ДИСКУССИИ И ДЕТАЛИ

Геометрия живого Наномира

Пикотехнология белков

2017.01.21 11:03:42

Таблица митохондриального композиционного генетического кода

http://www.uniprot.org/uniprot/P68530

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CAA24000

Вторичная структура (Пикотех-2017): https://img-fotki.yandex.ru/get/104083/ … 0_orig.png

Подобная вторичная структура является косвенным подтверждением митохондриального кода триптофана "3"

А таблица митохондриального композиционного генетического кода будет выглядеть так:

Наличие типовых структем, например, программных спиралей, является дополнительным косвенным подтверждением существования митохондриального композиционного генетического кода.

http://www.uniprot.org/uniprot/P00415

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAQ06599

Вторичная структура (Пикотех-2017): https://img-fotki.yandex.ru/get/104083/ … c_orig.png

Структемы-перевертыши убеждают в том, что митохондриальный композиционный генетический код возник на ранних этапах эволюции генетического аппарата, т.е. "на заре белкового мира".

http://www.uniprot.org/uniprot/P00423

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA30461

Вторичная структура (Пикотех-2017): https://img-fotki.yandex.ru/get/104083/ … 7_orig.png

Коды "4" скручивают альфа-спираль, а коды "6" наклоняют. Таким образом композиционный генетический код управляет ростом альфа-310-Met-спирали по двум степеням свободы.

http://www.uniprot.org/uniprot/P00426

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAS20602

>ENA|AAS20602|AAS20602.1 Bos taurus (cattle) mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 5a
ATGCTAGGCGCCGCTGTCCGCCGCTGCTCTGTAGCTGCAGCCGCAGTCGCCCGGGCCAGC
CCTCGAGGCCTCCTGCACCCCACTCCGGCCCCCGGCCAAGCCGCCGCTGTCCAGTCACTT
CGCTGCTACTCCCATGGGTCACATGAGACAGACGAGGAGTTTGATGCTCGCTGGGTGACA
TACTTCAATAAGCCAGATATTGATGCTTGGGAGTTGCGTAAAGGGATGAACACACTTGTT
GGCTATGACCTGGTTCCAGAGCCCAAAATCATTGATGCTGCTTTGCGGGCATGCAGACGT
TTAAATGATTTTGCTAGTGCAGTTCGCATTCTAGAAGTTGTTAAGGACAAAGCAGGACCT
CATAAGGAAATCTACCCCTATGTCATCCAGGAACTTAGACCAACTTTGAATGAACTGGGA
ATCTCCACTCCAGAGGAACTGGGCCTTGACAAAGTGTAA

Вторичная структура (Пикотех-2017): https://img-fotki.yandex.ru/get/194425/ … c_orig.png

2017.01.22 16:18:50

Пикотехнология белков, ДНК, РНК 

Музыкальные конвейеры белкового мира

Каждый активный центр белка может представлять молекулярного "оператора", который дистанционно или в непосредственном контакте работает с группами атомов или отдельными ионами / электронами. Последовательность активных центров напоминает сборочный конвейер, где из деталей (элементарных частиц) и блоков разного уровня (атомов, молекул...) собираются рабочие пикомашины. Некоторые белковые молекулы или их группы образуют не один конвейер, а разветвлённую конвейерную сеть, где есть много входных и выходных портов. Каждая такая сеть может быть собрана за доли секунды и "жить" десятки минут. Новая версия программы Пикотехнология поможет увидеть структуры и понять нюансы работы этих конвейерных сетей белкового мира.

Типовой блок (аминокислота) для сборки пикомашины, которая может оказаться очередной конвейерной сетью...

Как работает "оператор"(активный центр белка) я уже писал в рассылке. Гармоничные сочетания гиперзвуков могут дистанционно ориентировать и двигать микрообъекты по любому направлению. Таким образом осуществляется правильная стыковка исходных объектов и передача от "оператора" к "оператору" вдоль конвейера или по конвейерной сети.

Примерно так же работает сравнительно простой белковый конвейер-молекула. Только на несколько порядков быстрее и надёжнее

[11:48:24] Кушелев Александр Юрьевич: Сейчас создаётся новая 3D версия, в которой будут адекватно учтены углы скручивания и изгиба спиралей. А 2D-версия уже готова:

[11:49:33] Andrei: а док-во вы отказываетесь искать
[11:49:36] Кушелев Александр Юрьевич: Заказчик / заказчица может убедиться в полезности 2D-версии программы Пикотех. Даже 2D-версия может дать больше полезной информации, чем 3D-модели из PDB
[11:49:54] Кушелев Александр Юрьевич: Заказчики сами разберутся, нужна им информация или нет.
[11:50:05] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы им её не даёте, поэтому у них и интерес пропал.
[11:50:52] Кушелев Александр Юрьевич: Объясните, что мы работаем на уровне пикометров:

[11:52:17] Кушелев Александр Юрьевич: И та информация, которую даёт даже 2D-Пикотех, может оказаться гораздо полезнее информации из PDB. Тем более, что "лишней информации не бывает". Мы же даём дополнительную информацию 
[11:53:01] Andrei: вы опять за свои "сказки" принялись бездоказательные 
[11:53:27] Andrei: это называется синдром изобретателя
[11:53:40] Andrei: им мерещаться гениальные открытия
[11:53:55] Кушелев Александр Юрьевич: Чтобы понять научную ценность, нужно владеть материалом. Вы кто по образованию?
[11:54:38] Andrei: а хоть один с образованием кого вы встречали ваши сказания может подтвердить? 
[11:54:55] Кушелев Александр Юрьевич: Вы с какой Луны упали?
[11:55:06] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория Соколик по нашим материалам книгу написала
[11:55:56] Andrei: и что это доказывает?
[11:55:58] Кушелев Александр Юрьевич: Одна лишь таблица композиционного генетического кода может дать больше информации, чем вся база PDB
[11:56:10] Andrei: опять 25
[11:56:12] Кушелев Александр Юрьевич: 64 цифры
[11:56:29] Andrei: все это пока гипотеза бездоказательная
[11:57:09] Andrei: вы даже не осилили статистический анализ сделать по научному между вашей программой и Базой
[11:57:39] Кушелев Александр Юрьевич: Каждый потенциальный заказчик сам может решить, что доказано, что не доказано. Вы-то кто по образованию? Кристалл от молекулы сможете отличить?
[11:58:11] Andrei: речь о том можете ли вы решить сами или нет
[11:58:21] Кушелев Александр Юрьевич: Вы за форумом следите?
[11:58:32] Andrei: ибо доказательств у вас ноль
[11:59:12] Andrei: и полосочки цветные не сложно сгенирировать на компе
[11:59:20] Кушелев Александр Юрьевич: aest просил 6 фрагментов, замкнутых через дисульфидные мостики. Вот они
[11:59:52] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы про полосочки... Вы же молекулу от кристалла не отличите 
[12:00:24] Andrei: все бы хорошо, но доказаетельств что ваши полосочки правильны на самом деле у вас нет
[12:00:37] Кушелев Александр Юрьевич: Про отличие молекулы от атома я Вас уже не спрашиваю. Это всё равно, что от козла молока ждать 
[12:00:59] Andrei: так это я от вас жду молока но безрезультатно 
[12:01:01] Кушелев Александр Юрьевич: Вы взялись за работу менеджера, а сами лезете в науку.
[12:01:21] Кушелев Александр Юрьевич: Зачем мне такой "менеджер"? 
[12:01:45] Andrei: приходится лезть когда изобретатель безграмотный в методах научных доказательств
[12:01:45] Кушелев Александр Юрьевич: Если Вы сами в науке разбираетесь, то я Вам не нужен
[12:02:06] Кушелев Александр Юрьевич: Прощайте. С Вами только время терять
[12:02:48] Andrei: есть сейчас один эксперт можно попробовать ее спросить
[12:03:22] Andrei: но если вы будете вести себя неадекватно то смысла нет этим заниматься вообще
[12:24:19] Andrei:
Кушелев: заказчик / заказчица может убедиться в полезности 2D-версии программы Пикотех. Даже 2D-версия может дать больше полезной информации, чем 3D-модели из PDB
Андрей: там и так была 2D модель
[12:24:40] Andrei: смысла заново слать нет
[12:31:14] Кушелев Александр Юрьевич: Вы мне писали, что послали только 3D-модели
[12:31:49] Andrei: все что было то и послал
[12:32:03] Andrei: там и 2Д тоже была
[12:32:44] Кушелев Александр Юрьевич: Это меняет дело
[12:32:45] Andrei: но в любом случае это не заинтерсовало из-за ошибки в 6 раз от РСА
[12:33:18] Кушелев Александр Юрьевич: Надо было объяснить, что 3D версия ещё не протестирована. Обнаружились ошибки. Зато 2D-версия работает безошибочно
[12:33:36] Andrei: так еще хуже будет
[12:33:44] Кушелев Александр Юрьевич: Ну и заодно объяснить, что точность моделей в PDB ещё хуже
[12:33:55] Andrei: надо молчать пока никто не понимает как оно на самом деле
[12:34:18] Andrei: там хоть фигу рисуй никто не сможет ни доказать ни опровергнуть
[12:34:22] Кушелев Александр Юрьевич: Лучше открыть глаза заказчикам на реальную погрешность моделей из PDB
[12:34:34] Кушелев Александр Юрьевич: Иначе они на PDB молятся, а там пшик...
[12:35:10] Andrei: вот как докинг сделаете автоматический то тогда другое дело
[12:35:30] Andrei: а пока там можно фиги рисовать и никто не удивится
[12:35:41] Кушелев Александр Юрьевич: Тогда ждите. А другие менеджеры будут работать 
[12:35:53] Andrei: я только за 
[12:37:03] Andrei: когда хоть одному удасться что-то продать то пишите
[12:37:13] Andrei: это может изменить положение дел
[12:38:26] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно изменит! И 80% тоже изменятся 
[12:39:09] Andrei: лучше 1% от милиона чем 80% от нуля 
[12:40:09] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому Вы до сих пор и на нуле 
[12:40:40] Andrei: ноль это то что имеем от изобретателя на данный момент 
[12:41:21] Andrei: тут хоть 800% пообещайте и будет то же самое
[12:41:35] Кушелев Александр Юрьевич: Мои модели уже школьники с 2004 года изучают, а Вы в 2017-ом году ещё тормозите...
[12:42:13] Andrei: Ну ок... ждем результатов от новых менеджеров нетормозных 
[12:43:20] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю за то, что нашли время для  нашей научной дискуссии 
[12:44:31] Andrei: но если и новые менеджеры не осилят ничего то нужно будет серьезно научно задуматься "а есть ли ребенок" 
[13:17:02] Andrei: https://www.mathworks.com/help/bioinfo/ … hworks.com
[13:18:57] Andrei: https://www.mathworks.com/help/bioinfo/ … cules.html
[13:21:29] Кушелев Александр Юрьевич: Когда напишите, чем отличается кристалл от молекулы, тогда продолжим научную дискуссию
[13:36:01] Andrei: вы подозрительно невнимательны, там речь идет об атомах имеющих кольцегранную структуру
[13:36:37] Andrei: в данном случае об атомах металлов
[13:37:04] Andrei: ну дак и ежу понятно что и другие атомы тоже могут иметь подобное строение
[13:38:30] Andrei: вернее не кольцегранную а многогранную
[13:38:51] Andrei: по сути это одно и то же
[13:40:06] Andrei: а про вращение спирали белка - это тоже не новость
[13:40:40] Andrei: так что новизна стремится к нулю
[13:44:02] Кушелев Александр Юрьевич: Я же говорю, что для Вас без разницы, кольцегранная, многогранная... молекула, кристалл... Пока не научитесь отличать молекулу от кристалла, я не готов с Вами дискутировать на научные темы...
[13:44:44] Кушелев Александр Юрьевич: Что касается "вращения спирали белка", то для Вас, похоже и ДНК от белка неотличима 
[13:45:48] Andrei: ДНК это типичный пример вращения.. и ежу понятно что и в других белках тоже самое может происходить
[13:50:26] Кушелев Александр Юрьевич: Вы мне напомнили один армейский анекдот: "Копать будете от меня и до следующего дуба" 

2017.01.24 21:26:12

>ENA|AAD33871|AAD33871.1 Homo sapiens (human) alpha-tubulin
ATGCGTGAGTGCATCTCCATCCACGTTGGCCAGGCTGGTGTCCAGATTGGCAATGCCTGC
TGGGAGCTCTACTGCCTGGAACACGGCATCCAGCCCGATGGCCAGATGCCAAGTGACAAG
ACCATTGGGGGAGGAGATGATTCCTTCAACACCTTCTTCAGTGAGACGGGGGCTGGCAAG
CATGTGCCCCGGGCAGTGTTTGTAGACTTGGAACCCACAGTCATTGATGAAGTTCGCACT
GGCACCTACCGCCAGCTCTTCCACCCTGAGCAACTTATCACAGGCAAAGAAGATGCTGCC
AATAACTATGCCCGAGGGCACTACACCATTGGCAAGGAGATCATTGACCTCGTGTTGGAC
CGAATTCGCAAGCTGGCCGACCAGTGCACGGGTCTCCAGGGCTTCTTGGTTTTCCACAGC
TTTGGTGGGGGAACTGGTTCTGGGTTCACCTCGCTGCTCATGGAACGTCTCTCAGTTGAT
TATGGCAAGAAGTCCAAGCTGGAGTTCTCTATTTACCCGGCGCCCCAGGTTTCCACAGCT
GTAGTTGAGCCCTACAACTCCATCCTCACCACCCACACCACCCTGGAGCACTCTGATTGT
GCCTTCATGGTAGACAATGAGGCCATCTATGACATCTGTCGTAGAAACCTCGATATTGAG
CGTCCAACCTATACTAACCTGAATAGGTTAATAGGTCAAATTGTGTCCTCCATCACTGCT
TCCCTGAGATTTGATGGAGCCCTGAATGTTGACCTGACAGAATTCCAGACCAACCTGGTG
CCCTATCCCCGCATCCACTTCCCTCTGGCCACATATGCCCCTGTCATCTCTGCTGAGAAA
GCCTACCATGAACAGCTTTCTGTAGCAGAGATCACCAATGCTTGCTTTGAGCCAGCCAAC
CAGATGGTGAAATGTGACCCTCGCCATGGTAAATACATGGCTTGCTGCCTGTTGTACCGT
GGTGACGTGGTTCCCAAAGATGTCAATGCTGCCATTGCCACCATCAAGACCAAGCGTACC
ATCCAGTTTGTGGATTGGTGCCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCATCAACTACCAGCCTCCC
ACTGTGGTGCCTGGTGGAGACCTGGCCAAGGTACAGAGAGCTGTGTGCATGCTGAGCAAC
ACCACAGCCATTGCTGAGGCCTGGGCTCGCCTGGACCACAAGTTTGACCTGATGTATGCC
AAACGTGCCTTTGTTCACTGGTACGTTGGGGAGGGGATGGAGGAAGGTGAGTTTTCAGAG
GCCCGTGAGGACATGGCTGCCCTTGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGTGTGGATTCTGTT
GAAGGAGAGGGTGAGGAAGAAGGAGAGGAATAC

Композиционный код-4:

1,3,1,1,1,1,1,1,3,1,1,3,3,1,1,3,1,3,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,2,3,1,1,1,3,4,2,2,3,3,1,1,1,
1,1,1,3,1,4,4,3,1,1,3,4,1,4,2,4,3,2,1,1,3,1,2,1,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,3,3,1,2,1,3,3,3,3,1,
3,1,3,1,2,4,1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,1,4,1,1,2,3,1,1,4,1,1,1,1,4,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,3,4,2,3,3,3,4,1,1,
4,4,1,1,3,3,1,2,3,3,3,1,1,1,1,1,4,1,1,3,3,1,4,4,1,1,3,1,2,3,2,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,3,3,3,
1,1,1,2,1,3,1,1,1,3,1,1,3,3,3,1,1,3,3,1,3,2,1,3,3,1,4,3,1,3,2,3,3,3,4,1,1,1,3,3,1,4,3,3,3,2,1,4,3,3,
1,4,2,3,1,1,1,1,4,4,1,3,1,1,1,1,1,3,4,1,2,3,1,3,1,1,3,3,1,3,1,1,3,3,1,3,3,2,2,1,1,1,3,3,1,3,1,2,1,1,
1,1,4,3,3,1,3,1,3,3,3,1,1,3,1,1,4,1,1,3,3,1,4,3,1,3,3,1,3,3,1,3,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,4,3,1,1,1,3,1,
1,1,3,1,1,1,1,1,3,1,3,4,4,3,3,2,1,4,1,1,2,1,3,3,4,1,1,4,1,1,1,2,1,3,3,1,1,1,3,1,4,1,1,1,3,1,4,1,3,1,
3,3,1,3,3,1,1,1,3,4,1,4,1,1,3,3,1,3,2,1,1,3,1,1,1,3,1,3,1,1,3,3,1,1,3,3,4,3,3,3,3,2,1,3,1,3,3,2,1,3,

Композиционный код-6:

5,3,1,1,1,1,1,1,3,5,5,3,3,5,5,3,5,3,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,1,1,1,1,3,5,5,5,2,3,5,5,5,3,5,2,2,3,3,1,1,1,
1,1,1,3,4,4,4,3,5,5,3,4,4,4,2,5,3,2,5,5,3,5,2,5,3,3,3,3,5,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,5,3,3,5,2,5,3,3,3,3,5,
3,5,3,5,2,4,1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,1,4,1,1,2,3,1,1,4,1,1,1,1,4,3,1,1,1,1,1,3,5,5,5,3,3,5,2,3,3,3,4,1,1,
4,4,1,1,3,3,5,2,3,3,3,1,1,1,1,1,4,1,1,3,3,1,4,4,1,1,3,5,2,3,2,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,3,3,3,
5,5,5,2,5,3,5,5,5,3,5,5,3,3,3,5,5,3,3,5,3,2,5,3,3,5,5,3,5,3,2,3,3,3,4,1,1,1,3,3,5,5,3,3,3,2,5,5,3,3,
5,5,2,3,1,1,1,1,4,4,1,3,1,1,1,1,1,3,5,5,2,3,5,3,5,5,3,3,5,3,5,5,3,3,5,3,3,2,2,5,5,5,3,3,5,3,5,2,1,1,
1,6,4,3,3,5,3,5,3,3,3,5,5,3,1,1,4,1,1,3,3,5,5,3,5,3,3,5,3,3,5,3,1,1,1,1,1,1,3,5,5,5,3,5,3,5,5,5,3,5,
5,5,3,1,1,1,1,1,3,5,3,5,5,3,3,2,1,4,1,1,2,5,3,3,4,1,6,4,1,1,1,2,5,3,3,5,5,5,3,1,4,1,1,1,3,5,5,5,3,5,
3,3,5,3,3,5,5,5,3,4,1,4,6,1,3,3,5,3,2,5,5,3,5,5,5,3,5,3,5,5,3,3,5,5,3,3,5,3,3,3,3,2,5,3,5,3,3,2,5,3,

Вторичная структура (Пикотех-2017)

В структуре первой субъединицы встречается 3 метионина.

>ENA|AAD33873|AAD33873.1 Homo sapiens (human) beta-tubulin
ATGAGGGAAATCGTGCACATCCAGGCTGGTCAGTGTGGCAACCAGATCGGTGCCAAGTTC
TGGGAGGTGATCAGTGATGAACATGGCATCGACCCCACCGGCACCTACCACGGGGACAGC
GACCTGCAGCTGGACCGCATCTCTGTGTACTACAATGAAGCCACAGGTGGCAAATATGTT
CCTCGTGCCATCCTGGTGGATCTAGAACCTGGGACCATGGACTCTGTTCGCTCAGGTCCT
TTTGGCCAGATCTTTAGACCAGACAACTTTGTATTTGGTCAGTCTGGGGCAGGTAACAAC
TGGGCCAAAGGCCACTACACAGAGGGCGCCGAGCTGGTTGATTCTGTCCTGGATGTGGTA
CGGAAGGAGGCAGAGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGCTTCCAGCTGACCCACTCACTGGGC
GGGGGCACAGGCTCTGGAATGGGCACTCTCCTTATCAGCAAGATCCGAGAAGAATACCCT
GATCGCATCATGAATACCTTCAGTGTGGTGCCTTCACCCAAAGTGTCTGACACCGTGGTC
GAGCCCTACAATGCCACCCTCTCCGTCCATCAGTTGGTAGAGAATACTGATGAGACCTAT
TGCATTGACAACGAGGCCCTCTATGATATCTGCTTCCGCACTCTGAAGCTGACCACACCA
ACCTACGGGGATCTGAACCACCTTGTCTCAGCCACCATGAGTGGTGTCACCACCTGCCTC
CGTTTCCCTGGCCAGCTCAATGCTGACCTCCGCAAGTTGGCAGTCAACATGGTCCCCTTC
CCACGTCTCCATTTCTTTATGCCTGGCTTTGCCCCTCTCACCAGCCGTGGAAGCCAGCAG
TATCGAGCTCTCACAGTGCCGGAACTCACCCAGCAGGTCTTCGATGCCAAGAACATGATG
GCTGCCTGTGACCCCCGCCACGGCCGATACCTCACCGTGGCTGCTGTCTTCCGTGGTCGG
ATGTCCATGAAGGAGGTCGATGAGCAGATGCTTAACGTGCAGAACAAGAACAGCAGCTAC
TTTGTGGAATGGATCCCCAACAATGTCAAGACAGCCGTCTGTGACATCCCACCTCGTGGC
CTCAAGATGGCAGTCACCTTCATTGGCAATAGCACAGCCATCCAGGAGCTCTTCAAGCGC
ATCTCGGAGCAGTTCACTGCCATGTTCCGCCGGAAGGCCTTCCTCCACTGGTACACAGGC
GAGGGCATGGACGAGATGGAGTTCACCGAGGCTGAGAGCAACATGAACGACCTCGTCTCT
GAGTATCAGCAGTACCAGGATGCCACCGCAGAAGAGGAGGAGGATTTCGGTGAGGAGGCC
GAAGAGGAGGCC

Композиционный код-4:

1,1,3,1,4,1,1,1,3,3,1,3,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,3,3,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,4,1,4,1,1,1,3,4,1,
1,3,3,1,2,3,1,3,3,3,3,3,1,1,4,4,3,2,3,3,4,1,1,1,3,3,1,2,3,3,3,1,1,1,3,3,2,1,1,3,2,3,3,1,3,4,2,3,1,1,
1,1,3,1,1,1,2,1,1,1,1,4,3,3,3,1,4,3,4,2,4,1,1,2,1,1,3,1,1,4,1,1,1,1,4,1,1,2,4,1,4,1,2,1,3,2,1,1,3,1,
3,1,1,1,1,2,3,3,1,3,3,1,1,1,3,1,1,3,4,4,3,2,1,3,4,3,1,1,4,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,3,1,1,2,1,3,3,3,1,1,3,
1,3,1,1,1,1,1,3,3,1,1,1,1,3,4,1,4,1,2,2,1,1,4,3,4,1,1,3,1,2,1,1,1,3,3,1,1,1,1,1,3,1,3,1,1,1,3,3,1,1,
1,1,1,2,1,1,1,1,1,1,2,3,1,3,1,3,1,3,1,3,1,3,1,1,1,3,2,1,1,1,3,2,3,1,2,4,4,3,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,
3,1,3,1,1,1,1,1,2,1,1,1,4,3,3,1,1,3,3,4,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,1,4,1,1,1,1,1,1,1,3,4,3,1,1,1,1,3,1,1,
2,1,1,3,1,1,2,3,3,1,1,1,1,2,1,1,1,3,1,3,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,3,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,2,1,
1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,3,1,1,1,1,3,1,1,2,3,1,1,1,3,1,3,1,1,1,3,1,1,3,1,3,3,2,1,3,

Композиционный код-6:

5,5,3,1,4,1,1,1,3,3,5,3,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,3,3,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,4,1,4,1,1,1,3,5,5,
5,3,3,5,2,3,5,3,3,3,3,3,1,1,4,4,3,2,3,3,4,1,6,1,3,3,5,2,3,3,3,5,5,5,3,3,2,5,5,3,2,3,3,5,3,5,2,3,1,1,
1,1,3,5,5,5,2,1,1,1,1,4,3,3,3,5,5,3,5,2,5,5,5,2,5,5,3,1,1,4,1,1,1,1,4,1,1,2,4,1,4,1,2,5,3,2,5,5,3,5,
3,1,1,1,1,2,3,3,5,3,3,5,5,5,3,5,5,3,5,5,3,2,5,3,5,3,1,1,4,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,3,5,5,2,5,3,3,3,5,5,3,
5,3,1,1,1,1,1,3,3,1,1,1,1,3,4,1,4,1,2,2,4,4,4,3,5,5,5,3,5,2,5,5,5,3,3,1,1,1,1,1,3,5,3,5,5,5,3,3,1,1,
1,1,1,2,1,1,6,1,1,1,2,3,5,3,5,3,5,3,5,3,5,3,5,5,5,3,2,5,5,5,3,2,3,5,2,5,5,3,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,6,1,
3,5,3,1,1,1,1,1,2,1,1,1,4,3,3,5,5,3,3,4,6,1,6,1,1,1,3,5,5,5,3,1,4,1,1,1,1,1,1,1,3,5,3,1,1,1,1,3,5,5,
2,5,5,3,5,5,2,3,3,1,1,1,1,2,5,5,5,3,5,3,5,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,3,1,6,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,2,1,
1,1,6,1,1,6,1,1,1,1,3,1,1,1,6,1,1,1,1,3,5,3,1,1,1,1,3,5,5,2,3,5,5,5,3,5,3,5,5,5,3,5,5,3,5,3,3,2,5,3,

В структуре второй субъединицы встречается целых 9(девять!) Met (метионинов). На них спирали заметно гнутся. А на кодах "4" заметно (градусов на 20) скручиваются. Поэтому форма модели сильно отличается, если не учитывать эти изгибы и скручивания.

