ДИСКУССИИ И ДЕТАЛИ

Структура 1VOL Пикотехнологическая модель двух белков комплекса

25 декабря 2016, 16:37

2016.12.12 17:59:23

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Andrei01 пишет:

Вот запрос от специалиста. Вы понимаете вопрос?

the requested protein code (it is publicly available data base) which is in our use. Please provide 2D & 3D predictions results files and also the Simulation time for calculating it.
The query PDB code is 1VOL.
The protein sequence can be retrieved from the PDB.
I would like to get as result from the new prediction method a pdb file based on the protein sequence.

Kushelev: We need RNA-sequence for this protein.

2016.12.12 18:04:16

Kushelev: We need RNA-sequence for this protein.

А из публичной базы данный как они говорят вы не можете это извлечь по коду?

Виктория может. Так что если им самим лень, пусть ждут Викторию

2016.12.12 18:10:30

Этот белок?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/?term=1VOL

Какая последовательность из 4?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=1VOL

2016.12.12 18:12:44

Попросите, чтобы они дали ссылку на конкретную последовательность типа такой: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/19 … rt=genbank

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1VOL_C

2016.12.12 18:14:49

Andrei01 пишет:

А разве у одного белка есть разные последовательности? Вам виднее должно быть, вы же эксперт...

Как видите, белков с общим названием 1VOL не один. Так что просите ссылку на конкретную нуклеотидную последовательность.

2016.12.12 18:16:50

Andrei01 пишет:

Это разные белки или один с разынми модификациями? Сначала подумайте и посоветуйтесь со специалистами, не хочу им глупые вопросы задавать

Кушелев: Если нужно, я могу и обе последовательности отработать.

ggctataaaa gggctg
cagccctttt atagcc

Уточните, это то, что им нужно или это что-то ненужное?

Объясните, что нам в качестве входных данных нужен такой код. Если они не могут его предоставить, то мы не сможем определить структуру.

2016.12.12 18:20:04

Andrei01 пишет:

Я конечно могу их спросить, но если окажется что вопрос глупый и это спрашивает явно дилетант, то все впечатление будет испорчено и они поймут с кем имеют дело. Оно вам нужно?

Вы им объясните, что нам в качестве входных данных нужна конкретная нуклеотидная последовательность (RNA-Sequence). Если они не могут её предоставить, то мы не сможем определить структуру интересующего их белка.

2016.12.12 18:25:11

Andrei01 пишет:

Ладно уточню, если окажется что вопрос глупый ну пусть так

Вы объясните, что мы не научились ещё читать их мысли. Если они утверждают конкретную нуклеотидную последовательность, мы её отрабатываем. Если это не то, что им нужно, тогда зачем зря напрягаться?

2016.12.12 18:46:11

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Andrei01 пишет:

Вот тут только один такой белок
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/pdb/1VOL

Кушелев

Мне нужно понять, это те последовательности, которые кодируют интересующую их структуру белка или это к делу не относится?

ggctataaaa gggctg

cagccctttt atagcc

Во-первых, настораживает число букв = 16. Оно не кратно 3, т.е. кодинует нецелое число аминокислотных остатков. Вполне может быть, что их интересует совсем другая структура с другим генетическим кодом.

2016.12.12 18:49:52

Andrei01

Считаете в базе данных этого белка ошибка?

Кушелев: Я не знаю. Но каждая аминокислота, точнее аминокислотный остаток кодируется триплетом, т.е. тремя буквами генетического кода. В нашем случае я вижу 16 символов

2016.12.12 19:01:59

Andrei01

А может вы что-то не знаете про такие белки? Может это специально такой белок выбрали на засыпку?

Кушелев

Зачем нам засыпки? Пусть присылают нуклеотидную последовательность интересующего их белка, а мы пришлём PDB-файл и 3D-модель (пикотехнологический паспорт).

2016.12.12 19:08:51

Andrei01 пишет:

Так там ведь число 16 вам не нравится, которого быть не может в природе... программа это проглотит?

Кушелев: Судя по 3D модели этого белка, он состоит из десятков аминокислотных остатков. А это значит, что нуклеотидная последовательность. Которая кодирует этот белок (возможно по частям) состоит из сотни букв. Если нам пришлют последовательность этих букв, то мы сможем определить структуру. Если не пришлют, то не сможем.

2016.12.12 19:17:07

Andrei01 пишет:

Так значит 2 последовательности, которые написаны в базе данных их недостаточно?

Кушелев: Я так понял, что перед нами комплекс, состоящий из двух одноцепочечных молекул РНК и двух субъединиц белка. Одноцепочечные РНК имеют длину по 16 нуклеотидов, а субъединицы белка состоят из 204 и 200 аминокислотных остатков соответственно. Мы можем определить структуры субъединиц белка в автоматическом режиме, если нам пришлют их нуклеотидные последовательности длиной 3*204 и 3*200 букв соответственно. Что касается структур РНК и комплекса, состоящего из двух РНК и двух субъединиц бекла, то это уже ручная работа, которая может дать положительный результат, может не дать. Как повезёт

2016.12.12 19:37:26

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Андрей, объясните заказчикам, что мы готовы определять вторичную и третичную структуру белков. Четвертичную и структуру комплексов мы можем пробовать определять в ручном режиме, но в качестве научных исследований, т.е. если нам это будет интересно.

Четвертичная структура (димер) интерлейкина-34 в динамике (с конкурса CASP) и четвертичная структура инсулина (гексамер активной формы).

2016.12.12 19:48:45

Andrei01 пишет:

Так сначала 3D структуру определите... никто еще не просил 4D

Кушелев: Не проблема. Пусть шлют последовательности 3*204 букв и 3*200 букв. Определю структуру двух субъединиц комплекса 1VOL.

Andrei01 пишет:

в задании требуется использовать protein sequence

Кушелев: В последовательности аминокислот (она есть на сайте) не содержится данных о структуре белка.

В качестве входных данных нам нужна только нуклеотидная последовательность. Если она для этого белка ещё не определена, то мы не сможем определить его структуру.

2016.12.12 19:52:31

Andrei01 пишет:Kushelev пишет:

Мы можем определить структуры субъединиц белка в автоматическом режиме, если нам пришлют их нуклеотидные последовательности длиной 3*204 и 3*200 букв соответственно.

Вот ведь все послдовательности
https://files.rcsb.org/download/1VOL.pdb

Кушелев: В файле PDB есть аминокислотная последовательность и координаты атомов. А наши входные данные - нуклеотидная последовательность белковой молекулы (генетический код, RNA-sequence).

2016.12.12 20:00:52

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Andrei01 пишет:

Так их что нет в базе или как?

КУшелев: Я сам искать коды особенно не умею. Это умеет Виктория. Если найдёт, значит найдёт, если нет, значит нет. Но у нашего заказчика вполне может быть генетический код интересующего их белка. Вы открытым текстом напишите им, что входными данными для нас является RNA-sequence. Если её нет, то мы не сможем определить структуру белка.

2016.12.13 00:58:19

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Andrei01 пишет:

А если вдруг нет этой RNA-sequence, то как ее находят на практике? Секвенированием?

Кушелев: Если учесть, что весь геном человека уже прочтён, то последовательность в геноме можно найти через аминокислотную последовательность. Она даёт первые два символа из трёх для каждого аминокислотного остатка белка.

2016.12.13 01:01:12

Andrei01 пишет:

"Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB)."

Andrei01 пишет:

Вот дали код белка и сразу приехали....

Кушелев: Чтобы извлечь код из генома, нужно иметь весь геном Но Вы не переживайте. Заказчик обычно имеет кодирующую последовательность интересующего его белка. Так что спрашивайте заказчика, не стесняйтесь.

2016.12.13 01:03:42

Victoriy

Покопавшись в базах мне удалось выяснить следующее:
В комплексе 1VOL
для транскрипционного фактора TFIIB -- UniProtKB - Q00403 (TF2B_HUMAN) (319 а.о.)

MASTSRLDALPRVTCPNHPDAILVEDYRAGDMICPECGLVVGDRVIDVGSEWRTFSNDKATKDPSRVGDSQNPLLSDGDLSTMIGKGTGAASFDEFGNSKYQNRRTMSSSDRAMMNAFKEITTMADRINLPRNIVDRTNNLFKQVYEQKSLKGRANDAIASACLYIACRQEGVPRTFKEICAVSRISKKEIGRCFKLILKALETSVDLITTGDFMSRFCSNLCLPKQVQMAATHIARKAVELDLVPGRSPISVAAAAIYMASQASAEKRTQKEIGDIAGVADVTIRQSYRLIYPRAPDLF
PTDFKFDTPVDKLPQL

>ENA|AAA61149|AAA61149.1 Homo sapiens (human) transcription factor
ATGGCGTCTACCAGCCGTTTGGATGCTCTTCCAAGAGTCACATGTCCAAACCATCCAGAT
GCGATTTTAGTGGAGGACTACAGAGCCGGTGATATGATCTGTCCTGAATGTGGCTTGGTT
GTAGGTGACCGGGTTATTGATGTGGGATCTGAATGGCGAACTTTCAGCAATGACAAAGCA
ACAAAAGATCCATCTCGAGTTGGAGATTCTCAGAATCCTCTTCTGAGTGATGGAGATTTG
TCTACCATGATTGGCAAGGGCACAGGAGCTGCAAGTTTTGACGAATTTGGCAATTCTAAG
TACCAGAATCGGAGAACAATGAGCAGTTCTGATCGGGCAATGATGAATGCATTCAAAGAA
ATCACTACCATGGCAGACAGAATCAATCTACCTCGAAATATAGTTGATCGAACAAATAAT
TTATTCAAGCAAGTATATGAACAGAAGAGCCTGAAGGGAAGAGCTAATGATGCTATAGCT
TCTGCTTGTCTCTATATTGCCTGTAGACAAGAAGGGGTTCCTAGGACATTTAAAGAAATA
TGTGCCGTATCACGAATTTCTAAGAAAGAAATTGGTCGGTGTTTTAAACTTATTTTGAAA
GCGCTAGAAACCAGTGTGGATTTGATTACAACTGGGGACTTCATGTCCAGGTTCTGTTCC
AACCTTTGTCTTCCTAAACAAGTACAGATGGCAGCTACACATATAGCCCGTAAAGCTGTG
GAATTGGACTTGGTTCCTGGGAGGAGCCCCATCTCTGTGGCAGCGGCAGCTATTTACATG
GCCTCACAGGCATCAGCTGAAAAGAGGACCCAAAAAGAAATTGGAGATATTGCTGGTGTT
GCTGATGTTACAATCAGACAGTCCTATAGACTGATCTATCCTCGAGCCCCAGATCTGTTT
CCTACAGACTTCAAATTTGACACCCCAGTGGACAAACTACCACAGCTA

было выбрано только последние 204 а.о.:

AMMNAFKEITTMADRINLPRNIVDRTNNLFKQVYEQKSLKGRANDAIASACLYIACRQEGVPRTFKEICAVSRISKKEIGRCFKLILKALETSVDLITTGDFMSRFCSNLCLPKQVQMAATHIARKAVELDLVPGRSPISVAAAAIYMASQASAEKRTQKEIGDIAGVADVTIRQSYRLIYPRAPDLFPTDFKFDTPVDKLPQL

нуклеотидная последовательность этого куска такая:

GCAATGATGAATGCATTCAAAGAA
ATCACTACCATGGCAGACAGAATCAATCTACCTCGAAATATAGTTGATCGAACAAATAAT
TTATTCAAGCAAGTATATGAACAGAAGAGCCTGAAGGGAAGAGCTAATGATGCTATAGCT
TCTGCTTGTCTCTATATTGCCTGTAGACAAGAAGGGGTTCCTAGGACATTTAAAGAAATA
TGTGCCGTATCACGAATTTCTAAGAAAGAAATTGGTCGGTGTTTTAAACTTATTTTGAAA
GCGCTAGAAACCAGTGTGGATTTGATTACAACTGGGGACTTCATGTCCAGGTTCTGTTCC
AACCTTTGTCTTCCTAAACAAGTACAGATGGCAGCTACACATATAGCCCGTAAAGCTGTG
GAATTGGACTTGGTTCCTGGGAGGAGCCCCATCTCTGTGGCAGCGGCAGCTATTTACATG
GCCTCACAGGCATCAGCTGAAAAGAGGACCCAAAAAGAAATTGGAGATATTGCTGGTGTT
GCTGATGTTACAATCAGACAGTCCTATAGACTGATCTATCCTCGAGCCCCAGATCTGTTT
CCTACAGACTTCAAATTTGACACCCCAGTGGACAAACTACCACAGCTA

Для TBP (TATA BINDING PROTEIN) – UniProtKB - P28147 (TBP1_ARATH) (200 а.о.) в комплексе 1VOL представлено 187 а.о. без 11 первых и 2-х последних. Кроме этого взяли последовательность TBP1, которая отличается от TBP2 качественно, но не количественно, ну и структурой конечно.

Для всего белка
>sp|P28147|TBP1_ARATH TATA-box-binding protein 1 OS=Arabidopsis thaliana GN=TBP1 PE=1 SV=1
MTDQGLEGSNPVDLSKHPSGIVPTLQNIVSTVNLDCKLDLKAIALQARNAEYNPKRFAAV
IMRIREPKTTALIFASGKMVCTGAKSEDFSKMAARKYARIVQKLGFPAKFKDFKIQNIVG
SCDVKFPIRLEGLAYSHAAFSSYEPELFPGLIYRMKVPKIVLLIFVSGKIVITGAKMRDE
TYKAFENIYPVLSEFRKIQQ

>ENA|AAR28027|AAR28027.1 Arabidopsis thaliana (thale cress) partial TBP1
ATGACTGATCAAGGATTGGAAGGGAGTAATCCAGTTGATCTTAGCAAGCATCCTTCAGGG
ATTGTTCCTACTCTTCAAAACATTGTCTCCACGGTGAACTTAGACTGCAAGCTAGATCTT
AAAGCCATAGCTTTGCAGGCTCGGAATGCTGAATATAATCCCAAGCGTTTTGCTGCGGTG
ATAATGAGGATCAGAGAACCGAAGACTACAGCATTAATATTCGCCTCAGGGAAAATGGTC
TGTACTGGAGCTAAGAGCGAGGACTTTTCGAAGATGGCTGCTAGAAAGTATGCTAGGATT
GTGCAGAAATTGGGATTCCCTGCAAAATTCAAGGATTTCAAGATTCAGAATATTGTAGGT
TCTTGTGATGTCAAATTCCCTATAAGACTTGAAGGTCTTGCTTACTCTCACGCTGCTTTC
TCAAGTTATGAGCCCGAGCTCTTCCCAGGGCTGATTTATAGGATGAAAGTCCCAAAAATC
GTCCTTCTAATCTTTGTCTCTGGGAAGATCGTAATAACAGGAGCCAAGATGAGAGATGAG
ACCTACAAAGCCTTTGAGAATATATACCCCGTGCTCTCGGAATTCAGAAAGATACAGCAA

Для его части (187 а.о.)
VDLSKHPSGIVPTLQNIVSTVNLDCKLDLKAIALQARNAEYNPKRFAAV
IMRIREPKTTALIFASGKMVCTGAKSEDFSKMAARKYARIVQKLGFPAKFKDFKIQNIVG
SCDVKFPIRLEGLAYSHAAFSSYEPELFPGLIYRMKVPKIVLLIFVSGKIVITGAKMRDE
TYKAFENIYPVLSEFRKI

нуклеотидная последовательность
GTTGATCTTAGCAAGCATCCTTCAGGG
ATTGTTCCTACTCTTCAAAACATTGTCTCCACGGTGAACTTAGACTGCAAGCTAGATCTT
AAAGCCATAGCTTTGCAGGCTCGGAATGCTGAATATAATCCCAAGCGTTTTGCTGCGGTG
ATAATGAGGATCAGAGAACCGAAGACTACAGCATTAATATTCGCCTCAGGGAAAATGGTC
TGTACTGGAGCTAAGAGCGAGGACTTTTCGAAGATGGCTGCTAGAAAGTATGCTAGGATT
GTGCAGAAATTGGGATTCCCTGCAAAATTCAAGGATTTCAAGATTCAGAATATTGTAGGT
TCTTGTGATGTCAAATTCCCTATAAGACTTGAAGGTCTTGCTTACTCTCACGCTGCTTTC
TCAAGTTATGAGCCCGAGCTCTTCCCAGGGCTGATTTATAGGATGAAAGTCCCAAAAATC
GTCCTTCTAATCTTTGTCTCTGGGAAGATCGTAATAACAGGAGCCAAGATGAGAGATGAG
ACCTACAAAGCCTTTGAGAATATATACCCCGTGCTCTCGGAATTCAGAAAGATA

Надо моделировать полные версии обоих белков отдельно и посмотреть на их комплекс. Влепить в комплекс ДНК я затруднюсь. Куски белков TFIIB (204 а.о) и TBP (187 а.о.) необходимы лишь для автоматического режима сравнения структур, но их имеет смысл предоставить заказчику наряду с полноразмерными протеиновыми моделями.

Моделированием займемся завтра.

2016.12.13 02:52:10

Victoriy

Не удержалась и смоделировала оба белка из 1VOL комплекса: [

1VOL.jpg

Андрей, спросите у заказчика, работают ли они с молекулярной динамикой и доккингом больших белков. И ещё предупредите, что в моделях структурных шаблонов есть клэш (перекрывание атомов далекоотстоящих друг от друга) и однотипные значения углов. Если её это не смутит и не напугает с непривычки (я уже наблюдала такую реакцию), то я подскажу как с этим справиться. Даже если модели будут разлетаться при оптимизации методами МД, есть способ пошаговой оптимизации с учетом географии медленных кодонов.

2016.12.13 10:31:58

Andrei01 пишет:Kushelev пишет:

Victoriy пишет:

Кушелев: Благодарю!

Можете ли растолковать на человеческом языке, что значит "Влепить в комплекс ДНК я затруднюсь"?
То есть, даже если имеем все необходимые данные по RNA, то все равно неизвестно как слепить 3D структуру этого белка?

Кушелев: С третичной структурой белка проблем нет. Виктория говорит о ручной работе, связанной с определением структуры РНК/ДНК. Ведь это не белок, и мы не можем определить её трёхмерную структуру автоматически. Да и вручную это не всегда возможно. Естественно, что задача определения четвертичной структуры комплекса, куда входят две субъединицы белка и две РНК или ДНК - это более сложная задача, чем определение вторичной и третичной структуры белка. Мы берёмся только за вторичную и третичную структуру белка. Более сложные задачи мы можем пытаться решать, если это нам интересно в научном плане. Их сложность значительно выше, требует "ручной работы", так что это - отдельный разговор...

2016.12.13 10:38:17

Уважаемая Виктория!
Вы смоделировали структуры белков с помощью алгоритма, который учитывает коды 310-спирали или не учитывает?

2016.12.13 12:16:48

Andrei01 пишет:

Виктория, а время вычисления и файл pdb можно получить, согласно заданию?

Кушелев: Время тратится главным образом на подготовку данных, т.е. в данном случае нужно было найти нуклеотидные последовательности, переформатировать их так, чтобы существующие версии программ их поняли. Дело в том, что форматов данных существует много, стандарты меняются, поэтому приходится согласовывать новое представление данных с нашими программами. Далее нужно несколько минут, чтобы программа сформировала по аглоритму PDB-файл с координатами атомов (современный стандарт). В этот файл нужно вручную занести комментарии. Кроме того мы делаем пикотехнологический паспорт молекулы, т.е. пространственную структуру с точностью до пикометра, где виден каждый электрон. Далее эта пикотехнологическая модель поворачивается и создаётся анимация, чтобы исследователи могли полнее представить себе молекулу в пространстве. Мы можем определить активные центры белковой молекулы по характерным звукам, сопутствующим сборке белковой молекулы. Иногда можно заметить и другие нюансы, исследуя 3D-модель пикотехнологической точности. Обычно достаточно одного рабочего дня, чтобы в первом приближении исследовать структуру белковой молекулы. А получить PDB-файлы 100 белков можно тоже за один рабочий день.

2016.12.13 12:46:50

Работа с менеджером по нескольким научным направлениям...

Кушелев: Вот так выглядит входной файл одного из двух белков комплекса 1VOL для существующих версий программ 2D и 3D Пикотех:

FT CDS 1..957
ATGGCGTCTA CCAGCCGTTT GGATGCTCTT CCAAGAGTCA CATGTCCAAA CCATCCAGAT
GCGATTTTAG TGGAGGACTA CAGAGCCGGT GATATGATCT GTCCTGAATG TGGCTTGGTT
GTAGGTGACC GGGTTATTGA TGTGGGATCT GAATGGCGAA CTTTCAGCAA TGACAAAGCA
ACAAAAGATC CATCTCGAGT TGGAGATTCT CAGAATCCTC TTCTGAGTGA TGGAGATTTG
TCTACCATGA TTGGCAAGGG CACAGGAGCT GCAAGTTTTG ACGAATTTGG CAATTCTAAG
TACCAGAATC GGAGAACAAT GAGCAGTTCT GATCGGGCAA TGATGAATGC ATTCAAAGAA
ATCACTACCA TGGCAGACAG AATCAATCTA CCTCGAAATA TAGTTGATCG AACAAATAAT
TTATTCAAGC AAGTATATGA ACAGAAGAGC CTGAAGGGAA GAGCTAATGA TGCTATAGCT
TCTGCTTGTC TCTATATTGC CTGTAGACAA GAAGGGGTTC CTAGGACATT TAAAGAAATA
TGTGCCGTAT CACGAATTTC TAAGAAAGAA ATTGGTCGGT GTTTTAAACT TATTTTGAAA
GCGCTAGAAA CCAGTGTGGA TTTGATTACA ACTGGGGACT TCATGTCCAG GTTCTGTTCC
AACCTTTGTC TTCCTAAACA AGTACAGATG GCAGCTACAC ATATAGCCCG TAAAGCTGTG
GAATTGGACT TGGTTCCTGG GAGGAGCCCC ATCTCTGTGG CAGCGGCAGC TATTTACATG
GCCTCACAGG CATCAGCTGA AAAGAGGACC CAAAAAGAAA TTGGAGATAT TGCTGGTGTT
GCTGATGTTA CAATCAGACA GTCCTATAGA CTGATCTATC CTCGAGCCCC AGATCTGTTT
CCTACAGACT TCAAATTTGA CACCCCAGTG GACAAACTAC CACAGCTA
//

Так выглядит вторичная структура этого белка по версии Кушелева (левая колонка цветных полос) и Соколик (правая колонка цветных полос):

Три ортогональные проекции 3D-модели белка:

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/42618/1 … d_orig.jpg

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/170815/ … e_orig.jpg

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/41340/1 … 0_orig.jpg

Анимация: https://cloud.mail.ru/public/KJ8y/1yG19gQTW

PDB-файл с координатами атомов: https://cloud.mail.ru/public/CFfm/qjhzdX63v

2016.12.13 13:29:30

Andrei01: Почему у вас разные спирали? Спираль либо есть либо нет либо фантазия?

2016.12.13 13:41:27

Andrei01 пишет:

Почему у вас разные спирали? Спираль либо есть либо нет либо фантазия?

Кушелев: Вы имеете в виду, почему по моему алгоритму программа определения вторичной структуры показывает, например, 310-спираль (красную узкую) или пи-спираль синего цвета, а по алгоритму Виктории Соколик не показывает?

На это Виктория Соколик сказала: "Мы получим одинаковый результат, но разными способами"

Третичная структура, полученная по алгоритму Виктории Соколик отличается от третичной структуры, полученной по алгоритму Александра Кушелева. Так что заказчик имеет возможность сравнить и решить, воспользоваться ему одним из вариантов, который он посчитает более правильным или использовать оба варианта.

