Моя компания

ДИСКУССИИ И ДЕТАЛИ

Кратко о принципе действия рубинового генератора и о возможностях составного резонатора. Следите за новостями на Форуме Лаборатории Наномир!

23 октября 2016, 11:50

Ruby Em Drive

ОБОСНОВАНИЕ ЭКСПЕРИМЕНТОВ

МОДЕЛЬНЫЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ ЛАБОРАТОРИИ НАНОМИР

http://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1024882

2016.10.20 12:52:23

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Dmitry пишет:

Если поймёте суть данного генератора

Кушелев:

Я прошёл через этот этап в начале 90-ых годов. Понял, что извлечь энергию из эфира можно за счёт задержки, которая определяется скоростью света. После этого стало понятно, что магнитные поля должны двигаться с субсветовой скоростью, чтобы получилось разумное соотношение мощности к массе. Поэтому от постоянных магнитов я перешёл к катушкам типа трансформатора Теслы, а потом стал уменьшать число витков, чтобы усилить эффект. Минимальное число витков катушки реализовано в современном магнетроне:

Резонаторный блок состоит из неполных одиночных витков.

Супермагнетрон-источник энергии можно делать из проводников, но это в домашних условиях сложно. Разработка новой модели магнетрона даже в заводских условиях обходится заказчику типа миллиона долларов.

Поэтому с проводящих супермагнетронов я переключился на диэлектрические, которые легко делать в домашних условиях

Осталось включить готовый супермагнетрон, но ... не тут-то было! Наша цивилизация так слаба, что даже этого не может сделать годами.

Мне удавалось добираться до подходящей аппаратуры, "но только один раз". Второй попытки, как правило уже не было. Тогда я придумал создать номинальный ряд источников энергии, чтобы можно было включить его с одной попытки, но цена такого ряда оказалась для инвесторов неподъёмной,т.е. около 45 000 USD.

Тогда я придумал, как удешевить номинальный ряд, заменив группы шариков:

На монокристаллические генераторы:

Но тут выяснилось, что для их работы нужны дополнительные зеркала...

А сегодня я могу собрать резонатор, например, на частоту микроволновки из рубинового конструктора и медных зеркал:

Вам я пытаюсь помочь не задерживаться на этапе "постоянные магниты". Для этого Вы можете изготовить дешёвый маленький действующий макет и убедиться, что ожидаемого Вами эффекта нет. Но если Вам хочется тратить жизнь на ожидание крупных инвесторов, а потом испытывать большой провал, то что я могу поделать? "Насильно мил не будешь"

Татьяна Рясина пишет:

В данном случае мы имеем дело с океаном эфира , который даёт энергию, но не поглощает

Кушелев: Может давать и поглощать. Оба процесса могут регулироваться в широких пределах. Например, за пределами рубинового шарика СВЧ поле может практически не излучаться, т.е. на каждом цикле колебаний материал резонатора может поглощать 1 / 10 000 000 000 часть запасённой энергии, а излучать ещё меньше.

Процесс главным образом локализован внутри диэлектрических волноводов. Кольцо почти прислоняется к линейному волноводу. Вспомогательные боксы кончаются там, где поле практически отсутствует.

2016.10 24 01:10:26

Формы, механизмы, энергия наномира

Dmitry пишет:

а Вам необходимо подучиться!

Кушелев:

Ага, чтобы так же, как и Вы считать, что поле за пределами рубинового резонатора - глюк программы HFSS:

2016.10.24 12:12:17

Формы, механизмы, энергия наномира

Dmitry пишет:Kushelev пишет:

Кушелев: Ага, чтобы так же, как и Вы считать, что поле за пределами рубинового резонатора - глюк программы HFSS:

Dmitry

Надо не с программами работать, а с практическими моделями, что бы реально видеть свой результат!

Кушелев:

Вы просто не в теме:

Я провожу эксперименты и знаю, что программы HFSS и CST показывают то, что есть в эксперименте.

А по Вашему модельному представлению рубиновый шарик, у которого часть поля находится за пределами рубина, резонировать не может. Так что Вам предстоит нелёгкий выбор. Либо отказаться от ошибочных модельных представлений, либо продолжать жить в мире иллюзий

2016.09.16 20:38:25

Принцип движения НЛО (Денис)

Денис пишет:

Если поместить сапфировые, а еще лучше рубиновые изделия в микроволновку, то они засветятся.

Кушелев:

2016.09.16 21:00:29

Денис: Оперативно. Я так понял, что шарики в режиме БТГ не запустились. Повторять эксперимент будете?

2016.09.16 21:16:15

Принцип движения НЛО (Денис)

Денис пишет: Оперативно. Я так понял, что шарики в режиме БТГ не запустились. Повторять эксперимент будете?

Кушелев:

"Оперативно" - не то слово. Вы на дату посмотрите

Готовлю:

ПРЯМЫЕ ТРАНСЛЯЦИИ ЭКСПЕРИМЕНТОВ ЛАБОРАТОРИИ НАНОМИР В ОНЛАЙНЕ И В ЗАПИСИ

YUOTUBE ГЛОБАЛЬНАЯ ВОЛНА

26 октября 2016 часть 1

26 октября 2016 часть 2

01 ноября 2016 2:16:00-6:29:00

02 ноября 2016 часть 1

02 ноября 2016 часть 2 0:43:57-2:35:39

03 ноября 2016

04 ноября 2016 часть 1 1:11:00-1:50:30

04 ноября 2016 часть 2 0:29:00-3:16:25

Отредактированный вариант 2016.11.11 Фрактальные эталоны из Лаборатории Наномир

23 ноября 2016 часть 1

23 ноября 2016 часть 2

09 декабря 2016 года Что станет с экономикой, если наука и общество признают эфир?

10 декабря 2016 года Нужен доступ на ускоритель в Дубне для включения рубинового источника энергии

Фотографии экспериментов 2 декабря

Свечение резонатора

2016.12.04 02:41:15

Взрыв воды (почему пары подсвечены?)

2016.12.03 02:41:49

Горение медого зеркала

2016.12.03 17:07:31

Видео записи экспериментов на двух камерах GoPro и Nikon за весь период

Эксперимент 14 октября 2016

Составной рубиновый резонатор, настроенный на частоту микроволновки, позволяет наблюдать режимы, близкие к запуску рубинового генератора.

В прямом эфире делаются эксперименты по извлечению энергии радиоэфира Фарадея-Максвелла(РЭФМ). Моделирование в программе HFSS показывает зоны, в которых конфигурация электромагнитных полей в диэлектрическом резонаторе вызывает вобблинг кольцегранных элементов РЭФМ. (Кушелев: Программа показывает распределение динамических деформаций эфира, т.е. электрических и магнитных полей, как функций времени). В данном случае мы подбираем колебательную моду, которая включит свечение резонатора от импульса магнетрона микроволновки 1 кВт 2,45 ГГц. (Кушелев: Ищем колебательную моду, на которой возможно свечение. В этом случае напряженность поля достигнет 10 миллионов вольт на метр. Правильная суперпозиция таких полей и низкие потери резонаторов - условия трансформации внутренней энергии эфира в колебательную форму ("дребезг шестеренок Максвелла"-процесс преобразования энергии вращения в энергию колебаний). Проверяем резонаторы различной формы, частота которых совпадает с частотой магнетрона микроволновки. Запланирован эксперимент для другого магнетрона мощностью 10кВт в диапазоне 5 мм- 8 мм.

Также ждёт включения на ускорителе в Дубне (сегодня ускоритель закрыт) резонатор из четырёх рубиновых шариков, один из которых засветился в 2011 году. Конфигурация из четырёх шариков по расчётам включит генерацию в режиме автоколебаний...

2016.11.05 16:31:38

Резонанс я использую, но только для того, чтобы создать сильные поля с малыми потерями энергии. А принцип добычи внутренней энергии эфира Фарадея-Максвелла называется "дребезг шестеренок Максвелла". Его можно создать с помощью резонаторов, но можно и иначе, например, с помощью антирезонансных усилителей стиля барокко, о чём можно прочесть в энциклопедии Наномир.

А.Ю.Кушелев

Резюме 22 - 28 октярбя

2016.10 29 16:17:57

Формы, механизмы, энергия наномира

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Daren пишет:

Если есть резонанс то он есть и значит есть свечение постоянное и очевидное.

Кушелев: Мне приходилось наблюдать как минимум 4 разных режима при резонансе.

1. Образование дуги.
2. Поверхностный пробой
3. Пробой между проводником и диэлектриком, в котором электрический вектор перпендикулярен поверхности диэлектрика.
4. Свечение без пробоя.

В нашем случае свечение без пробоя было получено 23 октября. Это значит, что данная колебательная мода может быть нашей, если дополнительно создаются условия преобразования энергии.

Но 28 октября мы наблюдали пробой между рубином и медным зеркалом (диэлектриком и проводником). Это связано с наличием воздушных зазоров. Чтобы их исключить с минимальными затратами денег и времени, нужно изготовить рубиновый блок примерно 41*30*10 мм (в двух-трёх экземплярах).

Китайцы отказываются делать блоки с размером больше 40*17*17 мм. Так что придётся покупать рубиновую булю диаметром не менее 33 мм и делать самим.

Если удастся получить устойчивое, повторяемое свечение рубина на этой колебательной моде, то дальше пойдёт разговор об условиях преобразования энергии, добротности и т.д.

2016.10.24 17:16:18

Формы, механизмы, энергия наномира

2016-10-23:

Видеосюжет 011

Кадр, на котором виден пробой Кадр после окончания пробоя

2016.10.24 18:26:03

Формы, механизмы, энергия наномира

2016-10-23:

Видеосюжет 018 Отметка таймера: 1 минута 21 секунда.

Поверхностный разряд Кадр после разряда

Видеосюжет 018: https://youtu.be/pBi_T809UEc

Кадр 12 324 Свечение рубина без звука разряда максимально яркое

Кадр 12 325 Обратите внимание на каплю воды, которая вылетает в процессе взрыва

Она показана голубыми стрелками. На видео в это время слышен звук взрыва.

[20:46:45] Кушелев Александр Юрьевич: На видео чётко видно свечение рубина за кадр до взрыва

Эксперимент 3 ноября 2016 года показал наличие двух мод колебаний,

смоделированных в программе HFSS

2016.11.03 22:03:42

2016.11.03 22:10:40

2016.11.04 00:02:10

2016.11.05 23:56:34

Формы, механизмы, энергия наномира

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Резонансный пик на частоте 2.4375 ГГц

Кадр 3624 с видео: https://cloud.mail.ru/public/CC4A/uUPYMECmx

Кадр 3627 с видео: https://cloud.mail.ru/public/CC4A/uUPYMECmx

Кадр 3642 с видео: https://cloud.mail.ru/public/CC4A/uUPYMECmx

Кадр 3643 с видео: https://cloud.mail.ru/public/CC4A/uUPYMECmx

DSProLab:

Для атласа мод шепчущей галереи сферического резонатора из корунда радиусом 4.81мм посчитано 500 мод, которые позволяют провести корректные оценки для поиска рабочих параметров. Вот ссылка на остальные 135 мод в порядке возрастания их частоты, начиная с 42 ГГц.
По поводу текущих опытов, попытался провести пробное моделирование в ЦСТ трапеции из корунда 34х34х40 в зеркалах, для которой найдена частота, при которой работает только сам резонатор. На анимации показана фазовая динамика магнитного потока на частоте 2,48926 ГГц:

На остальных модах уже трещат зеркала и сам объём, что очень нежелательно.

2016.11.22 13:29:35

Формы, механизмы, энергия наномира

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Kushelev пишет:

[10:20:25] Кушелев Александр Юрьевич: На одном оборонном предприятии возбудили рубиновый шарик, но пока до уровня искрения:

Телефонограмма 2016-11-22

О: Здравствуйте, Александр Юрьевич!
Кушелев: Здравствуйте.
О: Благодарим Вас за рубиновые шарики, которые Вы нам прислали.
Кушелев: Могу ещё прислать, если сможете оплатить работу.
О: Один шарик без отверстия нам удалось заставить светиться. Шарики с отверстиями не светятся. Только поверхностный пробой.
Кушелев: Любопытно... Но можно сделать оправу для шариков без отверстий:

Я сейчас готовлю эксперимент в диапазоне 5 мм.

Сапфировые вставки на диапазон 5 мм

О: Вы можете изготовить 6 рубиновых шариков такого же диаметра без отверстий?

Кушелев: Могу. Заготовки будут стоить по 40 USD, а моя работа - по 200 USD. Если у Вас получится включить группу из 3...5 шариков, то это будет означать, что рубиновая энергетика создана. Кстати, Вы можете прислать видеозаписи Ваших экспериментов?

О: У нас оборонное предприятие, поэтому с видеозаписями проблема. Все параметры мы зафиксировали. Частоту, мощность, скважность, поляризацию, при которых светился один шарик.

Кушелев: А Вы можете сказать мне эти параметры?

О: Диаметр шарика 9.36 мм. Частота 35.00 ГГц. Скважность 100. Поляризация такая, что электрический вектор направлен радиально, т.е. по нормали к поверхности рубинового шарика.

Кушелев: А яркость и цвет свечения?

О: Цвет рубиновый, а яркость как 100-ваттная лампочка. Это если точно в резонанс попали. Если нет, то слабее.

Кушелев: Свечение получается стабильное?

О: Мы повторяли режим 15 раз. 12 раз было только искрение, а 3 раза наблюдалось свечение.

Кушелев: Там очень много зависит от положения подводящего волновода. Если он шунтирует азимутальную колебательную моду, то может получиться свечение. Если не шунтирует, то будет искрение. В измерительном эксперименте можно добиться раздвоение спектрального пика изменением положения волновода. Это означает, что можно подавлять одну из колебательных мод, т.е. шунтировать, а другая при этом продолжает возбуждаться. Нужно шунтировать азимутальную моду, тогда радиальная возбуждается до уровня свечения.

О: Понятно. Тогда нужно будет подавить паразитные моды во всех шариках группы, размещённых в оправе.

Кушелев: Конечно. Это можно будет сделать на этапе измерений. Я попробую сделать оправу. Когда Вы сможете перевести деньги на заготовки и изготовление элементов резонатора из них?

О: С деньгами у нас напряженка, т.к. этот эксперимент я провожу по личной инициативе. Руководство не в курсе. Поэтому я и не афиширую своё предприятие. Как появятся деньги, я Вам позвоню.

Кушелев: ОК.

О: Работа очень перспективная, нужно продолжать. Надеюсь, что Вас поддержат телезрители Глобальной Волны. Удачи и до связи.

Кушелев: Всего доброго, жду звонка.

Конец связи.

2016.09.11 16:10:15

Совет инвесторов лаборатории Наномир

Телефонограмма N2

Kushelev пишет:

2016-09-09

Телефонограмма: Александр Юрьевич?
-Да.
-Здравствуйте! Помните, Вы в прошлом году присылали нам для эксперимента рубиновый шарик диаметром 9.36 мм?
-Что-то припоминаю...
-Нам удалось добиться искрения на частоте 35 ГГц.
-Ровно 35 ГГц или с "копейками"?
-Ровно. 35.00 ГГц.
-Интересно. Надо будет разобраться, что за колебательная мода у Вас возбуждается.
-Вы не могли бы к нам подъехать и помочь добиться режима свечения?
-А Вы в каком городе?
-...
-Нет, это нереально.
-Мы оплатим дорогу.
-Если бы Ваш город стоял на берегу Черного моря... ха-ха
-Он в другую сторону.
-Не, мне туда не надо. Вы сами приезжайте в Дмитров.
-У нас установка занимает десятки квадратных метров.
-Присылайте фото, видео эксперимента. Будем на форуме разбираться.
-У нас режимное предприятие.
-В секретных работах я не участвую. Извиняйте. Задавайте вопросы на форуме, буду отвечать по мере возможности. Может быть ещё кто-то подключится к обсуждению.
-Хорошо. Мой ник на форуме будет ...
-ОК.
-Вы, вероятно, наш разговор выложите на форум?
-Уже.
-Ладно, если не хотите конфиденциально, давайте на форуме. Но фото/видео мы выложить не можем, т.к. у нас их просто нет.
-Тогда сложнее будет разобраться, что там у Вас происходит. Давайте для начала попробуем разобраться, какая колебательная мода возбуждается. Вы в программе HFSS или CST работаете?
-Да. И в той, и в другой.
-Попробуйте смоделировать моду, которая у Вас возбуждалась. На форуме обсудим.
-ОК. Зарегистрируйте меня, если не трудно. Ник: ..., пароль, ...
-ОК. До связи.
-До связи.

-Здравствуйте. Я по поводу искрения рубинового шарика на частоте 35 ГГц...
Кушелев: -Добрый день! Я зарегистрировал Вас на форуме. Ник 35GHz, пароль *****
-Спасибо, но мне удобнее Вам звонить. На форуме будет очень долго. Вы писали там, что для изготовления модулятора нужен конденсатор 0.5мкф 20кВ. Это на порядок меньше, чем в нашей установке. Искрение мы получаем стабильно, но свечения получить пока не удалось. Моделирование в CST показало, что на частоте 35 ГГц возбуждается четвертая азимутальная колебательная мода. На ней, как я понял, свечение невозможно.
Кушелев: -Да. Нужно возбудить радиальную колебательную моду. Вы можете смоделировать радиальные колебательные моды в окрестностях этой частоты для Вашего шарика?
-Попробуем. Я планирую на следующей неделе быть в Москве. Мы могли бы встретиться?
Кушелев: -Созвонитесь с Ярославом Старухиным. Он организует встречи. Его телефон 8-926-2109383
-Ближе к поездке. До встречи.
Кушелев: До встречи.

2016.09.12 11:10:14

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

[12.09.2016 10:19:53] Кушелев Александр Юрьевич: Привет!
[10:20:25] Кушелев Александр Юрьевич: На одном оборонном предприятии возбудили рубиновый шарик, но пока до уровня искрения
[10:21:28] Кушелев Александр Юрьевич: Они по телефону сказали мне, что у них модулятор очень простой, без стабилизатора, но ёмкость кондерсатора 10 микрофарад на 25 киловольт.
[10:21:50] Кушелев Александр Юрьевич: Это значит, что такой модулятор стоит не больше магнетрона
[10:22:48] Кушелев Александр Юрьевич: У них там два ключа. Один быстро открывает, а другой быстро закрывает ток из конденсатора в магнетрон. Самое дорогое там - электронная защита, если закрывающий ключ пробъёт.
[10:23:38] Кушелев Александр Юрьевич: При такой ёмкости конденсатора ток через магнетрон не меняется больше, чем на 0.01%, поэтому получается когерентный импульс.
[10:24:33] Кушелев Александр Юрьевич: А если есть искрение резонатора, то тот же магнетрон сможет и засветить шарик.
[10:25:43] Перспективный инвестор : А как попасть на этот завод к этому магнетрону?
[10:28:24] Кушелев Александр Юрьевич: Я пока не знаю, в каком они городе. То ли Новосибирск, то ли Обнинск. Они говорили год назад, но я забыл. Надо будет ещё раз спросить.
[10:29:12] Кушелев Александр Юрьевич: Золдракс достал конденсатор 0.5 микрофарады на 25 киловольт, но это в 20 раз меньше, чем надо.
[10:29:43] Кушелев Александр Юрьевич: Это обеспечит примерно 0.2% спада напряжения, а нам нужно 0.01%
[10:30:02] Кушелев Александр Юрьевич: А у оборонщиков 0.01% как раз
[10:30:27] Кушелев Александр Юрьевич: Но у микроволновки когерентность ещё лучше
[10:30:38] Кушелев Александр Юрьевич: Помнишь, у меня шарик засветился в микроволновке?
[10:31:16] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя там мощность всего 1 кВт, зато когерентность раз в 10 выше, чем у импульсного магнетрона МИ-88
[10:43:28] Кушелев Александр Юрьевич: По расчёту импульсная мощность свечения рубинового шарика диаметром 1 см должна быть типа 1.5 кВт.
[10:47:11] Кушелев Александр Юрьевич: Получается, что на холостом ходу рубиновый источник энергии из 4 таких шариков должен светить мощностью типа 6 кВт, а при отборе в нагрев он должен дать больше, но без эксперимента нельзя сказать. По расчёту 10 кВт, а в реальности может быть от 6 киловатт до 20. При 20 киловаттах рубиновый генератор точно выключится, т.к. в этом случае нагруженная добротность будет меньше 2000
[10:47:56] Кушелев Александр Юрьевич: Скорее всего максимальная нагрузка будет около 10 кВт
[10:51:49] Кушелев Александр Юрьевич: Шарики из рубина N5 будут работать при бОльшей напряжённости поля, чем шарики из рубина N7 и N8, т.е. будут давать в нагрузку больше мощность. Но при этом есть вероятность того, что без нагрузки они могут выйти из строя, т.к. у них меньше запас по напряжённости.
[10:52:55] Кушелев Александр Юрьевич: Если шарики из рубина N5 будут выходить из строя, придётся заказывать рубиновые шарики, эллипсоиды, кирпичики ... только из рубина N7 или N8
[10:53:46] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, в Дубне светился зеленый шарик с интенсивностью окраски типа N8
[10:54:16] Кушелев Александр Юрьевич: Он вышел из строя при 100-кратной перегрузке.
[10:59:24] Кушелев Александр Юрьевич: А в микроволновке сапфировый шарик первый раз светился на уровне 100 ваттной лампочки. Это означает, что вполне могло хватать мощности микроволновки и не факт, что выделялась энергия эфира. А в последний раз инвестор S говорил, что яркость была раз в 10 больше, чем при сварке. Это уже магнетроном не обеспечить...
[11:00:17] Кушелев Александр Юрьевич: По моей оценке рубиновый источник энергии на частоту микроволновки 2.45 ГГц должен дать типа 800 киловатт.
[11:01:33] Кушелев Александр Юрьевич: А это значит, что яркость свечения может быть такой, что фото/видео испортятся, если они не будут защищены солнечными светофильтрами. Так что нужно ещё светофильтры покупать, иначе угрохаем фото/видео.
[11:02:38] Кушелев Александр Юрьевич: На холостом ходу свечение может быть больше 400 кВт.
[11:04:26] Кушелев Александр Юрьевич: Печке, конечно, будет хана, но что поделаешь ...
[11:08:22] Перспективный инвестор : Вопрос в том что бы это случилось, а это тоже не факт )
[11:15:02] Кушелев Александр Юрьевич: Заранее нельзя сказать, где быстрее включим, в печке или от импульсного магнетрона. Но где светился один шарик (и в печке, и от ускорителя), там можно включить группу шариков или параллелепипед с зеркалами.

2016.09.14 23:04:43

2016-11-23:

[23:07:43] Vorontsov: Вот вычитал про рубиновое яйцо в книге Носовского и Фоменко "Империя" "Известно, что до вторжения Наполеона в Египет в 1798 году эта страна была в значительной мере ЗАКРЫТА ДЛЯ ПОСЕЩЕНИЯ ЕВРОПЕЙЦЕВ.
О Египте якобы IX-XIV веков имеется несколько разрозненных сообщений арабов, которые, впрочем, считаются сегодня в основном ФАНТАСТИЧЕСКИМИ ([56], с. 39-43). Например, в пирамиде был якобы найден "БАССЕЙН, наполненный ЧЕКАННЫМИ ЗОЛОТЫМИ МОНЕТАМИ... Бассейн этот, говорят, был сделан ИЗ ИЗУМРУДА" ([56], с. 39).
Кайзи - автор якобы XII века - рассказывал, что в пирамиде обнаружили "тело человека, облаченного в ЗОЛОТУЮ КИРАСУ, инкрустированную всевозможными камнями; на груди его лежал меч, которому не было цены, а в изголовье - КРАСНЫЙ РУБИН величиною с КУРИНОЕ ЯЙЦО, горевший как огонь" ([56], с. 40). "

2016.10.27 12:29:02

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Кушелев: Письмо инвесторам:
Здравствуйте!
Эксперименты в микроволновке помогли найти нужную колебательную моду и определить размеры и формы рубинового резонатора. Составной резонатор имеет нужную частоту и добротность, но при возбуждении до миллиона вольт на метр начинается пробой между блоками. Чтобы его исключить и добиться свечения и перехода в режим генерации нужно изготовить резонатор из одного куска рубина. В настоящее время собрано 170 USD. 1 кг рубина, выращенного по методу Чохральского стоит 280 USD. Если можете поучаствовать в приобретении рубина, было бы очень здОрово

2016.10 28 18:50:53

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Кушелев: Письмо руководству космической фирмы.

Здравствуйте, уважаемые коллеги!

Если Вы не в курсе, то электромагнитный двигатель без реактивной струи (Microwave Engine, Emdrive) был испытан в России, в лаборатории Наномир в 1992-ом году. Статья об испытаниях была опубликована в международном научном журнале: http://dx.doi.org/10.1108/00022660010340178

В NASA аналогичный Emdrive испытали на 22 года позже, т.е. в 2014-ом году, но уже в 2017-ом планируют испытания на околоземной орбите.

"Наука не стоит на месте". Пока Роджер Шаер предлагает испытать новую модель Emdrive из сверхпроводника (я это предлагал в 1993-ем году), в лаборатории Наномир изготовлен рубиновый двигатель (Ruby Emdrive), который при массе 0.5 грамма сможет поднять в 1000 раз больше, т.е. 0.5 кг. Объём двигателя, включая источник питания с расчётной мощностью 3 кВт занимает объём 0.5 кубического сантиметра.

Предлагаю Вам измерить параметры рубинового двигателя, в т.ч. реальную мощность и силу тяги на Вашем опытном производстве. Для этих испытаний нужен стартовый генератор, например, импульсный магнетрон на частоту 53.51 ГГц. Подойдёт и любой другой импульсный магнетрон в диапазоне от 3 до 10 мм, но в этом случае нужно будет включить номинальный ряд рубиновых генераторов, от которого уже будет включен рубиновый двигатель.

Измеренные параметры рубинового двигателя

Двигатель на стенде холодных измерений

Изготовлена часть номинального ряда рубиновых генераторов

Если Вас интересует данная тема, готов рассмотреть проект договора.

Руководитель лаборатории Наномир,
Александр Кушелев
8-926-5101703
8-903-2003424

2016.29.11 00:20:53

Создаём международный исследовательский центр Александра Кушелева

В этом центре каждый желающий может определить параметры любого устройства.
Убедиться, что сегодня на нашей планете ещё нет ни одного БТГ / СЕ.

Но есть Emdrive (Microwave Engine)
Александра Кушелева,
Роджера Шаера,
Гвидо Фетта.

На самом деле у Роджера Шаера уже 3 модели Emdrive. Последняя - сверхпроводящая.

А у меня - эволюционный ряд:

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/410.htm

Emdrive любой модели отталкивается от эфира Фарадея-Максвелла и прямым экспериментом доказывает его существование, возвращая незаконно повергнутую классическую физику Ньютона и Максвелла на пьедестал.

Ошибки физиков-создателей квантовой "механики" и "теории" относительности философские.

Квантовые "механики" обобщили ошибочность конкретной модели атома на всю классическую физику, т.е. допустили грубейшую философскую ошибку. Замена планетарной модели атома на кольцегранную, которая, наконец, подтвердилась прямым экспериментом в 2014-ом году, возвращает микромир в лоно классической механики Ньютона и Гюйгенса.

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/493.htm

Ошибка Эйнштейна - обобщение принципа относительности Галилея на скорости, сравнимые со скоростью света. Как только становится заметна звёздная аберрация, принцип относительности Галилея уже не работает.

