заказчика Вашими подробностями и трудностями. Сейчас модели белков, нуклеиновых кислот, лигандов вручную никто не совмещает (это дилетантство), обычно используют метод виртуального молекулярного докинга. (дружеский совет во благо)

2016.12.19 18:11:41

Victoriy

Вопрос к А.Ю.: Ваш файл pdb для нуклеотидной последовательности соответствует общепринятой последовательности атомов в нуклеотиде? Если да, то я буду тоже ориентироваться на данную нумерацию и последовательность атомов, если Вы не сверяли, то это придётся уточнять для однозначного воспроизведения координатных файлов нуклеиновых кислот вьюерами.

2016.12.19 18:14:02

Victoriy пишет:

Вопрос к Андрею: Вы порекомендовали заказчице покрутить мои модели в Молекулярной Динамике? Мне кажется, что после такой процедуры сходство с моделями, построенными по данным РСА, должно стать ещё больше.

Предложение для А.Ю. и Андрея: посмотрите в архиве Наномира мои публикации по пикотехнологии (там и про углы, и про карты Рамачандрана, и что самое главное на языке биологии).

Кушелев: Самое лучшее - это книга "Пикотехнология белков". Андрей хочет прочитать эту книгу.

2016.12.19 18:27:09

Victoriy пишет:

Сейчас модели белков, нуклеиновых кислот, лигандов вручную никто не совмещает (это дилетантство), обычно используют метод виртуального молекулярного докинга. (дружеский совет во благо)

Кушелев: Отлично! Значит достаточно передать заказчику PDB-файлы белков и ДНК, и метод молекулярного докинга сделает своё дело.

Что касается

Victoriy пишет: Вашей "новой" моделью ДНК я тоже не могу согласиться.

то эта модель ДНК была создана в 2011 году. Сегодня я планирую создать окончательный PDB-файл двухцепочечной пикотехнологической модели РНК / ДНК (ядерный слой), который можно будет отослать заказчику для совмещения с моделями белков комплекса 1VOL.

Как видите, в среде 3DS Max модель ДНК идеально совместилась с моделью белка TBP1. Кстати, Вы тоже можете попробовать совместить Ваши модели белков и ДНК. Вдруг они у Вас тоже идеально совместятся

Анимировать: https://cloud.mail.ru/public/Ft3F/o4v8jS5ov

Совмещение пикотехнологической модели ДНК (ядерный слой) с пикотехнологической моделью белка TBP1. Отчётливо видно сопряжение на уровне трёх ступеней ДНК.

Анимировать: https://cloud.mail.ru/public/Ft3F/o4v8jS5ov

Совмещение пикотехнологической модели ДНК (электронный слой) с пикотехнологической моделью белка TBP1

2016.12.19 18:32:09

Victoriy пишет:

Кушелев: Я взял из базы PDB-файл с ДНК и просто поменял координаты.

2016.12.19 19:41:41

[16:18:31] Andrei: так подождем до второй модели?
[16:26:39] Кушелев Александр Юрьевич: Вообще-то и первая модель белка - гарантия успеха
[16:27:36] Кушелев Александр Юрьевич: Так что можно посылать 4 ролика анимации, а PDB-модель нужно смасштабировать на коэффициент 0.6 Лучше это сделать самим.
[16:27:53] Кушелев Александр Юрьевич: Жаль, что программист занят. Он бы это сделал за 5 минут
[16:28:05] Andrei: не проблема, подождем
[16:28:57] Кушелев Александр Юрьевич: Через час-два попробую разобраться со вторым белком
[16:29:19] Кушелев Александр Юрьевич: Он не такой очевидный, а в базе данных PDB вообще "полный привет"
[16:30:04] Кушелев Александр Юрьевич: Там альфа-спирали нарисовали "как бог на душу положит", а модель ДНК с неправильной ориентацией ступеней, поэтому короче в 4 раза
[16:30:21] Andrei: https://cloud.mail.ru/public/5j2J/R81Y4QJjC
[16:30:29] Andrei: это не работает
[16:30:41] Andrei: и вторая тоже
[16:30:48] Кушелев Александр Юрьевич: Я заменил 2 ролика на 4
[16:30:51] Andrei: аа
[16:31:06] Кушелев Александр Юрьевич: Названия поменялись, поэтому я старые два стёр
[16:31:19] Andrei: надо было тут тоже стереть
[16:31:26] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[16:31:33] Кушелев Александр Юрьевич: Исправлюсь в будущем
[16:31:45] Кушелев Александр Юрьевич: Появлюсь через час-два
[16:34:46] Andrei: может там надо подписать в видео что там что?
[17:59:16] Кушелев Александр Юрьевич: Там в названии подписано
[17:59:36] Andrei: ну пусть так
[18:00:05] Кушелев Александр Юрьевич:
[16:28:20] Кушелев Александр Юрьевич: Привет! А ты можешь все координаты в PDB-файле умножить на 0.6 ?
[17:43:34] Va12220(valqwa): МОГУ )
сегодня как доеду и вспомню - то сделаю
[18:00:37] Andrei: отлично
[19:00:33] Кушелев Александр Юрьевич: Комплекс TBP1+DNA идеально вложился в полость белка TFIIB
Сейчас компьютер делает анимацию.
[19:00:42] Andrei: супер
[19:01:55] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория написала на форуме, что против моей модели ДНК. Интересно будет посмотреть, как вставится в комплекс модель ДНК от Виктории. Она пыталась сделать свою модель ДНК максимально приближенной к общепринятой, т.е. из банка PDB
[19:27:43] Кушелев Александр Юрьевич: Это ещё один ролик с TBP1, но без электронного слоя. Так больше видно. https://cloud.mail.ru/public/BR8K/MoUHKhtG5
[19:28:10] Кушелев Александр Юрьевич:

А это ролик всего комплекса 1VOL:

https://cloud.mail.ru/public/5eaU/5T7v7mCwM

[19:29:15] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, ДНК вставляется в маленький белок TBP1, а он в свою очередь вставляется в полость более крупного белка TFIIB
[19:31:07] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно, нужно ещё применить инструмент "молекулярная динамика", чтобы из жесткой геометрической модели получить гибкую физическую, но это уже профессионалы разберутся
[19:36:57] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, Виктория написала на форуме, что совмещение белков автоматизировано. Так что наш заказчик может самостоятельно совместить PDB-файл модели DNA/RNA с моделью белка TBP1, а потом совместить этот комплекс с белком TFIIB. Технологию молекулярной динамики нужно будет применить сначала после, а потом до совмещения. Если молекулярная динамика на уровне нанотехнологии портит пикотехнологические модели, то применение до совмещения даст хуже результат совмещения.
Кстати, комплекс 1VOL похож на 3 матрёшки. Самая маленькая - ДНК, вторая - белок TBP1, а самая большая - белок TBIIB
[19:37:43] Andrei: так ее модель тоже подошла?
[19:38:59] Кушелев Александр Юрьевич: Виктории? Это мы скоро узнаем
[19:39:03] Andrei: молекулярная динамика это известное что-то всем?
[19:39:10] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[19:39:21] Кушелев Александр Юрьевич: Программа PyMol её может делать
[19:39:49] Кушелев Александр Юрьевич: У Виктории и у заказчика она есть, а у меня была, но сейчас нет
[19:40:19] Кушелев Александр Юрьевич: Для неё желательно отдельный компьютер иметь, иначе может всё посыпаться...

2016.12.19 20:15:00

Andrei01 пишет:Victoriy пишет:

Виктория, а вы можете примеры привести, что сходство увеличится? То есть разница в 18А там уменьшится?

Victoriy

Андрей, я уже Вам писала, что в отличие от Кушелева, моя программа моделирует не конечную конформацию белка, а его СТРУКТУРНЫЙ ШАБЛОН (хотя он оказался ближе к экспериментальным моделям, чем у А.Ю.). Т.е. это структура белка, которая синтезируется на рибосоме БЕЗ влияния микроокружения, но по собственному генкоду (точнее гену). В клетке после того, как структурный шаблон белка синтезирован он подвергается действию всевозможных физических сил (начиная от электростатических и заканчивая Ван-дер-вальсовыми). Этот процесс носит название фолдинг белка. Так вот, процесс фолдинга моего структурного шаблона в конечную конформацию белка можно смоделировать при помощи молекулярной динамики. Мы получим функциональную конформацию белка, которая будет сравнима с моделями, построенными по данным РСА. И разумеется разница в 16,5 Ангстрем должна в разы уменьшиться. А сейчас заказчик сравнивает жесткий скелет с гибким телом и естественно получает такие расхождения. Вот я и предлагаю заказчику самостоятельно превратить скелет в гибкое тело, удивиться и поверить в свой собственный результат, тем более, что нужен он ей, а не мне.

2016.12.19 20:18:40

Victoriy А.Ю., обратите внимание, что Вы сделали модель комплекса с 3-мя нуклеотидами, вместо 16. И если в узле состыковки нуклеотидные хвосты не актуальны, то комплементарные пары нуклеотидов должны быть. Я так думаю:)

2016.12.19 20:21:00

Andrei01

Виктория, хорошо. Напишу им об этом. Поэтому они и слали свои данные, чтобы мы поняли почему такое различие большое в 6 раз.

2016.12.19 20:26:08

Victoriy пишет:

в отличие от Кушелева, моя программа моделирует не конечную конформацию белка, а его СТРУКТУРНЫЙ ШАБЛОН (хотя он оказался ближе к экспериментальным моделям, чем у А.Ю.)

Кушелев

Уважаемая Виктория! А Вы не могли бы осуществить автоматических докинг моделей белков TBP1 и TFIIB ?

Интересно посмотреть, состыкуются ли Ваши модели между собой и мои модели между собой автоматически?

Вручную у меня получилось: https://cloud.mail.ru/public/5eaU/5T7v7mCwM

Теперь интересно проверить автоматизированный докинг. Насколько он работоспособен?

Кстати, непонятно, как Ваша программа строит 310-спирали? По Вашей таблице их в шаблоне быть не должно...

2016.12.19 20:33:02

Victoriy пишет:

А.Ю., обратите внимание, что Вы сделали модель комплекса с 3-мя нуклеотидами, вместо 16. И если в узле состыковки нуклеотидные хвосты не актуальны, то комплементарные пары нуклеотидов должны быть. Я так думаю:)

Кушелев: Я специально убрал половину нуклеотидов, чтобы виднее было. А на модели, где показаны только ядра, ступени целые (пары нуклеотидов). В файле PDB тоже модель двойной ДНК, причём все 16 ступеней.

А заказчик может укорачивать и разбирать модель ДНК из PDB-файла по своему усмотрению.

2016.12.19 20:36:03

Andrei01 пишет:

Кушелев: Самое интересное - провести автоматический докинг для комплекса 1VOL. Он должен дать разный результат для вариантов моделей Виктории Соколик и Александра Кушелева. Интересно же посмотреть, в каком варианте лучше состыкуются белки между собой и с ДНК

2016.12.19 20:37:25

Victoriy

Увы, у меня пока нет навыков самостоятельного выполнения докинга, тем более 3 высокомолекулярных полимеров. С коллегами из Киева в этом году был сделан докинг куска из 63 а.о. белка предшественника амилоида (AбетаPP), содержащего сам бета-амилоидный пептид, с куркумином. Опубликовано в Advances in Biochemistry. – 2016. – V. 4, Is. 4. – P. 34-46.
Поэтому я и призываю в нашу команду биоинженера/молекулярного биолога с опытом работы в молекулярном моделировании.

2016.12.19 21:01:56

Кушелев: А может быть программы типа PyMol могут автоматически выполнять докинг двух белковых молекул?

2016.12.19 21:31:03

Victoriy

Мы использовали инструмент CCDC GOLD Suite 5.1 для докинга и его же оценочные функции для характеристики устойчивости комплекса. Для меня PyMol не более чем вьюер.

2016.12.19 20:42:1

Татьяна Рясина

На сегодняшний день мы стали проще относиться к идолу РСА в результате продолжительной беседы.

Почему бы не выработать отношение попроще и к идолу ДНК?

Вот допустим ответы по задачке заказчицы готовы, пусть они даже отправлены.

Можно же написать что-то вроде, вдогонку:
Позвольте ознакомить Вас с нашей критикой общепринятой модели ДНК
Мы провели моделирование ДНК методами Пикотехнологии.
Наши поправки по алгоритмам Пикотехнологии выявили следующие различия с общепринятой моделью /....../
Корректность наших поправок подтверждается тем что /...../
В дополнении к только что решённой нами для Вас задаче и при совмещении полученной структуры и нашей модели ДНК мы получим следующее /......./ Таким образом /......./

И ещё вопрос к уважаемым изобретателям Пикотеха:
кто напишет в Германию в лабораторию которая увидела электроны-колечки на АСМ
про то что:
1) мы занимаемся моделированием атомов, молекул и молекулярных структур с помощью модельного представления об электронов как о закольцованных стоячих волнах (ссылки)
2) Ваша работа подтверждает эти модели
3) Мы разработали Пикотех для моделирования белковых структур
3) Проверьте пожалуйста базовые структуры белков экспериментально (список наименований, дизайн эксперимента)

Андрей и Виктория, вы можете сформировать максимально полый список критики, вопросов, опровержений и пр. по модели ДНК А.Ю., чтобы в итоге получить хорошую аргументацию в её пользу...

2016.12.19 21:16:46

Кушелев

Всё это актуально, но сложно на уровне голого энтузиазма. Нужно найти заинтересованных людей, которые продвинут новое научное направление "по полной программе". Ведь пикотехнология белков была создана уже в 1993-ем году, а развивается она без нормального финансирования "черепашьими шагами"...

2016.12.19 21:13:10

Victoriy пишет:

А.Ю., мне интересно: в Вашей модели комплекса последовательность нуклеотидов не имеет значение?

Кушелев: Нет, конечно. Если комплекс занимается транскрипцией ДНК, то он должен одинаково хорошо заниматься транскрипцией любых последовательностей.

Кстати, ключевые аминокислотные остатки как бы прикасаются к центральным зонам соседних ступеней ДНК:

2016.12.20 00:14:09

[19.12.2016 19:44:15] Andrei: Щас попробую все оформить и послать им
[19.12.2016 19:47:32] Кушелев Александр Юрьевич: Скоро приедет домой программист. Тогда будет нормальный PDB-файл DNA / RNA
[19.12.2016 19:56:12] Andrei: а, я думал уже готово
[19.12.2016 19:56:42] Andrei: А это ролик всего комплекса 1VOL:
[19.12.2016 20:00:15] Кушелев Александр Юрьевич: Ролик-то готов, а PDB-файл ДНК/РНК ещё не готов
[19.12.2016 20:01:58] Andrei: Книга вроде 74 евро стоит
[19.12.2016 20:02:20] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Электронный вариант 6 USD
[19.12.2016 20:02:31] Andrei: там не было электронного варианта
[19.12.2016 20:02:48] Кушелев Александр Юрьевич: У авторов есть
[19.12.2016 20:04:45] Andrei: как называется ядерный слой на английском?
[19.12.2016 20:05:23] Кушелев Александр Юрьевич: nuclear
[19.12.2016 20:05:56] Andrei: nuclear layer?
[19.12.2016 20:06:15] Кушелев Александр Юрьевич: Да. В файлах подписано nuclear и electronic
[19.12.2016 20:06:34] Andrei: ок
[19.12.2016 20:06:59] Andrei: Файлы лучше загружать на dropbox
[19.12.2016 20:07:36] Andrei: а то сайт на русском, они не поймут
[19.12.2016 20:08:29] Кушелев Александр Юрьевич: Загрузите, если сможете
[19.12.2016 20:08:42] Andrei: загружаю
[19.12.2016 20:08:44] Кушелев Александр Юрьевич: Или в письмо вложите
[19.12.2016 20:09:05] Andrei: в письмо не получится, тот сайт на русском
[19.12.2016 20:09:29] Кушелев Александр Юрьевич: Вы тогда ссылочку на эти файлы в dropbox опубликуйте, чтобы англоязычные читатели форума тоже смогли скачать и изучить.
[19.12.2016 20:09:46] Кушелев Александр Юрьевич: Сами файлы в письмо можно вложить по любому
[19.12.2016 20:10:04] Andrei: нет конечно, почта не пропустит
[19.12.2016 20:10:34] Andrei: я не даю ссылки для всех
[19.12.2016 20:11:13] Кушелев Александр Юрьевич: Только русскоязычным разрешаете файлы скачивать?
[19.12.2016 20:11:33] Andrei: там настройки есть
[19.12.2016 20:11:40] Кушелев Александр Юрьевич: Ушлые китайцы всё-равно с облака мэйл ру скачают
[19.12.2016 20:11:40] Andrei: надо настраивать специально
[19.12.2016 20:45:19] Andrei: так у вас тоже не учитываются силы на белок как у Виктории?
[19.12.2016 20:49:08] Кушелев Александр Юрьевич: Мой алгоритм пока реализован на геометрическом уровне, но генетический код дублирует физико-химические взаимодействия, поэтому подавляющее большинство участков белковых молекул не модифицируются после рибосомальной сборки белка. А те, которые модифицируются, можно смоделировать по дополнительной информации. Бывают и редкие случае, когда "всё сложно"
[19.12.2016 20:50:41] Кушелев Александр Юрьевич: В нашем случае 1VOL похоже, что белки не модифицируются, но в нормальных условиях они могут гнуться, защёлкиваться и т.д. Так что по хорошему учитывать физику и химию нужно.
[19.12.2016 20:50:57] Кушелев Александр Юрьевич: Это уже проблема заказчика.
[19.12.2016 20:51:30] Кушелев Александр Юрьевич: Если нам закажут исследование динамики белка, тогда это будет уже "совсем другая песня" и "совсем другие деньги"
[19.12.2016 20:51:58] Andrei: а почему же тогда оно налезло друг на друга само?
[19.12.2016 20:52:52] Кушелев Александр Юрьевич: Исследователи белков могут выращивать кристаллы в разных условиях, добиваясь фиксации молекул в разных состояниях. В результате они могут получить "фотки" в разных положениях частей молекулы белка.
[19.12.2016 20:53:38] Кушелев Александр Юрьевич: В нашем случае ДНК и белки совместились, т.к. их форма сильно не меняется после сборки рибосомой
[19.12.2016 20:54:09] Кушелев Александр Юрьевич: А бывают белки, которые надкусываются, из кусков собираются крупные агрегаты и т.д.
[19.12.2016 22:50:42] Кушелев Александр Юрьевич: Программист ещё едет домой
[19.12.2016 22:50:59] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы аннотацию к книге "Пикотехнология белков" заказчику посылали?
[19.12.2016 22:51:01] Кушелев Александр Юрьевич:
The greatest enemy of knowledge is not ignorance, it is the illusion
Stephen Hawking
Sokolik VV, Kushelev AY
Geometry live nanoworld. Pikotechnology proteins / VV Sokolik, AY Kushelev. -
Kharkov: Publishing, 2015. – 255 p.