"Наука не стоит на месте", поэтому алгоритмы будут эволюционировать и в будущем. В настоящее время они упрощённые, но Вы видите, что даже разные алгоритмы (Кушелева и Соколик) дают похожие результаты. Какой из них более правильный - покажет время. На международном конкурсе CASP результаты работы алгоритмов Кушелева и Соколик вписались в общую схему, т.е. пока не удалось выяснить, какой из алгоритмов лучше соответствует данным РСА, а данные РСА в свою очередь могут хуже соответствовать реальности, чем данные, скажем, программы Пикотех

2016.12.13 13:44:10

Какой критерий правильности алгоритма?

2016.12.13 13:49:40

Код второго белка (TBP1) комплекса 1VOL:

FT CDS 1..600
ATGACTGATC AAGGATTGGA AGGGAGTAAT CCAGTTGATC TTAGCAAGCA TCCTTCAGGG
ATTGTTCCTA CTCTTCAAAA CATTGTCTCC ACGGTGAACT TAGACTGCAA GCTAGATCTT
AAAGCCATAG CTTTGCAGGC TCGGAATGCT GAATATAATC CCAAGCGTTT TGCTGCGGTG
ATAATGAGGA TCAGAGAACC GAAGACTACA GCATTAATAT TCGCCTCAGG GAAAATGGTC
TGTACTGGAG CTAAGAGCGA GGACTTTTCG AAGATGGCTG CTAGAAAGTA TGCTAGGATT
GTGCAGAAAT TGGGATTCCC TGCAAAATTC AAGGATTTCA AGATTCAGAA TATTGTAGGT
TCTTGTGATG TCAAATTCCC TATAAGACTT GAAGGTCTTG CTTACTCTCA CGCTGCTTTC
TCAAGTTATG AGCCCGAGCT CTTCCCAGGG CTGATTTATA GGATGAAAGT CCCAAAAATC
GTCCTTCTAA TCTTTGTCTC TGGGAAGATC GTAATAACAG GAGCCAAGAT GAGAGATGAG
ACCTACAAAG CCTTTGAGAA TATATACCCC GTGCTCTCGG AATTCAGAAA GATACAGCAA
//

Вторичная структура белка (TBP1):

Три ортогональные проекции третичной структуры белка TBP1:

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/42385/1 … 9_orig.jpg

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/57422/1 … 9_orig.jpg

Оригинал (3000*2000): https://img-fotki.yandex.ru/get/56621/1 … 5_orig.jpg

Анимация третичной структуры белка TBP1: https://cloud.mail.ru/public/24yd/Z4zL3JV7c

PDB-файл с координатами атомов: https://cloud.mail.ru/public/G8ec/vgprssf2g

2016.12.13 13:52:19

Andrei01 пишет:

Какой критерий правильности алгоритма?

Кушелев: К сожалению, метод рентгеноструктурного анализа (РСА) слишком грубый, чтобы отличить результаты работы алгоритма Виктории Соколик от результата работы алгоритма Александра Кушелева.

РСА фактически может ответить на вопрос: Есть альфа-спираль или её нет. Алгоритм Виктории Соколик на этом уровне не отличается от алгоритма Александра Кушелева.

Более тонкие критерии нужно ещё найти.

2016.12.13 13:55:19

Andrei01 Так РСА может ответить на вопрос про спираль или нет? Как может быть что спирали нет? Все в воздухе висит там?

2016.12.13 14:03:54

Andrei01 пишет:

Так РСА может ответить на вопрос про спираль или нет? Как может быть что спирали нет? Все в воздухе висит там?

Кушелев: Виктория говорит, что в её алгоритме третичная структура получается в результате дополнительной обработки, фолдинга. Типа того, что вторичная структура формируется не по таблице композиционного генетического кода, а в результате взаимодействия радикалов аминокислот. Эту гипотезу и предстоит ещё проверить.

В моём алгоритме вторичная и третичная структуры белковой молекулы формируются сразу, т.е. их можно определить по таблице композиционного генетического кода.

А у Виктории другая таблица, где не все коды соответствуют структуре. А дальше нужно анализировать её фразу: "Мы получим одинаковые результаты, но разными способами"

Что касается РСА, то он видит только спирали. Более тонкую структуру белка он не видит, но она безусловно есть, и программа Пикотех показывает одинаково хорошо как спиральные участки, так и все остальные.

2016.12.13 16:49:48

Вот что ответила эксперт на вопрос какой белок считать.
The 1VOL is a structure which contains 4 chains(parts) as can be seen in the attached figure.
Each chain in different color.
I'm intrested in chains A and B (the green and light blue in the figure) which are both protein chains and not nucleotiteds.
The 2 other chains (yellow and magneta)
ggctataaaa gggctg
cagccctttt atagcc
are nocleotides and DNA or RNA but not proteins.

2016.12.13 16:55:49

Кушелев: Обратите внимание на то, что программа Пикотех в автоматическом режиме(!) построила внешне похожие по форме структуру белковых молекул из комплекса 1VOL.
На картинке из PDB мы видим альфа-спирали.
По данным программы Пикотех их нет. Это говорит о том, что данные из PDB имеют систематические ошибки, т.е. авторы, анализирующие данные РСА пытаются изображать структуру белка из альфа-спиралей, а в реальности их там нет

2016.12.13 17:07:01

Кстати, пикотехнология белков - это модельно-экспериментальный метод. И как Вы можете убедиться, он в автоматическом режиме показывает правильные контуры белковых молекул. В таком случае он не может показывать неправильно тонкую структуру белка, т.к. она является основой, на которой получены контуры молекулы.

2016.12.13 17:15:01

Skype, 2016-12-13:

[14:14:38] Andrei: Так обе версии Виктория даст?
[14:17:01] Кушелев Александр Юрьевич: Я свою версию уже выложил на форум
[14:17:33] Кушелев Александр Юрьевич: А Виктория может переслать Вам свой вариант PDB-файлов и т.д.
[15:51:04] Andrei: А где pdb файл ваш там?
[15:57:17] Andrei: Также нужно точное время вычислений компьютером
[16:38:00] Кушелев Александр Юрьевич:
https://cloud.mail.ru/public/CFfm/qjhzdX63v
https://cloud.mail.ru/public/G8ec/vgprssf2g
[16:38:26] Кушелев Александр Юрьевич: Это два PDB-файла двух белковых молекул, входящих в комплекс 1VOL
[16:38:43] Кушелев Александр Юрьевич: Точное время вычисления я сказать не могу, но не больше 1 секунды
[16:39:02] Кушелев Александр Юрьевич: Речь идёт о вычислении координат атомов и записи PDB-файла
[16:40:56] Кушелев Александр Юрьевич: Что касается построения пикотехнологической модели, которая выглядит так:
https://cloud.mail.ru/public/KJ8y/1yG19gQTW
https://cloud.mail.ru/public/24yd/Z4zL3JV7c
то на это может уйти несколько минут. Чем больше аминокислот, тем дольше 3DS Max будет строить модель.

2016.12.13 18:07:49

Kushelev пишет:

А.Ю., Вы знаете ответ на свой вопрос. Напомню, что третий нуклеотид кодонов детерминирует лишь один из трех разновидностей вторичных структур в белке: спираль, бета-тяж или поворот. За разновидности спиралей отвечает специфика хвостов аминокислотных остатков в них входящих. А это уже не к коду, а к фолдингу.

2016.12.16 02:57:51

Татьяна Рясина пишет:

Про потенциальную заказчицу
На основании её постановки задания вы можете догадаться, что именно она исследует и какой результат хочет получить или проверить? И какие свойства ей нужно предсказать?

Кушелев: Она исследует комплекс 1VOL, состоящий из двух субъединиц белка и двух одноцепочечных РНК или ДНК. Цель таких исследований обычно заключается в понимании механизма взаимодействия белков с ДНК/РНК. Правильные модели безусловно могут дать больше информации об этом, чем неправильные. Поэтому я и планирую в ближайшее время создать PDB-файлы ДНК/РНК и всего комплекса 1VOL. По существу такая работа может привести к важным научным открытиям. Сейчас нобелевские премии присуждаются за менее важные и менее достоверные открытия

2016.12.20 10:47:12

[9:37:56] Andrei: так что там в PDB про электронный слой есть?
[10:16:25] Кушелев Александр Юрьевич: В PDB-стандарте задаются только координаты атомных ядер. Чтобы задать координаты электронов, нужно менять стандарт.
[10:16:51] Andrei: а расширить его можно?
[10:17:33] Кушелев Александр Юрьевич: Да. В рассылке я опубликовал проект стандарта PPDB
[10:17:37] Andrei: что дадут электроны как добавка?
[10:17:56] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld88.narod.ru/data/297.htm
[10:18:11] Кушелев Александр Юрьевич: Новый стандарт - новый уровень точности
[10:19:35] Andrei: ок
[10:19:50] Andrei: послал им, подождем что скажут
[10:20:42] Кушелев Александр Юрьевич: ОК! Самое интересное, если сработает автоматический докинг, и пикотехнологические модели соберутся в "матрёшку" 1VOL
[10:21:41] Andrei: а вручную почему будет неправильно?
[10:23:25] Кушелев Александр Юрьевич: Вручную правильно, но трудоёмко. А если заказчик запустит автоматический докинг, и "матрёшка" соберётся сама, то как говорится, "комментарии излишни"
[10:23:45] Кушелев Александр Юрьевич: Таких случайностей не бывает.
[10:24:00] Andrei: я написал им что можно и автоматически собрать
[10:24:10] Кушелев Александр Юрьевич: Отлично!

Подолжение

Совмещение пикомодели комплекса 1VOL с ДНК https://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/326684

Структура белка 1VOL. Совмещение с ДНК в Пикософте и PDB

24 декабря 2016, 21:28

Пикотехнология белков

Начало работы. Пикотехнологические модели двух частей комплекса 1VOL

https://nano-world-articles.nethouse.ru/articles/326755

2016.12.16 16:28:47

Кушелев: В комплексе 1VOL не две одноцепочечные РНК, а двойная спираль из 16 ступеней:

http://www.rcsb.org/pdb/pv/pv.do?pdbid= … ionumber=1

2016.12.16 18:25:26

Так выглядят две субъединицы ДНК из комплекса 1VOL

Можно более или менее красиво изобразить пикотехнологическую модель ДНК изолированными атомами.

Так в программе Hyperchem изображаются атомы азотистого основания гуанина. В принципе сносно.

Осталось добавить координаты атомов рибозы и фосфатной группы. А дальше дублировать нуклеотид, поворачивать и смещать на вектор, который можно взять из скрипта-конструктора ДНК.

2016.12.16 20:43:58

Удалось вписать в PDB файл координаты атомов азотистого основания (гуанина) и рибозы.

Программа Hyperchem показывает атомы углерода светло-голубыми кружочками, атомы азота - синими, а атомы кислорода - красными. Верхний атом кислорода находится ближе к нам, чем плоскость азотистого основания, а два других - дальше. Все остальные атомы лежат в плоскости азотистого основания.

Осталось добавить атом фосфора и три атома кислорода, чтобы завершить модель нуклеотида.
После этого можно будет его дублировать, поворачивать и смещать на вектор, который можно позаимствовать из скрипта "Конструктор ДНК/РНК"

Координаты атомов для файла PDB были взяты по этой разметке:

Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/176331/ … 8_orig.jpg

2016.12.16 22:18:14

Координаты для PDB-файла определены.

Модель нуклеотида (гуанинмонофосфата) готова.

Теперь осталось построить 16 звеньев одноцепочечной РНК, дублируя, поворачивая и сдвигая на известный вектор модель одного нуклеотида.

Осталось найти программу, в которой удобно ввести PDB-файл с моделью нуклеотида, скопировать, сдвинуть и повернуть. Кстати, этот вектор нужно умножить на согласующий коэффициент, т.к. модель нуклеотида собрана в другом масштабе...

В скрипте "ДНК-конструктор" радиус кольца-электрона задавался равным 4.8, а в PDB радиус равен 0.7. Соответственно вектор и точка привязки должны быть умножены на коэффициент 0.7/4.8=0,1458333

В программе PyMol вроде можно было задать вращение и перемещение численно. А если не получится, то записать в виде скрипта для 3DS Max, построить модель ДНК и вывести в виде файла координат. После чего добавить координаты в PDB-файл.

Кстати, классная плоская модель нуклеотида получится. Всего 23 вершины тонкой фигуры. Надо посмотреть, как будет выглядеть. Очень компактное графическое представление...

2016.12.17 01:57:

Плоская модель нуклеотида, где вершинами являются выступающие ядра атомов, смотрится очень необычно...

Анимация: https://cloud.mail.ru/public/JXhm/Qz6NrbsRq

Построить на базе этой модели нуклеотида структуру одноцепочечной РНК - не проблема. Завтра мы с этого и начнём...

Плоские модели нуклеотидов могут очень пригодиться для моделирования гигантских РНК типа рибосомальной. Это очень компактное представление, в котором все ядра атомов могут быть установлены идеально.

2016.12.17 13:41:1

Модель одноцепочечной РНК, состоящей из 16 нуклеотидов: https://cloud.mail.ru/public/69Aq/DxC1qoVho

На этой модели заметно, что на один оборот спирали приходится не 10, а 6 оснований ДНК. При шаге спирали 34 ангстрема на каждую ступень приходится 34/6 =5.67 ангстрема. По общепринятой версии на каждую ступень приходится 34/10=3.4 ангстрема. Это связано с неправильной настройкой угла между нуклеотидами.

Позднее в процессе настройки я получил параметры, которые соответствуют данным РСА, т.е. 10 нуклеотидов на виток ДНК.

Так что углы поворота придётся подправить...

2016.12.17 14:25:55

анимация: https://cloud.mail.ru/public/2dCq/DYkHq7aJt

Теперь оформим эти координаты в виде PDB-файла.

2016.12.17 20:02:53

Но лучше сделать PDB-файл сразу для двухцепочечной РНК. Ведь удалить одну цепочку легко.

Анимация: https://cloud.mail.ru/public/3HLS/tEqiBm5wW

Понятно, что для 16 ступеней двухцепочечной ДНК PDB файл желательно сформировать с помощью скрипта для 3DS Max.

2016.12.17 20:28:56

Skype, 2016-12-17:

[20:19:39] Кушелев Александр Юрьевич: Привет, Валентин!
[20:19:54] Кушелев Александр Юрьевич: Может сохранить из скрипта PDB-файл?
[20:20:26] Кушелев Александр Юрьевич: Есть образец для 1 из 32 кусков, сделанный вручную
[20:22:20] Кушелев Александр Юрьевич: Правда, по образцу можно сделать 16 кусков PDB-файла, а другие 16 кусков на пару атомов меньше, поэтому я сделаю для них второй образец.
[20:25:56] Кушелев Александр Юрьевич: Второй образец отличается тем, что там отсутствует 14-й и 16- атомы из первого образца.
[20:28:25] Кушелев Александр Юрьевич: PDB-файл, который ты выведешь из скрипта, можно послать американскому заказчику, чтобы он вставил модель РНК в белковый комплекс. Если вставится, то это - победа пикотехнологии.
[20:29:16] Кушелев Александр Юрьевич: А если мы сами присобачим модель РНК к моделям белков, то можно будет опубликовать научную статью и подать на нобелевскую

2016.12.18 12:33:20 ПИКОМЕХАНИКА тРНК

2016.12.18 13:04:32 МОДЕЛЬ ФРАГМЕНТА ЛИЗОЦИМА

2016.12.18 13:42:11 МОДЕЛЬ ГИСТОННОГО КОМПЛЕКСА

2016.12.18 14:41:58 КОМПОЗИЦИОННЫЙ КОД

2016.12.18 15:28:05

Skype, 2016-12-18:

[15:26:25] Кушелев Александр Юрьевич: Образец PDB-файла для одной ступени РНК/ДНК
[15:27:46] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно по этому шаблону сделать файл для 16 ступеней по этим координатам
[15:28:50] Кушелев Александр Юрьевич: Это можно было бы сделать вручую в программе типа "Волков командер", где можно стоблцами оперировать. Но у меня эта программа не установлена...
[15:42:05] Va12220(valqwa): Саша, привет!
попробую. сегодня до вечера
[15:43:05] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю!
[15:51:14] Кушелев Александр Юрьевич: Интересно сделать вывод файла именно из скрипта, чтобы в будущем выводить такие файлы для РНК/ДНК и комплексов "белок-РНК/ДНК"

2016.12.18 18:56:57

Victoriy

А.Ю., ещё раз сделала модели нуклеотидов и модель двух комплементарных пар А=Т и G=С

Кушелев: Класс! Благодарю!

Что касается комплекса 1VOL, то там двухцепочечная ДНК, а я делаю модели РНК, т.к. из них ДНК получаются исключением OH групп.

2016.12.19 00:32:46

[0:19:33] Va12220(valqwa): все. спать? )

[0:19:57] Кушелев Александр Юрьевич: Класс!

[0:20:29] Va12220(valqwa): долго ли умеючи, ну смотри. делай выводы и поправки. пиши мне их.
[0:20:32] Кушелев Александр Юрьевич: А как ты оцениваешь сложность задачи показать все возможные точки роста молекулы белка?
[0:20:55] Кушелев Александр Юрьевич: На первом шаге 3 точки, на втором 9 и т.д.
[0:21:09] Va12220(valqwa): если ты дашь определение "точек роста молекулы белка" - то как обычную задачу
[0:21:42] Кушелев Александр Юрьевич: Ну помнишь задачу, где треугольник перемещался по трём вариантам?
[0:21:55] Кушелев Александр Юрьевич: Центр треугольника нужно изобразить точкой
[0:22:04] Кушелев Александр Юрьевич: От неё три точки
[0:22:09] Va12220(valqwa): скорее не помню. записи остались. по ним вспомню. когда найду )
[0:22:13] Кушелев Александр Юрьевич: От каждой следующей опять три точки
[0:22:48] Кушелев Александр Юрьевич: Вот алгоритм: .............

[0:23:13] Кушелев Александр Юрьевич: Но здесь по композиционному коду строится конкретная модель белка
[0:23:29] Кушелев Александр Юрьевич: Каждый аминокислотный остаток изображается многогранником
[0:23:39] Кушелев Александр Юрьевич: Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/263.htm
[0:23:43] Кушелев Александр Юрьевич: А нам нужно точкой
[0:24:16] Кушелев Александр Юрьевич: И чтобы на каждом шаге было показано не одна точка, а три, т.е. показаны все варианты композиции
[0:24:31] Кушелев Александр Юрьевич: На каждом шаге должно быть "дробление на три"
[0:24:50] Кушелев Александр Юрьевич: Точки должны утраиваться на каждом шаге алгоритма
[0:25:22] Кушелев Александр Юрьевич: Мы должны увидеть все варианты роста белка сразу
[0:25:34] Кушелев Александр Юрьевич: На первом шаге 3 варианта в виде 3 точек
[0:25:45] Va12220(valqwa): да можно все сделать. вот только уже не сейчас. сейчас - спать )

2016.12.19 00:56:40

Татьяна Рясина пишет:

А чем вообще сегодня с учётом современных возможностей можно как следует до атома увидеть молекулы белков? Чтобы таки сопоставить 3D визуализацию по методу Пикотеха и данные экспериментов? Что вообще может прийти на смену РСА?

Кушелев: Кольцевые грани атомов удалось увидеть с помощью АСМ в 2014-ом году: http://nanoworld88.narod.ru/data/493.htm

Однако прощупывать молекулы белков таким способом очень трудоёмко. Я предполагаю, что раньше смогут определить формы некоторых молекул, например, азотистых оснований. Когда увидят, что атомы в азотистых основаниях расположены в шахматном порядке, ситуация снова резко изменится. Ведь во всех базах типа PDB сегодня формы молекул неправильные даже на уровне топологии, не говоря о форме.

После подтверждения формы ступени ДНК с помощью АСМ пикотехнологию будут воспринимать серьёзно.

2016.12.19 02:16:17

[18.12.2016 22:00:47] Andrei: пришел ответ от доктора
[18.12.2016 22:01:31] Andrei: у Соколик лучше результат
[18.12.2016 22:01:37] Andrei: ближе к РСА
[18.12.2016 22:03:33] Кушелев Александр Юрьевич: Она к этому и стремилась.
[18.12.2016 22:04:04] Кушелев Александр Юрьевич: А можно посмотреть на этот ответ целиком?
[18.12.2016 22:04:38] Andrei: I used the models of PDB files to align with the experimental structure in the PDB.
For Kushelev model and 1volA the RMSD was 18 Angstrom (please see figure attached)

For Sokolik TFIIB_204 model and 1volA the RMSD was 16.5 Angstrom
Finally for the alignment of of TFIIB and TFIIB_204 the RMSD was 18 Angstrom.
I used the Pymol software to calculate the alignments.
I wonder whether there is explanation to those results or I miss something.
In addition the sequence of TFIIB 1volA is attached in FASTA file just to make sure the the structural models are based on this specific sequence.

[18.12.2016 22:08:42] Кушелев Александр Юрьевич: Нужна последовательность FASTA и рисунки, вложенные в письмо
[18.12.2016 22:08:42] Andrei: еще есть файлы
[18.12.2016 22:08:49] Кушелев Александр Юрьевич: Давайте их посмотрим
[18.12.2016 22:09:13] Кушелев Александр Юрьевич: 18 анстрем - неплохо для РСА
[18.12.2016 22:09:56] Andrei: так 2А пишут в базе
[18.12.2016 22:10:07] Andrei: технология улучшилась
[18.12.2016 22:10:14] Кушелев Александр Юрьевич: Там можно и 0.002А написать. Вы тоже поверите?
[18.12.2016 22:10:45] Andrei: это официальная база, если обманут то это уголовное дело
[18.12.2016 22:10:55] Andrei: никто с этим не будет связываться
[18.12.2016 22:11:06] Andrei: там и репутация автора
[18.12.2016 22:11:31] Andrei: это не совок что кто что хочет то и пишет так как ответственности нет
[18.12.2016 22:11:55] Andrei: послал
[18.12.2016 22:11:59] Кушелев Александр Юрьевич: Вы же видели, что в 2012-ом году "обман" уменьшился на 3% по сравнению с 2010-ым годом
[18.12.2016 22:13:11] Кушелев Александр Юрьевич: Давайте лучше файлы посмотрим.
[18.12.2016 22:13:17] Andrei: послал говорю
[18.12.2016 22:13:26] Кушелев Александр Юрьевич: По почте?
[18.12.2016 22:13:30] Andrei: да

>1VOL:A PDBID CHAIN SEQUENCE
AMMNAFKEITTMADRINLPRNKVDRTNNLFRQAYEQKSLKGRANDAIASACLYIACRQEGVPRTFKEI
CAVSRISKKEIGRCFKLILKALETSVDLITTGDFMSRFCSNLCLPKQVQMAATHIARKAVELDLVPGRS
PISVAAAAIYMASQASAEKRTQKEIGDIAGVADVTIRQSYRLIYPRAPDLFPTDFKFDTPVDKLPQL

[18.12.2016 22:14:15] Andrei: забыл тот ответ - так почему днк должно войти в белок?
[18.12.2016 22:20:35] Кушелев Александр Юрьевич: Комплекс 1VOL - это две белковые молекулы, которые читают ДНК, поэтому структура белковых молекул должна быть согласована со структурой ДНК.
[18.12.2016 22:21:08] Кушелев Александр Юрьевич: РСА показывает, что ДНК проходит внутри белковых молекул. Но деталей не показывает.
[18.12.2016 22:21:35] Кушелев Александр Юрьевич: Если мы сделаем правильные пикотехнологические модели белков и ДНК, то увидим, как они сопрягаются на уровне пикометров.
[18.12.2016 22:22:00] Кушелев Александр Юрьевич: А реальная точность моделей, построенных по данным РСА - десятки-сотни ангстрем.
[18.12.2016 22:22:04] Andrei: когда это будет готово?
[18.12.2016 22:22:55] Кушелев Александр Юрьевич: Если сегодня Валентин сможет вывести PDB-файл молекулы ДНК, то сегодня же можно и попробовать совместить модель ДНК с моделями белков
[18.12.2016 22:23:53] Andrei: щас тогда напишу ей интересно ли ей это направление
[18.12.2016 22:24:46] Andrei: или лучше подождать?
[18.12.2016 22:24:53] Andrei: а то вдруг не сойдется
[18.12.2016 22:24:56] Кушелев Александр Юрьевич: Вы можете написать, что нам интересно построить полную модель комплекса, т.е. proteins + DNA
[18.12.2016 22:25:24] Кушелев Александр Юрьевич: Лучше немного подождать. Нужно проанализировать то, что она написала.
[18.12.2016 22:25:28] Andrei: ага

2016.12.19 09:12:30

Skype, 2016-12-19:

[2:47:17] Кушелев Александр Юрьевич: PDB-файл ДНК готов
[8:52:08] Andrei: нужно к нему описание
[8:52:35] Andrei: что сделано и что хотим показать этим
[9:13:14] Кушелев Александр Юрьевич: Нужно сделать модель всего комплекса. Вот тогда будет что показать на Нобелевскую

2016.12.19 12:03:48

Кушелев: Я так понял, что это сопоставление моей модели TFIIB с моделью из PDB

Модель комплекса из PDB

2016.12.19 15:18:09 ПИКОСОФТ СТАТЬИ, ПЕРЕПИСКА С CASP

2016.12.19 15:36:07

[15:39:17] Кушелев Александр Юрьевич: Несколько кадров из анимации комплекса TBP1+DNA (электронный слой):

[15:44:34] Кушелев Александр Юрьевич: Тут ещё есть любопытный момент. В банке PDB в комплексе 1VOL показана общепризнанная, но неправильная модель ДНК. Там показаны 16 ступеней ДНК. В пикотехнологической модели комплекса TBP1+DNA (электронный слой) видно, что в белок входит фактически 2 (максимум 3) ступени ДНК. Таким образом можно констатировать факт, что по данным РСА размер ДНК определён с погрешностью типа 400%. Абсолютная ошибка превышает 10 ангстрем в длину участка ДНК.