Лоренцевы сокращения есть и в акустике, как показал Ю.Н.Иванов (Ритмодинамика) в 1982-ом году. Но переход от сокращений к преобразованиям координат - грубая философская ошибка. Судите сами. Скорость света по таблицам Кассини можно определить по формулам Галилея, а в формулы Лоренца скорость света можно только переставить из ответа, полученного по формулам Галилея. Это значит, что самостоятельного смысла формулы преобразований координат Лоренца не имеют.

Обсуждение проведённых экспериментов на Форуме Лаборатории Наномир

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Совет инвесторов Лаборатории Наномир

http://nanoworld.org.ru/topic/716/

Канал А.Ю. Кушелева на YouTube

Трансляции, эксперименты. Научные направления Лаборатории Наномир

https://www.youtube.com/channel/UCsx422KjIzwTWTBPPpwBlXQ

Инвестирование, лицензии, менеджемент, продвижение, представительство

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям 1 2 3 4 5 6 7

Структура 1VOL Пикотехнологическая модель двух белков комплекса

25 декабря 2016, 16:37

Пикотехнология белков

2016.12.12 17:59:23

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Andrei01 пишет:

Вот запрос от специалиста. Вы понимаете вопрос?

the requested protein code (it is publicly available data base) which is in our use. Please provide 2D & 3D predictions results files and also the Simulation time for calculating it.
The query PDB code is 1VOL.
The protein sequence can be retrieved from the PDB.
I would like to get as result from the new prediction method a pdb file based on the protein sequence.

Kushelev: We need RNA-sequence for this protein.

2016.12.12 18:04:16

Kushelev: We need RNA-sequence for this protein.

А из публичной базы данный как они говорят вы не можете это извлечь по коду?

Виктория может. Так что если им самим лень, пусть ждут Викторию

2016.12.12 18:10:30

Этот белок?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=1VOL

Какая последовательность из 4?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=1VOL

2016.12.12 18:12:44

Попросите, чтобы они дали ссылку на конкретную последовательность типа такой: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/19 … rt=genbank

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1VOL_C

2016.12.12 18:14:49

Andrei01 пишет:

А разве у одного белка есть разные последовательности? Вам виднее должно быть, вы же эксперт...

Как видите, белков с общим названием 1VOL не один. Так что просите ссылку на конкретную нуклеотидную последовательность.

2016.12.12 18:16:50

Andrei01 пишет:

Это разные белки или один с разынми модификациями? Сначала подумайте и посоветуйтесь со специалистами, не хочу им глупые вопросы задавать

Кушелев: Если нужно, я могу и обе последовательности отработать.

ggctataaaa gggctg
cagccctttt atagcc

Уточните, это то, что им нужно или это что-то ненужное?

Объясните, что нам в качестве входных данных нужен такой код. Если они не могут его предоставить, то мы не сможем определить структуру.

2016.12.12 18:20:04

Andrei01 пишет:

Я конечно могу их спросить, но если окажется что вопрос глупый и это спрашивает явно дилетант, то все впечатление будет испорчено и они поймут с кем имеют дело. Оно вам нужно?

Вы им объясните, что нам в качестве входных данных нужна конкретная нуклеотидная последовательность (RNA-Sequence). Если они не могут её предоставить, то мы не сможем определить структуру интересующего их белка.

2016.12.12 18:25:11

Andrei01 пишет:

Ладно уточню, если окажется что вопрос глупый ну пусть так

Вы объясните, что мы не научились ещё читать их мысли. Если они утверждают конкретную нуклеотидную последовательность, мы её отрабатываем. Если это не то, что им нужно, тогда зачем зря напрягаться?

2016.12.12 18:46:11

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Andrei01 пишет:

Вот тут только один такой белок
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/pdb/1VOL

Кушелев

Мне нужно понять, это те последовательности, которые кодируют интересующую их структуру белка или это к делу не относится?

ggctataaaa gggctg

cagccctttt atagcc

Во-первых, настораживает число букв = 16. Оно не кратно 3, т.е. кодинует нецелое число аминокислотных остатков. Вполне может быть, что их интересует совсем другая структура с другим генетическим кодом.

2016.12.12 18:49:52

Andrei01

Считаете в базе данных этого белка ошибка?

Кушелев: Я не знаю. Но каждая аминокислота, точнее аминокислотный остаток кодируется триплетом, т.е. тремя буквами генетического кода. В нашем случае я вижу 16 символов

2016.12.12 19:01:59

Andrei01

А может вы что-то не знаете про такие белки? Может это специально такой белок выбрали на засыпку?

Кушелев

Зачем нам засыпки? Пусть присылают нуклеотидную последовательность интересующего их белка, а мы пришлём PDB-файл и 3D-модель (пикотехнологический паспорт).

2016.12.12 19:08:51

Andrei01 пишет:

Так там ведь число 16 вам не нравится, которого быть не может в природе... программа это проглотит?

Кушелев: Судя по 3D модели этого белка, он состоит из десятков аминокислотных остатков. А это значит, что нуклеотидная последовательность. Которая кодирует этот белок (возможно по частям) состоит из сотни букв. Если нам пришлют последовательность этих букв, то мы сможем определить структуру. Если не пришлют, то не сможем.

2016.12.12 19:17:07

Andrei01 пишет:

Так значит 2 последовательности, которые написаны в базе данных их недостаточно?

Кушелев: Я так понял, что перед нами комплекс, состоящий из двух одноцепочечных молекул РНК и двух субъединиц белка. Одноцепочечные РНК имеют длину по 16 нуклеотидов, а субъединицы белка состоят из 204 и 200 аминокислотных остатков соответственно. Мы можем определить структуры субъединиц белка в автоматическом режиме, если нам пришлют их нуклеотидные последовательности длиной 3*204 и 3*200 букв соответственно. Что касается структур РНК и комплекса, состоящего из двух РНК и двух субъединиц бекла, то это уже ручная работа, которая может дать положительный результат, может не дать. Как повезёт

2016.12.12 19:37:26

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Андрей, объясните заказчикам, что мы готовы определять вторичную и третичную структуру белков. Четвертичную и структуру комплексов мы можем пробовать определять в ручном режиме, но в качестве научных исследований, т.е. если нам это будет интересно.

Четвертичная структура (димер) интерлейкина-34 в динамике (с конкурса CASP) и четвертичная структура инсулина (гексамер активной формы).

2016.12.12 19:48:45

Andrei01 пишет:

Так сначала 3D структуру определите... никто еще не просил 4D

Кушелев: Не проблема. Пусть шлют последовательности 3*204 букв и 3*200 букв. Определю структуру двух субъединиц комплекса 1VOL.

Andrei01 пишет:

в задании требуется использовать protein sequence

Кушелев: В последовательности аминокислот (она есть на сайте) не содержится данных о структуре белка.

В качестве входных данных нам нужна только нуклеотидная последовательность. Если она для этого белка ещё не определена, то мы не сможем определить его структуру.

2016.12.12 19:52:31

Andrei01 пишет:Kushelev пишет:

Мы можем определить структуры субъединиц белка в автоматическом режиме, если нам пришлют их нуклеотидные последовательности длиной 3*204 и 3*200 букв соответственно.

Вот ведь все послдовательности
https://files.rcsb.org/download/1VOL.pdb

Кушелев: В файле PDB есть аминокислотная последовательность и координаты атомов. А наши входные данные - нуклеотидная последовательность белковой молекулы (генетический код, RNA-sequence).

2016.12.12 20:00:52

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Andrei01 пишет:

Так их что нет в базе или как?

КУшелев: Я сам искать коды особенно не умею. Это умеет Виктория. Если найдёт, значит найдёт, если нет, значит нет. Но у нашего заказчика вполне может быть генетический код интересующего их белка. Вы открытым текстом напишите им, что входными данными для нас является RNA-sequence. Если её нет, то мы не сможем определить структуру белка.

2016.12.13 00:58:19

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Andrei01 пишет:

А если вдруг нет этой RNA-sequence, то как ее находят на практике? Секвенированием?

Кушелев: Если учесть, что весь геном человека уже прочтён, то последовательность в геноме можно найти через аминокислотную последовательность. Она даёт первые два символа из трёх для каждого аминокислотного остатка белка.

2016.12.13 01:01:12

Andrei01 пишет:

"Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB)."

Andrei01 пишет:

Вот дали код белка и сразу приехали....

Кушелев: Чтобы извлечь код из генома, нужно иметь весь геном Но Вы не переживайте. Заказчик обычно имеет кодирующую последовательность интересующего его белка. Так что спрашивайте заказчика, не стесняйтесь.

2016.12.13 01:03:42

Victoriy

Покопавшись в базах мне удалось выяснить следующее:
В комплексе 1VOL
для транскрипционного фактора TFIIB -- UniProtKB - Q00403 (TF2B_HUMAN) (319 а.о.)

MASTSRLDALPRVTCPNHPDAILVEDYRAGDMICPECGLVVGDRVIDVGSEWRTFSNDKATKDPSRVGDSQNPLLSDGDLSTMIGKGTGAASFDEFGNSKYQNRRTMSSSDRAMMNAFKEITTMADRINLPRNIVDRTNNLFKQVYEQKSLKGRANDAIASACLYIACRQEGVPRTFKEICAVSRISKKEIGRCFKLILKALETSVDLITTGDFMSRFCSNLCLPKQVQMAATHIARKAVELDLVPGRSPISVAAAAIYMASQASAEKRTQKEIGDIAGVADVTIRQSYRLIYPRAPDLF
PTDFKFDTPVDKLPQL

>ENA|AAA61149|AAA61149.1 Homo sapiens (human) transcription factor
ATGGCGTCTACCAGCCGTTTGGATGCTCTTCCAAGAGTCACATGTCCAAACCATCCAGAT
GCGATTTTAGTGGAGGACTACAGAGCCGGTGATATGATCTGTCCTGAATGTGGCTTGGTT
GTAGGTGACCGGGTTATTGATGTGGGATCTGAATGGCGAACTTTCAGCAATGACAAAGCA
ACAAAAGATCCATCTCGAGTTGGAGATTCTCAGAATCCTCTTCTGAGTGATGGAGATTTG
TCTACCATGATTGGCAAGGGCACAGGAGCTGCAAGTTTTGACGAATTTGGCAATTCTAAG
TACCAGAATCGGAGAACAATGAGCAGTTCTGATCGGGCAATGATGAATGCATTCAAAGAA
ATCACTACCATGGCAGACAGAATCAATCTACCTCGAAATATAGTTGATCGAACAAATAAT
TTATTCAAGCAAGTATATGAACAGAAGAGCCTGAAGGGAAGAGCTAATGATGCTATAGCT
TCTGCTTGTCTCTATATTGCCTGTAGACAAGAAGGGGTTCCTAGGACATTTAAAGAAATA
TGTGCCGTATCACGAATTTCTAAGAAAGAAATTGGTCGGTGTTTTAAACTTATTTTGAAA
GCGCTAGAAACCAGTGTGGATTTGATTACAACTGGGGACTTCATGTCCAGGTTCTGTTCC
AACCTTTGTCTTCCTAAACAAGTACAGATGGCAGCTACACATATAGCCCGTAAAGCTGTG
GAATTGGACTTGGTTCCTGGGAGGAGCCCCATCTCTGTGGCAGCGGCAGCTATTTACATG
GCCTCACAGGCATCAGCTGAAAAGAGGACCCAAAAAGAAATTGGAGATATTGCTGGTGTT
GCTGATGTTACAATCAGACAGTCCTATAGACTGATCTATCCTCGAGCCCCAGATCTGTTT
CCTACAGACTTCAAATTTGACACCCCAGTGGACAAACTACCACAGCTA

было выбрано только последние 204 а.о.:

AMMNAFKEITTMADRINLPRNIVDRTNNLFKQVYEQKSLKGRANDAIASACLYIACRQEGVPRTFKEICAVSRISKKEIGRCFKLILKALETSVDLITTGDFMSRFCSNLCLPKQVQMAATHIARKAVELDLVPGRSPISVAAAAIYMASQASAEKRTQKEIGDIAGVADVTIRQSYRLIYPRAPDLFPTDFKFDTPVDKLPQL

нуклеотидная последовательность этого куска такая:

GCAATGATGAATGCATTCAAAGAA
ATCACTACCATGGCAGACAGAATCAATCTACCTCGAAATATAGTTGATCGAACAAATAAT
TTATTCAAGCAAGTATATGAACAGAAGAGCCTGAAGGGAAGAGCTAATGATGCTATAGCT
TCTGCTTGTCTCTATATTGCCTGTAGACAAGAAGGGGTTCCTAGGACATTTAAAGAAATA
TGTGCCGTATCACGAATTTCTAAGAAAGAAATTGGTCGGTGTTTTAAACTTATTTTGAAA
GCGCTAGAAACCAGTGTGGATTTGATTACAACTGGGGACTTCATGTCCAGGTTCTGTTCC
AACCTTTGTCTTCCTAAACAAGTACAGATGGCAGCTACACATATAGCCCGTAAAGCTGTG
GAATTGGACTTGGTTCCTGGGAGGAGCCCCATCTCTGTGGCAGCGGCAGCTATTTACATG
GCCTCACAGGCATCAGCTGAAAAGAGGACCCAAAAAGAAATTGGAGATATTGCTGGTGTT
GCTGATGTTACAATCAGACAGTCCTATAGACTGATCTATCCTCGAGCCCCAGATCTGTTT
CCTACAGACTTCAAATTTGACACCCCAGTGGACAAACTACCACAGCTA

Для TBP (TATA BINDING PROTEIN) – UniProtKB - P28147 (TBP1_ARATH) (200 а.о.) в комплексе 1VOL представлено 187 а.о. без 11 первых и 2-х последних. Кроме этого взяли последовательность TBP1, которая отличается от TBP2 качественно, но не количественно, ну и структурой конечно.

Для всего белка
>sp|P28147|TBP1_ARATH TATA-box-binding protein 1 OS=Arabidopsis thaliana GN=TBP1 PE=1 SV=1
MTDQGLEGSNPVDLSKHPSGIVPTLQNIVSTVNLDCKLDLKAIALQARNAEYNPKRFAAV
IMRIREPKTTALIFASGKMVCTGAKSEDFSKMAARKYARIVQKLGFPAKFKDFKIQNIVG
SCDVKFPIRLEGLAYSHAAFSSYEPELFPGLIYRMKVPKIVLLIFVSGKIVITGAKMRDE
TYKAFENIYPVLSEFRKIQQ

>ENA|AAR28027|AAR28027.1 Arabidopsis thaliana (thale cress) partial TBP1
ATGACTGATCAAGGATTGGAAGGGAGTAATCCAGTTGATCTTAGCAAGCATCCTTCAGGG
ATTGTTCCTACTCTTCAAAACATTGTCTCCACGGTGAACTTAGACTGCAAGCTAGATCTT
AAAGCCATAGCTTTGCAGGCTCGGAATGCTGAATATAATCCCAAGCGTTTTGCTGCGGTG
ATAATGAGGATCAGAGAACCGAAGACTACAGCATTAATATTCGCCTCAGGGAAAATGGTC
TGTACTGGAGCTAAGAGCGAGGACTTTTCGAAGATGGCTGCTAGAAAGTATGCTAGGATT
GTGCAGAAATTGGGATTCCCTGCAAAATTCAAGGATTTCAAGATTCAGAATATTGTAGGT
TCTTGTGATGTCAAATTCCCTATAAGACTTGAAGGTCTTGCTTACTCTCACGCTGCTTTC
TCAAGTTATGAGCCCGAGCTCTTCCCAGGGCTGATTTATAGGATGAAAGTCCCAAAAATC
GTCCTTCTAATCTTTGTCTCTGGGAAGATCGTAATAACAGGAGCCAAGATGAGAGATGAG
ACCTACAAAGCCTTTGAGAATATATACCCCGTGCTCTCGGAATTCAGAAAGATACAGCAA

Для его части (187 а.о.)
VDLSKHPSGIVPTLQNIVSTVNLDCKLDLKAIALQARNAEYNPKRFAAV
IMRIREPKTTALIFASGKMVCTGAKSEDFSKMAARKYARIVQKLGFPAKFKDFKIQNIVG
SCDVKFPIRLEGLAYSHAAFSSYEPELFPGLIYRMKVPKIVLLIFVSGKIVITGAKMRDE
TYKAFENIYPVLSEFRKI

нуклеотидная последовательность
GTTGATCTTAGCAAGCATCCTTCAGGG
ATTGTTCCTACTCTTCAAAACATTGTCTCCACGGTGAACTTAGACTGCAAGCTAGATCTT
AAAGCCATAGCTTTGCAGGCTCGGAATGCTGAATATAATCCCAAGCGTTTTGCTGCGGTG
ATAATGAGGATCAGAGAACCGAAGACTACAGCATTAATATTCGCCTCAGGGAAAATGGTC
TGTACTGGAGCTAAGAGCGAGGACTTTTCGAAGATGGCTGCTAGAAAGTATGCTAGGATT
GTGCAGAAATTGGGATTCCCTGCAAAATTCAAGGATTTCAAGATTCAGAATATTGTAGGT
TCTTGTGATGTCAAATTCCCTATAAGACTTGAAGGTCTTGCTTACTCTCACGCTGCTTTC
TCAAGTTATGAGCCCGAGCTCTTCCCAGGGCTGATTTATAGGATGAAAGTCCCAAAAATC
GTCCTTCTAATCTTTGTCTCTGGGAAGATCGTAATAACAGGAGCCAAGATGAGAGATGAG
ACCTACAAAGCCTTTGAGAATATATACCCCGTGCTCTCGGAATTCAGAAAGATA

Надо моделировать полные версии обоих белков отдельно и посмотреть на их комплекс. Влепить в комплекс ДНК я затруднюсь. Куски белков TFIIB (204 а.о) и TBP (187 а.о.) необходимы лишь для автоматического режима сравнения структур, но их имеет смысл предоставить заказчику наряду с полноразмерными протеиновыми моделями.

Моделированием займемся завтра.

2016.12.13 02:52:10

Victoriy

Не удержалась и смоделировала оба белка из 1VOL комплекса: [

1VOL.jpg

Андрей, спросите у заказчика, работают ли они с молекулярной динамикой и доккингом больших белков. И ещё предупредите, что в моделях структурных шаблонов есть клэш (перекрывание атомов далекоотстоящих друг от друга) и однотипные значения углов. Если её это не смутит и не напугает с непривычки (я уже наблюдала такую реакцию), то я подскажу как с этим справиться. Даже если модели будут разлетаться при оптимизации методами МД, есть способ пошаговой оптимизации с учетом географии медленных кодонов.

2016.12.13 10:31:58

Andrei01 пишет:Kushelev пишет:

Victoriy пишет:

Кушелев: Благодарю!

Можете ли растолковать на человеческом языке, что значит "Влепить в комплекс ДНК я затруднюсь"?
То есть, даже если имеем все необходимые данные по RNA, то все равно неизвестно как слепить 3D структуру этого белка?

Кушелев: С третичной структурой белка проблем нет. Виктория говорит о ручной работе, связанной с определением структуры РНК/ДНК. Ведь это не белок, и мы не можем определить её трёхмерную структуру автоматически. Да и вручную это не всегда возможно. Естественно, что задача определения четвертичной структуры комплекса, куда входят две субъединицы белка и две РНК или ДНК - это более сложная задача, чем определение вторичной и третичной структуры белка. Мы берёмся только за вторичную и третичную структуру белка. Более сложные задачи мы можем пытаться решать, если это нам интересно в научном плане. Их сложность значительно выше, требует "ручной работы", так что это - отдельный разговор...

2016.12.13 10:38:17

Уважаемая Виктория!
Вы смоделировали структуры белков с помощью алгоритма, который учитывает коды 310-спирали или не учитывает?

2016.12.13 12:16:48

Andrei01 пишет:

Виктория, а время вычисления и файл pdb можно получить, согласно заданию?

Кушелев: Время тратится главным образом на подготовку данных, т.е. в данном случае нужно было найти нуклеотидные последовательности, переформатировать их так, чтобы существующие версии программ их поняли. Дело в том, что форматов данных существует много, стандарты меняются, поэтому приходится согласовывать новое представление данных с нашими программами. Далее нужно несколько минут, чтобы программа сформировала по аглоритму PDB-файл с координатами атомов (современный стандарт). В этот файл нужно вручную занести комментарии. Кроме того мы делаем пикотехнологический паспорт молекулы, т.е. пространственную структуру с точностью до пикометра, где виден каждый электрон. Далее эта пикотехнологическая модель поворачивается и создаётся анимация, чтобы исследователи могли полнее представить себе молекулу в пространстве. Мы можем определить активные центры белковой молекулы по характерным звукам, сопутствующим сборке белковой молекулы. Иногда можно заметить и другие нюансы, исследуя 3D-модель пикотехнологической точности. Обычно достаточно одного рабочего дня, чтобы в первом приближении исследовать структуру белковой молекулы. А получить PDB-файлы 100 белков можно тоже за один рабочий день.

2016.12.13 12:46:50

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Кушелев: Вот так выглядит входной файл одного из двух белков комплекса 1VOL для существующих версий программ 2D и 3D Пикотех:

FT CDS 1..957
ATGGCGTCTA CCAGCCGTTT GGATGCTCTT CCAAGAGTCA CATGTCCAAA CCATCCAGAT
GCGATTTTAG TGGAGGACTA CAGAGCCGGT GATATGATCT GTCCTGAATG TGGCTTGGTT
GTAGGTGACC GGGTTATTGA TGTGGGATCT GAATGGCGAA CTTTCAGCAA TGACAAAGCA
ACAAAAGATC CATCTCGAGT TGGAGATTCT CAGAATCCTC TTCTGAGTGA TGGAGATTTG
TCTACCATGA TTGGCAAGGG CACAGGAGCT GCAAGTTTTG ACGAATTTGG CAATTCTAAG
TACCAGAATC GGAGAACAAT GAGCAGTTCT GATCGGGCAA TGATGAATGC ATTCAAAGAA
ATCACTACCA TGGCAGACAG AATCAATCTA CCTCGAAATA TAGTTGATCG AACAAATAAT
TTATTCAAGC AAGTATATGA ACAGAAGAGC CTGAAGGGAA GAGCTAATGA TGCTATAGCT
TCTGCTTGTC TCTATATTGC CTGTAGACAA GAAGGGGTTC CTAGGACATT TAAAGAAATA
TGTGCCGTAT CACGAATTTC TAAGAAAGAA ATTGGTCGGT GTTTTAAACT TATTTTGAAA
GCGCTAGAAA CCAGTGTGGA TTTGATTACA ACTGGGGACT TCATGTCCAG GTTCTGTTCC
AACCTTTGTC TTCCTAAACA AGTACAGATG GCAGCTACAC ATATAGCCCG TAAAGCTGTG
GAATTGGACT TGGTTCCTGG GAGGAGCCCC ATCTCTGTGG CAGCGGCAGC TATTTACATG
GCCTCACAGG CATCAGCTGA AAAGAGGACC CAAAAAGAAA TTGGAGATAT TGCTGGTGTT
GCTGATGTTA CAATCAGACA GTCCTATAGA CTGATCTATC CTCGAGCCCC AGATCTGTTT
CCTACAGACT TCAAATTTGA CACCCCAGTG GACAAACTAC CACAGCTA
//

Так выглядит вторичная структура этого белка по версии Кушелева (левая колонка цветных полос) и Соколик (правая колонка цветных полос):

Три ортогональные проекции 3D-модели белка:

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/42618/1 … d_orig.jpg

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/170815/ … e_orig.jpg

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/41340/1 … 0_orig.jpg

Анимация: https://cloud.mail.ru/public/KJ8y/1yG19gQTW

PDB-файл с координатами атомов: https://cloud.mail.ru/public/CFfm/qjhzdX63v

2016.12.13 13:29:30

Andrei01: Почему у вас разные спирали? Спираль либо есть либо нет либо фантазия?

2016.12.13 13:41:27

Andrei01 пишет:

Почему у вас разные спирали? Спираль либо есть либо нет либо фантазия?

Кушелев: Вы имеете в виду, почему по моему алгоритму программа определения вторичной структуры показывает, например, 310-спираль (красную узкую) или пи-спираль синего цвета, а по алгоритму Виктории Соколик не показывает?

На это Виктория Соколик сказала: "Мы получим одинаковый результат, но разными способами"

Третичная структура, полученная по алгоритму Виктории Соколик отличается от третичной структуры, полученной по алгоритму Александра Кушелева. Так что заказчик имеет возможность сравнить и решить, воспользоваться ему одним из вариантов, который он посчитает более правильным или использовать оба варианта.

"Наука не стоит на месте", поэтому алгоритмы будут эволюционировать и в будущем. В настоящее время они упрощённые, но Вы видите, что даже разные алгоритмы (Кушелева и Соколик) дают похожие результаты. Какой из них более правильный - покажет время. На международном конкурсе CASP результаты работы алгоритмов Кушелева и Соколик вписались в общую схему, т.е. пока не удалось выяснить, какой из алгоритмов лучше соответствует данным РСА, а данные РСА в свою очередь могут хуже соответствовать реальности, чем данные, скажем, программы Пикотех

2016.12.13 13:44:10

Какой критерий правильности алгоритма?

2016.12.13 13:49:40

Код второго белка (TBP1) комплекса 1VOL:

FT CDS 1..600
ATGACTGATC AAGGATTGGA AGGGAGTAAT CCAGTTGATC TTAGCAAGCA TCCTTCAGGG
ATTGTTCCTA CTCTTCAAAA CATTGTCTCC ACGGTGAACT TAGACTGCAA GCTAGATCTT
AAAGCCATAG CTTTGCAGGC TCGGAATGCT GAATATAATC CCAAGCGTTT TGCTGCGGTG
ATAATGAGGA TCAGAGAACC GAAGACTACA GCATTAATAT TCGCCTCAGG GAAAATGGTC
TGTACTGGAG CTAAGAGCGA GGACTTTTCG AAGATGGCTG CTAGAAAGTA TGCTAGGATT
GTGCAGAAAT TGGGATTCCC TGCAAAATTC AAGGATTTCA AGATTCAGAA TATTGTAGGT
TCTTGTGATG TCAAATTCCC TATAAGACTT GAAGGTCTTG CTTACTCTCA CGCTGCTTTC
TCAAGTTATG AGCCCGAGCT CTTCCCAGGG CTGATTTATA GGATGAAAGT CCCAAAAATC
GTCCTTCTAA TCTTTGTCTC TGGGAAGATC GTAATAACAG GAGCCAAGAT GAGAGATGAG
ACCTACAAAG CCTTTGAGAA TATATACCCC GTGCTCTCGG AATTCAGAAA GATACAGCAA
//

Вторичная структура белка (TBP1):

Три ортогональные проекции третичной структуры белка TBP1:

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/42385/1 … 9_orig.jpg

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/57422/1 … 9_orig.jpg

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/56621/1 … 5_orig.jpg

Анимация третичной структуры белка TBP1: https://cloud.mail.ru/public/24yd/Z4zL3JV7c

PDB-файл с координатами атомов: https://cloud.mail.ru/public/G8ec/vgprssf2g

2016.12.13 13:52:19

Andrei01 пишет:

Какой критерий правильности алгоритма?

Кушелев: К сожалению, метод рентгеноструктурного анализа (РСА) слишком грубый, чтобы отличить результаты работы алгоритма Виктории Соколик от результата работы алгоритма Александра Кушелева.

РСА фактически может ответить на вопрос: Есть альфа-спираль или её нет. Алгоритм Виктории Соколик на этом уровне не отличается от алгоритма Александра Кушелева.

Более тонкие критерии нужно ещё найти.