Victoriy пишет:

Мне для японцев нужен координатный файл гетеродимера, а использовать "сказочную" модель из базы данных не хочется. Моя программа виснет при работе с двумя белками сразу.
Ещё раз спрашиваю: в своих программах или вьюере Вы могли бы ориентировать две мои модели хотя бы рядом друг с другом. Мне туда ещё молекулы куркумина всунуть надо.
А дальше пусть они сами с этим играются.

Кушелев: Две модели можно крутить в программе HiperChem

Вы объясните заказчикам, что стуктуры этих белков содержат метионины и коды 310-спирали. Поэтому нужно учитывать скручивание и изгиб спиралей. Валентин делает версию Пикотех, которая поможет легко настроить средние углы и в интерактивном режиме поправлять модели конкретных белков вручную, т.е. в режиме пошаговой сборки модели.

А на модели из PDB, как мы с Вами понимаем, надеяться не приходится 

2017.01.21 21:23:37

http://www.uniprot.org/uniprot/P09945

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA29195

>ENA|AAA29195|AAA29195.1 Hirudo medicinalis (medicinal leech) hypothetical protein
GCAATCTGCGTGTCTCAAGCAATTACTTACACTGATTGTACAGAATCGGGTCAAAATTTG
TGCCTCTGCGAGGGAAGCAATGTTTGCGGTAAAGGCAATAAGTGCATATTGGGTTCTAAT
GGAAAGGGCAACCAATGTGTCACTGGCGAAGGTACACCGAACCCTGAAAGCCATAATAAC
GGCGATTTCGAAGAAATTCCAGAAGAATATTTACAATGA

Композиционный код-6:
2,4,4,4,3,3,2,3,3,5,3,3,3,2,3,5,3,3,3,1,1,1,1,1,2,5,3,3,5,3,3,5,3,5,5,2,5,3,3,3,2,5,5,5,3,3,5,3,5,3,
3,2,5,5,3,3,5,3,3,5,5,3,5,3,3,3,2,3,3,3,3,3,0

Модель построена с помощью скрипта Кушелева-2017 по композиционному коду-6

Модель показывает, что цикл замыкается через Cys3...Cys21

2017.01.21 21:08:18

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=1A4W

http://www.uniprot.org/uniprot/P00734

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CAJ01369

>ENA|CAJ01369|CAJ01369.1 Homo sapiens (human) prothrombin
ATGGCGCACGTCCGAGGCTTGCAGCTGCCTGGCTGCCTGGCCCTGGCTGCCCTGTGTAGC
CTTGTGCACAGCCAGCATGTGTTCCTGGCTCCTCAGCAAGCACGGTCGCTGCTCCAGCGG
GTCCGGCGAGCCAACACCTTCTTGGAGGAGGTGCGCAAGGGCAACCTAGAGCGAGAGTGC
GTGGAGGAGACGTGCAGCTACGAGGAGGCCTTCGGGGCTCTGGAGTCCTCCACGGCTACG
GATGTGTTCTGGGCCAAGTACACAGCTTGTGAGACAGCGAGGACGCCTCGAGATAAGCTT
GCTGCATGTCTGGAAGGTAACTGTGCTGAGGGTCTGGGTACGAACTACCGAGGGCATGTG
AACATCACCCGGTCAGGCATTGAGTGCCAGCTATGGAGGAGTCGCTACCCACATAAGCCT
GAAATCAACTCCACTACCCATCCTGGGGCCGACCTACAGGAGAATTTCTGCCGCAACCCC
GACAGCAGCACCACGGGACCCTGGTGCTACACTACAGACCCCACCGTGAGGAGGCAGGAA
TGCAGCATCCCTGTCTGTGGCCAGGATCAAGTCACTGTAGCGATGACTCCACGCTCCGAA
GGCTCCAGTGTGAATCTGTCACCTCCATTGGAGCAGTGTGTCCCTGATCGGGGGCAGCAG
TACCAGGGGCGCCTGGCGGTGACCACACATGGGCTCCCCTGCCTGGCCTGGGCCAGCGCA
CAGGCCAAGGCCCTGAGCAAGCACCAGGACTTCAACTCAGCTGTGCAGCTGGTGGAGAAC
TTCTGCCGCAACCCAGACGGGGATGAGGAGGGCGTGTGGTGCTATGTGGCCGGGAAGCCT
GGCGACTTTGGGTACTGCGACCTCAACTATTGTGAGGAGGCCGTGGAGGAGGAGACAGGA
GATGGGCTGGATGAGGACTCAGACAGGGCCATCGAAGGGCGTACCGCCACCAGTGAGTAC
CAGACTTTCTTCAATCCGAGGACCTTTGGCTCGGGAGAGGCAGACTGTGGGCTGCGACCT
CTGTTCGAGAAGAAGTCGCTGGAGGACAAAACCGAAAGAGAGCTCCTGGAATCCTACATC
GACGGGCGCATTGTGGAGGGCTCGGATGCAGAGATCGGCATGTCACCTTGGCAGGTGATG
CTTTTCCGGAAGAGTCCCCAGGAGCTGCTGTGTGGGGCCAGCCTCATCAGTGACCGCTGG
GTCCTCACCGCCGCCCACTGCCTCCTGTACCCGCCCTGGGACAAGAACTTCACCGAGAAT
GACCTTCTGGTGCGCATTGGCAAGCACTCCCGCACAAGGTACGAGCGAAACATTGAAAAG
ATATCCATGTTGGAAAAGATCTACATCCACCCCAGGTACAACTGGCGGGAGAACCTGGAC
CGGGACATTGCCCTGATGAAGCTGAAGAAGCCTGTTGCCTTCAGTGACTACATTCACCCT
GTGTGTCTGCCCGACAGGGAGACGGCAGCCAGCTTGCTCCAGGCTGGATACAAGGGGCGG
GTGACAGGCTGGGGCAACCTGAAGGAGACGTGGACAGCCAACGTTGGTAAGGGGCAGCCC
AGTGTCCTGCAGGTGGTGAACCTGCCCATTGTGGAGCGGCCGGTCTGCAAGGACTCCACC
CGGATCCGCATCACTGACAACATGTTCTGTGCTGGTTACAAGCCTGATGAAGGGAAACGA
GGGGATGCCTGTGAAGGTGACAGTGGGGGACCCTTTGTCATGAAGAGCCCCTTTAACAAC
CGCTGGTATCAAATGGGCATCGTCTCATGGGGTGAAGGCTGTGACCGGGATGGGAAATAT
GGCTTCTACACACATGTGTTCCGCCTGAAGAAGTGGATACAGAAGGTCATTGATCAGTTT
GGAGAGTAG

2017.01.22 21:17:08

[20:29:35] Кушелев Александр Юрьевич: Вот что я писал в 2012-ом: "Вот он, правильный инсулин.
Только теперь его удалось получить меняя не три, а всего лишь один композиционный угол!"
[20:29:48] Кушелев Александр Юрьевич: А на самом деле придётся делать по-настоящему...
[20:30:10] Va12220(valqwa): ну наконец то
[20:30:20] Va12220(valqwa): не зря я тебе мозги промывал ацетоном вчера
[20:31:20] Кушелев Александр Юрьевич:

[20:32:07] Кушелев Александр Юрьевич: Так меняется транспозиционный угол. Его придётся менять и для одного, и для всех аминокислот в реальном времени. Сейчас покажу, как ты такое делал в 2012-ом...
[20:32:46] Кушелев Александр Юрьевич:

[20:33:17] Кушелев Александр Юрьевич: Это я менял один угол альфа-спирали для всех аминокислотных остатков сразу
[20:33:59] Кушелев Александр Юрьевич: А надо будет сделать не только "1", но и "23456" и транспозиционный тоже. И тоже в реал тайм.
[20:34:13] Кушелев Александр Юрьевич: Но сначала нужно собрать алгоритм правильно.
[20:35:23] Кушелев Александр Юрьевич: Давай для начала поставим правильно первый и второй аминокислотные остатки.
[20:35:55] Кушелев Александр Юрьевич: И потом подумаем, как последний ставить на место предпоследнего в случае альфа-спирали.
[20:36:45] Кушелев Александр Юрьевич: А в случае не альфа-спирали нужно будет делать реверс последнего остатка, но уже вместе с построенной частью белка
[20:37:14] Кушелев Александр Юрьевич: А потом переводить как бы в положение предпоследнего, если бы это была альфа-спираль.
[20:39:56] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, возвращаемся сюда и делаем в твоей программе такую модель:
[20:39:57] Кушелев Александр Юрьевич:

Тут координаты
[20:40:25] Va12220(valqwa): серые шарики что обозначают ?
[20:40:43] Кушелев Александр Юрьевич: Центры электронов-колец
[20:41:02] Кушелев Александр Юрьевич: А более крупные - ядра углерода
[20:41:14] Кушелев Александр Юрьевич: Синий - азот
[20:41:15] Va12220(valqwa): а голубой шарик без колец там у тебя
[20:41:54] Кушелев Александр Юрьевич: А голубой - кислород, который будет вытолкнут (замещён) азотом последней аминокислоты сверху вниз
[20:42:42] Кушелев Александр Юрьевич: Голубой шарик должен находиться в начале координат: (0,0,0)
[20:42:55] Кушелев Александр Юрьевич: Но вращаться должна сначала верхняя аминокислота
[20:43:03] Va12220(valqwa): но колечки вокруг него тоже нужны и важны
[20:43:08] Кушелев Александр Юрьевич: А после установки должен быть реверс всей структуры
[20:43:19] Кушелев Александр Юрьевич: Колечки будут
[20:43:27] Кушелев Александр Юрьевич: Ведь на это место встанет азот с колечками
[20:44:04] Кушелев Александр Юрьевич: Верхняя (последняя аминокислота) должна опускаться в таком положении:
[20:44:26] Кушелев Александр Юрьевич:

[20:45:13] Кушелев Александр Юрьевич: И перед тем, как её опустить, нужно её повернуть по варианту 123456, опустить
[20:46:10] Кушелев Александр Юрьевич: А потом объединить с нижней (и всем белком), сделать реверс в позицию 1 (альфа-спираль, начало отсчёта угла), после чего последний аминокислотный остаток вместе со всем белком поставить на место предпоследнего.
[20:46:43] Кушелев Александр Юрьевич: Это будет модель реального процесса в рибосоме.
[20:50:04] Кушелев Александр Юрьевич: Чтобы получить нулевой угол (угол альфа-спирали) нужно нижнюю модель перевести в положение верхней так, чтобы они были в композиции альфа-спирали
[20:59:44] Кушелев Александр Юрьевич: Верхний остаток нужно будет вместе с нижним потом повернуть так, чтобы ось иксов показывала нулевой угол для верхнего. А нижний будет ориентирован "как получится"
[21:01:42] Кушелев Александр Юрьевич: Угол альфа-спирали нужно будет настраивать параллельно с транспозиционным углом. Иначе он неправильным будет...
[21:03:10] Кушелев Александр Юрьевич: И после настройки сделать его нулевым для верхнего (последнего) аминокислотного остатка. Для этого нужно будет оба остатка синхронно повернуть так, чтобы ось иксов показала нулевой угол поворота для верхнего.
[21:03:36] Кушелев Александр Юрьевич: И тогда мы будем знать правильное положение нижнего.

2017.01.21 18:50:06

Замена элементов приводит к замене вида вторичной структуры.

2017.01.20 18:52:38

diprospan пишет:

моделирование третичной (пространственной) структуры белка всегда натыкается
на невозможность определения точной истинной конформации исследуемого белка.
ещё в 1968 году Сайрус Левинталь вычислил, что для белка, который имеет 100
аминокислотных остатков существует приблизительно 100 в сотой степени
конформаций, при этом за ничтожное время (10 в -13 степени секунды)
аминокислотная цепь формирует наиболее энергетически выгодный вариант.
https://ru.wikipedia.org/wiki/Парадокс_Левинталя
специалисты страшно мучаются с этим обстоятельством не в силах это постичь, и
моделируют туго-эмпирическим методом с привлечением слегка похожих гомологов
из разных перепутанных баз данных, но и все 3D структуры гомологов были некогда
выявлены не совсем точно эмпирически от фонаря, в итоге они получают мрак и хаос.
понимая всю обречённость своего существования специалисты тогда на худой конец
используют для перебора возможных конформаций специальные сервисы, которые
работают через суперкомпьютеры, предназначенные для выполнения подобных задач.
это тот случай когда белок умнее его изучающих специалистов, белок выбирает свою
нативную структуру (native state) среди бесчисленного множества возможных,
для цепи из 100 остатков их полный перебор занял бы 10^80 лет, если один переход
осуществлять за 10^−13 секунды, поэтому сложность проблемы заключается в том,
что данный вопрос нельзя решить экспериментально, так как придётся ждать 10^80 лет.
специалистам остаётся успокаивать себя тем, что белки могут сворачиваться разными
путями, "не обязательно следуя глобально оптимальному пути".
да и в самом деле, омлет отличается от яичницы глазуньи. )
не в силах постичь третичную структуру, специалисты смело переходят к четвертичной.
https://ru.wikipedia.org/wiki/Четвертичная_структура
а там и до пятеричной видимо не очень далеко.)

Спасибо Diprospan, меня тоже занимал этот парадокс, однако стоит изменить постановку задачи и никакого парадокса нет.
Смотрите: сейчас все не обосновано исходят из того, что сворачивание каждой молекулы новосинтезированного белка происходит из вытянутого плоского шнурка с бусиками аминокислот (недоразумение №1), поскольку пространственная структура не кодируется (недоразумение №2).
А теперь давайте будем исходить из того, что 3D-структура белка закодирована в геноме, поэтому она транслируется рибосомой также как первичная структура белка. В результате рибосома штампует для всех молекул одного белка абсолютно одинаковые структурные шаблоны с уникальной специфичной только для этого белка пространственной структурой. В процессе фолдинга остаётся только немного довести эту структуру до совершенства в соответствии с микроокружением (например спрятать все гидрофобные группы внутрь белковой глобулы). Согласитесь, что если задана уникальная структура отсчета (декодированный структурный шаблон), то из неё получить функциональную конформацию пара пустяков. Очевидно, что для всех молекул другого белка синтезируется именно их структурные шаблоны, у которых также короткий и однозначный путь к функциональной конформации. У белков в клетке это очень быстрый и активный процесс, поскольку, если не успел вовремя свернуться, тебя тут же признают бракованным и разберут на зап.части. В действительности 60-70 % новосинтезированных белков тут же разрушаются протеазами: сами понимаете какая огромная конкуренция остаться в живых.

2017.01.20 21:04:05

Victoriy пишет:

зачем Вам понадобились БАКТЕРИАЛЬНЫЕ белки. Зайдите в Гугл и узнайте, что бактериальный геном транслируется отлично от животных и растений: у них своя упрощенная система генетического кода даже первичной структуры  белков, о пространственной я вообще молчу. Ни Вы, ни я не занимались вопросом особенностей кодирования пространственной структуры бактериальных белков. У них даже тРНК другие. Переносить на их транслирующую систему наработки, сделанные для эукариот -- бОльшая ошибка и небрежность с Вашей стороны.

Кушелев: А человеческие белки Вас устраивают?

2017.01.20 21:11:36

Вот ещё несколько человеческих, не гипотетических:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 4MPRE7J015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/55 … 4MPRE7J015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 4MPRE7J015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/78 … 4MPRE7J015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 4MPRE7J015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/45 … 4MPRE7J015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/96 … 4MPRE7J015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/45 … 4MPRE7J015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/427197606

Вторичная структура (Пикотех-2017): https://cloud.mail.ru/public/EW1F/6rDqp29Ei

Два витка метиониновой спирали

2017.01.20 22:05:03

А этот белок содержит длинную аланиновую спираль:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/15 … 4MPRE7J015

2017.01.20 22:11:27

Kushelev пишет:

Вот ещё несколько человеческих, не гипотетических:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 4MPRE7J015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/55 … 4MPRE7J015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/45 … 4MPRE7J015

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/427197606

Вторичная структура (Пикотех-2017): https://cloud.mail.ru/public/EW1F/6rDqp29Ei

А.Ю., некоторое повторение метионинов на N-конце приведенных Вами белков могло случиться в ходе их эволюции посредством дупликации кодона сигнального N-концевого метионина любого белка, который как правило отщепляется в ходе его посттрансляционного созревания.
Действительно в приведенных Вами примерах есть не один метионин в виде затравки трансляции, а 4-7 штук. Подозреваю, что такая множественная дупликация не мешала ни их синтезу, ни структуре, поскольку метиониновый хвост НЕ сворачивался в виток спирали, как об этом свидетельствуют экспериментальные данные и результаты моей программы: http://www.uniprot.org/uniprot/Q12824.
В белке http://www.uniprot.org/uniprot/Q01668 полиметионин (1-7), полилейцин (653-659) и полиглутамат (827-838) используются не в качестве мифических спиралей Кушелева, а как связующие мостики для композиционного смещения топологических и трансмембранных доменов этого огромного белка.

Victoriy пишет:

Действительно в приведенных Вами примерах есть не один метионин в виде затравки трансляции, а 4-7 штук. Подозреваю, что такая множественная дупликация не мешала ни их синтезу, ни структуре, поскольку метиониновый хвост НЕ сворачивался в виток спирали, как об этом свидетельствуют экспериментальные данные

Кушелев: А где можно посмотреть на эти экспериментальные данные?

И как быть с метиониновой спиралью в конце или в середине белковой молекулы?

Это - не начало белка!

И это, как видите, далеко не начало белка 

Если экспериментальные данные относятся к синтетическим полипептидам, то композиционный код тут ни при чём. Другое дело, если метиониновые спирали синтезируются рибосомой. Пусть даже по синтетическому гену. Такие экспериментальные данные есть?

Кстати. никакая аминокислота, многократно повторенная в полимере, например, в бета-спирали,  не будет сворачиваться в альфа-спираль. Построить альфа-спираль может только рибосома.

http://www.uniprot.org/uniprot/Q12824

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA81905

Вторичная структура (Пикотех-2017): https://img-fotki.yandex.ru/get/42692/1 … 1_orig.png

С какими экспериментальными данными Вы предлагаете сравнить вторичную структуру по алгоритму Пикотех-2017 ?

С этими?

http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/5AJ1

РСА "не видит" не только витка метиониновой спирали. Он вообще всю спираль от 1 до 32-го аминокислотного остатка "не видит"

Так что сравнивать-то не с чем. Нет правильных экспериментальных данных по участку 1..32 данного белка. РСА часто "не видит" до 50 аминокислотных остатков...

2017.01.20 22:52:01

Пикотехнология белков, ДНК, РНК 

Victoriy пишет:

полиметионин (1-7), полилейцин (653-659) и полиглутамат (827-838) используются не в качестве мифических спиралей Кушелева, а как связующие мостики для композиционного смещения топологических и трансмембранных доменов этого огромного белка.

А что, по Вашей программе полилейцин и полиглутоамат тоже не могут иметь спиральную структуру?

http://www.uniprot.org/uniprot/Q01668

http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/3LV3

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=3LV3

Кушелев: Уважаемая Виктория! Если Вы этими "экспериментальными" данными оперируете, то они действительно не подтверждают существования метиониновой спирали. Однако они не подтверждают и другие альфа-спирали. Всё, что показано здесь красным цветом, эти "экспериментальные" данные не подтверждают. Верите? Но это не экспериментальные данные

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA58402

Вторичная структура (Пикотех-2017): https://cloud.mail.ru/public/3QW1/9ho83Y57A

2017.01.20 23:44:32

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoriy пишет:

В белке http://www.uniprot.org/uniprot/Q01668 полиметионин (1-7), полилейцин (653-659) и полиглутамат (827-838) используются не в качестве мифических спиралей Кушелева, а как связующие мостики для композиционного смещения топологических и трансмембранных доменов этого огромного белка.

Кушелев: По поводу полилейцина

и полиглутамата я и не утверждал, что это альфа-спирали 

А метиониновая спираль - это спираль однозначно.

Кстати, уважаемая Виктория!
Вы заметили, что построены модели 6 замкнутых через дисульфидные мостики участков лизоцимов из разных организмов? И по Вашей просьбе я нашёл экспериментальные подтверждения...

1. Cys 95 - Cys 113 в человеческом лизоциме.
2. Cys 96 - Cys 117 в альтернативном человеческом лизоциме.
3. Cys 78 - Cys 82  в альтернативном человеческом лизоциме.
4.  Cys 94 - Cys 98  в лизоциме куриного яйца
5.  Met 1 - Cys 13  в мышином лизоциме
6.  Met 1 - Cys 24  в лизоциме куриного яйца

Электрон как бублик со стоячей волной

2017.02.04   02:57:54

Kushelev пишет:

Атомы меди имеют один валентный электрон. Из этих электронов и образуется электронная кольцегранная поверхность димера, тримера и тетрамера.

Понятие валентности настолько неопределенно и противоречиво, что химики от него давно отказались. А если и используют, то только для удобства классификации. Например, какая валентность натрия и хлора в кристалле хлористого натрия? Там каждый атом натрия связан с шестью атомами хлора. А валентность железа в молекуле ферроцена? В ней атом железа связан с 10 атомами углерода, и все связи одинаковые. А валентность бора в тетраборане В4Н10? У водорода всего один электрон, но при температуре 14К кристаллы твердого водорода имеют гексагональную сингонию. И таких примеров миллион. Так что физический смысл имеет только степень окисления.

2017.02.04   11:18:50

Денис пишет:

Понятие валентности настолько неопределенно и противоречиво, что химики от него давно отказались.

Кушелев: Верно. А понятие "валентные электроны" продолжает использоваться. Вы же говорите "атмосфера", хотя знаете, что никакой твёрдой небесной сферы с закреплёнными на ней звёздами не существует. Я тоже понимаю, что теория валентности устарела, но электроны, участвующие в образовании химических соединений, можно называть валентными, подразумевая не теорию валентности, а степень окисления.

У меня есть пикотехнологическая модель NaCl. Валентный электрон Na достраивает внешнюю оболочку Cl до 8. Далее ионы складываются в кристалл. Кстати, вокруг каждого иона хлора не 6, а 8 ионов натрия на одинаковом расстоянии. Но при этом по 6 ионов хлора на одинаковом расстоянии.

2017.02.04  11:23:26

Денис пишет:

А валентность железа в молекуле ферроцена? В ней атом железа связан с 10 атомами углерода, и все связи одинаковые.

Что касается ферроцена, то у меня есть и его пикотехнологическая модель:

Цитата:

В 1951 году Кили и Посоном был получен ферроцен (С5Н5)2Fe (cхема 1).
Это открытие явилось началом развития всей металлоорганической химии
переходных металлов и, в частности, обширного класса сэндвичевых
соединений (за исследование этого класса соединений в 1973 году
Уилкинсон и Фишер получили Нобелевскую премию). Сэндвичевые
соединения построены из атома переходного металла, зажатого между
двумя циклическими лигандами (в случае ферроцена: атом железа -
как бы начинка сэндвича, а циклопентадиенильные кольца - куски хлеба).

Для определения сравнительной устойчивости подобных структур было
сформулировано правило 18 электронов [2]. Оно гласит, что соединение
является кинетически устойчивым, если суммарное число валентных
электронов металла и лигандов равно 18. При этом в ферроцене атом
железа имеет 8 электронов, а циклопентадиенильные лиганды -
5 электронов; итого: 8 + 2*5 =18.
Конец цитаты.

Кушелев: Кольцегранная модель ферроцена объясняет высокую устойчивость этого
металлоорганического соединения образованием 18-гранной электронной оболочки
и 8 водородных связей между электронами этой оболочки и сопряжёнными
системами C5H4- .

При этом правило 18-ти электронов приобретает физический смысл, т.к. речь
идёт об образовании 18-гранной электронной оболочки.

2017.02.04  11:28:50

Пикотехнологическая модель орто-карборана

Цитата:

В 1963 году две группы исследователей сообщили о получении орто-карборана С2В10Н12 (схема 2). Это соединение имеет строение правильного икосаэдра из 10 вершин ВН и двух вершин СН.
Строение подобных соединений было подробно рассмотрено Липскомбом (за что он получил Нобелевскую премию в 1976 году).

Конец цитаты.