ISBN 978-3-659-92862-8

The monograph is devoted to the 3D-structure of molecules and polymers in
living systems. The analysis of the modern understanding of the fundamental concepts
of the physical volume of the atom, chemical bonding, and the genetic code is
presented. Based on statistical analysis of the experimental data on the protein structure
is justified coding secondary structure and structural polypeptide template of protein
in the genome. Propose additions table of the genetic code of proteins and peptides,
which formed the basis of the geometric algorithm software decoding structural
template protein, are Molecular Constructor and Picotex. The hypothesis of recoding
information to third nucleotide codon in the corresponding peptide bond rotamer directly
3D-structure isoacceptors tRNA is formulated. Mathematical analysis of contingency
angles φ and ψ (Ramachandran map) revealed their frequency changes as
possible to substantiate the mechanism of post-translational protein folding.
The book is intended for professionals involved in research in the field of molecular
biology, bioinformatics, biochemistry and biophysics.
Table: 36. Ill: 117. Refs: 227 titles.
[19.12.2016 22:51:40] Andrei: Ну как доедет, не горит)
[19.12.2016 22:51:52] Andrei: Посылал
[19.12.2016 22:52:12] Кушелев Александр Юрьевич: А рецензии?
[19.12.2016 22:52:26] Кушелев Александр Юрьевич: Это самое научное...
[19.12.2016 22:56:29] Andrei: тоже, это все теория
[19.12.2016 22:56:34] Andrei: нужны примеры
[19.12.2016 22:57:52] Кушелев Александр Юрьевич: Какая же теория, когда речь идёт о модельных экспериментах, подтверждённых в 2015-ом году натурными (АСМ)?
[19.12.2016 22:58:15] Andrei: на практике нет применений
[19.12.2016 22:59:20] Кушелев Александр Юрьевич: Пикотехнология белков - это и есть практическая технология, которая базируется на модельных экспериментах теперь уже подтверждённых прямыми экспериментами (АСМ)
[19.12.2016 23:00:00] Andrei: коммерческой прибыли нет от этого на практике
[19.12.2016 23:00:05] Andrei: надо искать
[19.12.2016 23:01:25] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория пишет, что не владеет программой, где делается автоматический докинг. Может быть имеет смысл попросить заказчика применить автоматический докинг для сравнения моделей белков и ДНК от Кушелева и Соколик?
А раз заказчик может сравнивать модель Кушелева с моделью из PDB, значит сможет сравнить и модель Кушелева с моделью Соколик. Интересно, на сколько ангстрем отличаются наши модели?
[19.12.2016 23:01:36] Кушелев Александр Юрьевич: Прибыль будет, не торопитесь.
[19.12.2016 23:01:52] Andrei: ничего просить не можем
[19.12.2016 23:02:22] Кушелев Александр Юрьевич: А предлагать?
[19.12.2016 23:02:31] Andrei: покажем идеи а дальше если стоящая то может быть сможет найти практическое применение
[19.12.2016 23:03:24] Кушелев Александр Юрьевич: Они же сами заинтересованы сделать модель комплекса 1VOL. Если они умеют делать автоматический докинг, то смогут попытаться сделать его в варианте моделей Кушелева и Соколик. В одном из вариантов должно получиться лучше.
[19.12.2016 23:03:38] Кушелев Александр Юрьевич: У меня вручную получилось, а у них автоматически должно получиться.
[19.12.2016 23:04:04] Andrei: зачем им это
[19.12.2016 23:06:16] Кушелев Александр Юрьевич: Их цель, как я понял, выяснить механизм работы комплекса 1VOL
[19.12.2016 23:06:30] Кушелев Александр Юрьевич: Применить для этого автоматический докинг - сам бог велел
[19.12.2016 23:07:15] Кушелев Александр Юрьевич: А дальше они могут сравнить, какие модели лучше собираются в "матрёшки", от Кушелева или от Виктории. Они же рассчитали 18 и 16.5 ангстрем?
[19.12.2016 23:07:20] Кушелев Александр Юрьевич: Значит нужно.
[19.12.2016 23:07:30] Andrei: что дает докинг?
[19.12.2016 23:08:04] Кушелев Александр Юрьевич: Автоматическую сборку "матрёшки". Я-то делал вручную. Интересно получится та же структура в автоматическом режиме?
[19.12.2016 23:08:36] Andrei: пусть сначала это посмотрят
[19.12.2016 23:08:46] Andrei: посмотрим что скажут
[19.12.2016 23:08:47] Кушелев Александр Юрьевич: Безусловно

2016.12.20 00:50:03

Skype, 2016-12-20:

[0:33:35] Кушелев Александр Юрьевич: Программист добрался до дома. Сказал, что сейчас сделает PDB-файл ДНК
[0:52:15] Кушелев Александр Юрьевич: Файл готов

PDB-файл: https://cloud.mail.ru/public/LNUH/7JNWA75Nk

ОБНАРУЖЕНА ОШИБКА В ПРОГРАММЕ, ИСПРАВЛЯЕМ

2016.12.21 18:04:46

aest пишет:

вы пытались продавать наивным биологам ваши модели белков по 10000 уе, заверяя о пикоточности в то время, как у вас в алгоритме ошибка была ? Некрасиво как-то получается.

Кушелев: Конечно некрасиво. Поэтому пытаемся исправить ошибку, но это дело непростое... Углы уже удалось исправить, но в программе Дениса Савина где-то ещё запрятаны смещения. Ищем.

Молекулярные биологи осваивают пикотехнологию. Шаг спирали ДНК гораздо длиннее!

16 октября 2016, 15:50

Пикотезнология белков

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201201/22182353.html?fromissue=1

Благодаря поддержке инвесторов (приобретен мощный компьютер), в лаборатории Наномир появилась возможность полноценно моделировать крупные белки, в частности, коллаген. Слева упрощённая модель одной молекулы коллагена, а справа - полновесная (кольцегранная + шар-труба), построенная с помощью скрипта Савина-Кушелева.

Полновесный скрипт Савина-Кушелева сохраняет файлы в стандарте PDB (Protein Data Base), которые фактически являются коммерческим продуктом лаборатории Наномир, т.к. имеют более высокую точность, чем файлы, полученные с помощью РСА (рентгеноструктурного анализа).

Файл с координатами атомов коллагена

Напомню, что цена модели зависит от точности ~квадратично. Точность пикотехнологической модели выше, чем точность РСА в ~1000 раз. Следовательно её цена в ~1 000 000 раз выше. А для тех белков, которые не кристаллизуются, РСА вообще непригоден. Тем не менее РСА не потеряет актуальность, т.к. позволяет исследовать модифицированные структуры белков, что недоступно первой коммерческой версии программы Пикотех, в которой учтена только модель рибосомы.

Файл в стандарте PDB позволяет смотреть структуру белка стандартными браузерами, а так же использовать программы, которые учитывают физико-химические взаимодействия на уровне нанотехнологии.

Например, Swiss viewer умеет рассчитывать поверхность молекулы (на уровне нанотех, естественно)

А те, кто желает изучить пикотехнологическую модель "по полной программе", могут установить на свой компьютер 3DS Max и открыть файл (150Mb) со структурой спирали коллагена (полтора витка, образованные 16-ю молекулами коллагена

В этом файле кроме 16 моделей молекулы коллагена содержится ещё одна упрощённая модель коллагена. Из неё можно построить спираль раз в 40 длиннее, чем из полновесной (кольцегранной) при том же числе треугольных граней.

Отдельные кадры (3200x2400)

Если у Вас есть желание сделать профессиональную компьютерную графику на основе пикотехнологических моделей, могу дать все необходимые данные ...

Анимацию спирали коллагена можно просматривать по кадрам (3200х2400 пикселей, 140 кадров) в архиве.

Кадры записаны в стандарте jpg, что позволяет просматривать анимацию по кадрам в обычном браузере картинок.

Эта анимация сделана из 3 кадров, уменьшенных до размера 1450x1088. Модель для 3DS Max.

Нобелевский глюк рибосомы ...

2012-01-17

[8:10:10] L: Поправленный перевод: The business offer for a owners of your company. In the near future auction of high technologies of laboratory the Nanoworld can take place. We offer the new standard of structure of peptide (protein) PIKO. This standard now is discussed at forums. At schools of Russia since 2005 study pikotechnological models of atoms, molecules and crystals. Precision pikotechnological models ~1000 times higher than precision of nano-models. Your firm could become the leader of sales pikotech-models... I invite you to auction of high technologies of laboratory the Nanoworld

[8:49:32] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю!

Зелёным цветом показана информационная РНК, которая якобы проходит сквозь рибосому. В действительности, существует разрыв иРНК длиной ~30 нуклеотидов. Откуда он берётся? тРНК приплывает с очередной аминокислотой, врезается во входящий в рибосому конец иРНК и откусывает от неё триплет. Далее поворачивается по инерции до терминирующего поворот рибосомального нуклеотида. После этого другой (АСС) конец тРНК вставляет аминокислоту в растущую белковую молекулу. Затем тРНК (вместе с триплетом иРНК!) поворачивается вокруг аминокислотного остатка на тупой угол. При этом триплет иРНК уходит на расстояние около 3 витков спирали РНК от первоначального положения. Далее тРНК снова поворачивается, отсоединяясь от растущей белковой молекулы, но после того, как к ней присоединён следующий аминокислотный остаток. Вращается она до тех пор, пока не присоединит триплет иРНК к выходящему концу. Таким образом, создаётся иллюзия, что иРНК проходит сквозь рибосому без изменений. На самом деле на входе в рибосому иРНК дробится на триплеты, а на выходе из рибосомы снова собирается в спираль РНК.

Этот процесс оказался незамеченным для исследователей структуры рибосомы, которые получили за эту структуру нобелевскую премию в 2009-ом году. При этом заявленная точность структуры рибосомы ~2 ангстрема, а реальная ошибка превосходит в полтора раза габариты тРНК, т.е. достигает ~3 витков РНК (~30 нуклеотидов). Таким образом, реальная ошибка модели рибосомы порядка 240 ангстрем (24 нанометров, 24 000 пикометров).

Рибосомы эукариот: 80S, размер - 22x32 нм. Они крупнее прокариотических.

Шаг спирали ДНК/РНК гораздо длиннее!

По вертикальным ступеням ходить горизонтально?

Пикотехнологическая модель показывает, что длина витка спирали не 3.4, а 8 нм!

Величина 3.4 нм гипотетическая... Пикотехнологический модельный эксперимент опровергает эту гипотезу

Модельный эксперимент показывает, что при образовании ступени ДНК параллельно с водородными связями образуются поперечные фосфодиэфирные связи:

Программа Пикотех помогает биологам делать научные открытия!

27 сентября 2016, 07:44

Пикотехнология белков

Научные работы Виктории Соколик

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201004/19221806.html

Уважаемые читатели! Предлагаю Вашему вниманию научную статью Виктории Соколик, содержащую очень важное научное открытие, которое помогла сделать программа "Пикотех". Речь идёт о механизме возникновения обширной группы наследственных болезней, с которыми можно справиться благодаря пикотехнологии. В связи с важностью научного открытия привожу статью полностью.

Украiнський вiсник психоневрологii – 2009. – Т.46, вип.8.- С. 116—121.

Научные работы Виктории Соколик

Обсуждение на форуме лаборатории Наномир.

Виктория Соколик в лаборатории Наномир

16 апреля 2010 года Виктория Соколик приехала в г. Дмитров

Ещё на железнодорожном вокзале началась научная дискуссия на тему "Пикотехнологические модели ДНК"...

Богиня биологии перевернула пакет, и из него, как из Рога изобилия посыпались пикотехнологические модели белковых молекул и молекул РНК/ДНК...

Ярослав Старухин: "Разрешите заснять Ваши пикотехнологические модели на видео!"

Александр Кушелев: "Пока Ярослав записывает Ваши замечательные модели на видео, позвольте полюбопытствовать, как Вам удалось сделать модели такими яркими, цветными?"

Виктория Соколик: "Вообще-то это - Ноу-Хау, но Вам я по секрету скажу. Я покрасила кольца лаком для ногтей разных цветов"

Кушелев: Я бы до этого гениального решения ни за что бы не додумался!

В качестве лирического отступления предлагаю посмотреть 45-секундную ТВ-передачу из лаборатории Наномир, где речь идёт о пикотехнологической модели молекулы тимогена.

Это - материал из видеоархива лаборатории Наномир. Первая часть видеоархива. Там Вы сможете посмотреть самые первые видеозаписи из лаборатории Наномир, сделанные в 1992-1993 годах.

Кушелев: Ого! Они у Вас ещё и поворачиваются на шарнирах?!

Виктория: А Вы как думали? Эта модель показывает переход ротамеров, кодируемых композиционным генетическим кодом. В первом приближении наши модели совпадают, но есть, как видите, и отличия. Например, радикал аминокислот в моей модели соединён с другой гранью атома углерода.

Виктория: Эта модель помогла мне сделать научное открытие, о котором я рассказываю в научной статье. Эту статью Вы можете опубликовать на форуме вместе со ссылкой на публикацию в академическом журнале.

Кушелев: Я правильно понял, что серебристым цветом в этой модели показаны CH3-группы, т.е. радикалы аланина?

Виктория: Совершенно верно! А эта модель показывает переход ротамеров. Следующий остаток в этой модели может поворачиваться вокруг оси и фиксироваться в положениях 0, +120 и -120 градусов.

Вот я поворачиваю следующий остаток относительно предыдущего и получается другой ротамер, который, естественно, кодируется другим триплетом ДНК.

Кушелев: Вижу. Это третий вариант композиции, т.е. третий ротамер по Вашей терминологии.

Виктория: А это - пикотехнологическая модель амфипатического участка спирали белка. Каждый четвёртый радикал несёт электрический заряд, с помощью которого происходит слипание амфипатических участков спиралей...

Кушелев: Амфи... что?

Виктория: Амфипатического участка.

Кушелев: Надо запомнить ...

А модель впечатляет. Надо будет почитать Вашу научную статью...

Ярослав: А что за научное открытие позволила сделать эта пикотехнологическая модель?

Виктория: Мне удалось найти правильное расположение амфипатических участков, которые раньше были определены неправильно.

Сейчас я покажу Вам статью и схему этого белка на компьютере...

Кушелев: Отлично. А я пока запишу на видео, как работает Ваша модель ротамеров...

Виктория: А в правой руке у Вас - модель иминокислоты пролина.

Кушелев: Да, модели шикарные. А NH2-группа в пролине у Вас расположена иначе, чем в аминокислотах?

Виктория: Да.

Кушелев: У меня тоже сначала была модель, где группа NH2 пролина была расположена иначе, чем в аминокислотах, но позднее я пришёл к выводу, что она находится там же, только вместо жёсткой связи соединена с группой COOH гибкой связью, что позволяет в этом месте организовать сустав между участками альфа-спиралей или других вторичных структур.

Поэтому пролин ставится в растущую белковую цепь так же, как и аминокислоты.

Кушелев: Все отличия между нашими пикотехнологическими моделями можно обсудить позже на форуме. Там же мы можем разобраться, какая из моделей ближе к истине. Мне без разницы, моя или Ваша. Главное - выяснить, какая конкретно.

Кушелев: В чём отличие между нашими моделями мне понятно. Дальше эти отличия можно обсуждать на форуме, а теперь хотелось бы посмотреть Ваши научные статьи на компьютере...

Самые интересные фрагменты научной дискуссии удалось записать на видео благодаря Анатолию Шестопалову. Благодарим Вас, Анатолий!

Люба тоже принимала активное участие в дискуссии и в конце-концов разобрала модель ротамеров, но смогла потом снова собрать.

Кушелев: Модель АСС-конца транспортной РНК помогает понять, под каким углом расположены следующий и предыдущий аминокислотные остатки в момент выдавливания группы OH предыдущего остатка группой NH3 следующего остатка.

Виктория: А давайте сделаем модель транспортной РНК целиком.

Кушелев: Так там 90 ступеней ДНК...

Виктория: Ну и что? Не так уж много. Можно на компьютере попробовать.

Кушелев: Лучше изготовить модель из колец. На компьютере будет проще потом сделать.

Вероятно, установка следующего аминокислотного остатка осуществляется под таким углом. Иначе OH-группа не сможет выйти в раствор...

Виктория: Вращение ротамеров у нас происходит вокруг этой оси.

Кушелев: А вращение аминокислоты с t-RNA может происходить вокруг другой оси, которая наклонена, например, под тетраэдрическим углом. Кстати, это позволяет уменьшить число ошибок в работе рибосомы...

Именно модельный эксперимент позволяет понять, как же работает рибосома...

Справа мы видим фрагмент транспортной РНК (АСС-конец с закреплённой на нём аминокислотой). Группа NH2 должна выдавливать группу OH из предыдущего аминокислотного остатка.

Слева мы видим ротамерную модель Виктории Соколик, которая помогает понять, под каким углом должна двигаться группа NH2, чтобы группа OH смогла выйти в раствор, не разрушив предыдущий аминокислотный остаток.

Различий между пикотехнологическими моделями Виктории Соколик и моими мало. Они заключаются в расположении радикала. Виктория расположила радикал так же, как и Дмитрий Кожевников.

Виктория Соколик: Значит, в Вашей модели аминокислота удерживается АСС-концом т-РНК с помощью 4 нехимических связей?

Кушелев: Да, четырьмя вандерваальсовыми связями.

И этого достаточно, чтобы удержать аминокислоту?

Кушелев: А почему бы и нет?

Виктория Соколик: Видите, какой получился симметричный граф композиций аминокислот?

Кушелев: Это, конечно, здОрово, но нужно разобраться, симметричен он только в теории или в реальности? Может быть в реальности граф композиций не так уж и симметричен?

Виктория: Такая симметрия соответствует другой таблице композиционного генетического кода.

Кушелев: А на сколько она отличается от моей?

Виктория: 4 варианта композиции из 64 другие.

Кушелев: -Это мелочи.

Виктория: В науке мелочей не бывает.

Кушелев: Да я шучу. Кстати, даже если все варианты были бы неправильными, то по сравнению с самим фактом существования композиционного генетического кода - это мелочь. Но таблицу, конечно же нужно проверить. Может быть там содержатся ошибки, причём даже такие, о которых мы ещё не знаем...