2016.12.13 13:55:19

Andrei01 Так РСА может ответить на вопрос про спираль или нет? Как может быть что спирали нет? Все в воздухе висит там?

2016.12.13 14:03:54

Andrei01 пишет:

Так РСА может ответить на вопрос про спираль или нет? Как может быть что спирали нет? Все в воздухе висит там?

Кушелев: Виктория говорит, что в её алгоритме третичная структура получается в результате дополнительной обработки, фолдинга. Типа того, что вторичная структура формируется не по таблице композиционного генетического кода, а в результате взаимодействия радикалов аминокислот. Эту гипотезу и предстоит ещё проверить.

В моём алгоритме вторичная и третичная структуры белковой молекулы формируются сразу, т.е. их можно определить по таблице композиционного генетического кода.

А у Виктории другая таблица, где не все коды соответствуют структуре. А дальше нужно анализировать её фразу: "Мы получим одинаковые результаты, но разными способами"

Что касается РСА, то он видит только спирали. Более тонкую структуру белка он не видит, но она безусловно есть, и программа Пикотех показывает одинаково хорошо как спиральные участки, так и все остальные.

2016.12.13 16:49:48

Вот что ответила эксперт на вопрос какой белок считать.
The 1VOL is a structure which contains 4 chains(parts) as can be seen in the attached figure.
Each chain in different color.
I'm intrested in chains A and B (the green and light blue in the figure) which are both protein chains and not nucleotiteds.
The 2 other chains (yellow and magneta)
ggctataaaa gggctg
cagccctttt atagcc
are nocleotides and DNA or RNA but not proteins.

2016.12.13 16:55:49

Кушелев: Обратите внимание на то, что программа Пикотех в автоматическом режиме(!) построила внешне похожие по форме структуру белковых молекул из комплекса 1VOL.
На картинке из PDB мы видим альфа-спирали.
По данным программы Пикотех их нет. Это говорит о том, что данные из PDB имеют систематические ошибки, т.е. авторы, анализирующие данные РСА пытаются изображать структуру белка из альфа-спиралей, а в реальности их там нет

2016.12.13 17:07:01

Кстати, пикотехнология белков - это модельно-экспериментальный метод. И как Вы можете убедиться, он в автоматическом режиме показывает правильные контуры белковых молекул. В таком случае он не может показывать неправильно тонкую структуру белка, т.к. она является основой, на которой получены контуры молекулы.

2016.12.13 17:15:01

Skype, 2016-12-13:

[14:14:38] Andrei: Так обе версии Виктория даст?
[14:17:01] Кушелев Александр Юрьевич: Я свою версию уже выложил на форум
[14:17:33] Кушелев Александр Юрьевич: А Виктория может переслать Вам свой вариант PDB-файлов и т.д.
[15:51:04] Andrei: А где pdb файл ваш там?
[15:57:17] Andrei: Также нужно точное время вычислений компьютером
[16:38:00] Кушелев Александр Юрьевич:
https://cloud.mail.ru/public/CFfm/qjhzdX63v
https://cloud.mail.ru/public/G8ec/vgprssf2g
[16:38:26] Кушелев Александр Юрьевич: Это два PDB-файла двух белковых молекул, входящих в комплекс 1VOL
[16:38:43] Кушелев Александр Юрьевич: Точное время вычисления я сказать не могу, но не больше 1 секунды
[16:39:02] Кушелев Александр Юрьевич: Речь идёт о вычислении координат атомов и записи PDB-файла
[16:40:56] Кушелев Александр Юрьевич: Что касается построения пикотехнологической модели, которая выглядит так:
https://cloud.mail.ru/public/KJ8y/1yG19gQTW
https://cloud.mail.ru/public/24yd/Z4zL3JV7c
то на это может уйти несколько минут. Чем больше аминокислот, тем дольше 3DS Max будет строить модель.

2016.12.13 18:07:49

Kushelev пишет:

А.Ю., Вы знаете ответ на свой вопрос. Напомню, что третий нуклеотид кодонов детерминирует лишь один из трех разновидностей вторичных структур в белке: спираль, бета-тяж или поворот. За разновидности спиралей отвечает специфика хвостов аминокислотных остатков в них входящих. А это уже не к коду, а к фолдингу.

2016.12.16 02:57:51

Татьяна Рясина пишет:

Про потенциальную заказчицу
На основании её постановки задания вы можете догадаться, что именно она исследует и какой результат хочет получить или проверить? И какие свойства ей нужно предсказать?

Кушелев: Она исследует комплекс 1VOL, состоящий из двух субъединиц белка и двух одноцепочечных РНК или ДНК. Цель таких исследований обычно заключается в понимании механизма взаимодействия белков с ДНК/РНК. Правильные модели безусловно могут дать больше информации об этом, чем неправильные. Поэтому я и планирую в ближайшее время создать PDB-файлы ДНК/РНК и всего комплекса 1VOL. По существу такая работа может привести к важным научным открытиям. Сейчас нобелевские премии присуждаются за менее важные и менее достоверные открытия

2016.12.20 10:47:12

[9:37:56] Andrei: так что там в PDB про электронный слой есть?
[10:16:25] Кушелев Александр Юрьевич: В PDB-стандарте задаются только координаты атомных ядер. Чтобы задать координаты электронов, нужно менять стандарт.
[10:16:51] Andrei: а расширить его можно?
[10:17:33] Кушелев Александр Юрьевич: Да. В рассылке я опубликовал проект стандарта PPDB
[10:17:37] Andrei: что дадут электроны как добавка?
[10:17:56] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld88.narod.ru/data/297.htm
[10:18:11] Кушелев Александр Юрьевич: Новый стандарт - новый уровень точности
[10:19:35] Andrei: ок
[10:19:50] Andrei: послал им, подождем что скажут
[10:20:42] Кушелев Александр Юрьевич: ОК! Самое интересное, если сработает автоматический докинг, и пикотехнологические модели соберутся в "матрёшку" 1VOL
[10:21:41] Andrei: а вручную почему будет неправильно?
[10:23:25] Кушелев Александр Юрьевич: Вручную правильно, но трудоёмко. А если заказчик запустит автоматический докинг, и "матрёшка" соберётся сама, то как говорится, "комментарии излишни"
[10:23:45] Кушелев Александр Юрьевич: Таких случайностей не бывает.
[10:24:00] Andrei: я написал им что можно и автоматически собрать
[10:24:10] Кушелев Александр Юрьевич: Отлично!

Подолжение

Совмещение пикомодели комплекса 1VOL с ДНК https://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/326684

Структура белка 1VOL. Совмещение с ДНК в Пикософте и PDB

24 декабря 2016, 21:28

Пикотехнология белков

Начало работы. Пикотехнологические модели двух частей комплекса 1VOL

https://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/326755

2016.12.16 16:28:47

Кушелев: В комплексе 1VOL не две одноцепочечные РНК, а двойная спираль из 16 ступеней:

http://www.rcsb.org/pdb/pv/pv.do?pdbid= … ionumber=1

2016.12.16 18:25:26

Так выглядят две субъединицы ДНК из комплекса 1VOL

Можно более или менее красиво изобразить пикотехнологическую модель ДНК изолированными атомами.

Так в программе Hyperchem изображаются атомы азотистого основания гуанина. В принципе сносно.

Осталось добавить координаты атомов рибозы и фосфатной группы. А дальше дублировать нуклеотид, поворачивать и смещать на вектор, который можно взять из скрипта-конструктора ДНК.

2016.12.16 20:43:58

Удалось вписать в PDB файл координаты атомов азотистого основания (гуанина) и рибозы.

Программа Hyperchem показывает атомы углерода светло-голубыми кружочками, атомы азота - синими, а атомы кислорода - красными. Верхний атом кислорода находится ближе к нам, чем плоскость азотистого основания, а два других - дальше. Все остальные атомы лежат в плоскости азотистого основания.

Осталось добавить атом фосфора и три атома кислорода, чтобы завершить модель нуклеотида.
После этого можно будет его дублировать, поворачивать и смещать на вектор, который можно позаимствовать из скрипта "Конструктор ДНК/РНК"

Координаты атомов для файла PDB были взяты по этой разметке:

Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/176331/ … 8_orig.jpg

2016.12.16 22:18:14

Координаты для PDB-файла определены.

Модель нуклеотида (гуанинмонофосфата) готова.

Теперь осталось построить 16 звеньев одноцепочечной РНК, дублируя, поворачивая и сдвигая на известный вектор модель одного нуклеотида.

Осталось найти программу, в которой удобно ввести PDB-файл с моделью нуклеотида, скопировать, сдвинуть и повернуть. Кстати, этот вектор нужно умножить на согласующий коэффициент, т.к. модель нуклеотида собрана в другом масштабе...

В скрипте "ДНК-конструктор" радиус кольца-электрона задавался равным 4.8, а в PDB радиус равен 0.7. Соответственно вектор и точка привязки должны быть умножены на коэффициент 0.7/4.8=0,1458333

В программе PyMol вроде можно было задать вращение и перемещение численно. А если не получится, то записать в виде скрипта для 3DS Max, построить модель ДНК и вывести в виде файла координат. После чего добавить координаты в PDB-файл.

Кстати, классная плоская модель нуклеотида получится. Всего 23 вершины тонкой фигуры. Надо посмотреть, как будет выглядеть. Очень компактное графическое представление...

2016.12.17 01:57:

Плоская модель нуклеотида, где вершинами являются выступающие ядра атомов, смотрится очень необычно...

Анимация: https://cloud.mail.ru/public/JXhm/Qz6NrbsRq

Построить на базе этой модели нуклеотида структуру одноцепочечной РНК - не проблема. Завтра мы с этого и начнём...

Плоские модели нуклеотидов могут очень пригодиться для моделирования гигантских РНК типа рибосомальной. Это очень компактное представление, в котором все ядра атомов могут быть установлены идеально.

2016.12.17 13:41:1

Модель одноцепочечной РНК, состоящей из 16 нуклеотидов: https://cloud.mail.ru/public/69Aq/DxC1qoVho

На этой модели заметно, что на один оборот спирали приходится не 10, а 6 оснований ДНК. При шаге спирали 34 ангстрема на каждую ступень приходится 34/6 =5.67 ангстрема. По общепринятой версии на каждую ступень приходится 34/10=3.4 ангстрема. Это связано с неправильной настройкой угла между нуклеотидами.

Позднее в процессе настройки я получил параметры, которые соответствуют данным РСА, т.е. 10 нуклеотидов на виток ДНК.

Так что углы поворота придётся подправить...

2016.12.17 14:25:55

анимация: https://cloud.mail.ru/public/2dCq/DYkHq7aJt

Теперь оформим эти координаты в виде PDB-файла.

2016.12.17 20:02:53

Но лучше сделать PDB-файл сразу для двухцепочечной РНК. Ведь удалить одну цепочку легко.

Анимация: https://cloud.mail.ru/public/3HLS/tEqiBm5wW

Понятно, что для 16 ступеней двухцепочечной ДНК PDB файл желательно сформировать с помощью скрипта для 3DS Max.

2016.12.17 20:28:56

Skype, 2016-12-17:

[20:19:39] Кушелев Александр Юрьевич: Привет, Валентин!
[20:19:54] Кушелев Александр Юрьевич: Может сохранить из скрипта PDB-файл?
[20:20:26] Кушелев Александр Юрьевич: Есть образец для 1 из 32 кусков, сделанный вручную
[20:22:20] Кушелев Александр Юрьевич: Правда, по образцу можно сделать 16 кусков PDB-файла, а другие 16 кусков на пару атомов меньше, поэтому я сделаю для них второй образец.
[20:25:56] Кушелев Александр Юрьевич: Второй образец отличается тем, что там отсутствует 14-й и 16- атомы из первого образца.
[20:28:25] Кушелев Александр Юрьевич: PDB-файл, который ты выведешь из скрипта, можно послать американскому заказчику, чтобы он вставил модель РНК в белковый комплекс. Если вставится, то это - победа пикотехнологии.
[20:29:16] Кушелев Александр Юрьевич: А если мы сами присобачим модель РНК к моделям белков, то можно будет опубликовать научную статью и подать на нобелевскую

2016.12.18 12:33:20 ПИКОМЕХАНИКА тРНК

2016.12.18 13:04:32 МОДЕЛЬ ФРАГМЕНТА ЛИЗОЦИМА

2016.12.18 13:42:11 МОДЕЛЬ ГИСТОННОГО КОМПЛЕКСА

2016.12.18 14:41:58 КОМПОЗИЦИОННЫЙ КОД

2016.12.18 15:28:05

Skype, 2016-12-18:

[15:26:25] Кушелев Александр Юрьевич: Образец PDB-файла для одной ступени РНК/ДНК
[15:27:46] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно по этому шаблону сделать файл для 16 ступеней по этим координатам
[15:28:50] Кушелев Александр Юрьевич: Это можно было бы сделать вручую в программе типа "Волков командер", где можно стоблцами оперировать. Но у меня эта программа не установлена...
[15:42:05] Va12220(valqwa): Саша, привет!
попробую. сегодня до вечера
[15:43:05] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю!
[15:51:14] Кушелев Александр Юрьевич: Интересно сделать вывод файла именно из скрипта, чтобы в будущем выводить такие файлы для РНК/ДНК и комплексов "белок-РНК/ДНК"

2016.12.18 18:56:57

Victoriy

А.Ю., ещё раз сделала модели нуклеотидов и модель двух комплементарных пар А=Т и G=С

Кушелев: Класс! Благодарю!

Что касается комплекса 1VOL, то там двухцепочечная ДНК, а я делаю модели РНК, т.к. из них ДНК получаются исключением OH групп.

2016.12.19 00:32:46

[0:19:33] Va12220(valqwa): все. спать? )

[0:19:57] Кушелев Александр Юрьевич: Класс!

[0:20:29] Va12220(valqwa): долго ли умеючи, ну смотри. делай выводы и поправки. пиши мне их.
[0:20:32] Кушелев Александр Юрьевич: А как ты оцениваешь сложность задачи показать все возможные точки роста молекулы белка?
[0:20:55] Кушелев Александр Юрьевич: На первом шаге 3 точки, на втором 9 и т.д.
[0:21:09] Va12220(valqwa): если ты дашь определение "точек роста молекулы белка" - то как обычную задачу
[0:21:42] Кушелев Александр Юрьевич: Ну помнишь задачу, где треугольник перемещался по трём вариантам?
[0:21:55] Кушелев Александр Юрьевич: Центр треугольника нужно изобразить точкой
[0:22:04] Кушелев Александр Юрьевич: От неё три точки
[0:22:09] Va12220(valqwa): скорее не помню. записи остались. по ним вспомню. когда найду )
[0:22:13] Кушелев Александр Юрьевич: От каждой следующей опять три точки
[0:22:48] Кушелев Александр Юрьевич: Вот алгоритм: .............

[0:23:13] Кушелев Александр Юрьевич: Но здесь по композиционному коду строится конкретная модель белка
[0:23:29] Кушелев Александр Юрьевич: Каждый аминокислотный остаток изображается многогранником
[0:23:39] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/263.htm
[0:23:43] Кушелев Александр Юрьевич: А нам нужно точкой
[0:24:16] Кушелев Александр Юрьевич: И чтобы на каждом шаге было показано не одна точка, а три, т.е. показаны все варианты композиции
[0:24:31] Кушелев Александр Юрьевич: На каждом шаге должно быть "дробление на три"
[0:24:50] Кушелев Александр Юрьевич: Точки должны утраиваться на каждом шаге алгоритма
[0:25:22] Кушелев Александр Юрьевич: Мы должны увидеть все варианты роста белка сразу
[0:25:34] Кушелев Александр Юрьевич: На первом шаге 3 варианта в виде 3 точек
[0:25:45] Va12220(valqwa): да можно все сделать. вот только уже не сейчас. сейчас - спать )

2016.12.19 00:56:40

Татьяна Рясина пишет:

А чем вообще сегодня с учётом современных возможностей можно как следует до атома увидеть молекулы белков? Чтобы таки сопоставить 3D визуализацию по методу Пикотеха и данные экспериментов? Что вообще может прийти на смену РСА?

Кушелев: Кольцевые грани атомов удалось увидеть с помощью АСМ в 2014-ом году: http://nanoworld88.narod.ru/data/493.htm

Однако прощупывать молекулы белков таким способом очень трудоёмко. Я предполагаю, что раньше смогут определить формы некоторых молекул, например, азотистых оснований. Когда увидят, что атомы в азотистых основаниях расположены в шахматном порядке, ситуация снова резко изменится. Ведь во всех базах типа PDB сегодня формы молекул неправильные даже на уровне топологии, не говоря о форме.

После подтверждения формы ступени ДНК с помощью АСМ пикотехнологию будут воспринимать серьёзно.

2016.12.19 02:16:17

[18.12.2016 22:00:47] Andrei: пришел ответ от доктора
[18.12.2016 22:01:31] Andrei: у Соколик лучше результат
[18.12.2016 22:01:37] Andrei: ближе к РСА
[18.12.2016 22:03:33] Кушелев Александр Юрьевич: Она к этому и стремилась.
[18.12.2016 22:04:04] Кушелев Александр Юрьевич: А можно посмотреть на этот ответ целиком?
[18.12.2016 22:04:38] Andrei: I used the models of PDB files to align with the experimental structure in the PDB.
For Kushelev model and 1volA the RMSD was 18 Angstrom (please see figure attached)

For Sokolik TFIIB_204 model and 1volA the RMSD was 16.5 Angstrom
Finally for the alignment of of TFIIB and TFIIB_204 the RMSD was 18 Angstrom.
I used the Pymol software to calculate the alignments.
I wonder whether there is explanation to those results or I miss something.
In addition the sequence of TFIIB 1volA is attached in FASTA file just to make sure the the structural models are based on this specific sequence.

[18.12.2016 22:08:42] Кушелев Александр Юрьевич: Нужна последовательность FASTA и рисунки, вложенные в письмо
[18.12.2016 22:08:42] Andrei: еще есть файлы
[18.12.2016 22:08:49] Кушелев Александр Юрьевич: Давайте их посмотрим
[18.12.2016 22:09:13] Кушелев Александр Юрьевич: 18 анстрем - неплохо для РСА
[18.12.2016 22:09:56] Andrei: так 2А пишут в базе
[18.12.2016 22:10:07] Andrei: технология улучшилась
[18.12.2016 22:10:14] Кушелев Александр Юрьевич: Там можно и 0.002А написать. Вы тоже поверите?
[18.12.2016 22:10:45] Andrei: это официальная база, если обманут то это уголовное дело
[18.12.2016 22:10:55] Andrei: никто с этим не будет связываться
[18.12.2016 22:11:06] Andrei: там и репутация автора
[18.12.2016 22:11:31] Andrei: это не совок что кто что хочет то и пишет так как ответственности нет
[18.12.2016 22:11:55] Andrei: послал
[18.12.2016 22:11:59] Кушелев Александр Юрьевич: Вы же видели, что в 2012-ом году "обман" уменьшился на 3% по сравнению с 2010-ым годом
[18.12.2016 22:13:11] Кушелев Александр Юрьевич: Давайте лучше файлы посмотрим.
[18.12.2016 22:13:17] Andrei: послал говорю
[18.12.2016 22:13:26] Кушелев Александр Юрьевич: По почте?
[18.12.2016 22:13:30] Andrei: да

>1VOL:A PDBID CHAIN SEQUENCE
AMMNAFKEITTMADRINLPRNKVDRTNNLFRQAYEQKSLKGRANDAIASACLYIACRQEGVPRTFKEI
CAVSRISKKEIGRCFKLILKALETSVDLITTGDFMSRFCSNLCLPKQVQMAATHIARKAVELDLVPGRS
PISVAAAAIYMASQASAEKRTQKEIGDIAGVADVTIRQSYRLIYPRAPDLFPTDFKFDTPVDKLPQL

[18.12.2016 22:14:15] Andrei: забыл тот ответ - так почему днк должно войти в белок?
[18.12.2016 22:20:35] Кушелев Александр Юрьевич: Комплекс 1VOL - это две белковые молекулы, которые читают ДНК, поэтому структура белковых молекул должна быть согласована со структурой ДНК.
[18.12.2016 22:21:08] Кушелев Александр Юрьевич: РСА показывает, что ДНК проходит внутри белковых молекул. Но деталей не показывает.
[18.12.2016 22:21:35] Кушелев Александр Юрьевич: Если мы сделаем правильные пикотехнологические модели белков и ДНК, то увидим, как они сопрягаются на уровне пикометров.
[18.12.2016 22:22:00] Кушелев Александр Юрьевич: А реальная точность моделей, построенных по данным РСА - десятки-сотни ангстрем.
[18.12.2016 22:22:04] Andrei: когда это будет готово?
[18.12.2016 22:22:55] Кушелев Александр Юрьевич: Если сегодня Валентин сможет вывести PDB-файл молекулы ДНК, то сегодня же можно и попробовать совместить модель ДНК с моделями белков
[18.12.2016 22:23:53] Andrei: щас тогда напишу ей интересно ли ей это направление
[18.12.2016 22:24:46] Andrei: или лучше подождать?
[18.12.2016 22:24:53] Andrei: а то вдруг не сойдется
[18.12.2016 22:24:56] Кушелев Александр Юрьевич: Вы можете написать, что нам интересно построить полную модель комплекса, т.е. proteins + DNA
[18.12.2016 22:25:24] Кушелев Александр Юрьевич: Лучше немного подождать. Нужно проанализировать то, что она написала.
[18.12.2016 22:25:28] Andrei: ага

2016.12.19 09:12:30

Skype, 2016-12-19:

[2:47:17] Кушелев Александр Юрьевич: PDB-файл ДНК готов
[8:52:08] Andrei: нужно к нему описание
[8:52:35] Andrei: что сделано и что хотим показать этим
[9:13:14] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно сделать модель всего комплекса. Вот тогда будет что показать на Нобелевскую

2016.12.19 12:03:48

Кушелев: Я так понял, что это сопоставление моей модели TFIIB с моделью из PDB

Модель комплекса из PDB

2016.12.19 15:18:09 ПИКОСОФТ СТАТЬИ, ПЕРЕПИСКА С CASP

2016.12.19 15:36:07

[15:39:17] Кушелев Александр Юрьевич: Несколько кадров из анимации комплекса TBP1+DNA (электронный слой):

[15:44:34] Кушелев Александр Юрьевич: Тут ещё есть любопытный момент. В банке PDB в комплексе 1VOL показана общепризнанная, но неправильная модель ДНК. Там показаны 16 ступеней ДНК. В пикотехнологической модели комплекса TBP1+DNA (электронный слой) видно, что в белок входит фактически 2 (максимум 3) ступени ДНК. Таким образом можно констатировать факт, что по данным РСА размер ДНК определён с погрешностью типа 400%. Абсолютная ошибка превышает 10 ангстрем в длину участка ДНК.

2016.12.19 17:58:26

Victoriy

Ещё один момент: АЮ не торопитесь с обнародыванием своей модели ДНК, Вы точно отпугнёте заказчицу. Если с белками как говориться бабушка на двое сказала: у каждого своя конформация, которая ещё может и видоизменяться в процессе функционирования. То в структуре ДНК не сомневается ни один биолог и Вам на слово никто не поверит. Кстати с Вашей "новой" моделью ДНК я тоже не могу согласиться.
Не надо загружать заказчика Вашими подробностями и трудностями. Сейчас модели белков, нуклеиновых кислот, лигандов вручную никто не совмещает (это дилетантство), обычно используют метод виртуального молекулярного докинга. (дружеский совет во благо)

2016.12.19 18:11:41

Victoriy

Вопрос к А.Ю.: Ваш файл pdb для нуклеотидной последовательности соответствует общепринятой последовательности атомов в нуклеотиде? Если да, то я буду тоже ориентироваться на данную нумерацию и последовательность атомов, если Вы не сверяли, то это придётся уточнять для однозначного воспроизведения координатных файлов нуклеиновых кислот вьюерами.

2016.12.19 18:14:02

Victoriy пишет:

Вопрос к Андрею: Вы порекомендовали заказчице покрутить мои модели в Молекулярной Динамике? Мне кажется, что после такой процедуры сходство с моделями, построенными по данным РСА, должно стать ещё больше.

Предложение для А.Ю. и Андрея: посмотрите в архиве Наномира мои публикации по пикотехнологии (там и про углы, и про карты Рамачандрана, и что самое главное на языке биологии).

Кушелев: Самое лучшее - это книга "Пикотехнология белков". Андрей хочет прочитать эту книгу.

2016.12.19 18:27:09

Victoriy пишет:

Сейчас модели белков, нуклеиновых кислот, лигандов вручную никто не совмещает (это дилетантство), обычно используют метод виртуального молекулярного докинга. (дружеский совет во благо)

Кушелев: Отлично! Значит достаточно передать заказчику PDB-файлы белков и ДНК, и метод молекулярного докинга сделает своё дело.

Что касается

Victoriy пишет: Вашей "новой" моделью ДНК я тоже не могу согласиться.

то эта модель ДНК была создана в 2011 году. Сегодня я планирую создать окончательный PDB-файл двухцепочечной пикотехнологической модели РНК / ДНК (ядерный слой), который можно будет отослать заказчику для совмещения с моделями белков комплекса 1VOL.

Как видите, в среде 3DS Max модель ДНК идеально совместилась с моделью белка TBP1. Кстати, Вы тоже можете попробовать совместить Ваши модели белков и ДНК. Вдруг они у Вас тоже идеально совместятся

Анимировать: https://cloud.mail.ru/public/Ft3F/o4v8jS5ov

Совмещение пикотехнологической модели ДНК (ядерный слой) с пикотехнологической моделью белка TBP1. Отчётливо видно сопряжение на уровне трёх ступеней ДНК.

Анимировать: https://cloud.mail.ru/public/Ft3F/o4v8jS5ov

Совмещение пикотехнологической модели ДНК (электронный слой) с пикотехнологической моделью белка TBP1

2016.12.19 18:32:09

Victoriy пишет:

Кушелев: Я взял из базы PDB-файл с ДНК и просто поменял координаты.

