Моя компания

Пикотех 2017. Геометрический алгоритм совпадает с данными экспериментов

16 января 2017, 00:43

2017.01.15 13:51:52

Формы, механизмы, энергия наномир

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

В общей сложности построены модели 5 замкнутых через дисульфидные мостики участков.

1. Cys 95 - Cys 113 в человеческом лизоциме.
2. Cys 96 - Cys 117 в альтернативном человеческом лизоциме.
3. Cys 78 - Cys 82 в альтернативном человеческом лизоциме.
4. Cys 94 - Cys 98 в лизоциме куриного яйца
5. Met 1 - Cys 13 в мышином лизоциме

Вероятность случайного совпадения результата работы геометрического алгоритма с экспериментальными данными ничтожна. Для каждого участка отдельно она не превышает:

1. 4^-18
2. 4^-21
3. 4^-4
4. 4^-4
5. 4^-12

Вероятность угадать все 5 участков не превышает 4^-(18+21+4+4+12)=4^-59 Примерно такая же вероятность случайно нащупать иголку в стоге сена размером с Солнечную систему, не вынимая руки из кармана.

В процессе моделирования фрагментов лизоцима и др. обнаружилась необходимость учёта 6 вариантов композиции, т.е. настройки 6 вариантов композиционных углов.

1. Код альфа-спирали
2. Код бета-спирали
3. Код пи-спирали
4. Код 310-спирали
5. Одиночный код альфа или 310.
6. Код метионина в составе спирали.
Но это только геометрический алгоритм. В будущем нужно учесть физико-химические взаимодействия. Модификация белка после рибосомальной сборки - отдельная "песня".

2017.01.05 17:22:30

Victoriy пишет:Kushelev пишет:

Но это только геометрический алгоритм. В будущем нужно учесть физико-химические взаимодействия. Модификация белка после рибосомальной сборки - отдельная "песня".

Да ладно . Чудеса да и только: наконец то и до Вас дошло, что одной геометрией не обойтись.

Кушелев: Конечно не обойтись. Но для многих белков достаточно геометрического алгоритма.

В общей сложности построены модели 5 замкнутых через дисульфидные мостики участков.

2017.01.15 17:48:59

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Обнаружился 6-ой фрагмент, замкнутый через дисульфидный мостик. На этот раз это Met 1 - Cys 24 куриного яйца.

Рекордная длина фрагмента и рекордно малая вероятность случайного замыкания 4^-23 = 1.4*10^-14.

В этом фрагменте встречаются два одиночных кода 310-спирали ("5") и два кода 310-спирали в составе спиралей ("4"). Поэтому старая версия Пикотех даёт ошибку при любой настройке композиционных углов варианта "4". Минимальная ошибка получается в случае правильных углов в составе спирали. Этот вариант и помог обнаружить ещё один дисульфидный мостик куриного лизоцима.

В общей сложности построены модели 6 замкнутых через дисульфидные мостики участков.

2017.01.15 20:17:22

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Кушелев: Создаём новую версию Пикотехнологии 2D...

Skype, 2017-01-15:

[0:11:06] Кушелев Александр Юрьевич: На первом этапе хотелось бы получить следующую версию композиционного кода. Новые варианты композиции показаны красным цветом в правом столбце:

[11:45:58] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно, я могу и вручную написать композиционный код 6, но программа сильно сэкономила бы время...
[12:46:46] Va12220(valqwa): не напишешь
[12:46:54] Va12220(valqwa): я вернулся. ты скучал ?
[13:01:39] Кушелев Александр Юрьевич: Ты можешь подправить программу от Prosolver?
[13:10:45] Va12220(valqwa): Это старая версия 2D ?
[13:13:06] Кушелев Александр Юрьевич: Возьми новую. Она копирует в буфер обмена данными композиционный код.
[13:13:30] Кушелев Александр Юрьевич: Сможешь сделать, чтобы код был таким, как справа?

[13:14:05] Va12220(valqwa): справа - это где красные цифры 5 и 6 ?
[13:14:10] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[13:15:08] Кушелев Александр Юрьевич: Цифра 6 связана только с одним кодом Met, т.е. ATG
[13:15:26] Кушелев Александр Юрьевич: А цифра 5 - одиночные коды "1" или "4"
[13:16:26] Кушелев Александр Юрьевич: Если в составе спиралей, то они "1" и "4", а если до витка спирали не дотягивает, то "5"
[13:19:06] Кушелев Александр Юрьевич: На примере лизоцима я обнаружил, что структура белка может быть напряжённой, т.е. по коду 4 атомные группы как бы вдавливаются в соседние. А если был бы код 1, то не вдавливались бы. Но в этом белке нужно получить напряжённое состояние, поэтому код 1 в процессе эволюции заменился на 4.
[13:19:42] Кушелев Александр Юрьевич: Так что без учёта физики некоторые белки мы не сможем правильно построить.
[13:20:01] Кушелев Александр Юрьевич: Только ненапряжённые.
[13:24:57] Va12220(valqwa): пробую разобраться
[13:26:16] Кушелев Александр Юрьевич: Чем быстрее сможем настроить программу, тем быстрее сможем заинтересовать заказчиков. Не настроенная программа отпугивает. Американский заказчик отвалился.
[13:27:14] Кушелев Александр Юрьевич: Там ещё менеджер схалтурил. Я ему говорил, чтобы он предупредил, что программа ещё не отлажена, есть ошибки. А он не передал американцам. И вторичную структуру вообще не показал...
[13:41:55] Va12220(valqwa): ну... ничего про него не скажу.
[13:41:58] Va12220(valqwa): жди немного
[13:55:11] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, если Met не в составе альфа- или 310-спирали, то его код 5.
[14:04:35] Va12220(valqwa): погоди. я запутался. пару шагов обратно:

(я с тобой) мы делали ранее 2 задачи
1 - преобразование .fast (.dne) в композиционный вид (код)
2 - а далее этот комппозитный код "крутили-вертели" и получали .PDB результат. (неплохой кстати), но только остановились на ... структуре.
а ты сейчас предлагаешь старую программу на паскале "исправить"
[15:17:39] Va12220(valqwa): мы работали с такой таблицей
[15:19:33] Va12220(valqwa): согласно этой табилце мы преобразовывали элементы FAST ('aca') в композитный код ('2')
[15:22:23] Va12220(valqwa): получив композитный код (мы это делали на примере кода коллагена), мы строили цепочку (точек, вершин) методом сдвигов и поворотов.
полученную цепочку записывали в файл PDB формата. и далее "смотрели " полученную молекулу в PDB-вьювере.
[17:18:35] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[17:21:43] Кушелев Александр Юрьевич: В 3D алгоритме было заложено "альфа-спираль", если коду "1" предшествуют 3 кода "1" или "4" и "310-спираль", если коду "4" предшествуют 2 кода "1" или "4". В противном случае это не код "1" или "4", а код "5"
[17:22:18] Кушелев Александр Юрьевич: В программе от Prosolver это нужно реализовать.
[17:22:45] Кушелев Александр Юрьевич: Т.е. чтобы номера кодов выводились в схему и в буфер обмена данными.
[18:21:30] Va12220(valqwa): понятно. не прочел то что я пишу. все о своем пишешь. того что ты пишешь - недостаточно. пропускаешь полезные моменты.

и так. все преобразования что ты делаешь - они закодированы в первичном варианте таблицей (ту что я тебе скинул).
Таблица сопоставляет тройки (буквенного)кода определенным вариантам преоброзований. До нынешнего момента - это были варианты: 1 2 3 и 4

верно ?
[18:25:02] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[18:25:29] Кушелев Александр Юрьевич: Но нам мало таблицы
[18:25:41] Va12220(valqwa): стоп.
[18:26:40] Кушелев Александр Юрьевич: Нам нужно добавить алгоритм. "Если коду "1" предшествуют коды "1" или "4" (не менее 3), то это - код "1". Если менее, то это - код "5"
[18:27:16] Va12220(valqwa): и так - берем фаст код. и получаем (используя таблицу) - кодовую таблицу (вероятных) будущих преобразований.

НО - этого недостаточно.

прежде чем делать будущие преобразования - необходимо полученный кодовый набор обработать.

верно ? что бы учесть варианты спиралей и прочие тонкости структуры
[18:27:31] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[18:29:31] Va12220(valqwa): ну слава богу.

значит сл. этап - взять кодовый (цифровой) набор и с ним пработать. сл. образом:
по очереди давай смотреть:

если встретилась цепочка "1 1 1 1" - то она должна быть преобразована в цепочку "1 1 1 6"
[18:29:34] Va12220(valqwa): верно ?
[18:30:45] Va12220(valqwa): у тебя так по картинке выходит
[18:30:48] Кушелев Александр Юрьевич: Нет. Должна остаться 1111, если там нет Met
[18:31:41] Кушелев Александр Юрьевич: Met в окружении "1" или "4" должен из "1" превратиться в "6"
[18:31:59] Va12220(valqwa): т.е. условие более сложное. надо анализировать так же и буквенную последовательность
[18:32:11] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Это только для Met
[18:34:03] Кушелев Александр Юрьевич: А коды:
212 -> 252
313 -> 353
2113 -> 1553
[18:34:41] Кушелев Александр Юрьевич: 21142 -> 24442
[18:35:11] Va12220(valqwa): 213 - 253 ?
[18:35:19] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[18:35:28] Кушелев Александр Юрьевич: 243 - 253
[18:35:33] Va12220(valqwa): и много таких комбинаций ?
[18:36:07] Кушелев Александр Юрьевич: Прилично
[18:36:12] Кушелев Александр Юрьевич: Под сотню
[18:36:22] Кушелев Александр Юрьевич: Теоретически можно и таблицей задать
[18:37:25] Кушелев Александр Юрьевич: Но можно и логически
[18:38:39] Кушелев Александр Юрьевич: Если встречается менее 3 подряд символов 1 или 4, то они заменяются на 5
[18:39:46] Va12220(valqwa): так или так но надо описать. включая примеры. что бы я мог логику встроить в программу и проверить потом.
[18:40:25] Va12220(valqwa): а преобразования кодам 5 и 6 ты знаешь какие надо применить ?
[18:40:26] Кушелев Александр Юрьевич: Если встречается менее 4 символов подряд 1 или 4 (последний "1"), то они заменяются на 4
[18:40:44] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Углы другие
[18:42:17] Кушелев Александр Юрьевич: Сначала нужно заменить 1 на 4, если 1 или 4 подряд меньше 4. А потом заменить 4 на 5, если подряд меньше 3
[18:42:36] Va12220(valqwa): вот смотри - ты пишешь:
[18:40] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< Если встречается менее 4 символов подряд 1 или 4 (последний "1"), то они заменяются на 4
это обозначаем - 1 2 или 3 символа, последний 1 - я так понимаю - это все же 2 или 3 символа

пиши примеры
[18:44:16] Va12220(valqwa): и ещё вопрос.
в наборе 1-3-4-4-2-1-3 попалась цепочка из 3х символов - например 1-3-4 я её меняю на 1-3-5
далее я начинаю рассматривать сл варианты из этой последовательности 3-4-4 - её я должен поменять на 3-4-5

НО при этом я уже ранее поменял среднюю 4 на 5
[18:46:12] Кушелев Александр Юрьевич: 111->555
411->555
141->555
441->555
114->444
144->444
414->444
444->444
[18:46:43] Кушелев Александр Юрьевич: 1114->1444
[18:47:21] Кушелев Александр Юрьевич: 1141->4441
[18:47:37] Кушелев Александр Юрьевич: Похоже, что придётся таблицу составлять. Там не всё так просто
[18:48:01] Va12220(valqwa): ну вот слава богу - дошло до тебя. )
[18:49:36] Va12220(valqwa): пока ты будешь выводить правило замены - я закончу то что не доделал почти год тому. программу "савина-неделько"
[18:49:39] Кушелев Александр Юрьевич: Тут придётся повторять логику рибосомы.
[18:50:10] Кушелев Александр Юрьевич: Рибосома ставит аминокислоты по очереди.
[18:50:32] Va12220(valqwa): мне это не знакомо так как тебе. извини. не помогу
[18:50:33] Кушелев Александр Юрьевич: Если она ставит по варианту 2 или 3, то ничего менять не нужно
[18:51:25] Va12220(valqwa): у вас там есть где парковаться у дома ?
[18:51:30] Кушелев Александр Юрьевич: Если она ставит по варианту 4, то нужно проверить предыдущие 2. Если все они 1 или 4, то вариант 4 остаётся. Если нет, то превращается в вариант 5.
[18:51:36] Кушелев Александр Юрьевич: Есть
[18:51:48] Va12220(valqwa): )) и дворники чистят дороги ?
[18:52:11] Кушелев Александр Юрьевич: Но если следующий вариант будет 1 или 4, то предыдущий вариант 5 нужно будет вернуть на место
[18:52:17] Кушелев Александр Юрьевич: Вроде чистят
[18:53:01] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, с логикой рибосомы придётся ещё разобраться...
[18:53:17] Va12220(valqwa): хооршо. описывай логику. и делай описание в примерах
т.е. так:
[18:53:23] Кушелев Александр Юрьевич: Понял
[18:53:48] Va12220(valqwa): "если она ставит по варанту 2 или 3, то не меять ничего" - например: "несколько примеров" в коде
[18:54:08] Va12220(valqwa): и т.д.
[20:01:06] Кушелев Александр Юрьевич: Вроде разобрался.
[20:01:09] Кушелев Александр Юрьевич:
1. Если встречается код 2 или 3, ничего не менять.
2. Если встречается код 1 или 4, запомнить их и поменять на 5.
3. Если второй раз подряд встречается код 1 или 4, замомнить и поменять на 5.
4. Если третий раз подряд встречается код 1 или 4, то в случае 1 запомнить и поменять на 5, а в случае 4 поменять два предыдущих кода на коды "4"
5. Если четвёртый раз подряд встречается код 1 или 4, то если последний код 1, три предыдущих поменять на коды "1". Если последний 4, то ничего не менять.
6. Если больше, чем 4 раза подряд встречается код 1 или 4 или их комбинация, то ничего не менять.
После первого прохода идёт второй:
7. Если встречается код Met, то если он 5, то не менять. Если он 1, то поменять на 6.

2017.01.15. 21:34:31

[20:21:04] Va12220(valqwa): противоречие 7 и 2
[20:21:21] Кушелев Александр Юрьевич: В чём?
[20:21:46] Va12220(valqwa): 1 который ты уже поменял в 2 на 5
поэтому в 7 не видишь 1
[20:22:07] Кушелев Александр Юрьевич: А в 4 они могут обратно поменяться
[20:22:31] Va12220(valqwa): 4 - особый исключительный случай
[20:22:37] Кушелев Александр Юрьевич: Нет
[20:22:56] Кушелев Александр Юрьевич: 4 случай - это начало альфа- или 310-спирали
[20:22:56] Va12220(valqwa): и что значит "запомнить и поменять"
[20:23:13] Кушелев Александр Юрьевич: Запомнить, чтобы можно было обратно поменять
[20:23:55] Кушелев Александр Юрьевич: А если там больше 3 раз подряд 1 или 4 (или смесь), то тут уже менять ничего не нужно. Это уже спираль продолжается
[20:30:58] Кушелев Александр Юрьевич: Не, это кривой алгоритм. Нужно по-другому.
[20:32:06] Кушелев Александр Юрьевич: 1. Если встретился код 2 или 3, ничего не менять.
2. Если встретился 4, то проверить, что впереди и сзади. Если символ N-1 и N-2 1 или 4, а N-3 2 или 3, то поменять символ N, N-1 и N-2 на 4. Если N-3 1 или 4, то ничего не менять. Если символ N+1 2 или 3, а N-1 или N-2 2 или 3, то символ N поменять на 5.
[20:53:38] Кушелев Александр Юрьевич: 3. Если встретился символ 1, то проверить, что спереди и сзади. Если спереди+сзади меньше 3 символов 1 или 4, символ N поменять на 5.
[20:54:42] Кушелев Александр Юрьевич: Опять как-то криво получается...
[20:56:05] Va12220(valqwa): угу. кривовато.
[20:56:45] Кушелев Александр Юрьевич: Надо включать счётчик символов типа 1 или 4. Если счётчик сбросился с номера 1 или 2 в 0, то поменять 1-2 символа 1 или 4 на 5
[20:56:45] Va12220(valqwa): давай возьмем какую нибудь "показательную" fast" последовательность и её будем разбирать
[20:56:58] Кушелев Александр Юрьевич: Не, лучше с логикой разобраться
[20:57:13] Кушелев Александр Юрьевич: Включаем счётчик на символе 1 или 4
[20:57:15] Va12220(valqwa): если с логикой - то это тебе делать сейчас надо
[20:57:22] Va12220(valqwa): тернируйся
[20:57:46] Кушелев Александр Юрьевич: Если счётчик дошёл до 3 и последний символ 4, то два предыдущих нужно поменять на 4.
[20:58:08] Кушелев Александр Юрьевич: Если счётчик дошёл до 4, то менять ничего не нужно.
[20:58:58] Кушелев Александр Юрьевич: Если счётчик дошёл до 3, и последний символ 1, после чего счётчик сбросился в 0, то все три символа нужно поменять на 5
[20:59:49] Va12220(valqwa): приведи наглядный пример
[21:00:08] Кушелев Александр Юрьевич: Один момент
[21:02:10] Кушелев Александр Юрьевич: 331334331133443314334133 -> 33533533553355335533
[21:02:39] Кушелев Александр Юрьевич: 31113 -> 35553
[21:02:57] Кушелев Александр Юрьевич: 31143 -> 34443
[21:03:21] Кушелев Александр Юрьевич: 34143 -> 34443
[21:03:38] Кушелев Александр Юрьевич: 31443 -> 34443
[21:04:16] Кушелев Александр Юрьевич: 34443 не менять
[21:04:23] Кушелев Александр Юрьевич: 311113 не менять
[21:04:43] Кушелев Александр Юрьевич: 341413 не менять
[21:05:01] Кушелев Александр Юрьевич: 344413 не менять
[21:06:33] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, если счётчик единиц (четвёрок) дошёл до 4, то ничего не менять
[21:06:45] Кушелев Александр Юрьевич: Если дошёл до трёх и последняя была 4, то тоже ничего не менять
[21:06:46] Va12220(valqwa): это вот выглядит как-то "странно"
[21:02] Кушелев Александр Юрьевич:

31143 -> 34443
34143 -> 34443
31443 -> 34443 не получится ли, что последующие геометрические преобразования приведут к неверному виду? оч даже получится.

и я не вижу в втоем примере счетчик
[21:07:24] Кушелев Александр Юрьевич: Счётчик считает 1 и 4
[21:07:37] Va12220(valqwa): и ты брал в качестве рассматриваемых отрезков - отрезки по 5 цифр ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНО
а если внутри таких отрезков есть правила что ты ранее говорил ?
[21:07:39] Кушелев Александр Юрьевич: Если досчитал до тёх и последний символ 4, то ничего не менять
[21:08:05] Кушелев Александр Юрьевич: Если достчитал до 4, то ничего не менять.
[21:08:30] Кушелев Александр Юрьевич: Если досчитал до трёх, последняя 1 и счётчик сбросился, то менять на 555
[21:09:02] Кушелев Александр Юрьевич: Если счётчик сбросился после двух, то менять на 55
[21:09:15] Кушелев Александр Юрьевич: Если счётчик сбросился после одного символа, то менять на 5
[21:09:30] Va12220(valqwa): экселем умеешь пльзоваться ?
[21:09:36] Кушелев Александр Юрьевич: Неа
[21:09:58] Кушелев Александр Юрьевич: Зато с логикой алгоритма практически прояснилось
[21:10:15] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно завести счётчик символов 1(4)
[21:10:32] Кушелев Александр Юрьевич: И сбрасывать его символом 2(3)
[21:12:13] Va12220(valqwa): не понимаю я того что ты пишешь.
вот последовательность(верх) и счетчики снизу
1111141411411411344213
1234 - сейчас последняя 1 - что мне менять на 555 ?
[21:12:14] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, этот алгоритм можно и в скрипт Кушелева встроить.
[21:13:08] Кушелев Александр Юрьевич: Если счётчик не сбросился после третьей единицы, то уже ничего не менять.
[21:13:25] Va12220(valqwa): а почему он не сбросился после 3й единицы ?
[21:13:40] Кушелев Александр Юрьевич: А потому что у тебя 4-ый символ не 2 и не 3
[21:16:16] Кушелев Александр Юрьевич: А если он сбросился после третьего символа, и он оказался "1", то все три нужно менять на 555, а если третий был 4, но все менять на 444
[21:16:19] Va12220(valqwa): хорошо
дальше
1111141411411411344213
1234123
1234_сбрасывание счетчика в 1(см выше)
[21:16:29] Va12220(valqwa): дальше как быть?
[21:17:24] Va12220(valqwa): по-твоему я сбрасываю счеткик после 4ки или после встреченного кода 2 или 3
[21:17:26] Кушелев Александр Юрьевич: Дальше начинаем считать с ближайшей 1 или 4
[21:17:54] Кушелев Александр Юрьевич: Сбрасывать надо на 2 или 3
[21:17:56] Va12220(valqwa): 1111141411411411344213
1234
распиши дальше ступеньчато
[21:18:56] Кушелев Александр Юрьевич: 1111141411411411344213
123456789... на тройке будет 0
[21:19:17] Кушелев Александр Юрьевич: После тройки начинаем сначала:
[21:19:45] Кушелев Александр Юрьевич: 344213
012010
[21:20:32] Кушелев Александр Юрьевич: 344213 -> 355253
[21:21:30] Va12220(valqwa): а теперь посмотри на свою картинку

последовательность из неё взята
[21:22:01] Кушелев Александр Юрьевич: На втором проходе Met нужно будет с 1 на 6 поменять
[21:22:32] Va12220(valqwa): там 2 мета ! а менять надо в 1м случае ?
[21:22:54] Кушелев Александр Юрьевич: Не понял. Что за 2 мета?
[21:23:13] Va12220(valqwa): там второй и 4й единичке соответствует МЕТ
[21:23:20] Кушелев Александр Юрьевич: Оба
[21:23:22] Va12220(valqwa): а ты меняешь на 6 только вторую на картинке
[21:23:31] Кушелев Александр Юрьевич: Я первый не заметил
[21:23:37] Кушелев Александр Юрьевич: Он и не имеет значения
[21:23:46] Кушелев Александр Юрьевич: Но по алгоритму надо менять оба
[21:23:51] Va12220(valqwa): все имеет значение.
[21:24:23] Кушелев Александр Юрьевич: Менять, менять...
[21:24:53] Кушелев Александр Юрьевич: На самом деле первый символ не имеет смысла
[21:26:05] Va12220(valqwa): второй на твоей картинке
[21:26:11] Va12220(valqwa): второй МЕТ там
[21:26:15] Кушелев Александр Юрьевич: А хотя ... тут не всё так просто...
[21:26:40] Кушелев Александр Юрьевич: Второй точно надо менять
[21:27:16] Кушелев Александр Юрьевич: Начало белка погоды не делает. Поэтому лучше пусть по общему алгоритму будет