Виктория: А вот и амфипатические участки, которые удалось открыть с помощью программы "Пикотех". Они оказались совсем не там, где считалось ранее.

Кушелев: Я уже давно заметил, что рентгеноструктурный анализ не позволяет выявлять некоторые структурные особенности белков. Программа "Пикотех" позволяет многое уточнить в базах данных по структурам белка.

А тематика конференции в Сыктывкаре очень даже связана с эликсиром "вечной молодости"...

Виктория убеждена, что старость не запрограммирована. Тем не менее она уже помогла мне уточнить методику создания эликсира "вечной молодости".

Виктория оставила электронные копии своих научных работ, в т.ч. связанных с пикотехнологией.

Сегодня я постараюсь опубликовать эти работы на форуме лаборатории Наномир.

Люба: Уважаемые участники конференции, не пора ли перекусить?

Можно начать здесь, а продолжить на кухне...

Кушелев: В чём отличие между нашими таблицами композиционного генетического кода мне понятно. Обсудить это можно на форуме, а сейчас предлагаю сделать антракт и переместиться на кухню

Научные работы Виктории Соколик

Доклад Виктории Соколик на III Международной конференции «Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины».

Тезисы докладов (1-4 октября 2009 г.), Ростов-на-Дону. – С. 54.

Научные работы Виктории Соколик

Материал с форума лаборатории Наномир.

Кушелев: Обратите внимание на структуру с чередованием кодов альфа-спирали и 3/10-спирали. Могла бы быть такая последовательность кодов, если в таблице не было бы разницы между кодом альфа-спирали и 3/10-спирали?

Виктория: А почему нет?

Кушелев: Трудно поверить, что "гребёнка" 141414141414, где 1 - код альфа-спирали, а 4 - код 3/10-спирали, возникла случайно.

Давайте найдём такие структуры, которые покажут, какая из таблиц правильная.

Начать можно с того, что моя таблица была построена по конкретным экспериментальным данным.

Давайте посмотрим, какие структуры моделей для этих белков получатся при замене моей таблицы на Вашу?

Если структуры изменятся несущественно, значит между нашими таблицами нет принципиальной разницы. Если же изменения будут принципиальными, значит разница есть и с помощью экспериментальных данных можно будет сделать выбор между таблицами.

Пикотехнологические модели Виктории Соколик.

На дмитровском валу...

Татьяна Кушелева и Виктория Соколик заинтересовались мегалитическим объектом дмитровский вал.

Татьяна Кушелева и Александр Кушелев на мегалитическом объекте, дмитровском валу.

16 апреля 2010 года.

Фото Виктории Соколик.

Историческая встреча в г.Дмитрове.
Александр Кушелев, Виктория Соколик.

16 апреля 2010 года.

Фото Татьяны Кушелевой.

Знакомьтесь, богиня биологии, Виктория Соколик. Дмитровский вал, 16 апреля, 2010г.

Виктория Соколик и Татьяна Кушелева спускаются с дмитровского вала.

Виктория сказала, что г.Дмитров ей понравился.

Кушелев на CASP - "неудобный" конкурс, "неудобный" конкурсант

25 сентября 2016, 09:31

Пикотехнология белков

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201402/16194748.html

Организаторы CASP 2014 рассекретили списки участников!

Их оказалось в 10 раз меньше заявленного количества...

Пример белка из CASP8. Целевая структура показана цветом в ленточной модели. Показано наложение 354 предсказанных структур (серый цвет, визуализация остова).

CASP (англ.Critical Assessment of protein Structure Prediction, критическая оценка предсказания белковых структур) — масштабный эксперимент попредсказанию белковых структур. Проходит с 1994 года с периодичностью каждые два года.[1] CASP объективно тестирует методы предсказания белковых структур и предоставляет независимую оценку структурного моделирования. Основная цель CASP — помощь в улучшении методов определения трехмерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Более 100 исследовательских групп принимают участие в проекте на постоянной основе. CASP считается всемирным соревнованием в науке структурного моделирования. Википедия

CASP 2012

http://nanoworld88.narod.ru/data/279.htm

diprospan: Почему один и тот же пост в среду 11 янв 2012 в 12:02 выглядит в оригинале eng и после перевода rus по разному ?

Kushelev: Это ещё мелочи. Почему утром в теме было 4 страницы, а вечером осталась одна? Похоже, что в конкурсе CASP нас будут ждать если не тройные стандарты, то двойные стандарты точно ...

Напомню, что в конкурсе CASP3 перед розыгрышем призов из списка участников неожиданно исчезло 5 лабораторий, в т.ч. и лаборатория Наномир: http://nanoworld88.narod.ru/forum/casp/cafasp.htm

Руководитель конкурса сообщил, что данные, накопленные на сервере CAFASP за полтора месяца, были удалены "по техническим причинам".

Вероятно, по тем же причинам в начале февраля исчезли все мои сообщения на форуме FORCASP в теме, которую я открыл 11 декабря 2011 года. Но, рукописи не горят, поэтому желающие могут прочесть копию уничтоженной темы: http://nanoworld88.narod.ru/forum/casp/index.htm

2012.03.15 19:23:02

Victoria пишет:Kushelev пишет:

Кушелев: Уважаемая Виктория!
А может быть Вы съездите на этот митинг CASP, где соберутся участники конкурса? Это же не через океан лететь...
Там можно познакомиться с заказчиками белковых структур лично ...

А что, кто-то приглашал?
Если серьёзно, то зарубежные поездки за свой счёт мне не по карману.
В остальном, я не против. А Вы почему не рассматриваете возможность собственной поездки?

Кушелев: Если организаторы CASP огласят список всех участников на митинге, а мы с Вами как бы участвуем в конкурсе, то получается, что нас как бы приглашают на митинг. Иначе как мы узнаем список участников?

Что касается "за свой счёт", то я имел в виду, что соинвесторы лаборатории Наномир заинтересованы вывести товар на международный рынок. PDB-файлы - товар наукоёмкий и дорогой. Поэтому на Вашу поездку деньги найдутся. Если моё присутствие на митинге CASP целесообразно, то я тоже могу поехать. Это - Европа, можно добраться поездом. Думаю, что и Ярославу Петровичу будет полезно присутствовать на этом митинге.

А то, что Вы не против, это очень хорошо. От Вашего присутствия на этом митинге, вероятно, зависит успех нашего выхода на международный рынок PDB-файлов. А по-большому счёту речь идёт о создании нового рынка - рынка пикотехнологий. Мы со дня на день ждём на форуме первого заказчика PDB-файлов, который уже зарегистрирован на форуме лаборатории Наномир.

Подробнее см. в 297-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир"

Виктория Соколик вынуждена портить модель, подстраивая реальность под устаревшие официальные взгляды...

О пригодности CASP для пикотехнологов можно прочесть в 284-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир"

Пикотехнологические модели на конкурс CASP10 можно посмотреть в 310-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир"

Попытки связи с организаторами конкурса CASP похожи на общение с радиоточкой...

Кстати, никаких данных, по которым можно было бы понять, что за группа Victoria принимает участие в конкурсе CASP, я не обнаружил. Это значит, что на конкурсе CASP скрыты данные, указанные при регистрации группы, например, сайт группы.

Научное открытие на конкурсе CASP прошло незамеченным...

Ни организаторы CASP, ни его участники, ни потенциальные заказчики белковых структур не заметили научное открытие, сделанное мною на конкурсе CASP в 2012 году. Ни у кого даже вопросов не возникло по структуре интерлейкина-34...

Пикотехнологическая модель интерлейкина-34

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201402/16194748.html

Кушелев: Глазам своим не верю! Неужто на сайте можно найти данные из лаборатории Наномир?!

Наша группа выступает под номером 469, но на самом деле в конкурсе принимают участие 44 участника

Виктория Соколик: Я Вам больше скажу, если Вы кликните на оранжевый график например R0001, то у Вас на экране появится окошко с его большим изображением и активными окнами в заголовке: http://predictioncenter.org/casprol/gdtplot.cgi?target=R0001&group=5&models=first Смело нажимайте Tables и получите данные по первой задаче для всех участников CASP, а заодно и искомый список участников. В других опциях заголовка можно ознакомиться с оценочными данными и критериями для представленных моделей всех участников. Удачи в анализе материала. Надеюсь, что данная информация положит конец Вашим эскападам в адрес организаторов этого конкурса. Все результаты на виду, нужно было только разобраться вместо того, чтобы сыпать беспочвенными обвинениями и подозрениями.

Кушелев: Я с самого начала считал организаторов порядочными людьми, пока они не исключили из списка участников 5 лабораторий, включая лабораторию Наномир

А в 2012-ом году списки участников были засекречены вообще. И всех, кто интересовался этими списками на форуме ForCASP забанили, а дискуссию, в которой принимало участие более 10 человек из разных стран, уничтожили. Копию этой дискуссии я скоро снова выложу на сервер. Начало дискуссии на форуме ForCASP опубликовано в 300-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир"

Но времена меняются, и теперь списки участников CASP 2012 года стали доступны. Это радует. Давайте посмотрим данные группы Victoria.

В конкурсе CASP3 лаборатория Наномир числилась среди участников на последнем, 33-ем месте. В конкурсе CASP10 (2012г.) наша группа Victoria числится тоже на последнем, 44-ом месте. Как видим в конкурсе реально участвуют 44 группы.

Кушелев: В конкурсе CASP по прежнему в качестве входных данных предлагается аминокислотная последовательность, которая не содержит информации о вторичной структуре белка...

Пространственную модель и PDB-файл конкурсного белка на конкурс CASP не принимают, т.к. официально считается, что расстояния между атомами не могут быть меньше некоторой величины, которая не соответствует реальности.

2012.02.15 13:00:19

Уважаемая Виктория!

А что нам пишут организаторы CASP?

Dear member of CASP community,

Silvia Crivelli (LBNL, UC Davis, and a member of this community since 1998) is organizing a collaborative group to participate in CASP10 and possibly in CASP ROLL if time permits. This collaborative experiment will let different groups or individuals work on different components of the protein structure prediction pipeline (like alignment, loop modeling, scoring, etc) thus making it possible to leverage expertise at a large scale. The initial goal is to focus on ab initio targets. Certain groups may want to participate in the collaborative effort for all the ab initio targets while others may want to do just a few of them.

If you would like to learn more about this effort please visit wefold.wordpress.com or contact Silvia directly at SNCrivelli@lbl.gov.

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:

Они пишут, что
Silvia Crivelli (LBNL, UC Davis, член CASP с 1998) организует совместную группу, чтобы участвовать в CASP10 и возможно в CASP ROLL, если успеет. Этот совместный эксперимент позволит различным группам или индивидуумам работать над различными компонентами предсказания структуры белка (такими как выравнивание, моделирование петли, выигрыш, и т.д.) таким образом позволяя усилить экспертизу в большем масштабе. Начальная цель состоит в том, чтобы сосредоточиться на задачах. Определенные группы могут участвовать в совместном решении всех задач с самого начала, в то время как другие могут сделать только несколько из них.

Если Вы хотели бы узнать больше об этом намерении, пожалуйста, посетите wefold.wordpress.com или свяжитесь с Сильвией непосредственно в SNCrivelli@lbl.gov.

Дама стратегически мыслит, сколачивая большую группу с разделением труда для участия в конкурсе CASP ROLL .

Victoria пишет:

Дама стратегически мыслит, сколачивая большую группу с разделением труда для участия в конкурсе CASP ROLL .

Кушелев: Может быть напишем ей, расскажем о пикотехнологии? Нам любые зацепки могут помочь выйти на рынок белковых структур. Если предложит объединить усилия, то почему бы и нет? Главное условие, чтобы наше участие было задокументировано. Всё остальное - мелочи

2012.02.15 20:38:00

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:

Я не представляю, что мы сможем сделать для Silvia Crivelli и её группы поскольку предполагается, что она разбивает каждую задачу на подзадачи и раздаёт участникам для выполнения громоздким трудо- и время-затратным методом моделирования по гомологии, в котором надо в PDB банке спецпрограммами отыскать подобные заданным куски аминокислотных последовательностей с известной структурой и рассчитывать/надеяться на то, что они будут иметь искомую структуру одной из задач CASP.
Мы же с Вами моделируем совсем по другому, буквально сразу получая готовый PDB файл с координатами атомов белка. Ну предложим мы группе Silvia Crivelli уже решенные нами модели, которые загружены на сайте конкурса CASP от имени нашей группы, и ЧТО?
Если бы они в рамках конформационного анализа хоть молекулярную динамику запускали, то можно было бы проверить на наших уже готовых файлах PDB, не сбивается ли пептид в кучу в гидрофобном или гидрофильном микроокружении, может он имеет возможность как-нибудь ещё удачнее сфолдировать свою конформацию из синтезированного структурного шаблона, который мы собственно и моделируем.
Но судя по тексту Silvia Crivelli о таких возможностях в её группе речь не идёт.
А.Ю., я думаю не нужно суетиться и во что бы то не стало стремиться нас засветить. Закончиться конкурс, посмотрим, как наши таланты оценят профессионалы и организуем собственный сервер предсказания/моделирования структур белка. А время и качество наших моделей помогут нас отобрать в естественном отборе лучших из уже существующих как минимум 25 серверов .

Кушелев: Какое совпадение! Я тоже так думал в 1998-ом году, особенно, когда организатор конкурса CASP3 прислал мне лично 43 dne-файла всех конкурсных белков. Но когда все данные, которые ставились на сервер в течение полутора месяцев неожиданно исчезли (и так у 5 разных групп из 33), я понял, что "не всё так просто". Поэтому практически не сомневаюсь, что нас с Вами ждёт та же участь и в этом году, если мы не сможем объединить усилия, например, с Silvia Crivelli.

Мы ей однозначно нужны, т.к. можем дать структуры всех белков даже точнее, чем это может РСА и др. экспериментальные методы. Когда она это увидит, то вряд ли откажется от сотрудничества. А её выкинуть с конкурса вряд ли получится. Поэтому у нас есть очень высокие шансы победить вместе с Silvia Crivelli и практически нулевые шансы дойти до финиша без сотрудничества. Нас выкинут, и никто об этом не узнает. Ведь списка участников нет и скорее всего не будет. Поэтому я бы связался с Сильвией и предложил ей выгодное сотрудничество. У нас будет беспроигрышный вариант в том случае, если Сильвия сможет задокументировать наше участие в CASP10. Речь не идёт о призовых местах, хотя и это исключать нельзя. Но пока мы там никто. Нас просто нет по документам. То, что Вам показывают, никто не видит. И если нас выкинут с конкурса, никто об этом не узнает.

В 1998-ом году результаты лаборатории Наномир видели все участники и гости конкурса на протяжении полутора месяцев. И то наше исчезновение из списка участников никто не заметил. А в этом году нас вообще нет в списке. Наши данные, конечно получат и проанализируют, только потенциальные клиенты об этом ничего не узнают. В таком случае у нас нет смысла участвовать в конкурсе вообще. А Сильвия нам может пом

2012.02.15 21:20:22

Victoria пишет:

Ну, во-первых никто не видит не только группу Victoria, но и группу Silvia Crivelli, а также все остальные. Открыт только список автоматических серверов. А во-вторых, почему Вы решили, что вместе с ней надёжнее? Вы нашли её группу в списке участников предыдущих конкурсов CASP? Если Вы уверены, что так надежнее, то, как говориться, Вам и карты в руки: лично записывайтесь в группу Silvia Crivelli и отправляйте ей готовые файлы PDB для R0001, R0005, R0006 и т.д. Я ни за эту тётю, ни за другого дядю работать не хочу и не буду.

Уважаемая Виктория! Я Вас прекрасно понимаю. Я же сам так же думал. Но давайте рассуждать. Письмо от Сильвии мы с Вами получили. Похоже, что то же письмо получили и остальные участники CASP10. Верно? Значит о существовании Сильвии знаю все участники CASP10. Мы с Вами можем послать письма всем участникам CASP10? Не можем. Значит Сильвия сумела договориться с организаторами CASP10. А это значит, что с её помощью о нас тоже узнают все участники конкурса.

Конечно, можно пойти и другим путём. Попытаться через организаторов CASP10 разослать аналогичные письма с предложением о сотрудничестве со всеми участниками CASP10. Ну, а если не получится, то остаётся вариант сотрудничества с Сильвией. Иначе у нас шансов (нет, не выиграть конкурс!) просто остаться участниками "ноль целых, ноль десятых". Никто из участников CASP10 просто не узнает, что мы участвовали в этом конкурсе.

Теперь о надёжности. Я не утверждал, что вместе с Сильвией надёжнее. Я писал, что если она сможет задокументировать наше участие в CASP, а она похоже сможет, то наши шансы возрастут немерено. Я имею в виду шансы на то, что нас не выкинут из участников конкурса. А в случае победы группы Сильвии победим и мы. Вы же понимаете, что клиенты объединённой группы на самом деле наши клиенты Они придут к Сильвии, а без нас она не сможет им дать структуры белков...

Теперь по поводу "Я ни за эту тётю, ни за другого дядю работать не хочу и не буду".

Если будет задокументировано наше участие и то, что мы делаем, то Вам не придётся ни за кого работать. У Вас не смогут отнять то, что Вам принадлежит. Все делают свою работу, а в результате в группу придут клиенты. И без нас этим клиентам структуры белков дать не смогут. Мы же не предлагаем пользоваться нашей программой. Мы всего лишь даём попробовать на вкус результаты работы наших программ, алгоритмов, Ноу-Хау...

Вас же никто не уговаривает рассказывать секреты, которые позволяют Вам определять структуры конкурсных и вообще любых белков

Так что с Сильвией договариваться нужно именно Вам, тем более, что Вы знаете английский и сможете понять, что она напишет и написать, чтобы она поняла.

Я бы в первом же письме показал ей и модель интерлейкина-34 (димера), и модель гексамера инсулина, и спираль коллагена. Если она увидит пикотехнологические модели, то скорее всего заинтересуется. А в этом случае начнётся взаимовыгодное сотрудничество. Даже если с CASP она нам не сможет помочь, то через неё мы можем выйти на клиентов, которым нужны структуры белков.

Мы сейчас работаем не на кого-то, а на собственную перспективу. Достаточно найти клиентов на структуры белка, и нам больше не придётся считать копейки

Кстати, может быть Сильвии удастся уговорить организаторов раздобыть все нуклеотидные последовательности конкурсных белков...