2016.12.19 19:41:41

[16:18:31] Andrei: так подождем до второй модели?
[16:26:39] Кушелев Александр Юрьевич: Вообще-то и первая модель белка - гарантия успеха
[16:27:36] Кушелев Александр Юрьевич: Так что можно посылать 4 ролика анимации, а PDB-модель нужно смасштабировать на коэффициент 0.6 Лучше это сделать самим.
[16:27:53] Кушелев Александр Юрьевич: Жаль, что программист занят. Он бы это сделал за 5 минут
[16:28:05] Andrei: не проблема, подождем
[16:28:57] Кушелев Александр Юрьевич: Через час-два попробую разобраться со вторым белком
[16:29:19] Кушелев Александр Юрьевич: Он не такой очевидный, а в базе данных PDB вообще "полный привет"
[16:30:04] Кушелев Александр Юрьевич: Там альфа-спирали нарисовали "как бог на душу положит", а модель ДНК с неправильной ориентацией ступеней, поэтому короче в 4 раза
[16:30:21] Andrei: https://cloud.mail.ru/public/5j2J/R81Y4QJjC
[16:30:29] Andrei: это не работает
[16:30:41] Andrei: и вторая тоже
[16:30:48] Кушелев Александр Юрьевич: Я заменил 2 ролика на 4
[16:30:51] Andrei: аа
[16:31:06] Кушелев Александр Юрьевич: Названия поменялись, поэтому я старые два стёр
[16:31:19] Andrei: надо было тут тоже стереть
[16:31:26] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[16:31:33] Кушелев Александр Юрьевич: Исправлюсь в будущем
[16:31:45] Кушелев Александр Юрьевич: Появлюсь через час-два
[16:34:46] Andrei: может там надо подписать в видео что там что?
[17:59:16] Кушелев Александр Юрьевич: Там в названии подписано
[17:59:36] Andrei: ну пусть так
[18:00:05] Кушелев Александр Юрьевич:
[16:28:20] Кушелев Александр Юрьевич: Привет! А ты можешь все координаты в PDB-файле умножить на 0.6 ?
[17:43:34] Va12220(valqwa): МОГУ )
сегодня как доеду и вспомню - то сделаю
[18:00:37] Andrei: отлично
[19:00:33] Кушелев Александр Юрьевич: Комплекс TBP1+DNA идеально вложился в полость белка TFIIB
Сейчас компьютер делает анимацию.
[19:00:42] Andrei: супер
[19:01:55] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория написала на форуме, что против моей модели ДНК. Интересно будет посмотреть, как вставится в комплекс модель ДНК от Виктории. Она пыталась сделать свою модель ДНК максимально приближенной к общепринятой, т.е. из банка PDB
[19:27:43] Кушелев Александр Юрьевич: Это ещё один ролик с TBP1, но без электронного слоя. Так больше видно. https://cloud.mail.ru/public/BR8K/MoUHKhtG5
[19:28:10] Кушелев Александр Юрьевич:

А это ролик всего комплекса 1VOL:

https://cloud.mail.ru/public/5eaU/5T7v7mCwM

[19:29:15] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, ДНК вставляется в маленький белок TBP1, а он в свою очередь вставляется в полость более крупного белка TFIIB
[19:31:07] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно, нужно ещё применить инструмент "молекулярная динамика", чтобы из жесткой геометрической модели получить гибкую физическую, но это уже профессионалы разберутся
[19:36:57] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, Виктория написала на форуме, что совмещение белков автоматизировано. Так что наш заказчик может самостоятельно совместить PDB-файл модели DNA/RNA с моделью белка TBP1, а потом совместить этот комплекс с белком TFIIB. Технологию молекулярной динамики нужно будет применить сначала после, а потом до совмещения. Если молекулярная динамика на уровне нанотехнологии портит пикотехнологические модели, то применение до совмещения даст хуже результат совмещения.
Кстати, комплекс 1VOL похож на 3 матрёшки. Самая маленькая - ДНК, вторая - белок TBP1, а самая большая - белок TBIIB
[19:37:43] Andrei: так ее модель тоже подошла?
[19:38:59] Кушелев Александр Юрьевич: Виктории? Это мы скоро узнаем
[19:39:03] Andrei: молекулярная динамика это известное что-то всем?
[19:39:10] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[19:39:21] Кушелев Александр Юрьевич: Программа PyMol её может делать
[19:39:49] Кушелев Александр Юрьевич: У Виктории и у заказчика она есть, а у меня была, но сейчас нет
[19:40:19] Кушелев Александр Юрьевич: Для неё желательно отдельный компьютер иметь, иначе может всё посыпаться...

2016.12.19 20:15:00

Andrei01 пишет:Victoriy пишет:

Виктория, а вы можете примеры привести, что сходство увеличится? То есть разница в 18А там уменьшится?

Victoriy

Андрей, я уже Вам писала, что в отличие от Кушелева, моя программа моделирует не конечную конформацию белка, а его СТРУКТУРНЫЙ ШАБЛОН (хотя он оказался ближе к экспериментальным моделям, чем у А.Ю.). Т.е. это структура белка, которая синтезируется на рибосоме БЕЗ влияния микроокружения, но по собственному генкоду (точнее гену). В клетке после того, как структурный шаблон белка синтезирован он подвергается действию всевозможных физических сил (начиная от электростатических и заканчивая Ван-дер-вальсовыми). Этот процесс носит название фолдинг белка. Так вот, процесс фолдинга моего структурного шаблона в конечную конформацию белка можно смоделировать при помощи молекулярной динамики. Мы получим функциональную конформацию белка, которая будет сравнима с моделями, построенными по данным РСА. И разумеется разница в 16,5 Ангстрем должна в разы уменьшиться. А сейчас заказчик сравнивает жесткий скелет с гибким телом и естественно получает такие расхождения. Вот я и предлагаю заказчику самостоятельно превратить скелет в гибкое тело, удивиться и поверить в свой собственный результат, тем более, что нужен он ей, а не мне.

2016.12.19 20:18:40

Victoriy А.Ю., обратите внимание, что Вы сделали модель комплекса с 3-мя нуклеотидами, вместо 16. И если в узле состыковки нуклеотидные хвосты не актуальны, то комплементарные пары нуклеотидов должны быть. Я так думаю:)

2016.12.19 20:21:00

Andrei01

Виктория, хорошо. Напишу им об этом. Поэтому они и слали свои данные, чтобы мы поняли почему такое различие большое в 6 раз.

2016.12.19 20:26:08

Victoriy пишет:

в отличие от Кушелева, моя программа моделирует не конечную конформацию белка, а его СТРУКТУРНЫЙ ШАБЛОН (хотя он оказался ближе к экспериментальным моделям, чем у А.Ю.)

Кушелев

Уважаемая Виктория! А Вы не могли бы осуществить автоматических докинг моделей белков TBP1 и TFIIB ?

Интересно посмотреть, состыкуются ли Ваши модели между собой и мои модели между собой автоматически?

Вручную у меня получилось: https://cloud.mail.ru/public/5eaU/5T7v7mCwM

Теперь интересно проверить автоматизированный докинг. Насколько он работоспособен?

Кстати, непонятно, как Ваша программа строит 310-спирали? По Вашей таблице их в шаблоне быть не должно...

2016.12.19 20:33:02

Victoriy пишет:

А.Ю., обратите внимание, что Вы сделали модель комплекса с 3-мя нуклеотидами, вместо 16. И если в узле состыковки нуклеотидные хвосты не актуальны, то комплементарные пары нуклеотидов должны быть. Я так думаю:)

Кушелев: Я специально убрал половину нуклеотидов, чтобы виднее было. А на модели, где показаны только ядра, ступени целые (пары нуклеотидов). В файле PDB тоже модель двойной ДНК, причём все 16 ступеней.

А заказчик может укорачивать и разбирать модель ДНК из PDB-файла по своему усмотрению.

2016.12.19 20:36:03

Andrei01 пишет:

Кушелев: Самое интересное - провести автоматический докинг для комплекса 1VOL. Он должен дать разный результат для вариантов моделей Виктории Соколик и Александра Кушелева. Интересно же посмотреть, в каком варианте лучше состыкуются белки между собой и с ДНК

2016.12.19 20:37:25

Victoriy

Увы, у меня пока нет навыков самостоятельного выполнения докинга, тем более 3 высокомолекулярных полимеров. С коллегами из Киева в этом году был сделан докинг куска из 63 а.о. белка предшественника амилоида (AбетаPP), содержащего сам бета-амилоидный пептид, с куркумином. Опубликовано в Advances in Biochemistry. – 2016. – V. 4, Is. 4. – P. 34-46.
Поэтому я и призываю в нашу команду биоинженера/молекулярного биолога с опытом работы в молекулярном моделировании.

2016.12.19 21:01:56

Кушелев: А может быть программы типа PyMol могут автоматически выполнять докинг двух белковых молекул?

2016.12.19 21:31:03

Victoriy

Мы использовали инструмент CCDC GOLD Suite 5.1 для докинга и его же оценочные функции для характеристики устойчивости комплекса. Для меня PyMol не более чем вьюер.

2016.12.19 20:42:1

Татьяна Рясина

На сегодняшний день мы стали проще относиться к идолу РСА в результате продолжительной беседы.

Почему бы не выработать отношение попроще и к идолу ДНК?

Вот допустим ответы по задачке заказчицы готовы, пусть они даже отправлены.

Можно же написать что-то вроде, вдогонку:
Позвольте ознакомить Вас с нашей критикой общепринятой модели ДНК
Мы провели моделирование ДНК методами Пикотехнологии.
Наши поправки по алгоритмам Пикотехнологии выявили следующие различия с общепринятой моделью /....../
Корректность наших поправок подтверждается тем что /...../
В дополнении к только что решённой нами для Вас задаче и при совмещении полученной структуры и нашей модели ДНК мы получим следующее /......./ Таким образом /......./

И ещё вопрос к уважаемым изобретателям Пикотеха:
кто напишет в Германию в лабораторию которая увидела электроны-колечки на АСМ
про то что:
1) мы занимаемся моделированием атомов, молекул и молекулярных структур с помощью модельного представления об электронов как о закольцованных стоячих волнах (ссылки)
2) Ваша работа подтверждает эти модели
3) Мы разработали Пикотех для моделирования белковых структур
3) Проверьте пожалуйста базовые структуры белков экспериментально (список наименований, дизайн эксперимента)

Андрей и Виктория, вы можете сформировать максимально полый список критики, вопросов, опровержений и пр. по модели ДНК А.Ю., чтобы в итоге получить хорошую аргументацию в её пользу...

2016.12.19 21:16:46

Кушелев

Всё это актуально, но сложно на уровне голого энтузиазма. Нужно найти заинтересованных людей, которые продвинут новое научное направление "по полной программе". Ведь пикотехнология белков была создана уже в 1993-ем году, а развивается она без нормального финансирования "черепашьими шагами"...

2016.12.19 21:13:10

Victoriy пишет:

А.Ю., мне интересно: в Вашей модели комплекса последовательность нуклеотидов не имеет значение?

Кушелев: Нет, конечно. Если комплекс занимается транскрипцией ДНК, то он должен одинаково хорошо заниматься транскрипцией любых последовательностей.

Кстати, ключевые аминокислотные остатки как бы прикасаются к центральным зонам соседних ступеней ДНК:

2016.12.20 00:14:09

[19.12.2016 19:44:15] Andrei: Щас попробую все оформить и послать им
[19.12.2016 19:47:32] Кушелев Александр Юрьевич: Скоро приедет домой программист. Тогда будет нормальный PDB-файл DNA / RNA
[19.12.2016 19:56:12] Andrei: а, я думал уже готово
[19.12.2016 19:56:42] Andrei: А это ролик всего комплекса 1VOL:
[19.12.2016 20:00:15] Кушелев Александр Юрьевич: Ролик-то готов, а PDB-файл ДНК/РНК ещё не готов
[19.12.2016 20:01:58] Andrei: Книга вроде 74 евро стоит
[19.12.2016 20:02:20] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Электронный вариант 6 USD
[19.12.2016 20:02:31] Andrei: там не было электронного варианта
[19.12.2016 20:02:48] Кушелев Александр Юрьевич: У авторов есть
[19.12.2016 20:04:45] Andrei: как называется ядерный слой на английском?
[19.12.2016 20:05:23] Кушелев Александр Юрьевич: nuclear
[19.12.2016 20:05:56] Andrei: nuclear layer?
[19.12.2016 20:06:15] Кушелев Александр Юрьевич: Да. В файлах подписано nuclear и electronic
[19.12.2016 20:06:34] Andrei: ок
[19.12.2016 20:06:59] Andrei: Файлы лучше загружать на dropbox
[19.12.2016 20:07:36] Andrei: а то сайт на русском, они не поймут
[19.12.2016 20:08:29] Кушелев Александр Юрьевич: Загрузите, если сможете
[19.12.2016 20:08:42] Andrei: загружаю
[19.12.2016 20:08:44] Кушелев Александр Юрьевич: Или в письмо вложите
[19.12.2016 20:09:05] Andrei: в письмо не получится, тот сайт на русском
[19.12.2016 20:09:29] Кушелев Александр Юрьевич: Вы тогда ссылочку на эти файлы в dropbox опубликуйте, чтобы англоязычные читатели форума тоже смогли скачать и изучить.
[19.12.2016 20:09:46] Кушелев Александр Юрьевич: Сами файлы в письмо можно вложить по любому
[19.12.2016 20:10:04] Andrei: нет конечно, почта не пропустит
[19.12.2016 20:10:34] Andrei: я не даю ссылки для всех
[19.12.2016 20:11:13] Кушелев Александр Юрьевич: Только русскоязычным разрешаете файлы скачивать?
[19.12.2016 20:11:33] Andrei: там настройки есть
[19.12.2016 20:11:40] Кушелев Александр Юрьевич: Ушлые китайцы всё-равно с облака мэйл ру скачают
[19.12.2016 20:11:40] Andrei: надо настраивать специально
[19.12.2016 20:45:19] Andrei: так у вас тоже не учитываются силы на белок как у Виктории?
[19.12.2016 20:49:08] Кушелев Александр Юрьевич: Мой алгоритм пока реализован на геометрическом уровне, но генетический код дублирует физико-химические взаимодействия, поэтому подавляющее большинство участков белковых молекул не модифицируются после рибосомальной сборки белка. А те, которые модифицируются, можно смоделировать по дополнительной информации. Бывают и редкие случае, когда "всё сложно"
[19.12.2016 20:50:41] Кушелев Александр Юрьевич: В нашем случае 1VOL похоже, что белки не модифицируются, но в нормальных условиях они могут гнуться, защёлкиваться и т.д. Так что по хорошему учитывать физику и химию нужно.
[19.12.2016 20:50:57] Кушелев Александр Юрьевич: Это уже проблема заказчика.
[19.12.2016 20:51:30] Кушелев Александр Юрьевич: Если нам закажут исследование динамики белка, тогда это будет уже "совсем другая песня" и "совсем другие деньги"
[19.12.2016 20:51:58] Andrei: а почему же тогда оно налезло друг на друга само?
[19.12.2016 20:52:52] Кушелев Александр Юрьевич: Исследователи белков могут выращивать кристаллы в разных условиях, добиваясь фиксации молекул в разных состояниях. В результате они могут получить "фотки" в разных положениях частей молекулы белка.
[19.12.2016 20:53:38] Кушелев Александр Юрьевич: В нашем случае ДНК и белки совместились, т.к. их форма сильно не меняется после сборки рибосомой
[19.12.2016 20:54:09] Кушелев Александр Юрьевич: А бывают белки, которые надкусываются, из кусков собираются крупные агрегаты и т.д.
[19.12.2016 22:50:42] Кушелев Александр Юрьевич: Программист ещё едет домой
[19.12.2016 22:50:59] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы аннотацию к книге "Пикотехнология белков" заказчику посылали?
[19.12.2016 22:51:01] Кушелев Александр Юрьевич:
The greatest enemy of knowledge is not ignorance, it is the illusion
Stephen Hawking
Sokolik VV, Kushelev AY
Geometry live nanoworld. Pikotechnology proteins / VV Sokolik, AY Kushelev. -
Kharkov: Publishing, 2015. – 255 p.

ISBN 978-3-659-92862-8

The monograph is devoted to the 3D-structure of molecules and polymers in
living systems. The analysis of the modern understanding of the fundamental concepts
of the physical volume of the atom, chemical bonding, and the genetic code is
presented. Based on statistical analysis of the experimental data on the protein structure
is justified coding secondary structure and structural polypeptide template of protein
in the genome. Propose additions table of the genetic code of proteins and peptides,
which formed the basis of the geometric algorithm software decoding structural
template protein, are Molecular Constructor and Picotex. The hypothesis of recoding
information to third nucleotide codon in the corresponding peptide bond rotamer directly
3D-structure isoacceptors tRNA is formulated. Mathematical analysis of contingency
angles φ and ψ (Ramachandran map) revealed their frequency changes as
possible to substantiate the mechanism of post-translational protein folding.
The book is intended for professionals involved in research in the field of molecular
biology, bioinformatics, biochemistry and biophysics.
Table: 36. Ill: 117. Refs: 227 titles.
[19.12.2016 22:51:40] Andrei: Ну как доедет, не горит)
[19.12.2016 22:51:52] Andrei: Посылал
[19.12.2016 22:52:12] Кушелев Александр Юрьевич: А рецензии?
[19.12.2016 22:52:26] Кушелев Александр Юрьевич: Это самое научное...
[19.12.2016 22:56:29] Andrei: тоже, это все теория
[19.12.2016 22:56:34] Andrei: нужны примеры
[19.12.2016 22:57:52] Кушелев Александр Юрьевич: Какая же теория, когда речь идёт о модельных экспериментах, подтверждённых в 2015-ом году натурными (АСМ)?
[19.12.2016 22:58:15] Andrei: на практике нет применений
[19.12.2016 22:59:20] Кушелев Александр Юрьевич: Пикотехнология белков - это и есть практическая технология, которая базируется на модельных экспериментах теперь уже подтверждённых прямыми экспериментами (АСМ)
[19.12.2016 23:00:00] Andrei: коммерческой прибыли нет от этого на практике
[19.12.2016 23:00:05] Andrei: надо искать
[19.12.2016 23:01:25] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория пишет, что не владеет программой, где делается автоматический докинг. Может быть имеет смысл попросить заказчика применить автоматический докинг для сравнения моделей белков и ДНК от Кушелева и Соколик?
А раз заказчик может сравнивать модель Кушелева с моделью из PDB, значит сможет сравнить и модель Кушелева с моделью Соколик. Интересно, на сколько ангстрем отличаются наши модели?
[19.12.2016 23:01:36] Кушелев Александр Юрьевич: Прибыль будет, не торопитесь.
[19.12.2016 23:01:52] Andrei: ничего просить не можем
[19.12.2016 23:02:22] Кушелев Александр Юрьевич: А предлагать?
[19.12.2016 23:02:31] Andrei: покажем идеи а дальше если стоящая то может быть сможет найти практическое применение
[19.12.2016 23:03:24] Кушелев Александр Юрьевич: Они же сами заинтересованы сделать модель комплекса 1VOL. Если они умеют делать автоматический докинг, то смогут попытаться сделать его в варианте моделей Кушелева и Соколик. В одном из вариантов должно получиться лучше.
[19.12.2016 23:03:38] Кушелев Александр Юрьевич: У меня вручную получилось, а у них автоматически должно получиться.
[19.12.2016 23:04:04] Andrei: зачем им это
[19.12.2016 23:06:16] Кушелев Александр Юрьевич: Их цель, как я понял, выяснить механизм работы комплекса 1VOL
[19.12.2016 23:06:30] Кушелев Александр Юрьевич: Применить для этого автоматический докинг - сам бог велел
[19.12.2016 23:07:15] Кушелев Александр Юрьевич: А дальше они могут сравнить, какие модели лучше собираются в "матрёшки", от Кушелева или от Виктории. Они же рассчитали 18 и 16.5 ангстрем?
[19.12.2016 23:07:20] Кушелев Александр Юрьевич: Значит нужно.
[19.12.2016 23:07:30] Andrei: что дает докинг?
[19.12.2016 23:08:04] Кушелев Александр Юрьевич: Автоматическую сборку "матрёшки". Я-то делал вручную. Интересно получится та же структура в автоматическом режиме?
[19.12.2016 23:08:36] Andrei: пусть сначала это посмотрят
[19.12.2016 23:08:46] Andrei: посмотрим что скажут
[19.12.2016 23:08:47] Кушелев Александр Юрьевич: Безусловно

2016.12.20 00:50:03

Skype, 2016-12-20:

[0:33:35] Кушелев Александр Юрьевич: Программист добрался до дома. Сказал, что сейчас сделает PDB-файл ДНК
[0:52:15] Кушелев Александр Юрьевич: Файл готов

PDB-файл: https://cloud.mail.ru/public/LNUH/7JNWA75Nk

ОБНАРУЖЕНА ОШИБКА В ПРОГРАММЕ, ИСПРАВЛЯЕМ

2016.12.21 18:04:46

aest пишет:

вы пытались продавать наивным биологам ваши модели белков по 10000 уе, заверяя о пикоточности в то время, как у вас в алгоритме ошибка была ? Некрасиво как-то получается.

Кушелев: Конечно некрасиво. Поэтому пытаемся исправить ошибку, но это дело непростое... Углы уже удалось исправить, но в программе Дениса Савина где-то ещё запрятаны смещения. Ищем.

Обнаружена навигационная система тРНК!

16 октября 2016, 18:21

Пикотехнология белков

http://nanoworld88.narod.ru/data/227.htm

Видео

Пикотехнологическая модель псевдоуридиновой петли тРНК показывает, что расположенный на краю петли цитозин обладает подвижностью, является резонансной системой, которая обладает свойствами детектора акустических колебаний, источником которых является рибосома. Одна из двух (псевдоуридиновая или дигидроуридиновая) петель, которая находится ближе к источнику гиперзвука, возбуждается сильнее, среднее положение цитозина смещается, увеличивая длину петли. В результате, петля начинает двигаться медленнее, и тРНК заворачивает на источник гиперзвука, т.е. к рибосоме.

Схематическое изображение тРНК. На краях псевдоурациловой и дигидроурациловой петель изображены азотистые основания (цитозины) в невозбуждённом состоянии. В отсутствии акустического сигнала рибосомы тРНК движется по прямой, вращаясь вокруг большой оси.

Если же появляется акустический сигнал рибосомы, то цитозины начинают колебаться, причём амплитуда колебаний возрастает, если цитозин приближается к рибосоме. При этом ближний к рибосоме цитозин сильнее тормозит, в результате чего тРНК заворачивает к источнику акустического синала, т.е. к рибосоме.

Приблизительно так работает навигационная система тРНК

Упрощённая модель тРНК, визуализирующая механизм навигации тРНК.
Крайние цитозины псевдоурациловой и дигидроурациловой петель тРНК подвижны и являются элементами резонансного рулевого управления тРНК. Амплитуда асимметричных колебаний цитозинов тем выше, чем ближе они к источнику гиперзвука, которым является активный центр рибосомы. Таким образом, тРНК плывут на зов рибосомы.

Скрипт для 3DS Max:

b1 = box length:1 width:1 height:1 pos:[-3,0, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b2 = box length:1 width:1 height:1 pos:[-2,0, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b3 = box length:1 width:1 height:1 pos:[-1,0, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b4 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,0, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b5 = box length:1 width:1 height:1 pos:[1,0, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b6 = box length:1 width:1 height:1 pos:[2,0, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b7 = box length:1 width:1 height:1 pos:[3,0, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b8 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,1, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b9 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,2, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b10 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,3, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b11 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-1, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b12 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-2, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b13 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-3, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b14 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-4, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b15 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-5, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
g1 = group #(b1,b2,b3,b4,b5,b6,b7,b8,b9,b10,b11,b12,b13,b14,b15)
c1 = box length:1 width:0.2 height:1 pos:[-3.65,-0.55, -0.5] wirecolor: [255,255,0]
c2 = box length:1 width:0.2 height:1 pos:[3.65,-0.55, -0.5] wirecolor: [255,255,0]
c1.pivot = [-3.6,-0,-0,5]
rotate c1 -90 [0,0,1]
c2.pivot = [3.6,0,-0,5]
rotate c1 90 [0,0,1]

На современном компьютере можно будет создать компьютерную графику с менее упрощённой моделью тРНК...

Материал с форума лаборатории Наномир:

Пространственная структура биомолекул

Victoria: Крайние цитозины псевдоуридиловой и дигидроуридиловой петель формируют канонические комплементарные пары с гуанинами даже во вторичной структуре клеверного листа.

Кушелев: Нет, на схеме показано, что они не образуют комплементарных пар:

Крайние гуанин и цитозин соединены только через фосфатные группы.

Victoria: Такие пары G-C расположены в начале каждой из трёх петель тРНК (а также входят в состав всех стеблей тРНК). Поэтому "крайние" цитозины быть "ластами" тРНК при её движении на зов рибосомы НЕ МОГУТ.

Кушелев: В начале петель действительно расположены комплементарные пары G-C, но на краю петель расположены одиночные нуклеотиды G и C, которые не образуют между собой водородных связей.

Victoria: Понятно, Вы имели в виду цитозин на другом краю псевдоуридиловой петли.Но в дигидроуридиловой петле цитозина то НЕТ. Что мы будем с этим делать. Кто будет ластами махать вместо цитозина?

Кушелев: А если внимательнее посмотреть?

Виктория Соколик: На этой схеме ошибка. Я специально сверялась с данными тРНК-банка: цитозина в дигидроуридиловой петле нет. Обе петли (дигидроуридиловая и псевдоурациловая) состоят из 7 нуклеотидов каждая. Посмотрите сообщение №39 этой темы.

Кушелев: Если не CG, то UG. Резонансные частоты могут совпадать. Кстати, в таблице есть очень полезная информация. Особенно по вариабельным петлям... Кстати, нет ли у Вас таблицы, где вместо кодонов типа XYA находятся 64 кодона в явном виде?

Виктория Соколик: Если Вы спрашиваете о таблице с первичной структурой петель изоакцепторных тРНК, то я её составляла сама по данным из тРНК банка. В последнем приведена информация не для всех разновидностей изоакцепторных тРНК для каждой аминокислоты. В моей таблице представлена информация по тем аминокислотам, для которых информация наиболее полная. Что же до дуплета первых двух нуклеотидов кодона, то что Вам мешает подставить туда соответствующие буквы (G, C, U или А) вместо X и Y.

***

Кушелев: Модельный эксперимент поможет выяснить, какова степень балансировки тРНК. Если разбалансировка на уровне одного нуклеотида, то моя гипотеза подтвердится. Но это не будет означать, что Ваша гипотеза будет опровергнута. Ведь органические молекулы, в частности, тРНК многофункциональны...

***

Кушелев: L-образная форма тРНК - гипотеза, которая фактически уже опровергнута моим модельным экспериментом. Хотя любая тРНК может "склеить ласты", и стать L-образной.

Виктория Соколик: L-образная форма тРНК -- это экспериментальный факт, который Вы "опровергли" модельным экспериментом только для себя.

Кушелев: А с чего Вы взяли, что это вообще факт, а не гипотеза? И даже если в каком-то эксперименте закристаллизовали "стаю" тРНК, и эти тРНК в процессе кристаллизации "склеили ласты", то отсюда не следует, что до кристаллизации тРНК были L-образными. Согласны?

***

Виктория Соколик: ... рассчитайте резонансную частоту для тРНК по формуле Томсона, а потом в эксперименте с флюоресцентно-меченными тРНК продемонстрируйте их "столпотворение" на зов синтезатора. Это будет отличным Вашим собственным неопровержимым результатом к пикотехнологическому конгрессу.

Кушелев: Частоту колебаний цитозинового "руля" можно оценить по формуле Томсона для пружинного и математического маятников. Длина маятника порядка нанометра. Масса маятника на порядок превышает массу атома углерода, т.е. составляет ~120 углеродных единиц. С коэффициентом упругости, конечно, сложнее, но можно схитрить. Можно оценить верхнее значение линейной скорости колебаний азотистого основания. Она должна быть того же порядка, что средняя скорость теплового движения молекул воды, т.е. ~10^3 м/с или меньше. Если скорость 10^3 м/с, то нанометр с этой скоростью можно пройти за 10^-9 / 10^3 = 10^-12 сек, т.е. за пикосекунду. Таким образом, верхняя оценка частоты собственных колебаний цитозинового "руля" составляет 1THz. Таким образом, можно начать с терагерца и постепенно понижать частоту синтезатора. Как только частота совпадёт с собственной частотой цитозиновых "рулей", тРНК поплывут к источнику гиперзвука, и это можно будет увидеть в оптический микроскоп.

Разгадана технология трансляции!

Два изомера метилинозина. Слева изомер Александра Кушелева, справа - Виктории Соколик.