Кушелев: Существующие модели молекул с пятиричной симметрией противоречат принципу Паули, что на классическом языке означает нарушение чередования магнитных полюсов электронов, т.е. кольцевые магниты могут образовать на плоскости только чётные циклы, т.е. из чётного числа кольцевых магнитов.

Предлагаемые мною модели (фуллеренов, сопряжённых системы C5H5, ферроцена, орто-карборана и др.) лишены этого недостатка.

Соединение сопряжённой (многослойной) электронной структуры углерода с
сопряженной электронной структурой бора, как показывает моя пикометрическая модель, действительно даёт угол, близкий к углу между гранями 12-гранника (додекаэдра). Как же построить модель не нарушая принципа Паули?

На этой иллюстрации мы видим, что симметрия додекаэдра возможна без нарушения(!) принципа Паули. Дело в том, что радиусы внешних электронов углерода и бора несколько отличаются. Ещё больше отличаются от них радиус электрона водорода. Это приводит к тому, что между одноимёнными полюсами кольцевых электронов есть зазоры как в 32-х электронной оболочке с пятиричной симметрией. Эти зазоры и делают сопряжённую систему устойчивой.

(Эту картинку можно посмотреть, но я её не показываю, чтобы не перегружать Ваш траффик)
Следует отметить, что смагничиваются как внешние (электроны водорода), так и внутренние (электроны углерода и бора, т.е. 12-гранная фигура получается смагниченной как бы из усечённых конусов, представляющих в действительности многослойные электронные структуры сопряжённых атомов углерода и бора.

Эта модель проливает свет и на более экзотичные химические соединения, например, дикарболлид-дианион, дианионный комплекс [(С2В9Н11)2Fe]2-, являющийся металлакарборановым аналогом ферроцена.

2017.02.04    11:31:18

Денис пишет:

А валентность бора в тетраборане В4Н10?

Кушелев: Естественно, что речь идёт об образовании общей электронной оболочки молекулы, как, например, в молекулы 4-атомного фосфора (см. рис. ниже)

2017.02.04   11:34:35

Денис пишет:

У водорода всего один электрон, но при температуре 14К кристаллы твердого водорода имеют гексагональную сингонию.

Кушелев: А при определённом давлении и температуре водород становится металлом...

Чтобы смоделировать эти экзотические состояния вещества, нужно учитывать не только форму электрона, но и другие его свойства. Например, зависимость радиуса от окружающих элементарных частиц.

2017.02.02 17:28:38

Пикотехнология белков, ДНК, РНК 

VAK пишет:

Не сочтите за труд, расскажите нам, о чем написано в тексте ниже, взятого из оригинальной статьи журнала?

Кушелев: Не можете перевести на русский? Точно иностранный диверсант. Вас и окончания слов типа "взятого" выдают с головой...

Ловите перевод:

Kushelev: The second row (B,F,J) shows the AFM signal (frequency shift) recorded in constant-current topographic imaging with a CO-terminated tip. The dark spots in the flat regions correspond to Cu surface atoms that allow us to register the lattice overlay in the third row (C,G and K). The last row (D,H and L) shows the proposed adsorption sites, indicating top, fcc and hcp positions. An adatom centered on a fcc site thus continues the bulk fcc structure, whereas an adatom on a hcp site would break the crystalline order of the bulk. DFT calculations (21) reveal that dimers (D) adsorb with the two Fe atoms close to next-nearest bridge sites. On-top centered trimers (H) also adsorb with the three Fe atoms close to bridge sites, and tetramers (L) absorb on fcc sites. The top row and the rows below show different clusters.

Кушелев: Вторая строка (B, F, J) показывает сигнал AFM (сдвиг частоты), записанный при  топографической съемке в режиме постоянного тока с CO-наконечником. Темные пятна в плоских участках соответствуют поверхности атомов Cu, с наложенной решёткой в третьем ряду (C, G и K). Последняя строка (D, H и L) показывает предполагаемые участки адсорбции, что указывает на вершину в ГЦК и ГПУ позиции. Адсорбированный атом находится в центре участка ГЦК, продолжая объемную структуру ГЦК, в то время как адсобрированный атом на участке ГПУ нарушил бы кристаллический порядок основной массы. Расчеты DFT (21) показывают, что адсорбированные димеры (D) состоят из двух атомов Fe, связанных с ближайшими атомами решётки. Тримеры в центре илл. (H) связаны с тремя ближайшими атомами Fe решётки. Тетрамеры (L) находятся на сайтах ГЦК. В разных рядах показаны разные кластеры.

Кушелев: Атомы меди имеют один валентный электрон. Из этих электронов и образуется электронная кольцегранная поверхность димера, тримера и тетрамера.

Взгляните на кольцегранную модель молекулы четырехатомного фосфора. Она тоже имеет молекулярную кольцегранную оболочку. Общую для 4 атомов.

Изучайте современную химию и физику. И будет Вам счастье 

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/250.htm

2017.02.04   21:34:46

Сказочный Дмитров ...

Кушелев: Я бы предложил не просто сделать в Дмитрове сказочный городок с использованием высоких технологий из лаборатории Наномир, а поставить вопрос о превращении Дмитрова в наукоград. Дело в том, что пикотехнология, например, не требует специального оборудования. Определять структуры белковых молекул пикотехнологи смогут на домашних компьютерах. А искать заказы на структуры белковых молекул менеджеры могут через интернет, т.е. тоже не выходя из дома.

Подробнее о пикотехнологии:

2017.02.08    16:37:37

Анатолий Шестопалов пишет:

На анимации показана самосборка из эфира элементарных частиц -> атомов -> молекул.

Кушелев: Я на этой анимации вижу сборку электронных оболочек из колец-электронов.

Для сборки ядер из нуклонов интересно сделать другую анимацию. В фильме "Путешествие в наномир" есть анимация, но не очень зрелищная:

Там действительно идёт речь о ядрах, о разборке и сборке атомного ядра из нуклонов.

Обзор мегалитов

2017.01.15     06:27:03

Kushelev пишет: Ярослав Старухин пишет:

FaceBook: https://www.facebook.com/photo.php?fbid … mp;theater

Туристическая Камбоджа известна пляжами , Ангкор Ватом , ступенчатой пирамидой и рекой тысяча лингамов . До сих пор нет единой версии, кто и для чего строил загадочные сооружения . И если сооружения на земле сейчас гиды и официальная наука приписывают к религиозно культовым объектам, то дать ответ , кто дно реки превратил во фрактальные магнетроны, никто не может . Побывав лично , поддерживаю версию Кушелева А.Ю., руководителя лаборатории НАНОМИР, что сооружения и конструкции в реке, являются остатками магнетронов - технологических процессов по добыче редких рассеянных элементов , инопланетными геологическими экспедициями по всей планете. Версия конечно поражает воображение , но схожесть и похожесть технологий по всей планете , внезапное исчезновение тех, кто владел подобным технологиями и наличие по всей планете , карьеров и гор- отвалов земляной породы , а так же последние достижения науки в области Холодного ядерного синтеза и модели трансмутирования элементов везде вокруг нас, позволят рассматривать подобную, первоначально кажущуюся фантастической версию о палео контакте.
Знания в данной области имеют практическое значение и позволяют России из отсталого - четвертого технологического уклада , перейти в опережающий наших коллег за рубежом , технологический уклад и занять лидирующие позиции и в области фундаментальных исследований и в области практического применения .
Подробности в этих и следующих видео сюжетах.

Кушелев: Так держать, Ярослав Петрович!

Да, классно! Пора с Ярославом в Перу лететь 

2017.01.15    08:36:41

Формы, механизмы, энергия наномира

Когда и на чём лететь в Перу?

Upgrade пишет:

Да, классно! Пора с Ярославом в Перу лететь 

Кушелев: Тут есть нюансы.

1. Для эффективности экспедиций нужна дополнительная аппаратура. Измерительная и, скажем, квадрокоптер, камера для подводных съёмок, аппаратура для возможности проведения интерактивной экспедиции, т.е. онлнайн трансляций из мегалитического комплекса. Тогда эффективность сильно возрастёт. Возможность взять пробы воды, растений, грунта и провести их масс-спектральный анализ тоже увеличит эффективность.

2. Летать на самолётах - слишком большой риск. Я уже писал в рассылке и на форуме, что полёт на самолёте в 200 раз опаснее поездки на поезде. Я считаю, что это - неоправданный риск.

3. Сконцентрировав силы и средства на внедрении пикотехнологии и на включении рубинового источника энергии можно получить на порядки больше эффект, чем от очередной экспедиции с исследованием мегалитов.

4. Найти заинтересованных людей, чтобы вернуть молодость планете, позволит "растянуть удовольтствие от путешествий (и не только!) до бесконечности".

2017.01.16   09:57:54

Формы, механизмы, энергия наномира

Татьяна Рясина пишет:

Там лама делал золото "без всего",  "из ума".

Кушелев: Этот фокус мы знаем 

Только инопланетяне это могут по-настоящему, но не "без всего", а с помощью "скатерти-самобранки", т.е. 3D-печати субатомного уровня. А есть и более простая технология.

На человека производит впечатление инопланетная технология добычи драгметаллов, в т.ч. золота. Кажется, что золото "делается без всего", но на самом деле оно просто поднимается с поверхности земли электрическим полем. Создаётся монохроматичный луч в рентгеновском диапазоне. Атомы золота, сконцентрированные водой и растениями ионизируются. Ионы вытягиваются электрическим полем и собираются в золотой слиток. Это и для современного человека - чудо 

2017.01.15    22:42:44

Готовится 586-ой выпуск рассылки "Новости лаборатории Наномир"

http://subscribe.ru/catalog/science.news.nanoworldnews

Дайджест:

586 Заявки на научные открытия.
Явление взаимодействия токов проводимости и смещения с эфиром Фарадея-Максвелла.
Обнаружены дисульфидные мостики Met-Cys!
Композиционный код 6
Экспедиция к крупнейшему выпаривательному комплексу Ват и реке 1000 магнетронов.

2017.01.14 11:44:40

Открытие относится к области эфиронавтики. Техническим результатом является работа электромагнитного двигателя, резонатора "Рыбьей / Змеиной волны", который токами проводимости или смещения отталкивается от носителя электромагнитных колебаний / волн, т.е. от светоносного эфира Фарадея-Максвелла. Конструкция двигателя может быть простой, как крест или уголок, а может быть фрактальной. Энергию из эфира лучше добывать на высокой частоте, а отталкиваться на низкой, чтобы амплитуда токов проводимости или смещения была максимальной. 

2017.01.14 21:46:09

Формы, механизмы, энергия наномира

Принцип движения НЛО (Денис)

Денис пишет:

силы Ампера между двумя проводниками всегда направлены встречно или диаметрально противоположно в зависимости от направления тока.

Кушелев: Вы просто не в курсе, как действуют силы на участки проводников
Компенсация получается в квазистатике. Аналогичная компенсация получается, если змея формирует на своём теле стоячую волну. В этом случае она не поплывёт и не поползёт.

2017.01.15      00:54:29

Макчу-Пикчу

Своеобразный ступенчатый диэлектрический переход...

2017.01.15    01:00:57

2017.01.15    01:01:02

2017.01.15   01:01:06

Стены с трубопроводами внутри ассоциируются с теплообменниками Баальбека. Похоже, что и здесь мы видим технологию обеспечения рекуперации тепловой энергии.

Или что-то другое? Может быть это типа "рубашки водяного охлаждения", чтобы "движок не перегрелся"?

2017.01.15    01:01:10

Композиционный генетический код, открытие 1992 года

Таблица митохондриального генетического кода и углы поворота белковых спиралей

Кодируется ли тип спиралей белков композиционным генетическим кодом? Точность и стоимость РСА. Самоповерка пикотехнологии.

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК 

Кушелевские группы квазисимметрии структем

Про фёдоровские группы симметрии кристаллов знают многие, а что такое кушелевские группы квазисимметрии структем?

Конструкционный элемент белковых молекул, пептидная группа NCCO представляет собой сустав с треугольником входа и треугольником выхода:

Составляя структемы из этих элементов можно проложить путь белковой "цепи" под любыми углами в естественной системе отсчёта. Более того, можно использовать дополительный сустав, Pro, чтобы получить гибкость структуры по второй степени свободы.

Теперь рассмотрим сами группы квазисимметрии.

Базовой группой является группа вращения вокруг связи N-C. Свободное вращение вокруг этой связи возможно лишь до установки аминокислоты в растущую белковую цепь. Вариант установки кодируется композиционным кодом. Начатом отсчёта угла является угол альфа-спирали. Ближайший кодируемый угол - это угол 310-спирали. Следующий - угол пи-спирали и четвёртый кодируемый угол - это угол бета-спирали.

Чередование вариантов композиций 1,2,3,4 приводят к резкому повороту белковой "цепи", т.е. на углы типа 120 градусов. Более плавный изгиб спирали реализован чередованием кодов альфа- и 310-спирали. Дополнительные возможности дают специфические аминокислотные остатки (Met и Pro). Все эти возможности даёт генетический ассемблер, т.е. композиционный генетический код.

В процессе эволюции появляются программные спирали, перевертыши и другие структемы генетических языков высокого уровня. Это означает, что на каждом уровне существуют свои группы квазисимметрии. Чем выше уровень генетического языка, тем обширнее группы квазисимметрии структем. Пока мы рассмотрели лишь группы на уровне генетического ассемблера. Систематизировать группы более высокого уровня вручную затруднительно, поэтому эта систематизация будет осуществляться с помощью специализированных программ.

2017.01.09 18:30:08

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК 

Типовые структемы генетического кода белкового мира

DNE, PDB, Max файлы, анимацию типовых структем можно посмотреть здесь: https://cloud.mail.ru/public/M1nU/rMWnmzVih

2017.01.09 13:23:31

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

В геноме обнаружен мультикомпозиционный код!

Мультикомпозиционный код

На программном уровне в геноме обнаружился мультикомпозиционный код!

Пикотехнология белков

2017.01.15 13:51:52

Формы, механизмы, энергия наномир

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

В общей сложности построены модели 5 замкнутых через дисульфидные мостики участков.

1. Cys 95 - Cys 113 в человеческом лизоциме.
2. Cys 96 - Cys 117 в альтернативном человеческом лизоциме.
3. Cys 78 - Cys 82  в альтернативном человеческом лизоциме.
4.  Cys 94 - Cys 98  в лизоциме куриного яйца
5.  Met 1 - Cys 13  в мышином лизоциме

Вероятность случайного совпадения результата работы геометрического алгоритма с экспериментальными данными ничтожна. Для каждого участка отдельно она не превышает:

1. 4^-18
2. 4^-21
3. 4^-4
4. 4^-4
5. 4^-12

Вероятность угадать все 5 участков не превышает 4^-(18+21+4+4+12)=4^-59 Примерно такая же вероятность случайно нащупать иголку в стоге сена размером с Солнечную систему, не вынимая руки из кармана.

В процессе моделирования фрагментов лизоцима и др. обнаружилась необходимость учёта 6 вариантов композиции, т.е. настройки 6 вариантов композиционных углов.

1. Код альфа-спирали
2. Код бета-спирали
3. Код пи-спирали
4. Код 310-спирали
5. Одиночный код альфа или 310.
6. Код метионина в составе спирали.
Но это только геометрический алгоритм. В будущем нужно учесть физико-химические взаимодействия. Модификация белка после рибосомальной сборки - отдельная "песня".

2017.01.05  17:22:30

Victoriy пишет:Kushelev пишет:

Но это только геометрический алгоритм. В будущем нужно учесть физико-химические взаимодействия. Модификация белка после рибосомальной сборки - отдельная "песня".

Да ладно . Чудеса да и только: наконец то и до Вас дошло, что одной геометрией не обойтись.

Кушелев: Конечно не обойтись. Но для многих белков достаточно геометрического алгоритма.

В общей сложности построены модели 5 замкнутых через дисульфидные мостики участков.

1. Cys 95 - Cys 113 в человеческом лизоциме.
2. Cys 96 - Cys 117 в альтернативном человеческом лизоциме.
3. Cys 78 - Cys 82  в альтернативном человеческом лизоциме.
4.  Cys 94 - Cys 98  в лизоциме куриного яйца
5.  Met 1 - Cys 13  в мышином лизоциме

2017.01.15   17:48:59

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК 

Обнаружился 6-ой фрагмент, замкнутый через дисульфидный мостик. На этот раз это Met 1 - Cys 24 куриного яйца.

Рекордная длина фрагмента и рекордно малая вероятность случайного замыкания 4^-23 = 1.4*10^-14.

В этом фрагменте встречаются два одиночных кода 310-спирали ("5") и два кода 310-спирали в составе спиралей ("4"). Поэтому старая версия Пикотех даёт ошибку при любой настройке композиционных углов варианта "4". Минимальная ошибка получается в случае правильных углов в составе спирали. Этот вариант и помог обнаружить ещё один дисульфидный мостик куриного лизоцима.

В общей сложности построены модели 6 замкнутых через дисульфидные мостики участков.

1. Cys 95 - Cys 113 в человеческом лизоциме.
2. Cys 96 - Cys 117 в альтернативном человеческом лизоциме.
3. Cys 78 - Cys 82  в альтернативном человеческом лизоциме.
4.  Cys 94 - Cys 98  в лизоциме куриного яйца
5.  Met 1 - Cys 13  в мышином лизоциме
6.  Met 1 - Cys 24  в лизоциме куриного яйца

2017.01.15   20:17:22

Пикотехнология белков, ДНК, РНК 

Кушелев: Создаём новую версию Пикотехнологии 2D...

Skype, 2017-01-15:

[0:11:06] Кушелев Александр Юрьевич: На первом этапе хотелось бы получить следующую версию композиционного кода. Новые варианты композиции показаны красным цветом в правом столбце:

[11:45:58] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно, я могу и вручную написать композиционный код 6, но программа сильно сэкономила бы время...
[12:46:46] Va12220(valqwa): не напишешь
[12:46:54] Va12220(valqwa): я вернулся. ты скучал ?
[13:01:39] Кушелев Александр Юрьевич: Ты можешь подправить программу от Prosolver?
[13:10:45] Va12220(valqwa): Это старая версия 2D ?
[13:13:06] Кушелев Александр Юрьевич: Возьми новую. Она копирует в буфер обмена данными композиционный код.
[13:13:30] Кушелев Александр Юрьевич: Сможешь сделать, чтобы код был таким, как справа?

[13:14:05] Va12220(valqwa): справа - это где красные цифры 5 и 6 ?
[13:14:10] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[13:15:08] Кушелев Александр Юрьевич: Цифра 6 связана только с одним кодом Met, т.е. ATG
[13:15:26] Кушелев Александр Юрьевич: А цифра 5 - одиночные коды "1" или "4"
[13:16:26] Кушелев Александр Юрьевич: Если в составе спиралей, то они "1" и "4", а если до витка спирали не дотягивает, то "5"
[13:19:06] Кушелев Александр Юрьевич: На примере лизоцима я обнаружил, что структура белка может быть напряжённой, т.е. по коду 4 атомные группы как бы вдавливаются в соседние. А если был бы код 1, то не вдавливались бы. Но в этом белке нужно получить напряжённое состояние, поэтому код 1 в процессе эволюции заменился на 4.
[13:19:42] Кушелев Александр Юрьевич: Так что без учёта физики некоторые белки мы не сможем правильно построить.
[13:20:01] Кушелев Александр Юрьевич: Только ненапряжённые.
[13:24:57] Va12220(valqwa): пробую разобраться
[13:26:16] Кушелев Александр Юрьевич: Чем быстрее сможем настроить программу, тем быстрее сможем заинтересовать заказчиков. Не настроенная программа отпугивает. Американский заказчик отвалился.
[13:27:14] Кушелев Александр Юрьевич: Там ещё менеджер схалтурил. Я ему говорил, чтобы он предупредил, что программа ещё не отлажена, есть ошибки. А он не передал американцам. И вторичную структуру вообще не показал...
[13:41:55] Va12220(valqwa): ну... ничего про него не скажу.
[13:41:58] Va12220(valqwa): жди немного
[13:55:11] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, если Met не в составе альфа- или 310-спирали, то его код 5.
[14:04:35] Va12220(valqwa): погоди. я запутался. пару шагов обратно:

(я с тобой) мы делали ранее 2 задачи
1 - преобразование .fast (.dne) в композиционный вид (код)
2 - а далее этот комппозитный код "крутили-вертели" и получали .PDB результат. (неплохой кстати), но только остановились на ... структуре.
а ты сейчас предлагаешь старую программу на паскале "исправить"
[15:17:39] Va12220(valqwa): мы работали с такой таблицей
[15:19:33] Va12220(valqwa): согласно этой табилце мы преобразовывали элементы FAST ('aca') в композитный код ('2')
[15:22:23] Va12220(valqwa): получив композитный код (мы это делали на примере кода коллагена), мы строили цепочку (точек, вершин) методом сдвигов и поворотов.
полученную цепочку записывали в файл PDB формата. и далее "смотрели " полученную молекулу в PDB-вьювере.
[17:18:35] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[17:21:43] Кушелев Александр Юрьевич: В 3D алгоритме было заложено "альфа-спираль", если коду "1" предшествуют 3 кода  "1" или "4" и "310-спираль", если коду "4" предшествуют 2 кода  "1" или "4". В противном случае это не код "1" или "4", а код "5"
[17:22:18] Кушелев Александр Юрьевич: В программе от Prosolver это нужно реализовать.
[17:22:45] Кушелев Александр Юрьевич: Т.е. чтобы номера кодов выводились в схему и в буфер обмена данными.
[18:21:30] Va12220(valqwa): понятно. не прочел то что я пишу. все о своем пишешь. того что ты пишешь - недостаточно. пропускаешь полезные моменты.

и так.  все преобразования что ты делаешь - они закодированы в первичном варианте таблицей (ту что я тебе скинул).
Таблица сопоставляет тройки (буквенного)кода определенным вариантам преоброзований. До нынешнего момента - это были варианты: 1 2 3 и 4

верно ?
[18:25:02] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[18:25:29] Кушелев Александр Юрьевич: Но нам мало таблицы
[18:25:41] Va12220(valqwa): стоп.
[18:26:40] Кушелев Александр Юрьевич: Нам нужно добавить алгоритм. "Если коду "1" предшествуют коды "1" или "4" (не менее 3), то это - код "1". Если менее, то это - код "5"
[18:27:16] Va12220(valqwa): и так - берем фаст код. и получаем (используя таблицу) - кодовую таблицу (вероятных) будущих преобразований.

НО - этого недостаточно.

прежде чем делать будущие преобразования - необходимо полученный кодовый набор обработать.

верно ? что бы учесть варианты спиралей и прочие тонкости структуры
[18:27:31] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[18:29:31] Va12220(valqwa): ну слава богу.