2012.02.15 21:29:11

http://molbiol.ru/forums/index.php?show … amp;st=200

http://img-fotki.yandex.ru/get/5506/126 … b_orig.gif

2012.02.15 23:44:22

Victoria пишет:Kushelev пишет:

Письмо от Сильвии мы с Вами получили. Похоже, что то же письмо получили и остальные участники CASP10. Верно? Значит о существовании Сильвии знаю все участники CASP10. Мы с Вами можем послать письма всем участникам CASP10? Не можем. Значит Сильвия сумела договориться с организаторами CASP10. А это значит, что с её помощью о нас тоже узнают все участники конкурса..

Не верно. Письмо от Сильвии получили только Вы. Я полагаю потому, что Вы зарегистрировались на сайте CASP, но не выступили на CASP ROLL. Мне или кому-либо ещё, кто зарегистрировался и там, и там Сильвия писем не шлёт. Она просто не подозревает, что Вы в группе Victoria, вот и пытается собрать группу из волонтёров-одиночек, которые не вступили в игру.

Kushelev пишет:

Это против правил. Где взяла Сильвия Ваш электронный адрес ей виднее, может случайно набрела на форум Наномир по ключевому слову CASP ROLL. Мне трудно представить, что на правах завсегдатая конкурса она соревнуется по принципу "все средства хороши". Хотя везде только лишь люди...

Kushelev пишет:

По Станиславскому "...НЕ ВЕРЮ"

Kushelev пишет:

Так что с Сильвией договариваться нужно именно Вам, тем более, что Вы знаете английский и сможете понять, что она напишет и написать, чтобы она поняла.
Я бы в первом же письме показал ей и модель интерлейкина-34 (димера), и модель гексамера инсулина, и спираль коллагена. Если она увидит пикотехнологические модели, то скорее всего заинтересуется. А в этом случае начнётся взаимовыгодное сотрудничество. Даже если с CASP она нам не сможет помочь, то через неё мы можем выйти на клиентов, которым нужны структуры белков.
Кстати, может быть Сильвии удастся уговорить организаторов раздобыть все нуклеотидные последовательности конкурсных белков...

А.Ю., постарайтесь на меня не обижаться, но я не буду вступать в переписку с Сильвией ни от своего, ни от Вашего имени. Вы ведь тоже не делаете того, что Вам не интересно.

2012.02.15 23:44:42

Victoria пишет:

А... Очень интересно. А как она смогла узнать о моём существовании? Почему я не могу узнать о её существовании, о Вашем (через CASP) и о существовании других участников CASP10 ?

2012.02.15 23:51:16

Victoria пишет:

Вообще-то я не вижу нарушений правил. Ведь в условиях CASP не сказано, сколько может быть участников в группе и т.д. Так что предложение Сильвии вроде как в рамках правил CASP. Что касается "всех средств", то пока я заметил только предложение по кооперации. Не вижу в этом ничего плохого. Наоборот, если у нас есть наиболее точные координаты атомов, а у Сильвии есть другие возможности, которых нет у нас, то объединение усилий - это шанс на победу по многим параметрам. Ведь CASP - это всего лишь тактика, а выход на клиентов - часть стратегии...

2012.02.15 23:53:04

Victoria пишет:

По Станиславскому "...НЕ ВЕРЮ"

А зачем тут верить, когда без Вас Сильвия просто не сможет дать клиенту pdb-файл

2012.02.15 23:58:30

Victoria пишет:

Кушелев: Уважаемая Виктория! Понятие "обида" для меня не существует. Что касается "неинтересно", то это может означать "непонятно". И мне нетрудно объяснить, почему Вам на самом деле интересно. Сильвия нам может помочь однозначно. Например, оповестив всех участников и гостей конкурса CASP о нашем существовании. При этом Вы ей ничего не должны

Кушелев: Администрация CASP удалила 4 сообщения из 5.

Вот, что осталось:http://predictioncenter.org/forcasp/vie … bf7044752b

При этом ответа так и не последовало. Список участников международного конкурса CASP10 организаторы держат в строгом секрете...

Зачем это нужно? Чтобы можно было незаметно избавиться от любого участника. Мой личный опыт показывает, что перед подведением итогов организаторы конкурса CASP избавляются даже от тех участников, которые есть в официальном списке.

В1998-ом году из списка участников исчезло 5 из 33

А которые не числятся в списке, о тех вообще речи нет. "Нет человека, и нет проблем"

2012.06.11 10:48:57

3212-спираль напоминает бета-спираль, только имеет пятиричную симметрию (как и семеричная спираль, квазисимметрию, естественно).

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6311/158 … 4_orig.jpg

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … 2_orig.gif

Сбоку видны характерные ~прямые углы, как и в бета-спирали.

2012.06.11 12:27:46

Kushelev пишет:

13323133231

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6112/158 … 7_orig.jpg

Эта конструкция напоминает складчатый бета-слой...

Анимированную картинку 1.7 Мб на Яндекс-фотки через Скай-линк загрузить не удаётся. Через GPRS тем более...

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6213/158 … 1_orig.gif

Не, всё-таки с 5-ого раза загрузилась

2012.06.11 13:37:09

Kushelev пишет:

Любопытный повтор: 23323323 ... Интересно посмотреть на него в 3D...

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … 5_orig.jpg

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … 4_orig.gif

Поворот до совмещения с соседним аминокислотным остатком происходит на 45 градусов, значит спираль имеет 8-ричную квазисимметрию.

2012.06.11 21:19:42

Kushelev пишет:

Интересные повторы 131313131313 и 31131131131. Напомню код спирали с семеричной симметрией: 331331331

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6312/158 … d_orig.jpg

311311311

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … e_orig.gif

А эту конструкцию вы уже видели в рассылке "Новости лаборатории Наномир":http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6312/158 … 7_orig.gif

313131

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … f_orig.jpg

2012.06.11 22:51:33

Biolmol () - 06.05.2012 18:09
Re: CASP10 - международный конкурс предсказания белковых структур ...
В ответ на письмо:

Регистрация на CASP10 начнется в последнюю неделю марта 2012 года. Испытания подключение к серверу ("сухого хода" для сервера предикторов) будет проводиться начиная с 16 апреля 2012 года. Первое предсказание цели будет выпущен не ранее чем через 1 мая; последнее предсказание цели будет выпущен не позднее июля 17; прогноз сезон завершится не позднее 31 июля. Уточнение эксперимент закончится не позднее 17 августа. Тезисы описания методов испытания в CASP10 будут собраны в сентябре. В то же время мы откроем регистрацию на встречу. В программе встречи будут доступны в ноябре. Встреча состоится 9-12 декабря, и примерно за месяц до этой группы с наиболее точные прогнозы и интересные методы получать приглашения дать переговорам.
Постарайтесь не попасть в неудобную ситуацию, как один из участников тут
***

pasha A - 06.05.2012 18:11
Re: CASP10 - международный конкурс предсказания белковых структур ...
› › › в ответ на: Re: CASP10 - международный конкурс предсказания белковых структур ... – Biolmol
Снес пост Кушелева в связи с нарушениями правил форума. Ваш коммент вынес в отдельную ветку в связи с прикольностью указанной Вами ссылки.

Кушелев: А вот и "снесённый" администратором Scientific.ru мой пост:

Molbiol () - 04.05.2012 18:52
CASP10 - международный конкурс предсказания белковых структур ...

: Стартовал CASP10.
: Участники соревнуются в точности определения структуры белка.
:
: Типовая структура (interleukin-34):

:
: Этот белок состоит из двух почти одинаковых субъединиц.
:
: Гексамер инсулина ПОДРОБНО
:
: Этот белок состоит из 6 одинаковых субъединиц. Анимация показывает динамику. Гексамер регулирует концентрацию глюкозы.
:
: А так выглядит таблица для каждого участника конкурса:
:
: В течение ближайших дней можно принять участие в конкурсе: http://predictioncenter.org/
:
: Обсудить текущие вопросы можно на форуме FORCASP:
:
: http://predictioncenter.org/forcasp/vie … 6834ef1697
:
: В частности, предложен новый стандарт для конкурса: http://nanoworld88.narod.ru/forum/casp/004.htm

"Как Кушелев ставил свои условия организаторам конкурса CASP и CAFASP"

2012.06.11 23:10:20

Вот текст, на который дал "прикольную" ссылку Trilobit, что так понравилось админу Scientific.ru: http://sandywest.narod.ru/pikoteh2.html

Кушелев: Битые ссылки я подправил...

Цитата:

Как Кушелев ставил свои условия организаторам конкурса CASP и CAFASP.

Кушелев:

Я принимал участие в разных конкурсах. Некоторые были честными, некоторые - надуваловка. Это относится не только к России.

Надуть Вас могут и на международном конкурсе. Вот конкретный пример. Международный конкурс CASP и CAFASP. На этом конкурсе нужно определить структуры приблизительно 40 белковых молекул по аминокислотной последовательности.

Я сообщил руководству этого конкурса, что информация о структуре белка содержится не в аминокислотной последовательности самого белка, а в нуклеотидной последовательности кодирующий белок информационной РНК.

Кому интересно узнать структуру белка по коду, а вручную считать утомительно, предлагаем воспользоваться нашей компьютерной программой. Программа написана на стандартном Паскале и позволяет преобразовать генетический код белка в композиционный код его структуры, согласно нашей таблице.

То есть Кушелев попросил, чтобы условия конкурса изменили на более для него удобные.

Кушелев:

После этого руководитель конкурса прислал мне 40 нуклеотидных последовательностей белков, структуру которых выставили на конкурс. Конкурс длился ~2 месяца. Каждые два-три дня приходили новые коды, а решения из лаборатории Наномир выставлялись на сервер CASP. Вот копия базы данных, в которой наша лаборатория числилась под номером 33

Трагическая ошибка Кушелева. Даже по окончанию ссылки видно, что это база данных CAFASP а вовсе не CASP!

Всё было хорошо до начала подведения итогов конкурса. В день подведения итогов из 33 участников неожиданно исчезло 5, в т.ч. лаборатория Наномир. Как будто мы и не участвовали в конкурсе.

А ведь так и есть! Кушелев хотел участвовать в конкурсе с другими условиями, но коварные организаторы не подчинились Кушелеву!
Если прогноз не будет принят CASP, а сервер разработчик не сможет исправить файл, затем этот прогноз будет удалён из CAFASP.

Кушелев:

Когда я поинтересовался, в чём дело, организатор сообщил, что по техническим причинам не может поставить данные, полученные от лаборатории Наномир на сервер.

Заметим, что по условиям конкурса организаторы и не должны были этого делать! Программа-участник должна была САМА отправить результат на сервер организаторов в требуемом формате.

Кушелев:- Но они же там уже были! - возразил я. На это мне уже ничего не ответили... Вот копия этой переписки:

Переписка на английском
Это прямая ложъ.
Кушелеву сообщили, что необходимо ознакомиться с условиями конкурса, где недвусмысленно напечатано:
Если прогноз не будет принят CASP, а сервер разработчик не сможет исправить файл, затем этот прогноз будет удалена из CAFASP.
Организатор конкурса Leszek просто из сил выбивался, чтобы помочь Кушелеву.
Leszek: У вас есть проблема в том, что есть некоторые технические требования к участию.
Мы не можем запустить все методы сами (я хочу найти время, чтобы сделать это).
Вот почему CAFASP будет сосредоточено только на серверах, которые дадут ответ на автоматизированный запрос посланный нами. Мы хотели бы отправить только аминокислотную последовательность, потому что мы считаем, что структура зависит от этого, а не только на основной последовательности ДНК, но мы могли бы попытаться сделать исключение (не обещаю). Но для этого нужно сервер, чтобы отправить нам ответ в автоматическом режиме.
Проверьте объявление CAFASP и оценка правил (http://www.cs.bgu.ac.il/ ~ dfischer/CAFASP2/evalr.html)
Пожалуйста, прочтите инструкции (!!!): http://www.cs.bgu.ac.il/ ~ dfischer/CAFASP2 / announce3.html (прилагается), формат CASP описано в: http://predictioncenter.llnl. gov/casp4/doc / casp4-format.html (прилагается).
CAFASP это особая дисциплина для серверов. Подводя итоги: вы можете настроить сервер для метода? С наилучшими пожеланиями,Leszek
Но Кушелев решил бороться до конца с правилами конкурса и с его организаторами:

Кушелев: -Мы готовы разместить сервер в вашем распоряжении, но ДНК-последовательность является необходимой в качестве вклада. Не будете ли Вы столь любезны дать нам образец входные данные с ДНК-последовательности, и мы подготовим программу в соответствии с ним на сервере. С наилучшими пожеланиями А. Кушелев.

-Я хотел бы использовать только формат PDB.

-Я считаю, что стандартные вторичные структуры это неправильно, так Я и послал вам только PDB.

-Мы не сделали сервер по техническим причинам, поэтому мы можем принять участие в CAFASP только через электронную почту.

Leszek: Но Вы, наверное, хотите, чтобы ваши предсказания были оценены как-то?
Но ваши результаты не будут оценены, если вы не представите CASP формат прогнозов.

Кушелев : Уважаемый сэр, я не нашел CASP Идентификационный номер нашего сервера. Так что я не знаю, если наши результаты были приняты во внимание. Не будете ли вы так добры, сообщите мне, что этим вопросом. С наилучшими пожеланиями А. Кушелев.

Leszek:Я не смог найти любую CASP отформатированные файлы с вашего сервера. С наилучшими пожеланиями.

Кушелев : Уважаемый сэр, мы направили наши результаты в формате CASP но они были отклонены. Таким образом, мы направили наши результаты только вам. Мы поняли вас, что вы включите наши результаты в базу данных под номером 33 (они находятся в базе данных CAFASP). Буду весьма признателен, если вы проясните ситуацию.

Ничего себе, несчастный Leszek оказывается должен переформатировать результаты Кушелева в нужный формат и разместить врукопашную на сервере!!!
Вообще-то это обязанность конкурсантов!

Кушелев: Уважаемый сэр, мы предсказывали 3D структуру объектов в формат PDB. Как я понял, вы лично вложили результаты в базе CAFASP данные под номером 33.
Я высоко ценю вашу волю, чтобы помочь нам.

Это Кушелев так издевается над одним из организаторов конкурса!

Это для нас очень важно знать, как работает наша программа. С наилучшими пожеланиями А. Кушелев

Напомним, оценке подвергалась вторичная структура!!! И наконец контрольный выстрел в голову Leszek.

Leszek: Вы думаете, 3D структуры или вторичная структура?

Кушелев: 3D-структуры только!

Было бы занятно посмотреть, каково было выражение лица Leszek, когда он прочитал это сообщение. И какие слова он произнёс.

Кушелев: На следующий год в лабораторию Наномир снова пришло приглашение участвовать в конкурсе CASP. Я ответил, что мы будем участвовать при условии, что будут опубликованы наши результаты предыдущего конкурса, где эксперты объяснят, куда делись наши данные. После этого организаторы CASP больше не беспокоят лабораторию Наномир.
И правильно.
А то придётся ещё программу за Кушелева доделывать и на первое место продвигать! А уж объяснить Кушелеву в чём его ошибки может и жизни не хватить.

Конец цитаты.

Кушелев: Переписка с организатором CASP

Подведём итог. Организаторы CASP за 14 лет не обратили внимание на открытие композиционного кода. Все эти годы десятки конкурсантов "бились саблями", когда рядом "лежал пулемёт"

Они и сегодня уничтожают любую информацию о пикотехнологии на форуме ForCASP

Какова же их цель? Зачем десятилетиями биться (и бить десятки исследовательских групп!) головой об стену, когда проблема давно решена?

2012.06.12 01:21:04

А.Ю., зачем сотрясать зря воздух? Принимая участие в конкурсе нужно делать всё самостоятельно: находить нуклеотидные последовательности для задач конкурса (что совсем не сложно), убирать клеш из декодированных структурных шаблонов белков (минимизировать их по энергии системы), загружать pdb. файлы белков на сайте конкурса и др.
Например, Вы с клешем справились? Если да, то Ваши модели я загружу на конкурс. Если нет, то изучайте матчасть .

2012.06.12 10:08:05

Victoria пишет:

Кушелев: При чём тут вообще конкурс? Десятки исследовательских групп десятками лет толкут воду в ступе, когда у них под носом развивается пикотехнология. Это значит, что к науке деятельность всех этих "учёных" не имеет отношения.

Что касается подготовки данных на конкурс, то я этим занимаюсь по мере возможности. Сегодня начинаю делать PDB-файлы белков от 691. Что касается клиринга, то попробуем. Хотя по большому счёту это - пустая трата времени.

Оценивать точность пикотехнологических моделей будут (если вообще будут) по ошибочным гипотезам, поэтому призовое место займёт не тот, кто даст более точные к реальности данные, а тот, кто даст данные, максимально близкие к ошибочным, но официальным представлениям. Победа в таком конкурсе - позор для исследователя

2012.06.12 12:31:55

Пикотехнологические модели конкурсных белков с 691 по 708 (по два вида)

(смотреть через зеркало)

Как стать лидером РСА, ЯМР, нейтронной дифракции ...

25 сентября 2016, 13:00

Пикотехнология белков

ПРОДУКТ

Kushelev пишет:

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5907/126 … 2_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5908/126 … 2_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6205/126 … a_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6104/126 … d_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6204/126 … 3_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6104/126 … 4_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6205/126 … 9_orig.png

Кушелев: Концовка хорошая: ... пикотехнология – это современный, точный и удобный методологический подход в арсенале молекулярной биологии для моделирования пространственной структуры белков, исходя из той информации генома о них, которой располагает сама

ПРОДВИЖЕНИЕ

2012.04.03 23:41:25

Как стать лидером РСА, ЯМР, нейтронной дифракции ...