Начинаем сборку антикодоновой петли тРНК

Пикотехнологическая модель комплекса, состоящего из антикодоновой петли тРНК и триплета иРНК была создана в лаборатории Наномир 2011-03-15. Вверху расположена комплементарная пара G-C (гуанин-цитозин).
К гуанину через продольную диэфирную связь присоединён псевдоурацил, который образует комплементарную пару с инозином антипараллельной цепи тРНК. К инозину через продольную диэфирную связь присоединён урацил, к нему ещё один урацил, а затем цитозин, с которого мы начали моделирование антикодоновой петли тРНК. Фрагмент петли: -G-Psi...I-U-U-C- замкнулся. Этот фрагмент отдельно показан на видео: http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/18/

Пикотехнологическая модель метилинозина m1I. Правильность этой модели подтвердилась при сборке пикотехнологической модели антикодоновой петли тРНК.

Виктория Соколик: Вы в моей модели метилинозина выпятили метильную группу и оголили торцы блока. Не красивый у Вас "правильный" метилинозин вышел и скорее всего малоустойчив, поскольку открытая и неравновесная структура. Вы уж простите меня на добром слове, Ваша новая модель метилинозина еще хуже предыдущей.

Теперь продолжим моделирование петли, присоединяя к псевдоурацилу метилинозин, затем цитозин и гуанин, который в свою очередь присоединяется к инозину. Цитозин и гуанин - два нуклеотида антикодона. Они располагаются так же, как в линейной одноцепочечной РНК. Метилинозин расположен под прямым углом к оси антикодона. Чтобы разобраться, какую функцию он выполняет, достроим модель триплетом иРНК.

Первый и второй нуклеотиды триплета иРНК образовали комплементарные пары со вторым и третьим нуклеотидами антикодона тРНК. Третий нуклеотид не образует комлементарной пары ни с инозином, т.к. инозин уже образовал комплементарную пару с пседоурацилом, ни с метилинозином, который, как показывает пикотехнологический модельный эксперимент, срезает продольную диэфирную связь, т.е. отрезает третий нуклеотид иРНК от иРНК. Что же происходит дальше?

Напомню, что тРНК движется не только поступательно, но и вращается вокруг большой оси, соединяющей антикодоновую петлю с АСС-концом.

Естественно, что она продолжает вращаться и после образования комплекса с триплетом иРНК, т.к. в процессе образования комплекса срабатывает "Бритва Кушелева", т.е. метилинозин отрезает триплет иРНК, который начинает вращаться вместе с тРНК. тРНК вращается в рибосоме до тех пор, пока третий нуклеотид иРНК не образует комплементарную пару с одним из нуклеотидов рибосомы. Три нуклеотида должны быть расположены приблизительно через 120 градусов, но должен быть и четвёртый нуклеотид рибосомы, расположенный рядом с одним из трёх. Два соседних нуклеотида рибосомы позволяют делать выбор между альфа-спиралью и 310-спиралью.

Виктория Соколик: Всё это занимательно, но слишком сложно. Природа выбирает изящные и лаконичные решения. Я не разделяю Ваших представлений и не буду даже аргументировано опровергать, потому что ВСЁ не так.

Композиционный генетический код, открытие 1992 года

4 октября 2016, 21:02

Пикотехнология белков

Композиционный генетический код в действии

Пикотехнологические модели четвертичной структуры гистонов.

Семиричная симметрия шаперонов.

https://www.nulled.cc/threads/239379/

Александр Кушелев: Ко мне сегодня зашел инвестор, дал 1000 долларов и сказал: Если через неделю сможешь из 1000 долларов сделать 10 000, то я тебе дам миллион. А если не сможешь, то больше не дам ничего. Я его спрашиваю, а если 1000 долларов пропадёт, возвращать надо? Он сказал, что не надо. Я так думаю, что 10 000 долларов из 1000 за неделю сделать нереально, поэтому лучше организовать лотерею. Я отдам эти 1000 долларов случайному человеку сделавшему репост этого сообщения. И не потому что мне не нужны деньги. Просто 1000 долларов для меня погоды не сделает, а ваши репосты дадут мне ... нет, не 10 000 долларов за неделю. Это нереально. Зато позже ваши репосты дадут мне доход от 10 000 долл. в день. Я не боюсь рассказать, как это получится. Дело в том, что это может получиться только у меня. В 1992-ом году я сделал научное открытие, открыл композиционный генетический код. Он отличается от обычного тем, что кодирует не только аминокислоты, но и углы поворота между ними. Казалось бы мелочь, но это позволяет по коду мгновенно определить структуру белка. А пока на определение одной структуры белка уходит до 3 месяцев работы лаборатории рентгеноструктурного анализа. Причём точность новой технологии в ~1000 раз выше. Рентгеном можно определять структуру только кристаллов, а ~97% белков не кристаллизуются. Т.е. моё открытие в 30 раз превосходит рентген! Все лаборатории планеты за один день могут определить 20-30 структур. Моё научное открытие позволяет мне одному определять до 100 структур в день. Это значит, что я могу ежедневно выполнять заказы на миллион евро. Тысячи репостов моего сообщения помогут найти менеджеров, которые будут находить заказы на структуры белка. Мне не жаль отдать им 60% с каждого заказа, например, 6000 евро из 10 000. На таких условиях будут работать тысячи менеджеров, т.к. обычно менеджерам выплачивают несколько процентов от стоимости крупных заказов. Мне выгодно отдать менеджерам больше половины, т.к. я могу делать до 100 заказов в день, поэтому всё-равно заработаю больше. Менеджеров-то много, а я один Осталось придумать правила лотереи, чтобы всё было законно. Я не хочу иметь неприятности. Кроме того, я не люблю обычные лотереи, в которых один выигрывает, а остальные огорчаются. Ведь в этом случае получается, что лотерея даёт радость одному и горе тысячам. И я придумал, как это исправить. Лотерея будет считаться завершенной, если я получу первый коммерческий заказ на структуру белка. Кому логично отдать 1000 долларов? Самому достойному участнику лотереи. Как его определить? Это уже решать вам. Свои 4000 долларов за первую структуру белка я отдам ещё 4 участникам лотереи. Как их определить? Очень просто. В порядке очереди. Кто первый сделал репост, тот первым и получит 1000 долл. Вместе с ним получат ещё 3 участника согласно очереди. Со последующих заказов структур белка я отдаю на выигрыши половину своей доли, т.е. 6000 - менеджеру, 2000 - мне и 2000 - участникам лотереи. С выполнением каждого заказа свои выигрышы будут получать двое из участников в порядке очереди. Если всего участников будет 1000, то после выполнения 500-го заказа каждый из 1000 участников получит по 1000 долл. Как Вам такая лотерея? Верить на слово мне не обязательно. Можно оформить юридически. А чтобы упростить работу менеджеров я готов первые 100 заказов сделать за свой счет. Для меня это - один день работы

Clyde Bardett: I have got the same !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

Александр Кушелев: Autotranslation: To me today went investor, gave $ 1000 and said: If in a week can from $ 1000 to do 10 000, then I'll give you a million. And if you can't, then don't give anything. I asked him, and if $ 1000 to fail, the return must be? He said he did not have. I think that 10 000 dollars from 1000 per week impossible to do, so it's better to organize a lottery. I will give these a $ 1,000 casual man made репост of this message. And it's not because I don't need money. Just $ 1000 for me, the weather does not do, and your репосты will give me ... no, not 10 000 USD for the week. It is unreal. But later your репосты will give me an income of $ 10,000 a day. I'm not afraid to tell the story of how this will work out. The fact that it can happen only to me. In 1992 I made a scientific discovery, opened composite genetic code. It differs from a standard that encodes not only amino acids, but and angles between them. It would seem a trifle, but it allows the code instantly determine the structure of the protein. Meanwhile, the definition of one of protein structure takes up to 3 months the work of the laboratory of x-ray analysis. The accuracy of new technologies in about 1000 times higher. X-ray you can define the structure of only the crystals, and AC 97% of proteins do not crystallize. I.e. my discovery in 30 times greater than the x-ray! All laboratories of the planet in one day can determine 20-30 structures. My scientific discovery allows me to one define up to 100 structures in the day. This means, that I may daily perform orders for one million euros. Thousands of репостов of my posts will help you to find managers who will find orders for protein structure. I'm not sorry to give them 60% with each order, for example, 6,000 euros from 10 000. In such conditions they will work thousands of managers, because it usually managers pay a few percent of the value of major orders. Is it profitable for me to give managers more than half, because I can make up to 100 orders a day, so all the same to earn more. Managers much, and I'm one Remains think of the rules of the lottery, so that everything was legal. I don't want to have troubles. In addition, I do not like conventional lottery, in which one wins, and the rest of the people will be annoyed. In fact, in this case it turns out that the lottery gives joy to one and mount the thousands. And I figured out how to fix it. The draw will be considered completed, if I get the first commercial order for the structure of protein. To whom it is logical to give $ 1000? Most worthy participant of the lottery. How to define it? It is already up to you. Its $ 4000 for the first structure of protein I will give another 4 participants of the lottery. How to define them? Very simply. In turn. Who first made репост, the first and will receive $ 1,000. Together with him will receive 3 more of the participant according to the queue. With subsequent orders structures of protein I give the winnings half of its shares, i.e. 6000 - Manager of the 2 - me and 2 - participants of the lottery. With the execution of each order your prize will receive two of the participants in the line. If all of the participants will be 1000, after the 500-th order each of the 1000 participants will receive $ 1,000. As You are such a lottery? Believe the word I don't have to. Can be issued legally. And in order to simplify the work of the managers I am ready to the first 100 orders to do at his own expense. For me it's one day of work.

2012.04.07 13:44:30

Пикотехнология - новый подход в моделировании пространственной структуры белка. Кушелев А.Ю. Соколик В.В.

Текстовый вариант статьи:

ПИКОТЕХНОЛОГИЯ – НОВЫЙ ПОДХОД В МОДЕЛИРОВАНИИ
ПРОСТРАНСТВЕННОЙ СТРУКТУРЫ БЕЛКА

Кушелев А.Ю., Соколик В.В.

Научно-исследовательская лаборатория "Наномир", Дмитров
ГУ «Институт неврологии, психиатрии и наркологии АМНУ», Харьков

В настоящее время наибольшей популярностью пользуются научные исследования с приставкой «нано»: речь идёт об объектах, размер которых лежит в диапазоне 1-100 нанометров [3, с. 28; 16, c. 6]. Однако при моделировании атомов в составе биомолекул возникла необходимость оперировать конфигурацией электронов, формирующих внешний валентный уровень, который и определяет объем, занимаемый тем или иным атомом в пространстве, а это уже размерность пикометров (10-12 м). Пикотехнология, методический подход для моделирования пространственной структуры белка, опирается на следующие представления о микромире:
· кольцегранная структура электронных орбиталей (электронов) в атоме, которая детерминирует в первом приближении форму атома в виде усечённого октаэдра (рис. 1), грани которого – электроны валентного энергетического уровня [17, c. 49; 4, с. 46; 1, с. 73];
· геометрический алгоритм объединения атомов в молекулах определяет не только межатомные расстояния (длины связей), но прежде всего углы поворота по этим связям, кратные 120о в трёхмерном пространстве [2, c. 237; 5, с. 137];
· ротамерный вариант пептидной связи, которая объединяет аминокислотные остатки в полипептид, детерминирован третьим нуклеотидом кодона [2, c. 237; 18, c. 347] и реализуется в ходе матричного синтеза структурного шаблона белка на рибосоме пулом изоакцепторных тРНК [6, c. 13].

А Б

Рис. 1. Кольцегранная модель валентной электронной оболочки атома из 8 электронов (А) и её аппроксимация усеченным октаэдром (Б) в моделях белков.

Десять лет назад А.Ю. Кушелевым была сформулирована идея композиционного генетического кода [2, c. 237], которая была расширена представлениями о кодировании ротамерии пептидной связи и структурного шаблона белка [18, c. 348; 19, с. 275; 20, c. 118]. В таблице композиционного генетического кода каждому варианту композиционного кода, в зависимости от кодона, соответствовало определённое значение композиционного угла, под которым в ходе матричного синтеза происходит присоединение очередного аминокислотного остатка к растущей полипептидной цепи. Данная таблица легла в основу алгоритма первого варианта компьютерной программы «Пикотехнология» для моделирования пространственной структуры белка по детерминирующей его нуклеотидной последовательности. Дальнейшая разработка данной проблемы привела к уточнению не только самой таблицы, но и к введению таких понятий, как ротамерия пептидной связи и структурный шаблон белка. Было установлено, что в геноме третьим нуклеотидом кодона детерминирован один из трёх ротамерных вариантов пептидной связи, которым аминокислотный остаток (закодированный дуплетом первых двух нуклеотидом кодона) присоединяется к растущей полипептидной цепи (табл. 1).

Таблица 1. Генетический код структурного шаблона белка

XYZ – первый, второй и третий нуклеотиды в кодоне; R, 0, L – ротамерные варианты пептидной связи (РВПС); uaa, uag, uga – Stop-кодоны.

Ротамерные варианты пептидной связи различаются между собой углом поворота по оси пептидной связи ?, кратным 120о. Крайне важно понимать, что ротамерный вариант пептидной связи реализуется в процессе синтеза белка в рибосоме и дальнейшее вращение по уже образовавшейся полуторной пептидной связи становиться невозможным. Поэтому с рибосомы сходит совершенно индивидуальный структурный шаблон белка из последовательности ротамерных вариантов пептидной связи, в соответствие с информацией, содержащейся в его гене. Именно этим обстоятельством мы объясняем невозможность синтезировать нематричным способом функционально активные большие молекулы белковых ферментов или рецепторов. Твердофазный синтез реализован только для небольших неструктурированных пептидов, которые характеризуются избыточной конформационной подвижностью, в силу чего их функциональные конформации определяются взаимодействием с белками-партнёрами в составе гетерокомплексов, а не индивидуальным структурным шаблоном [13, с. 38].
Для конформеров вторичной структуры белка характерна периодичность, поэтому, правая спираль в структурном шаблоне белка кодируется последовательностью кодонов с С/G в третьей позиции, ?-тяж – повторением кодонов с А, а левая спираль – последовательностью кодонов с Т в третьем положении (табл. 2). Неструктурированные фрагменты кодируются чередованием кодонов с С/G, А и Т в третьей позиции.

Таблица 2. Кодирование конформеров вторичной структуры белка

У R, 0 и L-ротамеров все атомы пептидной группы (C? (i), C (i), O (i), N (i+1) H (i+1)) компланарны, кроме C? (i+1). C? (i+1) атом каждого аминокислотного остатка не принадлежит плоскости пептидной группы, благодаря чему происходит сворачивание полипептидной цепи в конформеры вторичной структуры белка (правая ?-спираль, ?-тяж, левая 3/10-спираль) ещё в рибосоме (рис. 2), а не после синтеза полипептидной цепи из практически единственного транс-изомера (цис-изомер только у пролина) в виде плоской ленты, сворачивание которой достигается поворотами на углы ? и ? по связям СО—C? и NH—C?, как предполагали ранее [9, с. 134]. Пластичность структурного шаблона в ходе посттрансляционного фолдинга и конформационная подвижность белка при взаимодействии с лигандами достигаются единственно возможным поворотом по оси связи NH—C? на приращение угла ?, кратное 120о [5, с. 139].

Рис. 2. Схема образования правого (R), нулевого (0) и левого (L) ротамерных вариантов пептидной связи.

Данный механизм трансляции генетической информации является эволюционно новым. Его формирование у эукариот было обусловлено необходимостью синтеза больших и сложных белков в виде структурного шаблона, максимально приближенного к функциональной конформации этих белков, чтобы их фолдинг имел наибольшие скорость и КПД. У прокариот и органелл эукариот (митохондрии, хлоропласты) третий нуклеотид кодонов в генах небольших полипептидов ещё не является информационным, поэтому на нём и наблюдается воблирование по описанному Ф. Криком механизму [12, с. 368]. Это обусловлено отсутствием пула изоакцепторных тРНК с модифицированными нуклеотидами в первом положении антикодона [6, с. 11] и нередко отсутствием филогенетически более молодых областей в структуре тРНК [15, с. 6730], т.е. недоразвитием звена, реализующего информацию третьего нуклеотида.
Выше изложенные положения легли в основу алгоритма компьютерных программ Secondary Structure Protein (SSP) и Three-dimension Structure Protein (TSP), которые по нуклеотидной последовательности мРНК позволяют смоделировать схему вторичной структуры и визуализировать индивидуальный структурный шаблон любого белка. Эту первичную информацию о белке можно использовать в дальнейшем моделировании фолдинга функциональной конформации белка с учетом физ-химии его микроокружения, посттрансляционных модификаций, взаимодействия с лигандами методами молекулярной динамики наравне с информацией о наиболее стабильном конформере, которую извлекают из рентгенограмм кристаллов белков. Преимущество данного подхода состоит в возможности быстрого моделирования индивидуальной пространственной структуры отдельной молекулы любого белка (даже если он не кристаллизуется, и никогда не сворачивается, как, например, регулятор клеточного деления Sic1 [11, с. 152]) с точностью до электрона (пикотехнология), опираясь лишь на информацию о нём в геноме. То есть, мы in silico воспроизводим трансляцию генетической информации в индивидуальный структурный шаблон белка, а не занимаемся поиском самой стабильной или «быстро достигаемой» устойчивой его конформации из 10100 возможных [14, с. 44], как это происходит при конформационном анализе поверхности потенциальной энергии молекулы белка громоздкими методами систематического поиска, Монте-Карло или молекулярной динамики с целым рядом ограничений и приближений [10, с. 41]. Не исключено, что большинство белков именно из конформации своего структурного шаблона максимально быстро, а главное однозначно, фолдируют в нативную конформацию с минимумом свободной энергии, формируя, таким образом, «устойчивое большинство» конформационно лабильного белкового пула.

Рис. 3. Пикотехнологические модели структурных шаблонов некоторых белков и их комплексов.
В последнее время А.С. Спирин, отклоняясь от постулата о матричном синтезе белка в виде развёрнутой полипептидной цепочки [7, с. 5], предположил, что в самой рибосоме полипептид синтезируется сразу в виде ?-спирали и по желобу выталкивается наружу по мере трансляции мРНК [8, с. 437]. Этой прогрессивной гипотезе, которая основывается на подавляющем (74%) большинстве «спиральных» кодонов в генах эукариот, остался один шаг до представления о трансляции структурного шаблона белка не только в виде ?-спирали.
С помощью пикотехнологии были декодированы и смоделированы структурные шаблоны более 100 белков (рис. 3), сопоставительный анализ которых с экспериментальными данными Protein Data Bank (PDB) позволил подтвердить предположение о генетически закодированных размерах и местоположении конформеров вторичной структуры в нативной конформации этих белков [18, c. 348].
Итак, пикотехнология – это современный, точный и удобный методологический подход в арсенале молекулярной биологии для моделирования пространственной структуры белков, исходя из той информации генома о них, которой располагает сама клетка.

Список литературы

1. Кушелев А., Полищук С., Писаржевский С. Формы, механизмы, энергия наномира: Доступна ли энергия эфира для космических полётов? // Электроника: Наука, Технология, Бизнес. – 2002. – № 6. – С.72–76.
2. Кушелев А.Ю., Полищук С.Е., Неделько Е.В. и др. Построение масштабной модели структуры белка // Актуальные проблемы современной науки. – 2002. – № 2. – С. 236–243.
3. Нанонаука и нанотехнологии: энциклопедия систем жизнеобеспечения / Моск. гос. техн. ун-т им. Н. Э. Баумана; ред. О. О. Аваделькарим; гл. ред.: Чуньли Бай, С. П. Капица. — М.: Магистр-Пресс : Изд-во ЮНЕСКО : EOLSS, 2009. — 991 с.
4. Огжевальский З.И. 1972. Пространственные модели атомов, молекул и кристаллов. Москва, 1972. – 118 c.
5. Соколик В.В. Карта Рамачандрана: ротамерия пептидной связи и фолдинг белка // VII Международная научно-техническая конференция «Актуальный вопросы биологической физики и химии». БФФХ-2011, Севастополь. – 2011. – С.137–139.
6. Соколик В.В. Загадка изоакцепторных тРНК // II Всероссийская Интернет-Конференция «Актуальные проблемы биохимии и бионанотехнологии», Казань. – 2011. – С. 11-15.
7. Спирин А.С. Биосинтез белка: элонгация полипептида и терминация трансляции // Соросовский образовательный журнал. – 1999. – № 6. – С. 2–7.
8. Спирин А.С. Молекулярная биология: рибосомы и синтез белка. – М: «Академия», 2011. – 496 с.
9. Финкельштейн А.В., Птицын О.Б. Физика белка. - М.: Книжный дом «Университет», 2002. – 298 с.
10. Хёльтье Х.-Д., Зиппль В., Роньян Д., Фолькерс Г. Молекулярное моделирование. М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2010. – 320 с.
11. Chouard T. Structural biology: Breaking the protein rules // Nature. – 2011. – V. 471, № 7337. – P. 151–153.
12. Crick F.H.C. The Origin of the Genetic Code // J. Mol. Biol. – 1968. – V. 38. – P. 367–379.
13. Fink A.L. Natively unfolded proteins // Curr. Opin. Struct. Biol. – 2005. – V.14, № 1. – P. 35-41.
14. Levinthal C. Are there pathways for protein folding // J. Chim. Phys. – 1968. – V. 65. – P. 44–45.
15. Maizels N., Weiner A.M. Phylogeny from function: Evidence from the molecular fossil record that tRNA originated in replication, not translation. // Proc.Nat.Acad.Sci.USA. – 1994. – V. 91, № 15. – P. 6729–6734.
16. Ratner M., Ratner D. Nanotechnology: a gentle introduction to the next big idea, 2003. – 195 p.
17. Snelson K. A design for the atom // Industrial design. – 1963. – № 1. – P. 48–57.
18. Sokolik V.V. Protein is coded in genome and synthesized in ribosomes as a structural template of a rotameric version sequence of peptide bound configuration // The International Moscow Conference on Computational Molecular Biology, МССМВ-11, Moscow. – 2011. – P. 347–348.
19. Sokolik V.V. Modeling of the individual structural template of protein on determining it nucleotide sequences // VII Международная конференция по биоинформатике, регуляции и структуры геномов и системной биологии. BGRS\SB-2010, Новосибирск. – 2010. – С. 275.
20. Sokolik V.V. Algorithm of protein structural template decoding according to its determined nucleotide sequence // Fist International Conference “Fundamental medicine: From scalpel toward Genome, Proteome and Lipidome”, Pax Grid Virtual Conferences, Kazan. – 2011. – P. 117–119.

Подписи под иллюстрациями.

Рис. 3: Гистоновый комплекс 5 H2A + Н2В_DROME (P84051, P02283)
Шаперон A0KFQ4_AERHH (A0KFQ4)
Суперспираль коллагена CO2A1_HUMAN (Р02458)
Белковый комплекс ?-протеина с ?-тубулином TAU_HUMAN + TBA1A_HUMAN
Инсулин INS_HUMAN (Р01308)
Лизоцим LYSC_CHICK (P00698)
Рибонуклеаза Н1 RNH_ECOLI (P0A7Y4)
Аполипопротеин Е APOE_HUMAN (P02649)
Гемоглобин (А-цепь) HBA_HUMAN (P69905)

Аукцион идей и разработок Лаборатории Наномир

21 октября 2016, 20:20

Аукцион идей и разработок лаборатории Наномир.

СУПЕР ОТРАЖАТЕЛИ И НЕ ТОЛЬКО

2014.03.08 10:51:46

Катафот Йака. Состоит из двух ярусов.

Внешняя поверхность является полупрозрачной, нижняя отражающей.

А если использовать 2 или больше ярусов катафота, то коэффициент отражения в рабочем диапазоне углов может приблизиться к 100%.

Предварительные эксперименты с разными типами катафотов показали, что они отражают существенно лучше классического. Это видно даже невооруженным взглядом.
А количественные результаты будут скоро опубликованы в рассылке.

Резонансные свойства катафота Йака-Кушелева

Техника инопланетян многофункциональна. Катафот может выполнять функции источника энергии и двигателя.

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201502/22195321.html

Подробности см. по оглавлению: http://nanoworld88.narod.ru/data/index.htm

Начиная с выпуска 163 и далее.

dverovoz: Параметры отражателей даже иноземных нечего сравнивать, от них требуется послать лазер туда, откуда он пришел. Сейчас используются стеклянные призмы или пленочные отражатели.

Кушелев:

Сравнить всегда полезно.

Если классический катафот отражает в обратном направлении только 25% в среднем в рабочем диапазоне углов падения 0-40 градусов, то катафот Куберы 33%,

тайский-китайский - 50%,

а Йака - 95%.

Если использовать катафот, который в обратном направлении отражает в 4 раза больше света, то дальность работы с этим катафотом увеличивается более, чем в два раза.

Есть и более продвинутые системы (активные), но о них пока не будем...

Кроме того, сегодня на нашей планете используются одноцветные лазеры. Инопланетяне используют два-три и более цветов одновременно. Это тоже повышает точность, дальность, надёжность, скорость и др. параметры.

СУПЕР ДВИГАТЕЛИ

2014.03.08 11:20:33

07.03.2014, 09:15, Е:
Здравствуйте!
Меня зовут Е. Я инженер, интересуюсь новой энергетикой и возможностями постройки летательного аппарата на новых принципах полёта. Я случайно нашёл вашу статью в интернете по новым источникам энергии и двигателям:

Меня она заинтересовала. Скажите пожалуйста, а есть ли у Вас сейчас уже какие-то наработки по такому двигателю? Очень хотелось бы посмотреть на это. Можем ли мы посотрудничать с Вами?

7 марта 2014 г., 10:25 Александр Кушелев:
Здравствуйте, Е!
Да, свежие материалы можно посмотреть здесь
Главная страница
Первая научная статья про двигатель
Вторая научная статья
В 2012 году создан более сильный двигатель (сила тяги 72 грамма)
Форум
Копия архива рассылки: http://nanoworld88.narod.ru/data/index.htm

В ближайшее время планируется включение рубинового источника энергии и летательных браслетов из 3-мм рубиновых шариков, заказанных в Китае

07.03.2014, 10:31,

Е:
Эххх, слабоват движок. А помощнее нет возможности сделать?

Я сам работаю в авиакомпании *****. Авиакомпания занимается грузоперевозками уникальных грузов, на самолётах *****.
У нас есть конструкторский отдел и отдел занимающийся НИОКРом. Сейчас у нас есть уникальная задача, сделать беспилотный транспортный аппарат *****.
Ну и вообще мне интересна альтернативная энергетика. Я нашёл интересный двигатель НТЦ "Имплаз" http://www.implas.ru/dvigatel-implas.html, но этого проекта, как и НТЦ уже нет.
Вот поэтому я ищу другие варианты реализации такого движителя. Даже платформу Гребенникова В.С. рассматривал, но понял, что это просто ионолёт и ничего он поднять не сможет.

В общем, нужен более тяговитый двигатель, чтобы человека хотя бы поднял в воздух.

7 марта 2014 г., 20:02 Александр Кушелев:
У меня есть вариант на 3.5 тонны, но он ещё не включен

07.03.2014, 21:19, Е:
ООО, это то что надо! Я сейчас как раз начинаю разработку модульной, транспортной платформы. Выбор двигателя очень важный момент.
Если у вас есть, что то, что можно показать, сообщите мне пожалуйста! У нас как раз сейчас в компании идёт активный поиск творческих и креативных людей, с новыми идеями и разработками. Мы, так сказать ищем таланты. Нам нужно что-то кардинально новое!

Кушелев:

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/369.htm

УСИЛИТЕЛЬ СОЛНЕЧНОГО СВЕТА

2014.04.21 17:44:29

Аукцион идей и разработок лаборатории Наномир.

Кушелев: Сегодня заказчик сообщил, что не может выкупить разработку усилителя солнечного света. Поэтому я выставляю её на аукцион.