значит сл. этап  - взять кодовый (цифровой) набор и с ним пработать. сл. образом:
по очереди давай смотреть:

если встретилась цепочка "1 1 1 1" - то она должна быть преобразована в цепочку "1 1 1 6"
[18:29:34] Va12220(valqwa): верно ?
[18:30:45] Va12220(valqwa): у тебя так по картинке выходит
[18:30:48] Кушелев Александр Юрьевич: Нет. Должна остаться 1111, если там нет Met
[18:31:41] Кушелев Александр Юрьевич: Met в окружении "1" или "4" должен из "1" превратиться в "6"
[18:31:59] Va12220(valqwa): т.е. условие более сложное. надо анализировать так же и буквенную последовательность
[18:32:11] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Это только для Met
[18:34:03] Кушелев Александр Юрьевич: А коды:
212 -> 252
313 -> 353
2113 -> 1553
[18:34:41] Кушелев Александр Юрьевич: 21142 -> 24442
[18:35:11] Va12220(valqwa): 213 - 253 ?
[18:35:19] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[18:35:28] Кушелев Александр Юрьевич: 243 - 253
[18:35:33] Va12220(valqwa): и много таких комбинаций ?
[18:36:07] Кушелев Александр Юрьевич: Прилично
[18:36:12] Кушелев Александр Юрьевич: Под сотню
[18:36:22] Кушелев Александр Юрьевич: Теоретически можно и таблицей задать
[18:37:25] Кушелев Александр Юрьевич: Но можно и логически
[18:38:39] Кушелев Александр Юрьевич: Если встречается менее 3 подряд символов 1 или 4, то они заменяются на 5
[18:39:46] Va12220(valqwa): так или так но надо описать. включая примеры. что бы я мог логику встроить в программу и проверить потом.
[18:40:25] Va12220(valqwa): а преобразования кодам 5 и 6 ты знаешь какие надо применить ?
[18:40:26] Кушелев Александр Юрьевич: Если встречается менее 4 символов подряд 1 или 4 (последний "1"), то они заменяются на 4
[18:40:44] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Углы другие
[18:42:17] Кушелев Александр Юрьевич: Сначала нужно заменить 1 на 4, если 1 или 4 подряд меньше 4. А потом заменить 4 на 5, если подряд меньше 3
[18:42:36] Va12220(valqwa): вот смотри  - ты пишешь:
[18:40] Кушелев Александр Юрьевич:

<<< Если встречается менее 4 символов подряд 1 или 4 (последний "1"), то они заменяются на 4
это обозначаем - 1 2 или 3 символа, последний 1  - я так понимаю - это все же 2 или 3 символа

пиши примеры
[18:44:16] Va12220(valqwa): и ещё вопрос.
в наборе 1-3-4-4-2-1-3 попалась цепочка из 3х символов - например  1-3-4  я её меняю на 1-3-5
далее я начинаю рассматривать сл варианты  из этой последовательности 3-4-4 - её я должен поменять на 3-4-5

НО при этом я уже ранее поменял среднюю 4 на 5
[18:46:12] Кушелев Александр Юрьевич: 111->555
411->555
141->555
441->555
114->444
144->444
414->444
444->444
[18:46:43] Кушелев Александр Юрьевич: 1114->1444
[18:47:21] Кушелев Александр Юрьевич: 1141->4441
[18:47:37] Кушелев Александр Юрьевич: Похоже, что придётся таблицу составлять. Там не всё так просто
[18:48:01] Va12220(valqwa): ну вот слава богу - дошло до тебя. )
[18:49:36] Va12220(valqwa): пока ты будешь выводить правило замены - я закончу то что не доделал почти год тому. программу "савина-неделько"
[18:49:39] Кушелев Александр Юрьевич: Тут придётся повторять логику рибосомы.
[18:50:10] Кушелев Александр Юрьевич: Рибосома ставит аминокислоты по очереди.
[18:50:32] Va12220(valqwa): мне это не знакомо так как тебе. извини. не помогу
[18:50:33] Кушелев Александр Юрьевич: Если она ставит по варианту 2 или 3, то ничего менять не нужно
[18:51:25] Va12220(valqwa): у вас там есть где парковаться у дома ?
[18:51:30] Кушелев Александр Юрьевич: Если она ставит по варианту 4, то нужно проверить предыдущие 2. Если все они 1 или 4, то вариант 4 остаётся. Если нет, то превращается в вариант 5.
[18:51:36] Кушелев Александр Юрьевич: Есть
[18:51:48] Va12220(valqwa): )) и дворники чистят дороги ?
[18:52:11] Кушелев Александр Юрьевич: Но если следующий вариант будет 1 или 4, то предыдущий вариант 5 нужно будет вернуть на место 
[18:52:17] Кушелев Александр Юрьевич: Вроде чистят
[18:53:01] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, с логикой рибосомы придётся ещё разобраться...
[18:53:17] Va12220(valqwa): хооршо. описывай логику. и делай описание в примерах
т.е. так:
[18:53:23] Кушелев Александр Юрьевич: Понял
[18:53:48] Va12220(valqwa): "если она ставит по варанту 2 или 3, то не меять ничего" - например:  "несколько примеров" в коде
[18:54:08] Va12220(valqwa): и т.д.
[20:01:06] Кушелев Александр Юрьевич: Вроде разобрался.
[20:01:09] Кушелев Александр Юрьевич:
1. Если встречается код 2 или 3, ничего не менять.
2. Если встречается код 1 или 4, запомнить их и поменять на 5.
3. Если второй раз подряд встречается код 1 или 4, замомнить и поменять на 5.
4. Если третий раз подряд встречается код 1 или 4, то в случае 1 запомнить и поменять на 5, а в случае 4 поменять два предыдущих кода на коды "4"
5. Если четвёртый раз подряд встречается код 1 или 4, то если последний код 1, три предыдущих поменять на коды "1". Если последний 4, то ничего не менять.
6. Если больше, чем 4 раза подряд встречается код 1 или 4 или их комбинация, то ничего не менять.
После первого прохода идёт второй:
7. Если встречается код Met, то если он 5, то не менять. Если он 1, то поменять на 6.

2017.01.15.    21:34:31

[20:21:04] Va12220(valqwa): противоречие 7 и 2
[20:21:21] Кушелев Александр Юрьевич: В чём?
[20:21:46] Va12220(valqwa): 1 который ты уже поменял в 2 на 5
поэтому в 7 не видишь 1
[20:22:07] Кушелев Александр Юрьевич: А в 4 они могут обратно поменяться
[20:22:31] Va12220(valqwa): 4 - особый исключительный случай
[20:22:37] Кушелев Александр Юрьевич: Нет
[20:22:56] Кушелев Александр Юрьевич: 4 случай - это начало альфа- или 310-спирали
[20:22:56] Va12220(valqwa): и что значит "запомнить и поменять"
[20:23:13] Кушелев Александр Юрьевич: Запомнить, чтобы можно было обратно поменять
[20:23:55] Кушелев Александр Юрьевич: А если там больше 3 раз подряд 1 или 4 (или смесь), то тут уже менять ничего не нужно. Это уже спираль продолжается
[20:30:58] Кушелев Александр Юрьевич: Не, это кривой алгоритм. Нужно по-другому.
[20:32:06] Кушелев Александр Юрьевич: 1. Если встретился код 2 или 3, ничего не менять.
2. Если встретился 4, то проверить, что впереди и сзади. Если символ N-1 и N-2 1 или 4, а N-3 2 или 3, то поменять символ N, N-1 и N-2 на 4. Если N-3  1 или 4, то ничего не менять. Если  символ N+1 2 или 3, а N-1 или N-2  2 или 3, то символ N поменять на 5.
[20:53:38] Кушелев Александр Юрьевич: 3. Если встретился символ 1, то проверить, что спереди и сзади. Если спереди+сзади меньше  3 символов 1 или 4, символ N поменять на 5.
[20:54:42] Кушелев Александр Юрьевич: Опять как-то криво получается...
[20:56:05] Va12220(valqwa):  угу. кривовато.
[20:56:45] Кушелев Александр Юрьевич: Надо включать счётчик символов типа 1 или 4. Если счётчик сбросился с номера 1 или 2 в 0, то поменять 1-2 символа 1 или 4 на 5
[20:56:45] Va12220(valqwa): давай возьмем какую нибудь "показательную" fast" последовательность и её будем разбирать
[20:56:58] Кушелев Александр Юрьевич: Не, лучше с логикой разобраться
[20:57:13] Кушелев Александр Юрьевич: Включаем счётчик на символе 1 или 4
[20:57:15] Va12220(valqwa): если с логикой - то это тебе делать сейчас надо
[20:57:22] Va12220(valqwa): тернируйся
[20:57:46] Кушелев Александр Юрьевич: Если счётчик дошёл до 3 и последний символ 4, то два предыдущих нужно поменять на 4.
[20:58:08] Кушелев Александр Юрьевич: Если счётчик дошёл до 4, то менять ничего не нужно.
[20:58:58] Кушелев Александр Юрьевич: Если счётчик дошёл до 3, и последний символ 1, после чего счётчик сбросился в 0, то все три символа нужно поменять на 5
[20:59:49] Va12220(valqwa): приведи наглядный пример
[21:00:08] Кушелев Александр Юрьевич: Один момент
[21:02:10] Кушелев Александр Юрьевич: 331334331133443314334133 -> 33533533553355335533
[21:02:39] Кушелев Александр Юрьевич: 31113 -> 35553
[21:02:57] Кушелев Александр Юрьевич: 31143 -> 34443
[21:03:21] Кушелев Александр Юрьевич: 34143 -> 34443
[21:03:38] Кушелев Александр Юрьевич: 31443 -> 34443
[21:04:16] Кушелев Александр Юрьевич: 34443 не менять
[21:04:23] Кушелев Александр Юрьевич: 311113 не менять
[21:04:43] Кушелев Александр Юрьевич: 341413 не менять
[21:05:01] Кушелев Александр Юрьевич: 344413 не менять
[21:06:33] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, если счётчик единиц (четвёрок) дошёл до 4, то ничего не менять
[21:06:45] Кушелев Александр Юрьевич: Если дошёл до трёх и последняя была 4, то тоже ничего не менять
[21:06:46] Va12220(valqwa): это вот выглядит как-то "странно"
[21:02] Кушелев Александр Юрьевич:

31143 -> 34443
34143 -> 34443
31443 -> 34443 не получится ли, что последующие геометрические преобразования приведут к неверному виду? оч даже получится.

и я не вижу в втоем примере счетчик
[21:07:24] Кушелев Александр Юрьевич: Счётчик считает 1 и 4
[21:07:37] Va12220(valqwa): и ты брал в качестве рассматриваемых отрезков - отрезки по 5 цифр ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНО
а если внутри таких отрезков есть правила что ты ранее говорил ?
[21:07:39] Кушелев Александр Юрьевич: Если досчитал до тёх и последний символ 4, то ничего не менять
[21:08:05] Кушелев Александр Юрьевич: Если достчитал до 4, то ничего не менять.
[21:08:30] Кушелев Александр Юрьевич: Если досчитал до трёх, последняя 1 и счётчик сбросился, то менять на 555
[21:09:02] Кушелев Александр Юрьевич: Если счётчик сбросился после двух, то менять на 55
[21:09:15] Кушелев Александр Юрьевич: Если счётчик сбросился после одного символа, то менять на 5
[21:09:30] Va12220(valqwa): экселем умеешь пльзоваться ?
[21:09:36] Кушелев Александр Юрьевич: Неа
[21:09:58] Кушелев Александр Юрьевич: Зато с логикой алгоритма практически прояснилось
[21:10:15] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно завести счётчик символов 1(4)
[21:10:32] Кушелев Александр Юрьевич: И сбрасывать его символом 2(3)
[21:12:13] Va12220(valqwa): не понимаю я того что ты пишешь.
вот последовательность(верх)  и счетчики снизу
1111141411411411344213
1234 - сейчас последняя 1 - что мне менять на 555 ?
[21:12:14] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, этот алгоритм можно и в скрипт Кушелева встроить.
[21:13:08] Кушелев Александр Юрьевич: Если счётчик не сбросился после третьей единицы, то уже ничего не менять.
[21:13:25] Va12220(valqwa): а почему он не сбросился после 3й единицы ?
[21:13:40] Кушелев Александр Юрьевич: А потому что у тебя 4-ый символ не 2 и не 3
[21:16:16] Кушелев Александр Юрьевич: А если он сбросился после третьего символа, и он оказался "1", то все три нужно менять на 555, а если третий был 4, но все менять на 444
[21:16:19] Va12220(valqwa): хорошо
дальше
1111141411411411344213
1234123
1234_сбрасывание счетчика в 1(см выше)
[21:16:29] Va12220(valqwa): дальше как быть?
[21:17:24] Va12220(valqwa): по-твоему я сбрасываю счеткик после 4ки или после встреченного кода 2 или 3
[21:17:26] Кушелев Александр Юрьевич: Дальше начинаем считать с ближайшей 1 или 4
[21:17:54] Кушелев Александр Юрьевич: Сбрасывать надо на 2 или 3
[21:17:56] Va12220(valqwa): 1111141411411411344213
1234
распиши дальше ступеньчато
[21:18:56] Кушелев Александр Юрьевич: 1111141411411411344213
123456789... на тройке будет 0
[21:19:17] Кушелев Александр Юрьевич: После тройки начинаем сначала:
[21:19:45] Кушелев Александр Юрьевич: 344213
012010
[21:20:32] Кушелев Александр Юрьевич: 344213 -> 355253
[21:21:30] Va12220(valqwa): а теперь посмотри на свою картинку

последовательность из неё взята
[21:22:01] Кушелев Александр Юрьевич: На втором проходе Met нужно будет с 1 на 6 поменять
[21:22:32] Va12220(valqwa): там 2 мета ! а менять надо в 1м случае ?
[21:22:54] Кушелев Александр Юрьевич: Не понял. Что за 2 мета?
[21:23:13] Va12220(valqwa): там второй и 4й единичке соответствует МЕТ
[21:23:20] Кушелев Александр Юрьевич: Оба
[21:23:22] Va12220(valqwa): а ты меняешь на 6 только вторую на картинке
[21:23:31] Кушелев Александр Юрьевич: Я первый не заметил
[21:23:37] Кушелев Александр Юрьевич: Он и не имеет значения
[21:23:46] Кушелев Александр Юрьевич: Но по алгоритму надо менять оба
[21:23:51] Va12220(valqwa): все имеет значение.
[21:24:23] Кушелев Александр Юрьевич: Менять, менять...
[21:24:53] Кушелев Александр Юрьевич: На самом деле первый символ не имеет смысла
[21:26:05] Va12220(valqwa): второй на твоей картинке
[21:26:11] Va12220(valqwa): второй МЕТ там
[21:26:15] Кушелев Александр Юрьевич: А хотя ... тут не всё так просто...
[21:26:40] Кушелев Александр Юрьевич: Второй точно надо менять
[21:27:16] Кушелев Александр Юрьевич: Начало белка погоды не делает. Поэтому лучше пусть по общему алгоритму будет

2017.01.15   22:39:09

[21:46:37] Va12220(valqwa): ну давай попробуем.
фаст последовательность какую взять ?
[21:46:57] Кушелев Александр Юрьевич: момент
[21:47:12] Кушелев Александр Юрьевич: FT CDS 1..492
     ATGGAAGCTA GGAGCCGGGC TCCCAGAAGA CAGCTGTGCC CGCCTGGGAT CACTTGGCTG
     GCCCTGGCCT ATCTGCTCAG CTGCCTGCTT GCCTCCAGCA AGGCCAAGGT CTTCAGTCGC
     TGTGAGCTGG CCAAAGAGAT GCATGACTTC GGTCTGGATG GCTACCGGGG TTATAACCTG
     GCTGACTGGG TCTGCCTTGC TTACTACACA AGTGGCTTCA ACACAAATGC TGTGGATCAT
     GAAGCTGATG GAAGCACCAA CAATGGCATC TTCCAGATCA GCAGCCGGAG GTGGTGCAGA
     ACCCTCGCCT CGAATGGCCC CAATCTTTGC AGGATATACT GCACTGATTT GTTGAACAAT
     GATCTCAAAG ATTCTATCGT CTGTGCCATG AAGATAGTTC AAGAACCCCT GGGTCTGGGC
     TATTGGGAAG CCTGGAGGCA CCACTGCCAG GGCAGGGACC CCAGTGACTG GGTGGATGGC
     TGTGACTTCT AG
//
[21:47:26] Кушелев Александр Юрьевич: Это dne
[21:48:20] Кушелев Александр Юрьевич: А это fasta:
[21:48:21] Кушелев Александр Юрьевич: >ENA|AAS77887|AAS77887.1 Mus musculus (house mouse) lysozyme-like protein 3
ATGGAAGCTAGGAGCCGGGCTCCCAGAAGACAGCTGTGCCCGCCTGGGATCACTTGGCTG
GCCCTGGCCTATCTGCTCAGCTGCCTGCTTGCCTCCAGCAAGGCCAAGGTCTTCAGTCGC
TGTGAGCTGGCCAAAGAGATGCATGACTTCGGTCTGGATGGCTACCGGGGTTATAACCTG
GCTGACTGGGTCTGCCTTGCTTACTACACAAGTGGCTTCAACACAAATGCTGTGGATCAT
GAAGCTGATGGAAGCACCAACAATGGCATCTTCCAGATCAGCAGCCGGAGGTGGTGCAGA
ACCCTCGCCTCGAATGGCCCCAATCTTTGCAGGATATACTGCACTGATTTGTTGAACAAT
GATCTCAAAGATTCTATCGTCTGTGCCATGAAGATAGTTCAAGAACCCCTGGGTCTGGGC
TATTGGGAAGCCTGGAGGCACCACTGCCAGGGCAGGGACCCCAGTGACTGGGTGGATGGC
TGTGACTTCTAG
[21:49:04] Va12220(valqwa): оки. хорошо. сейчас минут 10-20 повожусь. настрою
[21:49:27] Кушелев Александр Юрьевич: Эти шутники всё время стандарты расширяют. Появились новые "фасты", которые программа от Prosolver не понимает
[21:52:51] Va12220(valqwa): мне все равно
[21:54:58] Кушелев Александр Юрьевич: Вот такую фасту программа Prosolver не берёт:
[21:54:59] Кушелев Александр Юрьевич: >NM_014656.2 Homo sapiens KIAA0040 (KIAA0040), transcript variant 2, mRNA
TCCCACGACCTTGGCCGGCGCCGGGGCCCTACACGCCAGACCTGGCTCGGGGTGGGAGTGCAGAGGCAAC
CAAAAAGGAACCCACACCTCCCTCCAGGGCCCGGGGCGCTGTCAGACGGGGCAGCAACCAGGAGATTCCC
[21:55:21] Кушелев Александр Юрьевич: Говорит, что ей не хватает ENA<
[21:56:05] Кушелев Александр Юрьевич: Ты можешь подправить программу, чтобы она первую строчку игнорировала, но брала оттуда название файла
[21:56:11] Кушелев Александр Юрьевич: Точнее название белка
[21:56:18] Кушелев Александр Юрьевич: Идентификатор
[21:56:38] Кушелев Александр Юрьевич: Или первые символов 30. Там он точно будет
[21:57:33] Кушелев Александр Юрьевич: Можно даже всю первую строчку загнать в графический файл, но только разбить на короткие строчки, чтобы графический файл шире не стал.
[21:59:13] Va12220(valqwa): сейчас не могу. у меня нет сейчас оболочки паскаля что бы разбираться с паскалем (старым очень к тому же )
[22:01:10] Va12220(valqwa): это нужно же заново потом перекомпилировать и создать исполняемый файл. гемороя хватит не на один час и не на два )
[22:02:06] Va12220(valqwa): если тебе так важно, то мне проще сделать тоже самое
https://img-fotki.yandex.ru/get/198998/ … 7_orig.png
на своем инструменте
[22:03:59] Кушелев Александр Юрьевич: Мне без разницы, на каком. Важно исходный алгоритм зафиксировать, чтобы можно было в скрипт Кушелева встроить. Тогда я смогу на Маше продублировать всё.
[22:04:45] Va12220(valqwa): не понял. что в маше продублировать ?
[22:04:58] Кушелев Александр Юрьевич: Алгоритм превращения 1234 в 123456
[22:05:26] Кушелев Александр Юрьевич: У меня сейчас скрипт строит 3D модель без радикалов по композиционному коду
[22:05:40] Кушелев Александр Юрьевич: Я на нём могу углы настраивать для вариантов 123456
[22:06:03] Кушелев Александр Юрьевич: Но в моём скрипте нет алгоритма перекодировки 1234 в 123456
[22:06:11] Va12220(valqwa): а какой "исходный" ?
[22:06:25] Кушелев Александр Юрьевич: Ты же в своей программе его делаешь?
[22:06:41] Va12220(valqwa): твой алгоритм берет композиционный код ?
[22:06:41] Кушелев Александр Юрьевич: Вот и в скрипт его хорошо бы тоже вставить
[22:06:46] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[22:06:56] Кушелев Александр Юрьевич: И строит кольцегранную модель без радикалов
[22:07:09] Va12220(valqwa): и он сейчас берет 1234
а ты хочешь получить комп код 123456
и уже с ним работать ?
[22:07:34] Кушелев Александр Юрьевич: Да, но я хочу и алгоритм в скрипт вставить, чтобы он сам из 1234 делал 123456
[22:07:54] Va12220(valqwa): ну вставь - ты же мне его рассказал только что
[22:08:10] Кушелев Александр Юрьевич: Я его не могу в виде скрипта написать
[22:08:25] Va12220(valqwa): а как собрался тогда вставлять ?
[22:08:49] Кушелев Александр Юрьевич: Глядя на твой исходник может получится его в виде скрипта написать
[22:10:01] Va12220(valqwa): ну ну
[22:10:03] Кушелев Александр Юрьевич: Скрипт хорош тем, что я его могу модифицировать сам
[22:10:38] Кушелев Александр Юрьевич: Не нужно будет ждать твоего очередного возвращения, чтобы исправить 20 градусов на 22 градуса или наоборот
[22:11:35] Кушелев Александр Юрьевич: А после того, как наберётся критическое количество доработок, ты уже новую версию напишешь
[22:12:22] Va12220(valqwa): давай попробуем
[22:12:31] Кушелев Александр Юрьевич: Давай
[22:13:54] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, мне от программы Prosolver нужно в первую очередь код 123456, а не графика
[22:14:02] Кушелев Александр Юрьевич: Графика она такой же останется
[22:14:11] Кушелев Александр Юрьевич: Тольцо цифры в столбцах поменяются
[22:14:27] Кушелев Александр Юрьевич: Для скрипта мне только цифры и нужны
[22:14:47] Кушелев Александр Юрьевич: В виде текстового файла
[22:15:34] Кушелев Александр Юрьевич: Но чтобы две программы не запускать, хотелось бы и цветные столбцы видеть сразу
[22:19:07] Va12220(valqwa): так как на картинке ?
[22:20:51] Кушелев Александр Юрьевич: Да, но два столбца там не нужно. Только новый с новыми цифрами. Хотя для проверки может и старый пригодиться...
[22:21:09] Кушелев Александр Юрьевич: После отладки старый будет не нужен
[22:22:25] Va12220(valqwa): но для 5 и 6 видимо должны быть иные обозначения в цветных столбцаХ?
[22:23:08] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Они и были раньше. 5 был розовым, а 6 нужно сделать сиреневым
[22:23:38] Va12220(valqwa): а размер - полный прямоугольник ?
[22:23:53] Кушелев Александр Юрьевич: А размер оставить, как был
[22:24:00] Va12220(valqwa): а я не знаю какой он был
[22:24:11] Кушелев Александр Юрьевич: Так у тебя же картинка есть
[22:24:35] Va12220(valqwa): на картнке 6 - полный а 5 - половинный  ТАК ?
[22:25:25] Кушелев Александр Юрьевич: Розовый пусть будет другой формы вообще. Сейчас нарисую
[22:29:38] Кушелев Александр Юрьевич: Розовый нужно сделать из зелёного. Т.е. такой же формы, как зелёный, только розовый
[22:29:51] Кушелев Александр Юрьевич: Сможешь?
[22:31:11] Кушелев Александр Юрьевич: Розовый на самом деле должен быть красно-розовым
[22:31:25] Кушелев Александр Юрьевич: Яркая часть средняя красная, а окантовочка розовая.
[22:32:04] Кушелев Александр Юрьевич: Из зелёного в Фотошопе перекрасить изменением оттенка
[22:32:25] Кушелев Александр Юрьевич: У меня просто фотошопа нет
[22:32:34] Кушелев Александр Юрьевич: Не тянет этот комп...
[22:34:07] Va12220(valqwa): )) в маше нарисуй
[22:35:14] Кушелев Александр Юрьевич: Ддразниться? Замени цифры в Color cо второй позиции(зеленый) на первую (красный), и всех делов
[22:38:08] Va12220(valqwa): ладно. нарисую конечно.
отдыхай пока что ) можно сказать день не зря прожит.
[22:38:31] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Алгоритм нарисовался, однако...

2017.01.15   13:09:29

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Кушелев: Ура! Пятый фрагмент замкнулся через дисульфидный мостик.

В мышином лизоциме обнаружился дисульфидный мостик между атомом серы Cys 13 и атомом серы Met 1. При этом угол 310-спирали делает структуру этого фрагмента лизоцима напряжённой, т.е. дополнительно прижимает группы атомов, как бы пытаясь вдавить атомные группы друг в друга.

Пикотехнологическая модель фрагмента мышиного лизоцима (ядра+электронные поверхности)

Пикотехнологическая модель мышиного лизоцима. Пока неточная, но структуру в общих чертах уже видно.

Skype, 2017-01-15:

[13:01:39] Кушелев Александр Юрьевич: Ты можешь подправить программу от Prosolver?
[13:10:45] Va12220(valqwa): Это старая версия 2D ?
[13:13:06] Кушелев Александр Юрьевич: Возьми новую. Она копирует в буфер обмена данными композиционный код.
[13:13:30] Кушелев Александр Юрьевич: Сможешь сделать, чтобы код был таким, как справа?

На первом этапе хотелось бы получить следующую версию композиционного кода. Новые варианты композиции показаны красным

цветом в правом столбце:

[13:14:05] Va12220(valqwa): справа - это где красные цифры 5 и 6 ?
[13:14:10] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[13:15:08] Кушелев Александр Юрьевич: Цифра 6 связана только с одним кодом Met, т.е. ATG
[13:15:26] Кушелев Александр Юрьевич: А цифра 5 - одиночные коды "1" или "4"
[13:16:26] Кушелев Александр Юрьевич: Если в составе спиралей, то они "1" и "4", а если до витка спирали не дотягивает, то "5"
[13:19:06] Кушелев Александр Юрьевич: На примере лизоцима я обнаружил, что структура белка может быть напряжённой, т.е. по коду 4 атомные группы как бы вдавливаются в соседние. А если был бы код 1, то не вдавливались бы. Но в этом белке нужно получить напряжённое состояние, поэтому код 1 в процессе эволюции заменился на 4.
[13:19:42] Кушелев Александр Юрьевич: Так что без учёта физики некоторые белки мы не сможем правильно построить.
[13:20:01] Кушелев Александр Юрьевич: Только ненапряжённые.
[13:24:57] Va12220(valqwa): пробую разобраться
[13:26:16] Кушелев Александр Юрьевич: Чем быстрее сможем настроить программу, тем быстрее сможем заинтересовать заказчиков. Не настроенная программа отпугивает. Американский заказчик отвалился.
[13:27:14] Кушелев Александр Юрьевич: Там ещё менеджер схалтурил. Я ему говорил, чтобы он предупредил, что программа ещё не отлажена, есть ошибки. А он не передал американцам. И вторичную структуру вообще не показал...