2016.12.19 17:58:26

Victoriy

Ещё один момент: АЮ не торопитесь с обнародыванием своей модели ДНК, Вы точно отпугнёте заказчицу. Если с белками как говориться бабушка на двое сказала: у каждого своя конформация, которая ещё может и видоизменяться в процессе функционирования. То в структуре ДНК не сомневается ни один биолог и Вам на слово никто не поверит. Кстати с Вашей "новой" моделью ДНК я тоже не могу согласиться.
Не надо загружать заказчика Вашими подробностями и трудностями. Сейчас модели белков, нуклеиновых кислот, лигандов вручную никто не совмещает (это дилетантство), обычно используют метод виртуального молекулярного докинга. (дружеский совет во благо)

2016.12.19 18:11:41

Victoriy

Вопрос к А.Ю.: Ваш файл pdb для нуклеотидной последовательности соответствует общепринятой последовательности атомов в нуклеотиде? Если да, то я буду тоже ориентироваться на данную нумерацию и последовательность атомов, если Вы не сверяли, то это придётся уточнять для однозначного воспроизведения координатных файлов нуклеиновых кислот вьюерами.

2016.12.19 18:14:02

Victoriy пишет:

Вопрос к Андрею: Вы порекомендовали заказчице покрутить мои модели в Молекулярной Динамике? Мне кажется, что после такой процедуры сходство с моделями, построенными по данным РСА, должно стать ещё больше.

Предложение для А.Ю. и Андрея: посмотрите в архиве Наномира мои публикации по пикотехнологии (там и про углы, и про карты Рамачандрана, и что самое главное на языке биологии).

Кушелев: Самое лучшее - это книга "Пикотехнология белков". Андрей хочет прочитать эту книгу.

2016.12.19 18:27:09

Victoriy пишет:

Сейчас модели белков, нуклеиновых кислот, лигандов вручную никто не совмещает (это дилетантство), обычно используют метод виртуального молекулярного докинга. (дружеский совет во благо)

Кушелев: Отлично! Значит достаточно передать заказчику PDB-файлы белков и ДНК, и метод молекулярного докинга сделает своё дело.

Что касается

Victoriy пишет: Вашей "новой" моделью ДНК я тоже не могу согласиться.

то эта модель ДНК была создана в 2011 году. Сегодня я планирую создать окончательный PDB-файл двухцепочечной пикотехнологической модели РНК / ДНК (ядерный слой), который можно будет отослать заказчику для совмещения с моделями белков комплекса 1VOL.

Как видите, в среде 3DS Max модель ДНК идеально совместилась с моделью белка TBP1. Кстати, Вы тоже можете попробовать совместить Ваши модели белков и ДНК. Вдруг они у Вас тоже идеально совместятся

Анимировать: https://cloud.mail.ru/public/Ft3F/o4v8jS5ov

Совмещение пикотехнологической модели ДНК (ядерный слой) с пикотехнологической моделью белка TBP1. Отчётливо видно сопряжение на уровне трёх ступеней ДНК.

Анимировать: https://cloud.mail.ru/public/Ft3F/o4v8jS5ov

Совмещение пикотехнологической модели ДНК (электронный слой) с пикотехнологической моделью белка TBP1

2016.12.19 18:32:09

Victoriy пишет:

Кушелев: Я взял из базы PDB-файл с ДНК и просто поменял координаты.

2016.12.19 19:41:41

[16:18:31] Andrei: так подождем до второй модели?
[16:26:39] Кушелев Александр Юрьевич: Вообще-то и первая модель белка - гарантия успеха
[16:27:36] Кушелев Александр Юрьевич: Так что можно посылать 4 ролика анимации, а PDB-модель нужно смасштабировать на коэффициент 0.6 Лучше это сделать самим.
[16:27:53] Кушелев Александр Юрьевич: Жаль, что программист занят. Он бы это сделал за 5 минут
[16:28:05] Andrei: не проблема, подождем
[16:28:57] Кушелев Александр Юрьевич: Через час-два попробую разобраться со вторым белком
[16:29:19] Кушелев Александр Юрьевич: Он не такой очевидный, а в базе данных PDB вообще "полный привет"
[16:30:04] Кушелев Александр Юрьевич: Там альфа-спирали нарисовали "как бог на душу положит", а модель ДНК с неправильной ориентацией ступеней, поэтому короче в 4 раза
[16:30:21] Andrei: https://cloud.mail.ru/public/5j2J/R81Y4QJjC
[16:30:29] Andrei: это не работает
[16:30:41] Andrei: и вторая тоже
[16:30:48] Кушелев Александр Юрьевич: Я заменил 2 ролика на 4
[16:30:51] Andrei: аа
[16:31:06] Кушелев Александр Юрьевич: Названия поменялись, поэтому я старые два стёр
[16:31:19] Andrei: надо было тут тоже стереть
[16:31:26] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[16:31:33] Кушелев Александр Юрьевич: Исправлюсь в будущем
[16:31:45] Кушелев Александр Юрьевич: Появлюсь через час-два
[16:34:46] Andrei: может там надо подписать в видео что там что?
[17:59:16] Кушелев Александр Юрьевич: Там в названии подписано
[17:59:36] Andrei: ну пусть так
[18:00:05] Кушелев Александр Юрьевич:
[16:28:20] Кушелев Александр Юрьевич: Привет! А ты можешь все координаты в PDB-файле умножить на 0.6 ?
[17:43:34] Va12220(valqwa): МОГУ )
сегодня как доеду и вспомню - то сделаю
[18:00:37] Andrei: отлично
[19:00:33] Кушелев Александр Юрьевич: Комплекс TBP1+DNA идеально вложился в полость белка TFIIB
Сейчас компьютер делает анимацию.
[19:00:42] Andrei: супер
[19:01:55] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория написала на форуме, что против моей модели ДНК. Интересно будет посмотреть, как вставится в комплекс модель ДНК от Виктории. Она пыталась сделать свою модель ДНК максимально приближенной к общепринятой, т.е. из банка PDB
[19:27:43] Кушелев Александр Юрьевич: Это ещё один ролик с TBP1, но без электронного слоя. Так больше видно. https://cloud.mail.ru/public/BR8K/MoUHKhtG5
[19:28:10] Кушелев Александр Юрьевич:

А это ролик всего комплекса 1VOL:

https://cloud.mail.ru/public/5eaU/5T7v7mCwM

[19:29:15] Кушелев Александр Юрьевич: Короче, ДНК вставляется в маленький белок TBP1, а он в свою очередь вставляется в полость более крупного белка TFIIB
[19:31:07] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно, нужно ещё применить инструмент "молекулярная динамика", чтобы из жесткой геометрической модели получить гибкую физическую, но это уже профессионалы разберутся
[19:36:57] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, Виктория написала на форуме, что совмещение белков автоматизировано. Так что наш заказчик может самостоятельно совместить PDB-файл модели DNA/RNA с моделью белка TBP1, а потом совместить этот комплекс с белком TFIIB. Технологию молекулярной динамики нужно будет применить сначала после, а потом до совмещения. Если молекулярная динамика на уровне нанотехнологии портит пикотехнологические модели, то применение до совмещения даст хуже результат совмещения.
Кстати, комплекс 1VOL похож на 3 матрёшки. Самая маленькая - ДНК, вторая - белок TBP1, а самая большая - белок TBIIB
[19:37:43] Andrei: так ее модель тоже подошла?
[19:38:59] Кушелев Александр Юрьевич: Виктории? Это мы скоро узнаем
[19:39:03] Andrei: молекулярная динамика это известное что-то всем?
[19:39:10] Кушелев Александр Юрьевич: Да
[19:39:21] Кушелев Александр Юрьевич: Программа PyMol её может делать
[19:39:49] Кушелев Александр Юрьевич: У Виктории и у заказчика она есть, а у меня была, но сейчас нет
[19:40:19] Кушелев Александр Юрьевич: Для неё желательно отдельный компьютер иметь, иначе может всё посыпаться...

2016.12.19 20:15:00

Andrei01 пишет:Victoriy пишет:

Виктория, а вы можете примеры привести, что сходство увеличится? То есть разница в 18А там уменьшится?

Victoriy

Андрей, я уже Вам писала, что в отличие от Кушелева, моя программа моделирует не конечную конформацию белка, а его СТРУКТУРНЫЙ ШАБЛОН (хотя он оказался ближе к экспериментальным моделям, чем у А.Ю.). Т.е. это структура белка, которая синтезируется на рибосоме БЕЗ влияния микроокружения, но по собственному генкоду (точнее гену). В клетке после того, как структурный шаблон белка синтезирован он подвергается действию всевозможных физических сил (начиная от электростатических и заканчивая Ван-дер-вальсовыми). Этот процесс носит название фолдинг белка. Так вот, процесс фолдинга моего структурного шаблона в конечную конформацию белка можно смоделировать при помощи молекулярной динамики. Мы получим функциональную конформацию белка, которая будет сравнима с моделями, построенными по данным РСА. И разумеется разница в 16,5 Ангстрем должна в разы уменьшиться. А сейчас заказчик сравнивает жесткий скелет с гибким телом и естественно получает такие расхождения. Вот я и предлагаю заказчику самостоятельно превратить скелет в гибкое тело, удивиться и поверить в свой собственный результат, тем более, что нужен он ей, а не мне.

2016.12.19 20:18:40

Victoriy А.Ю., обратите внимание, что Вы сделали модель комплекса с 3-мя нуклеотидами, вместо 16. И если в узле состыковки нуклеотидные хвосты не актуальны, то комплементарные пары нуклеотидов должны быть. Я так думаю:)

2016.12.19 20:21:00

Andrei01

Виктория, хорошо. Напишу им об этом. Поэтому они и слали свои данные, чтобы мы поняли почему такое различие большое в 6 раз.

2016.12.19 20:26:08

Victoriy пишет:

в отличие от Кушелева, моя программа моделирует не конечную конформацию белка, а его СТРУКТУРНЫЙ ШАБЛОН (хотя он оказался ближе к экспериментальным моделям, чем у А.Ю.)

Кушелев

Уважаемая Виктория! А Вы не могли бы осуществить автоматических докинг моделей белков TBP1 и TFIIB ?

Интересно посмотреть, состыкуются ли Ваши модели между собой и мои модели между собой автоматически?

Вручную у меня получилось: https://cloud.mail.ru/public/5eaU/5T7v7mCwM

Теперь интересно проверить автоматизированный докинг. Насколько он работоспособен?

Кстати, непонятно, как Ваша программа строит 310-спирали? По Вашей таблице их в шаблоне быть не должно...

2016.12.19 20:33:02

Victoriy пишет:

А.Ю., обратите внимание, что Вы сделали модель комплекса с 3-мя нуклеотидами, вместо 16. И если в узле состыковки нуклеотидные хвосты не актуальны, то комплементарные пары нуклеотидов должны быть. Я так думаю:)

Кушелев: Я специально убрал половину нуклеотидов, чтобы виднее было. А на модели, где показаны только ядра, ступени целые (пары нуклеотидов). В файле PDB тоже модель двойной ДНК, причём все 16 ступеней.

А заказчик может укорачивать и разбирать модель ДНК из PDB-файла по своему усмотрению.

2016.12.19 20:36:03

Andrei01 пишет:

Кушелев: Самое интересное - провести автоматический докинг для комплекса 1VOL. Он должен дать разный результат для вариантов моделей Виктории Соколик и Александра Кушелева. Интересно же посмотреть, в каком варианте лучше состыкуются белки между собой и с ДНК

2016.12.19 20:37:25

Victoriy

Увы, у меня пока нет навыков самостоятельного выполнения докинга, тем более 3 высокомолекулярных полимеров. С коллегами из Киева в этом году был сделан докинг куска из 63 а.о. белка предшественника амилоида (AбетаPP), содержащего сам бета-амилоидный пептид, с куркумином. Опубликовано в Advances in Biochemistry. – 2016. – V. 4, Is. 4. – P. 34-46.
Поэтому я и призываю в нашу команду биоинженера/молекулярного биолога с опытом работы в молекулярном моделировании.

2016.12.19 21:01:56

Кушелев: А может быть программы типа PyMol могут автоматически выполнять докинг двух белковых молекул?

2016.12.19 21:31:03

Victoriy

Мы использовали инструмент CCDC GOLD Suite 5.1 для докинга и его же оценочные функции для характеристики устойчивости комплекса. Для меня PyMol не более чем вьюер.

2016.12.19 20:42:1

Татьяна Рясина

На сегодняшний день мы стали проще относиться к идолу РСА в результате продолжительной беседы.

Почему бы не выработать отношение попроще и к идолу ДНК?

Вот допустим ответы по задачке заказчицы готовы, пусть они даже отправлены.

Можно же написать что-то вроде, вдогонку:
Позвольте ознакомить Вас с нашей критикой общепринятой модели ДНК
Мы провели моделирование ДНК методами Пикотехнологии.
Наши поправки по алгоритмам Пикотехнологии выявили следующие различия с общепринятой моделью /....../
Корректность наших поправок подтверждается тем что /...../
В дополнении к только что решённой нами для Вас задаче и при совмещении полученной структуры и нашей модели ДНК мы получим следующее /......./ Таким образом /......./

И ещё вопрос к уважаемым изобретателям Пикотеха:
кто напишет в Германию в лабораторию которая увидела электроны-колечки на АСМ
про то что:
1) мы занимаемся моделированием атомов, молекул и молекулярных структур с помощью модельного представления об электронов как о закольцованных стоячих волнах (ссылки)
2) Ваша работа подтверждает эти модели
3) Мы разработали Пикотех для моделирования белковых структур
3) Проверьте пожалуйста базовые структуры белков экспериментально (список наименований, дизайн эксперимента)

Андрей и Виктория, вы можете сформировать максимально полый список критики, вопросов, опровержений и пр. по модели ДНК А.Ю., чтобы в итоге получить хорошую аргументацию в её пользу...

2016.12.19 21:16:46

Кушелев

Всё это актуально, но сложно на уровне голого энтузиазма. Нужно найти заинтересованных людей, которые продвинут новое научное направление "по полной программе". Ведь пикотехнология белков была создана уже в 1993-ем году, а развивается она без нормального финансирования "черепашьими шагами"...

2016.12.19 21:13:10

Victoriy пишет:

А.Ю., мне интересно: в Вашей модели комплекса последовательность нуклеотидов не имеет значение?

Кушелев: Нет, конечно. Если комплекс занимается транскрипцией ДНК, то он должен одинаково хорошо заниматься транскрипцией любых последовательностей.

Кстати, ключевые аминокислотные остатки как бы прикасаются к центральным зонам соседних ступеней ДНК:

2016.12.20 00:14:09

[19.12.2016 19:44:15] Andrei: Щас попробую все оформить и послать им
[19.12.2016 19:47:32] Кушелев Александр Юрьевич: Скоро приедет домой программист. Тогда будет нормальный PDB-файл DNA / RNA
[19.12.2016 19:56:12] Andrei: а, я думал уже готово
[19.12.2016 19:56:42] Andrei: А это ролик всего комплекса 1VOL:
[19.12.2016 20:00:15] Кушелев Александр Юрьевич: Ролик-то готов, а PDB-файл ДНК/РНК ещё не готов
[19.12.2016 20:01:58] Andrei: Книга вроде 74 евро стоит
[19.12.2016 20:02:20] Кушелев Александр Юрьевич: Да. Электронный вариант 6 USD
[19.12.2016 20:02:31] Andrei: там не было электронного варианта
[19.12.2016 20:02:48] Кушелев Александр Юрьевич: У авторов есть
[19.12.2016 20:04:45] Andrei: как называется ядерный слой на английском?
[19.12.2016 20:05:23] Кушелев Александр Юрьевич: nuclear
[19.12.2016 20:05:56] Andrei: nuclear layer?
[19.12.2016 20:06:15] Кушелев Александр Юрьевич: Да. В файлах подписано nuclear и electronic
[19.12.2016 20:06:34] Andrei: ок
[19.12.2016 20:06:59] Andrei: Файлы лучше загружать на dropbox
[19.12.2016 20:07:36] Andrei: а то сайт на русском, они не поймут
[19.12.2016 20:08:29] Кушелев Александр Юрьевич: Загрузите, если сможете
[19.12.2016 20:08:42] Andrei: загружаю
[19.12.2016 20:08:44] Кушелев Александр Юрьевич: Или в письмо вложите
[19.12.2016 20:09:05] Andrei: в письмо не получится, тот сайт на русском
[19.12.2016 20:09:29] Кушелев Александр Юрьевич: Вы тогда ссылочку на эти файлы в dropbox опубликуйте, чтобы англоязычные читатели форума тоже смогли скачать и изучить.
[19.12.2016 20:09:46] Кушелев Александр Юрьевич: Сами файлы в письмо можно вложить по любому
[19.12.2016 20:10:04] Andrei: нет конечно, почта не пропустит
[19.12.2016 20:10:34] Andrei: я не даю ссылки для всех
[19.12.2016 20:11:13] Кушелев Александр Юрьевич: Только русскоязычным разрешаете файлы скачивать?
[19.12.2016 20:11:33] Andrei: там настройки есть
[19.12.2016 20:11:40] Кушелев Александр Юрьевич: Ушлые китайцы всё-равно с облака мэйл ру скачают
[19.12.2016 20:11:40] Andrei: надо настраивать специально
[19.12.2016 20:45:19] Andrei: так у вас тоже не учитываются силы на белок как у Виктории?
[19.12.2016 20:49:08] Кушелев Александр Юрьевич: Мой алгоритм пока реализован на геометрическом уровне, но генетический код дублирует физико-химические взаимодействия, поэтому подавляющее большинство участков белковых молекул не модифицируются после рибосомальной сборки белка. А те, которые модифицируются, можно смоделировать по дополнительной информации. Бывают и редкие случае, когда "всё сложно"
[19.12.2016 20:50:41] Кушелев Александр Юрьевич: В нашем случае 1VOL похоже, что белки не модифицируются, но в нормальных условиях они могут гнуться, защёлкиваться и т.д. Так что по хорошему учитывать физику и химию нужно.
[19.12.2016 20:50:57] Кушелев Александр Юрьевич: Это уже проблема заказчика.
[19.12.2016 20:51:30] Кушелев Александр Юрьевич: Если нам закажут исследование динамики белка, тогда это будет уже "совсем другая песня" и "совсем другие деньги"
[19.12.2016 20:51:58] Andrei: а почему же тогда оно налезло друг на друга само?
[19.12.2016 20:52:52] Кушелев Александр Юрьевич: Исследователи белков могут выращивать кристаллы в разных условиях, добиваясь фиксации молекул в разных состояниях. В результате они могут получить "фотки" в разных положениях частей молекулы белка.
[19.12.2016 20:53:38] Кушелев Александр Юрьевич: В нашем случае ДНК и белки совместились, т.к. их форма сильно не меняется после сборки рибосомой
[19.12.2016 20:54:09] Кушелев Александр Юрьевич: А бывают белки, которые надкусываются, из кусков собираются крупные агрегаты и т.д.
[19.12.2016 22:50:42] Кушелев Александр Юрьевич: Программист ещё едет домой
[19.12.2016 22:50:59] Кушелев Александр Юрьевич: А Вы аннотацию к книге "Пикотехнология белков" заказчику посылали?
[19.12.2016 22:51:01] Кушелев Александр Юрьевич:
The greatest enemy of knowledge is not ignorance, it is the illusion
Stephen Hawking
Sokolik VV, Kushelev AY
Geometry live nanoworld. Pikotechnology proteins / VV Sokolik, AY Kushelev. -
Kharkov: Publishing, 2015. – 255 p.