Продажа будет осуществляться по частям.

На первом этапе заинтересованные участники аукциона покупают идею усиления солнечного света без дополнительных источников энергии. На втором этапе - разработку (схема и описание опытного образца).

На третьем этапе - опытный образец.

Начальная цена идеи, которая легла в основу усилителя солнечного света $3000

Начальная цена разработки (схема и описание опытного образца) $15 000

Начальная цена опытного образца (без схемы и описания) $5000

Технические характеристики:

1. Коэффициент усиления регулируется от 1 до 10
2. Мощность светового потока до 10 кВт
3. Источник энергии отсутствует
4. Разработан для систем солнечного освещения всех типов

2014.03.18 11:23:18

Идея стоит 10 000 евро?

[13.03.2014 18:30:41] Кушелев Александр Юрьевич: Привет!
Я собираюсь выкладывать на аукцион идею и устройство увеличения яркости солнечного света в 10 раз без дополнительного источника энергии. Не знаю, какую стартовую цену указать...
Это позволит в разы удешевить системы солнечного освещения помещений уже сегодня
[13.03.2014 19:38:39] Кушелев Александр Юрьевич: Трансляция 2014-03-13. Делаю рубиновые шарики для эксперимента МИ-88
[13.03.2014 21:30:56] Инвестор-Т: Мне бы прочитать более подробно про это устройство и идею
[13.03.2014 21:46:33] Кушелев Александр Юрьевич: Идея простая. На выходе в 10 раз ярче, чем на входе
[13.03.2014 21:46:46] Инвестор-Т: и это не линза?
[13.03.2014 21:47:12] Кушелев Александр Юрьевич: Нет. Освещение 10 комнат вместо одной
[13.03.2014 21:48:01] Инвестор-Т: Можно ли говорить о свете от энергосберегающей лампы+идея = экономия электроэнергии в 10 раз?
[13.03.2014 21:48:12] Инвестор-Т: в ночное время суток, имеется ввиду
[13.03.2014 21:48:17] Кушелев Александр Юрьевич: Нет
[13.03.2014 21:48:20] Кушелев Александр Юрьевич: Только солнечный
[13.03.2014 23:28:45] Инвестор-Т: так как же хоть выглядит этот усилитель света?
[13.03.2014 23:28:57] Кушелев Александр Юрьевич: Двухлитровая банка
[13.03.2014 23:29:09] Кушелев Александр Юрьевич: На выходе в 10 раз ярче, чем на входе
[13.03.2014 23:29:21] Кушелев Александр Юрьевич: А что внутри - ноу-хау
[13.03.2014 23:30:12] Кушелев Александр Юрьевич: Есть такие системы освещения:
[13.03.2014 23:30:22] Кушелев Александр Юрьевич: На крыше стоит зеркальная тарелка
[13.03.2014 23:30:29] Кушелев Александр Юрьевич: От неё идёт оптический кабель в комнату
[13.03.2014 23:30:45] Кушелев Александр Юрьевич: Если добавить мой усилитель, то от одной тарелки можно в 10 раз больше комнат осветить
[13.03.2014 23:30:52] Кушелев Александр Юрьевич: Тарелка стоит 300 дол.
[13.03.2014 23:30:58] Кушелев Александр Юрьевич: Усилитель будет стоить столько же
[13.03.2014 23:31:03] Кушелев Александр Юрьевич: И сэкономит 9 тарелок из 10
[13.03.2014 23:51:59] Инвестор-Т: и без доп источников энергии?
[13.03.2014 23:52:10] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[13.03.2014 23:52:25] Кушелев Александр Юрьевич: И рынок там конкретный
[13.03.2014 23:52:28] Инвестор-Т: просто банка с содержимым. Срок эксплуатации?
[13.03.2014 23:52:37] Кушелев Александр Юрьевич: Срок неограничен
[13.03.2014 23:52:44] Инвестор-Т: безопасность?
[13.03.2014 23:52:58] Кушелев Александр Юрьевич: Но через несколько месяцев это всё обесценится, т.к. я включу рубиновый источник энергии
[13.03.2014 23:53:10] Кушелев Александр Юрьевич: Безопасность идеальная
[13.03.2014 23:53:24] Инвестор-Т: ну это понятно, но доп финансирование никму не вредило
[13.03.2014 23:53:30] Кушелев Александр Юрьевич: Ну да
[13.03.2014 23:53:46] Кушелев Александр Юрьевич: Если продавать, то это надо сделать раньше, чем обесценится
[13.03.2014 23:54:07] Инвестор-Т: так, а оптный образец, видео с демонстрации это проблемно сделать?
[13.03.2014 23:54:23] Инвестор-Т: правда солнечные дни нужны
[13.03.2014 23:54:50] Кушелев Александр Юрьевич: Демонстрация - это подарить идею и технологию
[13.03.2014 23:54:56] Инвестор-Т: логично
[13.03.2014 23:55:18] Кушелев Александр Юрьевич: А показывать банку, где на выходе в 10 раз больше, чем на входе - никто не поверит
[13.03.2014 23:56:05] Кушелев Александр Юрьевич: Можно продавать по этапам. Сначала идею, потом разработку
[13.03.2014 23:56:19] Кушелев Александр Юрьевич: Сколько могут заплатить за идею?
[13.03.2014 23:56:26] Кушелев Александр Юрьевич: Заказчик отдал 1000 долл.
[13.03.2014 23:56:33] Кушелев Александр Юрьевич: Но за разработку заплатить не может
[14.03.2014 0:13:36] Инвестор-Т: так, ночью нельзя использвоать, днем свет никто собственно и не включает?
[14.03.2014 0:13:51] Инвестор-Т: Нужна область применения, конкретная
[14.03.2014 0:14:17] Инвестор-Т: складские помещения, может быть
[14.03.2014 0:14:50] Кушелев Александр Юрьевич: Нажми на эту картинку здесь
[14.03.2014 0:14:54] Кушелев Александр Юрьевич: Там всё написано
[14.03.2014 0:15:56] Инвестор-Т: теплицы закрытого типа?
[14.03.2014 0:16:20] Кушелев Александр Юрьевич: Там же написано, многоэтажные офисные помещения и т.д.
[14.03.2014 0:16:46] Инвестор-Т: ну да
[14.03.2014 0:17:14] Инвестор-Т: а как насчет теплиц тогда?
[14.03.2014 0:17:27] Инвестор-Т: это возможно?
[14.03.2014 0:18:02] Кушелев Александр Юрьевич: Я не в курсе. Если отдать разработку за бесценок, ну и ладно. Если никто не возьмёт, ну и хрен с ней. Всё равно через несколько месяцев обесценится
[14.03.2014 0:22:44] Инвестор-Т: идея нормальная
[14.03.2014 0:23:24] Инвестор-Т: думаю 10 000 евро, за идею
[14.03.2014 0:23:32] Инвестор-Т: ну это мне так кажется
[14.03.2014 0:23:45] Кушелев Александр Юрьевич: За идею я 1000 долл. получил, но не давал эксклюзивного права, т.е. могу ещё продавать
[14.03.2014 0:24:06] Кушелев Александр Юрьевич: А за разработку мне было обещано 5000 долл., но у человека денег не оказалось, а разработка уже сделана.
[14.03.2014 0:24:22] Кушелев Александр Юрьевич: Вот я и думаю, можно её кому-то продать, пока не обесценилась
[14.03.2014 0:24:27] Кушелев Александр Юрьевич: Деньги-то нужны...
[14.03.2014 0:25:07] Инвестор-Т: думаю, что можно попробывать продавать идею, все-же.
[14.03.2014 0:26:08] Кушелев Александр Юрьевич: Давай, только либо быстро, либо обесценится
[14.03.2014 0:26:25] Кушелев Александр Юрьевич: Так у меня и разработка же есть.
[14.03.2014 0:26:41] Кушелев Александр Юрьевич: Конструкция уже разработана
[14.03.2014 0:26:49] Инвестор-Т: а, ну можно 1 разработку и неограниченное кол-во копий идей
[14.03.2014 0:26:56] Кушелев Александр Юрьевич: Ничего нового в ней не используется
[14.03.2014 0:27:15] Кушелев Александр Юрьевич: Могу и железяку через пару недель сделать
[14.03.2014 0:27:25] Кушелев Александр Юрьевич: Просто неохота время терять, если никто не купит
[14.03.2014 0:29:26] Инвестор-Т: по идеи нужно 1-стрничный сайт. И купить рекламы.
[14.03.2014 0:29:58] Кушелев Александр Юрьевич: Это долго?
[14.03.2014 0:30:02] Инвестор-Т: все, что нужно сделать. Единственное, что на рекламу нужны деньги.
[14.03.2014 0:30:20] Кушелев Александр Юрьевич: У меня денег нет вообще
[14.03.2014 0:30:24] Инвестор-Т: сайт - нет. А с рекламой можно пролететь.
[14.03.2014 0:30:42] Кушелев Александр Юрьевич: А разработка, которую я сделал, сколько может стоить?
[14.03.2014 0:30:59] Кушелев Александр Юрьевич: Идею не так просто реализовать...
[14.03.2014 0:31:29] Инвестор-Т: а что для ее реализации нужно, я имею ввиду совсем сложно?
[14.03.2014 0:31:48] Инвестор-Т: Или все есть в магазинах?
[14.03.2014 0:33:41] Кушелев Александр Юрьевич: Я уже сделал разработку
[14.03.2014 0:33:46] Кушелев Александр Юрьевич: Собрать - пара недель
[14.03.2014 0:33:48] Инвестор-Т: Нужно подумать, как можно эту разработку еще применить, помимо этих светопоглащателей. Чтобы было просто. Тогда шансы возрастают же.
[14.03.2014 0:34:30] Кушелев Александр Юрьевич: Да не нужно ничего. Есть стандартная система. Для неё есть усилитель. За сколько можно продать идею, разработку и железяку. Вот что мне нужно понять.
[14.03.2014 0:34:50] Кушелев Александр Юрьевич: Идею ты оценил.
[14.03.2014 0:34:59] Кушелев Александр Юрьевич: Можешь оценить разработку и опытный образец?
[14.03.2014 0:39:34] Инвестор-Т: Разработка это по сути техническая документация по сборке. Думаю, что разработку + опытный образец 1 000 000 руб.
[14.03.2014 0:39:56] Инвестор-Т: т.е. мне кажется это неделимые вещи
[14.03.2014 0:40:03] Кушелев Александр Юрьевич: А без документации, т.е. просто рабочий образец?
[14.03.2014 0:40:14] Инвестор-Т: [14 марта 2014 г. 0:40] Инвестор-Т:

<<< разработку + опытный образец
[14.03.2014 0:40:28] Кушелев Александр Юрьевич: Документацию по рабочему образцу любой инженер сделает
[14.03.2014 0:40:57] Инвестор-Т: ну да, по сути важен опытный образец
[14.03.2014 0:41:20] Инвестор-Т: поэтому вот он и стоит в 2 раза больше, чем идея
[14.03.2014 0:43:20] Кушелев Александр Юрьевич: Только в 2?
[14.03.2014 0:44:23] Инвестор-Т:
[14.03.2014 0:45:24] Инвестор-Т: если у кого то есть 1 000 000 на опытный образец, то и 2 000 000 найдется
[14.03.2014 0:46:30] Кушелев Александр Юрьевич: Понятно
[14.03.2014 0:47:25] Инвестор-Т: т.е смело можно 3 000 000
[14.03.2014 0:47:39] Инвестор-Т: шучу
[14.03.2014 0:48:18] Инвестор-Т: а насчет тарелок, это ты мне очень неплохую идею подал... интересное решение
[14.03.2014 0:49:46] Инвестор-Т: по-сути задача сводится к концентрации света в луч и направление его в оптический кабель?
[14.03.2014 0:50:47] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Там ещё позиционер ставится, чтобы тарелка за Солнцем поворачивалась
[14.03.2014 0:50:58] Инвестор-Т: а ну это вобще не проблема
[14.03.2014 0:51:32] Инвестор-Т: круто, обязательно попробую.
[14.03.2014 0:51:57] Кушелев Александр Юрьевич: Что попробуешь?
[14.03.2014 0:52:05] Инвестор-Т: сделать тарелку эту
[14.03.2014 0:52:25] Инвестор-Т: дома
[14.03.2014 0:52:48] Кушелев Александр Юрьевич: Это - высокая технология
[14.03.2014 0:52:55] Кушелев Александр Юрьевич: Там высокая точность зеркала нужна
[14.03.2014 0:53:03] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому тарелка стоит 300 долл
[14.03.2014 0:53:07] Кушелев Александр Юрьевич: Это не спутниковая антенна
[14.03.2014 0:56:40] Инвестор-Т: ну это наверно нужно для клиентов, для качества. Мне же пойдет и вариант из битого зеркала с настройкой каждого кусочка стекла. Конечно их там много будет, но я думаю, что в солнечную погоду или лазерной указкой можно все достаточно точно настроить. Ну естественно в моем понимании "точности" )
[14.03.2014 0:58:29] Кушелев Александр Юрьевич: Можно, конечно. Только такая "тарелка" будет стоить уже не 300 баксов, а раз в 10 дороже
[14.03.2014 0:58:51] Инвестор-Т: из-за ручной работы?
[14.03.2014 0:59:29] Инвестор-Т: или из-за битого стекла?)
[14.03.2014 0:59:50] Кушелев Александр Юрьевич: Работа
[14.03.2014 1:00:32] Инвестор-Т: ну это да
[14.03.2014 1:03:25] Инвестор-Т: кстати, я собрал Бедини зарядку. Не так , конечно, как нужно, но тем не менее все работает. Понял принцип действия. Если будет интересно могу рассказать потом.
[14.03.2014 1:04:19] Инвестор-Т: На сколько я понял, далеко не все понимают, что на самом деле является важным)
[14.03.2014 1:04:26] Кушелев Александр Юрьевич: Угу. Знаем мы про эту сульфатацию
[14.03.2014 1:05:33] Инвестор-Т: Но вы еще знаете про потерю емкости.
[14.03.2014 1:06:24] Инвестор-Т: Но не суть, дело не в том, что оно заряжает или не заряжает, а в том, как оно работает и что там нахрен не нужны магниты
[14.03.2014 1:06:52] Кушелев Александр Юрьевич: Там вообще ничего не нужно
[14.03.2014 1:06:54] Инвестор-Т: [14 марта 2014 г. 1:06] Инвестор-Т:
<<< Но вы еще знаете про потерю емкости.а я вот пока не могу это наблюдать
[14.03.2014 1:07:05] Инвестор-Т: [14 марта 2014 г. 1:07] Кушелев Александр Юрьевич:
<<< Там вообще ничего не нужно)))
[14.03.2014 1:08:53] Инвестор-Т: ну да ладно тебе, хороший опыт преобретают люди. Мотанием катушек
[14.03.2014 13:52:45] Инвестор-Т: Саш, твой усилитель ставится на оптоволоконный кабель после тарелки?
[14.03.2014 17:30:26] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[14.03.2014 17:30:29] Кушелев Александр Юрьевич: Привет!
[14.03.2014 17:30:38] Кушелев Александр Юрьевич: Можешь помочь настроить роутер?
[14.03.2014 17:30:45] Инвестор-Т: могу
[14.03.2014 17:30:53] Инвестор-Т: какой роутер и что сделать
[14.03.2014 17:30:53] Кушелев Александр Юрьевич: Можно тебе позвонить с видео?
[14.03.2014 17:31:04] Инвестор-Т: мин, настрою все
[14.03.2014 17:31:07] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[14.03.2014 17:32:28] Инвестор-Т: все, готов
[14.03.2014 17:33:03] Кушелев Александр Юрьевич: airPort time capsule
[14.03.2014 17:33:14] *** Звонок Инвестор-Т, продолжительность 26:46. ***
[14.03.2014 18:09:58] Инвестор-Т: ну как?
[14.03.2014 18:15:40] Кушелев Александр Юрьевич: Не подключилось. Я и с компа потом не мог долго подключиться. Что-то сглючило конкретно...
[14.03.2014 18:15:56] Кушелев Александр Юрьевич: Могу позвонить?
[14.03.2014 18:15:59] Инвестор-Т: да
[14.03.2014 18:16:09] *** Звонок Инвестор-Т, продолжительность 03:00. ***
[14.03.2014 18:21:52] *** Звонит Инвестор-Т ***
[14.03.2014 18:37:01] Кушелев Александр Юрьевич: Сработала хреновина!
[14.03.2014 18:37:06] *** Звонок завершен. Продолжительность: 15:14 ***
[14.03.2014 18:37:07] Кушелев Александр Юрьевич: Спасибо тебе огромное!
[14.03.2014 18:37:09] Инвестор-Т: вай))
[14.03.2014 18:37:14] Инвестор-Т: (y)
[14.03.2014 18:37:26] Инвестор-Т: а, погоди
[14.03.2014 18:37:46] Инвестор-Т: там еще теперь нужно подключить тот компьютер, с которого выдран шнур интернета
[14.03.2014 19:02:25] Инвестор-Т: ты мне сейчас америку открыл, спс огромное
[14.03.2014 19:02:54] Инвестор-Т: есть оказывается доступ к видеопроцессору через HTML5 , а не только flash
[14.03.2014 19:04:35] Кушелев Александр Юрьевич: Прикольно
[14.03.2014 19:04:55] Инвестор-Т: это видимо больше полигонов
[14.03.2014 19:05:07] Кушелев Александр Юрьевич: ЗдОрово!
[14.03.2014 19:05:22] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория Соколик пишет книгу "Пикотехнология белков"
[14.03.2014 19:06:27] Кушелев Александр Юрьевич: Она собрала 100 кодов, которые лень вручную обрабатывать программой скриптом. Если бы скрипт доделать, чтобы он открыл всё 100 файлов в одной папке и сохранил туда же 100 файлов PDB, то было бы здОрово. Ты умеешь такие штуки делать?
[14.03.2014 19:07:12] Инвестор-Т: а ты у меня уже спрашивал, вроде
[14.03.2014 19:07:52] Инвестор-Т: или речь идет не про max script
[14.03.2014 19:07:55] Инвестор-Т: ?
[14.03.2014 19:08:00] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[14.03.2014 19:08:29] Кушелев Александр Юрьевич: Два программиста бились, бились, так и не сделали
[14.03.2014 19:08:51] Кушелев Александр Юрьевич: Надо автоматически файлы открывать и сохранять в папку
[14.03.2014 19:09:28] Кушелев Александр Юрьевич: Вручную 100 файлов открыть и 100 файлов сохранить - не весело. И это только начало. Потом 1000 пойдут...
[14.03.2014 19:09:40] Инвестор-Т: ну да
[14.03.2014 19:09:58] Инвестор-Т: мне время нужно
[14.03.2014 19:10:06] Кушелев Александр Юрьевич: Много?
[14.03.2014 19:10:41] Инвестор-Т: свободное
[14.03.2014 19:10:48] Кушелев Александр Юрьевич: Сколько?
[14.03.2014 19:11:06] Инвестор-Т: 2 суток свободного времени, думаю, я бы справился
[14.03.2014 19:11:20] Кушелев Александр Юрьевич: Это реально?
[14.03.2014 19:12:13] Инвестор-Т: да реально, просто свободного времени ноль целых
[14.03.2014 19:12:38] Кушелев Александр Юрьевич: Может на форуме по 3DS Max спросить? Может они образец дадут?
[14.03.2014 19:22:02] Инвестор-Т: погоди
[14.03.2014 19:22:26] Инвестор-Т: pdb в этом формате сохраняет max?
[14.03.2014 19:22:56] Инвестор-Т: т.е. нужно просто открыть файл, и сохранить как файл pdb
[14.03.2014 19:23:24] Инвестор-Т: ты можешь на примере мне показать, что нужно сделать . Прямо из интерфейса 3dmax
[14.03.2014 19:23:25] Инвестор-Т: ?
[14.03.2014 19:29:41] Кушелев Александр Юрьевич: Скрипт при запуске предлагает открыть dne-файл. После этого предлагает сохранить PDB. А нужно, чтобе не предлагал, а сам открыл по очереди все DNE-файлы и сам сохранил по очереди все PDB файлы
[14.03.2014 19:29:56] Кушелев Александр Юрьевич: Я тебе могу скрипт прислать
[14.03.2014 19:30:12] Кушелев Александр Юрьевич: Но позже. Самую свежую версию. После трансляции
[14.03.2014 19:30:26] Кушелев Александр Юрьевич: У меня уже началась трансляция
[14.03.2014 19:30:32] Инвестор-Т: ок
[14.03.2014 19:32:03] Кушелев Александр Юрьевич: Трансляция из лаб. Наномир 2014-03-14 Делаем уменьшенную копию истукана:

2014.04.21 23:57:44

Об усилителе солнечного света в отдельной теме:

СУПЕР ПРОТИВОГАЗ

2014.05.11 13:45:03

Кушелев 2007.04.05: 41-ый (секретный) проект лаборатории Наномир.

Противогаз пришельцев.

Почему секретный? От отравляющих веществ (ОВ) и бактериологического оружия мечтает защититься "весь свет". Так почему бы не поведать "по секрету всему свету"? Подмигивание

Принцип действия.

Химикам давно известно, что все (ну почти все) химические элементы окисляются отдельно, даже если горит очень сложное химическое соединение. А что это значит? Достаточно сжечь цианистый калий или любое другое растворенное в воде (или в воздухе) ОВ, и оно превратится из смертельного яда в безобидный набор оксидов...

На этом принципе можно сделать противогаз, прообраз которого можно видеть в виде длинной курительной трубки у туземцев.

Конструкция.

Конструкция противогаза окислительного действия очень проста. Отравленный воздух нужно пропустить через систему раскалённых катализаторов, например, через несколько слоёв тонкой платиновой сетки, после чего охладить до нормальной температуры. И смертельно отравленный воздух станет почти лечебным Улыбка

Пришельцы используют для нагрева микроволновые источники энергии, поэтому у них противогазы очень компактные, т.е. их габариты не превышают габаритов курительных трубок индейцев. Правда некоторые пришельцы почему-то используют противогазы более сложной конструкции, внешне напоминающие кальян.

Компактный (микроволновый) противогаз окислительного действия можно будет в ближайшее время приобрести в магазине. А пока в продаже нет компактных противогазов, желающие могут изготовить более громоздкий (типа кальяна), зато доступный для применения уже сегодня.

Изюминка энергосберегающего противогаза окислительного действия заключается в том, что в нём используется принцип встречного движения потоков воздуха, что позволяет "перекипятить воду при средней температуре, близкой к нормальным условиям".

Кто не знает решения этой физической задачки? Напомню, что организуется встречное движение потока воды/воздуха в длинном теплообменнике, при котором теплообмен между входящим (холодным) и выходящим (горячим) веществом происходит практически изотермически, т.е. движущийся к зоне нагрева поток постепенно нагревается встречно движущимся (постепенно охлаждающимся) потоком. В результате экономия энергии может достигать 90% и более. В качестве источника энергии для противогаза может быть всё, что угодно, например газ из баллончика. Такой противогаз может работать достаточно долго, а если есть возможность подключиться к дополнительному источнику (розетка, солнечная батарея ...), то и вообще неограниченное время.

Для военных целей могут использоваться и специальные источники энергии, например, ядерная батарейка.

Вот, собственно, и весь "секретный" проект N41 лаборатории Наномир.

Создан он сегодня и немедленно опубликован для всего человечества. Естественно, кроме глобально-патриотических целей, преследуется и рекламная цель. Ведь скоро такие противогазы будут работать от микроволновых источников энергии... Улыбка

Проект приобретает новый смысл. Оказывается страдающим аллергией достаточно дышать через фильтр, напоминающий кальян, и воздух отмывается от аллергенов...

СУПЕР ЛАЗЕР

2014.08.17 20:33:13

Мощный компактный монокристаллический лазер непрерывного действия

Идея МКМКЛНД заключается в объединении рубинового источника энергии накачки миллиметрового диапазона, шарового слоя с прецизионной многозаходной резьбой, и лазера на модах "шепчущей галереи", гладкого шарового слоя в монокристаллический лазер.

2014.08.18 10:16:56

Модификация МКМКЛНД с резонатором Фабри-Перро.

ЭЛЕКСИР БЕССМЕРТИЯ

2014.08.31 11:01:36

http://www.sciteclibrary.ru/cgi-bin/yab … 25/300#337

Sakura пишет:

Не знаю, у всех ли включается феноптоз в 40, но моя прабабушка умирала в возрасте за 80, наверно, 82, и у неё не было ни одного седого волоса! Не могу сказать, что у неё не было стрессов, ведь она жила в период второй мировой, ещё и мужа там потеряла. Он умер от гангрены, так и не увидев мою бабушку. Прабабушка осталась одна с 2 детьми, сама построила хату и вела хозяйство. Но она была очень верующим человеком, пешком ходила в Киев молиться, а это было 3 дня пути. Всегда ходила в платке. После смерти вскрытие показало ишемическую болезнь сердца, но она не пила ни одной таблетки.

Кушелев: В ~40 лет включается мягкий феноптоз. В ~80 лет - жесткий, в ~120 лет фатальный. У разных людей могут быть разные диагнозы, но финал один. Старше 121 года на Земле сегодня нет ни одного человека.

В 2014-ом году американские геронтологи реализовали мою схему 2012 года, которую я описал в статье "Прожиточный минимум вампира": http://nanoworld88.narod.ru/data/281.htm

В 2014-ом году, в нашем эксперименте в Киеве, лабораторная мышь, которой делают инъекции крови беременных лабораторных мышей, живёт уже в полтора раза больше максимальной продолжительности жизни для этой чистой линии. Так что время закупать праймеры. Идентификация сигналов, отключающих феноптоз поможет омолодить всю планету в ближайшие годы...

Подробности о праймерах: http://subscribe.ru/archive/science.new … 15120.html

САМЫЕ ТОЧНЫЕ И ПРОСТЫЕ В ИСПОЛЬЗОВАНИИ ГЕОДЕЗИЧЕСКИЕ ИНТСРУМЕНТЫ

2014.12.01 13:29:43

Измерительные инструменты (проект для Бумстартера)

Trilobit пишет:Kushelev пишет:

Таким образом можно изготовить точную рулетку любой длины. Хоть 100 метров.

А ну-ка, сбацай срулетку 100 метров из бисера. 8-)

Или просто сбрехнул?

Кушелев: Понятно, что после метровой рулетки Ханумана Вам хочется поскорее увидеть 100-метровую рулетку Ханумана. Но Вы же знаете, что "нет предела совершенству", поэтому, чтобы не томить Вас в ожидании 100-метровой, а потом километровой и т.д. рулеток Ханумана, я решил показать Вам (не подумайте, что я решил подделать! Ведь нельзя же подделать то, чего не существует) бесконечную рулетку Ханумана:

2015.02.08 09:41:07

KillerOKPlanet пишет:

Рулетка со шкалой нониуса - гениально просто. Аплодирую вам сидя за компьютером. Система проста (такую все видели на штангенциркулях (ну все кто видел их))
P.S. Как раз вы упомянули об этом.

Кушелев: Я же говорил, что на ютубе много умных людей, которые задают очень умные вопросы и пишут умные комментарии.

2015.02.08 09:43:22

Vit Science пишет:

Цветовая рулетка с цветной шкалой нониуса здорово!, киношники могут перенять.

Кушелев: И строители, и геодезисты и т.д.

2015.02.08 11:58:02

http://www.youtube.com/watch?v=AW3i1rxqEZs

KillerOKPlanet пишет:

На рулетке нет подписей (10 см, 11 см) , - это единственный недостаток?