2017.01.15 22:39:09

[21:46:37] Va12220(valqwa): ну давай попробуем.
фаст последовательность какую взять ?
[21:46:57] Кушелев Александр Юрьевич: момент
[21:47:12] Кушелев Александр Юрьевич: FT CDS 1..492
ATGGAAGCTA GGAGCCGGGC TCCCAGAAGA CAGCTGTGCC CGCCTGGGAT CACTTGGCTG
GCCCTGGCCT ATCTGCTCAG CTGCCTGCTT GCCTCCAGCA AGGCCAAGGT CTTCAGTCGC
TGTGAGCTGG CCAAAGAGAT GCATGACTTC GGTCTGGATG GCTACCGGGG TTATAACCTG
GCTGACTGGG TCTGCCTTGC TTACTACACA AGTGGCTTCA ACACAAATGC TGTGGATCAT
GAAGCTGATG GAAGCACCAA CAATGGCATC TTCCAGATCA GCAGCCGGAG GTGGTGCAGA
ACCCTCGCCT CGAATGGCCC CAATCTTTGC AGGATATACT GCACTGATTT GTTGAACAAT
GATCTCAAAG ATTCTATCGT CTGTGCCATG AAGATAGTTC AAGAACCCCT GGGTCTGGGC
TATTGGGAAG CCTGGAGGCA CCACTGCCAG GGCAGGGACC CCAGTGACTG GGTGGATGGC
TGTGACTTCT AG
//
[21:47:26] Кушелев Александр Юрьевич: Это dne
[21:48:20] Кушелев Александр Юрьевич: А это fasta:
[21:48:21] Кушелев Александр Юрьевич: >ENA|AAS77887|AAS77887.1 Mus musculus (house mouse) lysozyme-like protein 3
ATGGAAGCTAGGAGCCGGGCTCCCAGAAGACAGCTGTGCCCGCCTGGGATCACTTGGCTG
GCCCTGGCCTATCTGCTCAGCTGCCTGCTTGCCTCCAGCAAGGCCAAGGTCTTCAGTCGC
TGTGAGCTGGCCAAAGAGATGCATGACTTCGGTCTGGATGGCTACCGGGGTTATAACCTG
GCTGACTGGGTCTGCCTTGCTTACTACACAAGTGGCTTCAACACAAATGCTGTGGATCAT
GAAGCTGATGGAAGCACCAACAATGGCATCTTCCAGATCAGCAGCCGGAGGTGGTGCAGA
ACCCTCGCCTCGAATGGCCCCAATCTTTGCAGGATATACTGCACTGATTTGTTGAACAAT
GATCTCAAAGATTCTATCGTCTGTGCCATGAAGATAGTTCAAGAACCCCTGGGTCTGGGC
TATTGGGAAGCCTGGAGGCACCACTGCCAGGGCAGGGACCCCAGTGACTGGGTGGATGGC
TGTGACTTCTAG
[21:49:04] Va12220(valqwa): оки. хорошо. сейчас минут 10-20 повожусь. настрою
[21:49:27] Кушелев Александр Юрьевич: Эти шутники всё время стандарты расширяют. Появились новые "фасты", которые программа от Prosolver не понимает
[21:52:51] Va12220(valqwa): мне все равно
[21:54:58] Кушелев Александр Юрьевич: Вот такую фасту программа Prosolver не берёт:
[21:54:59] Кушелев Александр Юрьевич: >NM_014656.2 Homo sapiens KIAA0040 (KIAA0040), transcript variant 2, mRNA
TCCCACGACCTTGGCCGGCGCCGGGGCCCTACACGCCAGACCTGGCTCGGGGTGGGAGTGCAGAGGCAAC
CAAAAAGGAACCCACACCTCCCTCCAGGGCCCGGGGCGCTGTCAGACGGGGCAGCAACCAGGAGATTCCC
[21:55:21] Кушелев Александр Юрьевич: Говорит, что ей не хватает ENA<
[21:56:05] Кушелев Александр Юрьевич: Ты можешь подправить программу, чтобы она первую строчку игнорировала, но брала оттуда название файла
[21:56:11] Кушелев Александр Юрьевич: Точнее название белка
[21:56:18] Кушелев Александр Юрьевич: Идентификатор
[21:56:38] Кушелев Александр Юрьевич: Или первые символов 30. Там он точно будет
[21:57:33] Кушелев Александр Юрьевич: Можно даже всю первую строчку загнать в графический файл, но только разбить на короткие строчки, чтобы графический файл шире не стал.
[21:59:13] Va12220(valqwa): сейчас не могу. у меня нет сейчас оболочки паскаля что бы разбираться с паскалем (старым очень к тому же )
[22:01:10] Va12220(valqwa): это нужно же заново потом перекомпилировать и создать исполняемый файл. гемороя хватит не на один час и не на два )
[22:02:06] Va12220(valqwa): если тебе так важно, то мне проще сделать тоже самое
https://img-fotki.yandex.ru/get/198998/ … 7_orig.png
на своем инструменте
[22:03:59] Кушелев Александр Юрьевич: Мне без разницы, на каком. Важно исходный алгоритм зафиксировать, чтобы можно было в скрипт Кушелева встроить. Тогда я смогу на Маше продублировать всё.
[22:04:45] Va12220(valqwa): не понял. что в маше продублировать ?
[22:04:58] Кушелев Александр Юрьевич: Алгоритм превращения 1234 в 123456
[22:05:26] Кушелев Александр Юрьевич: У меня сейчас скрипт строит 3D модель без радикалов по композиционному коду
[22:05:40] Кушелев Александр Юрьевич: Я на нём могу углы настраивать для вариантов 123456
[22:06:03] Кушелев Александр Юрьевич: Но в моём скрипте нет алгоритма перекодировки 1234 в 123456
[22:06:11] Va12220(valqwa): а какой "исходный" ?
[22:06:25] Кушелев Александр Юрьевич: Ты же в своей программе его делаешь?
[22:06:41] Va12220(valqwa): твой алгоритм берет композиционный код ?
[22:06:41] Кушелев Александр Юрьевич: Вот и в скрипт его хорошо бы тоже вставить
[22:06:46] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[22:06:56] Кушелев Александр Юрьевич: И строит кольцегранную модель без радикалов
[22:07:09] Va12220(valqwa): и он сейчас берет 1234
а ты хочешь получить комп код 123456
и уже с ним работать ?
[22:07:34] Кушелев Александр Юрьевич: Да, но я хочу и алгоритм в скрипт вставить, чтобы он сам из 1234 делал 123456
[22:07:54] Va12220(valqwa): ну вставь - ты же мне его рассказал только что
[22:08:10] Кушелев Александр Юрьевич: Я его не могу в виде скрипта написать
[22:08:25] Va12220(valqwa): а как собрался тогда вставлять ?
[22:08:49] Кушелев Александр Юрьевич: Глядя на твой исходник может получится его в виде скрипта написать
[22:10:01] Va12220(valqwa): ну ну
[22:10:03] Кушелев Александр Юрьевич: Скрипт хорош тем, что я его могу модифицировать сам
[22:10:38] Кушелев Александр Юрьевич: Не нужно будет ждать твоего очередного возвращения, чтобы исправить 20 градусов на 22 градуса или наоборот
[22:11:35] Кушелев Александр Юрьевич: А после того, как наберётся критическое количество доработок, ты уже новую версию напишешь
[22:12:22] Va12220(valqwa): давай попробуем
[22:12:31] Кушелев Александр Юрьевич: Давай
[22:13:54] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, мне от программы Prosolver нужно в первую очередь код 123456, а не графика
[22:14:02] Кушелев Александр Юрьевич: Графика она такой же останется
[22:14:11] Кушелев Александр Юрьевич: Тольцо цифры в столбцах поменяются
[22:14:27] Кушелев Александр Юрьевич: Для скрипта мне только цифры и нужны
[22:14:47] Кушелев Александр Юрьевич: В виде текстового файла
[22:15:34] Кушелев Александр Юрьевич: Но чтобы две программы не запускать, хотелось бы и цветные столбцы видеть сразу
[22:19:07] Va12220(valqwa): так как на картинке ?
[22:20:51] Кушелев Александр Юрьевич: Да, но два столбца там не нужно. Только новый с новыми цифрами. Хотя для проверки может и старый пригодиться...
[22:21:09] Кушелев Александр Юрьевич: После отладки старый будет не нужен
[22:22:25] Va12220(valqwa): но для 5 и 6 видимо должны быть иные обозначения в цветных столбцаХ?
[22:23:08] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Они и были раньше. 5 был розовым, а 6 нужно сделать сиреневым
[22:23:38] Va12220(valqwa): а размер - полный прямоугольник ?
[22:23:53] Кушелев Александр Юрьевич: А размер оставить, как был
[22:24:00] Va12220(valqwa): а я не знаю какой он был
[22:24:11] Кушелев Александр Юрьевич: Так у тебя же картинка есть
[22:24:35] Va12220(valqwa): на картнке 6 - полный а 5 - половинный ТАК ?
[22:25:25] Кушелев Александр Юрьевич: Розовый пусть будет другой формы вообще. Сейчас нарисую
[22:29:38] Кушелев Александр Юрьевич: Розовый нужно сделать из зелёного. Т.е. такой же формы, как зелёный, только розовый
[22:29:51] Кушелев Александр Юрьевич: Сможешь?
[22:31:11] Кушелев Александр Юрьевич: Розовый на самом деле должен быть красно-розовым
[22:31:25] Кушелев Александр Юрьевич: Яркая часть средняя красная, а окантовочка розовая.
[22:32:04] Кушелев Александр Юрьевич: Из зелёного в Фотошопе перекрасить изменением оттенка
[22:32:25] Кушелев Александр Юрьевич: У меня просто фотошопа нет
[22:32:34] Кушелев Александр Юрьевич: Не тянет этот комп...
[22:34:07] Va12220(valqwa): )) в маше нарисуй
[22:35:14] Кушелев Александр Юрьевич: Ддразниться? Замени цифры в Color cо второй позиции(зеленый) на первую (красный), и всех делов
[22:38:08] Va12220(valqwa): ладно. нарисую конечно.
отдыхай пока что ) можно сказать день не зря прожит.
[22:38:31] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Алгоритм нарисовался, однако...

2017.01.15 13:09:29

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Кушелев: Ура! Пятый фрагмент замкнулся через дисульфидный мостик.

В мышином лизоциме обнаружился дисульфидный мостик между атомом серы Cys 13 и атомом серы Met 1. При этом угол 310-спирали делает структуру этого фрагмента лизоцима напряжённой, т.е. дополнительно прижимает группы атомов, как бы пытаясь вдавить атомные группы друг в друга.

Пикотехнологическая модель фрагмента мышиного лизоцима (ядра+электронные поверхности)

Пикотехнологическая модель мышиного лизоцима. Пока неточная, но структуру в общих чертах уже видно.

Skype, 2017-01-15:

[13:01:39] Кушелев Александр Юрьевич: Ты можешь подправить программу от Prosolver?
[13:10:45] Va12220(valqwa): Это старая версия 2D ?
[13:13:06] Кушелев Александр Юрьевич: Возьми новую. Она копирует в буфер обмена данными композиционный код.
[13:13:30] Кушелев Александр Юрьевич: Сможешь сделать, чтобы код был таким, как справа?

На первом этапе хотелось бы получить следующую версию композиционного кода. Новые варианты композиции показаны красным

цветом в правом столбце:

2017.01.13 00:38:05

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5ESB

http://www.uniprot.org/uniprot/C1KIK8

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ACO06702

>ENA|ACO06702|ACO06702.1 Hepatitis C virus partial NS3 protease
GCGCCCATCACGGCGTACGCCCAGCAGACAAGAGGCCTCCTAGGGTGCATAATCACCAGC
CTAACTGGCCGGGACAAAAACCAAGTGGAGGGCGAGGTCCAGATTGTGTCAACTGCTGCC
CAAACTTTCCTGGCAACGTGCATCAATGGGGTATGCTGGACTGTCTACCACGGAGCCGGA
ACGAGGACCATCGCATCACCCAAGGGCCCTGTTATCCAGATGTATACCAATGTAGACAAA
GACCTTGTGGGCTGGCCCGCTCCTCAGGGTTCCCGCTCATTGACACCATGCACCTGCGGC
TCCTCGGATCTTTACCTGGTCACGAGGCACGCCGATGTCATCCCCGTGCGCCGGCGGGGT
GATAGCAGGGGCAGCCTGCTTTCGCCCCGGCCCATCTCCTACTTGAAAGGCTCCTCGGGG
GGTCCGCTGTTGTGCCCTGCGGGACACGCCGTTGGCATATTTAGGGCCGCGGTGTGCACC
CGTGGAGTGGCTAAGGCGGTGGATTTCATCCCTGTGGAGAGCCTAGAGACAACCATGAGG
TCC

Композиционный код:

4,1,1,4,4,1,1,1,1,2,3,1,1,2,4,1,2,1,1,1,2,3,1,4,1,3,1,3,4,1,1,1,1,1,3,4,2,3,3,1,3,3,1,4,2,4,1,1,3,4,
2,1,1,3,1,1,1,2,1,2,4,1,1,1,2,2,1,1,1,3,3,1,1,1,3,1,3,2,1,3,1,3,4,1,1,1,3,3,1,3,1,1,2,1,2,2,1,1,1,1,
1,4,3,3,1,4,1,4,1,1,1,3,1,1,1,4,1,4,4,3,3,1,1,1,1,4,3,4,1,4,1,1,1,1,1,3,1,1,4,4,3,4,4,1,1,3,4,2,1,1,
3,1,2,3,1,1,4,4,1,1,3,2,4,3,1,4,4,3,1,1,3,4,1,1,2,1,2,1,1,1

2017.01.13 00:49:05

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=2NBC

Нет данных

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5HGE

http://www.uniprot.org/uniprot/P42212

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA27722

>ENA|AAA27722|AAA27722.1 Aequorea victoria green-fluorescent protein
ATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGT
GATGTTAATGGGCACAAATTCTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGA
AAACTTACCCTTAAATTTATTTGCACTACTGGAAAGCTACCTGTTCCATGGCCAACACTT
GTCACTACTTTCTCTTATGGTGTTCAATGCTTTTCAAGATACCCAGATCATATGAAACAG
CATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTAC
AAAGATGACGGGAACTACAAATCACGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTCGTT
AATAGAATTGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAA
ATGGAATACAACTATAACTCACACAATGTATACATCATGGCAGACAAACAAAAGAATGGA
ATCAAAGTTAACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGAAGCGTTCAACTAGCAGAC
CATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTAC
CTGTCCACACAATCTGCCCTTTCCAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGATCACATGATCCTT
CTTGAGTTTGTAACAGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAATAA

Композиционный код:

1,3,3,2,3,3,3,1,3,2,3,1,2,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,4,1,3,1,3,1,3,2,1,3,3,3,3,2,2,1,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,3,
2,1,2,3,3,2,1,2,2,3,1,3,3,1,3,3,3,3,3,1,3,2,3,1,2,3,3,1,3,1,3,1,3,1,1,3,1,1,1,3,3,3,2,1,3,3,3,2,3,1,
3,3,1,4,1,1,3,2,3,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,3,3,1,3,3,3,3,3,3,3,3,3,2,1,3,3,2,1,3,1,3,1,1,3,1,2,1,3,2,
1,1,1,2,1,3,3,1,3,2,1,3,3,1,1,3,3,3,1,1,3,3,3,2,1,3,3,2,2,1,3,3,3,3,3,3,2,3,1,3,1,3,1,3,3,2,1,1,3,1,
4,1,2,3,3,1,3,1,3,3,1,1,3,1,3,3,1,1,1,3,3,1,3,2,2,3,3,4,3,2,3,1,1,3,3,2,1,3

2017.01.13 00:55:37

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5TR5

http://www.uniprot.org/uniprot/O60260

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/BAA25751

>ENA|BAA25751|BAA25751.1 Homo sapiens (human) Parkin
ATGATAGTGTTTGTCAGGTTCAACTCCAGCCATGGTTTCCCAGTGGAGGTCGATTCTGAC
ACCAGCATCTTCCAGCTCAAGGAGGTGGTTGCTAAGCGACAGGGGGTTCCGGCTGACCAG
TTGCGTGTGATTTTCGCAGGGAAGGAGCTGAGGAATGACTGGACTGTGCAGAATTGTGAC
CTGGATCAGCAGAGCATTGTTCACATTGTGCAGAGACCGTGGAGAAAAGGTCAAGAAATG
AATGCAACTGGAGGCGACGACCCCAGAAACGCGGCGGGAGGCTGTGAGCGGGAGCCCCAG
AGCTTGACTCGGGTGGACCTCAGCAGCTCAGTCCTCCCAGGAGACTCTGTGGGGCTGGCT
GTCATTCTGCACACTGACAGCAGGAAGGACTCACCACCAGCTGGAAGTCCAGCAGGTAGA
TCAATCTACAACAGCTTTTATGTGTATTGCAAAGGCCCCTGTCAAAGAGTGCAGCCGGGA
AAACTCAGGGTACAGTGCAGCACCTGCAGGCAGGCAACGCTCACCTTGACCCAGGGTCCA
TCTTGCTGGGATGATGTTTTAATTCCAAACCGGATGAGTGGTGAATGCCAATCCCCACAC
TGCCCTGGGACTAGTGCAGAATTTTTCTTTAAATGTGGAGCACACCCCACCTCTGACAAG
GAAACACCAGTAGCTTTGCACCTGATCGCAACAAATAGTCGGAACATCACTTGCATTACG
TGCACAGACGTCAGGAGCCCCGTCCTGGTTTTCCAGTGCAACTCCCGCCACGTGATTTGC
TTAGACTGTTTCCACTTATACTGTGTGACAAGACTCAATGATCGGCAGTTTGTTCACGAC
CCTCAACTTGGCTACTCCCTGCCTTGTGTGGCTGGCTGTCCCAACTCCTTGATTAAAGAG
CTCCATCACTTCAGGATTCTGGGAGAAGAGCAGTACAACCGGTACCAGCAGTATGGTGCA
GAGGAGTGTGTCCTGCAGATGGGGGGCGTGTTATGCCCCCGCCCTGGCTGTGGAGCGGGG
CTGCTGCCGGAGCCTGACCAGAGGAAAGTCACCTGCGAAGGGGGCAATGGCCTGGGCTGT
GGGTTTGCCTTCTGCCGGGAATGTAAAGAAGCGTACCATGAAGGGGAGTGCAGTGCCGTA
TTTGAAGCCTCAGGAACAACTACTCAGGCCTACAGAGTCGATGAAAGAGCCGCCGAGCAG
GCTCGTTGGGAAGCAGCCTCCAAAGAAACCATCAAGAAAACCACCAAGCCCTGTCCCCGC
TGCCATGTACCAGTGGAAAAAAATGGAGGCTGCATGCACATGAAGTGTCCGCAGCCCCAG
TGCAGGCTCGAGTGGTGCTGGAACTGTGGCTGCGAGTGGAACCGCGTCTGCATGGGGGAC
CACTGGTTCGACGTGTAG

Композиционный код:

1,2,4,3,1,1,1,1,1,1,3,3,1,2,4,1,1,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,3,1,2,1,4,3,4,3,1,1,1,3,4,3,1,2,4,1,1,4,
1,3,1,1,3,4,1,3,3,1,4,3,1,1,1,3,3,1,3,4,1,3,4,1,3,3,3,3,3,1,3,2,3,2,1,1,1,1,3,1,4,4,2,1,3,1,4,1,1,1,
1,1,3,4,4,1,1,1,1,2,1,1,2,2,1,3,4,4,4,3,1,3,4,1,3,1,1,1,1,1,2,2,2,3,2,3,2,2,3,3,2,1,1,1,1,3,3,4,3,1,
3,1,1,3,3,3,4,1,4,2,3,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,2,4,1,1,1,1,1,3,2,3,1,1,3,3,3,3,3,2,1,4,1,3,3,3,1,3,1,2,1,
1,3,4,3,3,2,3,3,1,3,3,3,2,2,1,1,1,3,1,1,3,2,2,2,3,1,1,4,1,2,2,3,3,4,1,1,3,1,3,4,1,2,1,1,1,1,1,1,4,3,
1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,3,1,3,1,1,3,1,3,4,2,3,1,3,3,4,1,3,3,1,1,3,3,3,1,1,1,4,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,3,3,1,
1,3,1,1,1,3,4,2,3,1,1,1,1,4,1,1,1,3,3,2,1,1,3,1,4,1,1,4,1,4,3,1,1,1,3,1,3,2,4,4,4,4,4,1,3,1,1,1,3,1,
1,1,3,4,1,3,1,4,1,3,4,3,1,1,1,4,3,3,3,3,4,1,3,3,4,1,1,3,1,2,3,3,1,2,2,2,3,3,1,1,1,3,1,3,3,3,1,1,1,1,
3,3,1,3,2,1,1,3,3,1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,1,1,3,2,2,4,3,3,3,2,1,1,1,1,1,1,3,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,
1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,4

2017.01.13 00:58:46

Kushelev пишет:

Кушелев: Уважаемая Виктория!
Предлагаю сравнить величину корреляции вторичной структуры по данным разных методов с первичной структурой, в частности по пролину. И сразу выяснится, "Кто есть Who?"

А по результатам сравнения имеет смысл написать научную статью, которая может "взорвать" научный мир

Очевидно, что корреляция вторичной структуры с первичной по Pro, полученной по программе Пикотех, выше аналогичной корреляции вторичной структуры из PDB.

Очевидность начинается со значений коэффициента корреляции и их достоверности. Всё остальное: неочевидные благие пожелания.

Почитайте монографию Карасева или хотя бы в нашей книге о его разработках в анализе преимущественного пребывания тех или иных аминокислот в тех или иных структурах белка. Весь прошлый век над этим бились, но так и не установили 100 % закономерности. Даже композиционный код опровергает это.

2017.01.13 01:03:18

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=1CLC

http://www.uniprot.org/uniprot/P0C2S4

Нет данных

2017.01.13 01:04:14

Victoriy пишет:Kushelev пишет:

А по результатам сравнения имеет смысл написать научную статью, которая может "взорвать" научный мир

Вы верите, что это - случайность?

2017.01.13 01:09:18

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=4K40

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=4K3U

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=4XVC

Нет данных

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5MJ4

http://www.uniprot.org/uniprot/P29460

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA35695

>ENA|AAA35695|AAA35695.1 Homo sapiens (human) cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit
ATGTGTCACCAGCAGTTGGTCATCTCTTGGTTTTCCCTGGTTTTTCTGGCATCTCCCCTC
GTGGCCATATGGGAACTGAAGAAAGATGTTTATGTCGTAGAATTGGATTGGTATCCGGAT
GCCCCTGGAGAAATGGTGGTCCTCACCTGTGACACCCCTGAAGAAGATGGTATCACCTGG
ACCTTGGACCAGAGCAGTGAGGTCTTAGGCTCTGGCAAAACCCTGACCATCCAAGTCAAA
GAGTTTGGAGATGCTGGCCAGTACACCTGTCACAAAGGAGGCGAGGTTCTAAGCCATTCG
CTCCTGCTGCTTCACAAAAAGGAAGATGGAATTTGGTCCACTGATATTTTAAAGGACCAG
AAAGAACCCAAAAATAAGACCTTTCTAAGATGCGAGGCCAAGAATTATTCTGGACGTTTC
ACCTGCTGGTGGCTGACGACAATCAGTACTGATTTGACATTCAGTGTCAAAAGCAGCAGA
GGCTCTTCTGACCCCCAAGGGGTGACGTGCGGAGCTGCTACACTCTCTGCAGAGAGAGTC
AGAGGGGACAACAAGGAGTATGAGTACTCAGTGGAGTGCCAGGAGGACAGTGCCTGCCCA
GCTGCTGAGGAGAGTCTGCCCATTGAGGTCATGGTGGATGCCGTTCACAAGCTCAAGTAT
GAAAACTACACCAGCAGCTTCTTCATCAGGGACATCATCAAACCTGACCCACCCAAGAAC
TTGCAGCTGAAGCCATTAAAGAATTCTCGGCAGGTGGAGGTCAGCTGGGAGTACCCTGAC
ACCTGGAGTACTCCACATTCCTACTTCTCCCTGACATTCTGCGTTCAGGTCCAGGGCAAG
AGCAAGAGAGAAAAGAAAGATAGAGTCTTCACGGACAAGACCTCAGCCACGGTCATCTGC
CGCAAAAATGCCAGCATTAGCGTGCGGGCCCAGGACCGCTACTATAGCTCATCTTGGAGC
GAATGGGCATCTGTGCCCTGCAGTTAG

Композиционный код:

1,3,1,1,1,1,1,1,3,1,3,1,4,3,3,4,2,3,1,1,4,1,2,1,3,4,1,3,3,3,3,1,2,3,1,3,1,3,4,3,1,3,2,3,1,4,1,1,1,3,
1,1,3,3,3,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,3,1,3,1,3,1,4,1,1,3,1,3,1,3,2,3,3,1,1,1,1,3,1,3,2,1,1,3,2,1,3,4,
1,4,4,3,1,3,1,3,3,2,3,1,1,3,3,3,3,1,1,1,3,3,1,3,3,1,1,3,2,3,1,1,1,1,3,3,3,2,3,1,1,1,1,1,4,4,2,1,3,3,
3,1,2,1,3,1,3,1,1,3,1,3,3,1,1,3,4,4,4,1,2,3,3,2,1,3,2,1,3,1,3,4,1,1,1,1,3,1,1,2,4,1,1,1,1,1,3,1,1,2,
3,3,1,1,3,4,1,3,1,1,1,4,3,1,3,1,1,1,1,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,3,1,2,1,1,1,1,1,4,1,2,3,1,3,3,4,
1,4,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,3,2,3,1,1,1,1,4,2,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,3,3,1,3,3,3,1,1,4,1,1,1,2,1,4,1,1,1,
1,3,3,1,1,3,1,4,4,1,1,1,1,1,3,1,2,3,1,1,3,1,2,3,4,1,1,3

2017.01.13 02:30:31

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoriy пишет:

Даже композиционный код опровергает это.

Уважаемая Виктория!

А Вы в курсе, что есть участки структуры белка, в которых первичная и вторичная структуры коррелируют на все 100% ?

Есть, например, аминокислоты Met (метионин) и Trp (триптофан), которые рибосома может поставить только под углом альфа-спирали, т.е. единственный вариант композиционного кода "1" Конечно, это может быть одиночный альфа-код или в составе спирали, но никак не код "2" или "3" Если же из Met и Trp составлен участок белка более 3 аминокислотных остатков, например, -Trp-Met-Trp-Met-, -Trp-Trp-Trp-Trp-Trp- или -Met-Met-Met-Met- то это будет альфа-спираль однозначно.

А это означает 100% корреляцию первичной и вторичной структуры в этом месте.

В случае Pro корреляция, конечно, не 100%, но тоже вполне очевидна

Кстати, а что делать с фрагментами лизоцимов, о которых мы с Вами недавно беседовали? Вы нашли код человеческого лизоцима. Оказалось, что его фрагмент тоже замыкается, но не на 22-ом, а на 18-ом остатке.

Если по Вашему алгоритму лизоцим не имеет определённой структуры, то как его фрагмент может замкнуться на уровне композиционного кода? Случайно? Но вероятность случайного замыкания фрагмента из 22 аминокислотных остатков равна 3^-22, а двух разных лизоцимов 3^-22*3^-18=3^-40 Вы верите в случайность найти иголку в стоге сена, размером с Солнце?

Кстати, по Вашему алгоритму фрагмент лизоцима мог бы замкнуться только в треугольник, т.к. состоит из трёх прямых участков альфа-спирали. Либо спирали нужно ломать...

Кстати, с фрагментом второго (человеческого) лизоцима у Вас совсем плохо. Структуры "нет совсем", а по моей модели он тоже замыкается на уровне композиционного кода:

Вы верите в две случайности подряд с вероятностями 3^-22 и 3^-18 ?

2017.01.13 10:57:02

Структура белка со 100%-ной корреляцией первичной и вторичной структур:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/197333738

Вторичная структура (Пикотех): https://img-fotki.yandex.ru/get/114704/ … 6_orig.gif

2017.01.12 21:48:16

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

А по результатам сравнения имеет смысл написать научную статью, которая может "взорвать" научный мир

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=2ND1

2017.01.12 22:08:17

Skype, 2017-01-12:

[12.01.2017 22:09:39] Кушелев Александр Юрьевич: Добрый вечер, Виктория! Новая методика сравнения с РСА

Пикотех, зима 2016-2017. Периодичность в структурах белковых молекул.

1 января 2017, 22:33

Пикотехнология белков

Ветвь форума Лабораории Наномир

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

2016.12.30 16:43:14

[13:22:53] Кушелев Александр Юрьевич: Научный прорыв в пикотехнологии
[15:12:18] Потенциальный инвестор: Что это дает и что предлагаете? Прошу кратко пояснить суть инновации... (wave)
[16:43:05] Кушелев Александр Юрьевич: Пикотехнология проверена окончательно. Вероятность случайного замыкания цикла лизоцима из 22 аминокислотных остатов равна 1/30 000 000 000, вероятность случайного образования кольца из 48 аминокислотных остатков равна 4^-48=10^-29. Точность пикотехнологии в 1000-10 000 раз выше точности рентгеноструктурного анализа (РСА). Скорость выше примерно в миллион раз. РСА может работать только с кристаллами. Это 3% всех типов белков. Пикотех работает дополнительно с 97% типов белков. Ежедневно кто-то оплачивает по старой технологии более 30 белковых структур в среднем по 10 000 евро. Я на одном компьютере могу ежедневно определять до 100 белковых структур, т.е. зарабатывать до миллиона евро в день. Осталось оформить документы...