[03.04.2012 10:57:55] Кушелев Александр Юрьевич: Я могу ежедневно делать по 10 PDB-файлов с координатами атомов белка. Такие файлы кто-то покупает более 1000 штук в год по средней цене 10 000 евро. Но выйти на этот рынок пока не удаётся...
[03.04.2012 10:58:34] Кушелев Александр Юрьевич: Советуют выходит через лаборатории РСА, ЯМР и нейтронной дифракции. "Лидером становится тот, кто предлагает максимально широкий спектр услуг"
[03.04.2012 10:58:57] Кушелев Александр Юрьевич: Если удастся заинтересовать лаборатории, то через них можно попасть на этот рынок
[03.04.2012 10:59:08] Кушелев Александр Юрьевич: Тоже своеобразная интернет-реклама нужна...
[03.04.2012 11:16:57] Кушелев Александр Юрьевич: Интересно, может ли сработать интернет-реклама в случае специфического товара (pdb-файлов) ?
[03.04.2012 11:18:13] Кушелев Александр Юрьевич: Мне советовали сделать прямые рассылки по лабораториями, которые продают свои pdb-файлы и предложить им бесплатно (на первых порах) добавлять к своим ещё и мои pdb-файлы, которые являются дополнительной услугой (бесплатной!)
[03.04.2012 11:18:41] Кушелев Александр Юрьевич: Клиенты через некторое время могут оценить мои pdb-файлы, которые по многим показателям превосходят стандартные
[03.04.2012 11:18:55] Кушелев Александр Юрьевич: После этого может появиться спрос
[03.04.2012 11:20:40] Кушелев Александр Юрьевич: Как реагирует первый клиент, можно посмотреть на форуме лаборатории Наномир
[03.04.2012 11:20:48] Кушелев Александр Юрьевич: Irinaval2012
[03.04.2012 11:28:38] T: pdb - это трехмерные?
[03.04.2012 11:30:01] Кушелев Александр Юрьевич: Это координаты атомов, по которым стандартные браузеры показывают трёхмерные модели молекул
[03.04.2012 11:32:01] T: так, а Вы мне скажите вот что, если я обычный пользователь интернета, но мне нужен белок, как я его буду искать в интернете. Т.е. какие примерные поисковые запросы, чтобы я мог оценить эффективность и востребовыемость
[03.04.2012 11:32:08] T: ?
[03.04.2012 11:46:26] T: просто примерно. А там я уже ма подберу. У меня есть статистика запросов. оценим.
[03.04.2012 11:48:57] Кушелев Александр Юрьевич: Обычному пользователю вряд ли нужны структуры белков. Это нужно фармацевтическим компаниям, биотехнологическим фирмам, генным инженерам, нанотехнологам...
[03.04.2012 11:49:17] Кушелев Александр Юрьевич: Обычные люди не заморачиваются строением белков в частности и структурой материи вообще
[03.04.2012 11:49:35] Кушелев Александр Юрьевич: А для любопытных я сделал это
[03.04.2012 11:50:08] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее:http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm
[03.04.2012 11:51:21] T: Ок, компания , которая ищет лабораторию , которая в свлою очередь делает то, что делаете Вы. Как это компания будет искать информацию?
[03.04.2012 11:52:07] T: Для примера:
Мне нужен фильм?
"скачать фильм"
Нужны окна:
"Пластиковые окна в Москве"
[03.04.2012 11:52:53] T: Сколько наименований у различных белков?
[03.04.2012 11:54:18] Кушелев Александр Юрьевич: Лаборатория РСА (по-английски X-ray)
[03.04.2012 11:54:33] Кушелев Александр Юрьевич: Лаборатория ЯМР (ядерного магнитного резонанса)
[03.04.2012 11:54:44] Кушелев Александр Юрьевич: Лаборатория нейтронной дифракции
[03.04.2012 11:54:59] Кушелев Александр Юрьевич: Вот по этим словам выходят на лаборатории, которые продают файлы PDB
[03.04.2012 11:55:10] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя может и не через интернет...
[03.04.2012 11:55:22] T: А эти лаборатории только PDB занимаются?
[03.04.2012 11:56:03] T: А формат PDB используется только для построений атомов белков или еще для чего?
[03.04.2012 11:56:12] Кушелев Александр Юрьевич: Они берут у заказчика кристаллы белка (нужно месяца 2-3 выращивать кристалл из исследуемого белка), делают рентгенограмму и анализируют
[03.04.2012 11:56:47] Кушелев Александр Юрьевич: По результатам анализа создают pdb-файл, который имеет реальную точность от 5 до 500 ангстрем
[03.04.2012 11:57:15] Кушелев Александр Юрьевич: Мой файл имеет точность в ~1000 раз выше, но не для всех белков
[03.04.2012 11:57:39] Кушелев Александр Юрьевич: Форма PDB для белков используется точно, а для чего ещё, я не в курсе
[03.04.2012 11:58:50] T: Просто , если для только для белков, то употребление "PDB" в любом поисковом запросе будет означать, что это потенциальный клиент
[03.04.2012 12:00:12] T: Ну не однозначно, конечно. Может человек ищет компанию с таким названием
[03.04.2012 12:00:13] Кушелев Александр Юрьевич: Понятно
[03.04.2012 12:01:47] T: А что за программа генерирует этот PDB файл?
[03.04.2012 12:02:04] Кушелев Александр Юрьевич: Я делаю с помощью программы pdb-файлы, которые точнее стандартных, но стандартные всё же дополняют мои, т.к. я моделирую только рибосому, а рентген просвечивает белки, которые могут модифицироваться после сборки рибосомой. Поэтому хотя у них и хуже качество, зато есть дополнительная информация о постобработке.
[03.04.2012 12:02:15 | Изменены 12:02:21] Кушелев Александр Юрьевич: Моя программа "Пикотехнология"
[03.04.2012 12:02:49] Кушелев Александр Юрьевич: Сделано несколько версий, и будет сделано ещё, т.к. "нет предела совершенству"
[03.04.2012 12:03:46] T: ну как я и предполагал - не однозначно.
"pdb *.PalmDOC (он же — PDB и AportisDoc). Еще один популярный Palm-формат. Его нормально воспринимает большинство программ для чтения электронных книг. Но при этом степень сжатия гораздо ниже, чем у iSilo.PDB, а графика не поддерживается вовсе. "
[03.04.2012 12:04:48] Кушелев Александр Юрьевич: Это другой формат
[03.04.2012 12:04:54] Кушелев Александр Юрьевич: Название совпало
[03.04.2012 12:05:03] Кушелев Александр Юрьевич: Вот биологический:
[03.04.2012 12:05:08] T: Назовите любой белок, хотя я не понимаю о чем говорю. Белок - это часть элемента. Т.е. есть например белок сульфадонатрихлора.
[03.04.2012 12:06:12] Кушелев Александр Юрьевич: Его можно смотреть в текстовом формате
[03.04.2012 12:06:18] Кушелев Александр Юрьевич: редакторе
[03.04.2012 12:06:55] Кушелев Александр Юрьевич: А этот файл сделан моей программой
[03.04.2012 12:07:45] T: так, значит вот название "Bacteroides thetaiotaomicron"?
[03.04.2012 12:08:29] Кушелев Александр Юрьевич: Это название белка, а расширение файла pdb
[03.04.2012 12:09:12] Кушелев Александр Юрьевич: В банке белковых структур, Protein Data Base (PDB) находятся ~80 000 файлов PDB с координатами атомов белковых молекул
[03.04.2012 12:09:26] Кушелев Александр Юрьевич: Но это уже "б/у" файлы
[03.04.2012 12:09:35] Кушелев Александр Юрьевич: За них уже уплачено в среднем по 10 000 евро
[03.04.2012 12:09:53] Кушелев Александр Юрьевич: А каждый год заказчики платят за несколько тысяч новых таких файлов
[03.04.2012 12:10:03] T: да, я понял. А сколько существует известных названий белков, в мире
[03.04.2012 12:10:15] T: ой
[03.04.2012 12:10:21] Кушелев Александр Юрьевич: В человеке по современным оценкам около 5 000 000 разных белков
[03.04.2012 12:10:22] T: вы же написали уже
[03.04.2012 12:10:36] Кушелев Александр Юрьевич: И моя программа практически все их может показать за неделю
[03.04.2012 12:10:51] T: Хм, это очень интересно
[03.04.2012 12:10:55] Кушелев Александр Юрьевич: А рентген может показать только 3%, т.к. остальные 97 не кристаллизуются
[03.04.2012 12:11:16] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому моя программа может как бы в 30 раз больше рентгеновской лаборатории
[03.04.2012 12:11:21] Кушелев Александр Юрьевич: по количеству белков
[03.04.2012 12:11:31] Кушелев Александр Юрьевич: И в ~1000 раз лучше по точности
[03.04.2012 12:11:42] Кушелев Александр Юрьевич: Но только те белки, которые не дорабатываются после сборки
[03.04.2012 12:11:50] Кушелев Александр Юрьевич: Доработку я пока смоделировать не могу
[03.04.2012 12:12:05] Кушелев Александр Юрьевич: Но вручную некоторые доработки можно смоделировать
[03.04.2012 12:12:09] T: ок, а будут вопросы по качеству, т.е. они наверно не поймут почему вы сможете делать с помощью программы то, что делаю на данный момент рентгеном?
[03.04.2012 12:12:22] Кушелев Александр Юрьевич: Это я сейчас и предлагаю первому заказчику Irinaval2012
[03.04.2012 12:13:02] Кушелев Александр Юрьевич: Я несколько лет назад встречался с руководителями трёх лабораторий РСА (рентгено-структурного анализа)
[03.04.2012 12:13:13] Кушелев Александр Юрьевич: Сначала на меня смотрели дикими глазами и говорили:
[03.04.2012 12:13:52] Кушелев Александр Юрьевич: Как же так? У Вас программа показывает спиральные участки с ошибкой до 5 аминокислотных остатков! Рентген не может ошибиться даже на 1
[03.04.2012 12:14:19] Кушелев Александр Юрьевич: Я им объясняю, что ошибка на 1 атом (типовая для рентгена) может означать, что мы перескочили на соседний атом
[03.04.2012 12:14:22] Кушелев Александр Юрьевич: -Ну да...
[03.04.2012 12:14:35] Кушелев Александр Юрьевич: А соседний атом может принадлежать соседнему аминокислотному остатку
[03.04.2012 12:14:36] Кушелев Александр Юрьевич: -Да
[03.04.2012 12:14:48] Кушелев Александр Юрьевич: А соседний остаток может принадлежать соседнему витку альфа-спирали
[03.04.2012 12:14:50] Кушелев Александр Юрьевич: -Верно
[03.04.2012 12:15:08] Кушелев Александр Юрьевич: Вот Вам и ошибка на 5 остатков (если спираль развернуть в цепочку)
[03.04.2012 12:15:11] Кушелев Александр Юрьевич: -Ну надо же...
[03.04.2012 12:15:19] Кушелев Александр Юрьевич: И так реагировали во всех трёх лабораториях
[03.04.2012 12:15:31] T: Тогда все понятно
[03.04.2012 12:15:34] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда у меня ещё не было настроенной программы
[03.04.2012 12:15:41] Кушелев Александр Юрьевич: А сейчас ситуация изменилась
[03.04.2012 12:15:47] Кушелев Александр Юрьевич: Я могу делать pdb-файлы
[03.04.2012 12:16:11] Кушелев Александр Юрьевич: Вот и надо бы их предложить лабораториям, чтобы они могли своим клиентам дать более широкий спектр услуг
[03.04.2012 12:16:17] Кушелев Александр Юрьевич: Наши файлы дополняют друг друга
[03.04.2012 12:16:45] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть мои файлы "весят" 90%, а их 10%, но на первых порах я готов их делать бесплатно
[03.04.2012 12:16:55] T: т.е. потенциальные коиенты - лабратории, а не прямые заказчики.
[03.04.2012 12:17:09] Кушелев Александр Юрьевич: А когда клиенты разберутся, "кто есть Who", тогда можно и рыночные цены установить
[03.04.2012 12:17:27] Кушелев Александр Юрьевич: Клиенты - заказчики, но на них быстрее выйти через лаборатории
[03.04.2012 12:17:38] Кушелев Александр Юрьевич: Ведь связи с лабораториями у них уже установлены
[03.04.2012 12:17:45] Кушелев Александр Юрьевич: Лабораторий гораздо меньше, чем клиентов
[03.04.2012 12:17:55] Кушелев Александр Юрьевич: Их легче "обойти и убедить"
[03.04.2012 12:18:24] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть лаборатории выступят "менеджерами" со своими клиентскими базами
[03.04.2012 12:18:44] Кушелев Александр Юрьевич: Клиентские базы собираются десятилетиями
[03.04.2012 12:19:48] T: ну не скажите. Лабратории это Ваши прямые конкуренты. Они же понимают по сути, что Вы их вытесните
[03.04.2012 12:20:00] T: А это их "бизнес".
[03.04.2012 12:21:14] Кушелев Александр Юрьевич: Вряд ли они так решат. Дело в том, что мы друг друга дополняем, поэтому с одной стороны я их не вытесню до конца, а главное, что та лаборатория, которая будет предлагать расширенный спектр услуг, обойдёт своих конкурентов и сможет делить гораздо бОльшую прибыль со мной
[03.04.2012 12:21:22] Кушелев Александр Юрьевич: Я же не жадный
[03.04.2012 12:21:48] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому те, кто согласятся со мной сотрудничать вырвутся в лидеры и умножат свои доходы однозначно
[03.04.2012 12:21:58] Кушелев Александр Юрьевич: А недоверчивые могут закрепить свои права нотариально
[03.04.2012 12:22:44] T: Это все так, но Вы не учитываете, что "лень" о которой Мы ранее говорили и здесь присутствует - никто ничего не хочет менять, только, если на этом можно заработать
[03.04.2012 12:23:22] Кушелев Александр Юрьевич: Так объяснить, что они смогут работать меньше (лень же!), а получать в десятки раз больше
[03.04.2012 12:23:37] T: Конечно, можно предложить им сотрудничество, но Вы это уже делали же
[03.04.2012 12:23:52] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно, откликнутся из 100 лабораторий 1...5, но этого будет вполне достаточно для выхода на рынок
[03.04.2012 12:24:14] Кушелев Александр Юрьевич: Я этого ещё не делал, т.к. не было программы, которая делает pdb-файлы
[03.04.2012 12:24:47] Кушелев Александр Юрьевич: Они тогда (несколько лет назад) поняли, но продавать было нечего. А теперь тех людей уже нет. Кто на пенсию ушёл, кто уволился, нужно с нуля начинать
[03.04.2012 12:27:42] T: Вот всегда настаиваю на самостоятельном видЕнии бизнеса. Т.е. я за открыть лабораторию и искать прямых клиентов. И пусть уже "перекупщики", а именно так их и следует называть - будут прикреплять свои 10% к Вашим 90% и это будет справедливо.
[03.04.2012 12:27:49] Кушелев Александр Юрьевич: И может быть интернет поможет это сделать быстрее и лучше
[03.04.2012 12:27:57] T: Конечно же деньги...
[03.04.2012 12:28:39] Кушелев Александр Юрьевич: Делать свою лабораторию - можно время упустить
[03.04.2012 12:28:53] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть они начнут, а как деньги пойдут, так и сделать лабораторию и т.д.
[03.04.2012 12:29:16] T: А могут идею украсть?
[03.04.2012 12:29:19] Кушелев Александр Юрьевич: Они-то сегодня продают. Я сегодня могу 10 файлов по 10 000 евро делать
[03.04.2012 12:29:31] Кушелев Александр Юрьевич: Эту идею украсть очнь сложно
[03.04.2012 12:29:41] T: А патентовать?
[03.04.2012 12:29:44] Кушелев Александр Юрьевич: Дело в том, что я каждый месяц могу модифицировать программу
[03.04.2012 12:29:57] Кушелев Александр Юрьевич: Она будет выдавать всё более качественные файлы
[03.04.2012 12:30:33] Кушелев Александр Юрьевич: Может получиться как с аудио-форматами: Вы купили CD? Теперь купите то же самое на DVD
[03.04.2012 12:30:47] Кушелев Александр Юрьевич: Одни и те же белки можно будет каждый месяц делать всё точнее
[03.04.2012 12:30:52] Кушелев Александр Юрьевич: А их 5 000 000
[03.04.2012 12:31:02] Кушелев Александр Юрьевич: А сегодня сделано только 80 000
[03.04.2012 12:31:30] Кушелев Александр Юрьевич: Вот покупает клиент стандантный PDB-файл
[03.04.2012 12:31:36] Кушелев Александр Юрьевич: А к нему приложен мой
[03.04.2012 12:31:37] T: Так ок, объясните, кто заказывает в лобраториях эти белки?
[03.04.2012 12:31:55] T: для чего
[03.04.2012 12:32:09] Кушелев Александр Юрьевич: Белки заказываю фармацевтические компании, биотехнологические, нанотехнологические, генно-инженерные
[03.04.2012 12:32:26] Кушелев Александр Юрьевич: Для создания новых лекарств, продуктов питания (в т.ч. ГМО), и т.д.
[03.04.2012 12:32:36] T: понятно
[03.04.2012 12:32:49] Кушелев Александр Юрьевич: Клиент видит, что мой PDB-файл - это 90%
[03.04.2012 12:32:54] Кушелев Александр Юрьевич: Это уже хорошо
[03.04.2012 12:33:13] T: ну при условии, что там будут ваши контактные данные
[03.04.2012 12:33:29] Кушелев Александр Юрьевич: Потом он читает, что его белки, которые не может определить лаборатория РСА, могу определить я, т.е. 97% заказов могу выполнить только я
[03.04.2012 12:33:49] Кушелев Александр Юрьевич: Контактные данные можно замаскировать
[03.04.2012 12:33:59] T: каким образом?
[03.04.2012 12:34:18] Кушелев Александр Юрьевич: Достаточно написать такие слова, как пикотехнология, пикотехнологическая модель, и Яндекс сразу выведет на мой сайт
[03.04.2012 12:34:26] Кушелев Александр Юрьевич: Попробуйте набрать "Пикотехнология"
[03.04.2012 12:34:54] Кушелев Александр Юрьевич: А это слово можно использовать в описании файла
[03.04.2012 12:35:02] T: ну да, как бренд
[03.04.2012 12:35:03] Кушелев Александр Юрьевич: Внутри PDB-ФАЙЛА
[03.04.2012 12:35:07] T: угу
[03.04.2012 12:35:24] T: пикотехнологическая модель
[03.04.2012 12:35:48] Кушелев Александр Юрьевич: Заказчики могут и сегодня знать про меня, но не решаться
[03.04.2012 12:36:08] Кушелев Александр Юрьевич: А если им мои файлы предложат в лаборатории РСА, то это будет совсем другой "компот"
[03.04.2012 12:36:43] T: так, ок. Как я понял - задача найти все вышеописанные лаборатории.
[03.04.2012 12:36:56] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, у меня уже несколько недель висит на форуме тема
[03.04.2012 12:37:16] Кушелев Александр Юрьевич: Но форум-то потенциальные заказчики не находят...
[03.04.2012 12:37:17] T: И донести до них посредством интернета о пикотехнологии
[03.04.2012 12:37:28] Кушелев Александр Юрьевич: Вам виднее, как это сделать
[03.04.2012 12:37:32] Кушелев Александр Юрьевич: У меня не получается...
[03.04.2012 12:37:50] T: так, а что Вы уже пробывали?
[03.04.2012 12:38:10] Кушелев Александр Юрьевич: Мне говорили, что если письмо приходит не с университетского (американского!) сервера, то его сразу в мусорку кидают
[03.04.2012 12:38:32] Кушелев Александр Юрьевич: Я делал попытки рассылать письма, но ответов нет вообще
[03.04.2012 12:38:37] Кушелев Александр Юрьевич: Как в мусорку...
[03.04.2012 12:38:48] Кушелев Александр Юрьевич: Не с того сервера...
[03.04.2012 12:39:05] Кушелев Александр Юрьевич: Сказали, что нужно через университетский американский сервер
[03.04.2012 12:39:12] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда письма прочтут
[03.04.2012 12:39:23] Кушелев Александр Юрьевич: И может быть несколько процентов лабораторий отреагируют
[03.04.2012 12:39:39] T: А где он такой есть, и кто имеет доступ в него?
[03.04.2012 12:39:49] T: Или просто можно американский сервер
[03.04.2012 12:39:53] Кушелев Александр Юрьевич: Тут, как разжигание костра. Достаточно, чтобы одна веточка из 100 загорелась
[03.04.2012 12:40:07] Кушелев Александр Юрьевич: Не просто американский, а университетский!
[03.04.2012 12:40:15] Кушелев Александр Юрьевич: Надо там знакомых иметь
[03.04.2012 12:40:27] Кушелев Александр Юрьевич: У меня есть знакомый, но у него так руки и не дошли
[03.04.2012 12:40:34] T: так, Университет в Америке - любой?
[03.04.2012 12:40:44] T: или конкретный
[03.04.2012 12:40:56] Кушелев Александр Юрьевич: Где занимаются нанотехнологией и структурами белков
[03.04.2012 12:41:04] Кушелев Александр Юрьевич: Иначе лажа выйдет
[03.04.2012 12:41:30] T: так, если вариант не со знакомыми
[03.04.2012 12:41:42] Кушелев Александр Юрьевич: Я не представляю...
[03.04.2012 12:42:04] T: Нет, ну я представляю, только вот нельзя так
[03.04.2012 12:42:17] Кушелев Александр Юрьевич: Системные программисты могут просто подставить обратный адрес нужного университета
[03.04.2012 12:42:19] Кушелев Александр Юрьевич: Я так не умею
[03.04.2012 12:42:34] T: ну это понятно
[03.04.2012 12:42:38] Кушелев Александр Юрьевич: Почему нельзя?
[03.04.2012 12:42:49] T: мы именами светим
[03.04.2012 12:43:07] T: представляете приходит письмо от того, кто это письмо не отправлял
[03.04.2012 12:43:16] Кушелев Александр Юрьевич: Надо чтобы по обратному адресу письмо к нам пришло, а не куда-то
[03.04.2012 12:43:18] T: и подпись "наномир"
[03.04.2012 12:43:41] Кушелев Александр Юрьевич: Это - не проблема
[03.04.2012 12:44:31] Кушелев Александр Юрьевич: Можно в письме в конце объяснить, что мы послали письмо из университета, будучи там проездом, а обратное письмо отправляйте нам в лабораторию
[03.04.2012 12:44:59] Кушелев Александр Юрьевич: Университетский адрес - формальность, чтобы письмо начали читать
[03.04.2012 12:45:07] T: думаю, что можно так. Зарегестрировать доменное имя в зоне com. Сделать грамотную сайт-визитку на англ языке.
[03.04.2012 12:45:30] Кушелев Александр Юрьевич: А если уже начнут читать, то кто-то поймёт, что ему предлагают дело, и начнётся деловая переписка
[03.04.2012 12:46:19] Кушелев Александр Юрьевич: Мне объяснили, что существуют фильтры, которые пропускают письма только с униветситетских серверов или адресов.
[03.04.2012 12:46:35] Кушелев Александр Юрьевич: Нам не с людьми нужно бороться, а с фильтрами
[03.04.2012 12:46:45] Кушелев Александр Юрьевич: Если люди письмо прочтут, то дело будет сделано
[03.04.2012 12:46:56] T: Ну так фильтры обойти можно
[03.04.2012 12:47:02] Кушелев Александр Юрьевич: Главное, чтобы письма дошли до человеческих глаз
[03.04.2012 12:47:07] Кушелев Александр Юрьевич: Я об этом и говорю
[03.04.2012 12:47:25] Кушелев Александр Юрьевич: Но я не знаю, как эти фильтры работают
[03.04.2012 12:47:29] T: дойдут. А на анг языке нужно письмо?
[03.04.2012 12:47:36] Кушелев Александр Юрьевич: Может быть там IP имеет значение
[03.04.2012 12:47:43] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно на английском
[03.04.2012 12:47:50] T: может и так, но на это тоже есть решение
[03.04.2012 12:47:56] Кушелев Александр Юрьевич: Англичане и американцы по русски не читают
[03.04.2012 12:48:19] Кушелев Александр Юрьевич: А русские за pdb-файлы не платят
[03.04.2012 12:48:34] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя может и платят...
[03.04.2012 12:48:37] T: вот до меня сейчас только дошло, что лаборатории все заграничные.
[03.04.2012 12:48:56] Кушелев Александр Юрьевич: Там уровень цен другой
[03.04.2012 12:49:08] Кушелев Александр Юрьевич: А в России всё в застое...
[03.04.2012 12:49:18] T: Письмо отправим
[03.04.2012 12:49:25] T: нужен текст, и грамотно перевести
[03.04.2012 12:49:33] Кушелев Александр Юрьевич: Зато российские заказчики могут по-русски писать и создавать рекламу
[03.04.2012 12:49:51] Кушелев Александр Юрьевич: Текст лучше напишет Виктория Соколик
[03.04.2012 12:49:57] Кушелев Александр Юрьевич: У неё больше 100 научных трудов
[03.04.2012 12:50:13] Кушелев Александр Юрьевич: Она уже писала коротенький. Сейчас попробую найти
[03.04.2012 12:51:08] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.