2017.01.13 00:38:05

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5ESB

http://www.uniprot.org/uniprot/C1KIK8

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ACO06702

>ENA|ACO06702|ACO06702.1 Hepatitis C virus partial NS3 protease
GCGCCCATCACGGCGTACGCCCAGCAGACAAGAGGCCTCCTAGGGTGCATAATCACCAGC
CTAACTGGCCGGGACAAAAACCAAGTGGAGGGCGAGGTCCAGATTGTGTCAACTGCTGCC
CAAACTTTCCTGGCAACGTGCATCAATGGGGTATGCTGGACTGTCTACCACGGAGCCGGA
ACGAGGACCATCGCATCACCCAAGGGCCCTGTTATCCAGATGTATACCAATGTAGACAAA
GACCTTGTGGGCTGGCCCGCTCCTCAGGGTTCCCGCTCATTGACACCATGCACCTGCGGC
TCCTCGGATCTTTACCTGGTCACGAGGCACGCCGATGTCATCCCCGTGCGCCGGCGGGGT
GATAGCAGGGGCAGCCTGCTTTCGCCCCGGCCCATCTCCTACTTGAAAGGCTCCTCGGGG
GGTCCGCTGTTGTGCCCTGCGGGACACGCCGTTGGCATATTTAGGGCCGCGGTGTGCACC
CGTGGAGTGGCTAAGGCGGTGGATTTCATCCCTGTGGAGAGCCTAGAGACAACCATGAGG
TCC

Композиционный код:

4,1,1,4,4,1,1,1,1,2,3,1,1,2,4,1,2,1,1,1,2,3,1,4,1,3,1,3,4,1,1,1,1,1,3,4,2,3,3,1,3,3,1,4,2,4,1,1,3,4,
2,1,1,3,1,1,1,2,1,2,4,1,1,1,2,2,1,1,1,3,3,1,1,1,3,1,3,2,1,3,1,3,4,1,1,1,3,3,1,3,1,1,2,1,2,2,1,1,1,1,
1,4,3,3,1,4,1,4,1,1,1,3,1,1,1,4,1,4,4,3,3,1,1,1,1,4,3,4,1,4,1,1,1,1,1,3,1,1,4,4,3,4,4,1,1,3,4,2,1,1,
3,1,2,3,1,1,4,4,1,1,3,2,4,3,1,4,4,3,1,1,3,4,1,1,2,1,2,1,1,1

2017.01.13 00:49:05

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=2NBC

Нет данных

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5HGE

http://www.uniprot.org/uniprot/P42212

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA27722

>ENA|AAA27722|AAA27722.1 Aequorea victoria green-fluorescent protein
ATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGT
GATGTTAATGGGCACAAATTCTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGA
AAACTTACCCTTAAATTTATTTGCACTACTGGAAAGCTACCTGTTCCATGGCCAACACTT
GTCACTACTTTCTCTTATGGTGTTCAATGCTTTTCAAGATACCCAGATCATATGAAACAG
CATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTAC
AAAGATGACGGGAACTACAAATCACGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTCGTT
AATAGAATTGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAA
ATGGAATACAACTATAACTCACACAATGTATACATCATGGCAGACAAACAAAAGAATGGA
ATCAAAGTTAACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGAAGCGTTCAACTAGCAGAC
CATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTAC
CTGTCCACACAATCTGCCCTTTCCAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGATCACATGATCCTT
CTTGAGTTTGTAACAGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAATAA

Композиционный код:

1,3,3,2,3,3,3,1,3,2,3,1,2,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,4,1,3,1,3,1,3,2,1,3,3,3,3,2,2,1,2,3,3,1,3,3,3,3,1,3,3,
2,1,2,3,3,2,1,2,2,3,1,3,3,1,3,3,3,3,3,1,3,2,3,1,2,3,3,1,3,1,3,1,3,1,1,3,1,1,1,3,3,3,2,1,3,3,3,2,3,1,
3,3,1,4,1,1,3,2,3,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,3,3,1,3,3,3,3,3,3,3,3,3,2,1,3,3,2,1,3,1,3,1,1,3,1,2,1,3,2,
1,1,1,2,1,3,3,1,3,2,1,3,3,1,1,3,3,3,1,1,3,3,3,2,1,3,3,2,2,1,3,3,3,3,3,3,2,3,1,3,1,3,1,3,3,2,1,1,3,1,
4,1,2,3,3,1,3,1,3,3,1,1,3,1,3,3,1,1,1,3,3,1,3,2,2,3,3,4,3,2,3,1,1,3,3,2,1,3

2017.01.13 00:55:37

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5TR5

http://www.uniprot.org/uniprot/O60260

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/BAA25751

>ENA|BAA25751|BAA25751.1 Homo sapiens (human) Parkin
ATGATAGTGTTTGTCAGGTTCAACTCCAGCCATGGTTTCCCAGTGGAGGTCGATTCTGAC
ACCAGCATCTTCCAGCTCAAGGAGGTGGTTGCTAAGCGACAGGGGGTTCCGGCTGACCAG
TTGCGTGTGATTTTCGCAGGGAAGGAGCTGAGGAATGACTGGACTGTGCAGAATTGTGAC
CTGGATCAGCAGAGCATTGTTCACATTGTGCAGAGACCGTGGAGAAAAGGTCAAGAAATG
AATGCAACTGGAGGCGACGACCCCAGAAACGCGGCGGGAGGCTGTGAGCGGGAGCCCCAG
AGCTTGACTCGGGTGGACCTCAGCAGCTCAGTCCTCCCAGGAGACTCTGTGGGGCTGGCT
GTCATTCTGCACACTGACAGCAGGAAGGACTCACCACCAGCTGGAAGTCCAGCAGGTAGA
TCAATCTACAACAGCTTTTATGTGTATTGCAAAGGCCCCTGTCAAAGAGTGCAGCCGGGA
AAACTCAGGGTACAGTGCAGCACCTGCAGGCAGGCAACGCTCACCTTGACCCAGGGTCCA
TCTTGCTGGGATGATGTTTTAATTCCAAACCGGATGAGTGGTGAATGCCAATCCCCACAC
TGCCCTGGGACTAGTGCAGAATTTTTCTTTAAATGTGGAGCACACCCCACCTCTGACAAG
GAAACACCAGTAGCTTTGCACCTGATCGCAACAAATAGTCGGAACATCACTTGCATTACG
TGCACAGACGTCAGGAGCCCCGTCCTGGTTTTCCAGTGCAACTCCCGCCACGTGATTTGC
TTAGACTGTTTCCACTTATACTGTGTGACAAGACTCAATGATCGGCAGTTTGTTCACGAC
CCTCAACTTGGCTACTCCCTGCCTTGTGTGGCTGGCTGTCCCAACTCCTTGATTAAAGAG
CTCCATCACTTCAGGATTCTGGGAGAAGAGCAGTACAACCGGTACCAGCAGTATGGTGCA
GAGGAGTGTGTCCTGCAGATGGGGGGCGTGTTATGCCCCCGCCCTGGCTGTGGAGCGGGG
CTGCTGCCGGAGCCTGACCAGAGGAAAGTCACCTGCGAAGGGGGCAATGGCCTGGGCTGT
GGGTTTGCCTTCTGCCGGGAATGTAAAGAAGCGTACCATGAAGGGGAGTGCAGTGCCGTA
TTTGAAGCCTCAGGAACAACTACTCAGGCCTACAGAGTCGATGAAAGAGCCGCCGAGCAG
GCTCGTTGGGAAGCAGCCTCCAAAGAAACCATCAAGAAAACCACCAAGCCCTGTCCCCGC
TGCCATGTACCAGTGGAAAAAAATGGAGGCTGCATGCACATGAAGTGTCCGCAGCCCCAG
TGCAGGCTCGAGTGGTGCTGGAACTGTGGCTGCGAGTGGAACCGCGTCTGCATGGGGGAC
CACTGGTTCGACGTGTAG

Композиционный код:

1,2,4,3,1,1,1,1,1,1,3,3,1,2,4,1,1,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,3,1,2,1,4,3,4,3,1,1,1,3,4,3,1,2,4,1,1,4,
1,3,1,1,3,4,1,3,3,1,4,3,1,1,1,3,3,1,3,4,1,3,4,1,3,3,3,3,3,1,3,2,3,2,1,1,1,1,3,1,4,4,2,1,3,1,4,1,1,1,
1,1,3,4,4,1,1,1,1,2,1,1,2,2,1,3,4,4,4,3,1,3,4,1,3,1,1,1,1,1,2,2,2,3,2,3,2,2,3,3,2,1,1,1,1,3,3,4,3,1,
3,1,1,3,3,3,4,1,4,2,3,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,2,4,1,1,1,1,1,3,2,3,1,1,3,3,3,3,3,2,1,4,1,3,3,3,1,3,1,2,1,
1,3,4,3,3,2,3,3,1,3,3,3,2,2,1,1,1,3,1,1,3,2,2,2,3,1,1,4,1,2,2,3,3,4,1,1,3,1,3,4,1,2,1,1,1,1,1,1,4,3,
1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,3,1,3,1,1,3,1,3,4,2,3,1,3,3,4,1,3,3,1,1,3,3,3,1,1,1,4,3,3,4,3,1,3,1,1,1,1,3,3,1,
1,3,1,1,1,3,4,2,3,1,1,1,1,4,1,1,1,3,3,2,1,1,3,1,4,1,1,4,1,4,3,1,1,1,3,1,3,2,4,4,4,4,4,1,3,1,1,1,3,1,
1,1,3,4,1,3,1,4,1,3,4,3,1,1,1,4,3,3,3,3,4,1,3,3,4,1,1,3,1,2,3,3,1,2,2,2,3,3,1,1,1,3,1,3,3,3,1,1,1,1,
3,3,1,3,2,1,1,3,3,1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,1,1,3,2,2,4,3,3,3,2,1,1,1,1,1,1,3,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,
1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,4

2017.01.13 00:58:46

Kushelev пишет:

Кушелев: Уважаемая Виктория!
Предлагаю сравнить величину корреляции вторичной структуры по данным разных методов с первичной структурой, в частности по пролину. И сразу выяснится, "Кто есть Who?" 

А по результатам сравнения имеет смысл написать научную статью, которая может "взорвать" научный мир 

Очевидно, что корреляция вторичной структуры с первичной по Pro, полученной по программе Пикотех, выше аналогичной корреляции вторичной структуры из PDB.

Очевидность начинается со значений коэффициента корреляции и их достоверности. Всё остальное: неочевидные благие пожелания.

Почитайте монографию Карасева или хотя бы в нашей книге о его разработках в анализе преимущественного пребывания тех или иных аминокислот в тех или иных структурах белка. Весь прошлый век над этим бились, но так и не установили 100 % закономерности. Даже композиционный код опровергает это.

2017.01.13 01:03:18

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=1CLC

http://www.uniprot.org/uniprot/P0C2S4

Нет данных

2017.01.13 01:04:14

Victoriy пишет:Kushelev пишет:

Кушелев: Уважаемая Виктория!
Предлагаю сравнить величину корреляции вторичной структуры по данным разных методов с первичной структурой, в частности по пролину. И сразу выяснится, "Кто есть Who?" 

А по результатам сравнения имеет смысл написать научную статью, которая может "взорвать" научный мир 

Очевидно, что корреляция вторичной структуры с первичной по Pro, полученной по программе Пикотех, выше аналогичной корреляции вторичной структуры из PDB.

Очевидность начинается со значений коэффициента корреляции и их достоверности. Всё остальное: неочевидные благие пожелания.

Почитайте монографию Карасева или хотя бы в нашей книге о его разработках в анализе преимущественного пребывания тех или иных аминокислот в тех или иных структурах белка. Весь прошлый век над этим бились, но так и не установили 100 % закономерности. Даже композиционный код опровергает это.

Вы верите, что это - случайность?

2017.01.13 01:09:18

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=4K40

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=4K3U

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=4XVC

Нет данных

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5MJ4

http://www.uniprot.org/uniprot/P29460

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA35695

>ENA|AAA35695|AAA35695.1 Homo sapiens (human) cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit
ATGTGTCACCAGCAGTTGGTCATCTCTTGGTTTTCCCTGGTTTTTCTGGCATCTCCCCTC
GTGGCCATATGGGAACTGAAGAAAGATGTTTATGTCGTAGAATTGGATTGGTATCCGGAT
GCCCCTGGAGAAATGGTGGTCCTCACCTGTGACACCCCTGAAGAAGATGGTATCACCTGG
ACCTTGGACCAGAGCAGTGAGGTCTTAGGCTCTGGCAAAACCCTGACCATCCAAGTCAAA
GAGTTTGGAGATGCTGGCCAGTACACCTGTCACAAAGGAGGCGAGGTTCTAAGCCATTCG
CTCCTGCTGCTTCACAAAAAGGAAGATGGAATTTGGTCCACTGATATTTTAAAGGACCAG
AAAGAACCCAAAAATAAGACCTTTCTAAGATGCGAGGCCAAGAATTATTCTGGACGTTTC
ACCTGCTGGTGGCTGACGACAATCAGTACTGATTTGACATTCAGTGTCAAAAGCAGCAGA
GGCTCTTCTGACCCCCAAGGGGTGACGTGCGGAGCTGCTACACTCTCTGCAGAGAGAGTC
AGAGGGGACAACAAGGAGTATGAGTACTCAGTGGAGTGCCAGGAGGACAGTGCCTGCCCA
GCTGCTGAGGAGAGTCTGCCCATTGAGGTCATGGTGGATGCCGTTCACAAGCTCAAGTAT
GAAAACTACACCAGCAGCTTCTTCATCAGGGACATCATCAAACCTGACCCACCCAAGAAC
TTGCAGCTGAAGCCATTAAAGAATTCTCGGCAGGTGGAGGTCAGCTGGGAGTACCCTGAC
ACCTGGAGTACTCCACATTCCTACTTCTCCCTGACATTCTGCGTTCAGGTCCAGGGCAAG
AGCAAGAGAGAAAAGAAAGATAGAGTCTTCACGGACAAGACCTCAGCCACGGTCATCTGC
CGCAAAAATGCCAGCATTAGCGTGCGGGCCCAGGACCGCTACTATAGCTCATCTTGGAGC
GAATGGGCATCTGTGCCCTGCAGTTAG

Композиционный код:

1,3,1,1,1,1,1,1,3,1,3,1,4,3,3,4,2,3,1,1,4,1,2,1,3,4,1,3,3,3,3,1,2,3,1,3,1,3,4,3,1,3,2,3,1,4,1,1,1,3,
1,1,3,3,3,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,3,1,3,1,3,1,4,1,1,3,1,3,1,3,2,3,3,1,1,1,1,3,1,3,2,1,1,3,2,1,3,4,
1,4,4,3,1,3,1,3,3,2,3,1,1,3,3,3,3,1,1,1,3,3,1,3,3,1,1,3,2,3,1,1,1,1,3,3,3,2,3,1,1,1,1,1,4,4,2,1,3,3,
3,1,2,1,3,1,3,1,1,3,1,3,3,1,1,3,4,4,4,1,2,3,3,2,1,3,2,1,3,1,3,4,1,1,1,1,3,1,1,2,4,1,1,1,1,1,3,1,1,2,
3,3,1,1,3,4,1,3,1,1,1,4,3,1,3,1,1,1,1,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,3,1,2,1,1,1,1,1,4,1,2,3,1,3,3,4,
1,4,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,3,2,3,1,1,1,1,4,2,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,3,3,1,3,3,3,1,1,4,1,1,1,2,1,4,1,1,1,
1,3,3,1,1,3,1,4,4,1,1,1,1,1,3,1,2,3,1,1,3,1,2,3,4,1,1,3

2017.01.13 02:30:31

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoriy пишет:

Даже композиционный код опровергает это.

Уважаемая Виктория!

А Вы в курсе, что есть участки структуры белка, в которых первичная и вторичная структуры коррелируют на все 100% ?

Есть, например, аминокислоты Met (метионин) и Trp (триптофан), которые рибосома может поставить только под углом альфа-спирали, т.е. единственный вариант композиционного кода "1"  Конечно, это может быть одиночный альфа-код или в составе спирали, но никак не код "2" или "3" Если же из Met и Trp составлен участок белка более 3 аминокислотных остатков, например, -Trp-Met-Trp-Met-, -Trp-Trp-Trp-Trp-Trp- или -Met-Met-Met-Met- то это будет альфа-спираль однозначно.

А это означает 100% корреляцию первичной и вторичной структуры в этом месте.

В случае Pro корреляция, конечно, не 100%, но тоже вполне очевидна 

Кстати, а что делать с фрагментами лизоцимов, о которых мы с Вами недавно беседовали? Вы нашли код человеческого лизоцима. Оказалось, что его фрагмент тоже замыкается, но не на 22-ом, а на 18-ом остатке.

Если по Вашему алгоритму лизоцим не имеет определённой структуры, то как его фрагмент может замкнуться на уровне композиционного кода? Случайно? Но вероятность случайного замыкания фрагмента из 22 аминокислотных остатков равна 3^-22, а двух разных лизоцимов 3^-22*3^-18=3^-40 Вы верите в случайность найти иголку в стоге сена, размером с Солнце?

Кстати, по Вашему алгоритму фрагмент лизоцима мог бы замкнуться только в треугольник, т.к. состоит из трёх прямых участков альфа-спирали. Либо спирали нужно ломать...

Кстати, с фрагментом второго (человеческого) лизоцима у Вас совсем плохо. Структуры "нет совсем", а по моей модели он тоже замыкается на уровне композиционного кода:

Вы верите в две случайности подряд с вероятностями 3^-22 и 3^-18 ?

2017.01.13 10:57:02

Структура белка со 100%-ной корреляцией первичной и вторичной структур:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/197333738

Вторичная структура (Пикотех): https://img-fotki.yandex.ru/get/114704/ … 6_orig.gif

2017.01.12 21:48:16

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК 

Кушелев: Уважаемая Виктория!
Предлагаю сравнить величину корреляции вторичной структуры по данным разных методов с первичной структурой, в частности по пролину. И сразу выяснится, "Кто есть Who?" 

А по результатам сравнения имеет смысл написать научную статью, которая может "взорвать" научный мир 

Очевидно, что корреляция вторичной структуры с первичной по Pro, полученной по программе Пикотех, выше аналогичной корреляции вторичной структуры из PDB.

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=2ND1

2017.01.12   22:08:17

Skype, 2017-01-12:

[12.01.2017 22:09:39] Кушелев Александр Юрьевич: Добрый вечер, Виктория! Новая методика сравнения с РСА

Пикотехнология белков

Ветвь форума Лабораории Наномир

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

2016.12.30 16:43:14

[13:22:53] Кушелев Александр Юрьевич: Научный прорыв в пикотехнологии
[15:12:18] Потенциальный инвестор: Что это дает и что предлагаете? Прошу кратко пояснить суть инновации...  (wave)
[16:43:05] Кушелев Александр Юрьевич: Пикотехнология проверена окончательно. Вероятность случайного замыкания цикла лизоцима из 22 аминокислотных остатов равна 1/30 000 000 000, вероятность случайного образования кольца из 48 аминокислотных остатков равна 4^-48=10^-29. Точность пикотехнологии в 1000-10 000 раз выше точности рентгеноструктурного анализа (РСА). Скорость выше примерно в миллион раз. РСА может работать только с кристаллами. Это 3% всех типов белков. Пикотех работает дополнительно с 97% типов белков. Ежедневно кто-то оплачивает по старой технологии более 30 белковых структур в среднем по 10 000 евро. Я на одном компьютере могу ежедневно определять до 100 белковых структур, т.е. зарабатывать до миллиона евро в день. Осталось оформить документы...

2016.12.30 13:10:50

Кушелев: Видео, на котором были открыты кольца из 48 аминокислотных остатков белка 3UAO:

Такой композиционный код формирует эти кольца:

144443144443144443144443144443144443144443144443

Замыкание (как минимум трижды!) кольца из 48 аминокислотных остатков в модели фрагмента белка 3UAO:

Вероятность случайного замыкания = 4^-48 = 10^-29

Замыкание фрагмента модели лизоцима на 22-ом аминокислотном остатке (вероятность случайного замыкания = 1/30 000 000 000)

2016.12.29 22:33:31

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=3UA0

3UA0
N-Terminal Domain of Bombyx mori Fibroin Mediates the Assembly of Silk in Response to pH Decrease

http://www.uniprot.org/uniprot/P05790

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAF76983

>ENA|AAF76983|AAF76983.1 Bombyx mori (domestic silkworm) fibroin heavy chain Fib-H
ATGAGAGTCAAAACCTTTGTGATCTTGTGCTGCGCTCTGCAGTATGTCGCTTATACAAAT
GCAAACATCAATGATTTTGATGAGGACTATTTTGGGAGTGATGTCACTGTCCAAAGTAGT
AATACAACAGATGAAATAATTAGAGATGCATCTGGGGCAGTTATCGAAGAACAAATTACA
ACTAAAAAAATGCAACGGAAAAATAAAAACCATGGAATACTTGGAAAAAATGAAAAAATG
ATCAAGACGTTCGTTATAACCACGGATTCCGACGGTAACGAGTCCATTGTAGAGGAAGAT
GTGCTCATGAAGACACTTTCCGATGGTACTGTTGCTCAAAGTTATGTTGCTGCTGATGCG
GGAGCATATTCTCAGAGCGGGCCATACGTATCAAACAGTGGATACAGCACTCATCAAGGA
TATACGAGCGATTTCAGCACTAGTGCTGCAGTCGGTGCAGGAGCTGGTGCAGGTGCTGCC
GCTGGTTCTGGTGCGGGTGCCGGAGCTGGTTATGGAGCTGCTTCTGGTGCTGGTGCCGGT
GCTGGGGCTGGTGCCGGAGCTGGTTATGGAACTGGTGCAGGTGCAGGTGCCGGAGCTGGT
TATGGAGCTGGTGCAGGTGCAGGTGCCGGAGCTGGTTATGGGGCTGGTGCAGGTGCAGGT
GCCGGAGCTGGTTATGGAGCTGGTGCAGGTGCAGGTGCCGGAGCTGGTTATGGGGCTGGT
GCAGGTGCAGGTGCCGGAGCTGGTTATGGAGCTGGTGCGGGTGCCGGTGCCGGGGCTGGT
TATGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGCGCTGGGTACGGACAAGGAGTAGGAAGCGGA
GCTGCTTCTGGAGCTGGTGCAGGTGCAGGAGCAGGTTCTGCCGCTGGTTCTGGGGCAGGT
GCCGGTGCTGGTACCGGTGCTGGTGCAGGTTACGGAGCTGGTGCAGGTGCCGGTGCCGGA
GCTGGTTATGGAGCTGCCTCTGGTACTGGAGCAGGTTATGGAGCTGGTGCCGGAGCTGGT
TACGGAGGTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGTGCCGGTGCTGGGGCTGGAGCCGGTGCTGGT
GCAGGTTATGGAACTGGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCCGGAGCAGGAGCCGGAGCAGGA
GCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGTAGGA
GCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGT
TCAGGTGCCGGTGCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCAGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTACTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGT
GCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGTGGAGCTGCC
TCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCAGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGA
GCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGA
TACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCCGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGTTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGA
GCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCC
TCTGGTGCTGGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCA
TATGTAGCAAATGGCGGATATAGCAGAAGTGATGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCTGAC
TTTGGAACTGGAAGCGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGC
GCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGA
TACGGAGCAGGAGTTGGTGTTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGA
TACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGTTGGCTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGA
GCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCCGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGAGCTGGAGTTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGA
TATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCAGGT
GCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGAGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGA
GCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCC
TCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGA
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGT
GCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGA
AGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGTTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGA
GCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCCGGT
GCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAGCACATGGCGGA
TATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGAAGCGGAGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCA
GGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCT
GGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCT
GGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATAC
GGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGTTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGAGCA
GGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGAGTTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATAT
GGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCT
GGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAGCA
AATGGCGGATATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGA
AGCGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGT
GCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGA
GCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTTCTGGT
TCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGA
GCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGA
GCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGA
ACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAGCACATGGCGGATATAGCGGCTACGAATAC
GCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGAAGCGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCT
GGATACGGAGCAGCATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCTGGAGCAGGAAGC
GGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCA
GGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTTCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCT
GGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCT
GGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCT
GGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAACCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTTCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGAGCTGGTGCTGGATATGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCT
GGTGCTGGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATAT
GTAGCACATGGCGGATATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGA
ACTGGAAGCGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCGCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGA
GCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAACTGGCTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGA
GCAGGAAGCGGAGCTGCCTTTGGTGCCGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGA
GCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGA
GCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGA
GCTGGTGCTGGATACGGAGCTGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGT
GCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGT
GCTGGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTA
GCAAATGGCGGATATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACT
GGAAGCGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCT
GGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGGGCTGGTTCAGGAGCT
GGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTT
GGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCA
GGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGCTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGGTCAGGTGCCGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTT
GGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCA
GGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGTT
GGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCT
GGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCT
GCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTACAGGTGCTGGGGCT
GGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCT
GGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAGCA
AATGGCGGATATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGA
AGCGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGA
GCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGA
GCAGGAGCAGGAAGCGGAACTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGT
GCTGGATACGGAGTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGA
AGCGGAACTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGA
GCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGA
GTAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGC
TCAGGTGCTGGTGCTGGGTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGA
GCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCCGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
TCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGTAGGATATGGA
GCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGT
GCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAGCAAAT
GGCGGATATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGAAGC
GGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCA
GGGTACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGAGCA
GGAGCTGGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCT
GGTGCCGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAATAGGAGTTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCT
GGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCT
GGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTGCCGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCT
GGATACGGAGCAGGATATGGAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGA
GCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGGGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGA
GCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCCGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGA
ACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAAATGGCGGATATAGCGGCTACGAATACGCT
TGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGAAGCGGAGCTGGTGCTGGCTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGA
TATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGT
GCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGA
GCTGGATACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGT
GCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCYTCTGGCGCCGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGT
GCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGT
TCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAGCAGGA
GTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCTGGA
TACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTTCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGT
GCTGGTTCAGGTGCTGGGGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGA
TACGGAGCAGGGTACGGAGCAGGAGCAGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCCGGT
GCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGACCATATGTAGCAAATGGCGGA
TATAGCGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCAGAATCTGACTTTGGAACTGGAAGCGGAGCT
GGTGCTGGCTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGAGCTGGATACGGAGCAGGAGTT
GGTGCTGGTTACGGAGCAGGATATGGAGCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCA
GGAAGCGGAGCTGGCTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGATACGGAGCA
GGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCT
GGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGGCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTTCT
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTTCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCT
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAATA
GGAGTTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCT
GGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCT
GGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGTTGGATAC
GGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCT
GGCTCAGGTGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGGTACGGAGCAGGAGTTGGTGCTGGATAC
GGAGCAGGTGCTGGATACGGAGCAGGATATGGAGTAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCA
GGAGCAGGAAGCGGAGCTGGCTCTGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCT
GGCGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGTGCC
GGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCTGGAAGCGGAGCT
GCCTCTGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGCCGGTGCTGGTGCT
GGTTCAGGAGCTGGTGCTGGTTCAGGAGCTGGTGCTGGATACGGAGCAGGAGCAGGAAGT
GGAGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGAGCTGGTGCAGGAACAGGCTCTTCTGGATTTGGA
CCATATGTAGCAAATGGCGGATATAGCAGACGTGAAGGCTACGAATACGCTTGGTCGTCA
AAATCTGACTTTGAAACTGGAAGCGGTGCTGCCTCTGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTTCA
GGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCCGGTGCTGGTTCAGGTGCTGGTGCTGGTTCAGGTGCC
GGTGCTGGTGGTAGCGTCAGTTACGGAGCTGGCAGGGGATACGGACAAGGTGCAGGAAGT
GCAGCTTCCTCTGTGTCATCTGCTTCATCTCGCAGTTACGACTATTCTCGTCGTAACGTC
CGCAAAAACTGTGGAATTCCTAGAAGACAACTAGTTGTTAAATTCAGAGCACTGCCTTGT
GTGAATTGCTAA

https://img-fotki.yandex.ru/get/198026/ … 5_orig.gif

Программная спираль (повторяющиеся участки)