2016.12.30 13:10:50

Кушелев: Видео, на котором были открыты кольца из 48 аминокислотных остатков белка 3UAO:

Такой композиционный код формирует эти кольца:

144443144443144443144443144443144443144443144443

Замыкание (как минимум трижды!) кольца из 48 аминокислотных остатков в модели фрагмента белка 3UAO:

Вероятность случайного замыкания = 4^-48 = 10^-29

Замыкание фрагмента модели лизоцима на 22-ом аминокислотном остатке (вероятность случайного замыкания = 1/30 000 000 000)

2016.12.29 22:33:31

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=3UA0

3UA0
N-Terminal Domain of Bombyx mori Fibroin Mediates the Assembly of Silk in Response to pH Decrease

http://www.uniprot.org/uniprot/P05790

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAF76983

>ENA|AAF76983|AAF76983.1 Bombyx mori (domestic silkworm) fibroin heavy chain Fib-H
ATGAGAGTCAAAACCTTTGTGATCTTGTGCTGCGCTCTGCAGTATGTCGCTTATACAAAT
GCAAACATCAATGATTTTGATGAGGACTATTTTGGGAGTGATGTCACTGTCCAAAGTAGT
AATACAACAGATGAAATAATTAGAGATGCATCTGGGGCAGTTATCGAAGAACAAATTACA
ACTAAAAAAATGCAACGGAAAAATAAAAACCATGGAATACTTGGAAAAAATGAAAAAATG
ATCAAGACGTTCGTTATAACCACGGATTCCGACGGTAACGAGTCCATTGTAGAGGAAGAT
GTGCTCATGAAGACACTTTCCGATGGTACTGTTGCTCAAAGTTATGTTGCTGCTGATGCG
GGAGCATATTCTCAGAGCGGGCCATACGTATCAAACAGTGGATACAGCACTCATCAAGGA
TATACGAGCGATTTCAGCACTAGTGCTGCAGTCGGTGCAGGAGCTGGTGCAGGTGCTGCC
GCTGGTTCTGGTGCGGGTGCCGGAGCTGGTTATGGAGCTGCTTCTGGTGCTGGTGCCGGT
GCTGGGGCTGGTGCCGGAGCTGGTTATGGAACTGGTGCAGGTGCAGGTGCCGGAGCTGGT
TATGGAGCTGGTGCAGGTGCAGGTGCCGGAGCTGGTTATGGGGCTGGTGCAGGTGCAGGT
GCCGGAGCTGGTTATGGAGCTGGTGCAGGTGCAGGTGCCGGAGCTGGTTATGGGGCTGGT
GCAGGTGCAGGTGCCGGAGCTGGTTATGGAGCTGGTGCGGGTGCCGGTGCCGGGGCTGGT
TATGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGCGCTGGGTACGGACAAGGAGTAGGAAGCGGA
GCTGCTTCTGGAGCTGGTGCAGGTGCAGGAGCAGGTTCTGCCGCTGGTTCTGGGGCAGGT
GCCGGTGCTGGTACCGGTGCTGGTGCAGGTTACGGAGCTGGTGCAGGTGCCGGTGCCGGA
GCTGGTTATGGAGCTGCCTCTGGTACTGGAGCAGGTTATGGAGCTGGTGCCGGAGCTGGT
TACGGAGGTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGTGCCGGTGCTGGGGCTGGAGCCGGTGCTGGT
GCAGGTTATGGAACTGGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCCGGAGCAGGAGCCGGAGCAGGA
GCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGTAGGA
GCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGT
TCAGGTGCCGGTGCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCAGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTACTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGT
GCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGTGGAGCTGCC
TCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCAGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGA
GCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGA
TACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCCGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGTTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGA
GCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCC
TCTGGTGCTGGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCA
TATGTAGCAAATGGCGGATATAGCAGAAGTGATGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCTGAC
TTTGGAACTGGAAGCGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGC
GCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGA
TACGGAGCAGGAGTTGGTGTTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGA
TACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGTTGGCTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGA
GCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCCGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGAGCTGGAGTTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGA
TATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCAGGT
GCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGAGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGA
GCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCC
TCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGA
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGT
GCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGA
AGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGTTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGA
GCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCCGGT
GCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAGCACATGGCGGA
TATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGAAGCGGAGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCA
GGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCT
GGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCT
GGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATAC
GGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGTTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGAGCA
GGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGAGTTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATAT
GGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCT
GGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAGCA
AATGGCGGATATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGA
AGCGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGT
GCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGA
GCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTTCTGGT
TCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGA
GCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGA
GCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGA
ACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAGCACATGGCGGATATAGCGGCTACGAATAC
GCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGAAGCGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCT
GGATACGGAGCAGCATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCTGGAGCAGGAAGC
GGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCA
GGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTTCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCT
GGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCT
GGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCT
GGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAACCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTTCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGAGCTGGTGCTGGATATGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCT
GGTGCTGGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATAT
GTAGCACATGGCGGATATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGA
ACTGGAAGCGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCGCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGA
GCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAACTGGCTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGA
GCAGGAAGCGGAGCTGCCTTTGGTGCCGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGA
GCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGA
GCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGA
GCTGGTGCTGGATACGGAGCTGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGT
GCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGT
GCTGGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTA
GCAAATGGCGGATATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACT
GGAAGCGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCT
GGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGGGCTGGTTCAGGAGCT
GGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTT
GGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCA
GGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGCTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGGTCAGGTGCCGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTT
GGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCA
GGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGTT
GGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCT
GGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCT
GCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTACAGGTGCTGGGGCT
GGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCT
GGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAGCA
AATGGCGGATATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGA
AGCGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGA
GCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGA
GCAGGAGCAGGAAGCGGAACTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGT
GCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGA
AGCGGAACTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGA
GCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGA
GTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGC
TCAGGTGCTGGTGCTGGGTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGA
GCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGA
GCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGT
GCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAGCAAAT
GGCGGATATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGAAGC
GGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCA
GGGTACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGAGCA
GGAGCTGGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCT
GGTGCCGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAATAGGAGTTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCT
GGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCT
GGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTGCCGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCT
GGATACGGAGCAGGATATGGAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGA
GCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGGGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGA
GCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGA
ACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAAATGGCGGATATAGCGGCTACGAATACGCT
TGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGAAGCGGAGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGA
TATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGT
GCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGA
GCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGT
GCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCYTCTGGCGCCGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAGCAGGA
GTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCTGGA
TACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTTCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGGGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGA
TACGGAGCAGGGTACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCCGGT
GCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAGCAAATGGCGGA
TATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGAAGCGGAGCT
GGTGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTT
GGTGCTGGTTACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCA
GGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATACGGAGCA
GGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCT
GGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGGCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTTCT
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTTCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAATA
GGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCT
GGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCT
GGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATAC
GGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGCTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGTAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCA
GGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCT
GGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCT
GCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGCCGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGT
GGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGA
CCATATGTAGCAAATGGCGGATATAGCAGACGTGAAGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCA
AAATCTGACTTTGAAACTGGAAGCGGTGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTGGTAGCGTCAGTTACGGAGCTGGCAGGGGATACGGACAAGGTGCAGGAAGT
GCAGCTTCCTCTGTGTCATCTGCTTCATCTCGCAGTTACGACTATTCTCGTCGTAACGTC
CGCAAAAACTGTGGAATTCCTAGAAGACAACTAGTTGTTAAATTCAGAGCACTGCCTTGT
GTGAATTGCTAA

https://img-fotki.yandex.ru/get/198026/ … 5_orig.gif

Программная спираль (повторяющиеся участки)

Программная спираль 2122212221222

Программная спираль

Программная спираль 3332333332333332333332

Многократно повторяющаяся структура архитектурного перевертыша

Многократно повторяющаяся структура

Программная спираль 22322232223

Многократно повторяющаяся структура

Общая длина программной спирали 3332333332333332333332 достигает 132 аминокислотных остатка. Случайно такая последовательность могла бы образоваться с такой же вероятностью, как выпадение "орла" 264 раза, но не подряд, а периодично, т.е. с 510 броска 40 "орлов" подряд, с 580-го ещё 40 "орлов" подряд, с 878-го, 1074-го и с 3949-го. Вероятность такой последовательности событий равна 2^-264 = 3*10^-80. Понятно, что такая последовательность кодов не может быть случайной.

В том же белке есть и другая длинная последовательность, которая тоже имеет ничтожную вероятность случайного образования (порядка 3*10^-80).

О том, что генетический код белков не является случайной комбинацией символов, мы знаем и из других источников. Эволюция генов идёт всё быстрее, т.к. более длинные нуклеотидные последовательности формируются из более коротких, например, многократным их повторением, что мы и наблюдаем в случае формирования программной спирали белковой молекулы.

Однако в данном случае мы видим последовательность именно композиционных кодов, т.е. кодов, управляющих взаимной ориентацией соседних аминокислотных остатков в белковой молекуле. И эти коды, как мы видим, тоже не случайны.

Попробуйте изменить таблицу композиционного кода. Что Вы получите вместо этих периодических структур?

Результат изменений таблицы и алгоритма композиционного кодирования, предпринятые Викторией Соколик, вы видите справа в виде серой полосы. Информация о периодической структуре белковой молекулы потеряна.

Кстати,

Методом РСА (и не только!) не удалось обнаружить ни одного спирального участка в этом белке...

2017.01.01 22:19:00

Готовится 581-ый выпуск рассылки "Новости лаборатории Наномир"

http://subscribe.ru/catalog/science.news.nanoworldnews

Дайджест:

581 Научный прорыв в пикотехнологии.
Как выглядит архитектурный нео-квази-перевертыш?
Анатомия диссонансных архитектурных перевертышей
РСА не может определить даже тип белка!
Найди иголку в стоге сена размером с планету...
Emdrive в СССР зарегистрирован в 1973 году!

Пикотех - коррелляция первичной последовательности и вторичной структуры белка

16 января 2017, 22:19

Пикотехнология белков

2017.01.12 20:10:56

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=2ND1

http://www.uniprot.org/uniprot/O60885

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAL26987

>ENA|AAL26987|AAL26987.1 Homo sapiens (human) bromodomain-containing 4
ATGTCTGCGGAGAGCGGCCCTGGGACGAGATTGAGAAATCTGCCAGTAATGGGGGATGGA
CTAGAAACTTCCCAAATGTCTACAACACAGGCCCAGGCCCAACCCCAGCCAGCCAACGCA
GCCAGCACCAACCCCCCGCCCCCAGAGACCTCCAACCCTAACAAGCCCAAGAGGCAGACC
AACCAACTGCAATACCTGCTCAGAGTGGTGCTCAAGACACTATGGAAACACCAGTTTGCA
TGGCCTTTCCAGCAGCCTGTGGATGCCGTCAAGCTGAACCTCCCTGATTACTATAAGATC
ATTAAAACGCCTATGGATATGGGAACAATAAAGAAGCGCTTGGAAAACAACTATTACTGG
AATGCTCAGGAATGTATCCAGGACTTCAACACTATGTTTACAAATTGTTACATCTACAAC
AAGCCTGGAGATGACATAGTCTTAATGGCAGAAGCTCTGGAAAAGCTCTTCTTGCAAAAA
ATAAATGAGCTACCCACAGAAGAAACCGAGATCATGATAGTCCAGGCAAAAGGAAGAGGA
CGTGGGAGGAAAGAAACAGGGACAGCAAAACCTGGCGTTTCCACGGTACCAAACACAACT
CAAGCATCGACTCCTCCGCAGACCCAGACCCCTCAGCCGAATCCTCCTCCTGTGCAGGCC
ACGCCTCACCCCTTCCCTGCCGTCACCCCGGACCTCATCGTCCAGACCCCTGTCATGACA
GTGGTGCCTCCCCAGCCACTGCAGACGCCCCCGCCAGTGCCCCCCCAGCCACAACCCCCA
CCCGCTCCAGCTCCCCAGCCCGTACAGAGCCACCCACCCATCATCGCGGCCACCCCACAG
CCTGTGAAGACAAAGAAGGGAGTGAAGAGGAAAGCAGACACCACCACCCCCACCACCATT
GACCCCATTCACGAGCCACCCTCGCTGCCCCCGGAGCCCAAGACCACCAAGCTGGGCCAG
CGGCGGGAGAGCAGCCGGCCTGTGAAACCTCCAAAGAAGGACGTGCCCGACTCTCAGCAG
CACCCAGCACCAGAGAAGAGCAGCAAGGTCTCGGAGCAGCTCAAGTGCTGCAGCGGCATC
CTCAAGGAGATGTTTGCCAAGAAGCACGCCGCCTACGCCTGGCCCTTCTACAAGCCTGTG
GACGTGGAGGCACTGGGCCTACACGACTACTGTGACATCATCAAGCACCCCATGGACATG
AGCACAATCAAGTCTAAACTGGAGGCCCGTGAGTACCGTGATGCTCAGGAGTTTGGTGCT
GACGTCCGATTGATGTTCTCCAACTGCTATAAGTACAACCCTCCTGACCATGAGGTGGTG
GCCATGGCCCGCAAGCTCCAGGATGTGTTCGAAATGCGCTTTGCCAAGATGCCGGACGAG
CCTGAGGAGCCAGTGGTGGCCGTGTCCTCCCCGGCAGTGCCCCCTCCCACCAAGGTTGTG
GCCCCGCCCTCATCCAGCGACAGCAGCAGCGATAGCTCCTCGGACAGTGACAGTTCGACT
GATGACTCTGAGGAGGAGCGAGCCCAGCGGCTGGCTGAGCTCCAGGAGCAGCTCAAAGCC
GTGCACGAGCAGCTTGCAGCCCTCTCTCAGCCCCAGCAGAACAAACCAAAGAAAAAGGAG
AAAGACAAGAAGGAAAAGAAAAAAGAAAAGCACAAAAGAAAAGAGGAAGTGGAAGAGAAT
AAAAAAAGCAAAGCCAAGGAACCTCCTCCTAAAAAGACGAAGAAAAATAATAGCAGCAAC
AGCAATGTGAGCAAGAAGGAGCCAGCGCCCATGAAGAGCAAGCCCCCTCCCACGTATGAG
TCGGAGGAAGAGGACAAGTGCAAGCCTATGTCCTATGAGGAGAAGCGGCAGCTCAGCTTG
GACATCAACAAGCTCCCCGGCGAGAAGCTGGGCCGCGTGGTGCACATCATCCAGTCACGG
GAGCCCTCCCTGAAGAATTCCAACCCCGACGAGATTGAAATCGACTTTGAGACCCTGAAG
CCGTCCACACTGCGTGAGCTGGAGCGCTATGTCACCTCCTGTTTGCGGAAGAAAAGGAAA
CCTCAAGCTGAGAAAGTTGATGTGATTGCCGGCTCCTCCAAGATGAAGGGCTTCTCGTCC
TCAGAGTCGGAGAGCTCCAGTGAGTCCAGCTCCTCTGACAGCGAAGACTCCGAAACAGAG
ATGGCTCCGAAGTCAAAAAAGAAGGGGCACCCCGGGAGGGAGCAGAAGAAGCACCATCAT
CACCACCATCAGCAGATGCAGCAGGCCCCGGCTCCTGTGCCCCAGCAGCCGCCCCCGCCT
CCCCAGCAGCCCCCACCGCCTCCACCTCCGCAGCAGCAACAGCAGCCGCCACCCCCGCCT
CCCCCACCCTCCATGCCGCAGCAGGCAGCCCCGGCGATGAAGTCCTCGCCCCCACCCTTC
ATTGCCACCCAGGTGCCCGTCCTGGAGCCCCAGCTCCCAGGCAGCGTCTTTGACCCCATC
GGCCACTTCACCCAGCCCATCCTGCACCTGCCGCAGCCTGAGCTGCCCCCTCACCTGCCC
CAGCCGCCTGAGCACAGCACTCCACCCCATCTCAACCAGCACGCAGTGGTCTCTCCTCCA
GCTTTGCACAACGCACTACCCCAGCAGCCATCACGGCCCAGCAACCGAGCCGCTGCCCTG
CCTCCCAAGCCCGCCCGGCCCCCAGCCGTGTCACCAGCCTTGACCCAAACACCCCTGCTC
CCACAGCCCCCCATGGCCCAACCCCCCCAAGTGCTGCTGGAGGATGAAGAGCCACCTGCC
CCACCCCTCACCTCCATGCAGATGCAGCTGTACCTGCAGCAGCTGCAGAAGGTGCAGCCC
CCTACGCCGCTACTCCCTTCCGTGAAGGTGCAGTCCCAGCCCCCACCCCCCCTGCCGCCC
CCACCCCACCCCTCTGTGCAGCAGCAGCTGCAGCAGCAGCCGCCACCACCCCCACCACCC
CAGCCCCAGCCTCCACCCCAGCAGCAGCATCAGCCCCCTCCACGGCCCGTGCACTTGCAG
CCCATGCAGTTTTCCACCCACATCCAACAGCCCCCGCCACCCCAGGGCCAGCAGCCCCCC
CATCCGCCCCCAGGCCAGCAGCCACCCCCGCCGCAGCCTGCCAAGCCTCAGCAAGTCATC
CAGCACCACCATTCACCCCGGCACCACAAGTCGGACCCCTACTCAACCGGTCACCTCCGC
GAAGCCCCCTCCCCGCTTATGATACATTCCCCCCAGATGTCACAGTTCCAGAGCCTGACC
CACCAGTCTCCACCCCAGCAAAACGTCCAGCCTAAGAAACAGGAGCTGCGTGCTGCCTCC
GTGGTCCAGCCCCAGCCCCTCGTGGTGGTGAAGGAGGAGAAGATCCACTCACCCATCATC
CGCAGCGAGCCCTTCAGCCCCTCGCTGCGGCCGGAGCCCCCCAAGCACCCGGAGAGCATC
AAGGCCCCCGTCCACCTGCCCCAGCGGCCGGAAATGAAGCCTGTGGATGTCGGGAGGCCT
GTGATCCGGCCCCCAGAGCAGAACGCACCGCCACCAGGGGCCCCTGACAAGGACAAACAG
AAACAGGAGCCGAAGACTCCAGTTGCGCCCAAAAAGGACCTGAAAATCAAGAACATGGGC
TCCTGGGCCAGCCTAGTGCAGAAGCATCCGACCACCCCCTCCTCCACAGCCAAGTCATCC
AGCGACAGCTTCGAGCAGTTCCGCCGCGCCGCTCGGGAGAAAGAGGAGCGTGAGAAGGCC
CTGAAGGCTCAGGCCGAGCACGCTGAGAAGGAGAAGGAGCGGCTGCGGCAGGAGCGCATG
AGGAGCCGAGAGGACGAGGATGCGCTGGAGCAGGCCCGGCGGGCCCATGAGGAGGCACGT
CGGCGCCAGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGCCAGGAGCAACAGCAGCAGCAGCAACAGCAA
GCAGCTGCGGTGGCTGCCGCCGCCACCCCACAGGCCCAGAGCTCCCAGCCCCAGTCCATG
CTGGACCAGCAGAGGGAGTTGGCCCGGAAGCGGGAGCAGGAGCGAAGACGCCGGGAAGCC
ATGGCAGCTACCATTGACATGAATTTCCAGAGTGATCTATTGTCAATATTTGAAGAAAAT
CTTTTCTGA

Композиционный код:

1,3,4,1,1,1,3,4,4,3,1,3,3,4,2,2,1,4,3,2,2,3,3,1,3,1,3,2,2,1,1,1,1,3,1,1,2,1,1,2,1,1,1,1,1,4,1,2,1,1,
1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,4,3,1,4,1,3,4,4,1,1,2,2,1,3,1,1,3,2,1,3,1,1,1,3,4,3,1,1,1,4,1,1,3,3,1,3,1,1,
3,3,4,3,1,3,1,2,2,2,1,1,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,3,3,1,1,1,1,1,3,1,3,2,3,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,2,1,3,1,2,
3,3,4,3,1,1,1,1,3,3,2,3,1,2,1,2,3,3,1,1,1,1,2,1,1,2,3,2,3,2,3,4,1,3,3,2,4,2,2,3,3,1,3,1,4,2,2,1,2,3,
3,2,4,3,3,4,1,1,1,1,3,1,4,3,3,3,3,4,1,1,4,3,1,1,1,3,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,3,1,1,2,4,4,3,1,1,2,4,1,4,1,
4,2,4,1,1,1,2,3,1,2,1,3,2,3,1,1,1,2,1,1,1,2,1,1,1,4,1,1,2,1,3,4,1,2,1,1,2,4,1,1,3,2,1,1,1,1,1,1,1,3,
1,1,3,1,1,2,1,4,4,1,4,1,1,1,1,1,1,4,1,1,4,4,1,1,1,4,3,4,3,3,2,1,1,1,4,1,1,3,1,1,1,2,2,2,1,1,1,1,1,1,
4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,4,1,4,1,2,4,1,2,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,
1,2,1,1,3,3,4,1,1,3,1,1,3,3,3,1,1,3,3,3,1,1,2,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,3,1,3,1,4,4,1,1,1,1,1,1,1,3,4,1,
3,1,1,3,1,1,1,4,1,1,3,1,1,2,4,4,1,4,1,1,4,2,4,1,3,1,1,1,3,4,1,4,1,2,1,1,1,1,1,1,3,1,1,4,1,3,1,3,4,3,
3,1,3,1,1,1,2,1,1,4,4,3,1,1,1,1,1,1,3,1,4,1,1,1,3,2,1,1,3,1,1,1,1,1,3,2,1,3,1,1,3,1,1,1,3,1,3,3,3,1,
1,3,3,3,1,3,4,3,1,3,3,3,1,3,1,1,3,3,3,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,1,1,3,4,1,1,1,1,2,4,1,1,1,1,1,1,3,1,4,3,1,
4,1,3,1,1,1,1,1,3,1,1,3,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,4,4,1,1,1,1,2,4,1,1,1,4,1,3,1,1,1,1,
1,3,3,1,1,3,1,1,4,1,4,1,2,4,3,1,4,1,1,3,1,1,1,3,1,4,1,3,1,3,3,3,3,1,3,3,3,4,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,
2,1,4,1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,1,3,1,1,3,2,1,1,3,4,1,2,3,1,1,4,1,1,4,1,1,1,1,1,1,3,3,1,1,3,1,1,1,1,1,1,4,
3,3,4,1,1,1,4,1,4,3,1,1,1,1,2,4,3,2,3,4,1,1,3,1,1,4,2,1,4,3,1,2,1,1,1,4,1,1,2,1,4,4,1,1,1,4,1,2,1,1,
3,1,1,1,4,1,1,4,1,1,1,1,2,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,4,4,1,3,1,4,1,3,1,4,1,1,4,3,1,1,1,3,2,1,3,
1,1,1,1,2,4,1,3,3,2,3,1,1,1,2,2,1,1,1,2,2,4,1,1,1,2,1,3,1,4,3,1,1,1,1,4,1,2,1,4,2,2,1,1,1,3,2,1,4,1,
2,1,1,1,1,1,3,1,1,3,4,4,4,1,3,3,1,2,3,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,4,1,1,4,1,1,4,1,1,3,4,4,2,1,3,1,4,1,4,
1,1,1,1,2,1,1,4,4,1,2,1,1,1,3,4,1,1,1,4,1,1,1,4,2,2,1,2,2,1,1,1,1,3,2,1,1,1,1,3,1,1,3,2,4,1,4,1,1,1,
1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,1,4,2,1,1,1,1,1,1,1,3,4,1,2,1,1,1,2,1,4,4,1,3,1,1,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,1,4,1,1,1,
4,1,1,1,2,1,3,1,1,1,3,1,1,1,4,3,1,2,3,1,1,1,1,2,1,1,1,1,4,1,1,1,3,2,1,1,3,1,1,1,3,1,3,1,1,4,3,3,1,1,
4,1,1,1,1,1,1,4,4,4,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,4,4,4,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,4,4,
3,1,1,3,4,3,1,4,1,3,4,1,4,1,2,1,1,1,2,4,2,2,4,1,3,1,1,1,3,1,3,1,1,4,1,3,2,3,4,1,3,1,1,4,3,1,1,1,1,1,
1,1,1,1,2,4,1,1,3,4,1,1,1,1,1,2,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,4,1,3,1,1,3,1,1,1,4,1,3,1,1,1,1,3,1,1,
1,1,1,4,4,4,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,3,4,4,1,1,1,4,4,1,3,1,1,2,3,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,3,
2,3,4,4,3,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,4,1,4,1,1,1,2,3,1,4,3,1,1,2,3,1,3,1,1,3,1,1,
3,3,2,1,2,2,3,3,3,3,3,1

Вторичная структура (Пикотех): https://img-fotki.yandex.ru/get/195419/ … 4_orig.gif

Кушелев: Любопытный фрагмент структуры...

Кушелев: Интересно, что это за участки белка такие необычные?

Кушелев: Обратите внимание на корреляцию вторичной структуры с аминокислотными остатками. Gln (глутамин) находится в структуре прямой альфа-спирали, а Pro (пролин) в структуре бета-спирали и краёв.

2017.01.12 20:41:06

Формы, механизмы, энергия наномира.

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Кушелев: Все видят корреляцию?

Такая корреляция наглядно показывает предсказательную силу пикотехнологии даже на уровне 2D-структуры.

Кушелев: Корреляция вторичной структуры по таблице композиционного кода с первичной последовательностью белка, в частности, иминокислоты Pro, очевидна.

А первичная последовательность в отличие от данных РСА имеет 100%-ную надёжность

Кратко о принципе действия рубинового генератора и о возможностях составного резонатора. Следите за новостями на Форуме Лаборатории Наномир!

23 октября 2016, 11:50

Ruby Em Drive

ОБОСНОВАНИЕ ЭКСПЕРИМЕНТОВ

МОДЕЛЬНЫЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ ЛАБОРАТОРИИ НАНОМИР

http://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1024882

2016.10.20 12:52:23

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Dmitry пишет:

Если поймёте суть данного генератора

Кушелев:

Я прошёл через этот этап в начале 90-ых годов. Понял, что извлечь энергию из эфира можно за счёт задержки, которая определяется скоростью света. После этого стало понятно, что магнитные поля должны двигаться с субсветовой скоростью, чтобы получилось разумное соотношение мощности к массе. Поэтому от постоянных магнитов я перешёл к катушкам типа трансформатора Теслы, а потом стал уменьшать число витков, чтобы усилить эффект. Минимальное число витков катушки реализовано в современном магнетроне:

Резонаторный блок состоит из неполных одиночных витков.

Супермагнетрон-источник энергии можно делать из проводников, но это в домашних условиях сложно. Разработка новой модели магнетрона даже в заводских условиях обходится заказчику типа миллиона долларов.