ISBN 978-3-659-92862-8

The monograph is devoted to the 3D-structure of molecules and polymers in
living systems. The analysis of the modern understanding of the fundamental concepts
of the physical volume of the atom, chemical bonding, and the genetic code is
presented. Based on statistical analysis of the experimental data on the protein structure
is justified coding secondary structure and structural polypeptide template of protein
in the genome. Propose additions table of the genetic code of proteins and peptides,
which formed the basis of the geometric algorithm software decoding structural
template protein, are Molecular Constructor and Picotex. The hypothesis of recoding
information to third nucleotide codon in the corresponding peptide bond rotamer directly
3D-structure isoacceptors tRNA is formulated. Mathematical analysis of contingency
angles φ and ψ (Ramachandran map) revealed their frequency changes as
possible to substantiate the mechanism of post-translational protein folding.
The book is intended for professionals involved in research in the field of molecular
biology, bioinformatics, biochemistry and biophysics.
Table: 36. Ill: 117. Refs: 227 titles.
[19.12.2016 22:51:40] Andrei: Ну как доедет, не горит)
[19.12.2016 22:51:52] Andrei: Посылал
[19.12.2016 22:52:12] Кушелев Александр Юрьевич: А рецензии?
[19.12.2016 22:52:26] Кушелев Александр Юрьевич: Это самое научное...
[19.12.2016 22:56:29] Andrei: тоже, это все теория
[19.12.2016 22:56:34] Andrei: нужны примеры
[19.12.2016 22:57:52] Кушелев Александр Юрьевич: Какая же теория, когда речь идёт о модельных экспериментах, подтверждённых в 2015-ом году натурными (АСМ)?
[19.12.2016 22:58:15] Andrei: на практике нет применений
[19.12.2016 22:59:20] Кушелев Александр Юрьевич: Пикотехнология белков - это и есть практическая технология, которая базируется на модельных экспериментах теперь уже подтверждённых прямыми экспериментами (АСМ)
[19.12.2016 23:00:00] Andrei: коммерческой прибыли нет от этого на практике
[19.12.2016 23:00:05] Andrei: надо искать
[19.12.2016 23:01:25] Кушелев Александр Юрьевич: Виктория пишет, что не владеет программой, где делается автоматический докинг. Может быть имеет смысл попросить заказчика применить автоматический докинг для сравнения моделей белков и ДНК от Кушелева и Соколик?
А раз заказчик может сравнивать модель Кушелева с моделью из PDB, значит сможет сравнить и модель Кушелева с моделью Соколик. Интересно, на сколько ангстрем отличаются наши модели?
[19.12.2016 23:01:36] Кушелев Александр Юрьевич: Прибыль будет, не торопитесь.
[19.12.2016 23:01:52] Andrei: ничего просить не можем
[19.12.2016 23:02:22] Кушелев Александр Юрьевич: А предлагать?
[19.12.2016 23:02:31] Andrei: покажем идеи а дальше если стоящая то может быть сможет найти практическое применение
[19.12.2016 23:03:24] Кушелев Александр Юрьевич: Они же сами заинтересованы сделать модель комплекса 1VOL. Если они умеют делать автоматический докинг, то смогут попытаться сделать его в варианте моделей Кушелева и Соколик. В одном из вариантов должно получиться лучше.
[19.12.2016 23:03:38] Кушелев Александр Юрьевич: У меня вручную получилось, а у них автоматически должно получиться.
[19.12.2016 23:04:04] Andrei: зачем им это
[19.12.2016 23:06:16] Кушелев Александр Юрьевич: Их цель, как я понял, выяснить механизм работы комплекса 1VOL
[19.12.2016 23:06:30] Кушелев Александр Юрьевич: Применить для этого автоматический докинг - сам бог велел
[19.12.2016 23:07:15] Кушелев Александр Юрьевич: А дальше они могут сравнить, какие модели лучше собираются в "матрёшки", от Кушелева или от Виктории. Они же рассчитали 18 и 16.5 ангстрем?
[19.12.2016 23:07:20] Кушелев Александр Юрьевич: Значит нужно.
[19.12.2016 23:07:30] Andrei: что дает докинг?
[19.12.2016 23:08:04] Кушелев Александр Юрьевич: Автоматическую сборку "матрёшки". Я-то делал вручную. Интересно получится та же структура в автоматическом режиме?
[19.12.2016 23:08:36] Andrei: пусть сначала это посмотрят
[19.12.2016 23:08:46] Andrei: посмотрим что скажут
[19.12.2016 23:08:47] Кушелев Александр Юрьевич: Безусловно

2016.12.20 00:50:03

Skype, 2016-12-20:

[0:33:35] Кушелев Александр Юрьевич: Программист добрался до дома. Сказал, что сейчас сделает PDB-файл ДНК
[0:52:15] Кушелев Александр Юрьевич: Файл готов

PDB-файл: https://cloud.mail.ru/public/LNUH/7JNWA75Nk

ОБНАРУЖЕНА ОШИБКА В ПРОГРАММЕ, ИСПРАВЛЯЕМ

2016.12.21 18:04:46

aest пишет:

вы пытались продавать наивным биологам ваши модели белков по 10000 уе, заверяя о пикоточности в то время, как у вас в алгоритме ошибка была ? Некрасиво как-то получается.

Кушелев: Конечно некрасиво. Поэтому пытаемся исправить ошибку, но это дело непростое... Углы уже удалось исправить, но в программе Дениса Савина где-то ещё запрятаны смещения. Ищем.

Кодируется ли тип спиралей белков композиционным генетическим кодом? Точность и стоимость РСА. Самоповерка пикотехнологии.

25 декабря 2016, 17:56

Пикотехнология белков

2016.12.13 18:29:17

Kushelev пишет:Victoriy пишет:

третий нуклеотид кодонов детерминирует лишь один из трех разновидностей вторичных структур в белке: спираль, бета-тяж или поворот. За разновидности спиралей отвечает специфика хвостов аминокислотных остатков в них входящих. А это уже не к коду, а к фолдингу.

Кушелев: Тут интересно было бы разобраться подробнее. Вот типовой участок 310-спирали

Мы видим коды 310-спирали (N4) по моей таблице композиционного генетического кода: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm

Вы не могли бы с помощью своего алгоритма построить участок структуры белка по входным данным:

FT CDS 1..48
gctctgctgc tgctggcgtc ggcgctgctc gtgtcgctga cgcacaca
//

Очень интересно посмотреть, получится ли по Вашему алгоритму 310-спираль этого белка (гонадотропина)?

Я предполагаю, что Ваш алгоритм выдаст вместо 310-спирали альфа-спираль...

Милейший Александр Юрьевич, мы так долго и упорно это обсуждали в своё время, что остались каждый при своём мнении, своей таблице и своей программе моделирования структуры белков. Не втягивайте меня в обсуждение снова. Если этот вопрос Вас не отпускает можно вернуться в архив форума и всё пересмотреть и даже пережить снова.

2016.12.13 18:32:21

Victoriy пишет:

мы так долго и упорно это обсуждали в своё время, что остались каждый при своём мнении

Кушелев: Уважаемая Виктория! Я что-то не припомню, чтобы Вы строили модель и получали PDB-файл по этим данным:

FT CDS 1..48
gctctgctgc tgctggcgtc ggcgctgctc gtgtcgctga cgcacaca

Не дадите ссылку?

2016.12.13 18:38:26

Дело в том, что Андрей интересовался, в чём отличие наших с Вами алгоритмов. Я думаю, что на этом примере будет хорошо видно это отличие. Нужно только получить PDB-файл по этим данным с помощью Вашей программы. А я могу получить PDB-файл по этим же данным с помощью программы Пикотех.

***
Пример PDB-файла (фрагмент гонадотропина), полученного с помощью программы Пикотех:

2016.12.13 18:51:14

Цитата:

α-спираль, или спираль 413

310-спираль — очень «тугая» спираль, в сечении имеет форму треугольника, в белках встречается в основном её правая форма, и то только в виде 1-2 витков

2016.12.13 18:53:53

Victoriy пишет:

А.Ю., Андрею ни холодно, ни жарко от нюансов отличий между нашими программами, а с Вами я не хочу повторно это обсуждать. Почитайте мою монографию, там всё очень подробно написано.

Кушелев: К сожалению, в книге нет модели 310-спирали, например, модели фрагмента гонадотропина, построенной с помощью Вашего алгоритма. Вот мне и хотелось бы увидеть, что же реально будет построено по Вашему алгоритму, если дать ему входные данные фрагмента гонадотропина:

FT CDS 1..48
gctctgctgc tgctggcgtc ggcgctgctc gtgtcgctga cgcacaca
//

Давайте вместе посмотрим на результат работы Вашего алгоритма. А Вы его прокомментируете. Мне очень интересно узнать Ваши комментарии.

А у Андрея интерес не праздный. Его тоже спросят, почему два варианта PDB-файлов? В чём различие? Вот я и предлагаю наглядно показать различие на примере фрагмента гонадотропина. Ведь его структура надёжно установлена, т.к. длина 310-спирали существенно отличается от длины альфа-спирали. Это даже РСА "видит"

2016.12.13 19:10:31

Kushelev пишет:

Цитата:

α-спираль, или спираль 413

Цитата-2: π-спираль, или спираль 516, — спираль с широкими витками, в результате в центре спирали остаётся пустое пространство. В белках встречается редко, обычно не более одного витка.

Кушелев: Согласно моей таблице композиционного генетического кода пи-спираль (спираль 516) кодируется периодическим кодом 3333333333333

Такой код как раз встречается во входных данных белков TFIIB:

и TBP1:

Если в PDB-файле вместо пи-спирали у Вас что-то другое, то что? А если пи-спираль, то по какому алгоритму она получена, если не по моей таблице композиционного кода?

2016.12.13 19:43:47

Участок белка TFIIB с 270 по 284 выделен зелёным цветом. На него указывают зелёные стрелки.

Мы видим, что по алгоритму Виктории Соколик тут получилась такая же 310-спираль в том числе и на участке, где по программе 2D нет никакой спирали. Вот мне и интересно, как же получена в 3D-алгоритме 310-спираль, если не по моей таблице композиционного генетического кода?

2016.12.13 20:03:35

Skype, 2016-12-13:

[19:40:44] Andrei: интересно а как вообще фирмы для себя белок выбирают
[19:40:53] Andrei: например медицинские
[19:41:17] Andrei: сидят и гадают какой белок взять?
[19:42:09] Кушелев Александр Юрьевич: Там много всяких способов. Фармацевты иногда всё подряд проверяют. Генные инженеры комбинируют гены, биотехнологи модифицируют гены...
[19:42:36] Andrei: а как все подряд?
[19:42:41] Andrei: откуда берут белки?
[19:43:27] Andrei: надо же как-то синтезировать из кусков
[19:43:37] Andrei: кодировать
[19:43:56] Andrei: надо погуглить
[19:47:37] Кушелев Александр Юрьевич: В человеческом организме около 5 000 000 разных видов белков. А есть ещё в других организмах животных и растений. Вот все подряд и пробуют
[19:48:33] Andrei: а почему нельзя конструктор сделать из всех кодонов?
[19:48:38] Andrei: их же 20 всего
[19:49:40] Кушелев Александр Юрьевич: Можно. Я даже вручную делал: https://www.youtube.com/watch?v=nVYnVZv6Qr8
[19:49:58] Кушелев Александр Юрьевич: Эти модели были сделаны в 1992...1994 годах
[19:50:11] Andrei: я про настоящие
[19:50:24] Кушелев Александр Юрьевич: На них я как раз и составил таблицу композиционного генетического кода.
[19:51:00] Кушелев Александр Юрьевич: А из настоящих аминокислот белки собирает органелла клетки рибосома. По генетическому коду
[19:51:25] Andrei: ну вот, генетический код каждый раз новый подсовывать
[19:51:44] Кушелев Александр Юрьевич: Генные инженеры этим и занимаются
[19:52:14] Кушелев Александр Юрьевич: Но лучше сначала на компьютере через секунду результат увидеть, а если подходит, тогда уже синтезировать из настоящих
[19:52:28] Andrei: так а что там смотреть?
[19:52:38] Andrei: одни загуговины
[19:52:48] Кушелев Александр Юрьевич: Структуру. По ней можно догадаться, подойдёт нам этот белок или ну его...
[19:53:17] Andrei: как?
[19:53:20] Кушелев Александр Юрьевич: Для неспециалиста внешний вид экскаватора ничего не даёт. На крайний случай назовут камнеедом, если увидят в работе
[19:53:41] Кушелев Александр Юрьевич: А если на стоянке, то могут вообще не догадаться, что за хрень
[19:53:52] Andrei: на мохнатость структуры смотрят?
[19:54:16] Кушелев Александр Юрьевич: Там на всё смотрят. А я даже по звуку могу определить, где активные центры белка находятся
[19:54:27] Andrei: звуку чего?
[19:54:34] Кушелев Александр Юрьевич: По звуку сборки белка
[19:55:22] Andrei: откуда звук?
[19:55:36] Кушелев Александр Юрьевич: Аминокислоты при установке в белковую цепь отзванивают на своих частотах. Можете послушать звучание сборки активного центра белка коллагена
[19:56:18] Andrei: а на бояне кто там играет?
[19:56:23] Andrei: тоже белок?
[19:56:46] Кушелев Александр Юрьевич: Это моя аранжировка
[19:57:02] Andrei: так и не понял откуда частота взялась
[19:57:13] Кушелев Александр Юрьевич: Программа Пикотех выдаёт музыку в стандарте MIDI
[19:57:19] Andrei: аа
[19:57:50] Кушелев Александр Юрьевич: Частота рассчитывается по формуле Томсона для математического и пружинного маятников. По длине радикалов аминокислотных остатков
[19:57:58] Andrei: интересно
[19:58:08] Andrei: вот это может сработать
[19:58:24] Кушелев Александр Юрьевич: На эту тему была снята ТВ-передача "Музыка молекул" в 1992-ом году
[19:58:39] Кушелев Александр Юрьевич: Там ного чего уже сработало
[19:59:44] Кушелев Александр Юрьевич: Например, в 2015-ом году вышла статья физиков из Германии, где они "нащупали" с помощью АСМ (атомного силового микроскопа) кольцевые грани атомов: http://nanoworld88.narod.ru/data/493.htm
[20:00:15] Кушелев Александр Юрьевич: Это - экспериментальное подтверждение результатов моих модельных экспериментов.
[20:01:12] Кушелев Александр Юрьевич: Ну и не забывайте, что учебные пособия с пикотехнологическими моделями молекул и кристаллов уже изучают в школах России с 2004 года: http://nanoworld88.narod.ru/data/250.htm

2016.12.13 20:09:53
[20:02:37] Andrei: о как
[20:02:41] Andrei: интересно
[20:02:56] Andrei: жаль пока приспособить некуда
[20:04:22] Andrei: так написано что Снельсон это изобрел
[20:06:50] Кушелев Александр Юрьевич: Снельсон открыл кольцегранный микромир уже в 1960-ом году. В 1963-ем вышла его первая статья с моделями атомов. Но ... до белков он не добрался.
[20:07:20] Кушелев Александр Юрьевич: А Збигнев Огжевальский доложил о кольцегранных моделях атомов, молекул и кристаллов ещё в 1957-ом.
[20:07:34] Кушелев Александр Юрьевич: Про Снельсона я узнал в 2003-ем, а про Огжевальского в 2007-ом.
[20:09:10] Кушелев Александр Юрьевич: Пикотехнология белков базируется на моём научном открытии композиционного генетического кода. Если найдёте ещё одного открывателя, который опубликовал таблицу композиционного генетического кода раньше меня, т.е. до 1992 года, то будет очень интересно
[20:10:18] Кушелев Александр Юрьевич: Таблица композиционного кода выделена голубым цветом. Публикация 1993 года:

2016.12.13 20:17:39

[20:12:40] Andrei: в чем открытие?
[20:12:49] Andrei: комбинация кодонов?
[20:17:14] Кушелев Александр Юрьевич: Открытие заключается в том, что три буквы кодируют не только аминокислоту, но и угол поворота этой аминокислоты относительно предыдущей:

[20:17:59] Кушелев Александр Юрьевич: Этот угол (и формы аминокислот) как раз и открывают возможность определять структуры белков по таблице
[20:18:08] Andrei: а что не знали что углы есть?
[20:18:17] Кушелев Александр Юрьевич: Знали
[20:18:23] Кушелев Александр Юрьевич: Но не знали, что эти углы кодируются

2016.12.13 20:29:14

[20:18:52] Andrei: то есть закручиваться по разному может спираль?
[20:19:55] Кушелев Александр Юрьевич: Куда аминокислоту повернули, туда и пойдёт расти белковая "цепь"
[20:20:13] Кушелев Александр Юрьевич: А там три крупных варианта поворота, т.е. через 120 градусов
[20:20:28] Кушелев Александр Юрьевич: Но есть нюансы, с которыми не соглашается Виктория Соколик.
[20:20:54] Andrei: почему только 3 угла?
[20:21:01] Andrei: кодонов ведь больше
[20:21:30] Кушелев Александр Юрьевич: Например, один из вариантов расщепляется ещё на три. Одиночный альфа-вариант, альфа-вариант в структуре альфа-спирали и альфа-вариант в структуре 310-спирали. Есть и другие нюансы, но не буду Вас перегружать
[20:21:41] Кушелев Александр Юрьевич: Кодонов 64
[20:22:06] Кушелев Александр Юрьевич: Они кодируют 23 аминокислоты, если считать изомеры
[20:22:17] Andrei: так на каждый кодон свой угол?
[20:22:20] Кушелев Александр Юрьевич: Но для этого достаточно всего двух букв
[20:22:27] Кушелев Александр Юрьевич: Почти на каждый
[20:22:59] Кушелев Александр Юрьевич: Есть кодон-терминатор, который означает конец строительства белковой молекулы. Таких даже два разных.
[20:23:23] Andrei: на что влияет угол?
[20:24:20] Кушелев Александр Юрьевич: В таблице моё открытие выделено зеленым цветом:

[20:24:33] Кушелев Александр Юрьевич: Угол влияет на направления роста структуры белка
[20:24:43] Andrei: всего 4 угла?
[20:26:08] Кушелев Александр Юрьевич: Их гораздо больше, но у Виктории в таблице 3 варианта, у меня 4, а в алгоритме Пикотехнология в данный момент 5.
[20:26:46] Кушелев Александр Юрьевич: Более того, некоторые из углов, например, в иминокислоте пролин могут сильно меняться, т.е. на десятки градусов.
[20:28:32] Кушелев Александр Юрьевич: Но пока я работаю по упрощённому алгоритму, т.е. без учёта физико-химических взаимодействий. Но даже на этом уровне результаты очень близки к реальности. А связано это с тем, что композиционный генетический код в процессе эволюции стал дублировать физико-химические взаимодействия на подавляющем большинстве участков белка.
[20:29:35] Andrei: должно быть какое-то практическое применение кроме красивости
[20:30:10] Andrei: чтобы можно было как-то свойства прогнозировать
[20:32:36] Кушелев Александр Юрьевич: Так практическое применение и заключается в том, что по старой технологии нужно заплатить 10 000 евро и ждать месяцы или годы, чтобы увидеть 3D-структуру белка, входящего в 3%, которые кристаллизуются.
[20:33:25] Кушелев Александр Юрьевич: А по новой технологии даёте нуклеотидную последовательность, и через секунду смотрите структуру любого, т.е. 3%+97% белка, причём в 1000 раз точнее.

Татьяна Рясина пишет:

Значит Пикософт видит участки, которые не видит и не показывает РСА?
Т.е. Пикософт показывает "белые пятна"или "пустые зоны" РСА?

Кушелев: Начну с того, что РСА применим только к кристаллам, т.е. 97% белков РСА вообще "не видит"

Из структур 3% белков, которые кристаллизуются, начальные и конечные участки до 50 аминокислотных остатков (до 1000 атомов) РСА тоже "не видит".

На примере ряда белковых структур мы видим, что РСА часто(!) не позволяет определить даже тип белка, т.е. может показать много альфа-спиралей, где их нет вообще или не показать там, где их много.

Реальная погрешность РСА - это габарит белковой молекулы. Чем крупнее молекула, тем больше возможная погрешность РСА. Но бывают и "счастливые случаи", когда по ряду дополнительных данных удаётся однозначно определить структуру белковой молекулы. Например, установлено, что инсулин состоит из двух гнутых участков спирали. Пикотех это подтверждает на все 100%

Подробнее http://nanoworld88.narod.ru/data/276.htm
Эти два участка спиралей соединяются ещё на стадии проинсулина.

РСА (ЧЕРЕЗ ПОИСК ФОРУМА ЛАБОРАТОРИИ НАНОМИР)

Рентгенограммы РСА 2016.12.16 02:27:47

Результаты анализа рентгенограмм РСА 2016.12.16 02:37:23

97% белков не кристаллизуеся. Системные ошибки РСА 2016.12.16 02:45:32

РСА может показать чего нет и не показать что есть 2016.12.26 23:36:22

РСА цены 2016.12.21 21:15:50 , 2016.12.21 20:07:17 , 2016.12.21 20:07:17

Точность РСА 2016.12.21 17:59:55 , 2016.12.15 22:00:22 , 2016.12.15 22:00:44 , 2016.12.14 12:38:03 , 2016.12.21 14:31:08

Корреляция данных РСА с Пикотех 2016.12.18 14:41:58

РСА стремится к Пикотех 2016.12.19 15:18:09

Лауэграммы и ренгенограммы 2016.12.14 17:40:20 , 2016.12.14 18:21:50

Молекула лизоцима 2016.12.14 20:27:43

2016.12.21 21:05:30

http://www.vokrugsveta.ru/telegraph/theory/1071/

Цитата: Фотоотчет о выращивании белковых кристаллов на МКС во время 12-й экспедиции с 1 октября 2005 по 8 апреля 2006 года. Рост одного кристалла занимал 25 дней. Фото: NASA

2016.12.21 21:15:50

[20:05:27] Кушелев Александр Юрьевич: 500 000 / 120 = 4167 USD за один кристалл белка. Добавьте сюда сопутствующие работы, например, собственно РСА и анализ данных.
[21:04:47] Кушелев Александр Юрьевич: Вам эти фразы должны понравиться:

"из невразумительных точек и кругов с помощью специальных математических преобразований получают информацию о расположении атомов. Для неспециалистов выглядят как шарлатанство. Даже если решетка несложной формы, эта задача непростая, но все честно." Подробнее: http://www.vokrugsveta.ru/telegraph/theory/1071/
[21:09:54] Кушелев Александр Юрьевич: При большом везении при переборе 600 условий кристаллизации найдется 1–2 раствора, в которых появятся кристаллы. Как правило, на первом этапе они небольшие, непрозрачные и совершенно неправильной формы, то есть не подходящие для рентгеноструктурного анализа.
[21:15:41] Кушелев Александр Юрьевич: Вот ещё цитата о цене белкового кристалла: На получение одного кристалла белка ученые могут потратить десятки тысяч евро, а фармацевтические компании готовы заплатить еще большие деньги за подробную информацию о структуре какого-нибудь важного для медицины белка — «замка», к которому можно подбирать «отмычку» — лекарство.

2016.12.21 20:07:17

Skype, 2016-12-21:

[19:54:52] Кушелев Александр Юрьевич: Например, узнайте цену структуры белка, кристалл которого нужно выращивать 2 года
[19:55:12] Andrei: речь не обо мне а о вас, знаете ли вы цену или просто придумываете
[19:59:00] Кушелев Александр Юрьевич: Мне сказали цену специалисты из лаборатории РСА
[19:59:15] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, почитайте ещё раз, как проводится анализ: http://bio.1september.ru/view_article.php?ID=200900401
[20:00:25] Andrei: Сказать это одно, а заказать другое:)
[20:01:35] Кушелев Александр Юрьевич: Вот сюда позвоните и спросите, сколько будет стоить кристаллизация белка (минимум и максимум): http://www.piboc.dvo.ru/structure/ext_l … ristal.php
[20:03:14] Andrei: Ладно, это мелочь
[20:03:31] Andrei: Надо искать кому это нужно и зачем
[20:03:46] Кушелев Александр Юрьевич: Вот Вам конкретные данные: "со ста двадцатью образцами работа еще даже не начиналась. На их восстановление потребуется не меньше полумиллиона долларов и от нескольких недель до нескольких месяцев работы." Подробнее: http://www.vokrugsveta.ru/telegraph/theory/1071/
[20:04:08] Кушелев Александр Юрьевич: 120 кристаллов белка - 500 000 долл.
[20:05:27] Кушелев Александр Юрьевич: 500 000 / 120 = 4167 USD за один кристалл белка. Добавьте сюда сопутствующие работы, например, собственно РСА и анализ данных.

Татьяна Рясина пишет:

Прямые белки бывают или они обязаны быть спиральными?

Кушелев: Структура белковых молекул программируется:

Белок собирается из таких "кирпичиков"-аминокислот.