Программная спираль 2122212221222

Программная спираль

Программная спираль

Программная спираль 3332333332333332333332

Многократно повторяющаяся структура архитектурного перевертыша

Многократно повторяющаяся структура

Программная спираль 22322232223

Многократно повторяющаяся структура

Многократно повторяющаяся структура

Многократно повторяющаяся структура

Многократно повторяющаяся структура

Общая длина программной спирали 3332333332333332333332 достигает 132 аминокислотных остатка. Случайно такая последовательность могла бы образоваться с такой же вероятностью, как выпадение "орла" 264 раза, но не подряд, а периодично, т.е. с 510 броска 40 "орлов" подряд, с 580-го ещё 40 "орлов" подряд, с 878-го, 1074-го и с 3949-го. Вероятность такой последовательности событий равна 2^-264 = 3*10^-80. Понятно, что такая последовательность кодов не может быть случайной.

В том же белке есть и другая длинная последовательность, которая тоже имеет ничтожную вероятность случайного образования (порядка 3*10^-80).

О том, что генетический код белков не является случайной комбинацией символов, мы знаем и из других источников. Эволюция генов идёт всё быстрее, т.к. более длинные нуклеотидные последовательности формируются из более коротких, например, многократным их повторением, что мы и наблюдаем в случае формирования программной спирали белковой молекулы.

Однако в данном случае мы видим последовательность именно композиционных кодов, т.е. кодов, управляющих взаимной ориентацией соседних аминокислотных остатков в белковой молекуле. И эти коды, как мы видим, тоже не случайны.

Попробуйте изменить таблицу композиционного кода. Что Вы получите вместо этих периодических структур?

Результат изменений таблицы и алгоритма композиционного кодирования, предпринятые Викторией Соколик, вы видите справа в виде серой полосы. Информация о периодической структуре белковой молекулы потеряна.

Кстати,

Методом РСА (и не только!) не удалось обнаружить ни одного спирального участка в этом белке...

2017.01.01     22:19:00

Готовится 581-ый выпуск рассылки "Новости лаборатории Наномир"

http://subscribe.ru/catalog/science.news.nanoworldnews

Дайджест:

581 Научный прорыв в пикотехнологии.
Как выглядит архитектурный нео-квази-перевертыш?
Анатомия диссонансных архитектурных перевертышей
РСА не может определить даже тип белка!
Найди иголку в стоге сена размером с планету...
Emdrive в СССР зарегистрирован в 1973 году!

Пикотехнология белков

2017.01.12 20:10:56

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК 

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=2ND1

http://www.uniprot.org/uniprot/O60885

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAL26987

>ENA|AAL26987|AAL26987.1 Homo sapiens (human) bromodomain-containing 4
ATGTCTGCGGAGAGCGGCCCTGGGACGAGATTGAGAAATCTGCCAGTAATGGGGGATGGA
CTAGAAACTTCCCAAATGTCTACAACACAGGCCCAGGCCCAACCCCAGCCAGCCAACGCA
GCCAGCACCAACCCCCCGCCCCCAGAGACCTCCAACCCTAACAAGCCCAAGAGGCAGACC
AACCAACTGCAATACCTGCTCAGAGTGGTGCTCAAGACACTATGGAAACACCAGTTTGCA
TGGCCTTTCCAGCAGCCTGTGGATGCCGTCAAGCTGAACCTCCCTGATTACTATAAGATC
ATTAAAACGCCTATGGATATGGGAACAATAAAGAAGCGCTTGGAAAACAACTATTACTGG
AATGCTCAGGAATGTATCCAGGACTTCAACACTATGTTTACAAATTGTTACATCTACAAC
AAGCCTGGAGATGACATAGTCTTAATGGCAGAAGCTCTGGAAAAGCTCTTCTTGCAAAAA
ATAAATGAGCTACCCACAGAAGAAACCGAGATCATGATAGTCCAGGCAAAAGGAAGAGGA
CGTGGGAGGAAAGAAACAGGGACAGCAAAACCTGGCGTTTCCACGGTACCAAACACAACT
CAAGCATCGACTCCTCCGCAGACCCAGACCCCTCAGCCGAATCCTCCTCCTGTGCAGGCC
ACGCCTCACCCCTTCCCTGCCGTCACCCCGGACCTCATCGTCCAGACCCCTGTCATGACA
GTGGTGCCTCCCCAGCCACTGCAGACGCCCCCGCCAGTGCCCCCCCAGCCACAACCCCCA
CCCGCTCCAGCTCCCCAGCCCGTACAGAGCCACCCACCCATCATCGCGGCCACCCCACAG
CCTGTGAAGACAAAGAAGGGAGTGAAGAGGAAAGCAGACACCACCACCCCCACCACCATT
GACCCCATTCACGAGCCACCCTCGCTGCCCCCGGAGCCCAAGACCACCAAGCTGGGCCAG
CGGCGGGAGAGCAGCCGGCCTGTGAAACCTCCAAAGAAGGACGTGCCCGACTCTCAGCAG
CACCCAGCACCAGAGAAGAGCAGCAAGGTCTCGGAGCAGCTCAAGTGCTGCAGCGGCATC
CTCAAGGAGATGTTTGCCAAGAAGCACGCCGCCTACGCCTGGCCCTTCTACAAGCCTGTG
GACGTGGAGGCACTGGGCCTACACGACTACTGTGACATCATCAAGCACCCCATGGACATG
AGCACAATCAAGTCTAAACTGGAGGCCCGTGAGTACCGTGATGCTCAGGAGTTTGGTGCT
GACGTCCGATTGATGTTCTCCAACTGCTATAAGTACAACCCTCCTGACCATGAGGTGGTG
GCCATGGCCCGCAAGCTCCAGGATGTGTTCGAAATGCGCTTTGCCAAGATGCCGGACGAG
CCTGAGGAGCCAGTGGTGGCCGTGTCCTCCCCGGCAGTGCCCCCTCCCACCAAGGTTGTG
GCCCCGCCCTCATCCAGCGACAGCAGCAGCGATAGCTCCTCGGACAGTGACAGTTCGACT
GATGACTCTGAGGAGGAGCGAGCCCAGCGGCTGGCTGAGCTCCAGGAGCAGCTCAAAGCC
GTGCACGAGCAGCTTGCAGCCCTCTCTCAGCCCCAGCAGAACAAACCAAAGAAAAAGGAG
AAAGACAAGAAGGAAAAGAAAAAAGAAAAGCACAAAAGAAAAGAGGAAGTGGAAGAGAAT
AAAAAAAGCAAAGCCAAGGAACCTCCTCCTAAAAAGACGAAGAAAAATAATAGCAGCAAC
AGCAATGTGAGCAAGAAGGAGCCAGCGCCCATGAAGAGCAAGCCCCCTCCCACGTATGAG
TCGGAGGAAGAGGACAAGTGCAAGCCTATGTCCTATGAGGAGAAGCGGCAGCTCAGCTTG
GACATCAACAAGCTCCCCGGCGAGAAGCTGGGCCGCGTGGTGCACATCATCCAGTCACGG
GAGCCCTCCCTGAAGAATTCCAACCCCGACGAGATTGAAATCGACTTTGAGACCCTGAAG
CCGTCCACACTGCGTGAGCTGGAGCGCTATGTCACCTCCTGTTTGCGGAAGAAAAGGAAA
CCTCAAGCTGAGAAAGTTGATGTGATTGCCGGCTCCTCCAAGATGAAGGGCTTCTCGTCC
TCAGAGTCGGAGAGCTCCAGTGAGTCCAGCTCCTCTGACAGCGAAGACTCCGAAACAGAG
ATGGCTCCGAAGTCAAAAAAGAAGGGGCACCCCGGGAGGGAGCAGAAGAAGCACCATCAT
CACCACCATCAGCAGATGCAGCAGGCCCCGGCTCCTGTGCCCCAGCAGCCGCCCCCGCCT
CCCCAGCAGCCCCCACCGCCTCCACCTCCGCAGCAGCAACAGCAGCCGCCACCCCCGCCT
CCCCCACCCTCCATGCCGCAGCAGGCAGCCCCGGCGATGAAGTCCTCGCCCCCACCCTTC
ATTGCCACCCAGGTGCCCGTCCTGGAGCCCCAGCTCCCAGGCAGCGTCTTTGACCCCATC
GGCCACTTCACCCAGCCCATCCTGCACCTGCCGCAGCCTGAGCTGCCCCCTCACCTGCCC
CAGCCGCCTGAGCACAGCACTCCACCCCATCTCAACCAGCACGCAGTGGTCTCTCCTCCA
GCTTTGCACAACGCACTACCCCAGCAGCCATCACGGCCCAGCAACCGAGCCGCTGCCCTG
CCTCCCAAGCCCGCCCGGCCCCCAGCCGTGTCACCAGCCTTGACCCAAACACCCCTGCTC
CCACAGCCCCCCATGGCCCAACCCCCCCAAGTGCTGCTGGAGGATGAAGAGCCACCTGCC
CCACCCCTCACCTCCATGCAGATGCAGCTGTACCTGCAGCAGCTGCAGAAGGTGCAGCCC
CCTACGCCGCTACTCCCTTCCGTGAAGGTGCAGTCCCAGCCCCCACCCCCCCTGCCGCCC
CCACCCCACCCCTCTGTGCAGCAGCAGCTGCAGCAGCAGCCGCCACCACCCCCACCACCC
CAGCCCCAGCCTCCACCCCAGCAGCAGCATCAGCCCCCTCCACGGCCCGTGCACTTGCAG
CCCATGCAGTTTTCCACCCACATCCAACAGCCCCCGCCACCCCAGGGCCAGCAGCCCCCC
CATCCGCCCCCAGGCCAGCAGCCACCCCCGCCGCAGCCTGCCAAGCCTCAGCAAGTCATC
CAGCACCACCATTCACCCCGGCACCACAAGTCGGACCCCTACTCAACCGGTCACCTCCGC
GAAGCCCCCTCCCCGCTTATGATACATTCCCCCCAGATGTCACAGTTCCAGAGCCTGACC
CACCAGTCTCCACCCCAGCAAAACGTCCAGCCTAAGAAACAGGAGCTGCGTGCTGCCTCC
GTGGTCCAGCCCCAGCCCCTCGTGGTGGTGAAGGAGGAGAAGATCCACTCACCCATCATC
CGCAGCGAGCCCTTCAGCCCCTCGCTGCGGCCGGAGCCCCCCAAGCACCCGGAGAGCATC
AAGGCCCCCGTCCACCTGCCCCAGCGGCCGGAAATGAAGCCTGTGGATGTCGGGAGGCCT
GTGATCCGGCCCCCAGAGCAGAACGCACCGCCACCAGGGGCCCCTGACAAGGACAAACAG
AAACAGGAGCCGAAGACTCCAGTTGCGCCCAAAAAGGACCTGAAAATCAAGAACATGGGC
TCCTGGGCCAGCCTAGTGCAGAAGCATCCGACCACCCCCTCCTCCACAGCCAAGTCATCC
AGCGACAGCTTCGAGCAGTTCCGCCGCGCCGCTCGGGAGAAAGAGGAGCGTGAGAAGGCC
CTGAAGGCTCAGGCCGAGCACGCTGAGAAGGAGAAGGAGCGGCTGCGGCAGGAGCGCATG
AGGAGCCGAGAGGACGAGGATGCGCTGGAGCAGGCCCGGCGGGCCCATGAGGAGGCACGT
CGGCGCCAGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGCCAGGAGCAACAGCAGCAGCAGCAACAGCAA
GCAGCTGCGGTGGCTGCCGCCGCCACCCCACAGGCCCAGAGCTCCCAGCCCCAGTCCATG
CTGGACCAGCAGAGGGAGTTGGCCCGGAAGCGGGAGCAGGAGCGAAGACGCCGGGAAGCC
ATGGCAGCTACCATTGACATGAATTTCCAGAGTGATCTATTGTCAATATTTGAAGAAAAT
CTTTTCTGA

Композиционный код:

1,3,4,1,1,1,3,4,4,3,1,3,3,4,2,2,1,4,3,2,2,3,3,1,3,1,3,2,2,1,1,1,1,3,1,1,2,1,1,2,1,1,1,1,1,4,1,2,1,1,
1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,4,3,1,4,1,3,4,4,1,1,2,2,1,3,1,1,3,2,1,3,1,1,1,3,4,3,1,1,1,4,1,1,3,3,1,3,1,1,
3,3,4,3,1,3,1,2,2,2,1,1,1,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,3,3,1,1,1,1,1,3,1,3,2,3,3,1,1,1,1,1,3,2,3,1,2,1,3,1,2,
3,3,4,3,1,1,1,1,3,3,2,3,1,2,1,2,3,3,1,1,1,1,2,1,1,2,3,2,3,2,3,4,1,3,3,2,4,2,2,3,3,1,3,1,4,2,2,1,2,3,
3,2,4,3,3,4,1,1,1,1,3,1,4,3,3,3,3,4,1,1,4,3,1,1,1,3,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,3,1,1,2,4,4,3,1,1,2,4,1,4,1,
4,2,4,1,1,1,2,3,1,2,1,3,2,3,1,1,1,2,1,1,1,2,1,1,1,4,1,1,2,1,3,4,1,2,1,1,2,4,1,1,3,2,1,1,1,1,1,1,1,3,
1,1,3,1,1,2,1,4,4,1,4,1,1,1,1,1,1,4,1,1,4,4,1,1,1,4,3,4,3,3,2,1,1,1,4,1,1,3,1,1,1,2,2,2,1,1,1,1,1,1,
4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,4,1,4,1,2,4,1,2,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,
1,2,1,1,3,3,4,1,1,3,1,1,3,3,3,1,1,3,3,3,1,1,2,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,3,1,3,1,4,4,1,1,1,1,1,1,1,3,4,1,
3,1,1,3,1,1,1,4,1,1,3,1,1,2,4,4,1,4,1,1,4,2,4,1,3,1,1,1,3,4,1,4,1,2,1,1,1,1,1,1,3,1,1,4,1,3,1,3,4,3,
3,1,3,1,1,1,2,1,1,4,4,3,1,1,1,1,1,1,3,1,4,1,1,1,3,2,1,1,3,1,1,1,1,1,3,2,1,3,1,1,3,1,1,1,3,1,3,3,3,1,
1,3,3,3,1,3,4,3,1,3,3,3,1,3,1,1,3,3,3,3,3,1,4,1,3,3,3,1,1,1,1,3,4,1,1,1,1,2,4,1,1,1,1,1,1,3,1,4,3,1,
4,1,3,1,1,1,1,1,3,1,1,3,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,4,4,1,1,1,1,2,4,1,1,1,4,1,3,1,1,1,1,
1,3,3,1,1,3,1,1,4,1,4,1,2,4,3,1,4,1,1,3,1,1,1,3,1,4,1,3,1,3,3,3,3,1,3,3,3,4,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,
2,1,4,1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,1,3,1,1,3,2,1,1,3,4,1,2,3,1,1,4,1,1,4,1,1,1,1,1,1,3,3,1,1,3,1,1,1,1,1,1,4,
3,3,4,1,1,1,4,1,4,3,1,1,1,1,2,4,3,2,3,4,1,1,3,1,1,4,2,1,4,3,1,2,1,1,1,4,1,1,2,1,4,4,1,1,1,4,1,2,1,1,
3,1,1,1,4,1,1,4,1,1,1,1,2,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,4,4,1,3,1,4,1,3,1,4,1,1,4,3,1,1,1,3,2,1,3,
1,1,1,1,2,4,1,3,3,2,3,1,1,1,2,2,1,1,1,2,2,4,1,1,1,2,1,3,1,4,3,1,1,1,1,4,1,2,1,4,2,2,1,1,1,3,2,1,4,1,
2,1,1,1,1,1,3,1,1,3,4,4,4,1,3,3,1,2,3,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,4,1,1,4,1,1,4,1,1,3,4,4,2,1,3,1,4,1,4,
1,1,1,1,2,1,1,4,4,1,2,1,1,1,3,4,1,1,1,4,1,1,1,4,2,2,1,2,2,1,1,1,1,3,2,1,1,1,1,3,1,1,3,2,4,1,4,1,1,1,
1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,1,4,2,1,1,1,1,1,1,1,3,4,1,2,1,1,1,2,1,4,4,1,3,1,1,3,1,3,1,1,1,1,1,3,2,1,4,1,1,1,
4,1,1,1,2,1,3,1,1,1,3,1,1,1,4,3,1,2,3,1,1,1,1,2,1,1,1,1,4,1,1,1,3,2,1,1,3,1,1,1,3,1,3,1,1,4,3,3,1,1,
4,1,1,1,1,1,1,4,4,4,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,4,4,4,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,4,4,
3,1,1,3,4,3,1,4,1,3,4,1,4,1,2,1,1,1,2,4,2,2,4,1,3,1,1,1,3,1,3,1,1,4,1,3,2,3,4,1,3,1,1,4,3,1,1,1,1,1,
1,1,1,1,2,4,1,1,3,4,1,1,1,1,1,2,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,4,1,3,1,1,3,1,1,1,4,1,3,1,1,1,1,3,1,1,
1,1,1,4,4,4,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,3,4,4,1,1,1,4,4,1,3,1,1,2,3,4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,3,
2,3,4,4,3,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,4,1,4,1,1,1,2,3,1,4,3,1,1,2,3,1,3,1,1,3,1,1,
3,3,2,1,2,2,3,3,3,3,3,1

Вторичная структура (Пикотех): https://img-fotki.yandex.ru/get/195419/ … 4_orig.gif

Кушелев: Любопытный фрагмент структуры...

Кушелев: Интересно, что это за участки белка такие необычные?

Кушелев: Обратите внимание на корреляцию вторичной структуры с аминокислотными остатками. Gln (глутамин) находится в структуре прямой альфа-спирали, а Pro (пролин) в структуре бета-спирали и краёв.

2017.01.12 20:41:06

Формы, механизмы, энергия наномира.

Пикотехнология белков, ДНК, РНК 

Кушелев: Все видят корреляцию?

Такая корреляция наглядно показывает предсказательную силу пикотехнологии даже на уровне 2D-структуры.

Кушелев: Корреляция вторичной структуры по таблице композиционного кода с первичной последовательностью белка, в частности, иминокислоты Pro, очевидна.

А первичная последовательность в отличие от данных РСА имеет 100%-ную надёжность 

Ruby Em Drive

ОБОСНОВАНИЕ ЭКСПЕРИМЕНТОВ

МОДЕЛЬНЫЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ ЛАБОРАТОРИИ НАНОМИР

http://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1024882 

2016.10.20 12:52:23

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Dmitry пишет:

Если поймёте суть данного генератора

Кушелев:

Я прошёл через этот этап в начале 90-ых годов. Понял, что извлечь энергию из эфира можно за счёт задержки, которая определяется скоростью света. После этого стало понятно, что магнитные поля должны двигаться с субсветовой скоростью, чтобы получилось разумное соотношение мощности к массе. Поэтому от постоянных магнитов я перешёл к катушкам типа трансформатора Теслы, а потом стал уменьшать число витков, чтобы усилить эффект. Минимальное число витков катушки реализовано в современном магнетроне:

Резонаторный блок состоит из неполных одиночных витков.

Супермагнетрон-источник энергии можно делать из проводников, но это в домашних условиях сложно. Разработка новой модели магнетрона даже в заводских условиях обходится заказчику типа миллиона долларов.

Поэтому с проводящих супермагнетронов я переключился на диэлектрические, которые легко делать в домашних условиях

Осталось включить готовый супермагнетрон, но ... не тут-то было! Наша цивилизация так слаба, что даже этого не может сделать годами.

Мне удавалось добираться до подходящей аппаратуры, "но только один раз". Второй попытки, как правило уже не было. Тогда я придумал создать номинальный ряд источников энергии, чтобы можно было включить его с одной попытки, но цена такого ряда оказалась для инвесторов неподъёмной,т.е. около 45 000 USD.

Тогда я придумал, как удешевить номинальный ряд, заменив группы шариков:

На монокристаллические генераторы:

Но тут выяснилось, что для их работы нужны дополнительные зеркала...

А сегодня я могу собрать резонатор, например, на частоту микроволновки из рубинового конструктора и медных зеркал:

Вам я пытаюсь помочь не задерживаться на этапе "постоянные магниты". Для этого Вы можете изготовить дешёвый маленький действующий макет и убедиться, что ожидаемого Вами эффекта нет. Но если Вам хочется тратить жизнь на ожидание крупных инвесторов, а потом испытывать большой провал, то что я могу поделать? "Насильно мил не будешь" 

Татьяна Рясина пишет:

В данном случае мы имеем дело с океаном эфира , который даёт энергию, но не поглощает

Кушелев: Может давать и поглощать. Оба процесса могут регулироваться в широких пределах. Например, за пределами рубинового шарика СВЧ поле может практически не излучаться, т.е. на каждом цикле колебаний материал резонатора может поглощать 1 / 10 000 000 000 часть запасённой энергии, а излучать ещё меньше.

Процесс главным образом локализован внутри диэлектрических волноводов. Кольцо почти прислоняется к линейному волноводу. Вспомогательные боксы кончаются там, где поле практически отсутствует.

2016.10 24    01:10:26

Формы, механизмы, энергия наномира

Dmitry пишет:

а Вам необходимо подучиться!

Кушелев:

Ага, чтобы так же, как и Вы считать, что поле за пределами рубинового резонатора - глюк программы HFSS:

2016.10.24   12:12:17

Формы, механизмы, энергия наномира

Dmitry пишет:Kushelev пишет:

Кушелев: Ага, чтобы так же, как и Вы считать, что поле за пределами рубинового резонатора - глюк программы HFSS:

Dmitry

Надо не с программами работать, а с практическими моделями, что бы реально видеть свой результат!

Кушелев:

Вы просто не в теме:

Я провожу эксперименты и знаю, что программы HFSS и CST показывают то, что есть в эксперименте.