Поэтому с проводящих супермагнетронов я переключился на диэлектрические, которые легко делать в домашних условиях

Осталось включить готовый супермагнетрон, но ... не тут-то было! Наша цивилизация так слаба, что даже этого не может сделать годами.

Мне удавалось добираться до подходящей аппаратуры, "но только один раз". Второй попытки, как правило уже не было. Тогда я придумал создать номинальный ряд источников энергии, чтобы можно было включить его с одной попытки, но цена такого ряда оказалась для инвесторов неподъёмной,т.е. около 45 000 USD.

Тогда я придумал, как удешевить номинальный ряд, заменив группы шариков:

На монокристаллические генераторы:

Но тут выяснилось, что для их работы нужны дополнительные зеркала...

А сегодня я могу собрать резонатор, например, на частоту микроволновки из рубинового конструктора и медных зеркал:

Вам я пытаюсь помочь не задерживаться на этапе "постоянные магниты". Для этого Вы можете изготовить дешёвый маленький действующий макет и убедиться, что ожидаемого Вами эффекта нет. Но если Вам хочется тратить жизнь на ожидание крупных инвесторов, а потом испытывать большой провал, то что я могу поделать? "Насильно мил не будешь"

Татьяна Рясина пишет:

В данном случае мы имеем дело с океаном эфира , который даёт энергию, но не поглощает

Кушелев: Может давать и поглощать. Оба процесса могут регулироваться в широких пределах. Например, за пределами рубинового шарика СВЧ поле может практически не излучаться, т.е. на каждом цикле колебаний материал резонатора может поглощать 1 / 10 000 000 000 часть запасённой энергии, а излучать ещё меньше.

Процесс главным образом локализован внутри диэлектрических волноводов. Кольцо почти прислоняется к линейному волноводу. Вспомогательные боксы кончаются там, где поле практически отсутствует.

2016.10 24 01:10:26

Формы, механизмы, энергия наномира

Dmitry пишет:

а Вам необходимо подучиться!

Кушелев:

Ага, чтобы так же, как и Вы считать, что поле за пределами рубинового резонатора - глюк программы HFSS:

2016.10.24 12:12:17

Формы, механизмы, энергия наномира

Dmitry пишет:Kushelev пишет:

Кушелев: Ага, чтобы так же, как и Вы считать, что поле за пределами рубинового резонатора - глюк программы HFSS:

Dmitry

Надо не с программами работать, а с практическими моделями, что бы реально видеть свой результат!

Кушелев:

Вы просто не в теме:

Я провожу эксперименты и знаю, что программы HFSS и CST показывают то, что есть в эксперименте.

А по Вашему модельному представлению рубиновый шарик, у которого часть поля находится за пределами рубина, резонировать не может. Так что Вам предстоит нелёгкий выбор. Либо отказаться от ошибочных модельных представлений, либо продолжать жить в мире иллюзий

2016.09.16 20:38:25

Принцип движения НЛО (Денис)

Денис пишет:

Если поместить сапфировые, а еще лучше рубиновые изделия в микроволновку, то они засветятся.

Кушелев:

2016.09.16 21:00:29

Денис: Оперативно. Я так понял, что шарики в режиме БТГ не запустились. Повторять эксперимент будете?

2016.09.16 21:16:15

Принцип движения НЛО (Денис)

Денис пишет: Оперативно. Я так понял, что шарики в режиме БТГ не запустились. Повторять эксперимент будете?

Кушелев:

"Оперативно" - не то слово. Вы на дату посмотрите

Готовлю:

ПРЯМЫЕ ТРАНСЛЯЦИИ ЭКСПЕРИМЕНТОВ ЛАБОРАТОРИИ НАНОМИР В ОНЛАЙНЕ И В ЗАПИСИ

YUOTUBE ГЛОБАЛЬНАЯ ВОЛНА

26 октября 2016 часть 1

26 октября 2016 часть 2

01 ноября 2016 2:16:00-6:29:00

02 ноября 2016 часть 1

02 ноября 2016 часть 2 0:43:57-2:35:39

03 ноября 2016

04 ноября 2016 часть 1 1:11:00-1:50:30

04 ноября 2016 часть 2 0:29:00-3:16:25

Отредактированный вариант 2016.11.11 Фрактальные эталоны из Лаборатории Наномир

23 ноября 2016 часть 1

23 ноября 2016 часть 2

09 декабря 2016 года Что станет с экономикой, если наука и общество признают эфир?

10 декабря 2016 года Нужен доступ на ускоритель в Дубне для включения рубинового источника энергии

Фотографии экспериментов 2 декабря

Свечение резонатора

2016.12.04 02:41:15

Взрыв воды (почему пары подсвечены?)

2016.12.03 02:41:49

Горение медого зеркала

2016.12.03 17:07:31

Видео записи экспериментов на двух камерах GoPro и Nikon за весь период

Эксперимент 14 октября 2016

Составной рубиновый резонатор, настроенный на частоту микроволновки, позволяет наблюдать режимы, близкие к запуску рубинового генератора.

В прямом эфире делаются эксперименты по извлечению энергии радиоэфира Фарадея-Максвелла(РЭФМ). Моделирование в программе HFSS показывает зоны, в которых конфигурация электромагнитных полей в диэлектрическом резонаторе вызывает вобблинг кольцегранных элементов РЭФМ. (Кушелев: Программа показывает распределение динамических деформаций эфира, т.е. электрических и магнитных полей, как функций времени). В данном случае мы подбираем колебательную моду, которая включит свечение резонатора от импульса магнетрона микроволновки 1 кВт 2,45 ГГц. (Кушелев: Ищем колебательную моду, на которой возможно свечение. В этом случае напряженность поля достигнет 10 миллионов вольт на метр. Правильная суперпозиция таких полей и низкие потери резонаторов - условия трансформации внутренней энергии эфира в колебательную форму ("дребезг шестеренок Максвелла"-процесс преобразования энергии вращения в энергию колебаний). Проверяем резонаторы различной формы, частота которых совпадает с частотой магнетрона микроволновки. Запланирован эксперимент для другого магнетрона мощностью 10кВт в диапазоне 5 мм- 8 мм.

Также ждёт включения на ускорителе в Дубне (сегодня ускоритель закрыт) резонатор из четырёх рубиновых шариков, один из которых засветился в 2011 году. Конфигурация из четырёх шариков по расчётам включит генерацию в режиме автоколебаний...

2016.11.05 16:31:38

Резонанс я использую, но только для того, чтобы создать сильные поля с малыми потерями энергии. А принцип добычи внутренней энергии эфира Фарадея-Максвелла называется "дребезг шестеренок Максвелла". Его можно создать с помощью резонаторов, но можно и иначе, например, с помощью антирезонансных усилителей стиля барокко, о чём можно прочесть в энциклопедии Наномир.

А.Ю.Кушелев

Резюме 22 - 28 октярбя

2016.10 29 16:17:57

Формы, механизмы, энергия наномира

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Daren пишет:

Если есть резонанс то он есть и значит есть свечение постоянное и очевидное.

Кушелев: Мне приходилось наблюдать как минимум 4 разных режима при резонансе.

1. Образование дуги.
2. Поверхностный пробой
3. Пробой между проводником и диэлектриком, в котором электрический вектор перпендикулярен поверхности диэлектрика.
4. Свечение без пробоя.

В нашем случае свечение без пробоя было получено 23 октября. Это значит, что данная колебательная мода может быть нашей, если дополнительно создаются условия преобразования энергии.

Но 28 октября мы наблюдали пробой между рубином и медным зеркалом (диэлектриком и проводником). Это связано с наличием воздушных зазоров. Чтобы их исключить с минимальными затратами денег и времени, нужно изготовить рубиновый блок примерно 41*30*10 мм (в двух-трёх экземплярах).

Китайцы отказываются делать блоки с размером больше 40*17*17 мм. Так что придётся покупать рубиновую булю диаметром не менее 33 мм и делать самим.

Если удастся получить устойчивое, повторяемое свечение рубина на этой колебательной моде, то дальше пойдёт разговор об условиях преобразования энергии, добротности и т.д.

2016.10.24 17:16:18

Формы, механизмы, энергия наномира

2016-10-23:

Видеосюжет 011

Кадр, на котором виден пробой Кадр после окончания пробоя

2016.10.24 18:26:03

Формы, механизмы, энергия наномира

2016-10-23:

Видеосюжет 018 Отметка таймера: 1 минута 21 секунда.

Поверхностный разряд Кадр после разряда

Видеосюжет 018: https://youtu.be/pBi_T809UEc

Кадр 12 324 Свечение рубина без звука разряда максимально яркое

Кадр 12 325 Обратите внимание на каплю воды, которая вылетает в процессе взрыва

Она показана голубыми стрелками. На видео в это время слышен звук взрыва.

[20:46:45] Кушелев Александр Юрьевич: На видео чётко видно свечение рубина за кадр до взрыва

Эксперимент 3 ноября 2016 года показал наличие двух мод колебаний,

смоделированных в программе HFSS

2016.11.03 22:03:42

2016.11.03 22:10:40

2016.11.04 00:02:10

2016.11.05 23:56:34

Формы, механизмы, энергия наномира

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Резонансный пик на частоте 2.4375 ГГц

Кадр 3624 с видео: https://cloud.mail.ru/public/CC4A/uUPYMECmx

Кадр 3627 с видео: https://cloud.mail.ru/public/CC4A/uUPYMECmx

Кадр 3642 с видео: https://cloud.mail.ru/public/CC4A/uUPYMECmx

Кадр 3643 с видео: https://cloud.mail.ru/public/CC4A/uUPYMECmx

DSProLab:

Для атласа мод шепчущей галереи сферического резонатора из корунда радиусом 4.81мм посчитано 500 мод, которые позволяют провести корректные оценки для поиска рабочих параметров. Вот ссылка на остальные 135 мод в порядке возрастания их частоты, начиная с 42 ГГц.
По поводу текущих опытов, попытался провести пробное моделирование в ЦСТ трапеции из корунда 34х34х40 в зеркалах, для которой найдена частота, при которой работает только сам резонатор. На анимации показана фазовая динамика магнитного потока на частоте 2,48926 ГГц:

На остальных модах уже трещат зеркала и сам объём, что очень нежелательно.

2016.11.22 13:29:35

Формы, механизмы, энергия наномира

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Kushelev пишет:

[10:20:25] Кушелев Александр Юрьевич: На одном оборонном предприятии возбудили рубиновый шарик, но пока до уровня искрения:

Телефонограмма 2016-11-22

О: Здравствуйте, Александр Юрьевич!
Кушелев: Здравствуйте.
О: Благодарим Вас за рубиновые шарики, которые Вы нам прислали.
Кушелев: Могу ещё прислать, если сможете оплатить работу.
О: Один шарик без отверстия нам удалось заставить светиться. Шарики с отверстиями не светятся. Только поверхностный пробой.
Кушелев: Любопытно... Но можно сделать оправу для шариков без отверстий:

Я сейчас готовлю эксперимент в диапазоне 5 мм.

Сапфировые вставки на диапазон 5 мм

О: Вы можете изготовить 6 рубиновых шариков такого же диаметра без отверстий?

Кушелев: Могу. Заготовки будут стоить по 40 USD, а моя работа - по 200 USD. Если у Вас получится включить группу из 3...5 шариков, то это будет означать, что рубиновая энергетика создана. Кстати, Вы можете прислать видеозаписи Ваших экспериментов?

О: У нас оборонное предприятие, поэтому с видеозаписями проблема. Все параметры мы зафиксировали. Частоту, мощность, скважность, поляризацию, при которых светился один шарик.

Кушелев: А Вы можете сказать мне эти параметры?

О: Диаметр шарика 9.36 мм. Частота 35.00 ГГц. Скважность 100. Поляризация такая, что электрический вектор направлен радиально, т.е. по нормали к поверхности рубинового шарика.

Кушелев: А яркость и цвет свечения?

О: Цвет рубиновый, а яркость как 100-ваттная лампочка. Это если точно в резонанс попали. Если нет, то слабее.

Кушелев: Свечение получается стабильное?

О: Мы повторяли режим 15 раз. 12 раз было только искрение, а 3 раза наблюдалось свечение.

Кушелев: Там очень много зависит от положения подводящего волновода. Если он шунтирует азимутальную колебательную моду, то может получиться свечение. Если не шунтирует, то будет искрение. В измерительном эксперименте можно добиться раздвоение спектрального пика изменением положения волновода. Это означает, что можно подавлять одну из колебательных мод, т.е. шунтировать, а другая при этом продолжает возбуждаться. Нужно шунтировать азимутальную моду, тогда радиальная возбуждается до уровня свечения.

О: Понятно. Тогда нужно будет подавить паразитные моды во всех шариках группы, размещённых в оправе.

Кушелев: Конечно. Это можно будет сделать на этапе измерений. Я попробую сделать оправу. Когда Вы сможете перевести деньги на заготовки и изготовление элементов резонатора из них?

О: С деньгами у нас напряженка, т.к. этот эксперимент я провожу по личной инициативе. Руководство не в курсе. Поэтому я и не афиширую своё предприятие. Как появятся деньги, я Вам позвоню.

Кушелев: ОК.

О: Работа очень перспективная, нужно продолжать. Надеюсь, что Вас поддержат телезрители Глобальной Волны. Удачи и до связи.

Кушелев: Всего доброго, жду звонка.

Конец связи.

2016.09.11 16:10:15

Совет инвесторов лаборатории Наномир

Телефонограмма N2

Kushelev пишет:

2016-09-09

Телефонограмма: Александр Юрьевич?
-Да.
-Здравствуйте! Помните, Вы в прошлом году присылали нам для эксперимента рубиновый шарик диаметром 9.36 мм?
-Что-то припоминаю...
-Нам удалось добиться искрения на частоте 35 ГГц.
-Ровно 35 ГГц или с "копейками"?
-Ровно. 35.00 ГГц.
-Интересно. Надо будет разобраться, что за колебательная мода у Вас возбуждается.
-Вы не могли бы к нам подъехать и помочь добиться режима свечения?
-А Вы в каком городе?
-...
-Нет, это нереально.
-Мы оплатим дорогу.
-Если бы Ваш город стоял на берегу Черного моря... ха-ха
-Он в другую сторону.
-Не, мне туда не надо. Вы сами приезжайте в Дмитров.
-У нас установка занимает десятки квадратных метров.
-Присылайте фото, видео эксперимента. Будем на форуме разбираться.
-У нас режимное предприятие.
-В секретных работах я не участвую. Извиняйте. Задавайте вопросы на форуме, буду отвечать по мере возможности. Может быть ещё кто-то подключится к обсуждению.
-Хорошо. Мой ник на форуме будет ...
-ОК.
-Вы, вероятно, наш разговор выложите на форум?
-Уже.
-Ладно, если не хотите конфиденциально, давайте на форуме. Но фото/видео мы выложить не можем, т.к. у нас их просто нет.
-Тогда сложнее будет разобраться, что там у Вас происходит. Давайте для начала попробуем разобраться, какая колебательная мода возбуждается. Вы в программе HFSS или CST работаете?
-Да. И в той, и в другой.
-Попробуйте смоделировать моду, которая у Вас возбуждалась. На форуме обсудим.
-ОК. Зарегистрируйте меня, если не трудно. Ник: ..., пароль, ...
-ОК. До связи.
-До связи.

-Здравствуйте. Я по поводу искрения рубинового шарика на частоте 35 ГГц...
Кушелев: -Добрый день! Я зарегистрировал Вас на форуме. Ник 35GHz, пароль *****
-Спасибо, но мне удобнее Вам звонить. На форуме будет очень долго. Вы писали там, что для изготовления модулятора нужен конденсатор 0.5мкф 20кВ. Это на порядок меньше, чем в нашей установке. Искрение мы получаем стабильно, но свечения получить пока не удалось. Моделирование в CST показало, что на частоте 35 ГГц возбуждается четвертая азимутальная колебательная мода. На ней, как я понял, свечение невозможно.
Кушелев: -Да. Нужно возбудить радиальную колебательную моду. Вы можете смоделировать радиальные колебательные моды в окрестностях этой частоты для Вашего шарика?
-Попробуем. Я планирую на следующей неделе быть в Москве. Мы могли бы встретиться?
Кушелев: -Созвонитесь с Ярославом Старухиным. Он организует встречи. Его телефон 8-926-2109383
-Ближе к поездке. До встречи.
Кушелев: До встречи.

2016.09.12 11:10:14

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

[12.09.2016 10:19:53] Кушелев Александр Юрьевич: Привет!
[10:20:25] Кушелев Александр Юрьевич: На одном оборонном предприятии возбудили рубиновый шарик, но пока до уровня искрения
[10:21:28] Кушелев Александр Юрьевич: Они по телефону сказали мне, что у них модулятор очень простой, без стабилизатора, но ёмкость кондерсатора 10 микрофарад на 25 киловольт.
[10:21:50] Кушелев Александр Юрьевич: Это значит, что такой модулятор стоит не больше магнетрона
[10:22:48] Кушелев Александр Юрьевич: У них там два ключа. Один быстро открывает, а другой быстро закрывает ток из конденсатора в магнетрон. Самое дорогое там - электронная защита, если закрывающий ключ пробъёт.
[10:23:38] Кушелев Александр Юрьевич: При такой ёмкости конденсатора ток через магнетрон не меняется больше, чем на 0.01%, поэтому получается когерентный импульс.
[10:24:33] Кушелев Александр Юрьевич: А если есть искрение резонатора, то тот же магнетрон сможет и засветить шарик.
[10:25:43] Перспективный инвестор : А как попасть на этот завод к этому магнетрону?
[10:28:24] Кушелев Александр Юрьевич: Я пока не знаю, в каком они городе. То ли Новосибирск, то ли Обнинск. Они говорили год назад, но я забыл. Надо будет ещё раз спросить.
[10:29:12] Кушелев Александр Юрьевич: Золдракс достал конденсатор 0.5 микрофарады на 25 киловольт, но это в 20 раз меньше, чем надо.
[10:29:43] Кушелев Александр Юрьевич: Это обеспечит примерно 0.2% спада напряжения, а нам нужно 0.01%
[10:30:02] Кушелев Александр Юрьевич: А у оборонщиков 0.01% как раз
[10:30:27] Кушелев Александр Юрьевич: Но у микроволновки когерентность ещё лучше
[10:30:38] Кушелев Александр Юрьевич: Помнишь, у меня шарик засветился в микроволновке?
[10:31:16] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя там мощность всего 1 кВт, зато когерентность раз в 10 выше, чем у импульсного магнетрона МИ-88
[10:43:28] Кушелев Александр Юрьевич: По расчёту импульсная мощность свечения рубинового шарика диаметром 1 см должна быть типа 1.5 кВт.
[10:47:11] Кушелев Александр Юрьевич: Получается, что на холостом ходу рубиновый источник энергии из 4 таких шариков должен светить мощностью типа 6 кВт, а при отборе в нагрев он должен дать больше, но без эксперимента нельзя сказать. По расчёту 10 кВт, а в реальности может быть от 6 киловатт до 20. При 20 киловаттах рубиновый генератор точно выключится, т.к. в этом случае нагруженная добротность будет меньше 2000
[10:47:56] Кушелев Александр Юрьевич: Скорее всего максимальная нагрузка будет около 10 кВт
[10:51:49] Кушелев Александр Юрьевич: Шарики из рубина N5 будут работать при бОльшей напряжённости поля, чем шарики из рубина N7 и N8, т.е. будут давать в нагрузку больше мощность. Но при этом есть вероятность того, что без нагрузки они могут выйти из строя, т.к. у них меньше запас по напряжённости.
[10:52:55] Кушелев Александр Юрьевич: Если шарики из рубина N5 будут выходить из строя, придётся заказывать рубиновые шарики, эллипсоиды, кирпичики ... только из рубина N7 или N8
[10:53:46] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, в Дубне светился зеленый шарик с интенсивностью окраски типа N8
[10:54:16] Кушелев Александр Юрьевич: Он вышел из строя при 100-кратной перегрузке.
[10:59:24] Кушелев Александр Юрьевич: А в микроволновке сапфировый шарик первый раз светился на уровне 100 ваттной лампочки. Это означает, что вполне могло хватать мощности микроволновки и не факт, что выделялась энергия эфира. А в последний раз инвестор S говорил, что яркость была раз в 10 больше, чем при сварке. Это уже магнетроном не обеспечить...
[11:00:17] Кушелев Александр Юрьевич: По моей оценке рубиновый источник энергии на частоту микроволновки 2.45 ГГц должен дать типа 800 киловатт.
[11:01:33] Кушелев Александр Юрьевич: А это значит, что яркость свечения может быть такой, что фото/видео испортятся, если они не будут защищены солнечными светофильтрами. Так что нужно ещё светофильтры покупать, иначе угрохаем фото/видео.
[11:02:38] Кушелев Александр Юрьевич: На холостом ходу свечение может быть больше 400 кВт.
[11:04:26] Кушелев Александр Юрьевич: Печке, конечно, будет хана, но что поделаешь ...
[11:08:22] Перспективный инвестор : Вопрос в том что бы это случилось, а это тоже не факт )
[11:15:02] Кушелев Александр Юрьевич: Заранее нельзя сказать, где быстрее включим, в печке или от импульсного магнетрона. Но где светился один шарик (и в печке, и от ускорителя), там можно включить группу шариков или параллелепипед с зеркалами.

2016.09.14 23:04:43

2016-11-23:

[23:07:43] Vorontsov: Вот вычитал про рубиновое яйцо в книге Носовского и Фоменко "Империя" "Известно, что до вторжения Наполеона в Египет в 1798 году эта страна была в значительной мере ЗАКРЫТА ДЛЯ ПОСЕЩЕНИЯ ЕВРОПЕЙЦЕВ.
О Египте якобы IX-XIV веков имеется несколько разрозненных сообщений арабов, которые, впрочем, считаются сегодня в основном ФАНТАСТИЧЕСКИМИ ([56], с. 39-43). Например, в пирамиде был якобы найден "БАССЕЙН, наполненный ЧЕКАННЫМИ ЗОЛОТЫМИ МОНЕТАМИ... Бассейн этот, говорят, был сделан ИЗ ИЗУМРУДА" ([56], с. 39).
Кайзи - автор якобы XII века - рассказывал, что в пирамиде обнаружили "тело человека, облаченного в ЗОЛОТУЮ КИРАСУ, инкрустированную всевозможными камнями; на груди его лежал меч, которому не было цены, а в изголовье - КРАСНЫЙ РУБИН величиною с КУРИНОЕ ЯЙЦО, горевший как огонь" ([56], с. 40). "

2016.10.27 12:29:02

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Кушелев: Письмо инвесторам:
Здравствуйте!
Эксперименты в микроволновке помогли найти нужную колебательную моду и определить размеры и формы рубинового резонатора. Составной резонатор имеет нужную частоту и добротность, но при возбуждении до миллиона вольт на метр начинается пробой между блоками. Чтобы его исключить и добиться свечения и перехода в режим генерации нужно изготовить резонатор из одного куска рубина. В настоящее время собрано 170 USD. 1 кг рубина, выращенного по методу Чохральского стоит 280 USD. Если можете поучаствовать в приобретении рубина, было бы очень здОрово

2016.10 28 18:50:53

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Кушелев: Письмо руководству космической фирмы.

Здравствуйте, уважаемые коллеги!

Если Вы не в курсе, то электромагнитный двигатель без реактивной струи (Microwave Engine, Emdrive) был испытан в России, в лаборатории Наномир в 1992-ом году. Статья об испытаниях была опубликована в международном научном журнале: http://dx.doi.org/10.1108/00022660010340178

В NASA аналогичный Emdrive испытали на 22 года позже, т.е. в 2014-ом году, но уже в 2017-ом планируют испытания на околоземной орбите.

"Наука не стоит на месте". Пока Роджер Шаер предлагает испытать новую модель Emdrive из сверхпроводника (я это предлагал в 1993-ем году), в лаборатории Наномир изготовлен рубиновый двигатель (Ruby Emdrive), который при массе 0.5 грамма сможет поднять в 1000 раз больше, т.е. 0.5 кг. Объём двигателя, включая источник питания с расчётной мощностью 3 кВт занимает объём 0.5 кубического сантиметра.

Предлагаю Вам измерить параметры рубинового двигателя, в т.ч. реальную мощность и силу тяги на Вашем опытном производстве. Для этих испытаний нужен стартовый генератор, например, импульсный магнетрон на частоту 53.51 ГГц. Подойдёт и любой другой импульсный магнетрон в диапазоне от 3 до 10 мм, но в этом случае нужно будет включить номинальный ряд рубиновых генераторов, от которого уже будет включен рубиновый двигатель.

Измеренные параметры рубинового двигателя

Двигатель на стенде холодных измерений

Изготовлена часть номинального ряда рубиновых генераторов

Если Вас интересует данная тема, готов рассмотреть проект договора.

Руководитель лаборатории Наномир,
Александр Кушелев
8-926-5101703
8-903-2003424

2016.29.11 00:20:53

Создаём международный исследовательский центр Александра Кушелева

В этом центре каждый желающий может определить параметры любого устройства.
Убедиться, что сегодня на нашей планете ещё нет ни одного БТГ / СЕ.

Но есть Emdrive (Microwave Engine)
Александра Кушелева,
Роджера Шаера,
Гвидо Фетта.

На самом деле у Роджера Шаера уже 3 модели Emdrive. Последняя - сверхпроводящая.

А у меня - эволюционный ряд:

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/410.htm

Emdrive любой модели отталкивается от эфира Фарадея-Максвелла и прямым экспериментом доказывает его существование, возвращая незаконно повергнутую классическую физику Ньютона и Максвелла на пьедестал.

Ошибки физиков-создателей квантовой "механики" и "теории" относительности философские.

Квантовые "механики" обобщили ошибочность конкретной модели атома на всю классическую физику, т.е. допустили грубейшую философскую ошибку. Замена планетарной модели атома на кольцегранную, которая, наконец, подтвердилась прямым экспериментом в 2014-ом году, возвращает микромир в лоно классической механики Ньютона и Гюйгенса.

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/493.htm

Ошибка Эйнштейна - обобщение принципа относительности Галилея на скорости, сравнимые со скоростью света. Как только становится заметна звёздная аберрация, принцип относительности Галилея уже не работает.

Лоренцевы сокращения есть и в акустике, как показал Ю.Н.Иванов (Ритмодинамика) в 1982-ом году. Но переход от сокращений к преобразованиям координат - грубая философская ошибка. Судите сами. Скорость света по таблицам Кассини можно определить по формулам Галилея, а в формулы Лоренца скорость света можно только переставить из ответа, полученного по формулам Галилея. Это значит, что самостоятельного смысла формулы преобразований координат Лоренца не имеют.