Если они складываются в регулярную структуру, то получается альфа-, бета-, пи-, 310-спираль, которые кодируются соответственно композиционными кодами: 11111, 22222, 33333, 44444

Если же композиционные коды идут "в разнобой", то формируется произвольная "ломаная". Эта "ломаная" может, например, замкнуться в цикл с помощью дисульфидного мостика

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/025.htm

2016.12.23 23:28:13

Victoriy пишет:

Чтобы вторичная структура белка в виде 3/10 спирали была стабильна, и вообще сформировалась кодоны 4 должны идти хотя бы тройками подряд, чего вообще не наблюдается.

Кушелев: Вовсе нет. Чередование композиционных кодов "1" и "4" приводит лишь к изгибам спирали. Ведь она стабилизирована водородными связями. При этом стабильны и прямые спирали (альфа- и 310-), и изогнутые участки с любой комбинацией кодов "1" и "4". Я же Вам показал, как выглядят комбинированные, т.е. гнутые спирали:

Kushelev пишет:

Есть прямые альфа-спирали, где все композиционные коды 11111111111111111

Есть прямые 310-спирали, где все коды 4444444444444444

А большинство спиральный участков гнутые. Там коды 1 и 4 чередуются. При этом структура часто бывает периодической типа 114114114114 или 144144144144 или 111411141114

Я показывал в рассылке типовые гнутые спирали с периодическими кодами:

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/310.htm

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/209.htm

Цитата: Как видите, плавные изгибы спирали белка можно направлять в любую сторону.

2016.12.24 20:38:30

diprospan:
ангиотензин
http://www.chem.msu.ru/rus/theses/2015/ … lltext.pdf
Кушелев:
Нужно будет сделать модели белков из этой диссертации

там рассматриваются вполне конкретные прикладные вещи и задачи.
прежде всего, важность АПФ (АНГИОТЕНЗИН-ПРЕВРАЩАЮЩЕГО ФЕРМЕНТА) и его критическая роль в
ренин-ангиотензин-альдостероновой системе и регуляции сердечно-сосудистой физиологии и
заболеваний, лекарства, блокирующие различные компоненты этой системы, эффективны при лечении
гипертензии, сердечной недостаточности и предупреждении сердечно-сосудистых событий, вызванных
атеросклерозом (в основном инфаркта и инсульта), а также способные замедлять болезнь почек,
вызванную гипертензией и диабетом.

Группа ингибиторов АПФ представлена широким спектром препаратов, наиболее важное значение для
клинической практики сохраняют ингибиторы - каптоприл, эналаприл и лизиноприл, как наиболее
изученные в многочисленных экспериментальных и клинических исследованиях.
а поиск и исследование более совершенных природных и синтетических ингибиторов АПФ на данный
момент является весьма актуальной задачей.

Анализ аминокислот, участвующих в процессе «открывания» и «закрывания» активного центра АПФ
авторами был осуществлён с использованием программы DynDom, доступной по адресу:
http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/main.jsp
http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/dyndomMain.do
Структура С-домена АПФ содержит 27 спиралей: 20 α-спиралей и 7 310-спиралей.
N-домен АПФ состоит из 18 α-спиралей, пяти 310-спиралей.
есть гипотеза что именно 310-спирали "акцепторны" к воздействию ингибиторов типа каптоприла и т.п.

2016.12.24 22:30:22

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=1O8A

http://www.uniprot.org/uniprot/P12821

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAA5 … play=fasta

Благодаря Diprospan, который сделал очень удачный подарок к Новому Году, мы с вами наблюдаем 310-спираль рекордной длины (17 аминокислотных остатков!), т.е. почти 6 полных витков 310-спирали.

"Такого я не видела..."

2016.12.26 13:43:21

Victoriy пишет:

Похоже я открыла ящик Пандоры, научив А.Ю. пользоваться PDB .
Уважаемый Александр Юрьевич, давайте вместе проанализируем Ваш материал по кодированию различных видов спиралей на основе экспериментально показанных спиральных участков в белках 1TAG; 3SDH; 1GPB; 1PZ4; 1OBO; 1GS6; 1H1N; 1LRV и АПФ от Дипроспана. Структура последнего энзима мне лично не безразлично, т.к. его активность в сыворотке крови пациентов с лакунарными инсультами я определяла в этом году в одной из текущих НИР.
Предлагаю в скайпе голосом, а потом Вы выложите свой материал на форуме.

На форум интересно текст выложить, а не голос Давайте сначала разберёмся с самоповеркой пикотехнологии:

Согласитесь, что таких случайностей просто не бывает

Кстати, эта тема имеет продолжение

Итак, вопрос для богини пикотехнологии, Виктории Соколик:

"Вы согласны, что структуры альфа-спирали, 310-спирали, фрагмента лизоцима из этой темы однозначно подтверждают:

1. Кодирование прямой альфа-спирали кодами -1111111111111111111111-
2. Кодирование прямой 310-спирали кодами -444444444444-
3. Программирование цикла из 22 аминокислотных остатков лизоцима" ?

Если есть возражения, то жду Ваших аргументов. Пока мы не придём к консенсусу по данному вопросу, более сложные вопросы, как то нюансы статистики, я обсуждать не готов.

Victoriy пишет:

А.Ю., ну и чем я заслужила такую напраслину:
Виктория спорит с азами теории вероятностей;

Кушелев: Почему напраслина?

Вы же утверждаете, что альфа-спираль может кодироваться и "1" и "4", но в таком случае последовательность кодов 1111111111111111111111 не имеет смысла, случайна, по той причине, что замена "1" на "4" не должно испортить прямую альфа-спираль. Но вероятность случайного возникновения последовательности из 22 единиц такая же, как монетка 44 раза упадёт на "орла". Если для Вас это - "пустой звук", значит Вы не понимаете азов теории вероятностей. Если не согласны, кидайте монетку, пока не упадёт 44 раза подряд на "орла"

2016.12 26 23:43:06

[22:01:39] Andrei: так никому ничего не доказать
[22:02:23] Кушелев Александр Юрьевич: Есть люди, которым не только не докажешь, но даже не покажешь
[22:02:28] Andrei: даже Виктория не убеждена не говоря уже о других
[22:02:35] Andrei: неубедительно
[22:05:35] Andrei: никто в такие рассказики не уверует
[22:06:03] Кушелев Александр Юрьевич: Слышали анекдот про блондинку? Её спросили: "Какова вероятность встретить на улице динозавра?"
-"Фифти-фифти". Либо встречу, либо нет

2016.12. 26 23:02:35

Victoriy пишет:

У Виктории размеры электронов/граней отличаются на порядок больше, т.е. ошибочно.

Кушелев: Сначала я определил радиусы кольцевых электронов из рефрактометрических радиусов ионов кислорода, хлора и фтора (Работа Гольдшмидта 1923г). Для ионов кислорода, хлора и фтора отличие радиусов электронов не превышало 1%. Позднее радиусы электронов удалось уточнить масштабированием белковых молекул. Ведь макромолекулы белка могут иметь гигантские размеры в масштабах микромира. Я подобрал размер кольцевого электрона таким образом, чтобы размеры белковых молекул, определённых экспериментально совпали с кольцегранными моделями в программе PiMol и HyperChem.
Совпадение размеров макромолекул получилось при диаметре кольца-электрона 1.7А.

2016.12.25 07:52:23

Эволюция фрактального самопрограммирования

В процессе эволюции добелкового мира возник белковый мир, основой которого стал генетический код. В процессе эволюции появился композиционный генетический код, управляющий рибосомой эукариот.

Структуры белков чем-то напоминают ячейки Бенара, т.е. однотипные элементы.

В процессе эволюции фрактального самопрограммирования возникают маловероятные, но функциональные структуры.

Протяженные прямые 310-спирали (показаны красной полосой),

Протяжённые альфа-спирали (показаны широкой красной полосой),

менее протяженные пи-спирали (показаны синим),

и бета-спирали (показаны зеленым).

А так же их периодические комбинации.

Фрактальная архитектура белков имеет ярко выраженную аналогию с фрактальной архитектурой мегалитов.

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/236.htm

В структуре крупных белков прослеживается тот же фрактальный принцип.

Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/197102/ … 7_orig.gif
В середине структуры мы видим крупные спиральные блоки, а к обоим концам всё более мелкие.

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/210.htm

Отдельной темой идут архитектурные и музыкальные перевертыши.

Шедеврами фрактальной белковой архитектуры являются многофункциональные квазиперевертыши, которые оптимально выполняют архитектурные, музыкальные и другие функции.

Именно невероятные комбинации кодов позволяют получить рекордные параметры. Вероятность случайного повторения 22 кодов прямой альфа-спирали не превышает 5.8*10^-14
Ничтожно мала вероятность случайного замыкания фрагмента лизоцима, состоящего из 22 аминокислотных остатков. Ничтожна вероятность образования 310-спирали, кодируемой 17-ю одинаковыми кодами. Ничтожна вероятность возникновения периодической структуры с циклическим повторением комбинации композиционных кодов.

А.Ю., Вы же знаете мою точку зрения по кодированию специфики спиралей: ОНА НЕ КОДИРУЕТСЯ. Вопрос не случайности в данном случае вообще голословен без статистики. Это мне напоминает перл из новогоднего старого фильма: "Есть ли жизнь на Марсе, нет ли жизни на Марсе...."
Не бойтесь, в статистике нет нюансов, там все прозрачно и математически. Я помогу в скайпе.

Kushelev пишет:

Уважаемая Виктория!
Как Вы относитесь к самоповерке пикотехнологии?

Victoriy Перестаньте увиливать от поверки с экспериментом .

Victoriy пишет:

А.Ю., Вы же знаете мою точку зрения по кодированию специфики спиралей: ОНА НЕ КОДИРУЕТСЯ.

Кушелев: Тогда расскажите, как Вы получаете PDB-файл 310-спирали (по моей таблице последовательность кодов 44444444444444), альфа-спирали (по моей таблице 11111111111111), пи-спирали (33333333333333333), бета-спирали (2222222222222) ?

Какие из типов вторичных структур может строить Ваша программа?

1. Альфа-спираль
2. Бета-спираль
3. Пи-спираль
4. 310-спираль

Поставьте галочки, а то я до сих пор понять не могу...

2016.12.25 11:41:41

Сходство и различие генетического кода с языком

В генетическом коде любая комбинация букв ACGT является осмысленной и соответствует конкретной структуре белковой молекулы. Те же последовательности могут использоваться для кодирования сигналов и других семантических объектов.

В языке осмысленные комбинации букв (слова) представляют малое подмножество всех комбинаций.

Например, случайное следование трёх одинаковых букв в слове "длинношеее" казалось бы имеет малую вероятность. (1/32)^3=0,00003 - три стотысячных. Это соизмеримо с величиной, обратной количеству осмысленных слов языка (0.00001). Однако есть слова, например, "обороноспособность", состоящие из 18 букв. Случайная комбинация имеет вероятность 8*10^-28. Таким образом множество осмысленных слов (10^5) меньше множества всех комбинаций 18-буквенных слов (10^28) на 28-5=23 порядка. Напомню, что число Авогадро = 6*10^23, т.е. величина того же порядка. Другими словами, размер множества осмысленных слов языка подобен атому в моле (множестве случайных комбинаций букв).

Я подвожу читателей к осмыслению того факта, что в процессе эволюции на каждом следующем её уровне достигаются всё менее вероятные комбинации элементов для достижения всё более экзотических параметров системы.

Степень экзотики - мера волшебства (С) А.Кушелев

2016.12.26 10:56:02

Формы, механизмы, энергия наномира

Skype, 2016-12-26:

[8:48:39] Andrei: Один профессор, которому я написал, ответил что:
[8:48:46] Andrei: "Unfortunately, my specific expertise is not in protein folding but in docking."
[8:49:36] Andrei: Может ли быть от программы "Пикотехнология" польза для доккинга?
[8:54:38] Andrei: вот например что я нашел про доккинг
[8:54:40] Andrei: http://www.dockingserver.com/web

[8:55:05] Andrei: можно ли такое сделать на базе этой программы и как?
[9:03:46] Andrei: там и бесплатно можно расчет получить для сравнения
[10:38:48] Кушелев Александр Юрьевич: Польза для доккинга конечно. Ведь правильной формы молекулы легко состыкуются
[10:39:46] Andrei: ну так этим можно проверить программу?
[10:39:59] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно.
[10:40:06] Andrei: как именно
[10:40:21] Кушелев Александр Юрьевич: Если автоматически состыкуются белки, значит правильно сделаны
[10:40:34] Andrei: доккинг это состыковка белков?
[10:42:58] Andrei: ага
[10:43:03] Andrei: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0 … 0%BD%D0%B3

2016.12.26 21:37:23

Самоповерка пикотехнологии

Денис пишет:

Если вероятность одного из 4 кодов одинакова, то вероятность комбинации 1111111111111111111111 такая же как 1212121212121212121212, 2212331223213113113233, 3444134142143324442111 или любой другой комбинации с одинаковым количеством вариантов.

Кушелев: Совершенно верно! И одна из 2^44 комбинаций будет 1111111111111111111111

Но если Вы внимательно посмотрите на композиционные коды белков, то комбинация 1111111111111111111111 встретилась уже дважды, хотя я проверил всего несколько десятков белков. А это значит, что среди 2^44 белков попадётся не менее(!) 2^41 структур с последовательностью 1111111111111111111111

Как видите реальная частота выше случайной в 2^41 раз

Пересечённые перевёртыши - белковые структуры с повышенной устойчивостью. Научное открытие онлайн

26 декабря 2016, 16:18

Пикотехнология белков

2016.12.26 13:02:34

[10:43:03] Andrei: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0 … 0%BD%D0%B3
[11:42:24] Andrei: есть одна докторша которой я написал, она исследует механическое влияние клетки на разные вещества
[11:42:35] Andrei: можно ли это тут использовать?
[11:42:56] Andrei: как клетка реагирует на протеины?
[11:43:14] Andrei: которые снаружи
[11:43:49] Кушелев Александр Юрьевич: Конечно. Правильная структура и прозрачный механизм протеинов ей помогут
[11:43:52] Andrei: эту идею не публиковать, может это нобелевская премия
[11:44:19] Кушелев Александр Юрьевич: Да у меня этих идей на нобелевские премии уже под тысячу...
[11:44:39] Andrei: ну мне и одной хватит
[11:45:36] Andrei: просто надо практичней быть, а не черепками забавляться
[11:47:08] Andrei: а что клетка механически может реагировать на протеины разные?
[11:47:12] Andrei: как так?
[11:47:46] Кушелев Александр Юрьевич: Любые взаимодействия можно свести к механике
[11:48:09] Andrei: то есть будет либо сжиматься или разжиматься?
[11:48:47] Andrei: как-то каждый раз по особому на каждый протеин?
[11:50:26] Кушелев Александр Юрьевич: Что будет, если наступить на червяка или жука? Примерно то же происходит, когда одноклеточный организм заползает на макромолекулу
[11:51:01] Andrei: хорошо
[11:52:01] Andrei: Еще двум профессорам написал из других областей
[11:52:09] Andrei: даже больше чем двум
[11:52:42] Andrei: один делает нансенсоры на базе микросхем
[11:53:15] Andrei: можно ведь это как-то использовать чтобы о протеине что-то узнать?
[11:53:56] Andrei: там облучать можно по всякому полями
[11:54:01] Andrei: в тонких областях?
[11:54:34] Кушелев Александр Юрьевич: ОК
[11:54:45] Andrei: ?
[11:56:01] Кушелев Александр Юрьевич: Понятно, что структуры белков (правильные) им нужны
[11:56:49] Andrei: они по части биосенсоров
[11:57:36] Andrei: все кто по теме белков выходит отпадают, они будут рогом упираться до последнего
[11:57:43] Andrei: дураков там нет
[11:58:00] Andrei: РСА это их золотая жила
[11:58:14] Кушелев Александр Юрьевич: Всем нужна точная структура белка. А рогом упираться будут бараны
[11:58:47] Кушелев Александр Юрьевич: РСА - это статья расходов, которую можно сократить в несколько раз
[11:59:05] Andrei: дык они же этим и занимаются
[12:00:41] Кушелев Александр Юрьевич: Они могут продолжать этим заниматься, только в 1000 раз эффективнее, имея дополнительные пикотехнологически возможности
[12:01:03] Andrei: они больше ни в чем не понимают
[12:01:21] Andrei: надо будет переучиваться
[12:02:14] Кушелев Александр Юрьевич: Доучить немного геометрии не помешает
[12:02:58] Andrei: такой вопрос, читаю одну диссертацию для ликбеза... в ДНК есть множество генов которые потом выходят как РНК?
[12:03:45] Andrei: пишут что некоторые гены якобы нельзя еще выловить как они проявятся когда вылезут из ДНК?
[12:04:44] Кушелев Александр Юрьевич: Зачем Вам эта головная боль?
[12:04:56] Andrei: чтобы делать умный вид
[12:06:07] Кушелев Александр Юрьевич: Запутаетесь и будет конфуз
[12:06:57] Andrei: мне можно я не специалист
[12:07:47] Andrei: щас еще в несколько мест разошлю и хватит
[12:08:34] Andrei: мне профессор один посоветовал двух ведущих специалистов по белкам в америке
[12:08:40] Andrei: вот думаю писать или нет
[12:09:20] Andrei: у одного фамилия Синицын
[12:09:39] Andrei: это не публиковать
[12:10:07] Кушелев Александр Юрьевич: Пишите. Попытка не пытка
[12:12:05] Andrei: Другой професор в России какого назвал сильного
[12:12:14] Andrei: но надо на записи слушать
[12:12:36] Andrei: говорит в России есть очень хорошие специалисты
[12:13:29] Кушелев Александр Юрьевич: Но денег нет...
[12:13:42] Andrei: для чего?
[12:14:08] Кушелев Александр Юрьевич: В России я делал только бесплатные заказы
[12:14:27] Andrei: У вас и не закажут за деньги как у не специалиста
[12:14:59] Кушелев Александр Юрьевич: Если бесплатный заказ понравится, то закажут
[12:15:10] Кушелев Александр Юрьевич: Хотя некоторые без лицензии боятся
[12:15:17] Andrei: это тоже самое что подрабатывать бесплатно адвокатом
[12:16:40] Кушелев Александр Юрьевич: Если круче других адвокатов, то может прокатить, можно раскрутиться...
[12:16:49] Andrei: шанс =0
[12:17:11] Andrei: это по закону запрещено
[12:17:21] Andrei: адвокаты не дураки
[12:17:49] Кушелев Александр Юрьевич: Вот и белки без лицензии официально не закажут
[12:18:38] Andrei: на белки тоже нужна лицензия?
[12:19:46] Кушелев Александр Юрьевич: Чтобы официально ссылаться на исполнителя
[12:20:08] Кушелев Александр Юрьевич: Знаете, почему в белковых молекулах встречаются архитекурные перевертыши?
[12:21:51] Andrei: мне один профессор говорит что надо поосторожней заявлять про решение проблемы структур а то у народа ученого пар из ушей валит от таких заявлений.
[12:22:39] Кушелев Александр Юрьевич: Так и от открытия обычного генетического кода у ученого народа пар из ушей валил долго
[12:25:53] Кушелев Александр Юрьевич: Подбавьте пару профессорам. Расскажите о программируемых белковых спиралях и перевертышах
[12:26:51] Кушелев Александр Юрьевич: А начать можете с фрагмента лизоцима, который замыкается через дисульфидный мостик на 22-ом аминокислотном остатке. Спросите, верят ли они в случайность с вероятностью 1/30 000 000 000 ?
[12:27:05] Andrei: я такое не осилю
[12:27:13] Andrei: так что с докингом?
[12:27:22] Andrei: лучше делом займитесь полезным
[12:27:24] Кушелев Александр Юрьевич: Лизоцим проще доккинга
[12:27:42] Andrei: там можно бесплатно сделать несколько проб
[12:27:45] Кушелев Александр Юрьевич: А чтобы послать белки на доккинг, нужно ошибку в программе исправить
[12:32:16] Andrei: А если профессор захочет пообщатся, есть кто на английском сможет поговорить?
[12:32:41] Andrei: например можно конференцию сделать
[12:34:21] Кушелев Александр Юрьевич: Ищите переводчика. Я английского не знаю
[12:34:44] Andrei: В Москве все вымерли ?
[12:35:22] Кушелев Александр Юрьевич: Бесплатно переводчики не хотят...
[12:36:26] Andrei: http://www.ipd.uw.edu/people/ipd-facult … vid-baker/
[12:36:37] Andrei: вот один эксперт
[12:36:44] Кушелев Александр Юрьевич: Я по английски не понимаю
[12:36:49] Andrei: можете по тексту что-то сказать?
[12:36:56] Andrei: гугл вам в помощь
[12:37:03] Andrei: там слова все технические
[12:37:31] Кушелев Александр Юрьевич: Гугл не может технические переводить
[12:37:57] Andrei: технические термины сами переводите
[12:38:10] Кушелев Александр Юрьевич: Я не могу
[12:38:27] Andrei: Что совсем атрофия мозга?
[12:38:44] Andrei: надо пробовать а не жаловаться
[12:39:03] Andrei: там английский для 5 класса школьного
[12:39:13] Кушелев Александр Юрьевич: Пробуйте. Я своим делом занимаюсь
[12:39:34] Andrei: это технический текст
[12:41:09] Кушелев Александр Юрьевич: А я только что научное открытие сделал.
[12:41:20] Andrei: какое?
[12:44:08] Andrei: там что угодно может померещится
[12:44:23] Andrei: а даже фига
[12:44:32] Andrei: вот это было бы открытие
[12:45:52] Кушелев Александр Юрьевич: Вы просто не в курсе, что такое архитектурный перевёртыш
[12:46:00] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому не можете оценить научное открытие.
[12:46:19] Кушелев Александр Юрьевич: Я только что открыл новый тип белковой структуры.
[12:46:27] Кушелев Александр Юрьевич: Пересеченные архитектурные перевертыши
[12:46:49] Кушелев Александр Юрьевич: Чтобы понять, что это такое, нужно посмотреть на "волшебную цепочку":
[12:47:02] Andrei: на практике это что дает?
[12:47:13] Andrei: или бесполезное?
[12:48:23] Кушелев Александр Юрьевич: Применительно к белкам - это структуры с повышенной устойчивостью
[12:48:38] Кушелев Александр Юрьевич: Бывают альфа-спирали. У них устойчивость очень высокая
[12:48:59] Andrei: устойчивость к чему
[12:49:38] Кушелев Александр Юрьевич: А бывают архитектурные перевёртыши. У них устойчивость того же уровня, как у альфа-спирали, но произвольная форма, что имеет востребованность в белках
[12:50:19] Кушелев Александр Юрьевич: А пересеченные перевертыши - это суперструктура, т.е. мало того, что произвольная, точнее специальная форма, но ещё и более высокая устойчивость, чем у альфа-спирали
[12:50:30] Кушелев Александр Юрьевич: Это специфика коллагенов
[12:50:46] Кушелев Александр Юрьевич: Коллагены обладают более высокой устойчивостью, чем альфа-спирали
[12:51:46] Кушелев Александр Юрьевич: Но это достигается только за счёт "невероятных структур". Вот мне и удалось сегодня раскрыть секрет устойчивости "невероятных структур". До этого никто не знал, в чём, собственно секрет...
[12:52:09] Кушелев Александр Юрьевич: А оказалось - в пересечении перевертышей
[12:52:27] Кушелев Александр Юрьевич: Дополнительные связи - дополнительная устойчивость
[12:52:47] Кушелев Александр Юрьевич: Такие вещи РСА не показывает, поэтому ...
[12:53:14] Andrei: там на ссылке профессор доказывает что его расчет совпал с РСА
[12:53:26] Andrei: можете на своем калькуляторе проверить?
[12:53:30] Andrei: там все файлы есть
[12:53:53] Andrei: тогда и написать ему можно потом
[12:54:21] Кушелев Александр Юрьевич: Если смогу понять, то обязательно всё проверим.
[12:54:32] Andrei: пишите что непонятно
[12:54:48] Andrei: там английский для любого школьника понятный
[12:55:01] Andrei: только термины непонятны
[12:55:18] Кушелев Александр Юрьевич: Я мало терминов по-английски знаю
[12:55:38] Andrei: википедия вам в помощь
[12:56:25] Andrei: ну в общем как будет ответ то могу написать ему
[12:56:57] Andrei: и по картинке видно что хорошо совпало
[12:57:01] Andrei: с РСА
[12:57:24] Andrei: значит никто не поверит что РСА плох
[12:59:03] Andrei: x-ray structure (yellow)
[12:59:16] Andrei: желтым РСА
[13:04:58] Кушелев Александр Юрьевич: РСА с РСА не совпадает