Первые 10 заказов -- бесплатно . Цена следующих заказов -- договорная.
[03.04.2012 12:51:22] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее:http://nanoworld88.narod.ru/data/288.htm
[03.04.2012 12:51:24] T: с обоснованием реальности метода
[03.04.2012 12:51:37] Кушелев Александр Юрьевич: В этом выпуске рассылки наша свежая статья с Викторией
[03.04.2012 12:52:17] Кушелев Александр Юрьевич: Обоснование тут непростое.. Заказчики сами должны "пощупать", сравнить и понять
[03.04.2012 12:52:29] Кушелев Александр Юрьевич: Для этого предлагается сделать пробные бесплатные заказы
[03.04.2012 12:52:44] Кушелев Александр Юрьевич: Очень быстро распробуют и начнут заказывать массово
[03.04.2012 12:52:47] Кушелев Александр Юрьевич: Главное - начать
[03.04.2012 12:53:29] T: ок, на какие адреса отправлять надо письмо
[03.04.2012 12:53:43] Кушелев Александр Юрьевич: Если бы я знал...
[03.04.2012 12:54:51] Кушелев Александр Юрьевич: Мне советовали в первую очередь выходить на коммерческие структуры, т.к. университеты заказывают файлы только у госбюджетных лабораторий и не идут на контакты с коммерческими структурами
[03.04.2012 12:55:08] Кушелев Александр Юрьевич: Мы для них - коммерческая структура
[03.04.2012 12:55:49] Кушелев Александр Юрьевич: А войти в государственную программу - уйдёт много лет
[03.04.2012 12:56:56] T: сложно
[03.04.2012 12:57:10] T: надо поразмыслить
[03.04.2012 12:57:40] Кушелев Александр Юрьевич: Да...

http://nanoworld88.narod.ru/data/280.htm

Участвуем в международном конкурсе определения структуры белка CASP10

Напомню, что в 1998-ом году я предложил организаторам конкурса CASP новый стандарт представления белковых структур, т.к. старый стандарт позволяет лишь различать "спираль"/"не спираль". Это слишком грубо, не позволяет даже теоретически отличать структуры, которые не являются прямой альфа-спиралью. Организаторы CASP отклонили моё предложение в 1998-ом году. В 2011 году я открыл тему "New CASP standard" на форуме FORCASP

В обсуждении приняло участие 5 специалистов, но администрация CASP через месяц приняла решение уничтожить тему, т.е. сообщения всех участников из разных стран, поэтому нам придется участвовать в конкурсе в рамках устаревшего стандарта, что дает дополнительные возможности для злоупотреблений руководству CASP. Напомню, что в 1998-ом году накануне подведения итогов конкурса 5 лабораторий из 33 неожиданно исчезли из списка участников вместе с их данными, которые накапливались на сервере около полутора месяцев. Вот копия оригинальной таблицы участников 1998 года

Сегодня на сайте CASP можно видеть другую таблицу: http://predictioncenter.org/casp3/stats/statistics.html

В ней Вы не найдёте ни данных, полученных организаторами CASP от лаборатории Наномир, ни даже упоминания об участии лаборатории Наномир в CASP3. Поэтому мы должны быть готовы к "двойным стандартам" и в 2012-ом году. На этот раз на сайте CASP не показан даже список участников конкурса, что открывает полный простор для злоупотреблений.

Victoria: Я нашла только список серверов с таблицей результатов:

Каждый участник конкурса может видеть только собственные данные:

Если Вы участвуете в конкурсе CASP10, то о Вас никто из участников не знает. И Вы знаете только число участников, но не знаете, кто же участвует в конкурсе вместе с Вами? При такой организации можно любому участнику сказать всё, что угодно, например, "Очень жаль, но Вам не повезло... Снимите с него шкуру!" (из мультфильма "Алёша Попович и Тугарин Змей")

Участники могут видеть таблицу входных данных для моделирования. Это - конкурсные аминокислотные последовательности фрагментов белков. Для защиты от произвола организаторов CASP мы решили публиковать наши данные, а именно конкурсные pdb-файлы.

FT CDS 1..549

gggcatgttc ttcaattaga gtccgcatcc gacaaggcgc actatattct atctaaagat ggtaacagga ataactggta cattggtaga gggtcagata acaacaatga ctgtaccttc cactcctatg tacatggtac gaccttaaca ctcaagcagg actatgcagt agttaacaaa cacttccacg taggtcaggc cgttgtggcc actgatggta atattcaagg tactaagtgg ggaggtaaat ggctggatgc ttacctacgt gacagcttcg ttgcgaagtc caaggcgtgg actcaggtgt ggtctggtag tgctggcggt ggggtaagtg tgactgtttc acaggatctc cgcttccgca atatctggat taagtgtgcc aacaactctt ggaacttctt ccgtactggc cccgatggaa tctacttcat agcctctgat ggtggatggt tacgattcca aatacactcc aacggtctcg gattcaagaa tattgcagac agtcgttcag tacctaatgc aatcatggtg gagaacgag

R 0001: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/R0001.pdb

pdb-файл целого белка

Следующее конкурсное задание, R 0005:

Пикотехнологическая модель

Два кадра анимации высокого качества (4000х3000)

Конкурсный фрагмент белка R 0005 (PyMOL, mesh)

R 0005 (pdb-файл целого белка)

Victoria: Так моя программа TSP показывает R0005

R 0005 в программе RasTop

Подробнее см. на форуме лаборатории Наномир.

Victoria: Мне удалось найти нуклеотидную последовательность для R0006:

FT CDS 1..588

ATGTTAAAAC AACTACTGAC CGTCGTACTG CTGGCAATCT GCCTCATTAA CGTACAGGCG CAGCAACTGA CTCCTCCCGC CGGAACTTTC CGTCTGGGTA TATCGAAAGG AACCGACAGT CATTGGCTGG CTCCTCAGGA AAAAGTGAAA GGAATCGCTT TCCGGTGGAA AGCCCTGCCG GATACCCGCG GCTTTATTCT CGAAGTAGCG GTCACCTCCT TGCAGCAGGC CGATACCTTA TTCTGGAGCT TCGGAAACTG TCAGCCGGAC ATGGATATAA ACGTGTTCAG TGTAGAAGGG CAAGCCTTCA CCTGTTATTA TGGTGAAAGT ATGAAACTCC GCACCTTGCA GGCGGTCACT CCCACTGACG ATATCCGTTT GAGTAACGGC CGTCAGGACA AGACTCCCCT CTTGCTTTAT GAATCGGGGA AACGAACAGA CCGTCCTGTC CTCGCAGGGC GCTGCCCGCT CGCAGCAAAC AGTAAACTTT ATTTCTGTTT CTACGAGCAA AATGCACGAG CAGATTATAA TTATTTTATG TTGCCGGATC TTTTTGCAAA GATTGATGAA TCTAAACATA GTAAAAAA

R 0006 (пикотехнологическая модель, 3DS Max)

R0006 (PyMOL, mesh)

Victoria: Программа TSP о белке R0006

R 0006 в программе RasTop

Два кадра анимации высокого качества (4000х3000)

pdb-файл для R 0006

Victoria: R0007 не простой объект ещё и тем, что это изоформа 2 IL-34, а в PDB вся информация только для изоформы 1 этого пептида. Они различаются между собой только единственной аминокислотой (Q), которой нет в 81 позиции в изоформе 1, а значит нет и её кодона в нуклеотидной последовательности. Можно конечно самим вставить любой из двух кодонов глутамина (CAA или CAG), но я переспрошу у организаторов конкурса.

Kushelev: Кушелев: Благодарю! Может быть сразу попросить у них нуклеотидные последовательности всех остальных конкурсных белков? Объяснить, как в прошлый раз, что для нашей программы аминокислотная последовательность - ничто.

Victoria: Вариант1 (САА) нуклеотидной последовательности для R0007:

FT CDS 1..483

AATGAGGAGT GCACTGTCAC GGGTTTTCTG CGGGACAAGC TGCAGTACAG GAGCCGACTT CAGTACATGA AACACTACTT CCCCATCAAC TACAAGATCA GTGTGCCTTA CGAGGGGGTG TTCAGAATCG CCAACGTCAC CAGGCTGCAA AGGGCCCAGG TGAGCGAGCG GGAGCTGCGG TATCTGTGGG TCTTGGTGAG CCTCAGTGCC ACTGAGTCGG TGCAGGACGT GCTGCTCGAG GGCCACCCAT CCTGGAAGTA CCTGCAGGAG GTGCAGACGC TGCTGCTGAA TGTCCAGCAG GGCCTCACGG ATGTGGAGGT CAGCCCCAAG GTGGAATCCG TGTTGTCCCT CTTGAATGCC CCAGGGCCAA ACCTGAAGCT GGTGCGGCCC AAAGCCCTGC TGGACAACTG CTTCCGGGTC ATGGAGCTGC TGTACTGCTC CTGCTGTAAA CAAAGCTCCG TCCTAAACTG GCAGGACTGT GAG

Вариант 2 (САG) нуклеотидной последовательности для R0007:

FT CDS 1..483

AATGAGGAGT GCACTGTCAC GGGTTTTCTG CGGGACAAGC TGCAGTACAG GAGCCGACTT CAGTACATGA AACACTACTT CCCCATCAAC TACAAGATCA GTGTGCCTTA CGAGGGGGTG TTCAGAATCG CCAACGTCAC CAGGCTGCAG AGGGCCCAGG TGAGCGAGCG GGAGCTGCGG TATCTGTGGG TCTTGGTGAG CCTCAGTGCC ACTGAGTCGG TGCAGGACGT GCTGCTCGAG GGCCACCCAT CCTGGAAGTA CCTGCAGGAG GTGCAGACGC TGCTGCTGAA TGTCCAGCAG GGCCTCACGG ATGTGGAGGT CAGCCCCAAG GTGGAATCCG TGTTGTCCCT CTTGAATGCC CCAGGGCCAA ACCTGAAGCT GGTGCGGCCC AAAGCCCTGC TGGACAACTG CTTCCGGGTC ATGGAGCTGC TGTACTGCTC CTGCTGTAAA CAAAGCTCCG TCCTAAACTG GCAGGACTGT GAG

У нас есть ещё время (почти месяц), чтобы найти в инете или уточнить у организаторов каким из кодонов кодируется этот злополучный глутамин во второй изоформе интерлейкина 34 и выбрать нужный вариант для R0007.

В самом крайнем случае есть возможность представить несколько моделей в виде нескольких вариантов файлов PDB, поэтому отправим оба варианта для R0007.

Kushelev: OK! Кстати, вероятно, можно будет по форме модели догадаться, какой из 2 вариантов правильный

Victoria: Загрузила на сайте CASP PDB файл для R0006.

Кушелев: Благодарю!

Сохраняйте, пожалуйста, копии странички после каждой загрузки нового файла. Если у нас будут "все ходы записаны", то в случае, если нас выкинут из списка участников, об этом будем знать не только мы с Вами

Первый вариант (слева) и второй вариант (справа) R0007.

Kushelev: Очевидно, что правильным является первый вариант.

Два кадра анимации высокого качества (4000х3000)

Координаты для pdb-файла R 0007

За развитием событий следите на форуме лаборатории Наномир...

http://nanoworld88.narod.ru/data/282.htm

Продолжаем участвовать в международном конкурсе CASP10

R0008 (PyMOL, mesh)

Victoria: Я ещё раз попросила у CASP нуклеотидные последовательности для их Target:

Ask to send, please, experimenters for me sequences of the nucleotide coding their peptides (R000n).

Our program works by analogy to a ribosome, because it predicts structure only such proteins that are synthesized by a matrix way at determining of its nucleotide sequences. For R0001, R0005, R0006 and R0007 we found this information in GenBank. Nucleotide sequences have not detected at all. Our method it isn’t applicable for the artificial peptides, synthesized by not a matrix way.

To me not to do without nucleotide sequences in yours CASP experiments anyway.

Help, please .

Ждём ответ .

R0008 (384 аминокислотных остатка) (PyMOL, mesh)

Почему нужно ввести новый стандарт представления белковых структур?

Каждые 2 года проводится конкурс определения белковых структур, CASP. В 2012-ом году стартовал

CASP10:http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi

Так выглядит таблица, в которой появляются задания, аминокислотные последовательности белков, структуру которых предстоит определить участникам конкурса. Через некоторое время структура будет определена одним из экспериментальных методов, и можно будет узнать, кто же точнее смог "предсказать" эту структуру?