Обсуждение проведённых экспериментов на Форуме Лаборатории Наномир

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Совет инвесторов Лаборатории Наномир

http://nanoworld.org.ru/topic/716/

Канал А.Ю. Кушелева на YouTube

Трансляции, эксперименты. Научные направления Лаборатории Наномир

https://www.youtube.com/channel/UCsx422KjIzwTWTBPPpwBlXQ

Инвестирование, лицензии, менеджемент, продвижение, представительство

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям 1 2 3 4 5 6 7

Доходность ПИКОСОФТА

16 октября 2016, 14:00

Пикотехнология белков

Бумажный вариант книги "ПИКОТЕХНОЛОГИЯ БЕЛКОВ" стоит в 74,90 ЕВРО.

Купить книгу "ПИКОТЕХНОЛОГИЯ БЕЛКОВ" у издателя

ПИКОТЕХНОЛОГИЯ БЕЛКОВ создана на базе открытия А.Ю.Кушелевым в 1992 году композиционного генеического кода

https://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/314915

В приложении-8 показаны примеры 100 структур белков, которые я определил за 1 рабочий день на одном персональном компьютере. Точность новой технологии (пикотехнологии) в 1000 раз выше точности нанотехнологии, скорость примерно в миллион раз быстрее. Кроме того, Рентгеном можно определять структуры только закристаллизованных белков, а это всего 3%. Остальные не присталлизуются. Для новой технологии такого ограничения нет. По старой технологии за каждую структуру белка в среднем кто-то платит 10 000 евро.

Потенциальные заказчики сообщили, что они смогут заказывать структуры в лаборатории Наномир, если будет официальное разрешение от NCBI. Такой комплект документов может стоить от 100 000 USD. Зато имея это разрешение можно зарабатывать миллион евро в день, имея один персональный компьютер. Приложение-8 с примерами белковых структур можно скачать бесплатно здесь: http://nanoworld.org.ru/topic/1150/

К 2023 году производительность компьютеров выросла, в день можно стало определять 10 000 структур, интернет пережил революционные изменения.

В 2023 года для внедрения Пикотехнологии актуальны публикации в западных рецензируемых журналах с указанием ссылок на программы моделирования структур белков, а не специальное лицензирование .

Прогноз доходности на 2015 год

2016.10.14 21:46:18

В книге, которую рецензенты советуют использовать как первый учебник по пикотехнологии, в т.ч. белков, показана работоспособность классической физики в масштабах микромира. Нанотехнология против пикотехнологии - что сабля против пулемёта:http://subscribe.ru/archive/science.new … 50955.html

Экономический эффект от внедрения пикотехнологии составит 10^17 евро за десятилетие.

В расширенном электронном варианте можно заменить статические иллюстрации на динамические 3D-модели:

2016.09.22 14:04:19

Вкусная реклама книги "Пикотехнология белков"

Приложение 8.

100 структур в формате PDB, PNG ... https://yadi.sk/d/nWEkBJRdhpP4D

На 2016-09-22 скачано 63 раза.

За каждую структуру по старой технологии заказчики платят в среднем по 10 000 евро.

100 структур, которые я определил за один рабочий день специально для публикации в книге "Пикотехнология белков", обошлись бы заказчикам в миллион евро

А список этих 100 белков был составлен Викторией Соколик:

Вы уже заказали себе бумажный вариант книги "Пикотехнология белков"?

Или Вас устроит электронный вариант, который в 10 раз дешевле?

Вкусная реклама книги "Пикотехнология белков"

Рецензенты:

д.ф.-м.н. ШУЛЬГА Сергей Михайлович;
д.б.н. БОЖОК Галина Анатольевна

Соколик В.В., Кушелев А.Ю.
С 54 Геометрия живого наномира. Пикотехнология белков / В.В. Соколик, А.Ю. Кушелев. – Харьков: Издательство, 2015. – 255 с.
ISBN 978-3-659-92862-8

Монография посвящена 3D-структуре молекул и полимеров живых систем. Дан анализ современного понимания таких фундаментальных понятий, как физический объём атома, химическая связь, генетический код. На основе статистического анализа экспериментальных данных о структуре белка обосновано кодирование его вторичной структуры и структурного полипептидного шаблона в геноме. Предложена дополненная таблица генетического кода белков и пептидов, которая легла в основу геометрического алгоритма программ декодирования структурного шаблона белка Molecular Constructor и Picotech. Сформулирована гипотеза о перекодировании информации третьего нуклеотида кодона в соответствующий ротамер пептидной связи непосредственно 3D-структурой изоакцепторной тРНК. Математический анализ сопряженности значений углов φ и ψ (карта Рамачандрана) выявил периодичность их изменения, что позволило обосновать механизм посттрансляционного фолдинга белка.
Книга рассчитана на специалистов, занимающихся исследованиями в области молекулярной биологии, биоинформатики, биохимии, биофизики.
Табл.: 36 . Ил.:117 . Библиогр.: 227 назв.

Sokolik VV, Kushelev AY
Geometry live nanoworld. Pikotechnology proteins / VV Sokolik, AY Kushelev. - Kharkov: Publishing, 2015. – 255 p.
ISBN 978-3-659-92862-8
The monograph is devoted to the 3D-structure of molecules and polymers in living systems. The analysis of the modern understanding of the fundamental concepts of the physical volume of the atom, chemical bonding, and the genetic code is presented. Based on statistical analysis of the experimental data on the protein structure is justified coding secondary structure and structural polypeptide template of protein in the genome. Propose additions table of the genetic code of proteins and peptides, which formed the basis of the geometric algorithm software decoding structural template protein, are Molecular Constructor and Picotex. The hypothesis of recoding information to third nucleotide codon in the corresponding peptide bond rotamer directly 3D-structure isoacceptors tRNA is formulated. Mathematical analysis of contingency angles φ and ψ (Ramachandran map) revealed their frequency changes as possible to substantiate the mechanism of post-translational protein folding.
The book is intended for professionals involved in research in the field of molecular biology, bioinformatics, biochemistry and biophysics.
Table: 36. Ill: 117. Refs: 227 titles.

ПРЕДИСЛОВИЕ РЕЦЕНЗЕНТОВ

В 21-м столетии в задаче моделирования нанообъектов таких как атом углерода, органические молекулы, пары комплементарных нуклеотидов и многих других используется кольцегранная модель строения атома. В монографии В.В. Соколик и А.Ю. Кушелева «Геометрия живого наномира. Пикотехнология белков» при помощи кольцегранного подхода к строению атома наглядно (образ – модель) реализуются различные виды, свойства и особенности межатомных взаимодействий, валентные углы в молекулах, разновидности химических связей и их соотношение. Кольцегранная модель реалистично объясняет гибридизацию электронов при формировании химических связей в молекулах, что является краеугольным камнем всей биохимии белкового мира, поскольку атомы углерода в состоянии sp3-гибридизации своих электронов входят в состав скелета аминокислот и таким способом детерминируют углы между химическими связями в их молекулах, а в последующем и в структуре белка в целом.

В монографии В.В. Соколик и А.Ю. Кушелева «Геометрия живого наномира. Пикотехнология белков» сформулирована идея композиционного генетического кода, кодирования ротамерии пептидной связи и структурного шаблона белка. Показано, что в геноме третьим нуклеотидом кодона детерминирован один из трёх ротамерных вариантов пептидной связи, которым аминокислотный остаток (закодированный дуплетом первых двух нуклеотидом кодона) присоединяется к растущей полипептидной цепи. Ротамерный вариант пептидной связи реализуется в процессе синтеза белка в рибосоме и поэтому с неё сходит индивидуальный структурный шаблон белка в соответствие с информацией, содержащейся в его гене. Данный механизм трансляции генетической информации является эволюционно новым. Его формирование у эукариот было обусловлено необходимостью синтеза больших и сложных белков в виде структурного шаблона, максимально приближенного к функциональной конформации этих белков, чтобы их фолдинг имел наибольшие эффективность и однозначность. У прокариот и органелл эукариот третий нуклеотид кодонов в генах небольших полипептидов ещё не является информационным, поэтому на нём и наблюдается воблирование.

Выше изложенные положения легли в основу алгоритма авторских компьютерных программ, которые по нуклеотидной последовательности мРНК позволяют смоделировать схему вторичной структуры и 3D-структуру индивидуального структурного шаблон любого белка. Эту первичную информацию о белке можно использовать в дальнейшем моделировании фолдинга функциональной конформации белка с учетом физ-химии его микроокружения, посттрансляционных модификаций, взаимодействия с лигандами методами молекулярной динамики и доккинга наравне с информацией о наиболее стабильном конформере, которую извлекают из рентгенограмм кристаллов белков. Преимущество данного подхода состоит в возможности быстрого моделирования индивидуальной пространственной структуры отдельной молекулы любого белка с точностью до электрона (пикотехнология), опираясь лишь на информацию о нём в геноме. То есть in silico воспроизводится трансляция генетической информации в индивидуальный структурный шаблон белка. Не исключено, что большинство белков именно из конформации своего структурного шаблона максимально быстро, а главное однозначно, фолдируют в нативную конформацию с минимумом свободной энергии, формиру таким образом «устойчивое большинство» конформационно лабильного белкового пула.

Авторами монографии предложен современный, точный и удобный методологический подход в арсенале молекулярной биологии для моделирования пространственной структуры белков, исходя из той информации генома о них, которой располагает сама клетка.
Итак, перед читателем книга, вводящая в мир идей и результатов, ориентированных на применение в протеомике кольцегранной модели и молекулярный полиморфизм, основанный на структурном разнообразии биомакромолекул. В этой области причудливым и невероятным образом пересекаются достижения многих областей современной науки: физики и химии, биологии и медицины, математики и информатики.

Доктор физико-математических наук С.М. Шульга

В настоящее время моделирование пептидов и белков относится к современным и востребованным методическим подходам, позволяющим не только дополнять, но и порой с успехом заменять условно гуманные эксперименты на лабораторных животных, касающиеся взаимодействия различных биогенных соединений с клеточными структурами. К сожалению, данными подходами владеют немногие естествоиспытатели, успешно работающие в своих областях наук. И в этом случае монография В.В. Соколик и А.Ю. Кушелева «Геометрия живого наномира. Пикотехнология белков» позволяет если не овладеть, то, по крайней мере, понять суть применяемых авторами методов построения моделей белков и их кодирования в геноме. Тем более, что книга очень увлекательно и доступно написана. Достигается эта легкость понимания материала тем, что в монографии четко прослеживается научная логика рассуждений и методических подходов авторов. Читателя знакомят с развитием теории строения атома, как с традиционными уже исторически устоявшимися сведениями, так и с новыми интерпретациями кольцегранной структуры атома и аппроксимации геометрии кольцегранной электронной оболочки архимедовыми телами. Авторы пользуются новой «системой координат», их пикотехнология – это технология электронного уровня, разрешение и точность которой сопоставимы с толщиной закольцованного луча-электрона (пикометр – 10-12 м) в атомах белка. Именно этот подход лежит в основе разработанного авторами геометрического алгоритма определения атомного радиуса.

Одним из важнейших итогов материала монографии В.В. Соколик и А.Ю. Кушелева является реальная возможность с помощью законов геометрии макромира рассчитывать положения атомов в молекуле, не прибегая к квантово-механическим функциям. Такие перспективы обеспечиваются ещё и закономерностями формообразования молекул, которые определены структурой внешних кольцегранных оболочек их атомов, которая, как показано авторами, типична для элементов каждой группы таблицы Менделеева. Сопоставление в монографии экспериментальных данных с представленными моделями протеиногенных аминокислот, рассчитанными геометрическим способом для шаблона многогранных моделей аминокислот, аргументирует убедительность и логичность методологии авторов. Кроме моделей самих аминокислот авторы уточняют способ объединения их в полипептидах, возможность формирования трех видов ротамеров пептидной связи (R, 0 или L-ротамеров), которые интерпретируются авторами в качестве прототипов соответствующих конформеров вторичной структуры в белках.

Через призму теории формирования внешней электронной кольцегранной оболочки атома авторы рассматривают последовательно весь геометрический процесс построения пептидов – от пространственной структуры аминокислот до вторичной конформации и этапов фолдинга белковой молекулы. Логичным фрагментом исследований, изложенных в монографии, является объяснение способа и механизма кодирования и декодирования информации о структурном шаблоне белка в геноме.

Детально охарактеризованы декодированные в программах Molecular Constructor и Picotech В.В. Соколик и А.Ю. Кушелева структурные шаблоны белков в качестве субъектов последующего фолдинга. Представлен количественный сравнительный анализ декодированных структур с соответствующими экспериментальными моделями из базы данных PDB. Особое внимание уделено способам описания пространственной структуры белка и характеристике элементов вторичной структуры, а также современным методам моделирования in silico.

Следует отметить, что данная монография актуальна не только как научный труд. Собственный интерес авторов к своей работе заражает, более чем полный массивный объем информации, увлекательная и яркая форма ее изложения и оформления делает монографию применимой также и в качестве учебника для студентов естественнонаучных специальностей, особенно таких, как биохимия, биофизика и биотехнология.

Доктор биологических наук Г.А.Божок

Вкусная реклама книги "Пикотехнология белков"

Здравствуйте.
Меня интересует вопрос, зачем при репликации удаляются праймеры? Я понимаю что это кусок рнк, был создан для начала репликации, но ведь он полностью совпадает с родительской цепочкой ДНК, зачем удалять эти нуклеотиды и вставлять такие же?

Это связано с механизмом репликации. В процессе эволюции возник механизм, который работает через удаление с последующим восстановлением.

Аналогичный механизм используется для реализации композиционного генетического кода. Это механизм трансляции: http://nanoworld88.narod.ru/data/227.htm

тРНК подплывает к рибосоме антикодоновым концом и ... срезает триплет иРНК, который находится на сайте трансляции. При этом тРНК продолжает вращаться:

По инерции тРНК может повернуться больше, чем на 360 градусов, но третье азотистое основание срезанного триплета тРНК останавливается раньше, встретив комплементарное основание композиционного сайта рибосомальной РНК. Так кодируется угол поворота аминокислоты, которая вращается вместе с тРНК на ССА-конце:

После установки аминокислоты под закодированным углом в растущую структуру белка триплет иРНК возвращается на место, и восстановленная структура иРНК продвигается на один триплет к выходу из рибосомы.

При репликации работает аналогичный механизм, который удаляет праймер. Этот праймер в отрезанном виде выполняет некую функцию, после чего надо вернуть его или его копию на место.

В 2015-ом году опубликована статья, в которой показан результат сканирования поверхности атомов с помощью АСМ (атомного силового микроскопа). Этот эксперимент подтвердил модельные эксперименты, которые привели к созданию пикотехнологии, в т.ч. белков:http://subscribe.ru/archive/science.new … 14532.html

Понятно, что это научное направление будет развиваться и поможет проследить работу не только механизма трансляции, но и механизма репликации во всех подробностях.

Вам может очень пригодиться книга "Пикотехнология белков":

Купить книгу "ПИКОТЕХНОЛОГИЯ БЕЛКОВ" у издателя

2016.12.05 16:50:57

ПЕРЕПИСКА С МЕНЕДЖЕРОМ
[21:01:05] Andrei: кстати ответ про отличие точности с нано не дан до конца
[21:01:21] Andrei: непонятно что измеряется в нано
[21:01:30] Andrei: молекулы?
[21:03:32] Andrei: есть ли конкретно две картинки одного и того же в нано и пико?
[21:03:40] Andrei: но чтобы рядом было
[21:03:42] Кушелев Александр Юрьевич: В нанометрах можно измерять и размеры атомов, молекул, и длины волн. А пикометр 10^-12 отличается от нанометра 10^-9 в 1000 раз
[21:04:44] Кушелев Александр Юрьевич: Здесь есть сравнение нанотехнологических моделей с пикотехнологическими: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm
[21:05:21] Andrei: а есть две картинки рядом чтобы было понятно людям?
[21:09:22] Кушелев Александр Юрьевич:

[21:09:54] Кушелев Александр Юрьевич: Верхняя картинка - нано, нижняя - пико
[21:10:44] Andrei: то есть нижняя картинка должны быть точкой на верхней, так?
[21:10:52] Andrei: и где эта точка?
[21:11:10] Andrei: почему нужно гадать?
[21:13:40] Кушелев Александр Юрьевич: На нижней картинке пико-точность, там видно в 1000 раз больше деталей.
[21:14:05] Кушелев Александр Юрьевич: Каждое колечко на нижней картинке - электрон. На верхней Вы электронов вообще не видите
[21:14:18] Кушелев Александр Юрьевич: Как, впрочем и целых атомов.
[21:14:32] Andrei: а что видно на верхней? как это называется?
[21:14:32] Кушелев Александр Юрьевич: На верхней картинке Вы видите только символическое изображение альфа-спиралей
[21:14:46] Andrei: хорошо, сейчас понятно
[21:18:23] Andrei: кстат и там 2 нано картинки в чем отличие?
[21:19:34] Кушелев Александр Юрьевич: Вы отличие видите?
[21:20:07] Andrei: да, спирали отличаются
[21:20:55] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[21:20:56] Andrei: вверху цветные и более растянутые
[21:21:21] Andrei: какая картинка правильней?
[21:22:53] Andrei: эти картинки сделаны в разных программах или что?
[21:23:47] Andrei: надпись на английском относится к верхней картинке?
[21:23:56] Andrei: или к нижней?
[21:25:11] Andrei: просто не хочется путать людей если спросят
[21:26:40] Andrei: по логике могу лишь сделать гадание что верхняя картинка это программа сделала а внизу видимо снимок
[21:26:50] Andrei: так?
[21:28:19] Andrei: кстати про разницу между терминами нано и пико объяснено за путанно, можно проще объяснить
[21:29:00] Andrei: это и так ясно что разница в 3 порядка и без объяснений
[21:30:12] Кушелев Александр Юрьевич: Все картинки сделаны в программах.
[21:30:53] Andrei: было бы неплохо это подписать для достоверности
[21:31:41] Andrei: там написано снимок с микроскопа, это тоже программа?
[21:32:30] Кушелев Александр Юрьевич: Изображения из под микроскопов - результат компьютерной обработки неких данных
[21:33:00] Andrei: хорошо, внизу данные из микроскопа а вверху откуда?
[21:33:47] Andrei: или это те же данные но в разных программах?
[21:35:51] Кушелев Александр Юрьевич: Мои данные из программы Пикотех.
[21:36:11] Кушелев Александр Юрьевич: Нанотехнологические данные - результат компьютерной обработки данных РСА
[21:37:18] Andrei: то есть Пикотех и нанокартинки строит?
[21:38:15] Andrei: кстати на пикокартинке не видны спирали отчетливо
[21:38:34] Andrei: так, как на нанокартинке
[21:39:00] Andrei: как так?
[21:41:00] Кушелев Александр Юрьевич: Программа Пикотех выдаёт стандартный файл с координатами атомов, по которому стандартные браузеры построят всё по нанотехнологическому стандарту. Но дополнительно выдаёт и более детальную информацию, т.е. может показать все электроны. Нанотех электроны показать не может. Да и атомы показывает не там, где они есть...
[04.12.2016 21:41:38] Andrei: так, хорошо, это я запишу себе для людей
[04.12.2016 21:43:14] Andrei: уже проясняется
[04.12.2016 21:46:25] Andrei: а такой вопрос - если два белка столкнуть вместе рядом - в этом есть какой-то смысл?
[04.12.2016 21:46:43] Andrei: бывает ли такое в реальности?
[04.12.2016 21:47:15] Andrei: как белки взаимодействуют между собой и окружающим веществом?
[04.12.2016 21:48:41] Andrei: там спирали сталкиваются ли на уровне атомов происходит взаимодействие?
[04.12.2016 22:44:02] Кушелев Александр Юрьевич: На этот вопрос даже Гугл знает ответ
[8:15:39] Andrei: http://chem21.info/info/32732/
[8:15:46] Andrei: вот что нашел
[8:17:19] Andrei: кстати а может программа расчитать четвертичную структуру?
[8:17:28] Andrei: http://www.agromage.com/stat_id.php?id=720
[11:17:21] Кушелев Александр Юрьевич: Существующая версия программы Пикотех определяет только вторичную и третичную структуры белка, причём такими, какими их делает рибосома.
[11:19:10] Andrei: А на картинке написана четверичная структура
[11:20:37] Andrei: гистон 5
[11:20:48] Andrei: там где спирали
[11:20:51] Andrei: как так?
[11:21:02] Andrei: или это опечатка?
[11:22:14] Кушелев Александр Юрьевич: Четвертичную структуру я могу определять лишь вручную
[11:22:35] Andrei: а они как сделали?
[11:23:43] Andrei: в этом их программа сильней?
[11:27:02] Кушелев Александр Юрьевич: Четвертичную структуру хорошо показывает РСА. Более того, её можно иногда увидеть даже в микроскоп
[11:28:52] Кушелев Александр Юрьевич: Программа Пикотех моделирует работу рибосомы, а рибосома делает только третичную структуру. Как потом соберутся субъединицы белков четвертичную структуру, определяет физико-химическое взаимодействие. И это не очень сложная задача, т.е. как собрать домик из блоков известной формы.
[11:29:57] Кушелев Александр Юрьевич: Наиболее востребована именно третичная структура, которая собирается программой Пикотех автоматически. Именно эти результаты Пикотех я и предлагаю делать на заказ. Всё остальное не так эффективно.

Инвестирование, лицензии, менеджемент, продвижение, представительство

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям 1 2 3 4 5 6 7

Конкурс CASP December 2017

16 октября 2016, 14:22

Пикотехнология белков

2016.10.12 22:26:13

Формы, механизмы, энергия наномира

Victoriy пишет:

Приглашение на очередную 12-ю CASP конференцию (на этот раз в Италии) December 10-13th 2016, Gaeta (Italy)
Правда регистрационный взнос в 1000 евро и это без дороги -- кусается .

CASP: Early bird registration deadline for the CASP12 meeting is October 10th
A reminder that the deadline for early bird registration for the CASP12 meeting in Gaeta is now very close - next Monday October 10th.

The second planning meeting, in which the assessors present their preliminary findings to the organizers, was held a couple of weeks ago, and there is some pretty exciting stuff. In particular, looks like substantial improvement in average "new fold" model accuracy, probably due to the new co-evolution methods. The new "is the model as good as experiment for understanding function" category has a team of four assessors, led by Russ Altman, and should produce substantial insights. Very intriguing comparisons between SAXS data, experimental structures, and models. Again we have a collaboration with CAPRI for modeling assemblies, with a more substantial body of data than previously. And, of course, many interesting results in comparative modeling, refinement, and accuracy estimation.

Registration: http://www.cevs.ucdavis.edu/confreg/ind … webid=4026

Specifics of the travel arrangements:
http://predictioncenter.org/casp12/meet … ctions.cgi

Additional information:

12th CASP Meeting
December 10-13th 2016, Gaeta (Italy)

The meeting concludes the 12th international CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) experiment. The goal of the meeting is to discuss the state of the art of methods for predicting protein structure, assembly, and function from sequence, reporting and discussing the results of a blind assessment.

Confirmed invited speakers:
Russ Altman - Stanford University - USA
Alexandre Bonvin - Utrecht University - NL
Guido Capitani - Paul Scherrer Institut - CH
Matteo Dal Peraro - Ecole Polytechnique Federale de Lausanne - CH
Edward H. Egelman - University of Virginia - USA
Francesco Gervasio - UCL - UK
Michael Levitt - Stanford University - USA

Location

The meeting will be held at Hotel Serapo (www. http://www.hotelserapo.com/en/), on the slopes of the Natural Park of Monte Orlando in a beautiful and panoramic corner overlooking Serapo Beach, very close to the city center and the old town of Gaeta.

The city itself, the so-called Ulysses Riviera, is embedded in a fascinating area, full of surprises, natural beauties, history, art and culture. It is conveniently located between Rome and Naples. It overlooks the Tyrrhenian Sea. Its history as a resort dates back to Imperial Rome. Nearby sites include the first-century BC mausoleum of general Lucius Munatius Plancus. Its old town is mostly medieval, showcased by narrow alleys, the massive 13th-century castle and the 12th-century Cathedral of Assunta e Sant"Erasmo.

Registration details:
Deadline for early bird registration: October 10th, 2016
Deadline for late registration: November 14th, 2016

Registration fees (***):
Separate room Shared room
Early bird registration US$ 975 / ~850 Euro US$ 870 / ~750 Euro
Late registration US$ 1,125 / ~1000 Euro US$ 1,020 / ~900 Euro
Accompanying person (*) US$ 340 / ~300 Euro
Extra day before or after the meeting (**): US$ 90 / ~80 Euro per person

(*) Includes accommodation and full board for the period of the conference and Gala Dinner.
(**) Includes accommodation and full board.
(***) Depending on the resources available, some students might be entitled to receive a partial refund of the registration fee. Eligible registered applicants will be contacted after the early registration deadline. The amount of reimbursement will depend upon available financial resources.

Кушелев: Я бы очень хотел, чтобы Виктория Соколик, богиня пикотехнологии (а теперь ещё и богиня вечной молодости!) сделала доклад на конференции CASP. Ведь после создания пикотехнологии нанотехнология безвозвратно устарела. Это значит, что все, кто сегодня вкладывают в устаревшую нанотехнологию, выбрасывают деньги на ветер, а могли бы вложить в современную пикотехнологию и поднять нашу цивилизацию на новую ступень развития.

Структура 1VOL Пикотехнологическая модель двух белков комплекса

25 декабря 2016, 16:37

Пикотехнология белков

2016.12.12 17:59:23

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Andrei01 пишет:

Вот запрос от специалиста. Вы понимаете вопрос?

the requested protein code (it is publicly available data base) which is in our use. Please provide 2D & 3D predictions results files and also the Simulation time for calculating it.
The query PDB code is 1VOL.
The protein sequence can be retrieved from the PDB.
I would like to get as result from the new prediction method a pdb file based on the protein sequence.

Kushelev: We need RNA-sequence for this protein.

2016.12.12 18:04:16

Kushelev: We need RNA-sequence for this protein.

А из публичной базы данный как они говорят вы не можете это извлечь по коду?