2016.12.26 13:31:14

Пересеченные перевертыши - научное открытие онлайн

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore … ureId=5CTD

http://www.uniprot.org/uniprot/P08123

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAB59374

https://img-fotki.yandex.ru/get/195694/ … e_orig.gif

>ENA|AAB59374|AAB59374.1 Homo sapiens (human) hypothetical protein
ATGCTCAGCTTTGTGGATACGCGGACTTTGTTGCTGCTTGCAGTAACCTTATGCCTAGCA
ACATGCCAATCTTTACAAGAGGAAACTGTAAGAAAGGGCCCAGCCGGAGATAGAGGACCA
CGTGGAGAAAGGGGTCCACCAGGCCCCCCAGGCAGAGATGGTGAAGATGGTCCCACAGGC
CCTCCTGGTCCACCTGGTCCTCCTGGCCCCCCTGGTCTCGGTGGGAACTTTGCTGCTCAG
TATGATGGAAAAGGAGTTGGACTTGGCCCTGGACCAATGGGCTTAATGGGACCTAGAGGC
CCACCTGGTGCAGCTGGAGCCCCAGGCCCTCAAGGTTTCCAAGGACCTGCTGGTGAGCCT
GGTGAACCTGGTCAAACTGGTCCTGCAGGTGCTCGTGGTCCAGCTGGCCCTCCTGGCAAG
GCTGGTGAAGATGGTCACCCTGGAAAACCCGGACGACCTGGTGAGAGAGGAGTTGTTGGA
CCACAGGGTGCTCGTGGTTTCCCTGGAACTCCTGGACTTCCTGGCTTCAAAGGCATTAGG
GGACACAATGGTCTGGATGGATTGAAGGGACAGCCCGGTGCTCCTGGTGTGAAGGGTGAA
CCTGGTGCCCCTGGTGAAAATGGAACTCCAGGTCAAACAGGAGCCCGTGGTCTTCCTGGT
GAGAGAGGACGTGTTGGTGCCCCTGGTCCAGCTGGTGCCCGTGGAAGTGATGGAAGTGTG
GGTCCCGTAGGTCCTGCTGGTCCTAATGGGTCTGCTGGCCCTCCAGGTTTCCCAGGTGCC
CCTGGTCCCAAGGGTGAAATTGGAGCTGTTGGTAACGCTGGTCCTACTGGACCCGCCGGT
CCCCGTGGTGAAGTGGGTCTTCCAGGCCTCTCCGGCCCCGTTGGACCTCCTGGTAATCCT
GGAGCAAACGGCCTTACTGGTGCCAAGGGTGCTGCTGGCCTTCCCGGCGTTGCTGGGGCT
CCCGGCCTCCCTGGACCCCGCGGTATTCCTGGCCCTCCTGGTGCTGCCGGTACTACTGGT
GCCAGAGGACTTGTTGGTGAGCCTGGTCCAGCTGGCTCCAAAGGAGAGAGCGGTAACAAG
GGTGAGCCCGGCTCCGCTGGTCCCCAAGGTCCTCCTGGTCCCAGTGGTGAAGAAGGAAAG
AGAGGCCCTAATGGGGAAGCTGGATCTGCCGGCCCTCCAGGACCTCCTGGGCTGAGAGGT
AGTCCTGGTTCTCGTGGTCTTCCTGGAGCTGATGGCAGAGCTGGCGTCATGGGCCCTCCT
GGTAGTCGTGGTGCAAGTGGCCCTGCTGGAGTCCGAGGACCTAATGGAGATGCTGGTCGC
CCTGGGGAGCCTGGTCTCATGGGACCCAGAGGTCTTCCTGGTTCCCCTGGAAATATCGGC
CCCGCTGGAAAAGAAGGTCCTGTCGGCCTCCCTGGCATCGACGGCAGGCCTGGCCCAATT
GGCCCCGTTGGAGCAAGAGGAGAGCCTGGCAACATTGGATTCCCTGGACCCAAAGGCCCC
ACTGGTGACCCTGGCAAAAACGGTGATAAAGGTCATGCTGGTCTTGCTGGTGCTCGGGGT
GCTCCAGGTCCTGATGGAAACAATGGTGCTCAGGGACCTCCTGGACCACAGGGTGTTCAA
GGTGGAAAAGGTGAACAGGGTCCCGCTGGTCCTCCAGGCTTCCAGGGTCTGCCTGGCCCC
TCAGGTCCCGCTGGTGAAGTTGGCAAACCAGGAGAAAGGGGTCTCCATGGTGAGTTTGGT
CTCCCTGGTCCTGCTGGTCCAAGAGGGGAACGCGGTCCCCCAGGTGAGAGTGGTGCTGCC
GGTCCTACTGGTCCTATTGGAAGCCGAGGTCCTTCTGGACCCCCAGGGCCTGATGGAAAC
AAGGGTGAACCTGGTGTGGTTGGTGCTGTGGGCACTGCTGGTCCATCTGGTCCTAGTGGA
CTCCCAGGAGAGAGGGGTGCTGCTGGCATACCTGGAGGCAAGGGAGAAAAGGGTGAACCT
GGTCTCAGAGGTGAAATTGGTAACCCTGGCAGAGATGGTGCTCGTGGTGCTCATGGTGCT
GTAGGTGCCCCTGGTCCTGCTGGAGCCACAGGTGACCGGGGCGAAGCTGGGGCTGCTGGT
CCTGCTGGTCCTGCTGGTCCTCGGGGAAGCCCTGGTGAACGTGGCGAGGTCGGTCCTGCT
GGCCCCAACGGATTTGCTGGTCCGGCTGGTGCTGCTGGTCAACCGGGTGCTAAAGGAGAA
AGAGGAGGCAAAGGGCCTAAGGGTGAAAACGGTGTTGTTGGTCCCACAGGCCCCGTTGGA
GCTGCTGGCCCAGCTGGTCCAAATGGTCCCCCCGGTCCTGCTGGAAGTCGTGGTGATGGA
GGCCCCCCTGGTATGACTGGTTTCCCTGGTGCTGCTGGACGGACTGGTCCCCCAGGACCC
TCTGGTATTTCTGGCCCTCCTGGTCCCCCTGGTCCTGCTGGGAAAGAAGGGCTTCGTGGT
CCTCGTGGTGACCAAGGTCCAGTTGGCCGAACTGGAGAAGTAGGTGCAGTTGGTCCCCCT
GGCTTCGCTGGTGAGAAGGGTCCCTCTGGAGAGGCTGGTACTGCTGGACCTCCTGGCACT
CCAGGTCCTCAGGGTCTTCTTGGTGCTCCTGGTATTCTGGGTCTCCCTGGCTCGAGAGGT
GAACGTGGTCTACCTGGTGTTGCTGGTGCTGTGGGTGAACCTGGTCCTCTTGGCATTGCC
GGCCCTCCTGGGGCCCGTGGTCCTCCTGGTGCTGTGGGTAGTCCTGGAGTCAACGGTGCT
CCTGGTGAAGCTGGTCGTGATGGCAACCCTGGGAACGATGGTCCCCCAGGTCGCGATGGT
CAACCCGGACACAAGGGAGAGCGCGGTTACCCTGGCAATATTGGTCCCGTTGGTGCTGCA
GGTGCACCTGGTCCTCATGGCCCCGTGGGTCCTGCTGGCAAACATGGAAACCGTGGTGAA
ACTGGTCCTTCTGGTCCTGTTGGTCCTGCTGGTGCTGTTGGCCCAAGAGGTCCTAGTGGC
CCACAAGGCATTCGTGGCGATAAGGGAGAGCCCGGTGAAAAGGGGCCCAGAGGTCTTCCT
GGCTTCAAGGGACACAATGGATTGCAAGGTCTGCCTGGTATCGCTGGTCACCATGGTGAT
CAAGGTGCTCCTGGCTCCGTGGGTCCTGCTGGTCCTAGGGGCCCTGCTGGTCCTTCTGGC
CCTGCTGGAAAAGATGGTCGCACTGGACATCCTGGTACGGTTGGACCTGCTGGCATTCGA
GGCCCTCAGGGTCACCAAGGCCCTGCTGGCCCCCCTGGTCCCCCTGGCCCTCCTGGACCT
CCAGGTGTAAGCGGTGGTGGTTATGACTTTGGTTACGATGGAGACTTCTACAGGGCTGAC
CAGCCTCGCTCAGCACCTTCTCTCAGACCCAAGGACTATGAAGTTGATGCTACTCTGAAG
TCTCTCAACAACCAGATTGAGACCCTTCTTACTCCTGAAGGCTCTAGAAAGAACCCAGCT
CGCACATGCCGTGACTTGAGACTCAGCCACCCAGAGTGGAGCAGCGGTTACTACTGGATT
GACCCCAACCAAGGATGCACTATGGAAGCCATCAAAGTATACTGTGATTTCCCTACCGGC
GAAACCTGTATCCGGGCCCAACCTGAAAACATCCCAGCCAAGAACTGGTATAGGAGCTCC
AAGGACAAGAAACACGTCTGGCTAGGAGAAACTATCAATGCTGGCAGCCAGTTTGAATAT
AATGTTGAAGGAGTGACTTCCAAGGAAATGGCTACCCAACTTGCCTTCATGCGCCTGCTG
GCCAACTATGCCTCTCAGAACATCACCTACCACTGCAAGAACAGCATTGCATACATGGAT
GAGGAGACTGGCAACCTGAAAAAGGCTGTCATTCTACAGGGCTCTAATGATGTTGAACTT
GTTGCTGAGGGCAACAGCAGGTTCACTTACACTGTTCTTGTAGATGGCTGCTCTAAAAAG
ACAAATGAATGGGGAAAGACAATCATTGAATACAAAACAAATAAGCCATCACGCCTGCCC
TTCCTTGATATTGCACCTTTGGACATCGGTGGTGCTGACCATGAATTCTTTGTGGACATT
GGCCCAGTCTGTTTCAAATAA

Пересеченные перевертыши - научное открытие онлайн
Перевертыш 226-234 пересекается с перевертышем 232-241

Архитектурный перевертыш

Программная спираль

Архитектурный перевертыш

В состав этого архитектурного перевертыша входит рекордно длинная пи-спираль (16 кодов подряд)

Архитектурный перевертыш

2016.12.26 14:00:58

[12:41:09] Кушелев Александр Юрьевич: А я только что научное открытие сделал.
[12:41:20] Andrei: какое?
[12:44:08] Andrei: там что угодно может померещится
[12:44:23] Andrei: а даже фига
[12:44:32] Andrei: вот это было бы открытие
[12:45:52] Кушелев Александр Юрьевич: Вы просто не в курсе, что такое архитектурный перевёртыш
[12:46:00] Кушелев Александр Юрьевич: Поэтому не можете оценить научное открытие.
[12:46:19] Кушелев Александр Юрьевич: Я только что открыл новый тип белковой структуры.
[12:46:27] Кушелев Александр Юрьевич: Пересеченные архитектурные перевертыши
[12:46:49] Кушелев Александр Юрьевич: Чтобы понять, что это такое, нужно посмотреть на "волшебную цепочку":
[12:47:02] Andrei: на практике это что дает?
[12:47:13] Andrei: или бесполезное?
[12:47:34] Кушелев Александр Юрьевич:

Книга Кеннета Снельсона "Силы становятся видимыми" https://fotki.yandex.ru/users/nanoworld/album/102488/

Переписка Кушелев-Снельсон

Самосборка классической науки http://www.pereplet.ru/Discussion/index.html?p=134&book=sci

Кушелев: -А если бы открытие Кеннета Снельсона не проигнорировали Фейнман, Вигнер, Паули и др.(Richard Feynman, Eugene Wigner, Linus Pauling and many others.), то мы бы жили не в каменных многоэтажных пещерах, а как "зелёные люди", т.е. в "своих тарелках", доделывая "скатерти-самобранки".

Кушелев: А открытие кольцегранного микромира свершилось дважды. Первый раз в Манхеттене в 1960-ом году, а второй раз - в Москве в 1988-ом. И все именитые физики проигнорировали этот факт. Алфёрову я лично вручил энциклопедию Наномир на CD пару лет назад. Гинзбург присутствовал при награждении моего ученика, Сергея Полищука премией РАН. И другие физики знают, но молчат. Помните, как Гинзбург сказал: "Чтобы получить Нобелевскую, нужно жить долго..." А сам не приложил усилий, чтобы ускорить этот процесс для молодых. Слышали про дедовщину в армии? Нобелевские премии - аналог дедовщины, но уже в науке. Более престижной будет скоро не Нобелевская, а ... блокировка на форумах типа Physics.nad.ru

https://nano-world-articles.nethouse.ru/page/1040802

Текст книги М.М.Протодьяконова 1975, тираж который был уничтожен по приказу президента академии наук СССР

[12:48:23] Кушелев Александр Юрьевич: Применительно к белкам - это структуры с повышенной устойчивостью
[12:48:38] Кушелев Александр Юрьевич: Бывают альфа-спирали. У них устойчивость очень высокая
[12:48:59] Andrei: устойчивость к чему
[12:49:38] Кушелев Александр Юрьевич: А бывают архитектурные перевёртыши. У них устойчивость того же уровня, как у альфа-спирали, но произвольная форма, что имеет востребованность в белках
[12:50:19] Кушелев Александр Юрьевич: А пересеченные перевертыши - это суперструктура, т.е. мало того, что произвольная, точнее специальная форма, но ещё и более высокая устойчивость, чем у альфа-спирали
[12:50:30] Кушелев Александр Юрьевич: Это специфика коллагенов
[12:50:46] Кушелев Александр Юрьевич: Коллагены обладают более высокой устойчивостью, чем альфа-спирали
[12:51:46] Кушелев Александр Юрьевич: Но это достигается только за счёт "невероятных структур". Вот мне и удалось сегодня раскрыть секрет устойчивости "невероятных структур". До этого никто не знал, в чём, собственно секрет...
[12:52:09] Кушелев Александр Юрьевич: А оказалось - в пересечении перевертышей
[12:52:27] Кушелев Александр Юрьевич: Дополнительные связи - дополнительная устойчивость
[12:52:47] Кушелев Александр Юрьевич: Такие вещи РСА не показывает, поэтому ...

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CAA38276

>ENA|CAA38276|CAA38276.1 Homo sapiens (human) hypothetical protein
ATGAAGACCTGCTGGAAAATTCCAGTTTTCTTCTTTGTGTGCAGTTTCCTGGAACCCTGG
GCATCTGCAGCTGTCAAGCGTCGCCCCAGATTCCCTGTCAATTCCAATTCTAATGGTGGA
AATGAACTCTGTCCAAAGATCAGGATTGGCCAAGATGACTTACCAGGGTTTGATCTGATC
TCTCAGTTCCAGGTAGATAAAGCAGCATCTAGAAGAGCTATCCAGAGAGTAGTGGGATCA
GCTACATTGCAGGTGGCTTACAAGTTGGGAAATAATGTAGACTTCAGGATTCCAACTAGG
AATTTATATCCCAGTGGACTGCCTGAAGAATACTCCTTCTTGACGACGTTTCGAATGACT
GGAAGCACTCTCAAAAAGAACTGGAACATTTGGCAGATTCAGGATTCCTCTGGGAAGGAG
CAAGTTGGCATAAAGATTAATGGCCAAACACAATCTGTTGTATTTTCATACAAGGGACTG
GATGGAAGTCTCCAAACAGCAGCCTTTTCGAATTTGTCCTCCTTGTTTGATTCCCAGTGG
CATAAGATCATGATTGGCGTGGAGAGGAGTAGTGCTACTCTTTTTGTTGACTGCAACAGG
ATTGAATCTTTACCTATAAAGCCAAGAGGCCCAATTGACATTGATGGCTTTGCTGTGCTG
GGAAAACTTGCAGATAATCCTCAAGTTTCTGTTCCATTTGAACTTCAATGGATGCTGATC
CATTGTGACCCCCTGCGGCCCAGGAGAGAAACTTGCCATGAGCTGCCAGCCAGAATAACG
CCCAGCCAGACCACCGACGAGAGAGGTCCCCCGGGTGAGCAGGGTCCTCCCGGGGCCTCC
GGCCCCCCTGGAGTTCCAGGCATCGATGGCATCGACGGTGACCGAGGTCCTAAGGGCCCC
CCGGGCCCCCCGGGTCCTGCAGGTGAACCGGGAAAGCCAGGAGCTCCAGGCAAGCCTGGC
ACACCTGGCGCTGATGGATTAACAGGACCTGATGGATCCCCTGGCTCCATTGGGTCAAAG
GGACAAAAAGGAGAACCTGGTGTGCCTGGATCGCGTGGATTTCCAGGCCGTGGTATTCCT
GGACCCCCTGGTCCTCCTGGGACAGCAGGACTCCCTGGAGAGCTTGGCCGTGTAGGACCT
GTTGGTGACCCTGGGAGAAGAGGACCACCTGGCCCCCCTGGCCCCCCAGGACCCAGAGGA
ACAATTGGCTTTCATGATGGAGATCCATTGTGTCCCAATGCCTGTCCACCAGGTCGCTCA
GGATATCCAGGCCTACCAGGCATGAGGGGTCATAAAGGGGCTAAAGGAGAAATTGGTGAA
CCAGGAAGACAAGGACACAAGGGTGAAGAAGGTGACCAGGGAGAACTCGGAGAAGTTGGA
GCTCAAGGACCTCCAGGAGCCCAGGGTTTGCGAGGCATCACCGGCTTAGTTGGGGACAAA
GGGGAAAAAGGTGCTCGGGGCTTAGATGGTGAACCTGGGCCTCAGGGTCTTCCTGGTGCA
CCTGGTGATCAAGGACAGCGAGGACCTCCAGGAGAAGCAGGTCCCAAAGGAGATAGAGGG
GCTGAAGGTGCTAGAGGAATTCCTGGTCTCCCTGGGCCCAAAGGAGACACGGGTTTGCCA
GGTGTGGATGGCCGTGATGGGATCCCTGGAATGCCTGGAACAAAGGGTGAACCAGGAAAA
CCTGGGCCTCCTGGTGATGCAGGATTGCAGGGGTTACCAGGTGTACCTGGAATTCCTGGT
GCAAAGGGTGTTGCTGGTGAAAAGGGTAGCACAGGTGCTCCAGGGAAGCCTGGTCAGATG
GGAAATTCAGGCAAACCGGGCCAACAGGGGCCTCCAGGAGAGGTGGGACCCCGAGGACCC
CAGGGGCTTCCTGGCAGTAGAGGAGAATTAGGACCAGTGGGATCCCCAGGCCTACCAGGT
AAACTGGGTTCTCTGGGTAGCCCTGGCCTCCCTGGCTTGCCTGGGCCCCCTGGACTTCCT
GGAATGAAAGGTGACAGGGGTGTAGTCGGTGAACCGGGTCCAAAGGGTGAACAGGGTGCC
TCTGGTGAAGAAGGTGAAGCAGGAGAAAGGGGGGAACTTGGAGATATAGGATTACCTGGC
CCAAAGGGATCTGCAGGTAATCCTGGGGAACCTGGCTTGAGAGGGCCTGAGGGAAGTCGG
GGGCTTCCTGGAGTGGAAGGACCAAGAGGACCACCTGGACCCCGGGGTGTGCAGGGAGAA
CAGGGTGCCACCGGCCTGCCTGGTGTCCAGGGCCCTCCGGGTAGAGCACCGACAGATCAG
CACATTAAGCAGGTTTGCATGAGAGTCATACAAGAACATTTTGCTGAGATGGCTGCCAGT
CTTAAGCGTCCAGACTCAGGTGCCACTGGGCTTCCTGGAAGGCCTGGCCCTCCTGGTCCC
CCCGGCCCTCCTGGAGAGAATGGTTTCCCAGGCCAGATGGGAATTCGTGGCCTTCCGGGC
ATTAAGGGTCCCCCTGGTGCTCTTGGTTTGAGGGGACCTAAAGGTGACTTGGGAGAAAAG
GGGGAGCGTGGCCCTCCAGGAAGAGGTCCCAACGGTTTGCCAGGAGCTATAGGTCTCCCA
GGTGACCCAGGCCCTGCCAGCTATGGGAAAAATGGCCGAGACGGTGAGCGAGGCCCCCCA
GGGCTGGCAGGAATTCCTGGAGTGCCTGGACCCCCGGGACCTCCTGGGCTTCCCGGTTTC
TGTGAGCCAGCCTCCTGCACCATGCAGCTGGTCAGCGAGCATTTAACAAAGGGCCTGACC
CTTGAAAGGCTTACTGCTGCATGGCTGTCTGCATGA

https://img-fotki.yandex.ru/get/199051/ … 8_orig.gif

В этом белке обнаружилась целая коллекция архитектурных перевертышей и программных спиралей:

Перевертыш

Программная спираль

Перевертыш

Программная спираль

Перевертыш

2016.12.26 14:41:14

http://www.uniprot.org/uniprot/Q14055

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AAC33512

https://img-fotki.yandex.ru/get/145691/ … 2_orig.gif

>ENA|AAC33512|AAC33512.1 Homo sapiens (human) collagen type IX alpha 2 chain
ATGGCCGCCGCTACGGCCTCCCCCCGCAGCCTCCTTGTTCTCCTCCAGGTGGTAGTGCTC
GCTCTGGCGCAGATTAGAGGTCCACCGGGAGAGCGGGGCCCCCCGGGTCCCCCGGGACCG
CCGGGAGTGCCTGGATCCGACGGCATCGACGGTGACAATGGGCCCCCTGGAAAAGCTGGC
CCTCCGGGACCCAAGGGCGAGCCTGGCAAAGCTGGGCCAGATGGGCCAGACGGGAAGCCC
GGGATTGATGGTTTAACTGGAGCCAAGGGGGAGCCTGGCCCCATGGGGATCCCTGGAGTC
AAGGGCCAGCCCGGGCTTCCTGGTCCTCCTGGCCTTCCGGGCCCTGGTTTTGCTGGACCT
CCTGGGCCTCCTGGACCTGTTGGCCTCCCTGGTGAGATTGGAATCCGAGGCCCCAAGGGG
GACCCTGGACCAGATGGACCATCGGGGCCCCCAGGACCCCCTGGGAAACCTGGTCGCCCG
GGAACCATCCAGGGTCTGGAAGGCAGTGCGGATTTCCTGTGTCCAACCAACTGTCCACCC
GGAATGAAAGGTCCCCCAGGGCTGCAGGGAGTGAAGGGGCATGCGGGCAAACGCGGGATT
CTGGGTGATCCTGGCCACCAGGGGAAGCCGGGTCCCAAGGGAGATGTGGGTGCCTCTGGA
GAGCAAGGCATCCCTGGACCACCGGGTCCCCAGGGCATCAGGGGCTACCCAGGCATGGCA
GGGCCCAAGGGAGAGACGGGCCCTCATGGATATAAAGGCATGGTGGGCGCTATCGGTGCC
ACTGGGCCACCGGGTGAGGAAGGTCCTAGGGGACCGCCAGGCCGAGCTGGGGAGAAGGGT
GACGAGGGCAGCCCAGGTATTCGTGGACCCCAGGGGATCACAGGCCCGAAAGGAGCAACG
GGCCCCCCAGGCATCAACGGCAAGGATGGGACCCCAGGCACGCCTGGCATGAAGGGCAGT
GCAGGACAGGCGGGACAGCCCGGAAGTCCAGGCCACCAGGGCCTAGCGGGTGTGCCAGGC
CAGCCTGGGACAAAAGGAGGCCCTGGAGACCAGGGTGAGCCGGGCCCGCAGGGCCTTCCT
GGATTCTCTGGTCCCCCTGGGAAAGAGGGAGAGCCAGGGCCTCGAGGAGAAATTGGTCCC
CAGGGCATCATGGGACAGAAGGGTGACCAAGGCGAGAGGGGTCCAGTGGGGCAACCAGGC
CCTCAGGGAAGGCAGGGCCCTAAGGGGGAGCAGGGCCCCCCCGGAATTCCAGGGCCCCAA
GGCTTGCCAGGCGTCAAAGGAGACAAGGGCTCCCCAGGGAAGACCGGGCCCCGCGGCAAA
GTGGGTGACCCAGGGGTGGCCGGCCTCCCCGGAGAGAAAGGCGAGAAGGGCGAGTCCGGC
GAGCCGGGGCCCAAGGGACAGCAAGGAGTACGTGGAGAACCCGGCTACCCTGGCCCCAGC
GGGGATGCGGGCGCCCCAGGGGTTCAGGGCTACCCTGGTCCCCCCGGCCCTCGAGGACTG
GCCGGGAACCGAGGCGTGCCAGGACAGCCCGGGAGACAGGGCGTGGAGGGCCGGGATGCC
ACTGACCAGCACATCGTGGATGTGGCGCTGAAGATGCTGCAAGAGCAACTGGCAGAGGTC
GCCGTGAGTGCCAAGCGGGAAGCCCTGGGTGCGGTGGGCATGATGGGTCCTCCAGGACCT
CCTGGGCCCCCTGGGTACCCAGGCAAGCAGGGCCCCCATGGGCACCCTGGCCCTCGGGGC
GTTCCTGGCATCGTGGGAGCCGTGGGTCAGATCGGCAACACGGGGCCCAAGGGAAAACGT
GGAGAGAAGGGTGATCCAGGAGAAGTGGGACGGGGGCACCCCGGGATGCCTGGGCCCCCA
GGGATCCCAGGACTCCCTGGCCGGCCTGGCCAGGCAATCAACGGCAAGGATGGAGATCGA
GGGTCCCCAGGGGCTCCAGGAGAGGCAGGTCGACCTGGCCTGCCAGGCCCCGTGGGGCTG
CCGGGCTTCTGTGAACCTGCCGCCTGCCTTGGAGCTTCGGCCTATGCCTCTGCCCGCCTT
ACAGAGCCTGGATCCATCAAGGGGCCTTGA

Архитектурный перевертыш

Спирали являются подмножеством перевертышей. Здесь мы видим переход перевертыша в квазиперевертыш без пересечения. В квазиперевертыши соседние композиции могут быть переставлены без нарушения антипараллельной пространственной структуры.