Результаты работы участников конкурса можно видеть в этой сводной таблице. К сожалению, не все участники отображаются здесь. Те, кто присылает результаты по почте или ставит на сервер CASP в режиме online, в настоящее время не отображаются. На форуме FORCASP несколько участников интересуется, можно ли увидеть общий список участников

Самое точное "предсказание" - это эксперимент. В данном случае модельный эксперимент, который удалось автоматизировать в виде программы "Пикотех". В данном случае Вы видите результат моделирования динамики димера интерлейкина-34 / interleukin-34. На конкурсе CASP10 требуется определить лишь фрагмент структуры мономера.

Автоматизация модельных пикотехнологических экспериментов открывает золотой век пикотехнологии.

Достаточно открыть в программе файл с генетическим кодом белка, и через несколько минут или даже секунд Вы уже видите его структуру на экране Вашего компьютера.

В программе Пикотех можно регулировать уровень детализации модели белка. Например, эта гиперспираль коллагена построена из 14-гранников, символизирующих аминокислотные остатки.

Та же модель коллагеновой спирали, детализированная до уровня электронов.

Программа Пикотех с легкостью определяет структуры шаперонов

гистонных комплексов

и начинает определять структуры ДНК и РНК...

При желании можно детализировать структуру до "путешествия к центру атома"

и даже увидеть тонкую структуру нуклонов! Но это уже не пико-, а фемтотехнология, которая биологам пока не нужна.

Лаборатория Наномир уже не первый раз принимает участие в международном конкурсе CASP. В прошлый раз организаторы конкурса поступили некорректно. Участники конкурса полтора месяца определяли и присылали результаты на конкурс. На сервере были накоплены результаты от 33 участников по 43 структуры

Накануне подведения итогов конкурса данные не сервере внезапно изменились. Число участников неожиданно уменьшилось с 33 до 28. Организаторы объяснили это "техническими причинами", но нетрудно догадаться, что они просто избавились от лишних участников, уничтожив их данные, которые накапливались полтора месяца на сервере международного конкурса.

В 2012-ом году организаторы поступили ещё хитрее. Они вообще скрывают список участников конкурса, чтобы можно было незаметно избавиться от любых участников. Но в век Internet сделать это становится практически невозможно, т.к. каждый участник может опубликовать в Internet свои результаты независимо от желания организаторов конкурса...

Но это лишь "надводная часть айсберга" ...

Ещё в 1998-ом году я предложил организаторам CASP ввести новые стандарты для представления вторичной и третичной структур белка. Дело в том, что используемый стандарт позволят отличать лишь спиральные участки белка от всего остального. Это слишком грубо. Ведь уже известно существование не только альфа-спирали, но и 310-спирали, пи-спирали, бета-спирали и множество специфических участков белка, которые не отражены в стандарте представления данных на конкурсе CASP.

В 1998-ом году организаторы конкурса написали, что рассмотрят моё предложение, но прошло 14 лет, "а воз и ныне там"

Тем не менее лаборатория Наномир снова участвует в конкурсе CASP и публикует собственные данные по мере их поступления. Поэтому все желающие могут следить за развитием событий.

Кстати, а Вы не желаете принять участие в международном конкурсе CASP10 ?

Материал с форума лаборатории Наномир:

Victoria: Silvia Crivelli (LBNL, UC Davis, член CASP с 1998) организует совместную группу, чтобы участвовать в CASP10 и возможно в CASP ROLL, если успеет. Этот совместный эксперимент позволит различным группам или индивидуумам работать над различными компонентами предсказания структуры белка (такими как выравнивание, моделирование петли, выигрыш, и т.д.) таким образом позволяя усилить экспертизу в большем масштабе. Начальная цель состоит в том, чтобы сосредоточиться на задачах. Определенные группы могут участвовать в совместном решении всех задач с самого начала, в то время как другие могут сделать только несколько из них.

Дама стратегически мыслит, сколачивая большую группу с разделением труда для участия в конкурсе CASP ROLL .

Kushelev: Может быть напишем ей, расскажем о пикотехнологии? Нам любые зацепки могут помочь выйти на рынок белковых структур. Если предложит объединить усилия, то почему бы и нет? Главное условие, чтобы наше участие было задокументировано. Всё остальное - мелочи. ... если у нас есть наиболее точные координаты атомов, а у Сильвии есть другие возможности, которых нет у нас, то объединение усилий - это шанс на победу по многим параметрам. Ведь CASP - это всего лишь тактика, а выход на клиентов - часть стратегии...

http://nanoworld88.narod.ru/data/282.htm

Гиперспираль белка M81

Phytophthora infestans (potato late blight agent)

Схема вторичной структуры белка M81 показывает повторяющиеся участки:

"Распущенная" гиперспираль

3,1,1,2,1,2,1,1,1,1,3,2,2,4,1,4,4,1,4,1,4,3,1,1,1,4,4,4,1,1,

Повторяющийся участок композиционного кода.

Разомкнутый виток гиперспирали.

Виток разделён на три гнутых участка альфа-спирали, разделённых гибкими пролинами. В составе альфа- и 310-спиралей пролин менее гибкий, т.к. стабилизирован водородными связями. таким образом мы приходим к выводу, что гиперспираль этого белка близка в сечении к криволинейному треугольнику.

Атом, принадлежащий пролину (Pro22), помечен зелёным цветом. Именно в этом месте нужно согнуть модель белка

Попробуем собрать виток гиперспирали белка в виртуальном пространстве 3DS Max...

Согнём виток гиперспирали белка на пролине 12 и на пролине 22. В результате получается виток вовсе не треугольного, а вполне круглого сечения!

Так выглядит один виток этой необычной гиперспирали белка.

Видео

Модель гиперспирали. Конечно, эта модель имеет разную точность в разных участках, но даёт представление о гиперспирали белка. Более точную модель можно будет построить позже, когда появятся технические возможности...

Эндолизин, да не тот...

Кушелев: Нашёл нуклеотидную последовательность эндолизина, но другого:

FT CDS <8..305

ACTTTGAAGGAAAATATATTACGCAGCAAACTCGCTGCTACTATATCGTACATATCTAGA

CCAGCTCCAACGTACCATTGAAGTTCTTGATTCGCTCATCGAGGATAATGGAGCTCAGAA

CCCAATCACCATCCCGAGACAACTCGCCCTCGAGCCTTTGACCTCCATCAACAAGACGCA

CATTTCGCGCCGAGTTTCCGAATCCACCACCACCTTGGCTACCACCGCCAGGGACCTGGA

GGGTCTGTCCAGGGTAAATCAGGTCAGGGTTGCTAATGTTGTTCTGCCGAGCAATCTCTT

CGAATGAAGTGTTGAATCGGGCAGCAATGCTTCGGAGAGTGTCTCCGTGCTGGACTGTGA

CCTGGGAAGAACCACCGTGATGGCCGCCAGCAGACCAACGGAAGCTTCCTCTATCATTCT

CCAGTAGCTTGTTGAGGGAGATGGATGTGTGCTGGTAGTCG

Эндолизин (PuMOL, mesh)

Уважаемая Виктория! Давайте пошлём этот pdb-файл на конкурс с оговоркой, что это - структура другого эндолизима, нуклеотидную кодирующую последовательность которого нам удалось найти в генбанке. Если организаторы найдут нуклеотидную последовательность конкурсного эндолизина, то они смогут получить и его структуру. А если не смогут, значит "не судьба"...

Администрация форума Molbiol.ru считает международный конкурс CASP темой, недостойной для обсуждения...

Пикотехнологические модели эфира, электрона, атома, фотона, кварка, биомолекул

18 сентября 2016, 13:42

А.Ю.Кушелев точно описал наномир и пикомир - кристаллоподобную шестерёнчаую структуру эфира.

А.Ю.Кушелев описывает кристаллоподобный эфир, который состоит из постоянно "вращающихся шестерёнок", размещёных в кольцегранных структруах.

Это вращение шестерёнок эфира мы можем снимать для своих целей и использовать эту энергию на благо всех (для благотворительной безвозмездной экономики и для негораниченных перемещений в пространстве на гиперсветовых скоростях).

А.Ю.Кушелев уже провёл эксперименты, которые подтверждают корректность этих моделей. И готовит следующую серию экспериментов, приближающих нас к действующей модели рубинового генератора.

Это можно реализовать в ближайшее время.

Волны могут распросраняться только в среде. Волн без среды не бывает. Средой для распространения электромагнитных волн является кристаллоподобный эфир, передающий электромагнитные колебания.

http://nanoworld88.narod.ru/data/016.htm

Модель состоит из толстых и тонких (пружинящих) "колец".

В гексагональном ракурсе видно, что структура связана только через тонкие (пружинящие) кольца. Они изображены двухцветными. Толстые (одноцветные) кольца выполняют роль маятников на пружинах (тонких кольцах).

Структуры пикомира

В нанотехнологической модели электроны "размазаны", а в пикотехнологической модели координаты их центров известны с любой наперёд заданной точностью. Почувствуйте разницу между неопределённостью К"М" и бесконечной точностью классической механики http://nanoworld88.narod.ru/data/216.htm

2016.10.21 17:01:41

Формы, механизмы, энергия наномира.

Alexander Serebryany пишет:

я долго не мог понять как существуют стоячие волны в модели упругого эфира, но АЮ гениально предположил о наличии ДВУХ подрешеток. Это позволяет существовать локальным стоячим волнам, элементарным частицам, фотонам и тп

Кушелев: Вы слегка переоценили мою гениальность. Я не догадался о существовании двух подрешёток эфира. Я изготовил модель эфира из 4000 ковровых колец, прорисовал оси симметрии структуры и заметил, что эти оси не совпадают с осями предполагаемых микроволновых крестодвигателей:

Глядя на исправленный церковный крест, т.е. с тремя ортогональными осями, я исправил модель эфира (многослойной кольчуги) на другую модель, где оси симметрии строго совпадают с исправленной формой церковного креста:

Т.е. я воспользовался модельным экспериментом. Сам я вряд ли догадался бы. "Тут никакой гениальности может не хватить"

Это же относится и к кольцегранным моделям. Я просто делал модельные эксперименты и фиксировал их результаты. Поэтому и совпали модели Огжевальского, Снельсона и Кушелева (с Кожевниковым):

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/104.htm

Грамотное использование научных методов иногда заменяет гениальность

2016.10.21 17:05:52

Alexander Serebryany пишет:

исходя из того что мы наблюдаем поперечные волны - эфир обладает сдвиговой упругостью и никак иначе

Кушелев: Совершенно верно!

Представим себе фигуру Лиссажу не на экране осциллографа, а на сферической поверхности. Из этих фигур можно составлять многогранники. Например, из фигур с осью симметрии третьего порядка можно построить октаэдр. Получится своеобразная модель атома. Что произойдет, если фигура будет вращаться? Получится модель октаэдрического редуктора.

Фигура Кушелева получилась!

Жесткая форма (спираль, навитая на тор) символизирует траекторию распространения электромагнитного луча, образующего кварк. Сходство с фигурами Лиссажу заключается в том, что фигура Кушелева так же динамична, т.е. она "замирает" лишь при кратных частотах вращения по малому и большому кругу. Если частоты не кратны, то фигура "оживает", начиная вращаться точно так же, как фигура Лиссажу.

Первая модель кварка с 16-ричной симметрией нарисована на яблоке (дачная фотка)

Модель нуклона. Разными цветами показаны кварки. Шариками показаны гребни комптоновских электромагнитных волн, образующих кварки.

РИСУНОК

Обратите внимание на вертикальный участок фигуры. Три такие участка смагничиваются между собой, образуя керн адрона.

Области контакта с нашей стороны освещены сильнее

На этой проекции области контакта расположены слева. Хорошо видно, что они находятся на разной высоте

Модель протона. Модели кварков смагничены вдоль оси симметрии.

Розовая и голубая модель кварков образуют "многогранник" из двух "граней"

Представим себе, что каждая прямоугольная грань на этих моделях кварков представляет собой зуб шестеренки, который может двигаться независимо по двум перпендикулярным направлениям. В таком случае эти три шестеренки образуют шестеренчатую передачу с двумя степенями свободы. Обратите внимание на то, что петля каждой из шестерен может сцепляться с петлей этой же шестеренки, но двигаться независимо по двум степеням свободы при таком сцеплении она уже не сможет.

Для сохранения двух степеней свободы нужно заменить каждую трехвитковую шестеренку на соосную пару таких шестерен. При этом они будут крутиться встречно по одной из двух степеней свободы. Шестеренки должны быть упрукими, например, резиновыми.

Более прочной конструкцией из шестерен может получиться пара, одна из шестерен которой обхватывает все петли другой шестерни. Зубья, представляющие собой двумерный орнамент с плаща Святого Николая, показаны лишь на тороидальной шестерне. На сопряженной шестерне орнамент должен являться зеркальным отображением орнамента с тороидальной шестерни.

Октаэдрический редуктор Кушелева - фигура Лиссажу на сферической поверхности

Если тороидальные шестерни разместить по граням октаэдра, то они смогут моделировать электроны (верхний ряд), в то время как сопряженные шестерни будут моделировать силовые линии магнитного поля (средний ряд), связывающие электроны в октаэдр. Модель электронной оболочки, составленная из тороидальных моделей электронов и трехпетлевых моделей силовых линий магнитного поля показаны в нижнем ряду

Пикотехнологическая модель электрона

Пикотехнологическая модель фотона

Кольцевые элементы решёток радиоэфира
http://nanoworld88.narod.ru/data/015.htm

Элементарная ячейка шетирёнчатой модели Кушелева.
Моль эфира Кушелева. Эфир состоит из "шестерёнок", которые упакованы в жёсткие кристаллоподобные структуры и постоянно вращаюся. Эту энергию вращения можно "снимать" с эфира. Строить виманы, делать браслеты для левитации и другое.
Распространение колебаний в кристаллоподобном эфире и есть электромагнитные волны.

Механическая модель эфира из меаллических колечек

Модели электронных оболочек: а) с одним электроном; б) с 2-мя; в) с 8; г) с 18 и д) с 32 электронами.
Кольцевая модель электрона и кольцегранные модели электронных оболочек

18-гранная(!) оболочка в комплексе ферроцена...

В 1951 году Кили и Посоном был получен ферроцен (С5Н5)2Fe (cхема 1).
Это открытие явилось началом развития всей металлоорганической химии переходных металлов и, в частности, обширного класса сэндвичевых соединений (за исследование этого класса соединений в 1973 году Уилкинсон и Фишер получили Нобелевскую премию).

Кушелев: Кольцегранная модель ферроцена объясняет высокую устойчивость этого металлоорганического соединения образованием 18-гранной электронной оболочки и 8 водородных связей между электронами этой оболочки и сопряжёнными системами C5H4- .

При этом правило 18-ти электронов приобретает физический смысл, т.к. речь идёт об образовании 18-гранной электронной оболочки.

Модели молекул

http://nanoworld88.narod.ru/data/316.htm

Молекула пентацена C22H14

Молекула антрацена С14Н10

Молекула нафталина С10Н8

М-динитробензол. Понятно, почему -NO2 не может замещать соседние атомы водорода?

Кушелев: Пикотехнологическая модель гексанитробензола.

Структура коллагена

http://nanoworld88.narod.ru/data/277.htm

http://nanoworld88.narod.ru/data/268.htm

Гексамер инсулина http://nanoworld88.narod.ru/data/276.htm

Оболочка вируса

Kushelev » 11.04.2016, 22:32

Кварк Кушелева

Что такое кварк Кушелева?
-Это сверхлёгкий кварк или кварк нулевого поколения. Всем известный лептон...

Деление на лептоны и кварки не имеет особого смысла, т.к. разные поколения кварков отличаются так же радикально, как лептоны от кварков первого поколения.

Итак, траектория замкнутого волнового пакета в лептоне имеет форму окружности.
Лептоны мы будем называть кварками нулевого поколения.
Кварки первого поколения отличаются дополнительным уровнем структуры. Это уже не окружность, а винтовая спираль на торе или "замкнутая в кольцо пружинка".

Следующее поколение кварков - это уже спираль, навитая на спираль на торе. и т.д.

Модель электрона (кварка нулевого поколения)

Модели кварков первого и второго поколений.

Уточнение структуры кварков по отношению магнитных моментов протона и нейтрона: http://physics-animations.com/newboard/themes/22984.html

Цитата:

Исходные данные.
1. Гипотеза о двухуровневой структуре кварка.
2. Модель: винтовая спираль на торе.
3. Магнитные моменты нейтрона и протона.
4. Гипотеза о пропорциональности магнитного момента
числу витков соответствующей подструктуры (a,b)

Mp = 1.41060761
Mn = 0.96623707

a+b = 1.41060761
a-b = 0.96623707

складываем два уравнения

a = 2.37684468/2= 1.18842234
b = 1.18842234 - 0.96623707 = 0.22218527

a/b = 5.34878995

16/3 = 5.3333333

(a/b)/(16/3) = 1.00289811

Учитывая, что протон и нейтрон трёхкварковые системы,
получаем для кварка a/b = 16, т.е. кварк представляет
собой винтовую спираль на торе, число витков спирали = 16.

Полагая, что постоянная тонкой структуры одинакова для
кварка и электрона получаем число полуволн = 137.036*2/16 =
17.1295

Таким образом, каждая из 16 петель кварка представляет
собой 17-угольник с лишней 0.1295 частью стороны.

За 16 витков набег этого излишка составит (17.1295-17)*16 =
2.072, т.е. практически совпадёт со следующей стороной
первого 17-угольника.

Таким образом, модель 1990 года (винтовая спираль на торе)
конкретизировалась в 16-петлевую спираль из 17-угольников,
причём 16-ый 17-угольник совмещается с первым, поворачиваясь
на две стороны (полуволны).

Черным цветом показаны пучности элекрического поля отрицательной
полярности, а зелёным цветом - положительной.

Модель кварка показывает наличие двумерного резонанса. (274 узла
и пучности комптоновской волны.

Сходящиеся в центре пучности соседних витков противофазны с точностью до 0.1295 части полуволны, т.е. практически взаимно компенсируются.

Малый радиус тороидального кварка = 4 полуволны Комптона
Большой радиус тороидального кварка = 8 полуволн Комптона

По сечению кварка (протона, нейтрона) можно оценить длину волны Комптона для кварка.

В ближайшее время планируется создать компьютерную модель в виде скрипта для 3D-Studio и Flash-модель u- и d-кварков, а также моделей ядер всех элементов таблицы Менделеева (включая все ядерные изомеры)

Компьютерная модель кварка. Вид сверху

Вид в перспективе

Скрипт для 3D Studio

Вид сбоку

Модель ядра хлора

Первая модель кварка с 16-ричной симметрией нарисована на яблоке (дачная фотка)

Kushelev » 13.04.2016, 02:33

Формы, механизмы, энергия наномира.
http://subscribe.ru/catalog/science.news.nanoworldnews

Александр Кушелев: А Вы видели запись крестодвигателя (Microwave Engine, Emdrive) 1992 года? Вы в курсе, что двигатель без реактивной струи испытали в других странах, в т.ч. в США (NASA) ?
Обыватели будут ждать, когда всё сделают без них. Зато потом они оплатят все издержки инвесторов и принесут им сверхприбыли...