P.S. Ответ про сканер штрих-кодов удовлетворил

Кушелев: Нет подписей - это достоинство, которое позволяет снимать показания в разных масштабах с использованием цветного кода. На близком расстоянии можно считать отдельные бусины, т.е. показания в миллиметрах, на более дальнем расстоянии, когда бусины сливаются в полосы, можно снимать показания в сантиметрах. Ещё дальше, когда сантиметровые полосы сливаются между собой, можно снимать показания в полудециметрах, которые будут видны как зеленоватые и розоватые пятна.

А с обычной рулетки, где стоят цифры, можно снять показания только на самом близком расстоянии, когда деления не сливаются в сплошную полосу.

2015.02.13 23:12:55

Письмо в РОСТЕСТ

Кушелев: Здравствуйте, уважаемые коллеги!
Мне удалось обнаружить новую геодезическую шкалу, которую обсудили на профессиональном форуме геодезистов, Geodesist.ru

Подробнее: http://subscribe.ru/archive/science.new … 95321.html

Геодезисты сообщили мне, что существует патент фирмы Лейко, где предложен цветной штрих-код, который можно рассматривать как прототип шкалы Ханумана.

Геодезисты предложили сравнить на геодезическом компараторе шкалу Ханумана со стандартной геодезической шкалой.

На первом этапе речь идёт о пассивном режиме, т.е. сравнение при дневном освещении. На втором этапе предлагается сравнить эффективность стандартной геодезической системы с системой RGBYW, в которой используется 4 импульсных лазера (красный, синий, зеленый и жёлтый) и широкополосная (белая) подсветка (дневной свет или "белый лазер".

Геодезисты обратили внимание на возможность использования шкалы Ханумана в качестве масштабной линейки и масштабной рулетки, что расширяет возможности геодезических, криминалистических и телеметрических систем в случае изогнутых поверхностей. Использование при фотографировании объектов масштабных рулеток позволит увеличить точность 3D-моделей, получаемых с помощью программы типа 3DSee от единиц миллиметров до десятков микрон.

Возвращаясь к первому этапу (геодезическому компаратору), предоставляю для сравнения со стандартной геодезической шкалой новую шкалу (Ханумана):

Если первый этап окажется успешным, т.е. шкала Ханумана покажет себя лучше стандартной шкалы, то можно будет создать систему RGBYW, которая должна иметь на несколько порядков большую эффективность, чем использование шкалы Ханумана в пассивном режиме.

С уважением,
Александр Кушелев,
руководитель лаборатории Наномир

2016.07.02 12:09:21

Универсальная рулетка для измерения линейных и угловых величин

Кушелев: Эталонные элементы, размещённые по кругу, позволяют достичь угловой погрешности в тысячные доли угловой секунды! При этом погрешность самих элементов при диаметре около 2 мм может достигать десятой доли микрона.

2016.07.22 20:24:37

Кстати, целочисленные углы - это не только удобство измерения бисерными лимбами/рулетками. В резонаторах "шепчущей галереи" по кругу расположено целое число полуволн. А это означает, что угловая разметка резонансных систем должна быть целочисленной. В этом случае они будут иметь предельную добротность.

2016.07.03 10:40:56

Универсальная рулетка для измерения линейных и угловых величин

2016-07-03:

[10:36:29] Кушелев Александр Юрьевич: Мне удалось разобраться в измерительных инструментах нового типа, где линейная или угловая величина измеряется с погрешностью, которая на несколько порядков меньше погрешности элементов, из которых сделан измерительный прибор. Сегодня на Земле используются приборы, где погрешность прибора больше, чем погрешность его элементов.
[10:36:36] Кушелев Александр Юрьевич
[10:37:47] Кушелев Александр Юрьевич: Мой знакомый метролог любил говорить: "Сделать можно то, что можно измерить". Если можешь измерить с микронной точностью, сможешь сделать с такой точностью. Если сможешь измерить с атомной точностью, сможешь сделать с атомной.
[10:39:27] Кушелев Александр Юрьевич: Точность гониометра ГС-5 - 5 угловых секунд. Стоимость на заводе-изготовителе 10 000 USD. А точность универсальной рулетки из шариков с субмикронной погрешностью в сотни раз выше. Это многого стоит...

2016.07.18 14:28:38

Демонстрируется преимущество фрактальных эталонов, погрешность которых может быть на много порядков меньше погрешности элементов.

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201502/22195321.html

Кушелев: Достаточно на стройплощадку положить несколько рулеток и сфоткать в нескольких ракурсах. Остальное компьютер сделает сам, т.е. построит 3D-модель с микронной точностью.

Вот какая для этого программа уже есть. Называется 3DSee

Так что тахеометры и нивелиры могут скоро кануть в лету... Их может заменить мобильник с хорошей фотокамерой и программой типа 3DSee и несколько полосатых рулеток

ЛЕТАТЕЛЬНЫЙ ПОЯС

2014.12.02 13:23:06

Летательный пояс

Модель летательного / такелажного пояса инопланетной разработки:

РУБИНОВАЯ ЛАМПОЧКА

2014.12.05 12:20:15

Герметичный вариант рубиновой лампочки

Номинальный ряд шариков от 2 до 9.5 мм позволит создать номинальный ряд рубиновых лампочек с максимальной мощностью от киловатта до 20 киловатт. В случае заполнения колбы парами серы, лампа сможет светить солнечным светом, т.е. спектр будет практически совпадать с солнечным.

Себестоимость рубиновой лампы с парами серы будет складываться из себестоимости рубиновых шариков, стеклянной колбы и паров серы. Дороже всего - рубиновые шарики, которые при диаметре 2 мм будут стоить

по 7 центов без отверстий. Отверстия обойдутся приблизительно в 30 центов, значит себестоимость лампы с тремя рубиновыми шариками составит около 1.5 долл.

Продаваться рубиновые лампы с парами серы будут, вероятно, по той же цене, что и светодиодные. Отличие в том, что они мощнее и не требуют подключения к розетке. Их можно будет вешать на деревья в лесу, как ёлочные игрушки.

ОКОННЫЕ ОБОГРЕВАТЕЛИ

2015.02.10 12:29:03

[12:18:32] Партнёр В: Сейчас у нас задача стоит придумать как заменить резинки-уплотнители, поворотные механизмы и т.д. без замены всего оконного блока на окнах. Это в разы выгоднее людям, чем полностью менять окна. И это позволит заработать денег здесь и сейчас. Которые потом можно будет инвестировать куда хотите.
[12:27:05] Кушелев Александр Юрьевич: Вставить между рам рубиновые источники энергии, и в дом с улицы будет идти тёплый воздух вместо холодного. Цена такого кондиционера при массовом производстве будет стоить несколько долларов.

Лаборатория Наномир. Информер для соцсетей, блогов, сайтов, форумов

24 сентября 2016, 13:19

Примеры публиаций. Скопируйте и разместите на своих ресурсах!

Дайджест Лаборатории Наномир

Классическая волновая физика эфира Фарадея Максвелла
Рубиновая энергетика и эфироопорные двигатели
Пикотехнология белка
Биотехнология вечной молодости

500 научных открытий за 25 лет

Три научных направления Лабораории Наномир подтверждены в США, Германии и Израиле

EmDrive

Эфироопорный крестодвигатель двигатель Кушелева

Продемонстрирован впервые в 1992 году. Cтатья опубликована в 2000 году .
http://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1024263

http://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/313067
2002г - 20 г - космическое агенство Великобритании
2012г - 72 г - Китай
2014г - 70 миллиньютонов NASA

Рубиновый генератор для получения энергии эфира

Удачные эксперименты:
2011 Дубна ускоритель свечение

2016 Домашняя лаборатория,

импульс от микроволновой печи, свечение и плазмоид.

Моделирование различных резонаторов под магнетрон микроволновки

http://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1024874
http://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1024882

Создание номинального ряда

рубиновых резонаторов

Из фрактального конструктора

резонансных систем

можно собирать

фрактальные резонансные системы,

которые могут выполнять

не только функции резонаторов,

но так же функции источников энергии, двигателей, геодезических инструментов,

конструкционные функции и т.д.
http://nano-world-articles.nethouse.ru/posts/2112190

Биотехнология вечной молодости

Определение сигнала отключения

феноптоза

Эмбрион посылает сигнал в виде коротких ядерных РНК,

упакованных в мезосомы, в гипоталамус будущей матери.

Гипоталамус читает послание (РНК)

и отключает феноптоз на время беременности.

Если мы сможем идентифицировать сигнал полностью

и синтезировать его, то достаточно ежедневно принимать этот сигнал

в виде препарата, содержащего полный комплект РНК,

чтобы механизм старения (феноптоз) был постоянно отключен.

http://nano-world-articles .nethouse.ru/page/1024175175

Пикотехнология белков

Пикософт - программа для точного определения пространственной структурыбелка в 3D по известному коду.

http://nano-world-articles.nethouse.ru/services/3414222

http://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/313214

http://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1024253

http://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/313782

Формы, механизмы, энергии Наномира

Модели нано, пико и фемто миров.
подтвеждены экспериментальной практикой Лаборатории Наномир на протяжении 25 лет
http://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1023932
http://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1024113
http://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1024115

А.Ю.Кушелев.

Консалтинг по тематикам, близким к научным направлениям Лаборатории Наномир

Прорывные направления в науке, постановка задач исследований, планированию экспериментов, НИОКР.
http://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1025192
http://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1024171

Как стать лидером РСА, ЯМР, нейтронной дифракции ...

25 сентября 2016, 13:00

Пикотехнология белков

ПРОДУКТ

Kushelev пишет:

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5907/126 … 2_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5908/126 … 2_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6205/126 … a_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6104/126 … d_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6204/126 … 3_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6104/126 … 4_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6205/126 … 9_orig.png

Кушелев: Концовка хорошая: ... пикотехнология – это современный, точный и удобный методологический подход в арсенале молекулярной биологии для моделирования пространственной структуры белков, исходя из той информации генома о них, которой располагает сама

ПРОДВИЖЕНИЕ

2012.04.03 23:41:25

Как стать лидером РСА, ЯМР, нейтронной дифракции ...

[03.04.2012 10:57:55] Кушелев Александр Юрьевич: Я могу ежедневно делать по 10 PDB-файлов с координатами атомов белка. Такие файлы кто-то покупает более 1000 штук в год по средней цене 10 000 евро. Но выйти на этот рынок пока не удаётся...
[03.04.2012 10:58:34] Кушелев Александр Юрьевич: Советуют выходит через лаборатории РСА, ЯМР и нейтронной дифракции. "Лидером становится тот, кто предлагает максимально широкий спектр услуг"
[03.04.2012 10:58:57] Кушелев Александр Юрьевич: Если удастся заинтересовать лаборатории, то через них можно попасть на этот рынок
[03.04.2012 10:59:08] Кушелев Александр Юрьевич: Тоже своеобразная интернет-реклама нужна...
[03.04.2012 11:16:57] Кушелев Александр Юрьевич: Интересно, может ли сработать интернет-реклама в случае специфического товара (pdb-файлов) ?
[03.04.2012 11:18:13] Кушелев Александр Юрьевич: Мне советовали сделать прямые рассылки по лабораториями, которые продают свои pdb-файлы и предложить им бесплатно (на первых порах) добавлять к своим ещё и мои pdb-файлы, которые являются дополнительной услугой (бесплатной!)
[03.04.2012 11:18:41] Кушелев Александр Юрьевич: Клиенты через некторое время могут оценить мои pdb-файлы, которые по многим показателям превосходят стандартные
[03.04.2012 11:18:55] Кушелев Александр Юрьевич: После этого может появиться спрос
[03.04.2012 11:20:40] Кушелев Александр Юрьевич: Как реагирует первый клиент, можно посмотреть на форуме лаборатории Наномир
[03.04.2012 11:20:48] Кушелев Александр Юрьевич: Irinaval2012
[03.04.2012 11:28:38] T: pdb - это трехмерные?
[03.04.2012 11:30:01] Кушелев Александр Юрьевич: Это координаты атомов, по которым стандартные браузеры показывают трёхмерные модели молекул
[03.04.2012 11:32:01] T: так, а Вы мне скажите вот что, если я обычный пользователь интернета, но мне нужен белок, как я его буду искать в интернете. Т.е. какие примерные поисковые запросы, чтобы я мог оценить эффективность и востребовыемость
[03.04.2012 11:32:08] T: ?
[03.04.2012 11:46:26] T: просто примерно. А там я уже ма подберу. У меня есть статистика запросов. оценим.
[03.04.2012 11:48:57] Кушелев Александр Юрьевич: Обычному пользователю вряд ли нужны структуры белков. Это нужно фармацевтическим компаниям, биотехнологическим фирмам, генным инженерам, нанотехнологам...
[03.04.2012 11:49:17] Кушелев Александр Юрьевич: Обычные люди не заморачиваются строением белков в частности и структурой материи вообще
[03.04.2012 11:49:35] Кушелев Александр Юрьевич: А для любопытных я сделал это
[03.04.2012 11:50:08] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее:http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm
[03.04.2012 11:51:21] T: Ок, компания , которая ищет лабораторию , которая в свлою очередь делает то, что делаете Вы. Как это компания будет искать информацию?
[03.04.2012 11:52:07] T: Для примера:
Мне нужен фильм?
"скачать фильм"
Нужны окна:
"Пластиковые окна в Москве"
[03.04.2012 11:52:53] T: Сколько наименований у различных белков?
[03.04.2012 11:54:18] Кушелев Александр Юрьевич: Лаборатория РСА (по-английски X-ray)
[03.04.2012 11:54:33] Кушелев Александр Юрьевич: Лаборатория ЯМР (ядерного магнитного резонанса)
[03.04.2012 11:54:44] Кушелев Александр Юрьевич: Лаборатория нейтронной дифракции
[03.04.2012 11:54:59] Кушелев Александр Юрьевич: Вот по этим словам выходят на лаборатории, которые продают файлы PDB
[03.04.2012 11:55:10] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя может и не через интернет...
[03.04.2012 11:55:22] T: А эти лаборатории только PDB занимаются?
[03.04.2012 11:56:03] T: А формат PDB используется только для построений атомов белков или еще для чего?
[03.04.2012 11:56:12] Кушелев Александр Юрьевич: Они берут у заказчика кристаллы белка (нужно месяца 2-3 выращивать кристалл из исследуемого белка), делают рентгенограмму и анализируют
[03.04.2012 11:56:47] Кушелев Александр Юрьевич: По результатам анализа создают pdb-файл, который имеет реальную точность от 5 до 500 ангстрем
[03.04.2012 11:57:15] Кушелев Александр Юрьевич: Мой файл имеет точность в ~1000 раз выше, но не для всех белков
[03.04.2012 11:57:39] Кушелев Александр Юрьевич: Форма PDB для белков используется точно, а для чего ещё, я не в курсе
[03.04.2012 11:58:50] T: Просто , если для только для белков, то употребление "PDB" в любом поисковом запросе будет означать, что это потенциальный клиент
[03.04.2012 12:00:12] T: Ну не однозначно, конечно. Может человек ищет компанию с таким названием
[03.04.2012 12:00:13] Кушелев Александр Юрьевич: Понятно
[03.04.2012 12:01:47] T: А что за программа генерирует этот PDB файл?
[03.04.2012 12:02:04] Кушелев Александр Юрьевич: Я делаю с помощью программы pdb-файлы, которые точнее стандартных, но стандартные всё же дополняют мои, т.к. я моделирую только рибосому, а рентген просвечивает белки, которые могут модифицироваться после сборки рибосомой. Поэтому хотя у них и хуже качество, зато есть дополнительная информация о постобработке.
[03.04.2012 12:02:15 | Изменены 12:02:21] Кушелев Александр Юрьевич: Моя программа "Пикотехнология"
[03.04.2012 12:02:49] Кушелев Александр Юрьевич: Сделано несколько версий, и будет сделано ещё, т.к. "нет предела совершенству"
[03.04.2012 12:03:46] T: ну как я и предполагал - не однозначно.
"pdb *.PalmDOC (он же — PDB и AportisDoc). Еще один популярный Palm-формат. Его нормально воспринимает большинство программ для чтения электронных книг. Но при этом степень сжатия гораздо ниже, чем у iSilo.PDB, а графика не поддерживается вовсе. "
[03.04.2012 12:04:48] Кушелев Александр Юрьевич: Это другой формат
[03.04.2012 12:04:54] Кушелев Александр Юрьевич: Название совпало
[03.04.2012 12:05:03] Кушелев Александр Юрьевич: Вот биологический:
[03.04.2012 12:05:08] T: Назовите любой белок, хотя я не понимаю о чем говорю. Белок - это часть элемента. Т.е. есть например белок сульфадонатрихлора.
[03.04.2012 12:06:12] Кушелев Александр Юрьевич: Его можно смотреть в текстовом формате
[03.04.2012 12:06:18] Кушелев Александр Юрьевич: редакторе
[03.04.2012 12:06:55] Кушелев Александр Юрьевич: А этот файл сделан моей программой
[03.04.2012 12:07:45] T: так, значит вот название "Bacteroides thetaiotaomicron"?
[03.04.2012 12:08:29] Кушелев Александр Юрьевич: Это название белка, а расширение файла pdb
[03.04.2012 12:09:12] Кушелев Александр Юрьевич: В банке белковых структур, Protein Data Base (PDB) находятся ~80 000 файлов PDB с координатами атомов белковых молекул
[03.04.2012 12:09:26] Кушелев Александр Юрьевич: Но это уже "б/у" файлы
[03.04.2012 12:09:35] Кушелев Александр Юрьевич: За них уже уплачено в среднем по 10 000 евро
[03.04.2012 12:09:53] Кушелев Александр Юрьевич: А каждый год заказчики платят за несколько тысяч новых таких файлов
[03.04.2012 12:10:03] T: да, я понял. А сколько существует известных названий белков, в мире
[03.04.2012 12:10:15] T: ой
[03.04.2012 12:10:21] Кушелев Александр Юрьевич: В человеке по современным оценкам около 5 000 000 разных белков
[03.04.2012 12:10:22] T: вы же написали уже
[03.04.2012 12:10:36] Кушелев Александр Юрьевич: И моя программа практически все их может показать за неделю
[03.04.2012 12:10:51] T: Хм, это очень интересно
[03.04.2012 12:10:55] Кушелев Александр Юрьевич: А рентген может показать только 3%, т.к. остальные 97 не кристаллизуются
[03.04.2012 12:11:16] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому моя программа может как бы в 30 раз больше рентгеновской лаборатории
[03.04.2012 12:11:21] Кушелев Александр Юрьевич: по количеству белков
[03.04.2012 12:11:31] Кушелев Александр Юрьевич: И в ~1000 раз лучше по точности
[03.04.2012 12:11:42] Кушелев Александр Юрьевич: Но только те белки, которые не дорабатываются после сборки
[03.04.2012 12:11:50] Кушелев Александр Юрьевич: Доработку я пока смоделировать не могу
[03.04.2012 12:12:05] Кушелев Александр Юрьевич: Но вручную некоторые доработки можно смоделировать
[03.04.2012 12:12:09] T: ок, а будут вопросы по качеству, т.е. они наверно не поймут почему вы сможете делать с помощью программы то, что делаю на данный момент рентгеном?
[03.04.2012 12:12:22] Кушелев Александр Юрьевич: Это я сейчас и предлагаю первому заказчику Irinaval2012
[03.04.2012 12:13:02] Кушелев Александр Юрьевич: Я несколько лет назад встречался с руководителями трёх лабораторий РСА (рентгено-структурного анализа)
[03.04.2012 12:13:13] Кушелев Александр Юрьевич: Сначала на меня смотрели дикими глазами и говорили:
[03.04.2012 12:13:52] Кушелев Александр Юрьевич: Как же так? У Вас программа показывает спиральные участки с ошибкой до 5 аминокислотных остатков! Рентген не может ошибиться даже на 1
[03.04.2012 12:14:19] Кушелев Александр Юрьевич: Я им объясняю, что ошибка на 1 атом (типовая для рентгена) может означать, что мы перескочили на соседний атом
[03.04.2012 12:14:22] Кушелев Александр Юрьевич: -Ну да...
[03.04.2012 12:14:35] Кушелев Александр Юрьевич: А соседний атом может принадлежать соседнему аминокислотному остатку
[03.04.2012 12:14:36] Кушелев Александр Юрьевич: -Да
[03.04.2012 12:14:48] Кушелев Александр Юрьевич: А соседний остаток может принадлежать соседнему витку альфа-спирали
[03.04.2012 12:14:50] Кушелев Александр Юрьевич: -Верно
[03.04.2012 12:15:08] Кушелев Александр Юрьевич: Вот Вам и ошибка на 5 остатков (если спираль развернуть в цепочку)
[03.04.2012 12:15:11] Кушелев Александр Юрьевич: -Ну надо же...
[03.04.2012 12:15:19] Кушелев Александр Юрьевич: И так реагировали во всех трёх лабораториях
[03.04.2012 12:15:31] T: Тогда все понятно
[03.04.2012 12:15:34] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда у меня ещё не было настроенной программы
[03.04.2012 12:15:41] Кушелев Александр Юрьевич: А сейчас ситуация изменилась
[03.04.2012 12:15:47] Кушелев Александр Юрьевич: Я могу делать pdb-файлы
[03.04.2012 12:16:11] Кушелев Александр Юрьевич: Вот и надо бы их предложить лабораториям, чтобы они могли своим клиентам дать более широкий спектр услуг
[03.04.2012 12:16:17] Кушелев Александр Юрьевич: Наши файлы дополняют друг друга
[03.04.2012 12:16:45] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть мои файлы "весят" 90%, а их 10%, но на первых порах я готов их делать бесплатно
[03.04.2012 12:16:55] T: т.е. потенциальные коиенты - лабратории, а не прямые заказчики.
[03.04.2012 12:17:09] Кушелев Александр Юрьевич: А когда клиенты разберутся, "кто есть Who", тогда можно и рыночные цены установить
[03.04.2012 12:17:27] Кушелев Александр Юрьевич: Клиенты - заказчики, но на них быстрее выйти через лаборатории
[03.04.2012 12:17:38] Кушелев Александр Юрьевич: Ведь связи с лабораториями у них уже установлены
[03.04.2012 12:17:45] Кушелев Александр Юрьевич: Лабораторий гораздо меньше, чем клиентов
[03.04.2012 12:17:55] Кушелев Александр Юрьевич: Их легче "обойти и убедить"
[03.04.2012 12:18:24] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть лаборатории выступят "менеджерами" со своими клиентскими базами
[03.04.2012 12:18:44] Кушелев Александр Юрьевич: Клиентские базы собираются десятилетиями
[03.04.2012 12:19:48] T: ну не скажите. Лабратории это Ваши прямые конкуренты. Они же понимают по сути, что Вы их вытесните
[03.04.2012 12:20:00] T: А это их "бизнес".
[03.04.2012 12:21:14] Кушелев Александр Юрьевич: Вряд ли они так решат. Дело в том, что мы друг друга дополняем, поэтому с одной стороны я их не вытесню до конца, а главное, что та лаборатория, которая будет предлагать расширенный спектр услуг, обойдёт своих конкурентов и сможет делить гораздо бОльшую прибыль со мной
[03.04.2012 12:21:22] Кушелев Александр Юрьевич: Я же не жадный
[03.04.2012 12:21:48] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому те, кто согласятся со мной сотрудничать вырвутся в лидеры и умножат свои доходы однозначно
[03.04.2012 12:21:58] Кушелев Александр Юрьевич: А недоверчивые могут закрепить свои права нотариально
[03.04.2012 12:22:44] T: Это все так, но Вы не учитываете, что "лень" о которой Мы ранее говорили и здесь присутствует - никто ничего не хочет менять, только, если на этом можно заработать
[03.04.2012 12:23:22] Кушелев Александр Юрьевич: Так объяснить, что они смогут работать меньше (лень же!), а получать в десятки раз больше
[03.04.2012 12:23:37] T: Конечно, можно предложить им сотрудничество, но Вы это уже делали же
[03.04.2012 12:23:52] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно, откликнутся из 100 лабораторий 1...5, но этого будет вполне достаточно для выхода на рынок
[03.04.2012 12:24:14] Кушелев Александр Юрьевич: Я этого ещё не делал, т.к. не было программы, которая делает pdb-файлы
[03.04.2012 12:24:47] Кушелев Александр Юрьевич: Они тогда (несколько лет назад) поняли, но продавать было нечего. А теперь тех людей уже нет. Кто на пенсию ушёл, кто уволился, нужно с нуля начинать
[03.04.2012 12:27:42] T: Вот всегда настаиваю на самостоятельном видЕнии бизнеса. Т.е. я за открыть лабораторию и искать прямых клиентов. И пусть уже "перекупщики", а именно так их и следует называть - будут прикреплять свои 10% к Вашим 90% и это будет справедливо.
[03.04.2012 12:27:49] Кушелев Александр Юрьевич: И может быть интернет поможет это сделать быстрее и лучше
[03.04.2012 12:27:57] T: Конечно же деньги...
[03.04.2012 12:28:39] Кушелев Александр Юрьевич: Делать свою лабораторию - можно время упустить
[03.04.2012 12:28:53] Кушелев Александр Юрьевич: Пусть они начнут, а как деньги пойдут, так и сделать лабораторию и т.д.
[03.04.2012 12:29:16] T: А могут идею украсть?
[03.04.2012 12:29:19] Кушелев Александр Юрьевич: Они-то сегодня продают. Я сегодня могу 10 файлов по 10 000 евро делать
[03.04.2012 12:29:31] Кушелев Александр Юрьевич: Эту идею украсть очнь сложно
[03.04.2012 12:29:41] T: А патентовать?
[03.04.2012 12:29:44] Кушелев Александр Юрьевич: Дело в том, что я каждый месяц могу модифицировать программу
[03.04.2012 12:29:57] Кушелев Александр Юрьевич: Она будет выдавать всё более качественные файлы
[03.04.2012 12:30:33] Кушелев Александр Юрьевич: Может получиться как с аудио-форматами: Вы купили CD? Теперь купите то же самое на DVD
[03.04.2012 12:30:47] Кушелев Александр Юрьевич: Одни и те же белки можно будет каждый месяц делать всё точнее
[03.04.2012 12:30:52] Кушелев Александр Юрьевич: А их 5 000 000
[03.04.2012 12:31:02] Кушелев Александр Юрьевич: А сегодня сделано только 80 000
[03.04.2012 12:31:30] Кушелев Александр Юрьевич: Вот покупает клиент стандантный PDB-файл
[03.04.2012 12:31:36] Кушелев Александр Юрьевич: А к нему приложен мой
[03.04.2012 12:31:37] T: Так ок, объясните, кто заказывает в лобраториях эти белки?
[03.04.2012 12:31:55] T: для чего
[03.04.2012 12:32:09] Кушелев Александр Юрьевич: Белки заказываю фармацевтические компании, биотехнологические, нанотехнологические, генно-инженерные
[03.04.2012 12:32:26] Кушелев Александр Юрьевич: Для создания новых лекарств, продуктов питания (в т.ч. ГМО), и т.д.
[03.04.2012 12:32:36] T: понятно
[03.04.2012 12:32:49] Кушелев Александр Юрьевич: Клиент видит, что мой PDB-файл - это 90%
[03.04.2012 12:32:54] Кушелев Александр Юрьевич: Это уже хорошо
[03.04.2012 12:33:13] T: ну при условии, что там будут ваши контактные данные
[03.04.2012 12:33:29] Кушелев Александр Юрьевич: Потом он читает, что его белки, которые не может определить лаборатория РСА, могу определить я, т.е. 97% заказов могу выполнить только я
[03.04.2012 12:33:49] Кушелев Александр Юрьевич: Контактные данные можно замаскировать
[03.04.2012 12:33:59] T: каким образом?
[03.04.2012 12:34:18] Кушелев Александр Юрьевич: Достаточно написать такие слова, как пикотехнология, пикотехнологическая модель, и Яндекс сразу выведет на мой сайт
[03.04.2012 12:34:26] Кушелев Александр Юрьевич: Попробуйте набрать "Пикотехнология"
[03.04.2012 12:34:54] Кушелев Александр Юрьевич: А это слово можно использовать в описании файла
[03.04.2012 12:35:02] T: ну да, как бренд
[03.04.2012 12:35:03] Кушелев Александр Юрьевич: Внутри PDB-ФАЙЛА
[03.04.2012 12:35:07] T: угу
[03.04.2012 12:35:24] T: пикотехнологическая модель
[03.04.2012 12:35:48] Кушелев Александр Юрьевич: Заказчики могут и сегодня знать про меня, но не решаться
[03.04.2012 12:36:08] Кушелев Александр Юрьевич: А если им мои файлы предложат в лаборатории РСА, то это будет совсем другой "компот"
[03.04.2012 12:36:43] T: так, ок. Как я понял - задача найти все вышеописанные лаборатории.
[03.04.2012 12:36:56] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, у меня уже несколько недель висит на форуме тема
[03.04.2012 12:37:16] Кушелев Александр Юрьевич: Но форум-то потенциальные заказчики не находят...
[03.04.2012 12:37:17] T: И донести до них посредством интернета о пикотехнологии
[03.04.2012 12:37:28] Кушелев Александр Юрьевич: Вам виднее, как это сделать
[03.04.2012 12:37:32] Кушелев Александр Юрьевич: У меня не получается...
[03.04.2012 12:37:50] T: так, а что Вы уже пробывали?
[03.04.2012 12:38:10] Кушелев Александр Юрьевич: Мне говорили, что если письмо приходит не с университетского (американского!) сервера, то его сразу в мусорку кидают
[03.04.2012 12:38:32] Кушелев Александр Юрьевич: Я делал попытки рассылать письма, но ответов нет вообще
[03.04.2012 12:38:37] Кушелев Александр Юрьевич: Как в мусорку...
[03.04.2012 12:38:48] Кушелев Александр Юрьевич: Не с того сервера...
[03.04.2012 12:39:05] Кушелев Александр Юрьевич: Сказали, что нужно через университетский американский сервер
[03.04.2012 12:39:12] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда письма прочтут
[03.04.2012 12:39:23] Кушелев Александр Юрьевич: И может быть несколько процентов лабораторий отреагируют
[03.04.2012 12:39:39] T: А где он такой есть, и кто имеет доступ в него?
[03.04.2012 12:39:49] T: Или просто можно американский сервер
[03.04.2012 12:39:53] Кушелев Александр Юрьевич: Тут, как разжигание костра. Достаточно, чтобы одна веточка из 100 загорелась
[03.04.2012 12:40:07] Кушелев Александр Юрьевич: Не просто американский, а университетский!
[03.04.2012 12:40:15] Кушелев Александр Юрьевич: Надо там знакомых иметь
[03.04.2012 12:40:27] Кушелев Александр Юрьевич: У меня есть знакомый, но у него так руки и не дошли
[03.04.2012 12:40:34] T: так, Университет в Америке - любой?
[03.04.2012 12:40:44] T: или конкретный
[03.04.2012 12:40:56] Кушелев Александр Юрьевич: Где занимаются нанотехнологией и структурами белков
[03.04.2012 12:41:04] Кушелев Александр Юрьевич: Иначе лажа выйдет
[03.04.2012 12:41:30] T: так, если вариант не со знакомыми
[03.04.2012 12:41:42] Кушелев Александр Юрьевич: Я не представляю...
[03.04.2012 12:42:04] T: Нет, ну я представляю, только вот нельзя так
[03.04.2012 12:42:17] Кушелев Александр Юрьевич: Системные программисты могут просто подставить обратный адрес нужного университета
[03.04.2012 12:42:19] Кушелев Александр Юрьевич: Я так не умею
[03.04.2012 12:42:34] T: ну это понятно
[03.04.2012 12:42:38] Кушелев Александр Юрьевич: Почему нельзя?
[03.04.2012 12:42:49] T: мы именами светим
[03.04.2012 12:43:07] T: представляете приходит письмо от того, кто это письмо не отправлял
[03.04.2012 12:43:16] Кушелев Александр Юрьевич: Надо чтобы по обратному адресу письмо к нам пришло, а не куда-то
[03.04.2012 12:43:18] T: и подпись "наномир"
[03.04.2012 12:43:41] Кушелев Александр Юрьевич: Это - не проблема
[03.04.2012 12:44:31] Кушелев Александр Юрьевич: Можно в письме в конце объяснить, что мы послали письмо из университета, будучи там проездом, а обратное письмо отправляйте нам в лабораторию
[03.04.2012 12:44:59] Кушелев Александр Юрьевич: Университетский адрес - формальность, чтобы письмо начали читать
[03.04.2012 12:45:07] T: думаю, что можно так. Зарегестрировать доменное имя в зоне com. Сделать грамотную сайт-визитку на англ языке.
[03.04.2012 12:45:30] Кушелев Александр Юрьевич: А если уже начнут читать, то кто-то поймёт, что ему предлагают дело, и начнётся деловая переписка
[03.04.2012 12:46:19] Кушелев Александр Юрьевич: Мне объяснили, что существуют фильтры, которые пропускают письма только с униветситетских серверов или адресов.
[03.04.2012 12:46:35] Кушелев Александр Юрьевич: Нам не с людьми нужно бороться, а с фильтрами
[03.04.2012 12:46:45] Кушелев Александр Юрьевич: Если люди письмо прочтут, то дело будет сделано
[03.04.2012 12:46:56] T: Ну так фильтры обойти можно
[03.04.2012 12:47:02] Кушелев Александр Юрьевич: Главное, чтобы письма дошли до человеческих глаз
[03.04.2012 12:47:07] Кушелев Александр Юрьевич: Я об этом и говорю
[03.04.2012 12:47:25] Кушелев Александр Юрьевич: Но я не знаю, как эти фильтры работают
[03.04.2012 12:47:29] T: дойдут. А на анг языке нужно письмо?
[03.04.2012 12:47:36] Кушелев Александр Юрьевич: Может быть там IP имеет значение
[03.04.2012 12:47:43] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно на английском
[03.04.2012 12:47:50] T: может и так, но на это тоже есть решение
[03.04.2012 12:47:56] Кушелев Александр Юрьевич: Англичане и американцы по русски не читают
[03.04.2012 12:48:19] Кушелев Александр Юрьевич: А русские за pdb-файлы не платят
[03.04.2012 12:48:34] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя может и платят...
[03.04.2012 12:48:37] T: вот до меня сейчас только дошло, что лаборатории все заграничные.
[03.04.2012 12:48:56] Кушелев Александр Юрьевич: Там уровень цен другой
[03.04.2012 12:49:08] Кушелев Александр Юрьевич: А в России всё в застое...
[03.04.2012 12:49:18] T: Письмо отправим
[03.04.2012 12:49:25] T: нужен текст, и грамотно перевести
[03.04.2012 12:49:33] Кушелев Александр Юрьевич: Зато российские заказчики могут по-русски писать и создавать рекламу
[03.04.2012 12:49:51] Кушелев Александр Юрьевич: Текст лучше напишет Виктория Соколик
[03.04.2012 12:49:57] Кушелев Александр Юрьевич: У неё больше 100 научных трудов
[03.04.2012 12:50:13] Кушелев Александр Юрьевич: Она уже писала коротенький. Сейчас попробую найти
[03.04.2012 12:51:08] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.