А по Вашему модельному представлению рубиновый шарик, у которого часть поля находится за пределами рубина, резонировать не может. Так что Вам предстоит нелёгкий выбор. Либо отказаться от ошибочных модельных представлений, либо продолжать жить в мире иллюзий 

2016.09.16 20:38:25

Принцип движения НЛО (Денис)

Денис пишет:

Если поместить сапфировые, а еще лучше рубиновые изделия в микроволновку, то они засветятся.

Кушелев:

2016.09.16 21:00:29

Денис: Оперативно. Я так понял, что шарики в режиме БТГ не запустились. Повторять эксперимент будете?

2016.09.16 21:16:15

Принцип движения НЛО (Денис)

Денис пишет: Оперативно. Я так понял, что шарики в режиме БТГ не запустились. Повторять эксперимент будете?

Кушелев:

"Оперативно" - не то слово. Вы на дату посмотрите

Готовлю:

ПРЯМЫЕ ТРАНСЛЯЦИИ ЭКСПЕРИМЕНТОВ ЛАБОРАТОРИИ НАНОМИР В ОНЛАЙНЕ И В ЗАПИСИ

YUOTUBE  ГЛОБАЛЬНАЯ ВОЛНА

22 октября 2016

23 октября 2016

24 октября 2016

25 октября 2016

26 октября 2016 часть 1

26 октября 2016 часть 2

27 октября 2016

28 октября 2016

30 октября 2016

31 октября 2016

01 ноября 2016                       2:16:00-6:29:00

02 ноября 2016 часть 1

02 ноября 2016 часть 2        0:43:57-2:35:39

03 ноября 2016

04 ноября 2016 часть 1        1:11:00-1:50:30

04 ноября 2016 часть 2        0:29:00-3:16:25

05 ноября 2016

06 ноября 2016

07 ноября 2016

08 ноября 2016

9 ноября 2016

10 ноября 2016

11 ноября 2016

Отредактированный вариант 2016.11.11   Фрактальные эталоны из Лаборатории Наномир

12 ноября 2016

13 ноября 2016

14 ноября 2016

Точки над 'i'

15 ноября 2016

16 ноября 2016

16-17 ноября 2016

17 ноября 2016

17-18 ноября 2016

18 ноября 2016

18-19 ноября 2016

19 ноября 2016

20 ноября 2016

21 ноября 2016

22 ноября 2016

23 ноября 2016 часть 1

23 ноября 2016 часть 2

24 ноября 2016 года

25 ноября 2016 года

26 ноября 2016 года

01 декабря 2016 года

02 декабря 2016 года

09 декабря 2016 года        Что станет с экономикой, если наука и общество признают эфир?

10 декабря 2016 года        Нужен доступ на ускоритель в Дубне для включения рубинового источника энергии

Фотографии экспериментов 2 декабря  

Свечение резонатора 

2016.12.04   02:41:15 

Взрыв воды (почему пары подсвечены?) 

2016.12.03   02:41:49 

Горение медого зеркала 

2016.12.03    17:07:31 

Видео записи экспериментов на двух камерах GoPro и Nikon за весь период

Эксперимент 14 октября 2016  

Составной рубиновый резонатор, настроенный на частоту микроволновки, позволяет наблюдать режимы, близкие к запуску рубинового генератора.

В прямом эфире делаются эксперименты по извлечению энергии радиоэфира Фарадея-Максвелла(РЭФМ). Моделирование в программе HFSS показывает зоны, в которых конфигурация электромагнитных полей в диэлектрическом резонаторе вызывает вобблинг кольцегранных элементов РЭФМ.  (Кушелев: Программа показывает распределение динамических деформаций эфира, т.е. электрических и магнитных полей, как функций времени).  В данном случае мы подбираем колебательную моду, которая включит свечение резонатора от импульса магнетрона микроволновки 1 кВт 2,45 ГГц.  (Кушелев: Ищем колебательную моду, на которой возможно свечение. В этом случае напряженность поля достигнет 10 миллионов вольт на метр. Правильная суперпозиция таких полей и низкие потери резонаторов - условия трансформации внутренней энергии эфира в колебательную форму ("дребезг шестеренок Максвелла"-процесс преобразования энергии вращения в энергию колебаний). Проверяем резонаторы различной формы, частота которых совпадает с частотой магнетрона микроволновки. Запланирован эксперимент для другого магнетрона мощностью 10кВт в диапазоне 5 мм- 8 мм.

Также ждёт включения на ускорителе в Дубне (сегодня ускоритель закрыт) резонатор из четырёх рубиновых шариков, один из которых засветился в 2011 году. Конфигурация из четырёх шариков по расчётам включит генерацию в режиме автоколебаний...

2016.11.05  16:31:38

Резонанс я использую, но только для того, чтобы создать сильные поля с малыми потерями энергии. А принцип добычи внутренней энергии эфира Фарадея-Максвелла называется "дребезг шестеренок Максвелла". Его можно создать с помощью резонаторов, но можно и иначе, например, с помощью антирезонансных усилителей стиля барокко, о чём можно прочесть в энциклопедии Наномир.  

А.Ю.Кушелев 

Резюме 22 - 28 октярбя

2016.10 29  16:17:57

Формы, механизмы, энергия наномира

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Daren пишет:

Если есть резонанс то он есть и значит есть свечение постоянное и очевидное.

Кушелев: Мне приходилось наблюдать как минимум 4 разных режима при резонансе.

1. Образование дуги.
2. Поверхностный пробой
3. Пробой между проводником и диэлектриком, в котором электрический вектор перпендикулярен поверхности диэлектрика.
4. Свечение без пробоя.

В нашем случае свечение без пробоя было получено 23 октября. Это значит, что данная колебательная мода может быть нашей, если дополнительно создаются условия преобразования энергии.

Но 28 октября мы наблюдали пробой между рубином и медным зеркалом (диэлектриком и проводником). Это связано с наличием воздушных зазоров. Чтобы их исключить с минимальными затратами денег и времени,  нужно изготовить рубиновый блок примерно 41*30*10 мм (в двух-трёх экземплярах).

Китайцы отказываются делать блоки с размером больше 40*17*17 мм. Так что придётся покупать рубиновую булю диаметром не менее 33 мм и делать самим.

Если удастся получить устойчивое, повторяемое свечение рубина на этой колебательной моде, то дальше пойдёт разговор об условиях преобразования энергии, добротности и т.д.

2016.10.24  17:16:18

Формы, механизмы, энергия наномира

2016-10-23:

Видеосюжет 011

 
Кадр, на котором виден пробой                                   Кадр после окончания пробоя

2016.10.24   18:26:03

Формы, механизмы, энергия наномира

2016-10-23:

Видеосюжет 018  Отметка таймера: 1 минута 21 секунда.

 
Поверхностный разряд                                                    Кадр после разряда

Видеосюжет 018: https://youtu.be/pBi_T809UEc

Кадр 12 324  Свечение рубина без звука разряда максимально яркое

Кадр 12 325   Обратите внимание на каплю воды, которая вылетает в процессе взрыва

Она показана голубыми стрелками. На видео в это время слышен звук взрыва.

[20:46:45] Кушелев Александр Юрьевич: На видео чётко видно свечение рубина за кадр до взрыва

Эксперимент 3 ноября 2016 года показал наличие двух мод колебаний,

смоделированных в программе HFSS 

2016.11.03   22:03:42

2016.11.03  22:10:40

2016.11.04  00:02:10

2016.11.05    23:56:34

Формы, механизмы, энергия наномира

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Резонансный пик на частоте 2.4375 ГГц

Кадр 3624 с видео: https://cloud.mail.ru/public/CC4A/uUPYMECmx

Кадр 3627  с видео: https://cloud.mail.ru/public/CC4A/uUPYMECmx

Кадр 3642 с видео: https://cloud.mail.ru/public/CC4A/uUPYMECmx

Кадр 3643 с видео: https://cloud.mail.ru/public/CC4A/uUPYMECmx

DSProLab:

Для атласа мод шепчущей галереи сферического резонатора из корунда радиусом 4.81мм посчитано 500 мод, которые позволяют провести корректные оценки для поиска рабочих параметров. Вот ссылка на остальные 135 мод в порядке возрастания их частоты, начиная с 42 ГГц.
По поводу текущих опытов, попытался  провести пробное моделирование в ЦСТ трапеции из корунда 34х34х40 в зеркалах, для которой найдена частота, при которой работает только сам резонатор. На анимации показана фазовая динамика магнитного потока на частоте 2,48926 ГГц:

.

На остальных модах уже трещат зеркала и сам объём, что очень нежелательно.

2016.11.22 13:29:35

Формы, механизмы, энергия наномира

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Kushelev пишет:

[10:20:25] Кушелев Александр Юрьевич: На одном оборонном предприятии возбудили рубиновый шарик, но пока до уровня искрения:

Телефонограмма 2016-11-22

О: Здравствуйте, Александр Юрьевич!
Кушелев: Здравствуйте.
О: Благодарим Вас за рубиновые шарики, которые Вы нам прислали.
Кушелев: Могу ещё прислать, если сможете оплатить работу.
О: Один шарик без отверстия нам удалось заставить светиться. Шарики с отверстиями не светятся. Только поверхностный пробой.
Кушелев: Любопытно... Но можно сделать оправу для шариков без отверстий:

Я сейчас готовлю эксперимент в диапазоне 5 мм.

Сапфировые вставки на диапазон 5 мм

О: Вы можете изготовить 6 рубиновых шариков такого же диаметра без отверстий?

Кушелев: Могу. Заготовки будут стоить по 40 USD, а моя работа - по 200 USD. Если у Вас получится включить группу из 3...5 шариков, то это будет означать, что рубиновая энергетика создана. Кстати, Вы можете прислать видеозаписи Ваших экспериментов?

О: У нас оборонное предприятие, поэтому с видеозаписями проблема. Все параметры мы зафиксировали. Частоту, мощность, скважность, поляризацию, при которых светился один шарик.

Кушелев: А Вы можете сказать мне эти параметры?

О: Диаметр шарика 9.36 мм. Частота 35.00 ГГц. Скважность 100. Поляризация такая, что электрический вектор направлен радиально, т.е. по нормали к поверхности рубинового шарика.

Кушелев: А яркость и цвет свечения?

О: Цвет рубиновый, а яркость как 100-ваттная лампочка. Это если точно в резонанс попали. Если нет, то слабее.

Кушелев: Свечение получается стабильное?

О: Мы повторяли режим 15 раз. 12 раз было только искрение, а 3 раза наблюдалось свечение.

Кушелев: Там очень много зависит от положения подводящего волновода. Если он шунтирует азимутальную колебательную моду, то может получиться свечение. Если не шунтирует, то будет искрение. В измерительном эксперименте можно добиться раздвоение спектрального пика изменением положения волновода. Это означает, что можно подавлять одну из колебательных мод, т.е. шунтировать, а другая при этом продолжает возбуждаться. Нужно шунтировать азимутальную моду, тогда радиальная возбуждается до уровня свечения.

О: Понятно. Тогда нужно будет подавить паразитные моды во всех шариках группы, размещённых в оправе.

Кушелев: Конечно. Это можно будет сделать на этапе измерений. Я попробую сделать оправу. Когда Вы сможете перевести деньги на заготовки и изготовление элементов резонатора из них?

О: С деньгами у нас напряженка, т.к. этот эксперимент я провожу по личной инициативе. Руководство не в курсе. Поэтому я и не афиширую своё предприятие. Как появятся деньги, я Вам позвоню.

Кушелев: ОК.

О: Работа очень перспективная, нужно продолжать. Надеюсь, что Вас поддержат телезрители Глобальной Волны. Удачи и до связи.

Кушелев: Всего доброго, жду звонка.

Конец связи.

2016.09.11 16:10:15

Совет инвесторов лаборатории Наномир

Телефонограмма N2

Kushelev пишет:

2016-09-09

Телефонограмма: Александр Юрьевич?
-Да.
-Здравствуйте! Помните, Вы в прошлом году присылали нам для эксперимента рубиновый шарик диаметром 9.36 мм?
-Что-то припоминаю...
-Нам удалось добиться искрения на частоте 35 ГГц.
-Ровно 35 ГГц или с "копейками"?
-Ровно. 35.00 ГГц.
-Интересно. Надо будет разобраться, что за колебательная мода у Вас возбуждается.
-Вы не могли бы к нам подъехать и помочь добиться режима свечения?
-А Вы в каком городе?
-...
-Нет, это нереально.
-Мы оплатим дорогу.
-Если бы Ваш город стоял на берегу Черного моря... ха-ха
-Он в другую сторону.
-Не, мне туда не надо. Вы сами приезжайте в Дмитров.
-У нас установка занимает десятки квадратных метров.
-Присылайте фото, видео эксперимента. Будем на форуме разбираться.
-У нас режимное предприятие.
-В секретных работах я не участвую. Извиняйте. Задавайте вопросы на форуме, буду отвечать по мере возможности. Может быть ещё кто-то подключится к обсуждению.
-Хорошо. Мой ник на форуме будет ...
-ОК.
-Вы, вероятно, наш разговор выложите на форум?
-Уже.
-Ладно, если не хотите конфиденциально, давайте на форуме. Но фото/видео мы выложить не можем, т.к. у нас их просто нет.
-Тогда сложнее будет разобраться, что там у Вас происходит. Давайте для начала попробуем разобраться, какая колебательная мода возбуждается. Вы в программе HFSS или CST работаете?
-Да. И в той, и в другой.
-Попробуйте смоделировать моду, которая у Вас возбуждалась. На форуме обсудим.
-ОК. Зарегистрируйте меня, если не трудно. Ник: ..., пароль, ...
-ОК. До связи.
-До связи.

-Здравствуйте. Я по поводу искрения рубинового шарика на частоте 35 ГГц...
Кушелев: -Добрый день! Я зарегистрировал Вас на форуме. Ник 35GHz, пароль *****
-Спасибо, но мне удобнее Вам звонить. На форуме будет очень долго. Вы писали там, что для изготовления модулятора нужен конденсатор 0.5мкф 20кВ. Это на порядок меньше, чем в нашей установке. Искрение мы получаем стабильно, но свечения получить пока не удалось. Моделирование в CST показало, что на частоте 35 ГГц возбуждается четвертая азимутальная колебательная мода. На ней, как я понял, свечение невозможно.
Кушелев: -Да. Нужно возбудить радиальную колебательную моду. Вы можете смоделировать радиальные колебательные моды в окрестностях этой частоты для Вашего шарика?
-Попробуем. Я планирую на следующей неделе быть в Москве. Мы могли бы встретиться?
Кушелев: -Созвонитесь с Ярославом Старухиным. Он организует встречи. Его телефон 8-926-2109383
-Ближе к поездке. До встречи.
Кушелев: До встречи.

2016.09.12 11:10:14

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

[12.09.2016  10:19:53] Кушелев Александр Юрьевич: Привет!
[10:20:25] Кушелев Александр Юрьевич: На одном оборонном предприятии возбудили рубиновый шарик, но пока до уровня искрения
[10:21:28] Кушелев Александр Юрьевич: Они по телефону сказали мне, что у них модулятор очень простой, без стабилизатора, но ёмкость кондерсатора 10 микрофарад на 25 киловольт.
[10:21:50] Кушелев Александр Юрьевич: Это значит, что такой модулятор стоит не больше магнетрона
[10:22:48] Кушелев Александр Юрьевич: У них там два ключа. Один быстро открывает, а другой быстро закрывает ток из конденсатора в магнетрон. Самое дорогое там - электронная защита, если закрывающий ключ пробъёт.
[10:23:38] Кушелев Александр Юрьевич: При такой ёмкости конденсатора ток через магнетрон не меняется больше, чем на 0.01%, поэтому получается когерентный импульс.
[10:24:33] Кушелев Александр Юрьевич: А если есть искрение резонатора, то тот же магнетрон сможет и засветить шарик.
[10:25:43] Перспективный инвестор : А как попасть на этот завод к этому магнетрону?
[10:28:24] Кушелев Александр Юрьевич: Я пока не знаю, в каком они городе. То ли Новосибирск, то ли Обнинск. Они говорили год назад, но я забыл. Надо будет ещё раз спросить.
[10:29:12] Кушелев Александр Юрьевич: Золдракс достал конденсатор 0.5 микрофарады на 25 киловольт, но это в 20 раз меньше, чем надо.
[10:29:43] Кушелев Александр Юрьевич: Это обеспечит примерно 0.2% спада напряжения, а нам нужно 0.01%
[10:30:02] Кушелев Александр Юрьевич: А у оборонщиков 0.01% как раз
[10:30:27] Кушелев Александр Юрьевич: Но у микроволновки когерентность ещё лучше
[10:30:38] Кушелев Александр Юрьевич: Помнишь, у меня шарик засветился в микроволновке?
[10:31:16] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя там мощность всего 1 кВт, зато когерентность раз в 10 выше, чем у импульсного магнетрона МИ-88
[10:43:28] Кушелев Александр Юрьевич: По расчёту импульсная мощность свечения рубинового шарика диаметром 1 см должна быть типа 1.5 кВт.
[10:47:11] Кушелев Александр Юрьевич: Получается, что на холостом ходу рубиновый источник энергии из 4 таких шариков должен светить мощностью типа 6 кВт, а при отборе в нагрев он должен дать больше, но без эксперимента нельзя сказать. По расчёту 10 кВт, а в реальности может быть от 6 киловатт до 20. При 20 киловаттах рубиновый генератор точно выключится, т.к. в этом случае нагруженная добротность будет меньше 2000
[10:47:56] Кушелев Александр Юрьевич: Скорее всего максимальная нагрузка будет около 10 кВт
[10:51:49] Кушелев Александр Юрьевич: Шарики из рубина N5 будут работать при бОльшей напряжённости поля, чем шарики из рубина N7 и N8, т.е. будут давать в нагрузку больше мощность. Но при этом есть вероятность того, что без нагрузки они могут выйти из строя, т.к. у них меньше запас по напряжённости.
[10:52:55] Кушелев Александр Юрьевич: Если шарики из рубина N5 будут выходить из строя, придётся заказывать рубиновые шарики, эллипсоиды, кирпичики ... только из рубина N7 или N8
[10:53:46] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, в Дубне светился зеленый шарик с интенсивностью окраски типа N8
[10:54:16] Кушелев Александр Юрьевич: Он вышел из строя при 100-кратной перегрузке.
[10:59:24] Кушелев Александр Юрьевич: А в микроволновке сапфировый шарик первый раз светился на уровне 100 ваттной лампочки. Это означает, что вполне могло хватать мощности микроволновки и не факт, что выделялась энергия эфира. А в последний раз инвестор S говорил, что яркость была раз в 10 больше, чем при сварке. Это уже магнетроном не обеспечить...
[11:00:17] Кушелев Александр Юрьевич: По моей оценке рубиновый источник энергии на частоту микроволновки 2.45 ГГц должен дать типа 800 киловатт.
[11:01:33] Кушелев Александр Юрьевич: А это значит, что яркость свечения может быть такой, что фото/видео испортятся, если они не будут защищены солнечными светофильтрами. Так что нужно ещё светофильтры покупать, иначе угрохаем фото/видео.
[11:02:38] Кушелев Александр Юрьевич: На холостом ходу свечение может быть больше 400 кВт.
[11:04:26] Кушелев Александр Юрьевич: Печке, конечно, будет хана, но что поделаешь ...
[11:08:22] Перспективный инвестор : Вопрос в том что бы это случилось, а это тоже не факт )
[11:15:02] Кушелев Александр Юрьевич: Заранее нельзя сказать, где быстрее включим, в печке или от импульсного магнетрона. Но где светился один шарик (и в печке, и от ускорителя), там можно включить группу шариков или параллелепипед с зеркалами.

2016.09.14     23:04:43

2016-11-23:

[23:07:43] Vorontsov: Вот вычитал про рубиновое яйцо в книге Носовского и Фоменко "Империя" "Известно, что до вторжения Наполеона в Египет в 1798 году эта страна была в значительной мере ЗАКРЫТА ДЛЯ ПОСЕЩЕНИЯ ЕВРОПЕЙЦЕВ.
     О Египте якобы IX-XIV веков имеется несколько разрозненных сообщений арабов, которые, впрочем, считаются сегодня в основном ФАНТАСТИЧЕСКИМИ ([56], с. 39-43). Например, в пирамиде был якобы найден "БАССЕЙН, наполненный ЧЕКАННЫМИ ЗОЛОТЫМИ МОНЕТАМИ... Бассейн этот, говорят, был сделан ИЗ ИЗУМРУДА" ([56], с. 39).
     Кайзи - автор якобы XII века - рассказывал, что в пирамиде обнаружили "тело человека, облаченного в ЗОЛОТУЮ КИРАСУ, инкрустированную всевозможными камнями; на груди его лежал меч, которому не было цены, а в изголовье - КРАСНЫЙ РУБИН величиною с КУРИНОЕ ЯЙЦО, горевший как огонь" ([56], с. 40). "

2016.10.27  12:29:02

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Кушелев: Письмо инвесторам:
Здравствуйте!
Эксперименты в микроволновке помогли найти нужную колебательную моду и определить размеры и формы рубинового резонатора. Составной резонатор имеет нужную частоту и добротность, но при возбуждении до миллиона вольт на метр начинается пробой между блоками. Чтобы его исключить и добиться свечения и перехода в режим генерации нужно изготовить резонатор из одного куска рубина. В настоящее время собрано 170 USD. 1 кг рубина, выращенного по методу Чохральского стоит 280 USD. Если можете поучаствовать в приобретении рубина, было бы очень здОрово 

2016.10 28   18:50:53

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Кушелев: Письмо руководству космической фирмы.

Здравствуйте, уважаемые коллеги!

Если Вы не в курсе, то электромагнитный двигатель без реактивной струи (Microwave Engine, Emdrive) был испытан в России, в лаборатории Наномир в 1992-ом году. Статья об испытаниях была опубликована в международном научном журнале: http://dx.doi.org/10.1108/00022660010340178

В NASA аналогичный Emdrive испытали на 22 года позже, т.е. в 2014-ом году, но уже в 2017-ом планируют испытания на околоземной орбите.

"Наука не стоит на месте". Пока Роджер Шаер предлагает испытать новую модель Emdrive из сверхпроводника (я это предлагал в 1993-ем году), в лаборатории Наномир изготовлен рубиновый двигатель (Ruby Emdrive), который при массе 0.5 грамма сможет поднять в 1000 раз больше, т.е. 0.5 кг. Объём двигателя, включая источник питания с расчётной мощностью 3 кВт занимает объём 0.5 кубического сантиметра.

Предлагаю Вам измерить параметры рубинового двигателя, в т.ч. реальную мощность и силу тяги на Вашем опытном производстве. Для этих испытаний нужен стартовый генератор, например, импульсный магнетрон на частоту 53.51 ГГц. Подойдёт и любой другой импульсный магнетрон в диапазоне от 3 до 10 мм, но в этом случае нужно будет включить номинальный ряд рубиновых генераторов, от которого уже будет включен рубиновый двигатель.

Измеренные параметры рубинового двигателя

Двигатель на стенде холодных измерений

Изготовлена часть номинального ряда рубиновых генераторов

Если Вас интересует данная тема, готов рассмотреть проект договора.

Руководитель лаборатории Наномир,
Александр Кушелев
8-926-5101703
8-903-2003424

2016.29.11  00:20:53

Создаём международный исследовательский центр Александра Кушелева

В этом центре каждый желающий может определить параметры любого устройства.
Убедиться, что сегодня на нашей планете ещё нет ни одного БТГ / СЕ.

Но есть Emdrive (Microwave Engine)
Александра Кушелева,
Роджера Шаера,
Гвидо Фетта.

На самом деле у Роджера Шаера уже 3 модели Emdrive. Последняя - сверхпроводящая.

А у меня - эволюционный ряд:

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/410.htm

Emdrive любой модели отталкивается от эфира Фарадея-Максвелла и прямым экспериментом доказывает его существование, возвращая незаконно повергнутую классическую физику Ньютона и Максвелла на пьедестал.

Ошибки физиков-создателей квантовой "механики" и "теории" относительности философские.

Квантовые "механики" обобщили ошибочность конкретной модели атома на всю классическую физику, т.е. допустили грубейшую философскую ошибку. Замена планетарной модели атома на кольцегранную, которая, наконец, подтвердилась прямым экспериментом в 2014-ом году, возвращает микромир в лоно классической механики Ньютона и Гюйгенса.

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/493.htm

Ошибка Эйнштейна - обобщение принципа относительности Галилея на скорости, сравнимые со скоростью света. Как только становится заметна звёздная аберрация, принцип относительности Галилея уже не работает.

Лоренцевы сокращения есть и в акустике, как показал Ю.Н.Иванов (Ритмодинамика) в 1982-ом году. Но переход от сокращений к преобразованиям координат - грубая философская ошибка. Судите сами. Скорость света по таблицам Кассини можно определить по формулам Галилея, а в формулы Лоренца скорость света можно только переставить из ответа, полученного по формулам Галилея. Это значит, что самостоятельного смысла формулы преобразований координат Лоренца не имеют.