Виктория может. Так что если им самим лень, пусть ждут Викторию

2016.12.12 18:10:30

Этот белок?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=1VOL

Какая последовательность из 4?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=1VOL

2016.12.12 18:12:44

Попросите, чтобы они дали ссылку на конкретную последовательность типа такой: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/19 … rt=genbank

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1VOL_C

2016.12.12 18:14:49

Andrei01 пишет:

А разве у одного белка есть разные последовательности? Вам виднее должно быть, вы же эксперт...

Как видите, белков с общим названием 1VOL не один. Так что просите ссылку на конкретную нуклеотидную последовательность.

2016.12.12 18:16:50

Andrei01 пишет:

Это разные белки или один с разынми модификациями? Сначала подумайте и посоветуйтесь со специалистами, не хочу им глупые вопросы задавать

Кушелев: Если нужно, я могу и обе последовательности отработать.

ggctataaaa gggctg
cagccctttt atagcc

Уточните, это то, что им нужно или это что-то ненужное?

Объясните, что нам в качестве входных данных нужен такой код. Если они не могут его предоставить, то мы не сможем определить структуру.

2016.12.12 18:20:04

Andrei01 пишет:

Я конечно могу их спросить, но если окажется что вопрос глупый и это спрашивает явно дилетант, то все впечатление будет испорчено и они поймут с кем имеют дело. Оно вам нужно?

Вы им объясните, что нам в качестве входных данных нужна конкретная нуклеотидная последовательность (RNA-Sequence). Если они не могут её предоставить, то мы не сможем определить структуру интересующего их белка.

2016.12.12 18:25:11

Andrei01 пишет:

Ладно уточню, если окажется что вопрос глупый ну пусть так

Вы объясните, что мы не научились ещё читать их мысли. Если они утверждают конкретную нуклеотидную последовательность, мы её отрабатываем. Если это не то, что им нужно, тогда зачем зря напрягаться?

2016.12.12 18:46:11

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Andrei01 пишет:

Вот тут только один такой белок
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/pdb/1VOL

Кушелев

Мне нужно понять, это те последовательности, которые кодируют интересующую их структуру белка или это к делу не относится?

ggctataaaa gggctg

cagccctttt atagcc

Во-первых, настораживает число букв = 16. Оно не кратно 3, т.е. кодинует нецелое число аминокислотных остатков. Вполне может быть, что их интересует совсем другая структура с другим генетическим кодом.

2016.12.12 18:49:52

Andrei01

Считаете в базе данных этого белка ошибка?

Кушелев: Я не знаю. Но каждая аминокислота, точнее аминокислотный остаток кодируется триплетом, т.е. тремя буквами генетического кода. В нашем случае я вижу 16 символов

2016.12.12 19:01:59

Andrei01

А может вы что-то не знаете про такие белки? Может это специально такой белок выбрали на засыпку?

Кушелев

Зачем нам засыпки? Пусть присылают нуклеотидную последовательность интересующего их белка, а мы пришлём PDB-файл и 3D-модель (пикотехнологический паспорт).

2016.12.12 19:08:51

Andrei01 пишет:

Так там ведь число 16 вам не нравится, которого быть не может в природе... программа это проглотит?

Кушелев: Судя по 3D модели этого белка, он состоит из десятков аминокислотных остатков. А это значит, что нуклеотидная последовательность. Которая кодирует этот белок (возможно по частям) состоит из сотни букв. Если нам пришлют последовательность этих букв, то мы сможем определить структуру. Если не пришлют, то не сможем.

2016.12.12 19:17:07

Andrei01 пишет:

Так значит 2 последовательности, которые написаны в базе данных их недостаточно?

Кушелев: Я так понял, что перед нами комплекс, состоящий из двух одноцепочечных молекул РНК и двух субъединиц белка. Одноцепочечные РНК имеют длину по 16 нуклеотидов, а субъединицы белка состоят из 204 и 200 аминокислотных остатков соответственно. Мы можем определить структуры субъединиц белка в автоматическом режиме, если нам пришлют их нуклеотидные последовательности длиной 3*204 и 3*200 букв соответственно. Что касается структур РНК и комплекса, состоящего из двух РНК и двух субъединиц бекла, то это уже ручная работа, которая может дать положительный результат, может не дать. Как повезёт

2016.12.12 19:37:26

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Андрей, объясните заказчикам, что мы готовы определять вторичную и третичную структуру белков. Четвертичную и структуру комплексов мы можем пробовать определять в ручном режиме, но в качестве научных исследований, т.е. если нам это будет интересно.

Четвертичная структура (димер) интерлейкина-34 в динамике (с конкурса CASP) и четвертичная структура инсулина (гексамер активной формы).

2016.12.12 19:48:45

Andrei01 пишет:

Так сначала 3D структуру определите... никто еще не просил 4D

Кушелев: Не проблема. Пусть шлют последовательности 3*204 букв и 3*200 букв. Определю структуру двух субъединиц комплекса 1VOL.

Andrei01 пишет:

в задании требуется использовать protein sequence

Кушелев: В последовательности аминокислот (она есть на сайте) не содержится данных о структуре белка.

В качестве входных данных нам нужна только нуклеотидная последовательность. Если она для этого белка ещё не определена, то мы не сможем определить его структуру.

2016.12.12 19:52:31

Andrei01 пишет:Kushelev пишет:

Мы можем определить структуры субъединиц белка в автоматическом режиме, если нам пришлют их нуклеотидные последовательности длиной 3*204 и 3*200 букв соответственно.

Вот ведь все послдовательности
https://files.rcsb.org/download/1VOL.pdb

Кушелев: В файле PDB есть аминокислотная последовательность и координаты атомов. А наши входные данные - нуклеотидная последовательность белковой молекулы (генетический код, RNA-sequence).

2016.12.12 20:00:52

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Andrei01 пишет:

Так их что нет в базе или как?

КУшелев: Я сам искать коды особенно не умею. Это умеет Виктория. Если найдёт, значит найдёт, если нет, значит нет. Но у нашего заказчика вполне может быть генетический код интересующего их белка. Вы открытым текстом напишите им, что входными данными для нас является RNA-sequence. Если её нет, то мы не сможем определить структуру белка.

2016.12.13 00:58:19

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Andrei01 пишет:

А если вдруг нет этой RNA-sequence, то как ее находят на практике? Секвенированием?

Кушелев: Если учесть, что весь геном человека уже прочтён, то последовательность в геноме можно найти через аминокислотную последовательность. Она даёт первые два символа из трёх для каждого аминокислотного остатка белка.

2016.12.13 01:01:12

Andrei01 пишет:

"Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB)."

Andrei01 пишет:

Вот дали код белка и сразу приехали....

Кушелев: Чтобы извлечь код из генома, нужно иметь весь геном Но Вы не переживайте. Заказчик обычно имеет кодирующую последовательность интересующего его белка. Так что спрашивайте заказчика, не стесняйтесь.

2016.12.13 01:03:42

Victoriy

Покопавшись в базах мне удалось выяснить следующее:
В комплексе 1VOL
для транскрипционного фактора TFIIB -- UniProtKB - Q00403 (TF2B_HUMAN) (319 а.о.)

MASTSRLDALPRVTCPNHPDAILVEDYRAGDMICPECGLVVGDRVIDVGSEWRTFSNDKATKDPSRVGDSQNPLLSDGDLSTMIGKGTGAASFDEFGNSKYQNRRTMSSSDRAMMNAFKEITTMADRINLPRNIVDRTNNLFKQVYEQKSLKGRANDAIASACLYIACRQEGVPRTFKEICAVSRISKKEIGRCFKLILKALETSVDLITTGDFMSRFCSNLCLPKQVQMAATHIARKAVELDLVPGRSPISVAAAAIYMASQASAEKRTQKEIGDIAGVADVTIRQSYRLIYPRAPDLF
PTDFKFDTPVDKLPQL

>ENA|AAA61149|AAA61149.1 Homo sapiens (human) transcription factor
ATGGCGTCTACCAGCCGTTTGGATGCTCTTCCAAGAGTCACATGTCCAAACCATCCAGAT
GCGATTTTAGTGGAGGACTACAGAGCCGGTGATATGATCTGTCCTGAATGTGGCTTGGTT
GTAGGTGACCGGGTTATTGATGTGGGATCTGAATGGCGAACTTTCAGCAATGACAAAGCA
ACAAAAGATCCATCTCGAGTTGGAGATTCTCAGAATCCTCTTCTGAGTGATGGAGATTTG
TCTACCATGATTGGCAAGGGCACAGGAGCTGCAAGTTTTGACGAATTTGGCAATTCTAAG
TACCAGAATCGGAGAACAATGAGCAGTTCTGATCGGGCAATGATGAATGCATTCAAAGAA
ATCACTACCATGGCAGACAGAATCAATCTACCTCGAAATATAGTTGATCGAACAAATAAT
TTATTCAAGCAAGTATATGAACAGAAGAGCCTGAAGGGAAGAGCTAATGATGCTATAGCT
TCTGCTTGTCTCTATATTGCCTGTAGACAAGAAGGGGTTCCTAGGACATTTAAAGAAATA
TGTGCCGTATCACGAATTTCTAAGAAAGAAATTGGTCGGTGTTTTAAACTTATTTTGAAA
GCGCTAGAAACCAGTGTGGATTTGATTACAACTGGGGACTTCATGTCCAGGTTCTGTTCC
AACCTTTGTCTTCCTAAACAAGTACAGATGGCAGCTACACATATAGCCCGTAAAGCTGTG
GAATTGGACTTGGTTCCTGGGAGGAGCCCCATCTCTGTGGCAGCGGCAGCTATTTACATG
GCCTCACAGGCATCAGCTGAAAAGAGGACCCAAAAAGAAATTGGAGATATTGCTGGTGTT
GCTGATGTTACAATCAGACAGTCCTATAGACTGATCTATCCTCGAGCCCCAGATCTGTTT
CCTACAGACTTCAAATTTGACACCCCAGTGGACAAACTACCACAGCTA

было выбрано только последние 204 а.о.:

AMMNAFKEITTMADRINLPRNIVDRTNNLFKQVYEQKSLKGRANDAIASACLYIACRQEGVPRTFKEICAVSRISKKEIGRCFKLILKALETSVDLITTGDFMSRFCSNLCLPKQVQMAATHIARKAVELDLVPGRSPISVAAAAIYMASQASAEKRTQKEIGDIAGVADVTIRQSYRLIYPRAPDLFPTDFKFDTPVDKLPQL

нуклеотидная последовательность этого куска такая:

GCAATGATGAATGCATTCAAAGAA
ATCACTACCATGGCAGACAGAATCAATCTACCTCGAAATATAGTTGATCGAACAAATAAT
TTATTCAAGCAAGTATATGAACAGAAGAGCCTGAAGGGAAGAGCTAATGATGCTATAGCT
TCTGCTTGTCTCTATATTGCCTGTAGACAAGAAGGGGTTCCTAGGACATTTAAAGAAATA
TGTGCCGTATCACGAATTTCTAAGAAAGAAATTGGTCGGTGTTTTAAACTTATTTTGAAA
GCGCTAGAAACCAGTGTGGATTTGATTACAACTGGGGACTTCATGTCCAGGTTCTGTTCC
AACCTTTGTCTTCCTAAACAAGTACAGATGGCAGCTACACATATAGCCCGTAAAGCTGTG
GAATTGGACTTGGTTCCTGGGAGGAGCCCCATCTCTGTGGCAGCGGCAGCTATTTACATG
GCCTCACAGGCATCAGCTGAAAAGAGGACCCAAAAAGAAATTGGAGATATTGCTGGTGTT
GCTGATGTTACAATCAGACAGTCCTATAGACTGATCTATCCTCGAGCCCCAGATCTGTTT
CCTACAGACTTCAAATTTGACACCCCAGTGGACAAACTACCACAGCTA

Для TBP (TATA BINDING PROTEIN) – UniProtKB - P28147 (TBP1_ARATH) (200 а.о.) в комплексе 1VOL представлено 187 а.о. без 11 первых и 2-х последних. Кроме этого взяли последовательность TBP1, которая отличается от TBP2 качественно, но не количественно, ну и структурой конечно.

Для всего белка
>sp|P28147|TBP1_ARATH TATA-box-binding protein 1 OS=Arabidopsis thaliana GN=TBP1 PE=1 SV=1
MTDQGLEGSNPVDLSKHPSGIVPTLQNIVSTVNLDCKLDLKAIALQARNAEYNPKRFAAV
IMRIREPKTTALIFASGKMVCTGAKSEDFSKMAARKYARIVQKLGFPAKFKDFKIQNIVG
SCDVKFPIRLEGLAYSHAAFSSYEPELFPGLIYRMKVPKIVLLIFVSGKIVITGAKMRDE
TYKAFENIYPVLSEFRKIQQ

>ENA|AAR28027|AAR28027.1 Arabidopsis thaliana (thale cress) partial TBP1
ATGACTGATCAAGGATTGGAAGGGAGTAATCCAGTTGATCTTAGCAAGCATCCTTCAGGG
ATTGTTCCTACTCTTCAAAACATTGTCTCCACGGTGAACTTAGACTGCAAGCTAGATCTT
AAAGCCATAGCTTTGCAGGCTCGGAATGCTGAATATAATCCCAAGCGTTTTGCTGCGGTG
ATAATGAGGATCAGAGAACCGAAGACTACAGCATTAATATTCGCCTCAGGGAAAATGGTC
TGTACTGGAGCTAAGAGCGAGGACTTTTCGAAGATGGCTGCTAGAAAGTATGCTAGGATT
GTGCAGAAATTGGGATTCCCTGCAAAATTCAAGGATTTCAAGATTCAGAATATTGTAGGT
TCTTGTGATGTCAAATTCCCTATAAGACTTGAAGGTCTTGCTTACTCTCACGCTGCTTTC
TCAAGTTATGAGCCCGAGCTCTTCCCAGGGCTGATTTATAGGATGAAAGTCCCAAAAATC
GTCCTTCTAATCTTTGTCTCTGGGAAGATCGTAATAACAGGAGCCAAGATGAGAGATGAG
ACCTACAAAGCCTTTGAGAATATATACCCCGTGCTCTCGGAATTCAGAAAGATACAGCAA

Для его части (187 а.о.)
VDLSKHPSGIVPTLQNIVSTVNLDCKLDLKAIALQARNAEYNPKRFAAV
IMRIREPKTTALIFASGKMVCTGAKSEDFSKMAARKYARIVQKLGFPAKFKDFKIQNIVG
SCDVKFPIRLEGLAYSHAAFSSYEPELFPGLIYRMKVPKIVLLIFVSGKIVITGAKMRDE
TYKAFENIYPVLSEFRKI

нуклеотидная последовательность
GTTGATCTTAGCAAGCATCCTTCAGGG
ATTGTTCCTACTCTTCAAAACATTGTCTCCACGGTGAACTTAGACTGCAAGCTAGATCTT
AAAGCCATAGCTTTGCAGGCTCGGAATGCTGAATATAATCCCAAGCGTTTTGCTGCGGTG
ATAATGAGGATCAGAGAACCGAAGACTACAGCATTAATATTCGCCTCAGGGAAAATGGTC
TGTACTGGAGCTAAGAGCGAGGACTTTTCGAAGATGGCTGCTAGAAAGTATGCTAGGATT
GTGCAGAAATTGGGATTCCCTGCAAAATTCAAGGATTTCAAGATTCAGAATATTGTAGGT
TCTTGTGATGTCAAATTCCCTATAAGACTTGAAGGTCTTGCTTACTCTCACGCTGCTTTC
TCAAGTTATGAGCCCGAGCTCTTCCCAGGGCTGATTTATAGGATGAAAGTCCCAAAAATC
GTCCTTCTAATCTTTGTCTCTGGGAAGATCGTAATAACAGGAGCCAAGATGAGAGATGAG
ACCTACAAAGCCTTTGAGAATATATACCCCGTGCTCTCGGAATTCAGAAAGATA

Надо моделировать полные версии обоих белков отдельно и посмотреть на их комплекс. Влепить в комплекс ДНК я затруднюсь. Куски белков TFIIB (204 а.о) и TBP (187 а.о.) необходимы лишь для автоматического режима сравнения структур, но их имеет смысл предоставить заказчику наряду с полноразмерными протеиновыми моделями.

Моделированием займемся завтра.

2016.12.13 02:52:10

Victoriy

Не удержалась и смоделировала оба белка из 1VOL комплекса: [

1VOL.jpg

Андрей, спросите у заказчика, работают ли они с молекулярной динамикой и доккингом больших белков. И ещё предупредите, что в моделях структурных шаблонов есть клэш (перекрывание атомов далекоотстоящих друг от друга) и однотипные значения углов. Если её это не смутит и не напугает с непривычки (я уже наблюдала такую реакцию), то я подскажу как с этим справиться. Даже если модели будут разлетаться при оптимизации методами МД, есть способ пошаговой оптимизации с учетом географии медленных кодонов.

2016.12.13 10:31:58

Andrei01 пишет:Kushelev пишет:

Victoriy пишет:

Кушелев: Благодарю!

Можете ли растолковать на человеческом языке, что значит "Влепить в комплекс ДНК я затруднюсь"?
То есть, даже если имеем все необходимые данные по RNA, то все равно неизвестно как слепить 3D структуру этого белка?

Кушелев: С третичной структурой белка проблем нет. Виктория говорит о ручной работе, связанной с определением структуры РНК/ДНК. Ведь это не белок, и мы не можем определить её трёхмерную структуру автоматически. Да и вручную это не всегда возможно. Естественно, что задача определения четвертичной структуры комплекса, куда входят две субъединицы белка и две РНК или ДНК - это более сложная задача, чем определение вторичной и третичной структуры белка. Мы берёмся только за вторичную и третичную структуру белка. Более сложные задачи мы можем пытаться решать, если это нам интересно в научном плане. Их сложность значительно выше, требует "ручной работы", так что это - отдельный разговор...

2016.12.13 10:38:17

Уважаемая Виктория!
Вы смоделировали структуры белков с помощью алгоритма, который учитывает коды 310-спирали или не учитывает?

2016.12.13 12:16:48

Andrei01 пишет:

Виктория, а время вычисления и файл pdb можно получить, согласно заданию?

Кушелев: Время тратится главным образом на подготовку данных, т.е. в данном случае нужно было найти нуклеотидные последовательности, переформатировать их так, чтобы существующие версии программ их поняли. Дело в том, что форматов данных существует много, стандарты меняются, поэтому приходится согласовывать новое представление данных с нашими программами. Далее нужно несколько минут, чтобы программа сформировала по аглоритму PDB-файл с координатами атомов (современный стандарт). В этот файл нужно вручную занести комментарии. Кроме того мы делаем пикотехнологический паспорт молекулы, т.е. пространственную структуру с точностью до пикометра, где виден каждый электрон. Далее эта пикотехнологическая модель поворачивается и создаётся анимация, чтобы исследователи могли полнее представить себе молекулу в пространстве. Мы можем определить активные центры белковой молекулы по характерным звукам, сопутствующим сборке белковой молекулы. Иногда можно заметить и другие нюансы, исследуя 3D-модель пикотехнологической точности. Обычно достаточно одного рабочего дня, чтобы в первом приближении исследовать структуру белковой молекулы. А получить PDB-файлы 100 белков можно тоже за один рабочий день.

2016.12.13 12:46:50

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Кушелев: Вот так выглядит входной файл одного из двух белков комплекса 1VOL для существующих версий программ 2D и 3D Пикотех:

FT CDS 1..957
ATGGCGTCTA CCAGCCGTTT GGATGCTCTT CCAAGAGTCA CATGTCCAAA CCATCCAGAT
GCGATTTTAG TGGAGGACTA CAGAGCCGGT GATATGATCT GTCCTGAATG TGGCTTGGTT
GTAGGTGACC GGGTTATTGA TGTGGGATCT GAATGGCGAA CTTTCAGCAA TGACAAAGCA
ACAAAAGATC CATCTCGAGT TGGAGATTCT CAGAATCCTC TTCTGAGTGA TGGAGATTTG
TCTACCATGA TTGGCAAGGG CACAGGAGCT GCAAGTTTTG ACGAATTTGG CAATTCTAAG
TACCAGAATC GGAGAACAAT GAGCAGTTCT GATCGGGCAA TGATGAATGC ATTCAAAGAA
ATCACTACCA TGGCAGACAG AATCAATCTA CCTCGAAATA TAGTTGATCG AACAAATAAT
TTATTCAAGC AAGTATATGA ACAGAAGAGC CTGAAGGGAA GAGCTAATGA TGCTATAGCT
TCTGCTTGTC TCTATATTGC CTGTAGACAA GAAGGGGTTC CTAGGACATT TAAAGAAATA
TGTGCCGTAT CACGAATTTC TAAGAAAGAA ATTGGTCGGT GTTTTAAACT TATTTTGAAA
GCGCTAGAAA CCAGTGTGGA TTTGATTACA ACTGGGGACT TCATGTCCAG GTTCTGTTCC
AACCTTTGTC TTCCTAAACA AGTACAGATG GCAGCTACAC ATATAGCCCG TAAAGCTGTG
GAATTGGACT TGGTTCCTGG GAGGAGCCCC ATCTCTGTGG CAGCGGCAGC TATTTACATG
GCCTCACAGG CATCAGCTGA AAAGAGGACC CAAAAAGAAA TTGGAGATAT TGCTGGTGTT
GCTGATGTTA CAATCAGACA GTCCTATAGA CTGATCTATC CTCGAGCCCC AGATCTGTTT
CCTACAGACT TCAAATTTGA CACCCCAGTG GACAAACTAC CACAGCTA
//

Так выглядит вторичная структура этого белка по версии Кушелева (левая колонка цветных полос) и Соколик (правая колонка цветных полос):

Три ортогональные проекции 3D-модели белка:

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/42618/1 … d_orig.jpg

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/170815/ … e_orig.jpg

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/41340/1 … 0_orig.jpg

Анимация: https://cloud.mail.ru/public/KJ8y/1yG19gQTW

PDB-файл с координатами атомов: https://cloud.mail.ru/public/CFfm/qjhzdX63v

2016.12.13 13:29:30

Andrei01: Почему у вас разные спирали? Спираль либо есть либо нет либо фантазия?

2016.12.13 13:41:27

Andrei01 пишет:

Почему у вас разные спирали? Спираль либо есть либо нет либо фантазия?

Кушелев: Вы имеете в виду, почему по моему алгоритму программа определения вторичной структуры показывает, например, 310-спираль (красную узкую) или пи-спираль синего цвета, а по алгоритму Виктории Соколик не показывает?

На это Виктория Соколик сказала: "Мы получим одинаковый результат, но разными способами"

Третичная структура, полученная по алгоритму Виктории Соколик отличается от третичной структуры, полученной по алгоритму Александра Кушелева. Так что заказчик имеет возможность сравнить и решить, воспользоваться ему одним из вариантов, который он посчитает более правильным или использовать оба варианта.

"Наука не стоит на месте", поэтому алгоритмы будут эволюционировать и в будущем. В настоящее время они упрощённые, но Вы видите, что даже разные алгоритмы (Кушелева и Соколик) дают похожие результаты. Какой из них более правильный - покажет время. На международном конкурсе CASP результаты работы алгоритмов Кушелева и Соколик вписались в общую схему, т.е. пока не удалось выяснить, какой из алгоритмов лучше соответствует данным РСА, а данные РСА в свою очередь могут хуже соответствовать реальности, чем данные, скажем, программы Пикотех

2016.12.13 13:44:10

Какой критерий правильности алгоритма?

2016.12.13 13:49:40

Код второго белка (TBP1) комплекса 1VOL:

FT CDS 1..600
ATGACTGATC AAGGATTGGA AGGGAGTAAT CCAGTTGATC TTAGCAAGCA TCCTTCAGGG
ATTGTTCCTA CTCTTCAAAA CATTGTCTCC ACGGTGAACT TAGACTGCAA GCTAGATCTT
AAAGCCATAG CTTTGCAGGC TCGGAATGCT GAATATAATC CCAAGCGTTT TGCTGCGGTG
ATAATGAGGA TCAGAGAACC GAAGACTACA GCATTAATAT TCGCCTCAGG GAAAATGGTC
TGTACTGGAG CTAAGAGCGA GGACTTTTCG AAGATGGCTG CTAGAAAGTA TGCTAGGATT
GTGCAGAAAT TGGGATTCCC TGCAAAATTC AAGGATTTCA AGATTCAGAA TATTGTAGGT
TCTTGTGATG TCAAATTCCC TATAAGACTT GAAGGTCTTG CTTACTCTCA CGCTGCTTTC
TCAAGTTATG AGCCCGAGCT CTTCCCAGGG CTGATTTATA GGATGAAAGT CCCAAAAATC
GTCCTTCTAA TCTTTGTCTC TGGGAAGATC GTAATAACAG GAGCCAAGAT GAGAGATGAG
ACCTACAAAG CCTTTGAGAA TATATACCCC GTGCTCTCGG AATTCAGAAA GATACAGCAA
//

Вторичная структура белка (TBP1):

Три ортогональные проекции третичной структуры белка TBP1:

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/42385/1 … 9_orig.jpg

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/57422/1 … 9_orig.jpg

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/56621/1 … 5_orig.jpg

Анимация третичной структуры белка TBP1: https://cloud.mail.ru/public/24yd/Z4zL3JV7c

PDB-файл с координатами атомов: https://cloud.mail.ru/public/G8ec/vgprssf2g

2016.12.13 13:52:19

Andrei01 пишет:

Какой критерий правильности алгоритма?

Кушелев: К сожалению, метод рентгеноструктурного анализа (РСА) слишком грубый, чтобы отличить результаты работы алгоритма Виктории Соколик от результата работы алгоритма Александра Кушелева.

РСА фактически может ответить на вопрос: Есть альфа-спираль или её нет. Алгоритм Виктории Соколик на этом уровне не отличается от алгоритма Александра Кушелева.

Более тонкие критерии нужно ещё найти.

2016.12.13 13:55:19

Andrei01 Так РСА может ответить на вопрос про спираль или нет? Как может быть что спирали нет? Все в воздухе висит там?

2016.12.13 14:03:54

Andrei01 пишет:

Так РСА может ответить на вопрос про спираль или нет? Как может быть что спирали нет? Все в воздухе висит там?

Кушелев: Виктория говорит, что в её алгоритме третичная структура получается в результате дополнительной обработки, фолдинга. Типа того, что вторичная структура формируется не по таблице композиционного генетического кода, а в результате взаимодействия радикалов аминокислот. Эту гипотезу и предстоит ещё проверить.

В моём алгоритме вторичная и третичная структуры белковой молекулы формируются сразу, т.е. их можно определить по таблице композиционного генетического кода.