Первые 10 заказов -- бесплатно . Цена следующих заказов -- договорная.
[03.04.2012 12:51:22] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее:http://nanoworld88.narod.ru/data/288.htm
[03.04.2012 12:51:24] T: с обоснованием реальности метода
[03.04.2012 12:51:37] Кушелев Александр Юрьевич: В этом выпуске рассылки наша свежая статья с Викторией
[03.04.2012 12:52:17] Кушелев Александр Юрьевич: Обоснование тут непростое.. Заказчики сами должны "пощупать", сравнить и понять
[03.04.2012 12:52:29] Кушелев Александр Юрьевич: Для этого предлагается сделать пробные бесплатные заказы
[03.04.2012 12:52:44] Кушелев Александр Юрьевич: Очень быстро распробуют и начнут заказывать массово
[03.04.2012 12:52:47] Кушелев Александр Юрьевич: Главное - начать
[03.04.2012 12:53:29] T: ок, на какие адреса отправлять надо письмо
[03.04.2012 12:53:43] Кушелев Александр Юрьевич: Если бы я знал...
[03.04.2012 12:54:51] Кушелев Александр Юрьевич: Мне советовали в первую очередь выходить на коммерческие структуры, т.к. университеты заказывают файлы только у госбюджетных лабораторий и не идут на контакты с коммерческими структурами
[03.04.2012 12:55:08] Кушелев Александр Юрьевич: Мы для них - коммерческая структура
[03.04.2012 12:55:49] Кушелев Александр Юрьевич: А войти в государственную программу - уйдёт много лет
[03.04.2012 12:56:56] T: сложно
[03.04.2012 12:57:10] T: надо поразмыслить
[03.04.2012 12:57:40] Кушелев Александр Юрьевич: Да...

http://nanoworld88.narod.ru/data/280.htm

Участвуем в международном конкурсе определения структуры белка CASP10

Напомню, что в 1998-ом году я предложил организаторам конкурса CASP новый стандарт представления белковых структур, т.к. старый стандарт позволяет лишь различать "спираль"/"не спираль". Это слишком грубо, не позволяет даже теоретически отличать структуры, которые не являются прямой альфа-спиралью. Организаторы CASP отклонили моё предложение в 1998-ом году. В 2011 году я открыл тему "New CASP standard" на форуме FORCASP

В обсуждении приняло участие 5 специалистов, но администрация CASP через месяц приняла решение уничтожить тему, т.е. сообщения всех участников из разных стран, поэтому нам придется участвовать в конкурсе в рамках устаревшего стандарта, что дает дополнительные возможности для злоупотреблений руководству CASP. Напомню, что в 1998-ом году накануне подведения итогов конкурса 5 лабораторий из 33 неожиданно исчезли из списка участников вместе с их данными, которые накапливались на сервере около полутора месяцев. Вот копия оригинальной таблицы участников 1998 года

Сегодня на сайте CASP можно видеть другую таблицу: http://predictioncenter.org/casp3/stats/statistics.html

В ней Вы не найдёте ни данных, полученных организаторами CASP от лаборатории Наномир, ни даже упоминания об участии лаборатории Наномир в CASP3. Поэтому мы должны быть готовы к "двойным стандартам" и в 2012-ом году. На этот раз на сайте CASP не показан даже список участников конкурса, что открывает полный простор для злоупотреблений.

Victoria: Я нашла только список серверов с таблицей результатов:

Каждый участник конкурса может видеть только собственные данные:

Если Вы участвуете в конкурсе CASP10, то о Вас никто из участников не знает. И Вы знаете только число участников, но не знаете, кто же участвует в конкурсе вместе с Вами? При такой организации можно любому участнику сказать всё, что угодно, например, "Очень жаль, но Вам не повезло... Снимите с него шкуру!" (из мультфильма "Алёша Попович и Тугарин Змей")

Участники могут видеть таблицу входных данных для моделирования. Это - конкурсные аминокислотные последовательности фрагментов белков. Для защиты от произвола организаторов CASP мы решили публиковать наши данные, а именно конкурсные pdb-файлы.

FT CDS 1..549

gggcatgttc ttcaattaga gtccgcatcc gacaaggcgc actatattct atctaaagat ggtaacagga ataactggta cattggtaga gggtcagata acaacaatga ctgtaccttc cactcctatg tacatggtac gaccttaaca ctcaagcagg actatgcagt agttaacaaa cacttccacg taggtcaggc cgttgtggcc actgatggta atattcaagg tactaagtgg ggaggtaaat ggctggatgc ttacctacgt gacagcttcg ttgcgaagtc caaggcgtgg actcaggtgt ggtctggtag tgctggcggt ggggtaagtg tgactgtttc acaggatctc cgcttccgca atatctggat taagtgtgcc aacaactctt ggaacttctt ccgtactggc cccgatggaa tctacttcat agcctctgat ggtggatggt tacgattcca aatacactcc aacggtctcg gattcaagaa tattgcagac agtcgttcag tacctaatgc aatcatggtg gagaacgag

R 0001: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/R0001.pdb

pdb-файл целого белка

Следующее конкурсное задание, R 0005:

Пикотехнологическая модель

Два кадра анимации высокого качества (4000х3000)

Конкурсный фрагмент белка R 0005 (PyMOL, mesh)

R 0005 (pdb-файл целого белка)

Victoria: Так моя программа TSP показывает R0005

R 0005 в программе RasTop

Подробнее см. на форуме лаборатории Наномир.

Victoria: Мне удалось найти нуклеотидную последовательность для R0006:

FT CDS 1..588

ATGTTAAAAC AACTACTGAC CGTCGTACTG CTGGCAATCT GCCTCATTAA CGTACAGGCG CAGCAACTGA CTCCTCCCGC CGGAACTTTC CGTCTGGGTA TATCGAAAGG AACCGACAGT CATTGGCTGG CTCCTCAGGA AAAAGTGAAA GGAATCGCTT TCCGGTGGAA AGCCCTGCCG GATACCCGCG GCTTTATTCT CGAAGTAGCG GTCACCTCCT TGCAGCAGGC CGATACCTTA TTCTGGAGCT TCGGAAACTG TCAGCCGGAC ATGGATATAA ACGTGTTCAG TGTAGAAGGG CAAGCCTTCA CCTGTTATTA TGGTGAAAGT ATGAAACTCC GCACCTTGCA GGCGGTCACT CCCACTGACG ATATCCGTTT GAGTAACGGC CGTCAGGACA AGACTCCCCT CTTGCTTTAT GAATCGGGGA AACGAACAGA CCGTCCTGTC CTCGCAGGGC GCTGCCCGCT CGCAGCAAAC AGTAAACTTT ATTTCTGTTT CTACGAGCAA AATGCACGAG CAGATTATAA TTATTTTATG TTGCCGGATC TTTTTGCAAA GATTGATGAA TCTAAACATA GTAAAAAA

R 0006 (пикотехнологическая модель, 3DS Max)

R0006 (PyMOL, mesh)

Victoria: Программа TSP о белке R0006

R 0006 в программе RasTop

Два кадра анимации высокого качества (4000х3000)

pdb-файл для R 0006

Victoria: R0007 не простой объект ещё и тем, что это изоформа 2 IL-34, а в PDB вся информация только для изоформы 1 этого пептида. Они различаются между собой только единственной аминокислотой (Q), которой нет в 81 позиции в изоформе 1, а значит нет и её кодона в нуклеотидной последовательности. Можно конечно самим вставить любой из двух кодонов глутамина (CAA или CAG), но я переспрошу у организаторов конкурса.

Kushelev: Кушелев: Благодарю! Может быть сразу попросить у них нуклеотидные последовательности всех остальных конкурсных белков? Объяснить, как в прошлый раз, что для нашей программы аминокислотная последовательность - ничто.

Victoria: Вариант1 (САА) нуклеотидной последовательности для R0007:

FT CDS 1..483

AATGAGGAGT GCACTGTCAC GGGTTTTCTG CGGGACAAGC TGCAGTACAG GAGCCGACTT CAGTACATGA AACACTACTT CCCCATCAAC TACAAGATCA GTGTGCCTTA CGAGGGGGTG TTCAGAATCG CCAACGTCAC CAGGCTGCAA AGGGCCCAGG TGAGCGAGCG GGAGCTGCGG TATCTGTGGG TCTTGGTGAG CCTCAGTGCC ACTGAGTCGG TGCAGGACGT GCTGCTCGAG GGCCACCCAT CCTGGAAGTA CCTGCAGGAG GTGCAGACGC TGCTGCTGAA TGTCCAGCAG GGCCTCACGG ATGTGGAGGT CAGCCCCAAG GTGGAATCCG TGTTGTCCCT CTTGAATGCC CCAGGGCCAA ACCTGAAGCT GGTGCGGCCC AAAGCCCTGC TGGACAACTG CTTCCGGGTC ATGGAGCTGC TGTACTGCTC CTGCTGTAAA CAAAGCTCCG TCCTAAACTG GCAGGACTGT GAG

Вариант 2 (САG) нуклеотидной последовательности для R0007:

FT CDS 1..483

AATGAGGAGT GCACTGTCAC GGGTTTTCTG CGGGACAAGC TGCAGTACAG GAGCCGACTT CAGTACATGA AACACTACTT CCCCATCAAC TACAAGATCA GTGTGCCTTA CGAGGGGGTG TTCAGAATCG CCAACGTCAC CAGGCTGCAG AGGGCCCAGG TGAGCGAGCG GGAGCTGCGG TATCTGTGGG TCTTGGTGAG CCTCAGTGCC ACTGAGTCGG TGCAGGACGT GCTGCTCGAG GGCCACCCAT CCTGGAAGTA CCTGCAGGAG GTGCAGACGC TGCTGCTGAA TGTCCAGCAG GGCCTCACGG ATGTGGAGGT CAGCCCCAAG GTGGAATCCG TGTTGTCCCT CTTGAATGCC CCAGGGCCAA ACCTGAAGCT GGTGCGGCCC AAAGCCCTGC TGGACAACTG CTTCCGGGTC ATGGAGCTGC TGTACTGCTC CTGCTGTAAA CAAAGCTCCG TCCTAAACTG GCAGGACTGT GAG

У нас есть ещё время (почти месяц), чтобы найти в инете или уточнить у организаторов каким из кодонов кодируется этот злополучный глутамин во второй изоформе интерлейкина 34 и выбрать нужный вариант для R0007.

В самом крайнем случае есть возможность представить несколько моделей в виде нескольких вариантов файлов PDB, поэтому отправим оба варианта для R0007.

Kushelev: OK! Кстати, вероятно, можно будет по форме модели догадаться, какой из 2 вариантов правильный

Victoria: Загрузила на сайте CASP PDB файл для R0006.

Кушелев: Благодарю!

Сохраняйте, пожалуйста, копии странички после каждой загрузки нового файла. Если у нас будут "все ходы записаны", то в случае, если нас выкинут из списка участников, об этом будем знать не только мы с Вами

Первый вариант (слева) и второй вариант (справа) R0007.

Kushelev: Очевидно, что правильным является первый вариант.

Два кадра анимации высокого качества (4000х3000)

Координаты для pdb-файла R 0007

За развитием событий следите на форуме лаборатории Наномир...

http://nanoworld88.narod.ru/data/282.htm

Продолжаем участвовать в международном конкурсе CASP10

R0008 (PyMOL, mesh)

Victoria: Я ещё раз попросила у CASP нуклеотидные последовательности для их Target:

Ask to send, please, experimenters for me sequences of the nucleotide coding their peptides (R000n).

Our program works by analogy to a ribosome, because it predicts structure only such proteins that are synthesized by a matrix way at determining of its nucleotide sequences. For R0001, R0005, R0006 and R0007 we found this information in GenBank. Nucleotide sequences have not detected at all. Our method it isn’t applicable for the artificial peptides, synthesized by not a matrix way.

To me not to do without nucleotide sequences in yours CASP experiments anyway.

Help, please .

Ждём ответ .

R0008 (384 аминокислотных остатка) (PyMOL, mesh)

Почему нужно ввести новый стандарт представления белковых структур?

Каждые 2 года проводится конкурс определения белковых структур, CASP. В 2012-ом году стартовал

CASP10:http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi

Так выглядит таблица, в которой появляются задания, аминокислотные последовательности белков, структуру которых предстоит определить участникам конкурса. Через некоторое время структура будет определена одним из экспериментальных методов, и можно будет узнать, кто же точнее смог "предсказать" эту структуру?

Результаты работы участников конкурса можно видеть в этой сводной таблице. К сожалению, не все участники отображаются здесь. Те, кто присылает результаты по почте или ставит на сервер CASP в режиме online, в настоящее время не отображаются. На форуме FORCASP несколько участников интересуется, можно ли увидеть общий список участников

Самое точное "предсказание" - это эксперимент. В данном случае модельный эксперимент, который удалось автоматизировать в виде программы "Пикотех". В данном случае Вы видите результат моделирования динамики димера интерлейкина-34 / interleukin-34. На конкурсе CASP10 требуется определить лишь фрагмент структуры мономера.

Автоматизация модельных пикотехнологических экспериментов открывает золотой век пикотехнологии.

Достаточно открыть в программе файл с генетическим кодом белка, и через несколько минут или даже секунд Вы уже видите его структуру на экране Вашего компьютера.

В программе Пикотех можно регулировать уровень детализации модели белка. Например, эта гиперспираль коллагена построена из 14-гранников, символизирующих аминокислотные остатки.

Та же модель коллагеновой спирали, детализированная до уровня электронов.

Программа Пикотех с легкостью определяет структуры шаперонов

гистонных комплексов

и начинает определять структуры ДНК и РНК...

При желании можно детализировать структуру до "путешествия к центру атома"

и даже увидеть тонкую структуру нуклонов! Но это уже не пико-, а фемтотехнология, которая биологам пока не нужна.

Лаборатория Наномир уже не первый раз принимает участие в международном конкурсе CASP. В прошлый раз организаторы конкурса поступили некорректно. Участники конкурса полтора месяца определяли и присылали результаты на конкурс. На сервере были накоплены результаты от 33 участников по 43 структуры

Накануне подведения итогов конкурса данные не сервере внезапно изменились. Число участников неожиданно уменьшилось с 33 до 28. Организаторы объяснили это "техническими причинами", но нетрудно догадаться, что они просто избавились от лишних участников, уничтожив их данные, которые накапливались полтора месяца на сервере международного конкурса.

В 2012-ом году организаторы поступили ещё хитрее. Они вообще скрывают список участников конкурса, чтобы можно было незаметно избавиться от любых участников. Но в век Internet сделать это становится практически невозможно, т.к. каждый участник может опубликовать в Internet свои результаты независимо от желания организаторов конкурса...

Но это лишь "надводная часть айсберга" ...

Ещё в 1998-ом году я предложил организаторам CASP ввести новые стандарты для представления вторичной и третичной структур белка. Дело в том, что используемый стандарт позволят отличать лишь спиральные участки белка от всего остального. Это слишком грубо. Ведь уже известно существование не только альфа-спирали, но и 310-спирали, пи-спирали, бета-спирали и множество специфических участков белка, которые не отражены в стандарте представления данных на конкурсе CASP.

В 1998-ом году организаторы конкурса написали, что рассмотрят моё предложение, но прошло 14 лет, "а воз и ныне там"

Тем не менее лаборатория Наномир снова участвует в конкурсе CASP и публикует собственные данные по мере их поступления. Поэтому все желающие могут следить за развитием событий.

Кстати, а Вы не желаете принять участие в международном конкурсе CASP10 ?

Материал с форума лаборатории Наномир:

Victoria: Silvia Crivelli (LBNL, UC Davis, член CASP с 1998) организует совместную группу, чтобы участвовать в CASP10 и возможно в CASP ROLL, если успеет. Этот совместный эксперимент позволит различным группам или индивидуумам работать над различными компонентами предсказания структуры белка (такими как выравнивание, моделирование петли, выигрыш, и т.д.) таким образом позволяя усилить экспертизу в большем масштабе. Начальная цель состоит в том, чтобы сосредоточиться на задачах. Определенные группы могут участвовать в совместном решении всех задач с самого начала, в то время как другие могут сделать только несколько из них.

Если Вы хотели бы узнать больше об этом намерении, пожалуйста, посетите wefold.wordpress.com или свяжитесь с Сильвией непосредственно в SNCrivelli@lbl.gov.

Дама стратегически мыслит, сколачивая большую группу с разделением труда для участия в конкурсе CASP ROLL .

Kushelev: Может быть напишем ей, расскажем о пикотехнологии? Нам любые зацепки могут помочь выйти на рынок белковых структур. Если предложит объединить усилия, то почему бы и нет? Главное условие, чтобы наше участие было задокументировано. Всё остальное - мелочи. ... если у нас есть наиболее точные координаты атомов, а у Сильвии есть другие возможности, которых нет у нас, то объединение усилий - это шанс на победу по многим параметрам. Ведь CASP - это всего лишь тактика, а выход на клиентов - часть стратегии...

http://nanoworld88.narod.ru/data/282.htm

Гиперспираль белка M81

Phytophthora infestans (potato late blight agent)

Схема вторичной структуры белка M81 показывает повторяющиеся участки:

"Распущенная" гиперспираль

3,1,1,2,1,2,1,1,1,1,3,2,2,4,1,4,4,1,4,1,4,3,1,1,1,4,4,4,1,1,

Повторяющийся участок композиционного кода.

Разомкнутый виток гиперспирали.

Виток разделён на три гнутых участка альфа-спирали, разделённых гибкими пролинами. В составе альфа- и 310-спиралей пролин менее гибкий, т.к. стабилизирован водородными связями. таким образом мы приходим к выводу, что гиперспираль этого белка близка в сечении к криволинейному треугольнику.

Атом, принадлежащий пролину (Pro22), помечен зелёным цветом. Именно в этом месте нужно согнуть модель белка

Попробуем собрать виток гиперспирали белка в виртуальном пространстве 3DS Max...

Согнём виток гиперспирали белка на пролине 12 и на пролине 22. В результате получается виток вовсе не треугольного, а вполне круглого сечения!

Так выглядит один виток этой необычной гиперспирали белка.

Видео

Модель гиперспирали. Конечно, эта модель имеет разную точность в разных участках, но даёт представление о гиперспирали белка. Более точную модель можно будет построить позже, когда появятся технические возможности...

Эндолизин, да не тот...

Кушелев: Нашёл нуклеотидную последовательность эндолизина, но другого:

FT CDS <8..305

ACTTTGAAGGAAAATATATTACGCAGCAAACTCGCTGCTACTATATCGTACATATCTAGA

CCAGCTCCAACGTACCATTGAAGTTCTTGATTCGCTCATCGAGGATAATGGAGCTCAGAA

CCCAATCACCATCCCGAGACAACTCGCCCTCGAGCCTTTGACCTCCATCAACAAGACGCA

CATTTCGCGCCGAGTTTCCGAATCCACCACCACCTTGGCTACCACCGCCAGGGACCTGGA

GGGTCTGTCCAGGGTAAATCAGGTCAGGGTTGCTAATGTTGTTCTGCCGAGCAATCTCTT

CGAATGAAGTGTTGAATCGGGCAGCAATGCTTCGGAGAGTGTCTCCGTGCTGGACTGTGA

CCTGGGAAGAACCACCGTGATGGCCGCCAGCAGACCAACGGAAGCTTCCTCTATCATTCT

CCAGTAGCTTGTTGAGGGAGATGGATGTGTGCTGGTAGTCG

Эндолизин (PuMOL, mesh)

Уважаемая Виктория! Давайте пошлём этот pdb-файл на конкурс с оговоркой, что это - структура другого эндолизима, нуклеотидную кодирующую последовательность которого нам удалось найти в генбанке. Если организаторы найдут нуклеотидную последовательность конкурсного эндолизина, то они смогут получить и его структуру. А если не смогут, значит "не судьба"...

Администрация форума Molbiol.ru считает международный конкурс CASP темой, недостойной для обсуждения...