Kushelev » 19.04.2016, 18:36

Кварк Кушелева
[11.04.2016 11:27:37] Vorontsov: Александр Юрьевич, Касательно нашего общения по скайпу в субботу 9 апреля 16 г., еще раз хочу прояснить следующие вопросы:
- по вашей гипотезе структура Наномира построена из колец. Вопрос: Из чего состоят кольца?
- по вашей гипотезе протоны представляют из себя деформацию Наномира, а также согласно вашей теории (привожу дословно из вашей работы) "Известно, что у них сложная структура и что они состоят из нуклонов, имеющих строение кварка. По нашим представлениям, кварку соответствует структура, образуемая нитью-фотоном, спирально обвивающей воображаемое кольцо (рис.4). При этом кварки различаются по навивке (U и D). Если поднести к зеркалу модель кварка одного вида (U), мы увидим в нем кварк второго вида (D), причем его поляризация та же, что и у первого - правая."Далее в одной из работ вы представляете фотон как:"фотон - существенно поперечной одиночной волной. Оба процесса являются разными типами волн в кристаллоподобном эфире".
В принципе на основе этого можно сделать логическое заключение о строении протона. Но все-так выглядит слишком замысловато. Можно ли четко сделать опредление строения протона. То что вы объсняли устно нужно было бы заснять на видео и снего пытаться перевести мысли на бумагу. Может сделать в гугле плюсе лекцию по теории.
[11.04.2016 11:38:19] Кушелев Александр Юрьевич: Я ответил на форуме
[11.04.2016 12:32:10] Vorontsov: Состоитл ли эфир 2-го порядка из частиц? И из чего состоят кварки строящие протон?
[11.04.2016 12:44:44] Кушелев Александр Юрьевич: Частицы при ближайшем рассмотрении оказываются системами, состоящими из статических и динамических деформаций более мелкозернистой среды.
[11.04.2016 12:45:23] Кушелев Александр Юрьевич: Кварик, как и электроны, представляют собой системы, состоящие из статических и динамических деформаций эфира Фарадея-Максвелла.
[11.04.2016 12:46:33] Кушелев Александр Юрьевич: Продолжаем на форуме
[11.04.2016 12:46:45] Кушелев Александр Юрьевич: Ответы на Ваши вопросы интересны и другим читателям форума.
[11.04.2016 13:01:00] Vorontsov: Ваш эфир наномир 1-го порядка является ли эфиром Фарадея-Максвела?
У Максевела ведь же эфир - идеальная жилкость.
Что это за понятие мелкозернистая среда. Означает ли зерно в вашем поянтии частицу.
[16.04.2016 10:35:24] Кушелев Александр Юрьевич: Добрый день!
[16.04.2016 10:35:25] Кушелев Александр Юрьевич: Вчера прошёл эксперимент с рубиновым шаром
[18:22:46] Vorontsov: Александр Юрьевич, к теме протона. У Ацюковского это тороидальный кольцевой вихрь из амеров. У вас это тоже вихрь? Если да то привожу вопрос моего знакомого к Ацюковскому. Если в вашей модели протон это тоже тороидальный вихрь, то как бы вы могли на этот вопрос ответить:
Здравствуйте!
В целом отношусь с уважением к работе российских альтернативных физиков.
Гидродинамику сам и зучал, и ваша теория интресна.
У меня появилось несколько вопросов, пока по поводу устойчивости протонов как вихрей.
Речь идет о том что в природе они устойчивы огромные сроки.
Если же мы посмотрим на земые вихри (скажем, от весла в воде, или даже торнадо),
то легко заметить 2 особенности:
а) их маштабы очень различны,
б) время жизни составляет не так много периодов обращения (скажем, 10 в степени 1,2,3).
Протон же дожен в вашей модели жить наверно 10 в n-ой степени секунд , где n 100 или более . т.е. диффузия как
одна из форм движения амеров не должна его разрушать.
Второе - масса протон фиксирована, и даже если и есть разброс, то на %, а не порядки, как в случае вихрей.
Протон у вас как тор движется в вязкой среде из амеров, и какой то обмен амерами дожен происходить посредством диффузии.

Хотеслось бы услышатьваше мнение по данному вопросу.
С уважением, Ю. Егоров, к.ф.-м.н.
[18:28:33] Кушелев Александр Юрьевич: У меня протон не вихрь, а трёхзаходная винтовая спираль на торе. Спираль - это траектория электромагнитной волны с длиной Комптона. То, же, что в электроне, только другая длина.
[18:30:38] Кушелев Александр Юрьевич: Учитывая, что кварк - однозаходная винтовая спираль на торе, а нуклон - трёхзаходная, габаритные размеры нуклонов и кварков одинаковы.
[18:31:15] Кушелев Александр Юрьевич: Подробности о кварках и нуклонах

Проверка Пикотехнологии набирает обороты

18 сентября 2016, 16:11

Пикотехнология белков

Первая версия программы "Пикотех" была создана в 1992 году. Программа для DOS преобразовывала входную последовательность символов (нуклеотидную) в структуру (вторичную) белка в виде последовательности символов псевдографики.

Через 10 лет была создана flash-версия программы "Пикотех", которая отличается фактически лишь цветом:

http://pico.thorbit.nl/nanoworld/20041130/20050216/index4.html

Вчера на форуме "Мембрана / Альтернативное / Формы, механизмы, энергия наномира" была предпринята очередная (вторая по счёту) попытка проверить программу "Пикотех" по инструкции

Результаты проверки.

AID с форума выбрал для проверки этот белок: http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=2FX6

Нуклеотидную последовательность для него он обнаружил в GenBank: http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=nucleotide&cmd=search&term=D38507&doptcmdl=GenBank

Вот какую вторичную структуру выдала программа "Пикотех":

Как Вы думаете, глядя на структуру из PDB и результат работы "Пикотех", правильно ли показана структура белка?

С одной стороны, можно увидеть сходство. В частности, и там, и там, структура белка кончается альфа-спиральным участком (225-243). В средней части белка (174-194) программа "Пикотех" показывает альфа-спираль с двумя изломами. В данных из структурного банка PDB (Protein Data Base) тоже показан альфа-спиральный участок (165-171). Однако заметны и отличия. Например, альфа-спиральный участок (41-56), который показывает программа "Пикотех", в PDB обозначен бета-спиралью. Как это понимать?

По материалам форума:

AID: Итак, программа Кушелева не смогла предсказать независимо выбранный белок...

Кушелев: - Обманывать не надо. Вы выбрали не структуру белка, а гипотезу, которая сама не проверена другими методами. Так что Ваши выводы не просто преждевременны. Они в корне ошибочны. По данным РСА нельзя с определённостью сказать, альфа-спираль или бета-спираль дала тот или иной рефлекс. Структура, с которой Вы сравниваете данные программы "Пикотех", гипотетическая. С гипотезами полного совпадения и не должно быть. Тем не менее, корреляция очевидна.

AID: ... все видят, что Пикотех ничего предсказать не может.

Кушелев: - Наоборот, Ваш материал хорошо подходит для 25-ого номера рассылки "Новости лаборатории Наномир". Глядишь, следующий белок, который Вы найдёте, будет иметь надёжно установленную структуру ;)

Пикотехнология тысячекратно превосходит нанотехнологию

Вообще говоря, непросто проверять пикотехнологию, которая в 1000 раз точнее нанотехнологии методами нанотехнологии. Дело в том, что с помощью рентгеноструктурного анализа (РСА) не удаётся различить даже количество атомов в молекуле.

Пикотехнологические модели: атом нобелия (No), фосфорная кислота (H3PO4), бензол (C6H6), нуклеотид, в состав которого входит азотистое основание (аденин). Подробности в статье "Азбука пикотехнологии"

Например, молекула бензола или азотистое основание ДНК неразличимы между собой на рентгенограммах. Их структуры могут быть определены лишь другими методами... Неслучайно структура белка, которую AID сравнивал со структурой, полученной с помощью программы "Пикотех", начинается с 20-ого аминокислотного остатка. Первые 20 аминокислотных остатков РСА вообще "не видит"...

Пикотехнологическая модель аминокислотного остатка. Следующий остаток присоединяется треугольником входа АВС к треугольнику выхода DEF предыдущего остатка одним из трёх вариантов, закодированным таблицей композиционного генетического кода.

Повторение альфа-кода (для остатка глицина) -ggc-ggc-ggc- приводит к синтезу альфа-спирали

Повторение бета-кода (для остатка глицина) -gga-gga-gga- приводит к синтезу бета-спирали. Поворот бета-спирали на 180 градусов с образованием бета-слоя осуществляется последовательностью кодов (для остатков глицина) -ggc-ggt-ggc-

Даже без учёта физики, т.е. используя только геометрический алгоритм, можно получить, например, трёхмерную модель фрагмента белка лизоцима, где цикл из 22 аминокислотных остатков замыкается через дисульфидный мостик (показан жёлтым цветом). Вероятность случайного замыкания мостика равна 1/3^22, т.е. одна тридцатимиллиардная!

В настоящее время создаётся новая версия программы "Пикотехнология"

Желающие могут скачать скрипт "Пикотехнология" для 3D Studio

Каков ожидаемый экономический эффект от пикотехнологии белков и пикотехнологии вообще?

Часть этого эффекта можно оценить очень просто. За каждую структуру белка, полученную методом РСА, заказчики в среднем платят по 10 000 USD. В состав человека по последним данным входит 80 -100 тысяч разновидностей белковых молекул. Общее число разных белков биосферы оценивается в 5 миллионов.

Структуры большинства белков в настоящее время неизвестны. Это связано не только с тем, что большинство белков не кристаллизуется, что является необходимым условием для РСА. Даже структуры белков, которые исследованы методом РСА, в действительности определены лишь частично, часто с низким уровнем достоверности.

Если допустить, что стоимость определения даже некристаллизующихся белков составляет в среднем 10 000 USD, то 100 000 структур обойдётся заказчику в миллиард USD, а 5 миллионов структур - 50 миллиардов USD. На самом деле экономический эффект от пикотехнологии трудно переоценить, т.к. точность пикотехнологии на три порядка больше, чем точность нанотехнологии, следовательно экономический эффект от пикотехнологии будет как минимум в тысячу раз больше, чем от нанотехнологии. А в нанотехнологию уже вложены сотни миллиардов USD. Так что считайте сами ...

Механизм биологической активности подтверждён экспериментально

17 сентября 2016, 17:18

Вращение пластмассовой модели ДНК на видео.

Другие модели (АТФ, тРНК, суперспираль ДНК...)

Цитата: В ходе экспериментов ученые заметили, что двойная спираль ДНК способна обнаруживать на существенном по молекулярным меркам расстоянии похожие отрезки другой молекулы. В настоящее время наука не может объяснить природу данного феномена.

Иногда, в подобных ситуациях, ДНК способно идентифицировать «чужака» и даже собирать биты генетической информации с родственной молекулы. Способность к распознанию соседки происходит в ДНК на химическом уровне, однако пока не может быть объяснено наукой – в рамках классической химии данный процесс просто невозможен.

Тем не менее, процесс обмена генетической информацией выявлен очень четко и доподлинно известно, что происходит он без физического контакта и обмена протеинами. Двойная спираль ДНК действительно может распознавать определенные молекулы на расстоянии и собирать их вместе без помощи каких-либо других молекул или химических сигналов.

Во время опытов, помеченные флуорисцентным пигментом цепочки ДНК были помещены в водную среду, не содержащую протеинов или других материалов, с которыми они могли бы вступать в химическую связь. Спирали с одинаковой нуклеиновой последовательностью начинали собираться попарно в различном порядке. Как отдельные спирали ДНК общаются друг с другом на расстоянии – никто сказать не может, но то, что он это делают не вызывает сомнений.

«Невероятно, но неизвестные силы, необходимые для взаимного распознания, могут преодолевать под водой расстояние в один нанометр и достигать поверхности ближайшей ДНК», — рассказывают участники исследовательской группы, в которую входят представители России и США.

Обнаруженный феномен может быть использован для повышения аккуратности и эффективности различных манипуляций с генетическим материалом, такими как изучение способности ДНК к самовосстановлению, эволюции и созданию новых комбинаций. Кроме того, исследователи могут больше узнать о генетических ошибках и сбоях, которые служат причиной старения, рака и некоторых других заболеваний. Конец цитаты.

Комментарий Александра Кушелева:

Для лучшего понимания механизма биологической активности необходимо начать с азбуки пикотехнологии. Если Вам удалось усвоить азбуку, то дальнейшие рассуждения будет понять значительно легче.

В 1999 году мне удалось догадаться, как устроен механизм биологической активности.

Цитата:

Перебирая вторую тысячу белковых структур из Брукхэвенского банка, я обратил внимание на часто повторяющийся участок в различных белках.

Этот участок состоит из порфиринового кольца (активный центр гемоглобина, хлорофилла и пр.), сопряженной молекулы, присоединенной к центральному атому порфиринового кольца (в дальнейшем ПК), и различных мелких молекул, присоединенных к тому же центру с другой стороны ПК.

Понимая, что ПК по существу является резонатором оптического диапазона, можно догадаться, что мелкие молекулы, присоединенные к центральному атому резонатора, снижают его резонансную частоту, а также связывают резонатор с другими частями белковой молекулы. Пропуская вибрации субоптического диапазона через ПК, можно фильтровать сигнал, выделяя частоту, на которую настроен резонатор. Это позволяет настраиваться на частоты, характерные для химических реакций, которые нужно ускорить с помощью белковой молекулы-фермента, содержащей ПК.

Приглядевшись опытным взглядом электронщика к нескольким схемам, содержащим ПК, я обнаружил несколько вариантов использования этой резонансной молекулы.

Слабое дистанционное воздействие гиперзвуком определенной частоты позволяет снизить энергетический барьер химической реакции, облегчая разъединение молекулы на фрагменты или соединение фрагментов в молекулу.
Сильное дистанционное воздействие гиперзвуком определенной частоты позволяет жестко воздействовать на отдельные атомы или атомные группы, вставляя или вынимая их из многоатомного объекта. Остальные фрагменты молекулы могут при этом не затрагиваться.
Дополнительные сопряженные системы атомов, расположенных на некотором удалении от ПК, могут формировать акустическое поле, в котором молекула может изменить форму за счет того, что атомы займут более выгодное пространственное положение. При этом с точки зрения энергии разница может быть небольшая, но пространственное расположение атомов (пространственная изомерия) играет в живых системах ключевую роль.
Радикалы аминокислот, образующих активный центр, как правило, настроены на кратные частоты. Это означает, что воздействие носит кратный резонансный характер по разным направлением. Такие движения совершают пальцы руки, завязывая узлы, переплетая корзины и ковры, другим словом, создавая сложные структуры. Кратные движения характерны и для современных технических устройств: швейных машин, ткацких станков, двигателей внутреннего сгорания. Эти же кратные движения характерны и для инстинктивного поведения, концентрированно представленного в танцах птиц, животных и человека. Конец цитаты.

Позднее мне удалось разобраться с механизмом дистанционной ориентации молекул. Попробую изложить этот механизм "в двух словах":

Активные центры белковых молеклу или РНК/ДНК формируют гармонические сигналы с кратными частотами (аккорды). Такие структурированные гиперзвуковые сигналы способны оказывать давление на аналогичные резонансные системы. При этом направление силового воздействия зависит от разности фаз. Именно это и является ключевым моментом для понимания механизма дистанционной ориентации молекул. Акустическое поле активного центра белка или РНК/ДНК фактически формирует потенциальный рельеф для других молекул, обладающих резонансными свойствами. В зависимости от разности фаз сигнала, излученного молеклулой N1 и элемента молекулы N2, расположенного в той же области пространства, этот элемент (атом или группа атомов) начинает смещаться в потенциальную яму. При этом вся молекула N2 перемещается по 6 степеням свободы.

Пётр Петрович Гаряев написал на эту тему монографию: "Волновой геном", объясняя дистанционное управление молекулами голограммой. Я против использования термина голограмма в данном случае, т.к. акустические поля (гиперзвук) имют большой коэффициент затухания, т.е. молекулы белка/РНК/ДНК могут формировать потенциальный акустический рельеф в сравнительно небольшой области, т.е. единицы нанометров. Так что акустической голографией это можно назвать лишь условно. Электромагнитные процессы тоже могут участвовать в дистанционном управлении. Они могут затухать быстрее, а могут и медленнее, чем гиперзвук. Это зависит от распределения окон прозрачности (акустических и электромагнитных). Поэтому я бы предложил называть причину дистанционного управления молекулами формированием акустического и электромагнитного потенциальных рельефов. Комбинация акустического и электромагнитного потенциальных рельефов может не только дистанционно ориентировать молекулы, но и заставить их колебаться или вращаться, оставаясь в устойчивом положении равновесия. Согласитесь, что радиоуправляемые (и акустически управляемые) молекулы - звучит фантастично, но под этим есть реальная физическая основа - электромагнитный и акустический рельеф, которые могут формироваться одной резонансной системой для другой, причём взаимно...

В 2007-ом году мне удалось разобраться с механизмом преобразования энергии хаотического (теплового) движения молекул в направленное движение макромолекул, т.е. "на кончике пера" удалось открыть источник энергии для механизма биологической активности, который я назвал "Демоном Кушелева" по аналогии с "Демоном Максвелла".

В центре гексамера инсулина находится ион цинка (на анимации не показан). К нему присоединены 6 групп кислорода, которые входят в состав тирозина. Пикотехнологическая модель показывает, что бензольное кольцо, входящее в состав тирозина, может деформироваться, т.е. менять форму правильного шестиугольника на форму вытянутого шестиугольника. Таким образом, "рот морской звезды" может закрываться силой упругости, как дверь на пружине.

Напомню, что гексамеры инсулина собирают глюкозу, накапливая её в полости, которая напоминает желудок морской звезды...

6 лопастей, со специфическим оперением протонами, позволяет преобразовывать хаотическое движение окружающих молекул физраствора во вращательное и поступательное движение гексамера инсулина. Модель своеборазной броуновской частицы, которая может преобразовывать хаотичекое движение в направленное, можно посмотреть в рассылке: "Новости лаборатории Наномир": http://nanoworld88.narod.ru/data/116.htm