А у Виктории другая таблица, где не все коды соответствуют структуре. А дальше нужно анализировать её фразу: "Мы получим одинаковые результаты, но разными способами"

Что касается РСА, то он видит только спирали. Более тонкую структуру белка он не видит, но она безусловно есть, и программа Пикотех показывает одинаково хорошо как спиральные участки, так и все остальные.

2016.12.13 16:49:48

Вот что ответила эксперт на вопрос какой белок считать.
The 1VOL is a structure which contains 4 chains(parts) as can be seen in the attached figure.
Each chain in different color.
I'm intrested in chains A and B (the green and light blue in the figure) which are both protein chains and not nucleotiteds.
The 2 other chains (yellow and magneta)
ggctataaaa gggctg
cagccctttt atagcc
are nocleotides and DNA or RNA but not proteins.

2016.12.13 16:55:49

Кушелев: Обратите внимание на то, что программа Пикотех в автоматическом режиме(!) построила внешне похожие по форме структуру белковых молекул из комплекса 1VOL.
На картинке из PDB мы видим альфа-спирали.
По данным программы Пикотех их нет. Это говорит о том, что данные из PDB имеют систематические ошибки, т.е. авторы, анализирующие данные РСА пытаются изображать структуру белка из альфа-спиралей, а в реальности их там нет

2016.12.13 17:07:01

Кстати, пикотехнология белков - это модельно-экспериментальный метод. И как Вы можете убедиться, он в автоматическом режиме показывает правильные контуры белковых молекул. В таком случае он не может показывать неправильно тонкую структуру белка, т.к. она является основой, на которой получены контуры молекулы.

2016.12.13 17:15:01

Skype, 2016-12-13:

[14:14:38] Andrei: Так обе версии Виктория даст?
[14:17:01] Кушелев Александр Юрьевич: Я свою версию уже выложил на форум
[14:17:33] Кушелев Александр Юрьевич: А Виктория может переслать Вам свой вариант PDB-файлов и т.д.
[15:51:04] Andrei: А где pdb файл ваш там?
[15:57:17] Andrei: Также нужно точное время вычислений компьютером
[16:38:00] Кушелев Александр Юрьевич:
https://cloud.mail.ru/public/CFfm/qjhzdX63v
https://cloud.mail.ru/public/G8ec/vgprssf2g
[16:38:26] Кушелев Александр Юрьевич: Это два PDB-файла двух белковых молекул, входящих в комплекс 1VOL
[16:38:43] Кушелев Александр Юрьевич: Точное время вычисления я сказать не могу, но не больше 1 секунды
[16:39:02] Кушелев Александр Юрьевич: Речь идёт о вычислении координат атомов и записи PDB-файла
[16:40:56] Кушелев Александр Юрьевич: Что касается построения пикотехнологической модели, которая выглядит так:
https://cloud.mail.ru/public/KJ8y/1yG19gQTW
https://cloud.mail.ru/public/24yd/Z4zL3JV7c
то на это может уйти несколько минут. Чем больше аминокислот, тем дольше 3DS Max будет строить модель.

2016.12.13 18:07:49

Kushelev пишет:

А.Ю., Вы знаете ответ на свой вопрос. Напомню, что третий нуклеотид кодонов детерминирует лишь один из трех разновидностей вторичных структур в белке: спираль, бета-тяж или поворот. За разновидности спиралей отвечает специфика хвостов аминокислотных остатков в них входящих. А это уже не к коду, а к фолдингу.

2016.12.16 02:57:51

Татьяна Рясина пишет:

Про потенциальную заказчицу
На основании её постановки задания вы можете догадаться, что именно она исследует и какой результат хочет получить или проверить? И какие свойства ей нужно предсказать?

Кушелев: Она исследует комплекс 1VOL, состоящий из двух субъединиц белка и двух одноцепочечных РНК или ДНК. Цель таких исследований обычно заключается в понимании механизма взаимодействия белков с ДНК/РНК. Правильные модели безусловно могут дать больше информации об этом, чем неправильные. Поэтому я и планирую в ближайшее время создать PDB-файлы ДНК/РНК и всего комплекса 1VOL. По существу такая работа может привести к важным научным открытиям. Сейчас нобелевские премии присуждаются за менее важные и менее достоверные открытия

2016.12.20 10:47:12

[9:37:56] Andrei: так что там в PDB про электронный слой есть?
[10:16:25] Кушелев Александр Юрьевич: В PDB-стандарте задаются только координаты атомных ядер. Чтобы задать координаты электронов, нужно менять стандарт.
[10:16:51] Andrei: а расширить его можно?
[10:17:33] Кушелев Александр Юрьевич: Да. В рассылке я опубликовал проект стандарта PPDB
[10:17:37] Andrei: что дадут электроны как добавка?
[10:17:56] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld88.narod.ru/data/297.htm
[10:18:11] Кушелев Александр Юрьевич: Новый стандарт - новый уровень точности
[10:19:35] Andrei: ок
[10:19:50] Andrei: послал им, подождем что скажут
[10:20:42] Кушелев Александр Юрьевич: ОК! Самое интересное, если сработает автоматический докинг, и пикотехнологические модели соберутся в "матрёшку" 1VOL
[10:21:41] Andrei: а вручную почему будет неправильно?
[10:23:25] Кушелев Александр Юрьевич: Вручную правильно, но трудоёмко. А если заказчик запустит автоматический докинг, и "матрёшка" соберётся сама, то как говорится, "комментарии излишни"
[10:23:45] Кушелев Александр Юрьевич: Таких случайностей не бывает.
[10:24:00] Andrei: я написал им что можно и автоматически собрать
[10:24:10] Кушелев Александр Юрьевич: Отлично!

Подолжение

Совмещение пикомодели комплекса 1VOL с ДНК https://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/326684

Структура белка 1VOL. Совмещение с ДНК в Пикософте и PDB

24 декабря 2016, 21:28

Пикотехнология белков

Начало работы. Пикотехнологические модели двух частей комплекса 1VOL

https://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/326755

2016.12.16 16:28:47

Кушелев: В комплексе 1VOL не две одноцепочечные РНК, а двойная спираль из 16 ступеней:

http://www.rcsb.org/pdb/pv/pv.do?pdbid= … ionumber=1

2016.12.16 18:25:26

Так выглядят две субъединицы ДНК из комплекса 1VOL

Можно более или менее красиво изобразить пикотехнологическую модель ДНК изолированными атомами.

Так в программе Hyperchem изображаются атомы азотистого основания гуанина. В принципе сносно.

Осталось добавить координаты атомов рибозы и фосфатной группы. А дальше дублировать нуклеотид, поворачивать и смещать на вектор, который можно взять из скрипта-конструктора ДНК.

2016.12.16 20:43:58

Удалось вписать в PDB файл координаты атомов азотистого основания (гуанина) и рибозы.

Программа Hyperchem показывает атомы углерода светло-голубыми кружочками, атомы азота - синими, а атомы кислорода - красными. Верхний атом кислорода находится ближе к нам, чем плоскость азотистого основания, а два других - дальше. Все остальные атомы лежат в плоскости азотистого основания.

Осталось добавить атом фосфора и три атома кислорода, чтобы завершить модель нуклеотида.
После этого можно будет его дублировать, поворачивать и смещать на вектор, который можно позаимствовать из скрипта "Конструктор ДНК/РНК"

Координаты атомов для файла PDB были взяты по этой разметке:

Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/176331/ … 8_orig.jpg

2016.12.16 22:18:14

Координаты для PDB-файла определены.

Модель нуклеотида (гуанинмонофосфата) готова.

Теперь осталось построить 16 звеньев одноцепочечной РНК, дублируя, поворачивая и сдвигая на известный вектор модель одного нуклеотида.

Осталось найти программу, в которой удобно ввести PDB-файл с моделью нуклеотида, скопировать, сдвинуть и повернуть. Кстати, этот вектор нужно умножить на согласующий коэффициент, т.к. модель нуклеотида собрана в другом масштабе...

В скрипте "ДНК-конструктор" радиус кольца-электрона задавался равным 4.8, а в PDB радиус равен 0.7. Соответственно вектор и точка привязки должны быть умножены на коэффициент 0.7/4.8=0,1458333

В программе PyMol вроде можно было задать вращение и перемещение численно. А если не получится, то записать в виде скрипта для 3DS Max, построить модель ДНК и вывести в виде файла координат. После чего добавить координаты в PDB-файл.

Кстати, классная плоская модель нуклеотида получится. Всего 23 вершины тонкой фигуры. Надо посмотреть, как будет выглядеть. Очень компактное графическое представление...

2016.12.17 01:57:

Плоская модель нуклеотида, где вершинами являются выступающие ядра атомов, смотрится очень необычно...

Анимация: https://cloud.mail.ru/public/JXhm/Qz6NrbsRq

Построить на базе этой модели нуклеотида структуру одноцепочечной РНК - не проблема. Завтра мы с этого и начнём...

Плоские модели нуклеотидов могут очень пригодиться для моделирования гигантских РНК типа рибосомальной. Это очень компактное представление, в котором все ядра атомов могут быть установлены идеально.

2016.12.17 13:41:1

Модель одноцепочечной РНК, состоящей из 16 нуклеотидов: https://cloud.mail.ru/public/69Aq/DxC1qoVho

На этой модели заметно, что на один оборот спирали приходится не 10, а 6 оснований ДНК. При шаге спирали 34 ангстрема на каждую ступень приходится 34/6 =5.67 ангстрема. По общепринятой версии на каждую ступень приходится 34/10=3.4 ангстрема. Это связано с неправильной настройкой угла между нуклеотидами.

Позднее в процессе настройки я получил параметры, которые соответствуют данным РСА, т.е. 10 нуклеотидов на виток ДНК.

Так что углы поворота придётся подправить...

2016.12.17 14:25:55

анимация: https://cloud.mail.ru/public/2dCq/DYkHq7aJt

Теперь оформим эти координаты в виде PDB-файла.

2016.12.17 20:02:53

Но лучше сделать PDB-файл сразу для двухцепочечной РНК. Ведь удалить одну цепочку легко.

Анимация: https://cloud.mail.ru/public/3HLS/tEqiBm5wW

Понятно, что для 16 ступеней двухцепочечной ДНК PDB файл желательно сформировать с помощью скрипта для 3DS Max.

2016.12.17 20:28:56

Skype, 2016-12-17:

[20:19:39] Кушелев Александр Юрьевич: Привет, Валентин!
[20:19:54] Кушелев Александр Юрьевич: Может сохранить из скрипта PDB-файл?
[20:20:26] Кушелев Александр Юрьевич: Есть образец для 1 из 32 кусков, сделанный вручную
[20:22:20] Кушелев Александр Юрьевич: Правда, по образцу можно сделать 16 кусков PDB-файла, а другие 16 кусков на пару атомов меньше, поэтому я сделаю для них второй образец.
[20:25:56] Кушелев Александр Юрьевич: Второй образец отличается тем, что там отсутствует 14-й и 16- атомы из первого образца.
[20:28:25] Кушелев Александр Юрьевич: PDB-файл, который ты выведешь из скрипта, можно послать американскому заказчику, чтобы он вставил модель РНК в белковый комплекс. Если вставится, то это - победа пикотехнологии.
[20:29:16] Кушелев Александр Юрьевич: А если мы сами присобачим модель РНК к моделям белков, то можно будет опубликовать научную статью и подать на нобелевскую

2016.12.18 12:33:20 ПИКОМЕХАНИКА тРНК

2016.12.18 13:04:32 МОДЕЛЬ ФРАГМЕНТА ЛИЗОЦИМА

2016.12.18 13:42:11 МОДЕЛЬ ГИСТОННОГО КОМПЛЕКСА

2016.12.18 14:41:58 КОМПОЗИЦИОННЫЙ КОД

2016.12.18 15:28:05

Skype, 2016-12-18:

[15:26:25] Кушелев Александр Юрьевич: Образец PDB-файла для одной ступени РНК/ДНК
[15:27:46] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно по этому шаблону сделать файл для 16 ступеней по этим координатам
[15:28:50] Кушелев Александр Юрьевич: Это можно было бы сделать вручую в программе типа "Волков командер", где можно стоблцами оперировать. Но у меня эта программа не установлена...
[15:42:05] Va12220(valqwa): Саша, привет!
попробую. сегодня до вечера
[15:43:05] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю!
[15:51:14] Кушелев Александр Юрьевич: Интересно сделать вывод файла именно из скрипта, чтобы в будущем выводить такие файлы для РНК/ДНК и комплексов "белок-РНК/ДНК"

2016.12.18 18:56:57

Victoriy

А.Ю., ещё раз сделала модели нуклеотидов и модель двух комплементарных пар А=Т и G=С

Кушелев: Класс! Благодарю!

Что касается комплекса 1VOL, то там двухцепочечная ДНК, а я делаю модели РНК, т.к. из них ДНК получаются исключением OH групп.

2016.12.19 00:32:46

[0:19:33] Va12220(valqwa): все. спать? )

[0:19:57] Кушелев Александр Юрьевич: Класс!

[0:20:29] Va12220(valqwa): долго ли умеючи, ну смотри. делай выводы и поправки. пиши мне их.
[0:20:32] Кушелев Александр Юрьевич: А как ты оцениваешь сложность задачи показать все возможные точки роста молекулы белка?
[0:20:55] Кушелев Александр Юрьевич: На первом шаге 3 точки, на втором 9 и т.д.
[0:21:09] Va12220(valqwa): если ты дашь определение "точек роста молекулы белка" - то как обычную задачу
[0:21:42] Кушелев Александр Юрьевич: Ну помнишь задачу, где треугольник перемещался по трём вариантам?
[0:21:55] Кушелев Александр Юрьевич: Центр треугольника нужно изобразить точкой
[0:22:04] Кушелев Александр Юрьевич: От неё три точки
[0:22:09] Va12220(valqwa): скорее не помню. записи остались. по ним вспомню. когда найду )
[0:22:13] Кушелев Александр Юрьевич: От каждой следующей опять три точки
[0:22:48] Кушелев Александр Юрьевич: Вот алгоритм: .............

[0:23:13] Кушелев Александр Юрьевич: Но здесь по композиционному коду строится конкретная модель белка
[0:23:29] Кушелев Александр Юрьевич: Каждый аминокислотный остаток изображается многогранником
[0:23:39] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/263.htm
[0:23:43] Кушелев Александр Юрьевич: А нам нужно точкой
[0:24:16] Кушелев Александр Юрьевич: И чтобы на каждом шаге было показано не одна точка, а три, т.е. показаны все варианты композиции
[0:24:31] Кушелев Александр Юрьевич: На каждом шаге должно быть "дробление на три"
[0:24:50] Кушелев Александр Юрьевич: Точки должны утраиваться на каждом шаге алгоритма
[0:25:22] Кушелев Александр Юрьевич: Мы должны увидеть все варианты роста белка сразу
[0:25:34] Кушелев Александр Юрьевич: На первом шаге 3 варианта в виде 3 точек
[0:25:45] Va12220(valqwa): да можно все сделать. вот только уже не сейчас. сейчас - спать )

2016.12.19 00:56:40

Татьяна Рясина пишет:

А чем вообще сегодня с учётом современных возможностей можно как следует до атома увидеть молекулы белков? Чтобы таки сопоставить 3D визуализацию по методу Пикотеха и данные экспериментов? Что вообще может прийти на смену РСА?

Кушелев: Кольцевые грани атомов удалось увидеть с помощью АСМ в 2014-ом году: http://nanoworld88.narod.ru/data/493.htm

Однако прощупывать молекулы белков таким способом очень трудоёмко. Я предполагаю, что раньше смогут определить формы некоторых молекул, например, азотистых оснований. Когда увидят, что атомы в азотистых основаниях расположены в шахматном порядке, ситуация снова резко изменится. Ведь во всех базах типа PDB сегодня формы молекул неправильные даже на уровне топологии, не говоря о форме.

После подтверждения формы ступени ДНК с помощью АСМ пикотехнологию будут воспринимать серьёзно.

2016.12.19 02:16:17

[18.12.2016 22:00:47] Andrei: пришел ответ от доктора
[18.12.2016 22:01:31] Andrei: у Соколик лучше результат
[18.12.2016 22:01:37] Andrei: ближе к РСА
[18.12.2016 22:03:33] Кушелев Александр Юрьевич: Она к этому и стремилась.
[18.12.2016 22:04:04] Кушелев Александр Юрьевич: А можно посмотреть на этот ответ целиком?
[18.12.2016 22:04:38] Andrei: I used the models of PDB files to align with the experimental structure in the PDB.
For Kushelev model and 1volA the RMSD was 18 Angstrom (please see figure attached)

For Sokolik TFIIB_204 model and 1volA the RMSD was 16.5 Angstrom
Finally for the alignment of of TFIIB and TFIIB_204 the RMSD was 18 Angstrom.
I used the Pymol software to calculate the alignments.
I wonder whether there is explanation to those results or I miss something.
In addition the sequence of TFIIB 1volA is attached in FASTA file just to make sure the the structural models are based on this specific sequence.

[18.12.2016 22:08:42] Кушелев Александр Юрьевич: Нужна последовательность FASTA и рисунки, вложенные в письмо
[18.12.2016 22:08:42] Andrei: еще есть файлы
[18.12.2016 22:08:49] Кушелев Александр Юрьевич: Давайте их посмотрим
[18.12.2016 22:09:13] Кушелев Александр Юрьевич: 18 анстрем - неплохо для РСА
[18.12.2016 22:09:56] Andrei: так 2А пишут в базе
[18.12.2016 22:10:07] Andrei: технология улучшилась
[18.12.2016 22:10:14] Кушелев Александр Юрьевич: Там можно и 0.002А написать. Вы тоже поверите?
[18.12.2016 22:10:45] Andrei: это официальная база, если обманут то это уголовное дело
[18.12.2016 22:10:55] Andrei: никто с этим не будет связываться
[18.12.2016 22:11:06] Andrei: там и репутация автора
[18.12.2016 22:11:31] Andrei: это не совок что кто что хочет то и пишет так как ответственности нет
[18.12.2016 22:11:55] Andrei: послал
[18.12.2016 22:11:59] Кушелев Александр Юрьевич: Вы же видели, что в 2012-ом году "обман" уменьшился на 3% по сравнению с 2010-ым годом
[18.12.2016 22:13:11] Кушелев Александр Юрьевич: Давайте лучше файлы посмотрим.
[18.12.2016 22:13:17] Andrei: послал говорю
[18.12.2016 22:13:26] Кушелев Александр Юрьевич: По почте?
[18.12.2016 22:13:30] Andrei: да

>1VOL:A PDBID CHAIN SEQUENCE
AMMNAFKEITTMADRINLPRNKVDRTNNLFRQAYEQKSLKGRANDAIASACLYIACRQEGVPRTFKEI
CAVSRISKKEIGRCFKLILKALETSVDLITTGDFMSRFCSNLCLPKQVQMAATHIARKAVELDLVPGRS
PISVAAAAIYMASQASAEKRTQKEIGDIAGVADVTIRQSYRLIYPRAPDLFPTDFKFDTPVDKLPQL

[18.12.2016 22:14:15] Andrei: забыл тот ответ - так почему днк должно войти в белок?
[18.12.2016 22:20:35] Кушелев Александр Юрьевич: Комплекс 1VOL - это две белковые молекулы, которые читают ДНК, поэтому структура белковых молекул должна быть согласована со структурой ДНК.
[18.12.2016 22:21:08] Кушелев Александр Юрьевич: РСА показывает, что ДНК проходит внутри белковых молекул. Но деталей не показывает.
[18.12.2016 22:21:35] Кушелев Александр Юрьевич: Если мы сделаем правильные пикотехнологические модели белков и ДНК, то увидим, как они сопрягаются на уровне пикометров.
[18.12.2016 22:22:00] Кушелев Александр Юрьевич: А реальная точность моделей, построенных по данным РСА - десятки-сотни ангстрем.
[18.12.2016 22:22:04] Andrei: когда это будет готово?
[18.12.2016 22:22:55] Кушелев Александр Юрьевич: Если сегодня Валентин сможет вывести PDB-файл молекулы ДНК, то сегодня же можно и попробовать совместить модель ДНК с моделями белков
[18.12.2016 22:23:53] Andrei: щас тогда напишу ей интересно ли ей это направление
[18.12.2016 22:24:46] Andrei: или лучше подождать?
[18.12.2016 22:24:53] Andrei: а то вдруг не сойдется
[18.12.2016 22:24:56] Кушелев Александр Юрьевич: Вы можете написать, что нам интересно построить полную модель комплекса, т.е. proteins + DNA
[18.12.2016 22:25:24] Кушелев Александр Юрьевич: Лучше немного подождать. Нужно проанализировать то, что она написала.
[18.12.2016 22:25:28] Andrei: ага

2016.12.19 09:12:30

Skype, 2016-12-19:

[2:47:17] Кушелев Александр Юрьевич: PDB-файл ДНК готов
[8:52:08] Andrei: нужно к нему описание
[8:52:35] Andrei: что сделано и что хотим показать этим
[9:13:14] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно сделать модель всего комплекса. Вот тогда будет что показать на Нобелевскую

2016.12.19 12:03:48

Кушелев: Я так понял, что это сопоставление моей модели TFIIB с моделью из PDB

Модель комплекса из PDB

2016.12.19 15:18:09 ПИКОСОФТ СТАТЬИ, ПЕРЕПИСКА С CASP

2016.12.19 15:36:07

[15:39:17] Кушелев Александр Юрьевич: Несколько кадров из анимации комплекса TBP1+DNA (электронный слой):

[15:44:34] Кушелев Александр Юрьевич: Тут ещё есть любопытный момент. В банке PDB в комплексе 1VOL показана общепризнанная, но неправильная модель ДНК. Там показаны 16 ступеней ДНК. В пикотехнологической модели комплекса TBP1+DNA (электронный слой) видно, что в белок входит фактически 2 (максимум 3) ступени ДНК. Таким образом можно констатировать факт, что по данным РСА размер ДНК определён с погрешностью типа 400%. Абсолютная ошибка превышает 10 ангстрем в длину участка ДНК.

2016.12.19 17:58:26

Victoriy

Ещё один момент: АЮ не торопитесь с обнародыванием своей модели ДНК, Вы точно отпугнёте заказчицу. Если с белками как говориться бабушка на двое сказала: у каждого своя конформация, которая ещё может и видоизменяться в процессе функционирования. То в структуре ДНК не сомневается ни один биолог и Вам на слово никто не поверит. Кстати с Вашей "новой" моделью ДНК я тоже не могу согласиться.
Не надо загружать заказчика Вашими подробностями и трудностями. Сейчас модели белков, нуклеиновых кислот, лигандов вручную никто не совмещает (это дилетантство), обычно используют метод виртуального молекулярного докинга. (дружеский совет во благо)

2016.12.19 18:11:41

Victoriy

Вопрос к А.Ю.: Ваш файл pdb для нуклеотидной последовательности соответствует общепринятой последовательности атомов в нуклеотиде? Если да, то я буду тоже ориентироваться на данную нумерацию и последовательность атомов, если Вы не сверяли, то это придётся уточнять для однозначного воспроизведения координатных файлов нуклеиновых кислот вьюерами.

2016.12.19 18:14:02

Victoriy пишет:

Вопрос к Андрею: Вы порекомендовали заказчице покрутить мои модели в Молекулярной Динамике? Мне кажется, что после такой процедуры сходство с моделями, построенными по данным РСА, должно стать ещё больше.

Предложение для А.Ю. и Андрея: посмотрите в архиве Наномира мои публикации по пикотехнологии (там и про углы, и про карты Рамачандрана, и что самое главное на языке биологии).

Кушелев: Самое лучшее - это книга "Пикотехнология белков". Андрей хочет прочитать эту книгу.

2016.12.19 18:27:09

Victoriy пишет:

Сейчас модели белков, нуклеиновых кислот, лигандов вручную никто не совмещает (это дилетантство), обычно используют метод виртуального молекулярного докинга. (дружеский совет во благо)

Кушелев: Отлично! Значит достаточно передать заказчику PDB-файлы белков и ДНК, и метод молекулярного докинга сделает своё дело.

Что касается

Victoriy пишет: Вашей "новой" моделью ДНК я тоже не могу согласиться.

то эта модель ДНК была создана в 2011 году. Сегодня я планирую создать окончательный PDB-файл двухцепочечной пикотехнологической модели РНК / ДНК (ядерный слой), который можно будет отослать заказчику для совмещения с моделями белков комплекса 1VOL.

Как видите, в среде 3DS Max модель ДНК идеально совместилась с моделью белка TBP1. Кстати, Вы тоже можете попробовать совместить Ваши модели белков и ДНК. Вдруг они у Вас тоже идеально совместятся

Анимировать: https://cloud.mail.ru/public/Ft3F/o4v8jS5ov

Совмещение пикотехнологической модели ДНК (ядерный слой) с пикотехнологической моделью белка TBP1. Отчётливо видно сопряжение на уровне трёх ступеней ДНК.

Анимировать: https://cloud.mail.ru/public/Ft3F/o4v8jS5ov

Совмещение пикотехнологической модели ДНК (электронный слой) с пикотехнологической моделью белка TBP1

2016.12.19 18:32:09

Victoriy пишет:

Кушелев: Я взял из базы PDB-файл с ДНК и просто поменял координаты.