Структура перевертыша с кодами 44 в центре говорит о том, что эти аминокислотные остатки образуют водородные связи с другими остатками. Иначе не было бы смысла кодировать их именно этими кодами, а не 14,41,11

2016.12.28 01:28:50

Формы, механизмы, энергия наномира

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Какова 3D структура нео-перевертыша?

Обычный архитектурный перевёртыш - это два антипараллельных, точнее эквидистантных участка белковой молекулы. Например, впердё идёт участок крупной правой спирали, потом поворачивает на 180 градусов и возвращается по той же правой спирали, образуя водородные связи вдоль всего антипараллельного участка.

3D структура нео-перевертыша может напоминать структуру нуклона или мезона, состоящего из кварков. "Туда идёт, например, несколько витков правой спирали, а обратно возвращается столько же витков левой. Водородные (или другие) связи соединяют их между собой на каждом витке. Учитывая, что витки могут быть не круглые, а, например, треугольного или другого сечения, связи на каждом витке могут быть множественными.

Увидеть, как оно на самом деле, поможет 3D-модель нео-перевертыша. Пока идёт работа над исправлением ошибки в программе Дениса Савина, 3D-модель нео-перевертыша можно построить с помощью программы Евгения Неделько, которая свободна от этой ошибки.

2016.12.28 17:04:05

Кушелев: Уважаемая Виктория!
Появилась возможность сравнить наши таблицы композиционного генетического кода.

Я нашёл участок белковой молекулы, который по моей таблице является непрерывной спиралью из 76 аминокислотных остатков:

Вы писали, что в Вашей таблице без разницы, код "1" или код "4". В таком случае что же за структура получится по Вашему алгоритму? Прямая альфа-спираль длиной 76 аминокислотных остатков или ?

Продолжение обновляемого списка примеров белковых молекул, изучение закономерноестей их спиральной архитектуры смотрите с этой страницы Форума Лаборатории Наномир, а также в тематической ветке Форума.

Рекорды рубиновой энергетики

4 октября 2016, 19:18

Ruby Em Drive

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201606/13234229.html/

Включение резонатора "Держава" в микроволновой печи

Резонатор "Держава" состоит из 4 блоков. Средний слой состоит из двух рубиновых. Крайние сапфировые.

На этом кадре видно свечение рубинового слоя.

Фиолетовый цвет даёт разряд. Красный - рубин.

Гарантию выработки энергии даст режим с выключенным магнетроном.

Вероятно, кратковременно наблюдался режим генерации, но гарантию может дать только длительный режим генерации с выключенным магнетроном.

Идентификация колебательной моды в резонаторе "Держава".

Использование сапфировых стёкол и моделирование в программе HFSS показало, что в нашем эксперименте возбуждается колебательная мода, при которой вектор электрического поля направлен вдоль диаметра медной оправы. Не знаю, решили ли инопланетяне проблему поверхностного пробоя именно на этой колебательной моде или они работают на другой, где в зоне медной полосы нет высокой напряжённости электрического поля?

Переход на колебательную моду, при которой не будет гореть медь.

Мне удалось найти колебательную моду, при которой в зоне медной оправы напряжённость электрического поля пренебрежимо мала. Медь гореть не будет, но придётся увеличивать размер резонатора.

Кстати, удобнее собирать резонатор из блоков-параллелепипедов. При этом поле будет той же формы, что и в эллипсоиде. Размер резонатора будет 80*51*51 мм, а собрать его можно из 18 блоков 40*17*17 мм:

Все желающие ускорить создание рубиновой энергетики могут принять посильное участие, оплачивая этот заказ вскладчину. Из крупных рубиновых блоков будут собраны резонаторы на частоту 2.45 ГГц, а из мелких "кирпичиков" и шариков диаметром 5 мм будет создана часть номинального ряда и антенны, которые могут оказаться антеннами сверхсветовой связи. Разный цвет "кирпичиков" позволит добавить к энергетической функции геодезическую, т.е. источники энергии, собранные из разноцветных "кирпичиков" будут одновременно являться эталонными измерительными инструментами.

Старт рубиновой энергетики Дубна 2011

18 октября 2016, 11:18

Ruby Em Drive

Читайте темы форума

Вводный материал для новичков

Видеозапись 37 режимов в Дубне 2011-02-18

2015.07.24 00:36:01

Вводный материал для новичков

Три научных направления лаборатории Наномир подтверждены экспериментально:http://nanoworld88.narod.ru/data/515.htm

Анатолий Шестопалов сделал классную подборку видеоматериалов:

Часть 1. Двигатель https://www.youtube.com/watch?v=ygk4Mu- … e=youtu.be

Часть 2. Источник энергии https://youtu.be/zaAxcRNgHLM

Часть 3. Инопланетные выпариватели https://youtu.be/FFBQi4Lh2RY

Часть 4. Информационная поддержка от Шестопалова А.В.- фильм (1:13:16)

https://youtu.be/tcDikO1lExY Видеообзор "Рубиновая волшебная палочка Кушелева Александра Юрьевича" Раз, два, три! Ёлочка гори!
(новости из лаборатории Наномир на 16.03.2016г.)

Фильм "Александр Кушелев": http://www.youtube.com/watch?v=IH6kGaAFIBU

Предыстория: "Путешествие в Наномир": http://www.youtube.com/watch?v=75tPH3vcDL4

Формы, механизмы, энергия наномира (научная статья)

2016.10.16 22:52:32

МАУС пишет:

я то уж могу отличить компьютерную анимацию, причём очень топорно сделанную ,
от реального видео

Кушелев: Похоже, что не можете, если кадры реального видео приняли за компьютерную анимацию

Эти кадры взяты отсюда: https://yadi.sk/i/2LVeWKBpV5Zfn

2016.10.16 23:09:45

МАУС пишет:

свечение некоторых кристаллов под действием потока электронов или других заряженных частиц
давно известное науке явление

Кушелев: А в Дубне шарик светился при накачке колебательной модой "шепчущей галереи", что совсем "другой компот"

До меня такого результата никто не получал. Считалось, что это невозможно, т.к. поверхностный пробой должен начаться при напряжённости поля порядка 10^6 В/м, а свечение возможно при напряжённости порядка 10^7 В/м. Т.е. в 10 раз не хватает...

Вчера 01:05:37

Формы, механизмы, энергия наномира

МАУС пишет:

Только вопрос был ли эксперимент в Дубне? Если был опишите подробности, что за ускоритель использовался, какими частицам, "обстреливался шарик", какова их энергия и т.п.? Да и почему несмотря на вашу страсть к позированию перед фото/видео камерой нет не одной фотографии вас рядом с ускорителем и фото самого ускорителя?

Кушелев: Ускоритель ЛИУ-3000

Подробности я Вам уже показал

Эта установка находится в ускорительном зале. Шарик не обстреливался частицами. Частицы пролетали через эту замедляющую систему:

и отдавали свою энергию электромагнитным волнам длиной около 1 см (частота около 30 ГГц). Шарики, которые я изготовил были настроены на следующие частоты:

Дубна Дмитров Дмитров Дубна
N N диаметр частота частота
6 1 11.305 29.88 29.94 Самый мелкий шарик
5 2 11.313 29.86
4 3 11.315 29.88
3 4 11.317 29.87
- 5 11.318 29.88
- 6 11.319 29.86 29.875
2 7 11.333 29.79 29.85
1 8 11.347 29.75 29.81 Самый крупный шарик

Не ленитесь, читайте другие подробности

Я держу в руках оправу с этими шариками. Дубна, 2011г.

Эксперименты в Дубне проходили без моего участия, поэтому и нет фотографий. Кстати говоря, сотрудники из Дубны во время эксперимента находятся за пределами ускорительного зала, т.к. там смертельная радиация. А фотография ускорителя имеется:

Эксперимент в Дубне организовал главный менеджер лаборатории Наномир, Ярослав Старухин (слева) при поддержке Фангиля Гареева (второй справа). Это - встреча в Дубне. Справа В.А. Ацюковский, в центре я.

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/225.htm

Рубиновые шарики для эксперимента в Дубне покупал Вячеслав Васильев. Он же присутствовал в Дубне при выдаче DVD с записью 37 режимов, в одном из которых светился сферический резонатор. Вячеслав Васильев (хозяин сервера Zaryad.com) выложил видеозапись 37 режимов эксперимента из Дубны на свой сервер, но позднее удалил. Мне пришлось выложить копию на Яндекс

Так что изучайте

Рубиновый генератор: как совместить параметры резонатора и магнетрона

8 октября 2016, 19:41

Ruby Em Drive

Вводный материал для новичков

Кушелев: Лет 20 тому назад я тоже занимался магнитами, надеялся с помощью постоянных магнитов извлечь энергию эфира, оттолкнуться от него, но после очередной неудачи понял, что статические поля аналогичны скрюченной рыбе, которая плыть не может. Чтобы плыть, ей необходимо не давить с постоянной силой (это может и лежачий камень), а постоянно работать хвостом. Механические системы с постоянными магнитами теоретически могут добывать энергию эфира, но их эффективность зависит от соотношения скоростей магнитов и света. Поэтому от постоянных магнитов я перешёл к электромагнитам, а потом понял, что частота переменного поля электромагнитов должна быть такой, чтобы запаздывание было соизмеримо со скоростью света. Это возможно в том случае, если в катушках электромагнитов число витков не превышает ... 1. В таком случае катушка превращается в элемент резонаторного блока магнетрона, точнее супермагнетрона.

Но делать такую штуку из проводника, например, меди с микронной погрешностью в домашних условиях проблематично, поэтому я переключился на диэлектрические резонансные системы. Но их ещё включить надо, чем я, собственно и занимаюсь до сих пор

РЕКОРДЫ РУБИНОВОЙ ЭНЕРГЕТИКИ

РАССЫЛКА ЛАБОРАТОРИИ НАНОМИР ВЫПУСК 560

2016.10.04 16:15:26

Кушелев: В связи с отсутствие государственного финансирования и тем, что частные инвесторы не могут пока обеспечить нормальное финансирование лаборатории Наномир, принято решение открыть тему "Платные новости".

Понятно, что любые новости станут бесплатными, но, скажем, через год. А те, кто не хочет, как NASA отстать от лаборатории Наномир на 22 года, и даже на 1 год, смогут быть в курсе самых свежих новостей из лаборатории Наномир за умеренную плату.

Сегодня, например, в лаборатории Наномир планируется новый измерительный эксперимент, о результатах которого можно узнать уже сегодня или бесплатно через год. Через несколько дней может состояться эксперимент по включению рубинового источника энергии. Он тоже сначала будет доступен только инвесторами и остальным читателям форума и рассылки платно. А через год уже бесплатно. Это не только поможет ускорить создание рубиновой энергетики, но и поможет узнать, сколько читателей реально интересуются темами лаборатории Наномир, а сколько "праздно шатающихся"

Как получить самые свежие платные новости?

Нужно оставить заявку в этой теме. Как только наберётся 10 заявок, платные новости будут разосланы заявителям по электронной почте. Если 10 заявок не наберётся, тогда эти новости будут доступны только инвесторам, которые профинансировали лабораторию Наномир не меньше, чем на 1000 евро.

Цена сегодняшних вечерних новостей 500 рублей.

Подписка.

Один выпуск новостей 500 рублей
Подписка на неделю 2000 рублей
Подписка на месяц 4000 рублей
Квартальная подписка 8000 рублей
Полугодовая подписка 12 000 рублей
Годовая подписка 20 000 рублей

Размеры рубиновой части резонансной системы: 85*57*57 мм. Внутренняя полость имеет размер 85*17*17 мм

2016.10.05 13:56:00

Новости для инвесторов и платные новости для читателей форума

Кушелев: Высокодобротные колебательные моды в резонансной системе с размерами рубиновой части: 85*57*57 мм обнаружены экспериментально. Подробности в платной части.

Новости для инвесторов и платные новости для читателей форума

В эксперименте от 2016-10-05 менялись формы рубиновой части резонатора.

При изменении формы составного рубинового резонатора существенно (в разы) менялась и добротность.

Изменение числа "этажей" позволяет ступенчато менять резонансные частоты

При этом добротность может оставаться высокой

Способ укладки рубиновых блоков очень важен...

От этого зависит, какая добротность будет у резонансной системы.

Конкретные параметры и самые интересные нюансы можно будет узнать в платной части новостей.

2016.10.06 01:21:25

Формы, механизмы, энергия наномира

Schivan пишет:

наукой я как раз интересуюсь, у меня просто денег на инвистиции нет. мне нравились трансляции когда вы в лаборатории работали и по скайпу с людьми темы обсуждали, атмосферные были видосы. и послушать было интересно и по дому что то сделать было можно. НО главное что бы у вас получилось с этим рубином, так что желаю удачи и научных открытий.

Кушелев: Благодарю за моральную поддержку. Понятно, что трансляции из лаборатории Наномир многим понравились. Но меня хватило лишь на 1 месяц. Ведь расплачиваться мне приходилось здоровьем, а оно у меня не бесконечное. Работники телевидения, которые работают в таком режиме, получают адекватную зарплату, поэтому могут и здоровье сохранить. А если бежать стометровку без дыхания, то сами понимаете, какой будет результат. Поэтому я решил сконцентрировать усилия на самом процессе создания рубиновой энергетики и транспорта, внедрении пикотехнологии и возвращении молодости (ну и пр. по мелочам). А прямые трансляции организует по случаю Ярослав Старухин. Иногда не совсем прямые, но вполне адекватные:

https://www.youtube.com/watch?v=GEUXIPs1lJE

https://www.youtube.com/watch?v=dcCTtEkCHuE

2016.10.14 11:04:52

Частота резонатора в центральном положении:

Нижнее медное зеркало и составной диэлектрический резонатор, состоящий из цилиндра (ИАГ-Cr) и цилиндрической линзы (Al2O3-сапфир).

Будем уменьшать размер (высоту) цилиндра из ИАГ-Cr, чтобы увеличить частоту от 2.289 до 2.45 ГГц, после чего можно пробовать включить от магнетрона микроволновки.

2016.10.14 12:20:13

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Кушелев: Составной резонатор "медь-ИАГ-сапфир" удалось настроить на частоту микроволновки

(видео): https://yadi.sk/i/yZZJoe4ywpadS

Заготовка сапфировой цилиндрической линзы до шлифовки плоской грани

Гибридный резонатор с составной диэлектрической частью настроен на частоту микроволновки!

2016.10.14 21:04:05

Новости для инвесторов и платные новости для читателей форума

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Эксперимент в микроволновой печи (2016-10-14) видеокадры:

2016.10.11 16:54:59

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

Кушелев: Всем привет! Удалось выйти в инет из автомобиля нового инвестора

Удалось получить режим, в котором слышен звук поверхностного разряда и такое свечение

Подробности смогу выложить на форум, когда будет оплачен интернет. Пока могу выходить лишь по случаю...

2016.09.28 16:33:29

Кто бы мог подумать, что можно делать крупные рубиновые резонаторы из блоков, как при сборке мегалитов? А оказалось, что параметры таких резонаторов практически совпадают с параметрами монокристаллических резонаторов...

2016.09.30 14:11:21

Формы, механизмы, энергия наномира

DSProLab пишет:

Kushelev пишет:

Если у Вас есть стержень диаметром 51 мм и длиной 90 мм, то нет проблем.

Я знаю,что у Вас там пылится стержень ИАГ, хоть и меньшего диаметра, зато по длине вполне подходит для подгонки под моды типа 1-1-n, где n - количество пучностей стоячей волны между зеркалами

Кушелев: Не факт, что эта мода подходит для извлечения внутренней энергии эфира. Нужно, чтобы между пучностями было, например, 2 пути с разностью фаз 90 градусов. Как в эллипсоиде. Напрямую между фокусами эллипса - пол волны, а через отражение от границы раздела сред - на четверть волны больше. Тогда будет выполняться условие преобразования внутренней энергии эфира в колебательную форму.

Подробнее: http://subscribe.ru/archive/science.new … 80622.html

Зеркала нужны лишь для того, чтобы снизить потери в эллипсоидальном резонаторе. Поле внутри параллелепипеда практически той же формы, что и внутри эллипсоида:

2016.09.29 00:19:41

Из 7Gb видео, отснятых сегодня, интерес представляет несколько десятков кадров последнего фрагмента, где сразу после включения магнетрона неожиданно расплавились нити в верхнем и нижнем ярусах резонатора.

На видеозаписи слышен звук поверхностного разряда. Чтобы получить свечение резонатора, нужно на порядок увеличить напряженность поля.

Это можно сделать либо увеличив добротность на порядок, либо мощность. Мощность мы увеличить не можем, значит придётся увеличивать добротность. В нашем случае добротность была в интервале 3000...10 000. Её можно увеличить на порядок, если выполнить следующие действия:

1. Склеить по 3 блока.
2. Отшлифовать параллельные грани максимальной площади.
3. Склеить по 3 слоя, состоящих каждый из 3 блоков.
4. Отшлифовать все грани сборок по 9 блоков.
5. Настроить резонатор на частоту 2.45 ГГц, проложив между сборками по 9 блоков, например, 2 слоя "кирпичиков", как это было в сегодняшнем эксперименте.
6. Склеить кирпичики в сборку-слой N3. Эта сборка будет размещёна между двумя сборками по 9 блоков.
7. Отшлифовать большие грани сборки N3.
8. Склеить все три сборки.
9. Настроить шлифовкой сборный резонатор на частоту 2.45 ГГц.

2016.09.30 15:03:06

Новости рубиновой / микроволновой энергетики и транспорта

МАУС пишет:

Или вам магнетрон переделать и всю схему собрать?

Кушелев: Импульсный магнетрон уже есть

Он в 1000 раз лучше магнетрона в микроволновке, т.к. при длине волны 5 мм для включения рубинового источника энергии нужно в десятки раз меньше мощность, чем при длине волны 13 см. И диапазон более удобный. Под него подходят 5-мм шарики по 0.4 USD

Но главная трудность - не магнетрон, а модулятор, который должен сформировать импульс, у которого "полочка" выдержана с погрешностью не более 0.01% по напряжению. У Вас есть схема такого модулятора?

Обнаружена навигационная система тРНК!

16 октября 2016, 18:21

Пикотехнология белков

http://nanoworld88.narod.ru/data/227.htm

Видео

Пикотехнологическая модель псевдоуридиновой петли тРНК показывает, что расположенный на краю петли цитозин обладает подвижностью, является резонансной системой, которая обладает свойствами детектора акустических колебаний, источником которых является рибосома. Одна из двух (псевдоуридиновая или дигидроуридиновая) петель, которая находится ближе к источнику гиперзвука, возбуждается сильнее, среднее положение цитозина смещается, увеличивая длину петли. В результате, петля начинает двигаться медленнее, и тРНК заворачивает на источник гиперзвука, т.е. к рибосоме.

Схематическое изображение тРНК. На краях псевдоурациловой и дигидроурациловой петель изображены азотистые основания (цитозины) в невозбуждённом состоянии. В отсутствии акустического сигнала рибосомы тРНК движется по прямой, вращаясь вокруг большой оси.

Если же появляется акустический сигнал рибосомы, то цитозины начинают колебаться, причём амплитуда колебаний возрастает, если цитозин приближается к рибосоме. При этом ближний к рибосоме цитозин сильнее тормозит, в результате чего тРНК заворачивает к источнику акустического синала, т.е. к рибосоме.

Приблизительно так работает навигационная система тРНК

Упрощённая модель тРНК, визуализирующая механизм навигации тРНК.
Крайние цитозины псевдоурациловой и дигидроурациловой петель тРНК подвижны и являются элементами резонансного рулевого управления тРНК. Амплитуда асимметричных колебаний цитозинов тем выше, чем ближе они к источнику гиперзвука, которым является активный центр рибосомы. Таким образом, тРНК плывут на зов рибосомы.