Обсуждение проведённых экспериментов на Форуме Лаборатории Наномир

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Совет инвесторов Лаборатории Наномир

http://nanoworld.org.ru/topic/716/

Канал А.Ю. Кушелева на YouTube

Трансляции, эксперименты. Научные направления Лаборатории Наномир

https://www.youtube.com/channel/UCsx422KjIzwTWTBPPpwBlXQ 

Инвестирование, лицензии, менеджемент, продвижение, представительство

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям     1   2   3   4   5   6   7

Пикотехнология белков

Бумажный вариант книги "ПИКОТЕХНОЛОГИЯ БЕЛКОВ" стоит в 74,90 ЕВРО.

Купить книгу "ПИКОТЕХНОЛОГИЯ БЕЛКОВ" у издателя

ПИКОТЕХНОЛОГИЯ БЕЛКОВ создана на базе открытия А.Ю.Кушелевым в 1992 году композиционного генеического кода 

https://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/314915 

В приложении-8 показаны примеры 100 структур белков, которые я определил за 1 рабочий день на одном персональном компьютере. Точность новой технологии (пикотехнологии) в 1000 раз выше точности нанотехнологии, скорость примерно в миллион раз быстрее. Кроме того, Рентгеном можно определять структуры только закристаллизованных белков, а это всего 3%. Остальные не присталлизуются. Для новой технологии такого ограничения нет. По старой технологии за каждую структуру белка в среднем кто-то платит 10 000 евро.

Потенциальные заказчики сообщили, что они смогут заказывать структуры в лаборатории Наномир, если будет официальное разрешение от NCBI. Такой комплект документов может стоить от 100 000 USD. Зато имея это разрешение можно зарабатывать миллион евро в день, имея один персональный компьютер. Приложение-8 с примерами белковых структур можно скачать бесплатно здесь: http://nanoworld.org.ru/topic/1150/

К 2023 году производительность компьютеров выросла, в день можно стало определять 10 000 структур, интернет пережил революционные изменения.

В 2023 года для внедрения Пикотехнологии актуальны публикации в западных рецензируемых журналах с указанием ссылок на программы моделирования структур белков, а не специальное лицензирование .

Прогноз доходности на 2015 год

2016.10.14 21:46:18

В книге, которую рецензенты советуют использовать как первый учебник по пикотехнологии, в т.ч. белков, показана работоспособность классической физики в масштабах микромира. Нанотехнология против пикотехнологии - что сабля против пулемёта:http://subscribe.ru/archive/science.new … 50955.html

Экономический эффект от внедрения пикотехнологии составит 10^17 евро за десятилетие.

В расширенном электронном варианте можно заменить статические иллюстрации на динамические 3D-модели:

2016.09.22 14:04:19

Вкусная реклама книги "Пикотехнология белков"

Приложение 8.

100 структур в формате PDB, PNG ... https://yadi.sk/d/nWEkBJRdhpP4D

На 2016-09-22 скачано 63 раза.

За каждую структуру по старой технологии заказчики платят в среднем по 10 000 евро.

100 структур, которые я определил за один рабочий день специально для публикации в книге "Пикотехнология белков", обошлись бы заказчикам в миллион евро 

А список этих 100 белков был составлен Викторией Соколик:

Вы уже заказали себе бумажный вариант книги "Пикотехнология белков"?

Или Вас устроит электронный вариант, который в 10 раз дешевле?

Вкусная реклама книги "Пикотехнология белков"

Рецензенты:

д.ф.-м.н. ШУЛЬГА Сергей Михайлович;
д.б.н. БОЖОК Галина Анатольевна

Соколик В.В., Кушелев А.Ю.
С 54 Геометрия живого наномира. Пикотехнология белков / В.В. Соколик, А.Ю. Кушелев. – Харьков: Издательство, 2015. – 255 с.
ISBN 978-3-659-92862-8

Монография посвящена 3D-структуре молекул и полимеров живых систем. Дан анализ современного понимания таких фундаментальных понятий, как физический объём атома, химическая связь, генетический код. На основе статистического анализа экспериментальных данных о структуре белка обосновано кодирование его вторичной структуры и структурного полипептидного шаблона в геноме. Предложена дополненная таблица генетического кода белков и пептидов, которая легла в основу геометрического алгоритма программ декодирования структурного шаблона белка Molecular Constructor и Picotech. Сформулирована гипотеза о перекодировании информации третьего нуклеотида кодона в соответствующий ротамер пептидной связи непосредственно 3D-структурой изоакцепторной тРНК. Математический анализ сопряженности значений углов φ и ψ (карта Рамачандрана) выявил периодичность их изменения, что позволило обосновать механизм посттрансляционного фолдинга белка.
Книга рассчитана на специалистов, занимающихся исследованиями в области молекулярной биологии, биоинформатики, биохимии, биофизики.
Табл.: 36 . Ил.:117 . Библиогр.: 227 назв.

Sokolik VV, Kushelev AY
Geometry live nanoworld. Pikotechnology proteins / VV Sokolik, AY Kushelev. - Kharkov: Publishing, 2015. – 255 p.
ISBN 978-3-659-92862-8
The monograph is devoted to the 3D-structure of molecules and polymers in living systems. The analysis of the modern understanding of the fundamental concepts of the physical volume of the atom, chemical bonding, and the genetic code is presented. Based on statistical analysis of the experimental data on the protein structure is justified coding secondary structure and structural polypeptide template of protein in the genome. Propose additions table of the genetic code of proteins and peptides, which formed the basis of the geometric algorithm software decoding structural template protein, are Molecular Constructor and Picotex. The hypothesis of recoding information to third nucleotide codon in the corresponding peptide bond rotamer directly 3D-structure isoacceptors tRNA is formulated. Mathematical analysis of contingency angles φ and ψ (Ramachandran map) revealed their frequency changes as possible to substantiate the mechanism of post-translational protein folding.
The book is intended for professionals involved in research in the field of molecular biology, bioinformatics, biochemistry and biophysics.
Table: 36. Ill: 117. Refs: 227 titles.

ПРЕДИСЛОВИЕ РЕЦЕНЗЕНТОВ

В 21-м столетии в задаче моделирования нанообъектов таких как атом углерода, органические молекулы, пары комплементарных нуклеотидов и многих других используется кольцегранная модель строения атома. В монографии В.В. Соколик и А.Ю. Кушелева «Геометрия живого наномира. Пикотехнология белков» при помощи кольцегранного подхода к строению атома наглядно (образ – модель) реализуются различные виды, свойства и особенности межатомных взаимодействий, валентные углы в молекулах, разновидности химических связей и их соотношение. Кольцегранная модель реалистично объясняет гибридизацию электронов при формировании химических связей в молекулах, что является краеугольным камнем всей биохимии белкового мира, поскольку атомы углерода в состоянии sp3-гибридизации своих электронов входят в состав скелета аминокислот и таким способом детерминируют углы между химическими связями в их молекулах, а в последующем и в структуре белка в целом.

В монографии В.В. Соколик и А.Ю. Кушелева «Геометрия живого наномира. Пикотехнология белков» сформулирована идея композиционного генетического кода, кодирования ротамерии пептидной связи и структурного шаблона белка. Показано, что в геноме третьим нуклеотидом кодона детерминирован один из трёх ротамерных вариантов пептидной связи, которым аминокислотный остаток (закодированный дуплетом первых двух нуклеотидом кодона) присоединяется к растущей полипептидной цепи. Ротамерный вариант пептидной связи реализуется в процессе синтеза белка в рибосоме и поэтому с неё сходит индивидуальный структурный шаблон белка в соответствие с информацией, содержащейся в его гене. Данный механизм трансляции генетической информации является эволюционно новым. Его формирование у эукариот было обусловлено необходимостью синтеза больших и сложных белков в виде структурного шаблона, максимально приближенного к функциональной конформации этих белков, чтобы их фолдинг имел наибольшие эффективность и однозначность. У прокариот и органелл эукариот третий нуклеотид кодонов в генах небольших полипептидов ещё не является информационным, поэтому на нём и наблюдается воблирование.

Выше изложенные положения легли в основу алгоритма авторских компьютерных программ, которые по нуклеотидной последовательности мРНК позволяют смоделировать схему вторичной структуры и 3D-структуру индивидуального структурного шаблон любого белка. Эту первичную информацию о белке можно использовать в дальнейшем моделировании фолдинга функциональной конформации белка с учетом физ-химии его микроокружения, посттрансляционных модификаций, взаимодействия с лигандами методами молекулярной динамики и доккинга наравне с информацией о наиболее стабильном конформере, которую извлекают из рентгенограмм кристаллов белков. Преимущество данного подхода состоит в возможности быстрого моделирования индивидуальной пространственной структуры отдельной молекулы любого белка с точностью до электрона (пикотехнология), опираясь лишь на информацию о нём в геноме. То есть in silico воспроизводится трансляция генетической информации в индивидуальный структурный шаблон белка. Не исключено, что большинство белков именно из конформации своего структурного шаблона максимально быстро, а главное однозначно, фолдируют в нативную конформацию с минимумом свободной энергии, формиру таким образом «устойчивое большинство» конформационно лабильного белкового пула.

Авторами монографии предложен современный, точный и удобный методологический подход в арсенале молекулярной биологии для моделирования пространственной структуры белков, исходя из той информации генома о них, которой располагает сама клетка.
Итак, перед читателем книга, вводящая в мир идей и результатов, ориентированных на применение в протеомике кольцегранной модели и молекулярный полиморфизм, основанный на структурном разнообразии биомакромолекул. В этой области причудливым и невероятным образом пересекаются достижения многих областей современной науки: физики и химии, биологии и медицины, математики и информатики.

Доктор физико-математических наук С.М. Шульга

В настоящее время моделирование пептидов и белков относится к современным и востребованным методическим подходам, позволяющим не только дополнять, но и порой с успехом заменять условно гуманные эксперименты на лабораторных животных, касающиеся взаимодействия различных биогенных соединений с клеточными структурами. К сожалению, данными подходами владеют немногие естествоиспытатели, успешно работающие в своих областях наук. И в этом случае монография В.В. Соколик и А.Ю. Кушелева «Геометрия живого наномира. Пикотехнология белков» позволяет если не овладеть, то, по крайней мере, понять суть применяемых авторами методов построения моделей белков и их кодирования в геноме. Тем более, что книга очень увлекательно и доступно написана. Достигается эта легкость понимания материала тем, что в монографии четко прослеживается научная логика рассуждений и методических подходов авторов. Читателя знакомят с развитием теории строения атома, как с традиционными уже исторически устоявшимися сведениями, так и с новыми интерпретациями кольцегранной структуры атома и аппроксимации геометрии кольцегранной электронной оболочки архимедовыми телами. Авторы пользуются новой «системой координат», их пикотехнология – это технология электронного уровня, разрешение и точность которой сопоставимы с толщиной закольцованного луча-электрона (пикометр – 10-12 м) в атомах белка. Именно этот подход лежит в основе разработанного авторами геометрического алгоритма определения атомного радиуса.

Одним из важнейших итогов материала монографии В.В. Соколик и А.Ю. Кушелева является реальная возможность с помощью законов геометрии макромира рассчитывать положения атомов в молекуле, не прибегая к квантово-механическим функциям. Такие перспективы обеспечиваются ещё и закономерностями формообразования молекул, которые определены структурой внешних кольцегранных оболочек их атомов, которая, как показано авторами, типична для элементов каждой группы таблицы Менделеева. Сопоставление в монографии экспериментальных данных с представленными моделями протеиногенных аминокислот, рассчитанными геометрическим способом для шаблона многогранных моделей аминокислот, аргументирует убедительность и логичность методологии авторов. Кроме моделей самих аминокислот авторы уточняют способ объединения их в полипептидах, возможность формирования трех видов ротамеров пептидной связи (R, 0 или L-ротамеров), которые интерпретируются авторами в качестве прототипов соответствующих конформеров вторичной структуры в белках.

Через призму теории формирования внешней электронной кольцегранной оболочки атома авторы рассматривают последовательно весь геометрический процесс построения пептидов – от пространственной структуры аминокислот до вторичной конформации и этапов фолдинга белковой молекулы. Логичным фрагментом исследований, изложенных в монографии, является объяснение способа и механизма кодирования и декодирования информации о структурном шаблоне белка в геноме.

Детально охарактеризованы декодированные в программах Molecular Constructor и Picotech В.В. Соколик и А.Ю. Кушелева структурные шаблоны белков в качестве субъектов последующего фолдинга. Представлен количественный сравнительный анализ декодированных структур с соответствующими экспериментальными моделями из базы данных PDB. Особое внимание уделено способам описания пространственной структуры белка и характеристике элементов вторичной структуры, а также современным методам моделирования in silico.

Следует отметить, что данная монография актуальна не только как научный труд. Собственный интерес авторов к своей работе заражает, более чем полный массивный объем информации, увлекательная и яркая форма ее изложения и оформления делает монографию применимой также и в качестве учебника для студентов естественнонаучных специальностей, особенно таких, как биохимия, биофизика и биотехнология.

Доктор биологических наук Г.А.Божок

Вкусная реклама книги "Пикотехнология белков"

Здравствуйте.
Меня интересует вопрос, зачем при репликации удаляются праймеры? Я понимаю что это кусок рнк, был создан для начала репликации, но ведь он полностью совпадает с родительской цепочкой ДНК, зачем удалять эти нуклеотиды и вставлять такие же?

Это связано с механизмом репликации. В процессе эволюции возник механизм, который работает через удаление с последующим восстановлением.

Аналогичный механизм используется для реализации композиционного генетического кода. Это механизм трансляции: http://nanoworld88.narod.ru/data/227.htm

тРНК подплывает к рибосоме антикодоновым концом и ... срезает триплет иРНК, который находится на сайте трансляции. При этом тРНК продолжает вращаться:

По инерции тРНК может повернуться больше, чем на 360 градусов, но третье азотистое основание срезанного триплета тРНК останавливается раньше, встретив комплементарное основание композиционного сайта рибосомальной РНК. Так кодируется угол поворота аминокислоты, которая вращается вместе с тРНК на ССА-конце:

После установки аминокислоты под закодированным углом в растущую структуру белка триплет иРНК возвращается на место, и восстановленная структура иРНК продвигается на один триплет к выходу из рибосомы.

При репликации работает аналогичный механизм, который удаляет праймер. Этот праймер в отрезанном виде выполняет некую функцию, после чего надо вернуть его или его копию на место.

В 2015-ом году опубликована статья, в которой показан результат сканирования поверхности атомов с помощью АСМ (атомного силового микроскопа). Этот эксперимент подтвердил модельные эксперименты, которые привели к созданию пикотехнологии, в т.ч. белков:http://subscribe.ru/archive/science.new … 14532.html

Понятно, что это научное направление будет развиваться и поможет проследить работу не только механизма трансляции, но и механизма репликации во всех подробностях.

Вам может очень пригодиться книга "Пикотехнология белков":

Купить книгу "ПИКОТЕХНОЛОГИЯ БЕЛКОВ" у издателя

2016.12.05 16:50:57

ПЕРЕПИСКА С МЕНЕДЖЕРОМ
[21:01:05] Andrei: кстати ответ про отличие точности с нано не дан до конца
[21:01:21] Andrei: непонятно что измеряется в нано
[21:01:30] Andrei: молекулы?
[21:03:32] Andrei: есть ли конкретно две картинки одного и того же в нано и пико?
[21:03:40] Andrei: но чтобы рядом было
[21:03:42] Кушелев Александр Юрьевич: В нанометрах можно измерять и размеры атомов, молекул, и длины волн. А пикометр 10^-12 отличается от нанометра 10^-9 в 1000 раз
[21:04:44] Кушелев Александр Юрьевич: Здесь есть сравнение нанотехнологических моделей с пикотехнологическими: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm
[21:05:21] Andrei: а есть две картинки рядом чтобы было понятно людям?
[21:09:22] Кушелев Александр Юрьевич:

[21:09:54] Кушелев Александр Юрьевич: Верхняя картинка - нано, нижняя - пико
[21:10:44] Andrei: то есть нижняя картинка должны быть точкой на верхней, так?
[21:10:52] Andrei: и где эта точка?
[21:11:10] Andrei: почему нужно гадать?
[21:13:40] Кушелев Александр Юрьевич: На нижней картинке пико-точность, там видно в 1000 раз больше деталей.
[21:14:05] Кушелев Александр Юрьевич: Каждое колечко на нижней картинке - электрон. На верхней Вы электронов вообще не видите
[21:14:18] Кушелев Александр Юрьевич: Как, впрочем и целых атомов.
[21:14:32] Andrei: а что видно на верхней? как это называется?
[21:14:32] Кушелев Александр Юрьевич: На верхней картинке Вы видите только символическое изображение альфа-спиралей
[21:14:46] Andrei: хорошо, сейчас понятно
[21:18:23] Andrei: кстат и там 2 нано картинки в чем отличие?
[21:19:34] Кушелев Александр Юрьевич: Вы отличие видите?
[21:20:07] Andrei: да, спирали отличаются
[21:20:55] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[21:20:56] Andrei: вверху цветные и более растянутые
[21:21:21] Andrei: какая картинка правильней?
[21:22:53] Andrei: эти картинки сделаны в разных программах или что?
[21:23:47] Andrei: надпись на английском относится к верхней картинке?
[21:23:56] Andrei: или к нижней?
[21:25:11] Andrei: просто не хочется путать людей если спросят
[21:26:40] Andrei: по логике могу лишь сделать гадание что верхняя картинка это программа сделала а внизу видимо снимок
[21:26:50] Andrei: так?
[21:28:19] Andrei: кстати про разницу между терминами нано и пико объяснено за путанно, можно проще объяснить
[21:29:00] Andrei: это и так ясно что разница в 3 порядка и без объяснений
[21:30:12] Кушелев Александр Юрьевич: Все картинки сделаны в программах.
[21:30:53] Andrei: было бы неплохо это подписать для достоверности
[21:31:41] Andrei: там написано снимок с микроскопа, это тоже программа?
[21:32:30] Кушелев Александр Юрьевич: Изображения из под микроскопов - результат компьютерной обработки неких данных
[21:33:00] Andrei: хорошо, внизу данные из микроскопа а вверху откуда?
[21:33:47] Andrei: или это те же данные но в разных программах?
[21:35:51] Кушелев Александр Юрьевич: Мои данные из программы Пикотех.
[21:36:11] Кушелев Александр Юрьевич: Нанотехнологические данные - результат компьютерной обработки данных РСА
[21:37:18] Andrei: то есть Пикотех и нанокартинки строит?
[21:38:15] Andrei: кстати на пикокартинке не видны спирали отчетливо
[21:38:34] Andrei: так, как на нанокартинке
[21:39:00] Andrei: как так?
[21:41:00] Кушелев Александр Юрьевич: Программа Пикотех выдаёт стандартный файл с координатами атомов, по которому стандартные браузеры построят всё по нанотехнологическому стандарту. Но дополнительно выдаёт и более детальную информацию, т.е. может показать все электроны. Нанотех электроны показать не может. Да и атомы показывает не там, где они есть...
[04.12.2016 21:41:38] Andrei: так, хорошо, это я запишу себе для людей
[04.12.2016 21:43:14] Andrei: уже проясняется
[04.12.2016 21:46:25] Andrei: а такой вопрос - если два белка столкнуть вместе рядом - в этом есть какой-то смысл?
[04.12.2016 21:46:43] Andrei: бывает ли такое в реальности?
[04.12.2016 21:47:15] Andrei: как белки взаимодействуют между собой и окружающим веществом?
[04.12.2016 21:48:41] Andrei: там спирали сталкиваются ли на уровне атомов происходит взаимодействие?
[04.12.2016 22:44:02] Кушелев Александр Юрьевич: На этот вопрос даже Гугл знает ответ
[8:15:39] Andrei: http://chem21.info/info/32732/
[8:15:46] Andrei: вот что нашел
[8:17:19] Andrei: кстати а может программа расчитать четвертичную структуру?
[8:17:28] Andrei: http://www.agromage.com/stat_id.php?id=720
[11:17:21] Кушелев Александр Юрьевич: Существующая версия программы Пикотех определяет только вторичную и третичную структуры белка, причём такими, какими их делает рибосома.
[11:19:10] Andrei: А на картинке написана четверичная структура
[11:20:37] Andrei: гистон 5
[11:20:48] Andrei: там где спирали
[11:20:51] Andrei: как так?
[11:21:02] Andrei: или это опечатка?
[11:22:14] Кушелев Александр Юрьевич: Четвертичную структуру я могу определять лишь вручную
[11:22:35] Andrei: а они как сделали?
[11:23:43] Andrei: в этом их программа сильней?
[11:27:02] Кушелев Александр Юрьевич: Четвертичную структуру хорошо показывает РСА. Более того, её можно иногда увидеть даже в микроскоп
[11:28:52] Кушелев Александр Юрьевич: Программа Пикотех моделирует работу рибосомы, а рибосома делает только третичную структуру. Как потом соберутся субъединицы белков  четвертичную структуру, определяет физико-химическое взаимодействие. И это не очень сложная задача, т.е. как собрать домик из блоков известной формы.
[11:29:57] Кушелев Александр Юрьевич: Наиболее востребована именно третичная структура, которая собирается программой Пикотех автоматически. Именно эти результаты Пикотех я и предлагаю делать на заказ. Всё остальное не так эффективно.

Инвестирование, лицензии, менеджемент, продвижение, представительство

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям     1   2   3   4   5   6   7

Пикотехнология белков

2016.10.12 22:26:13  

Формы, механизмы, энергия наномира

Victoriy пишет:

Приглашение на очередную 12-ю CASP конференцию (на этот раз в Италии) December 10-13th 2016, Gaeta (Italy)
Правда регистрационный взнос в 1000 евро и это без дороги -- кусается .

CASP: Early bird registration deadline for the CASP12 meeting is October 10th
A reminder that the deadline for early bird registration for the CASP12 meeting in Gaeta is now very close - next Monday October 10th.

The second planning meeting, in which the assessors present their preliminary findings to the organizers, was held a couple of weeks ago, and there is some pretty exciting stuff. In particular, looks like substantial improvement in average "new fold" model accuracy, probably due to the new co-evolution methods. The new "is the model as good as experiment for understanding function" category has a team of four assessors, led by Russ Altman, and should produce substantial insights. Very intriguing comparisons between SAXS data, experimental structures, and models. Again we have a collaboration with CAPRI for modeling assemblies, with a more substantial body of data than previously. And, of course, many interesting results in comparative modeling, refinement, and accuracy estimation.

Registration: http://www.cevs.ucdavis.edu/confreg/ind … webid=4026

Specifics of the travel arrangements:
http://predictioncenter.org/casp12/meet … ctions.cgi

Additional information:

12th CASP Meeting
December 10-13th 2016, Gaeta (Italy)

The meeting concludes the 12th international CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) experiment. The goal of the meeting is to discuss the state of the art of methods for predicting protein structure, assembly, and function from sequence, reporting and discussing the results of a blind assessment.

Confirmed invited speakers:
Russ Altman - Stanford University - USA
Alexandre Bonvin - Utrecht University - NL
Guido Capitani - Paul Scherrer Institut - CH
Matteo Dal Peraro - Ecole Polytechnique Federale de Lausanne - CH
Edward H. Egelman - University of Virginia - USA
Francesco Gervasio - UCL - UK
Michael Levitt - Stanford University - USA

Location

The meeting will be held at Hotel Serapo (www. http://www.hotelserapo.com/en/), on the slopes of the Natural Park of Monte Orlando in a beautiful and panoramic corner overlooking Serapo Beach, very close to the city center and the old town of Gaeta.

The city itself, the so-called Ulysses Riviera, is embedded in a fascinating area, full of surprises, natural beauties, history, art and culture. It is conveniently located between Rome and Naples. It overlooks the Tyrrhenian Sea. Its history as a resort dates back to Imperial Rome. Nearby sites include the first-century BC mausoleum of general Lucius Munatius Plancus. Its old town is mostly medieval, showcased by narrow alleys, the massive 13th-century castle and the 12th-century Cathedral of Assunta e Sant"Erasmo.

Registration details:
Deadline for early bird registration: October 10th, 2016
Deadline for late registration: November 14th, 2016

Registration fees (***):
Separate room Shared room
Early bird registration US$ 975 / ~850 Euro US$ 870 / ~750 Euro
Late registration US$ 1,125 / ~1000 Euro US$ 1,020 / ~900 Euro
Accompanying person (*) US$ 340 / ~300 Euro
Extra day before or after the meeting (**): US$ 90 / ~80 Euro per person

(*) Includes accommodation and full board for the period of the conference and Gala Dinner.
(**) Includes accommodation and full board.
(***) Depending on the resources available, some students might be entitled to receive a partial refund of the registration fee. Eligible registered applicants will be contacted after the early registration deadline. The amount of reimbursement will depend upon available financial resources.

Кушелев: Я бы очень хотел, чтобы Виктория Соколик, богиня пикотехнологии (а теперь ещё и богиня вечной молодости!) сделала доклад на конференции CASP. Ведь после создания пикотехнологии нанотехнология безвозвратно устарела. Это значит, что все, кто сегодня вкладывают в устаревшую нанотехнологию, выбрасывают деньги на ветер, а могли бы вложить в современную пикотехнологию и поднять нашу цивилизацию на новую ступень развития.