2016.12.19 19:41:41

[16:18:31] Andrei: так подождем до второй модели?
[16:26:39] Кушелев Александр Юрьевич: Вообще-то и первая модель белка - гарантия успеха
[16:27:36] Кушелев Александр Юрьевич: Так что можно посылать 4 ролика анимации, а PDB-модель нужно смасштабировать на коэффициент 0.6 Лучше это сделать самим.
[16:27:53] Кушелев Александр Юрьевич: Жаль, что программист занят. Он бы это сделал за 5 минут
[16:28:05] Andrei: не проблема, подождем
[16:28:57] Кушелев Александр Юрьевич: Через час-два попробую разобраться со вторым белком
[16:29:19] Кушелев Александр Юрьевич: Он не такой очевидный, а в базе данных PDB вообще "полный привет"
[16:30:04] Кушелев Александр Юрьевич: Там альфа-спирали нарисовали "как бог на душу положит", а модель ДНК с неправильной ориентацией ступеней, поэтому короче в 4 раза
[16:30:21] Andrei: https://cloud.mail.ru/public/5j2J/R81Y4QJjC
[16:30:29] Andrei: это не работает
[16:30:41] Andrei: и вторая тоже
[16:30:48] Кушелев Александр Юрьевич: Я заменил 2 ролика на 4
[16:30:51] Andrei: аа
[16:31:06] Кушелев Александр Юрьевич: Названия поменялись, поэтому я старые два стёр
[16:31:19] Andrei: надо было тут тоже стереть
[16:31:26] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[16:31:33] Кушелев Александр Юрьевич: Исправлюсь в будущем
[16:31:45] Кушелев Александр Юрьевич: Появлюсь через час-два
[16:34:46] Andrei: может там надо подписать в видео что там что?
[17:59:16] Кушелев Александр Юрьевич: Там в названии подписано
[17:59:36] Andrei: ну пусть так
[18:00:05] Кушелев Александр Юрьевич:
[16:28:20] Кушелев Александр Юрьевич: Привет! А ты можешь все координаты в PDB-файле умножить на 0.6 ?
[17:43:34] Va12220(valqwa): МОГУ )
сегодня как доеду и вспомню - то сделаю
[18:00:37] Andrei: отлично
[19:00:33] Кушелев Александр Юрьевич: Комплекс TBP1+DNA идеально вложился в полость белка TFIIB
Сейчас компьютер делает анимацию.
[19:00:42] Andrei: супер
[19:01:55] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория написала на форуме, что против моей модели ДНК. Интересно будет посмотреть, как вставится в комплекс модель ДНК от Виктории. Она пыталась сделать свою модель ДНК максимально приближенной к общепринятой, т.е. из банка PDB
[19:27:43] Кушелев Александр Юрьевич: Это ещё один ролик с TBP1, но без электронного слоя. Так больше видно. https://cloud.mail.ru/public/BR8K/MoUHKhtG5
[19:28:10] Кушелев Александр Юрьевич:

А это ролик всего комплекса 1VOL:

https://cloud.mail.ru/public/5eaU/5T7v7mCwM

[19:29:15] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, ДНК вставляется в маленький белок TBP1, а он в свою очередь вставляется в полость более крупного белка TFIIB
[19:31:07] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно, нужно ещё применить инструмент "молекулярная динамика", чтобы из жесткой геометрической модели получить гибкую физическую, но это уже профессионалы разберутся
[19:36:57] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, Виктория написала на форуме, что совмещение белков автоматизировано. Так что наш заказчик может самостоятельно совместить PDB-файл модели DNA/RNA с моделью белка TBP1, а потом совместить этот комплекс с белком TFIIB. Технологию молекулярной динамики нужно будет применить сначала после, а потом до совмещения. Если молекулярная динамика на уровне нанотехнологии портит пикотехнологические модели, то применение до совмещения даст хуже результат совмещения.
Кстати, комплекс 1VOL похож на 3 матрёшки. Самая маленькая - ДНК, вторая - белок TBP1, а самая большая - белок TBIIB
[19:37:43] Andrei: так ее модель тоже подошла?
[19:38:59] Кушелев Александр Юрьевич: Виктории? Это мы скоро узнаем
[19:39:03] Andrei: молекулярная динамика это известное что-то всем?
[19:39:10] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[19:39:21] Кушелев Александр Юрьевич: Программа PyMol её может делать
[19:39:49] Кушелев Александр Юрьевич: У Виктории и у заказчика она есть, а у меня была, но сейчас нет
[19:40:19] Кушелев Александр Юрьевич: Для неё желательно отдельный компьютер иметь, иначе может всё посыпаться...

2016.12.19 20:15:00

Andrei01 пишет:Victoriy пишет:

Виктория, а вы можете примеры привести, что сходство увеличится? То есть разница в 18А там уменьшится?

Victoriy

Андрей, я уже Вам писала, что в отличие от Кушелева, моя программа моделирует не конечную конформацию белка, а его СТРУКТУРНЫЙ ШАБЛОН (хотя он оказался ближе к экспериментальным моделям, чем у А.Ю.). Т.е. это структура белка, которая синтезируется на рибосоме БЕЗ влияния микроокружения, но по собственному генкоду (точнее гену). В клетке после того, как структурный шаблон белка синтезирован он подвергается действию всевозможных физических сил (начиная от электростатических и заканчивая Ван-дер-вальсовыми). Этот процесс носит название фолдинг белка. Так вот, процесс фолдинга моего структурного шаблона в конечную конформацию белка можно смоделировать при помощи молекулярной динамики. Мы получим функциональную конформацию белка, которая будет сравнима с моделями, построенными по данным РСА. И разумеется разница в 16,5 Ангстрем должна в разы уменьшиться. А сейчас заказчик сравнивает жесткий скелет с гибким телом и естественно получает такие расхождения. Вот я и предлагаю заказчику самостоятельно превратить скелет в гибкое тело, удивиться и поверить в свой собственный результат, тем более, что нужен он ей, а не мне.

2016.12.19 20:18:40

Victoriy А.Ю., обратите внимание, что Вы сделали модель комплекса с 3-мя нуклеотидами, вместо 16. И если в узле состыковки нуклеотидные хвосты не актуальны, то комплементарные пары нуклеотидов должны быть. Я так думаю:)

2016.12.19 20:21:00

Andrei01

Виктория, хорошо. Напишу им об этом. Поэтому они и слали свои данные, чтобы мы поняли почему такое различие большое в 6 раз.

2016.12.19 20:26:08

Victoriy пишет:

в отличие от Кушелева, моя программа моделирует не конечную конформацию белка, а его СТРУКТУРНЫЙ ШАБЛОН (хотя он оказался ближе к экспериментальным моделям, чем у А.Ю.)

Кушелев

Уважаемая Виктория! А Вы не могли бы осуществить автоматических докинг моделей белков TBP1 и TFIIB ?

Интересно посмотреть, состыкуются ли Ваши модели между собой и мои модели между собой автоматически?

Вручную у меня получилось: https://cloud.mail.ru/public/5eaU/5T7v7mCwM

Теперь интересно проверить автоматизированный докинг. Насколько он работоспособен?

Кстати, непонятно, как Ваша программа строит 310-спирали? По Вашей таблице их в шаблоне быть не должно...

2016.12.19 20:33:02

Victoriy пишет:

А.Ю., обратите внимание, что Вы сделали модель комплекса с 3-мя нуклеотидами, вместо 16. И если в узле состыковки нуклеотидные хвосты не актуальны, то комплементарные пары нуклеотидов должны быть. Я так думаю:)

Кушелев: Я специально убрал половину нуклеотидов, чтобы виднее было. А на модели, где показаны только ядра, ступени целые (пары нуклеотидов). В файле PDB тоже модель двойной ДНК, причём все 16 ступеней.

А заказчик может укорачивать и разбирать модель ДНК из PDB-файла по своему усмотрению.

2016.12.19 20:36:03

Andrei01 пишет:

Кушелев: Самое интересное - провести автоматический докинг для комплекса 1VOL. Он должен дать разный результат для вариантов моделей Виктории Соколик и Александра Кушелева. Интересно же посмотреть, в каком варианте лучше состыкуются белки между собой и с ДНК

2016.12.19 20:37:25

Victoriy

Увы, у меня пока нет навыков самостоятельного выполнения докинга, тем более 3 высокомолекулярных полимеров. С коллегами из Киева в этом году был сделан докинг куска из 63 а.о. белка предшественника амилоида (AбетаPP), содержащего сам бета-амилоидный пептид, с куркумином. Опубликовано в Advances in Biochemistry. – 2016. – V. 4, Is. 4. – P. 34-46.
Поэтому я и призываю в нашу команду биоинженера/молекулярного биолога с опытом работы в молекулярном моделировании.

2016.12.19 21:01:56

Кушелев: А может быть программы типа PyMol могут автоматически выполнять докинг двух белковых молекул?

2016.12.19 21:31:03

Victoriy

Мы использовали инструмент CCDC GOLD Suite 5.1 для докинга и его же оценочные функции для характеристики устойчивости комплекса. Для меня PyMol не более чем вьюер.

2016.12.19 20:42:1

Татьяна Рясина

На сегодняшний день мы стали проще относиться к идолу РСА в результате продолжительной беседы.

Почему бы не выработать отношение попроще и к идолу ДНК?

Вот допустим ответы по задачке заказчицы готовы, пусть они даже отправлены.

Можно же написать что-то вроде, вдогонку:
Позвольте ознакомить Вас с нашей критикой общепринятой модели ДНК
Мы провели моделирование ДНК методами Пикотехнологии.
Наши поправки по алгоритмам Пикотехнологии выявили следующие различия с общепринятой моделью /....../
Корректность наших поправок подтверждается тем что /...../
В дополнении к только что решённой нами для Вас задаче и при совмещении полученной структуры и нашей модели ДНК мы получим следующее /......./ Таким образом /......./

И ещё вопрос к уважаемым изобретателям Пикотеха:
кто напишет в Германию в лабораторию которая увидела электроны-колечки на АСМ
про то что:
1) мы занимаемся моделированием атомов, молекул и молекулярных структур с помощью модельного представления об электронов как о закольцованных стоячих волнах (ссылки)
2) Ваша работа подтверждает эти модели
3) Мы разработали Пикотех для моделирования белковых структур
3) Проверьте пожалуйста базовые структуры белков экспериментально (список наименований, дизайн эксперимента)

Андрей и Виктория, вы можете сформировать максимально полый список критики, вопросов, опровержений и пр. по модели ДНК А.Ю., чтобы в итоге получить хорошую аргументацию в её пользу...

2016.12.19 21:16:46

Кушелев

Всё это актуально, но сложно на уровне голого энтузиазма. Нужно найти заинтересованных людей, которые продвинут новое научное направление "по полной программе". Ведь пикотехнология белков была создана уже в 1993-ем году, а развивается она без нормального финансирования "черепашьими шагами"...

2016.12.19 21:13:10

Victoriy пишет:

А.Ю., мне интересно: в Вашей модели комплекса последовательность нуклеотидов не имеет значение?

Кушелев: Нет, конечно. Если комплекс занимается транскрипцией ДНК, то он должен одинаково хорошо заниматься транскрипцией любых последовательностей.

Кстати, ключевые аминокислотные остатки как бы прикасаются к центральным зонам соседних ступеней ДНК:

2016.12.20 00:14:09

[19.12.2016 19:44:15] Andrei: Щас попробую все оформить и послать им
[19.12.2016 19:47:32] Кушелев Александр Юрьевич: Скоро приедет домой программист. Тогда будет нормальный PDB-файл DNA / RNA
[19.12.2016 19:56:12] Andrei: а, я думал уже готово
[19.12.2016 19:56:42] Andrei: А это ролик всего комплекса 1VOL:
[19.12.2016 20:00:15] Кушелев Александр Юрьевич: Ролик-то готов, а PDB-файл ДНК/РНК ещё не готов
[19.12.2016 20:01:58] Andrei: Книга вроде 74 евро стоит
[19.12.2016 20:02:20] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Электронный вариант 6 USD
[19.12.2016 20:02:31] Andrei: там не было электронного варианта
[19.12.2016 20:02:48] Кушелев Александр Юрьевич: У авторов есть
[19.12.2016 20:04:45] Andrei: как называется ядерный слой на английском?
[19.12.2016 20:05:23] Кушелев Александр Юрьевич: nuclear
[19.12.2016 20:05:56] Andrei: nuclear layer?
[19.12.2016 20:06:15] Кушелев Александр Юрьевич: Да. В файлах подписано nuclear и electronic
[19.12.2016 20:06:34] Andrei: ок
[19.12.2016 20:06:59] Andrei: Файлы лучше загружать на dropbox
[19.12.2016 20:07:36] Andrei: а то сайт на русском, они не поймут
[19.12.2016 20:08:29] Кушелев Александр Юрьевич: Загрузите, если сможете
[19.12.2016 20:08:42] Andrei: загружаю
[19.12.2016 20:08:44] Кушелев Александр Юрьевич: Или в письмо вложите
[19.12.2016 20:09:05] Andrei: в письмо не получится, тот сайт на русском
[19.12.2016 20:09:29] Кушелев Александр Юрьевич: Вы тогда ссылочку на эти файлы в dropbox опубликуйте, чтобы англоязычные читатели форума тоже смогли скачать и изучить.
[19.12.2016 20:09:46] Кушелев Александр Юрьевич: Сами файлы в письмо можно вложить по любому
[19.12.2016 20:10:04] Andrei: нет конечно, почта не пропустит
[19.12.2016 20:10:34] Andrei: я не даю ссылки для всех
[19.12.2016 20:11:13] Кушелев Александр Юрьевич: Только русскоязычным разрешаете файлы скачивать?
[19.12.2016 20:11:33] Andrei: там настройки есть
[19.12.2016 20:11:40] Кушелев Александр Юрьевич: Ушлые китайцы всё-равно с облака мэйл ру скачают
[19.12.2016 20:11:40] Andrei: надо настраивать специально
[19.12.2016 20:45:19] Andrei: так у вас тоже не учитываются силы на белок как у Виктории?
[19.12.2016 20:49:08] Кушелев Александр Юрьевич: Мой алгоритм пока реализован на геометрическом уровне, но генетический код дублирует физико-химические взаимодействия, поэтому подавляющее большинство участков белковых молекул не модифицируются после рибосомальной сборки белка. А те, которые модифицируются, можно смоделировать по дополнительной информации. Бывают и редкие случае, когда "всё сложно"
[19.12.2016 20:50:41] Кушелев Александр Юрьевич: В нашем случае 1VOL похоже, что белки не модифицируются, но в нормальных условиях они могут гнуться, защёлкиваться и т.д. Так что по хорошему учитывать физику и химию нужно.
[19.12.2016 20:50:57] Кушелев Александр Юрьевич: Это уже проблема заказчика.
[19.12.2016 20:51:30] Кушелев Александр Юрьевич: Если нам закажут исследование динамики белка, тогда это будет уже "совсем другая песня" и "совсем другие деньги"
[19.12.2016 20:51:58] Andrei: а почему же тогда оно налезло друг на друга само?
[19.12.2016 20:52:52] Кушелев Александр Юрьевич: Исследователи белков могут выращивать кристаллы в разных условиях, добиваясь фиксации молекул в разных состояниях. В результате они могут получить "фотки" в разных положениях частей молекулы белка.
[19.12.2016 20:53:38] Кушелев Александр Юрьевич: В нашем случае ДНК и белки совместились, т.к. их форма сильно не меняется после сборки рибосомой
[19.12.2016 20:54:09] Кушелев Александр Юрьевич: А бывают белки, которые надкусываются, из кусков собираются крупные агрегаты и т.д.
[19.12.2016 22:50:42] Кушелев Александр Юрьевич: Программист ещё едет домой
[19.12.2016 22:50:59] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы аннотацию к книге "Пикотехнология белков" заказчику посылали?
[19.12.2016 22:51:01] Кушелев Александр Юрьевич:
The greatest enemy of knowledge is not ignorance, it is the illusion
Stephen Hawking
Sokolik VV, Kushelev AY
Geometry live nanoworld. Pikotechnology proteins / VV Sokolik, AY Kushelev. -
Kharkov: Publishing, 2015. – 255 p.

ISBN 978-3-659-92862-8

The monograph is devoted to the 3D-structure of molecules and polymers in
living systems. The analysis of the modern understanding of the fundamental concepts
of the physical volume of the atom, chemical bonding, and the genetic code is
presented. Based on statistical analysis of the experimental data on the protein structure
is justified coding secondary structure and structural polypeptide template of protein
in the genome. Propose additions table of the genetic code of proteins and peptides,
which formed the basis of the geometric algorithm software decoding structural
template protein, are Molecular Constructor and Picotex. The hypothesis of recoding
information to third nucleotide codon in the corresponding peptide bond rotamer directly
3D-structure isoacceptors tRNA is formulated. Mathematical analysis of contingency
angles φ and ψ (Ramachandran map) revealed their frequency changes as
possible to substantiate the mechanism of post-translational protein folding.
The book is intended for professionals involved in research in the field of molecular
biology, bioinformatics, biochemistry and biophysics.
Table: 36. Ill: 117. Refs: 227 titles.
[19.12.2016 22:51:40] Andrei: Ну как доедет, не горит)
[19.12.2016 22:51:52] Andrei: Посылал
[19.12.2016 22:52:12] Кушелев Александр Юрьевич: А рецензии?
[19.12.2016 22:52:26] Кушелев Александр Юрьевич: Это самое научное...
[19.12.2016 22:56:29] Andrei: тоже, это все теория
[19.12.2016 22:56:34] Andrei: нужны примеры
[19.12.2016 22:57:52] Кушелев Александр Юрьевич: Какая же теория, когда речь идёт о модельных экспериментах, подтверждённых в 2015-ом году натурными (АСМ)?
[19.12.2016 22:58:15] Andrei: на практике нет применений
[19.12.2016 22:59:20] Кушелев Александр Юрьевич: Пикотехнология белков - это и есть практическая технология, которая базируется на модельных экспериментах теперь уже подтверждённых прямыми экспериментами (АСМ)
[19.12.2016 23:00:00] Andrei: коммерческой прибыли нет от этого на практике
[19.12.2016 23:00:05] Andrei: надо искать
[19.12.2016 23:01:25] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория пишет, что не владеет программой, где делается автоматический докинг. Может быть имеет смысл попросить заказчика применить автоматический докинг для сравнения моделей белков и ДНК от Кушелева и Соколик?
А раз заказчик может сравнивать модель Кушелева с моделью из PDB, значит сможет сравнить и модель Кушелева с моделью Соколик. Интересно, на сколько ангстрем отличаются наши модели?
[19.12.2016 23:01:36] Кушелев Александр Юрьевич: Прибыль будет, не торопитесь.
[19.12.2016 23:01:52] Andrei: ничего просить не можем
[19.12.2016 23:02:22] Кушелев Александр Юрьевич: А предлагать?
[19.12.2016 23:02:31] Andrei: покажем идеи а дальше если стоящая то может быть сможет найти практическое применение
[19.12.2016 23:03:24] Кушелев Александр Юрьевич: Они же сами заинтересованы сделать модель комплекса 1VOL. Если они умеют делать автоматический докинг, то смогут попытаться сделать его в варианте моделей Кушелева и Соколик. В одном из вариантов должно получиться лучше.
[19.12.2016 23:03:38] Кушелев Александр Юрьевич: У меня вручную получилось, а у них автоматически должно получиться.
[19.12.2016 23:04:04] Andrei: зачем им это
[19.12.2016 23:06:16] Кушелев Александр Юрьевич: Их цель, как я понял, выяснить механизм работы комплекса 1VOL
[19.12.2016 23:06:30] Кушелев Александр Юрьевич: Применить для этого автоматический докинг - сам бог велел
[19.12.2016 23:07:15] Кушелев Александр Юрьевич: А дальше они могут сравнить, какие модели лучше собираются в "матрёшки", от Кушелева или от Виктории. Они же рассчитали 18 и 16.5 ангстрем?
[19.12.2016 23:07:20] Кушелев Александр Юрьевич: Значит нужно.
[19.12.2016 23:07:30] Andrei: что дает докинг?
[19.12.2016 23:08:04] Кушелев Александр Юрьевич: Автоматическую сборку "матрёшки". Я-то делал вручную. Интересно получится та же структура в автоматическом режиме?
[19.12.2016 23:08:36] Andrei: пусть сначала это посмотрят
[19.12.2016 23:08:46] Andrei: посмотрим что скажут
[19.12.2016 23:08:47] Кушелев Александр Юрьевич: Безусловно

2016.12.20 00:50:03

Skype, 2016-12-20:

[0:33:35] Кушелев Александр Юрьевич: Программист добрался до дома. Сказал, что сейчас сделает PDB-файл ДНК
[0:52:15] Кушелев Александр Юрьевич: Файл готов

PDB-файл: https://cloud.mail.ru/public/LNUH/7JNWA75Nk

ОБНАРУЖЕНА ОШИБКА В ПРОГРАММЕ, ИСПРАВЛЯЕМ

2016.12.21 18:04:46

aest пишет:

вы пытались продавать наивным биологам ваши модели белков по 10000 уе, заверяя о пикоточности в то время, как у вас в алгоритме ошибка была ? Некрасиво как-то получается.

Кушелев: Конечно некрасиво. Поэтому пытаемся исправить ошибку, но это дело непростое... Углы уже удалось исправить, но в программе Дениса Савина где-то ещё запрятаны смещения. Ищем.

Рекорды рубиновой энергетики

4 октября 2016, 19:18

Ruby Em Drive

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201606/13234229.html/

Включение резонатора "Держава" в микроволновой печи

Резонатор "Держава" состоит из 4 блоков. Средний слой состоит из двух рубиновых. Крайние сапфировые.

На этом кадре видно свечение рубинового слоя.

Фиолетовый цвет даёт разряд. Красный - рубин.

Гарантию выработки энергии даст режим с выключенным магнетроном.

Вероятно, кратковременно наблюдался режим генерации, но гарантию может дать только длительный режим генерации с выключенным магнетроном.

Идентификация колебательной моды в резонаторе "Держава".

Использование сапфировых стёкол и моделирование в программе HFSS показало, что в нашем эксперименте возбуждается колебательная мода, при которой вектор электрического поля направлен вдоль диаметра медной оправы. Не знаю, решили ли инопланетяне проблему поверхностного пробоя именно на этой колебательной моде или они работают на другой, где в зоне медной полосы нет высокой напряжённости электрического поля?

Переход на колебательную моду, при которой не будет гореть медь.

Мне удалось найти колебательную моду, при которой в зоне медной оправы напряжённость электрического поля пренебрежимо мала. Медь гореть не будет, но придётся увеличивать размер резонатора.

Кстати, удобнее собирать резонатор из блоков-параллелепипедов. При этом поле будет той же формы, что и в эллипсоиде. Размер резонатора будет 80*51*51 мм, а собрать его можно из 18 блоков 40*17*17 мм:

Все желающие ускорить создание рубиновой энергетики могут принять посильное участие, оплачивая этот заказ вскладчину. Из крупных рубиновых блоков будут собраны резонаторы на частоту 2.45 ГГц, а из мелких "кирпичиков" и шариков диаметром 5 мм будет создана часть номинального ряда и антенны, которые могут оказаться антеннами сверхсветовой связи. Разный цвет "кирпичиков" позволит добавить к энергетической функции геодезическую, т.е. источники энергии, собранные из разноцветных "кирпичиков" будут одновременно являться эталонными измерительными инструментами.

Старт рубиновой энергетики Дубна 2011

18 октября 2016, 11:18

Ruby Em Drive

Читайте темы форума

Вводный материал для новичков

Видеозапись 37 режимов в Дубне 2011-02-18

2015.07.24 00:36:01

Вводный материал для новичков

Три научных направления лаборатории Наномир подтверждены экспериментально:http://nanoworld88.narod.ru/data/515.htm

Анатолий Шестопалов сделал классную подборку видеоматериалов:

Часть 1. Двигатель https://www.youtube.com/watch?v=ygk4Mu- … e=youtu.be

Часть 2. Источник энергии https://youtu.be/zaAxcRNgHLM

Часть 3. Инопланетные выпариватели https://youtu.be/FFBQi4Lh2RY

Часть 4. Информационная поддержка от Шестопалова А.В.- фильм (1:13:16)

https://youtu.be/tcDikO1lExY Видеообзор "Рубиновая волшебная палочка Кушелева Александра Юрьевича" Раз, два, три! Ёлочка гори!
(новости из лаборатории Наномир на 16.03.2016г.)

Фильм "Александр Кушелев": http://www.youtube.com/watch?v=IH6kGaAFIBU

Предыстория: "Путешествие в Наномир": http://www.youtube.com/watch?v=75tPH3vcDL4

Формы, механизмы, энергия наномира (научная статья)

2016.10.16 22:52:32

МАУС пишет:

я то уж могу отличить компьютерную анимацию, причём очень топорно сделанную ,
от реального видео

Кушелев: Похоже, что не можете, если кадры реального видео приняли за компьютерную анимацию

Эти кадры взяты отсюда: https://yadi.sk/i/2LVeWKBpV5Zfn

2016.10.16 23:09:45

МАУС пишет:

свечение некоторых кристаллов под действием потока электронов или других заряженных частиц
давно известное науке явление

Кушелев: А в Дубне шарик светился при накачке колебательной модой "шепчущей галереи", что совсем "другой компот"

До меня такого результата никто не получал. Считалось, что это невозможно, т.к. поверхностный пробой должен начаться при напряжённости поля порядка 10^6 В/м, а свечение возможно при напряжённости порядка 10^7 В/м. Т.е. в 10 раз не хватает...

Вчера 01:05:37

Формы, механизмы, энергия наномира

МАУС пишет:

Только вопрос был ли эксперимент в Дубне? Если был опишите подробности, что за ускоритель использовался, какими частицам, "обстреливался шарик", какова их энергия и т.п.? Да и почему несмотря на вашу страсть к позированию перед фото/видео камерой нет не одной фотографии вас рядом с ускорителем и фото самого ускорителя?

Кушелев: Ускоритель ЛИУ-3000

Подробности я Вам уже показал

Эта установка находится в ускорительном зале. Шарик не обстреливался частицами. Частицы пролетали через эту замедляющую систему:

и отдавали свою энергию электромагнитным волнам длиной около 1 см (частота около 30 ГГц). Шарики, которые я изготовил были настроены на следующие частоты:

Дубна Дмитров Дмитров Дубна
N N диаметр частота частота
6 1 11.305 29.88 29.94 Самый мелкий шарик
5 2 11.313 29.86
4 3 11.315 29.88
3 4 11.317 29.87
- 5 11.318 29.88
- 6 11.319 29.86 29.875
2 7 11.333 29.79 29.85
1 8 11.347 29.75 29.81 Самый крупный шарик

Не ленитесь, читайте другие подробности

Я держу в руках оправу с этими шариками. Дубна, 2011г.

Эксперименты в Дубне проходили без моего участия, поэтому и нет фотографий. Кстати говоря, сотрудники из Дубны во время эксперимента находятся за пределами ускорительного зала, т.к. там смертельная радиация. А фотография ускорителя имеется:

Эксперимент в Дубне организовал главный менеджер лаборатории Наномир, Ярослав Старухин (слева) при поддержке Фангиля Гареева (второй справа). Это - встреча в Дубне. Справа В.А. Ацюковский, в центре я.

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/225.htm

Рубиновые шарики для эксперимента в Дубне покупал Вячеслав Васильев. Он же присутствовал в Дубне при выдаче DVD с записью 37 режимов, в одном из которых светился сферический резонатор. Вячеслав Васильев (хозяин сервера Zaryad.com) выложил видеозапись 37 режимов эксперимента из Дубны на свой сервер, но позднее удалил. Мне пришлось выложить копию на Яндекс

Так что изучайте