Скрипт для 3DS Max:

b1 = box length:1 width:1 height:1 pos:[-3,0, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b2 = box length:1 width:1 height:1 pos:[-2,0, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b3 = box length:1 width:1 height:1 pos:[-1,0, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b4 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,0, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b5 = box length:1 width:1 height:1 pos:[1,0, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b6 = box length:1 width:1 height:1 pos:[2,0, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b7 = box length:1 width:1 height:1 pos:[3,0, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b8 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,1, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b9 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,2, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b10 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,3, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b11 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-1, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b12 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-2, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b13 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-3, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
b14 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-4, -0.5] wirecolor: [0,255,0]
b15 = box length:1 width:1 height:1 pos:[0,-5, -0.5] wirecolor: [255,0,0]
g1 = group #(b1,b2,b3,b4,b5,b6,b7,b8,b9,b10,b11,b12,b13,b14,b15)
c1 = box length:1 width:0.2 height:1 pos:[-3.65,-0.55, -0.5] wirecolor: [255,255,0]
c2 = box length:1 width:0.2 height:1 pos:[3.65,-0.55, -0.5] wirecolor: [255,255,0]
c1.pivot = [-3.6,-0,-0,5]
rotate c1 -90 [0,0,1]
c2.pivot = [3.6,0,-0,5]
rotate c1 90 [0,0,1]

На современном компьютере можно будет создать компьютерную графику с менее упрощённой моделью тРНК...

Материал с форума лаборатории Наномир:

Пространственная структура биомолекул

Victoria: Крайние цитозины псевдоуридиловой и дигидроуридиловой петель формируют канонические комплементарные пары с гуанинами даже во вторичной структуре клеверного листа.

Кушелев: Нет, на схеме показано, что они не образуют комплементарных пар:

Крайние гуанин и цитозин соединены только через фосфатные группы.

Victoria: Такие пары G-C расположены в начале каждой из трёх петель тРНК (а также входят в состав всех стеблей тРНК). Поэтому "крайние" цитозины быть "ластами" тРНК при её движении на зов рибосомы НЕ МОГУТ.

Кушелев: В начале петель действительно расположены комплементарные пары G-C, но на краю петель расположены одиночные нуклеотиды G и C, которые не образуют между собой водородных связей.

Victoria: Понятно, Вы имели в виду цитозин на другом краю псевдоуридиловой петли.Но в дигидроуридиловой петле цитозина то НЕТ. Что мы будем с этим делать. Кто будет ластами махать вместо цитозина?

Кушелев: А если внимательнее посмотреть?

Виктория Соколик: На этой схеме ошибка. Я специально сверялась с данными тРНК-банка: цитозина в дигидроуридиловой петле нет. Обе петли (дигидроуридиловая и псевдоурациловая) состоят из 7 нуклеотидов каждая. Посмотрите сообщение №39 этой темы.

Кушелев: Если не CG, то UG. Резонансные частоты могут совпадать. Кстати, в таблице есть очень полезная информация. Особенно по вариабельным петлям... Кстати, нет ли у Вас таблицы, где вместо кодонов типа XYA находятся 64 кодона в явном виде?

Виктория Соколик: Если Вы спрашиваете о таблице с первичной структурой петель изоакцепторных тРНК, то я её составляла сама по данным из тРНК банка. В последнем приведена информация не для всех разновидностей изоакцепторных тРНК для каждой аминокислоты. В моей таблице представлена информация по тем аминокислотам, для которых информация наиболее полная. Что же до дуплета первых двух нуклеотидов кодона, то что Вам мешает подставить туда соответствующие буквы (G, C, U или А) вместо X и Y.

***

Кушелев: Модельный эксперимент поможет выяснить, какова степень балансировки тРНК. Если разбалансировка на уровне одного нуклеотида, то моя гипотеза подтвердится. Но это не будет означать, что Ваша гипотеза будет опровергнута. Ведь органические молекулы, в частности, тРНК многофункциональны...

***

Кушелев: L-образная форма тРНК - гипотеза, которая фактически уже опровергнута моим модельным экспериментом. Хотя любая тРНК может "склеить ласты", и стать L-образной.

Виктория Соколик: L-образная форма тРНК -- это экспериментальный факт, который Вы "опровергли" модельным экспериментом только для себя.

Кушелев: А с чего Вы взяли, что это вообще факт, а не гипотеза? И даже если в каком-то эксперименте закристаллизовали "стаю" тРНК, и эти тРНК в процессе кристаллизации "склеили ласты", то отсюда не следует, что до кристаллизации тРНК были L-образными. Согласны?

***

Виктория Соколик: ... рассчитайте резонансную частоту для тРНК по формуле Томсона, а потом в эксперименте с флюоресцентно-меченными тРНК продемонстрируйте их "столпотворение" на зов синтезатора. Это будет отличным Вашим собственным неопровержимым результатом к пикотехнологическому конгрессу.

Кушелев: Частоту колебаний цитозинового "руля" можно оценить по формуле Томсона для пружинного и математического маятников. Длина маятника порядка нанометра. Масса маятника на порядок превышает массу атома углерода, т.е. составляет ~120 углеродных единиц. С коэффициентом упругости, конечно, сложнее, но можно схитрить. Можно оценить верхнее значение линейной скорости колебаний азотистого основания. Она должна быть того же порядка, что средняя скорость теплового движения молекул воды, т.е. ~10^3 м/с или меньше. Если скорость 10^3 м/с, то нанометр с этой скоростью можно пройти за 10^-9 / 10^3 = 10^-12 сек, т.е. за пикосекунду. Таким образом, верхняя оценка частоты собственных колебаний цитозинового "руля" составляет 1THz. Таким образом, можно начать с терагерца и постепенно понижать частоту синтезатора. Как только частота совпадёт с собственной частотой цитозиновых "рулей", тРНК поплывут к источнику гиперзвука, и это можно будет увидеть в оптический микроскоп.

Разгадана технология трансляции!

Два изомера метилинозина. Слева изомер Александра Кушелева, справа - Виктории Соколик.

Начинаем сборку антикодоновой петли тРНК

Пикотехнологическая модель комплекса, состоящего из антикодоновой петли тРНК и триплета иРНК была создана в лаборатории Наномир 2011-03-15. Вверху расположена комплементарная пара G-C (гуанин-цитозин).
К гуанину через продольную диэфирную связь присоединён псевдоурацил, который образует комплементарную пару с инозином антипараллельной цепи тРНК. К инозину через продольную диэфирную связь присоединён урацил, к нему ещё один урацил, а затем цитозин, с которого мы начали моделирование антикодоновой петли тРНК. Фрагмент петли: -G-Psi...I-U-U-C- замкнулся. Этот фрагмент отдельно показан на видео: http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/18/

Пикотехнологическая модель метилинозина m1I. Правильность этой модели подтвердилась при сборке пикотехнологической модели антикодоновой петли тРНК.

Виктория Соколик: Вы в моей модели метилинозина выпятили метильную группу и оголили торцы блока. Не красивый у Вас "правильный" метилинозин вышел и скорее всего малоустойчив, поскольку открытая и неравновесная структура. Вы уж простите меня на добром слове, Ваша новая модель метилинозина еще хуже предыдущей.

Теперь продолжим моделирование петли, присоединяя к псевдоурацилу метилинозин, затем цитозин и гуанин, который в свою очередь присоединяется к инозину. Цитозин и гуанин - два нуклеотида антикодона. Они располагаются так же, как в линейной одноцепочечной РНК. Метилинозин расположен под прямым углом к оси антикодона. Чтобы разобраться, какую функцию он выполняет, достроим модель триплетом иРНК.

Первый и второй нуклеотиды триплета иРНК образовали комплементарные пары со вторым и третьим нуклеотидами антикодона тРНК. Третий нуклеотид не образует комлементарной пары ни с инозином, т.к. инозин уже образовал комплементарную пару с пседоурацилом, ни с метилинозином, который, как показывает пикотехнологический модельный эксперимент, срезает продольную диэфирную связь, т.е. отрезает третий нуклеотид иРНК от иРНК. Что же происходит дальше?

Напомню, что тРНК движется не только поступательно, но и вращается вокруг большой оси, соединяющей антикодоновую петлю с АСС-концом.

Естественно, что она продолжает вращаться и после образования комплекса с триплетом иРНК, т.к. в процессе образования комплекса срабатывает "Бритва Кушелева", т.е. метилинозин отрезает триплет иРНК, который начинает вращаться вместе с тРНК. тРНК вращается в рибосоме до тех пор, пока третий нуклеотид иРНК не образует комплементарную пару с одним из нуклеотидов рибосомы. Три нуклеотида должны быть расположены приблизительно через 120 градусов, но должен быть и четвёртый нуклеотид рибосомы, расположенный рядом с одним из трёх. Два соседних нуклеотида рибосомы позволяют делать выбор между альфа-спиралью и 310-спиралью.

Виктория Соколик: Всё это занимательно, но слишком сложно. Природа выбирает изящные и лаконичные решения. Я не разделяю Ваших представлений и не буду даже аргументировано опровергать, потому что ВСЁ не так.

Молекулярные биологи осваивают пикотехнологию. Шаг спирали ДНК гораздо длиннее!

16 октября 2016, 15:50

Пикотезнология белков

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201201/22182353.html?fromissue=1

Благодаря поддержке инвесторов (приобретен мощный компьютер), в лаборатории Наномир появилась возможность полноценно моделировать крупные белки, в частности, коллаген. Слева упрощённая модель одной молекулы коллагена, а справа - полновесная (кольцегранная + шар-труба), построенная с помощью скрипта Савина-Кушелева.

Полновесный скрипт Савина-Кушелева сохраняет файлы в стандарте PDB (Protein Data Base), которые фактически являются коммерческим продуктом лаборатории Наномир, т.к. имеют более высокую точность, чем файлы, полученные с помощью РСА (рентгеноструктурного анализа).

Файл с координатами атомов коллагена

Напомню, что цена модели зависит от точности ~квадратично. Точность пикотехнологической модели выше, чем точность РСА в ~1000 раз. Следовательно её цена в ~1 000 000 раз выше. А для тех белков, которые не кристаллизуются, РСА вообще непригоден. Тем не менее РСА не потеряет актуальность, т.к. позволяет исследовать модифицированные структуры белков, что недоступно первой коммерческой версии программы Пикотех, в которой учтена только модель рибосомы.

Файл в стандарте PDB позволяет смотреть структуру белка стандартными браузерами, а так же использовать программы, которые учитывают физико-химические взаимодействия на уровне нанотехнологии.

Например, Swiss viewer умеет рассчитывать поверхность молекулы (на уровне нанотех, естественно)

А те, кто желает изучить пикотехнологическую модель "по полной программе", могут установить на свой компьютер 3DS Max и открыть файл (150Mb) со структурой спирали коллагена (полтора витка, образованные 16-ю молекулами коллагена

В этом файле кроме 16 моделей молекулы коллагена содержится ещё одна упрощённая модель коллагена. Из неё можно построить спираль раз в 40 длиннее, чем из полновесной (кольцегранной) при том же числе треугольных граней.

Отдельные кадры (3200x2400)

Если у Вас есть желание сделать профессиональную компьютерную графику на основе пикотехнологических моделей, могу дать все необходимые данные ...

Анимацию спирали коллагена можно просматривать по кадрам (3200х2400 пикселей, 140 кадров) в архиве.

Кадры записаны в стандарте jpg, что позволяет просматривать анимацию по кадрам в обычном браузере картинок.

Эта анимация сделана из 3 кадров, уменьшенных до размера 1450x1088. Модель для 3DS Max.

Нобелевский глюк рибосомы ...

2012-01-17

[8:10:10] L: Поправленный перевод: The business offer for a owners of your company. In the near future auction of high technologies of laboratory the Nanoworld can take place. We offer the new standard of structure of peptide (protein) PIKO. This standard now is discussed at forums. At schools of Russia since 2005 study pikotechnological models of atoms, molecules and crystals. Precision pikotechnological models ~1000 times higher than precision of nano-models. Your firm could become the leader of sales pikotech-models... I invite you to auction of high technologies of laboratory the Nanoworld

[8:49:32] Кушелев Александр Юрьевич: Благодарю!

Зелёным цветом показана информационная РНК, которая якобы проходит сквозь рибосому. В действительности, существует разрыв иРНК длиной ~30 нуклеотидов. Откуда он берётся? тРНК приплывает с очередной аминокислотой, врезается во входящий в рибосому конец иРНК и откусывает от неё триплет. Далее поворачивается по инерции до терминирующего поворот рибосомального нуклеотида. После этого другой (АСС) конец тРНК вставляет аминокислоту в растущую белковую молекулу. Затем тРНК (вместе с триплетом иРНК!) поворачивается вокруг аминокислотного остатка на тупой угол. При этом триплет иРНК уходит на расстояние около 3 витков спирали РНК от первоначального положения. Далее тРНК снова поворачивается, отсоединяясь от растущей белковой молекулы, но после того, как к ней присоединён следующий аминокислотный остаток. Вращается она до тех пор, пока не присоединит триплет иРНК к выходящему концу. Таким образом, создаётся иллюзия, что иРНК проходит сквозь рибосому без изменений. На самом деле на входе в рибосому иРНК дробится на триплеты, а на выходе из рибосомы снова собирается в спираль РНК.

Этот процесс оказался незамеченным для исследователей структуры рибосомы, которые получили за эту структуру нобелевскую премию в 2009-ом году. При этом заявленная точность структуры рибосомы ~2 ангстрема, а реальная ошибка превосходит в полтора раза габариты тРНК, т.е. достигает ~3 витков РНК (~30 нуклеотидов). Таким образом, реальная ошибка модели рибосомы порядка 240 ангстрем (24 нанометров, 24 000 пикометров).

Рибосомы эукариот: 80S, размер - 22x32 нм. Они крупнее прокариотических.

Шаг спирали ДНК/РНК гораздо длиннее!

По вертикальным ступеням ходить горизонтально?

Пикотехнологическая модель показывает, что длина витка спирали не 3.4, а 8 нм!

Величина 3.4 нм гипотетическая... Пикотехнологический модельный эксперимент опровергает эту гипотезу

Модельный эксперимент показывает, что при образовании ступени ДНК параллельно с водородными связями образуются поперечные фосфодиэфирные связи:

Программа Пикотех помогает биологам делать научные открытия!

27 сентября 2016, 07:44

Пикотехнология белков

Научные работы Виктории Соколик

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201004/19221806.html

Уважаемые читатели! Предлагаю Вашему вниманию научную статью Виктории Соколик, содержащую очень важное научное открытие, которое помогла сделать программа "Пикотех". Речь идёт о механизме возникновения обширной группы наследственных болезней, с которыми можно справиться благодаря пикотехнологии. В связи с важностью научного открытия привожу статью полностью.

Украiнський вiсник психоневрологii – 2009. – Т.46, вип.8.- С. 116—121.

Научные работы Виктории Соколик

Обсуждение на форуме лаборатории Наномир.

Виктория Соколик в лаборатории Наномир

16 апреля 2010 года Виктория Соколик приехала в г. Дмитров

Ещё на железнодорожном вокзале началась научная дискуссия на тему "Пикотехнологические модели ДНК"...

Богиня биологии перевернула пакет, и из него, как из Рога изобилия посыпались пикотехнологические модели белковых молекул и молекул РНК/ДНК...

Ярослав Старухин: "Разрешите заснять Ваши пикотехнологические модели на видео!"

Александр Кушелев: "Пока Ярослав записывает Ваши замечательные модели на видео, позвольте полюбопытствовать, как Вам удалось сделать модели такими яркими, цветными?"

Виктория Соколик: "Вообще-то это - Ноу-Хау, но Вам я по секрету скажу. Я покрасила кольца лаком для ногтей разных цветов"

Кушелев: Я бы до этого гениального решения ни за что бы не додумался!

В качестве лирического отступления предлагаю посмотреть 45-секундную ТВ-передачу из лаборатории Наномир, где речь идёт о пикотехнологической модели молекулы тимогена.

Это - материал из видеоархива лаборатории Наномир. Первая часть видеоархива. Там Вы сможете посмотреть самые первые видеозаписи из лаборатории Наномир, сделанные в 1992-1993 годах.

Кушелев: Ого! Они у Вас ещё и поворачиваются на шарнирах?!

Виктория: А Вы как думали? Эта модель показывает переход ротамеров, кодируемых композиционным генетическим кодом. В первом приближении наши модели совпадают, но есть, как видите, и отличия. Например, радикал аминокислот в моей модели соединён с другой гранью атома углерода.

Виктория: Эта модель помогла мне сделать научное открытие, о котором я рассказываю в научной статье. Эту статью Вы можете опубликовать на форуме вместе со ссылкой на публикацию в академическом журнале.

Кушелев: Я правильно понял, что серебристым цветом в этой модели показаны CH3-группы, т.е. радикалы аланина?

Виктория: Совершенно верно! А эта модель показывает переход ротамеров. Следующий остаток в этой модели может поворачиваться вокруг оси и фиксироваться в положениях 0, +120 и -120 градусов.

Вот я поворачиваю следующий остаток относительно предыдущего и получается другой ротамер, который, естественно, кодируется другим триплетом ДНК.

Кушелев: Вижу. Это третий вариант композиции, т.е. третий ротамер по Вашей терминологии.

Виктория: А это - пикотехнологическая модель амфипатического участка спирали белка. Каждый четвёртый радикал несёт электрический заряд, с помощью которого происходит слипание амфипатических участков спиралей...

Кушелев: Амфи... что?

Виктория: Амфипатического участка.

Кушелев: Надо запомнить ...

А модель впечатляет. Надо будет почитать Вашу научную статью...

Ярослав: А что за научное открытие позволила сделать эта пикотехнологическая модель?

Виктория: Мне удалось найти правильное расположение амфипатических участков, которые раньше были определены неправильно.

Сейчас я покажу Вам статью и схему этого белка на компьютере...

Кушелев: Отлично. А я пока запишу на видео, как работает Ваша модель ротамеров...

Виктория: А в правой руке у Вас - модель иминокислоты пролина.

Кушелев: Да, модели шикарные. А NH2-группа в пролине у Вас расположена иначе, чем в аминокислотах?

Виктория: Да.

Кушелев: У меня тоже сначала была модель, где группа NH2 пролина была расположена иначе, чем в аминокислотах, но позднее я пришёл к выводу, что она находится там же, только вместо жёсткой связи соединена с группой COOH гибкой связью, что позволяет в этом месте организовать сустав между участками альфа-спиралей или других вторичных структур.

Поэтому пролин ставится в растущую белковую цепь так же, как и аминокислоты.

Кушелев: Все отличия между нашими пикотехнологическими моделями можно обсудить позже на форуме. Там же мы можем разобраться, какая из моделей ближе к истине. Мне без разницы, моя или Ваша. Главное - выяснить, какая конкретно.

Кушелев: В чём отличие между нашими моделями мне понятно. Дальше эти отличия можно обсуждать на форуме, а теперь хотелось бы посмотреть Ваши научные статьи на компьютере...

Самые интересные фрагменты научной дискуссии удалось записать на видео благодаря Анатолию Шестопалову. Благодарим Вас, Анатолий!

Люба тоже принимала активное участие в дискуссии и в конце-концов разобрала модель ротамеров, но смогла потом снова собрать.

Кушелев: Модель АСС-конца транспортной РНК помогает понять, под каким углом расположены следующий и предыдущий аминокислотные остатки в момент выдавливания группы OH предыдущего остатка группой NH3 следующего остатка.

Виктория: А давайте сделаем модель транспортной РНК целиком.

Кушелев: Так там 90 ступеней ДНК...

Виктория: Ну и что? Не так уж много. Можно на компьютере попробовать.

Кушелев: Лучше изготовить модель из колец. На компьютере будет проще потом сделать.

Вероятно, установка следующего аминокислотного остатка осуществляется под таким углом. Иначе OH-группа не сможет выйти в раствор...

Виктория: Вращение ротамеров у нас происходит вокруг этой оси.

Кушелев: А вращение аминокислоты с t-RNA может происходить вокруг другой оси, которая наклонена, например, под тетраэдрическим углом. Кстати, это позволяет уменьшить число ошибок в работе рибосомы...

Именно модельный эксперимент позволяет понять, как же работает рибосома...

Справа мы видим фрагмент транспортной РНК (АСС-конец с закреплённой на нём аминокислотой). Группа NH2 должна выдавливать группу OH из предыдущего аминокислотного остатка.

Слева мы видим ротамерную модель Виктории Соколик, которая помогает понять, под каким углом должна двигаться группа NH2, чтобы группа OH смогла выйти в раствор, не разрушив предыдущий аминокислотный остаток.

Различий между пикотехнологическими моделями Виктории Соколик и моими мало. Они заключаются в расположении радикала. Виктория расположила радикал так же, как и Дмитрий Кожевников.

Виктория Соколик: Значит, в Вашей модели аминокислота удерживается АСС-концом т-РНК с помощью 4 нехимических связей?

Кушелев: Да, четырьмя вандерваальсовыми связями.

И этого достаточно, чтобы удержать аминокислоту?

Кушелев: А почему бы и нет?

Виктория Соколик: Видите, какой получился симметричный граф композиций аминокислот?

Кушелев: Это, конечно, здОрово, но нужно разобраться, симметричен он только в теории или в реальности? Может быть в реальности граф композиций не так уж и симметричен?

Виктория: Такая симметрия соответствует другой таблице композиционного генетического кода.

Кушелев: А на сколько она отличается от моей?

Виктория: 4 варианта композиции из 64 другие.

Кушелев: -Это мелочи.

Виктория: В науке мелочей не бывает.

Кушелев: Да я шучу. Кстати, даже если все варианты были бы неправильными, то по сравнению с самим фактом существования композиционного генетического кода - это мелочь. Но таблицу, конечно же нужно проверить. Может быть там содержатся ошибки, причём даже такие, о которых мы ещё не знаем...

Виктория: А вот и амфипатические участки, которые удалось открыть с помощью программы "Пикотех". Они оказались совсем не там, где считалось ранее.

Кушелев: Я уже давно заметил, что рентгеноструктурный анализ не позволяет выявлять некоторые структурные особенности белков. Программа "Пикотех" позволяет многое уточнить в базах данных по структурам белка.

А тематика конференции в Сыктывкаре очень даже связана с эликсиром "вечной молодости"...

Виктория убеждена, что старость не запрограммирована. Тем не менее она уже помогла мне уточнить методику создания эликсира "вечной молодости".

Виктория оставила электронные копии своих научных работ, в т.ч. связанных с пикотехнологией.

Сегодня я постараюсь опубликовать эти работы на форуме лаборатории Наномир.

Люба: Уважаемые участники конференции, не пора ли перекусить?

Можно начать здесь, а продолжить на кухне...

Кушелев: В чём отличие между нашими таблицами композиционного генетического кода мне понятно. Обсудить это можно на форуме, а сейчас предлагаю сделать антракт и переместиться на кухню

Научные работы Виктории Соколик

Доклад Виктории Соколик на III Международной конференции «Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины».

Тезисы докладов (1-4 октября 2009 г.), Ростов-на-Дону. – С. 54.

Научные работы Виктории Соколик

Материал с форума лаборатории Наномир.

Кушелев: Обратите внимание на структуру с чередованием кодов альфа-спирали и 3/10-спирали. Могла бы быть такая последовательность кодов, если в таблице не было бы разницы между кодом альфа-спирали и 3/10-спирали?

Виктория: А почему нет?

Кушелев: Трудно поверить, что "гребёнка" 141414141414, где 1 - код альфа-спирали, а 4 - код 3/10-спирали, возникла случайно.

Давайте найдём такие структуры, которые покажут, какая из таблиц правильная.

Начать можно с того, что моя таблица была построена по конкретным экспериментальным данным.

Давайте посмотрим, какие структуры моделей для этих белков получатся при замене моей таблицы на Вашу?

Если структуры изменятся несущественно, значит между нашими таблицами нет принципиальной разницы. Если же изменения будут принципиальными, значит разница есть и с помощью экспериментальных данных можно будет сделать выбор между таблицами.